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一種化合物及其在DNA端基修飾中的應(yīng)用的制作方法與工藝

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一種化合物及其在DNA端基修飾中的應(yīng)用的制作方法與工藝
本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域,特別涉及一種化合物及其在DNA端基修飾中的應(yīng)用。

背景技術(shù):
隨著DNA技術(shù)的發(fā)展,端基修飾的DNA在分子生物學(xué)、分子檢測(cè)以及生物材料的構(gòu)建等領(lǐng)域扮演著越來(lái)越重要的角色。除了已經(jīng)較為成熟的DNA氨基和巰基方法,人們?cè)诓粩嚅_(kāi)發(fā)新的DNA端基化修飾技術(shù)和端基化修飾試劑,來(lái)滿(mǎn)足日益增長(zhǎng)的科研及商業(yè)需求。上世紀(jì)90年代以來(lái),人們開(kāi)始關(guān)注以呋喃作為DNA的端基/堿基修飾單元,呋喃可與馬來(lái)酰亞胺在室溫下高效地發(fā)生Diels-Alder環(huán)合反應(yīng),為DNA的端基化修飾和負(fù)載提供了一種新的選擇;此外,呋喃在特定氧化劑的存在下可被氧化為二醛,在研究DNA雙鏈交聯(lián)中有著重要的應(yīng)用。但是目前在DNA端基中引入呋喃的方法多局限于使用含有呋喃的羧酸與DNA端基的氨基反應(yīng),操作繁瑣而且成本居高不下;在糖環(huán)或堿基上引入呋喃單元?jiǎng)t需要進(jìn)行大量的有機(jī)合成工作,極大提高了使用成本。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)中的不足,本發(fā)明提供一種新型的呋喃基亞膦酰亞胺酯,可直接應(yīng)用于DNA合成儀,實(shí)現(xiàn)了簡(jiǎn)單高效地在DNA5’端引入呋喃單元的目的。本發(fā)明的技術(shù)方案是:本發(fā)明公開(kāi)式(1)化合物獲其藥物上可接受的鹽,式(1)化合物為:式(1)化合物的制備方法以2-呋喃丙酸為起始原料,首先將其通過(guò)氫化鋁鋰還原為2-呋喃丙醇,并進(jìn)一步將其與2-氰乙基-N,N-二異丙基氯代亞磷酰胺反應(yīng)得到2-氰乙基-二異丙基-呋喃丙醇亞磷酰胺酯。按照如下反應(yīng)路線和反應(yīng)條件進(jìn)行:其中,a.氫化鋁鋰,四氫呋喃,80℃;b.2-氰乙基-N,N-二異丙基氯代亞磷酰胺,三乙胺,0℃。具體的步驟如下:步驟a:將2-呋喃丙酸于加入到含有0.004g/mL氫化鋁鋰的無(wú)水四氫呋喃中的溶液,反應(yīng)液在80℃攪拌下回流1小時(shí),反應(yīng)結(jié)束后,向冷卻的反應(yīng)液中滴加飽和氯化銨溶液,待氣泡結(jié)束后滴加飽和碳酸鉀溶液至沉淀完全,濾除不溶物,濾餅用四氫呋喃洗滌,有機(jī)相以無(wú)水硫酸鈉干燥,旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)有機(jī)相,得到呋喃丙醇;步驟b:將同等質(zhì)量的呋喃丙醇和無(wú)水三乙胺溶于無(wú)水四氫呋喃中,冰浴攪拌下,滴加2-氰乙基-N,N-二異丙基氯代亞磷酰胺,反應(yīng)于室溫下攪拌2小時(shí),濾除不溶物,濾液以飽和碳酸氫鈉溶液洗滌,有機(jī)相無(wú)水硫酸鈉干燥,得到2-氰乙基-N,N-二異丙基-呋喃丙醇亞磷酰胺酯。本發(fā)明的另一個(gè)目的在于公開(kāi)式(1)化合物在DNA端基修飾中的應(yīng)用。本發(fā)明的第三個(gè)目的在于公開(kāi)一種呋喃基DNA端基修飾試劑,其特征在于,所述修飾試劑的有效成為式(1)化合物獲其藥物上可接受的鹽,式(1)化合物為:本發(fā)明的第四個(gè)目的在于公開(kāi)上述呋喃基DNA端基修飾試劑的應(yīng)用的方法,其特征在于,步驟1:將式(1)化合物溶于無(wú)水乙腈中,氮?dú)獗Wo(hù)下轉(zhuǎn)移至DNA合成儀的端基修飾位試劑瓶中,輸入DNA序列,執(zhí)行合成。步驟2:合成完畢后將固相載體取出,分散在1毫升23%氨水中,55℃下密閉加熱2小時(shí),離心去除不溶物,溶液濃縮即得到新合成的DNA序列。本發(fā)明的有益效果是:1、本發(fā)明設(shè)計(jì)合成的化合物(1)可以通過(guò)簡(jiǎn)單的有機(jī)單元反應(yīng)制備得到,合成步驟中沒(méi)有副反應(yīng)出現(xiàn);并且可以直接用于DNA合成儀上,極大簡(jiǎn)化了修飾步驟;操作簡(jiǎn)便,成本低廉,具有較好的底物適應(yīng)性。2、本發(fā)明所述的DNA端基修飾試劑具有較高的反應(yīng)活性和良好的底物適應(yīng)性,是一類(lèi)很有市場(chǎng)前景的核酸端基修飾試劑。附圖說(shuō)明附圖1為式(1)化合物的核磁共振氫譜;附圖2為式(1)化合物的核磁共振碳譜;附圖3為式(1)化合物的質(zhì)譜圖;附圖4為未修飾的DNA質(zhì)譜圖;附圖5為5’端修飾有呋喃基團(tuán)的DNA質(zhì)譜;附圖6為未修飾DNA的HPLC譜圖;附圖7為5’端修飾有呋喃基團(tuán)的HPLC譜圖。具體實(shí)施方式本發(fā)明的具體實(shí)施方式如下:1、式(1)化合物合成:a.氫化鋁鋰,四氫呋喃,80℃;b.2-氰乙基-N,N-二異丙基氯代亞磷酰胺,三乙胺,0℃。步驟a:0.8克氫化鋁鋰溶于200毫升無(wú)水四氫呋喃中,冰浴攪拌下一次性加入2.8克2-呋喃丙酸于20毫升無(wú)水四氫呋喃中的溶液,反應(yīng)液在80℃攪拌下回流1小時(shí)。反應(yīng)結(jié)束后,向冷卻的反應(yīng)液中滴加4毫升飽和氯化銨溶液,待氣泡結(jié)束后滴加飽和碳酸鉀溶液至沉淀完全,濾除不溶物,濾餅用50毫升四氫呋喃洗滌,有機(jī)相以無(wú)水硫酸鈉干燥。旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)有機(jī)相,得到2.4克呋喃丙醇(淡黃色油狀液體),收率94%;步驟b:1.2克呋喃丙醇和1.2克無(wú)水三乙胺溶于50毫升無(wú)水四氫呋喃中,冰浴攪拌下滴加2.4克2-氰乙基-N,N-二異丙基氯代亞磷酰胺。反應(yīng)于室溫下攪拌2小時(shí),濾除不溶物,濾液以飽和碳酸氫鈉溶液洗滌。有機(jī)相無(wú)水硫酸鈉干燥。得到2.0克2-氰乙基-N,N-二異丙基-呋喃丙醇亞磷酰胺酯(式1化合物)(黃色粘稠液體),收率66%。本發(fā)明的對(duì)得到的化合物進(jìn)行了結(jié)構(gòu)鑒定,其檢測(cè)結(jié)果見(jiàn)圖1-3,核磁共振氫譜,碳譜及質(zhì)譜圖。1H-NMR(CDCl3),400MHz:7.30(s,1H,ArH),6.27(s,1H,ArH),6.00(d,1H,ArH),3.84-3.86(m,2H,CH2OP),3.84-3.86(m,4H,CH2O+CHN),3.64-3.67(t,J=4.0Hz,2H,CH2O),2.70-2.74(t,J=8.0Hz,2H,ArCH2),2.60-2.63(t,J=8.0Hz,2H,CH2CN),1.95-1.97(t,J=4.0Hz,2H,CH2),1.17-1.26(m,12H,CH3)13C-NMR(CDCl3),100MHz:155.47,140.97,111.62,110.12,105.19,62.63,62.28,58.40,58.21,43.09,42.96,29.63,24.58,20.24.ESI-MS:ChemicalFormula:C16H27N2O3P,calc326.1759,detec326.1920(M+H+),345.20(M+H++NH4+)綜合以上分析,最終將式1化合物的結(jié)構(gòu)鑒定為2-氰乙基-N,N-二異丙基-呋喃丙醇亞磷酰胺酯,結(jié)構(gòu)如式(1)所示,為一個(gè)新的含有呋喃基團(tuán)亞膦酰亞胺酯。ChemicalFormula:C16H27N2O3PExactMass:326.1759MolecularWeight:326.37092、式(1)化合物在DNA端基修飾中的應(yīng)用步驟1:540毫克式(1)化合物溶于10毫升無(wú)水乙腈中,氮?dú)獗Wo(hù)下轉(zhuǎn)移至ABI3400DNA合成儀的端基修飾位試劑瓶中。輸入DNA序列:5’CCTAGATTCAGTTCAACTTG3’,執(zhí)行1μmol量級(jí)的合成。步驟2:合成完畢后將固相載體取出,分散在1毫升23%氨水中,55℃下密閉加熱2小時(shí),離心去除不溶物,溶液濃縮即得到粗產(chǎn)物。目標(biāo)產(chǎn)物通過(guò)高效液相分離,并通過(guò)ESI-MS進(jìn)行結(jié)構(gòu)信息表征。表1.式(1)化合物在DNA端基修飾中的應(yīng)用樣品計(jì)算分子量(g/mole)實(shí)測(cè)分子量(g/mole)DNA質(zhì)譜圖DNA60676065附圖4Furan-Modified-DNA62546253附圖5所有有機(jī)分子的結(jié)構(gòu)和純度均由核磁共振氫譜來(lái)確定,DNA的結(jié)構(gòu)信息由電噴霧解離質(zhì)譜來(lái)確定,反應(yīng)效率由高效液相色譜來(lái)確定。核磁型號(hào)為BrukerAMX400Spectrometer(500MHz),質(zhì)譜型號(hào)為Agilent6510Q-TOF,高效液相色譜型號(hào)為Waters2695,檢測(cè)柱型號(hào)為XBriageOligonucleotidesBEHC18(2.1mm×50mm;Column2.5um),淋洗條件如下:如圖6所示,未修飾DNA的HPLC譜圖,出峰時(shí)間為10.317分鐘;如圖7所示,經(jīng)過(guò)本發(fā)明的式(1)化合物修飾后的DNA的HPLC譜圖,出峰時(shí)間為14.245分鐘。綜上可知,式(1)化合物應(yīng)用于DNA的5’端修飾中,取得了良好的效果。實(shí)驗(yàn)表明該DNA端基修飾試劑具有較高的反應(yīng)活性和良好的底物適應(yīng)性,是一類(lèi)很有市場(chǎng)前景的核酸端基修飾試劑。
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