本發(fā)明屬于基因工程領(lǐng)域,具體涉及一種具有草銨膦抗性的谷氨酰胺合成酶基因的分離鑒定。
背景技術(shù):
草銨膦(glufosinate)是一種廣泛使用的有機(jī)磷類除草劑,其有效成分是phosphinothricin(簡稱ppt),l-ppt具有植物毒性,化學(xué)名稱為(rs)-2-氨基-4-(羥基甲基氧膦基)丁酸銨,是外消旋體混合物,屬滅生性仿生莖葉處理劑。草銨膦的研制與開發(fā)是與雙丙氨膦密切相關(guān)。雙丙氨膦是從鏈霉菌(streptomyceshygroscopicus)發(fā)酵液中分離提純的一種三肽天然產(chǎn)物,雙丙氨膦本身無除草活性,在植物體內(nèi)降解成具有除草活性的草銨膦。據(jù)此,德國艾格福公司直接合成草銨膦(glufosinate),成功開發(fā)出一個新除草劑品種。草銨膦制劑已被廣泛使用在非耕地防除多種一年生和多年生禾本科草和闊葉草(ahrenwhetal1994)。
由于草銨膦殺草譜廣,在環(huán)境中迅速生物降解及對非靶生物低毒,因此如何將其作為作物田苗后選擇性除草劑使用是十分必要的,而生物工程技術(shù)為此提供了可能。至今為止,在轉(zhuǎn)基因抗除草劑作物研究與推廣中,抗草銨膦作物僅次于抗草甘膦作物而居第2位,隨著抗草銨膦作物種植面積的繼續(xù)擴(kuò)大,對抗草銨膦基因資源的需求也日益增大。然而如今對抗草銨膦作物的研究主要集中于發(fā)掘新的bar或pat抗除草劑基因,對草銨膦的靶標(biāo)酶谷氨酰胺合成酶鮮有研究。
谷氨酰胺合成酶(gs,glutaminesynthetase;ec6.3.1.2)是生物體中最古老也是最廣泛存在的酶(kumadayetal1993),它參與許多生物體中的氮和碳代謝。且是生物體氮代謝的關(guān)鍵酶之一,而生物體維持生命必須要有氮代謝作用,因此該酶對生物體是至關(guān)重要的。gs基因在細(xì)菌、真菌、植物體中均被廣泛研究(streichersletal1980,sampiomjetal1979,staceygetal1979)。
對植物而言,谷氨酰胺合成酶是一個重要的解毒酶,可解除由硝酸鹽還原、氨基酸降解及光呼吸中釋放出的銨的毒性。在正常情況下,gs可以由atp及glutamate形成λ-glutamylphosphate。但在ppt處理后,ppt先與atp結(jié)合,磷酸化的ppt占據(jù)gs分子的8個反應(yīng)中心,使gs的空間構(gòu)型發(fā)生變化,從而gs的活性受到抑制。ppt能抑制gs所有已知的形式, 抑制的結(jié)果導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)氨積累、氨基酸合成及光合作用受抑制、葉綠素破壞;但主要是通過對rubp羧化酶/光呼吸作用迅速抑制造成引起植物死亡。除此之外,谷氨酰胺合成酶在植物體內(nèi)具有多功能效應(yīng),向植物體內(nèi)轉(zhuǎn)入有效的外源gs基因或是超量表達(dá)gs酶,可以提高目標(biāo)植物對草銨膦的抗性,同時也能增強(qiáng)植物抗土壤氮素貧瘠中、抗旱耐鹽、抗強(qiáng)光照等特性。
技術(shù)實現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的是提供一種具有對高草銨膦耐受能力的谷氨酰胺合成酶及其編碼基因,為進(jìn)一步通過基因工程的方法,構(gòu)建具有草銨膦抗性的轉(zhuǎn)基因植物提供基因資源。
本發(fā)明的申請人從華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國家重點(diǎn)實驗室保藏的海洋菌中篩到一株高谷氨酰胺合成酶活性菌株n10-1,經(jīng)16s鑒定該菌株為exiguobacteriumsp,申請人將該菌株命名為微小桿菌n10-1,exiguobacteriumsp.n10-1,于2016年4月1日送交中國.武漢.武漢大學(xué)中國典型培養(yǎng)物保藏中心保藏,保藏編號為cctccno:m2016163。通過設(shè)計引物從該菌株的基因組中直接擴(kuò)增得到exigs基因,該基因的核苷酸序列如seqidno:1所示,序列全長為1341bp,編碼446個氨基酸。該基因編碼的蛋白質(zhì)序列如seqidno:2所示。
將該基因連接到pgex-6p-1表達(dá)載體(購自美國gehealthcare公司)上,轉(zhuǎn)化大腸桿菌escherichiacolibl21(購自invitrogen公司),轉(zhuǎn)化后的重組菌能在含有400mm/l的草銨膦的培養(yǎng)基中生長,而空白對照則不能生長。申請人將這個基因命名為exigs基因,功能驗證表明exigs基因?qū)Σ蒌@膦具有很高的耐受性。除此之外,該基因所編碼的谷氨酰胺合成酶(簡稱為exigs)能在低溫下保持較高的活性,而且具有很好地?zé)岱€(wěn)定性。exigs最適ph為7.0,最適溫度為35℃,在15℃保有50%左右的活性,在5℃時仍有20%左右的活性。經(jīng)60℃處理一小時,相對活性仍剩余為50%左右。經(jīng)測定發(fā)現(xiàn)該酶對草銨膦的ki為2.43±0.14mm,ki/km為0.20±0.01,說明該基因?qū)Σ蒌@膦確實具有很高的耐受性,在轉(zhuǎn)基因植物中具有巨大的潛在應(yīng)用價值。
附圖說明
序列表seqidno:1是本發(fā)明分離的exigs基因的核苷酸序列和對應(yīng)的氨基酸序列(序列全長1341bp)。編碼446個氨基酸。
序列表seqidno:2是本發(fā)明分離的exigs基因編碼的蛋白質(zhì)序列。編碼446個蛋白質(zhì)。
序列表seqidno:3是鑒定微小桿菌n10-1的16srdna序列。
圖1:本發(fā)明涉及的起始質(zhì)粒pgex-6p-1的圖譜。
圖2:是本發(fā)明制備的重組質(zhì)粒pgex-6p-1-exigs的圖譜。
圖3:純化后的重組谷氨酰氨合成酶exigs的sds-page分析。附圖標(biāo)記說明:泳道1:標(biāo)準(zhǔn)蛋白分子量;泳道2.含有pgex-6p-1-exigs重組質(zhì)粒的大腸桿菌bl21(de3)的破細(xì)胞上清3.純化的谷氨酰氨合成酶exigs。
圖4:本發(fā)明的生物材料對草銨膦耐受性的試驗結(jié)果。附圖標(biāo)記說明:圖4中的a圖是含有起始質(zhì)粒pgex-6p-1的大腸桿菌對草銨膦耐受性結(jié)果;圖4中的b圖是含有重組質(zhì)粒pgex-6p-1-exigs的大腸桿菌對草銨膦耐受性結(jié)果。
圖5:谷氨酰氨合成酶的最適反應(yīng)溫度的測試結(jié)果。
圖6:谷氨酰氨合成酶的熱穩(wěn)定性的測試結(jié)果。
圖7:是谷氨酰氨合成酶的最適ph的測試結(jié)果。
圖8:是谷氨酰氨合成酶的ph穩(wěn)定性的測試結(jié)果。
具體實施方式
實施例1:產(chǎn)谷氨酰胺合成酶的天然菌株的篩選
(1)產(chǎn)谷氨酰胺合成酶的天然菌株的篩選:
申請人實驗室從山東青島附近海水中分離得到近200株海洋菌,將申請人所在的華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國家重點(diǎn)實驗室保藏的海洋菌株在高鹽lb(1%的蛋白胨,0.5%酵母培養(yǎng)物和2%nacl,ph7.0)平板上活化后,挑出單菌落在液體高鹽lb培養(yǎng)基中培養(yǎng),于28℃培養(yǎng)36小時后,用超聲波(30hz,400w)破碎細(xì)胞,分別對發(fā)酵后上清和細(xì)胞破碎后上清測定谷氨酰胺合成酶酶活(酶活測定方法如下所示)。經(jīng)實驗,篩選到一株編號為n10-1的高谷氨酰胺合成酶活性菌株,經(jīng)16s鑒定該菌株為微小桿菌屬(exiguobacteriumsp.)菌株高度同源,申請人將該菌株命名為微小桿菌n10-1,exiguobacteriumsp.n10-1,于2016年4月1日送交中國.武漢.武漢大學(xué)中國典型培養(yǎng)物保藏中心保藏,保藏編號為cctccno:m2016163。
(2)谷氨酰胺合成酶活性測定方法:
谷氨酰胺合成酶活性測定混合物:18mm鹽酸羥胺,0.36mmadp,25mm磷酸二氫鈉,135mmph7.0的咪唑-hcl緩沖液,0.27mmmncl2,利用1m的鹽酸或是2m的naoh調(diào)節(jié)至所需ph。
酶活力測定終止混合物:3.3%fecl3,2ml三氯醋酸,2.5ml濃鹽酸。
酶活測定:取80μl不加入酶液的混合物加入10μl200mm的l-谷氨酰胺于恒溫水浴鍋中保溫5min,再加入10μl酶液(需適當(dāng)稀釋以使反應(yīng)產(chǎn)生的谷氨酰羥肟酸(0.3-0.4mm左右),繼續(xù)保溫30min,立即加入100μl反應(yīng)終止液終止反應(yīng),搖勻離心后用多功能酶標(biāo)儀測定od540吸光值,以蒸餾水作對照。1u酶活力單位定義為在上述標(biāo)準(zhǔn)條件下,每分鐘催化形成1.0μmol-谷氨酰羥肟酸所需的酶量。
(3)16s鑒定步驟及引物
16s鑒定所用引物為通用引物27f,1492r。引物序列如下:
27f:5'-agagtttgatcctggctcag-3'
1492r:5'-ggttaccttgttacgactt-3'
pcr體系如下:
pcr條件:95℃預(yù)變性5分鐘;95℃30秒;60℃30秒;72℃60秒,30個循環(huán);72℃延伸10分鐘,4℃5分鐘結(jié)束。
(4)谷氨酰胺合成酶活性菌株n10-1的菌學(xué)特征:
谷氨酰胺合成酶活性菌株n10-1細(xì)胞呈短桿狀,屬于革蘭氏陽性菌,菌落酪黃色,光滑,邊緣規(guī)整,凸起。經(jīng)16srdna鑒定后屬于微小桿菌屬(exiguobacteriumsp.)本實施例以此菌為目的菌進(jìn)行后續(xù)試驗。
本實施例擴(kuò)增得到的16srdna序列,其核苷酸序列如seqidno:3所示。
實施例2:exigs基因在大腸桿菌中克隆、表達(dá)和純化
具體方法和步驟如下所述:
1、提取(exiguobacteriumsp)染色體dna:
(1)將分離的exiguobacteriumsp.菌株在高鹽【氯化鈉含量為100μl5mol/l,見步驟(4)】lb液體培養(yǎng)基于28℃下培養(yǎng)24小時后,取1.5ml菌液于一滅菌ep管中,在12000轉(zhuǎn)/分鐘離心1分鐘,棄上清,收集菌體。
(2)用tebuffer緩沖液(50mmol/ltris-hclph8.0,10mmol/ledtaph8.0)洗菌體2次,之后加入50μl100μg/ml溶菌酶(購于sigma公司)懸浮菌體,于37℃水浴一小時。
(3)加入520μltebuffer,30μl10%sds和3μl20mg/ml的蛋白酶k(購于sigma公司)混勻后,于37℃水浴一小時。
(4)加入100μl5mol/l的氯化鈉溶液充分混勻,再加ctab/nacl(10%ctab,0.7mnacl)溶液80μl混勻,于70℃水浴10分鐘。
(5)加入等體積的酚∶氯仿∶異戊醇(體積比為25∶24∶1),混勻,室溫下放置5-10分鐘。12000rpm離心10分鐘,抽提兩次。
(6)取上清加入2/3體積的異丙醇輕輕混勻,在12000轉(zhuǎn)/分鐘下離心10分鐘
(7)棄上清,沉淀用70%乙醇洗2次;置于室溫干燥后,溶于50μlte溶液中,置-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
2、表達(dá)載體pgex-6p-1質(zhì)粒的提?。?/p>
將含有質(zhì)粒pgex-6p-1(質(zhì)粒見圖1)的大腸桿菌dh5α菌株接種到含100μg/ml氨芐青霉素lb液體培養(yǎng)基中37℃培養(yǎng)過夜,取1.5ml菌液于一滅菌ep管中,12000分鐘/轉(zhuǎn)離心1分鐘,棄上清液,收集菌體。加入100μl溶液ⅰ(50mmtris-hcl,ph7.5,10mmedta,rnasea100μg/ml)充分混勻,然后加入溶液ⅱ(0.2mnaoh,1%sds)輕輕混勻,室溫下靜置3-5分鐘,最后加入溶液ⅲ快速混勻,在12000轉(zhuǎn)/分鐘離心5分鐘,收集上清;加入等體積的酚∶氯仿∶異戊醇(體積比為25∶24∶1),混勻,室溫下放置5-10分鐘,在12000轉(zhuǎn)/分鐘離心5分鐘;再次收集上清,加2/3倍體積的異丙醇混勻后在12000轉(zhuǎn)/分鐘離心5分鐘沉淀dna;棄上清,沉淀用70%乙醇洗1次;置于室溫干燥后,溶于50μlte溶液中,置-20℃保存?zhèn)溆?/p>
3、構(gòu)建重組表達(dá)載體pgex-6p-exigs:
(1)根據(jù)genebank報道的exiguobacteriumsp.的基因組擴(kuò)增exigs基因,引物序列如下:正向引物(f):5'-(bamhi)-cgcggatccatggccagaaaaacgttcacaaaagaag-3'反向引物(r):5'-(sali)-acgcgtcgacttagtagagcgtcatgtactgatcgcgt-3'(下劃線為酶切位點(diǎn));。以exiguobacteriumsp.基因組為模板,pcr擴(kuò)增exigs基因。
(2)pcr體系如下:
(3)pcr條件:95℃預(yù)變性5分鐘;95℃30秒;60℃30秒;72℃60秒,30個循環(huán);72℃延伸10分鐘,4℃5分鐘結(jié)束。
酶解pcr產(chǎn)物和質(zhì)粒載體pgex-6p-1:
pcr產(chǎn)物用限制性內(nèi)切酶bamhi/salii(購寶生物工程大連有限公司)酶解,酶解反應(yīng)(100μl)含有:10μl10x酶解緩沖液(購自寶生物工程大連有限公司),70μlpcr產(chǎn)物,3μl限制性內(nèi)切酶bamhi/salii,加水至終體積為100μl,在37℃下保溫3-5小時。質(zhì)粒載體pgex-6p-1酶解條件和體系同上一致。
(4)純化酶解產(chǎn)物:
按qiagen公司pcr純化試劑盒(qiaquickpcrpurificationkit)及操作程序進(jìn)行。具體過程:取400μlpb緩沖液(購自qiagen公司),與100μlpcr產(chǎn)物充分混勻后,上純化柱(購自qiagen公司),以12000轉(zhuǎn)/分鐘離心1分鐘,棄去流出液,再加750μlpe緩沖液(購自qiagen公司),用12000轉(zhuǎn)/分鐘離心1分鐘,棄去流出液,最后,加50μl無離子水,用12000轉(zhuǎn)/分鐘離心1分鐘,離心收集純化酶解dna。
純化質(zhì)粒pgex-6p-1酶解產(chǎn)物的方法參照實施例2中“純化酶解產(chǎn)物”的方法。
(5)連接:
20μl連接體系含有:
(6)轉(zhuǎn)化:
將連接混合物與100μl大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞dh5α混合,冰浴放置30分鐘,42℃處理90秒,加800μllb培養(yǎng)基(1%胰蛋白胨,1%nacl,0.5%酵母粉,ph7.0),37℃保溫1小時,鋪含100μg/ml氨芐青霉素固體lb平皿,37℃保溫14小時,挑取轉(zhuǎn)化子,抽提質(zhì)粒。
質(zhì)粒制備方法同實施例2中“表達(dá)載體pgex-6p-1質(zhì)粒的提取”
(7)序列測定:
以pgex-6p-exigs重組質(zhì)粒為模板,以pgex-6p-1的通用引物為測序引物,交由武漢擎科創(chuàng)新生物技術(shù)有限公司測序。
(8)序列分析:
測序結(jié)果通過blast比對發(fā)現(xiàn),擴(kuò)增得到的exigs基因全長1341bp(序列見seqidno:1),該基因編碼446個氨基酸,其完整的氨基酸序列與genebank上各種已報道的谷氨酰胺合成酶的氨基酸序列同源性比較,最高的為75.11%,屬于gsi-α類的谷氨酰胺合成酶(結(jié)果如圖6和圖7)。
實施例3:谷氨酰胺合成酶的表達(dá)與純化:
1、重組谷氨酰胺合成酶在大腸桿菌中的誘導(dǎo)表達(dá):
將重組質(zhì)粒pgex-6p-exigs轉(zhuǎn)化致大腸桿菌bl21(de3)中表達(dá)純化谷氨酰胺合成酶。將質(zhì)粒pgex-6p-exigs與100μl大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞bl21(de3)混合,冰浴放置30分鐘,, 42℃處理90秒,加800μllb培養(yǎng)基(1%胰蛋白胨,1%nacl,0.5%酵母粉,ph7.0),,37℃保溫1小時,鋪含100μg/ml氨芐青霉素固體lb平皿,37℃保溫14小時,挑取轉(zhuǎn)化子誘導(dǎo)表達(dá)谷氨酰胺合成酶。
將過夜活化的轉(zhuǎn)化子以1%的接種量轉(zhuǎn)接至1l含100μg/ml氨芐青霉素lb液體培養(yǎng)基中,37℃培養(yǎng)2-3hrs,使od600達(dá)到0.6-0.7,加入iptg至終濃度為0.2mm,18℃200轉(zhuǎn)/分鐘培養(yǎng)10小時。離心收集菌體,然后用pbs緩沖液(ph7.4,,140.0mmnacl,,2.7mmkcl,,10.0mmna2hpo4,,1.8mmkh2po4)洗滌一次,再用50mlpbs懸浮,然后用高壓破碎儀(thermofrenchcellpress)破細(xì)胞,收集細(xì)胞破碎液。4℃、12000轉(zhuǎn)/分鐘離心30分鐘,收集上清。對上清進(jìn)行初步活性試驗和sds-page檢測上清是否有目的蛋白表達(dá)。
2、利用親和層析方法純化谷氨酰胺合成酶:
采用gst融合蛋白純化試劑盒(購自pharmacia公司)操作(按試劑盒的說明書操作)。具體方法為:
(1)裝柱:取lml柱材料gshsepharose4b至層析柱中,用50mlpbs(ph7.4,140.0mmnacl,,2.7mmkcl,,10.0mmna2hpo4,1.8mmkh2po4)緩沖液過柱,平衡柱材料。
(2)上樣:將細(xì)胞破碎液的上清以0.5ml/min的流速過柱。
(3)洗脫:再用200mlpbs緩沖液過柱,洗脫沒有結(jié)合的蛋白。
(4)酶解:取10μl濃度為10u/μl的3c蛋白酶(購自pharmacia公司)與1ml的pbs緩沖液混勻,加入層析柱酶切,在4℃酶解16小時。
(5)收集蛋白:收集上次添加的pbs緩沖液,然后再加1mlpbs緩沖液第二次洗脫收集。pbs緩沖液中即溶有目的蛋白exigs;
(6)利用sds-page方法檢測重組谷氨酰胺合成酶純度。
濃縮膠濃度為5%,配制方法如下:
分離膠濃度為12%,配制方法如下:
取10μl純化的蛋白樣品,加等體積的蛋白上樣緩沖液(2×),沸水浴5-10min,然后上樣10μl電泳檢測。sds-page電泳檢測結(jié)果(圖3)表明,純化的蛋白為單一條帶,大小約為50.1kda。
(7)測定谷氨酰胺合成酶蛋白濃度:
采用bradford蛋白定量檢測試劑盒(購自上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司),按說明書測定谷氨酰胺合成酶蛋白濃度。
1)取4μl蛋白標(biāo)準(zhǔn)品(購自上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司)加pbs稀釋至100μl,使終濃度為200μg/ml;
2)取稀釋后的標(biāo)準(zhǔn)品按0,1,2,4,6,8,10,15μl的梯度濃度分別加到96孔板中,每孔加pbs補(bǔ)足至20μl,每孔蛋白含量分別為0,0.2,0.4,0.8,1.2,1.6,2和3μg,每個濃度梯度處理重復(fù)3次;
3)加適當(dāng)體積樣品到96孔板的樣品孔中,加pbs至20μl,重復(fù)3次;
4)各孔加入200μlbradfordreagent,混勻,室溫放置5min;
5)用預(yù)熱的酶標(biāo)儀(購自thermoscientific公司)測定od595讀數(shù);
6)繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,計算樣品的蛋白濃度;
7)計算獲得谷氨酰胺合成酶濃度為0.13mg/ml。
實施例4:草銨膦耐受性實驗:
為了驗證含有exigs基因的大腸桿菌對草銨膦的耐受,將含有重組質(zhì)粒的大腸桿菌bl21(de3)接種到添加有不同濃度的草銨膦的lb培養(yǎng)基中,含有原始空載質(zhì)粒的大腸桿菌作為對照。圖4結(jié)果表明,草銨膦對大腸桿菌的生長有明顯的抑制作用,轉(zhuǎn)exigs基因的大腸桿菌能在最高含有400mm的草銨膦的培養(yǎng)基中較好地生長。
實施例5:谷氨酰胺合成酶酶學(xué)性質(zhì)的測定
谷氨酰胺合成酶酶活測定方法如實施例1。
(1)谷氨酰胺合成酶最適溫度與熱穩(wěn)定性的測定:
谷氨酰胺合成酶最適溫度的測定是在ph7.0的反應(yīng)液中在不同溫度下測定酶活。熱穩(wěn)定性的測定是谷氨酰胺合成酶在50℃、60℃和70℃處理不同時間,再在最適溫度下測定酶活。圖5和圖6結(jié)果分別表明exigs的最適溫度為35℃,在50℃、60℃和70℃處理一小時后殘余酶活為85%、50%和20%左右。
(2)谷氨酰胺合成酶最適ph和ph穩(wěn)定性測定:
利用1m的hcl或2m的naoh將反應(yīng)液調(diào)節(jié)至不同ph,在最適溫度下反應(yīng)。ph穩(wěn)定性是將酶用不同ph的緩沖液處理不同時間,再在最適條件下測定酶活。圖7和圖8表明exigs的最適ph是7.0,在ph7的緩沖液中谷氨酰胺合成酶比較穩(wěn)定。
(3)谷氨酰胺合成酶的km和vmax測定方法如下:
分別配制缺少l-谷氨酰胺、鹽酸羥胺、adp的ph為7.0的反應(yīng)液。反應(yīng)時分別向體系中添加不同濃度的對應(yīng)底物。在最適溫度下測定酶活性,計算exigs在35℃的km和vmax。經(jīng)測定,exigs在35℃的km如表1所示。
表1谷氨酰胺合成酶的動力學(xué)參數(shù)
(5)各種化學(xué)試劑對exigs酶活的影響測定如下:
向反應(yīng)體系中添加不同濃度的金屬離子和化學(xué)試劑,然后按常規(guī)方法測定酶活。以未額外添加任何試劑的對照酶活為100%。結(jié)果表明(表2,表3),edta強(qiáng)烈抑制exigs的活性,高濃度的ni+,mg2+,co2+,cu2+,ba2+對exigs有非常明顯的抑制,nh4+,li+,na+,k+對exigs沒有影響。而且對sds,dtt,urea具有耐受性,加入后,仍有90%左右的酶活。
表2不同化合物對exigs酶活的影響
表3不同試劑對谷氨酰胺合成酶的影響
終上所述,本發(fā)明克隆得到的谷氨酰胺合成酶基因exigs具有高活性,耐低溫和高溫穩(wěn)定性好等突出特點(diǎn),并且能耐受較高濃度的草銨膦,本發(fā)明為抗除草劑轉(zhuǎn)基因植物的應(yīng)用提供了新的基因資源。
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