1.一種腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫的構(gòu)建方法,其特征在于:包括篩選出的207個(gè)突變基因,其基因名稱和染色體坐標(biāo)信息為:
PIK3CA 178936022~178936123
PTEN 89720698~89720821
SMAD4 48584554~48584676
RET 43613796~43613915
KDR 55972955~55973069
APC 112175146~112175266
ABL1 133738276~133738398
KIT 55561657~55561782
ERBB4 212578291~212578413
ERBB4 212589762~212589892
ERBB2 37880215~37880338
PTEN 89692812~89692937
ERBB4 212587137~212587252
PIK3CA 178938790~178938916
TP53 7573912~7574034
RB1 48955507~48955610
PDGFRA 55144075~55144200
NOTCH1 139390766~139390884
SMARCB1 24133956~24134062
CDKN2A 21971093~21971217
SMO 128850235~128850363
RET 43609063~43609195
SMO 128851501~128851625
PIK3CA 178952104~178952239
TP53 7579833~7579962
STK11 1221201~1221333
HNF1A 121431973~121432098
ATM 108206502~108206631
SMAD4 48575559~48575675
MPL 43814971~43815084
RB1 48942600~48942709
GNAS 57484399~57484502
PTEN 89624171~89624305
KDR 55960933~55961065
ATM 108155074~108155187
NPM1 170837504~170837614
FLT3 28610096~28610207
NRAS 115256507~115256582
KIT 55593418~55593548
ATM 108172363~108172473
KDR 55946091~55946206
MET 116340158~116340268
EGFR 55221795~55221917
ATM 108204573~108204683
PIK3CA 178927849~178927985
HRAS 534223~534306
FBXW7 153258904~153259021
APC 112175743~112175860
FGFR3 1808884~1809004
GNAQ 80409378~80409496
STK11 1220483~1220601
KRAS 25380245~25380363
FBXW7 153249358~153249475
PTEN 89720787~89720898
KRAS 25398189~25398302
EGFR 55241638~55241769
KDR 55980241~55980357
FGFR3 1808275~1808404
APC 112173865~112173988
ERBB4 212812073~212812181
ERBB4 212530054~212530178
SMARCB1 24145480~24145596
JAK3 17945619~17945732
PDGFRA 55152027~55152152
MET 116417430~116417540
ERBB2 37880951~37881082
ATM 108117766~108117865
ATM 108236159~108236284
BRA1 140481394~140481513
ATM 108218018~108218142
KDR 55953728~55953860
PTPN11 112888111~112888227
NOTCH1 139399337~139399459
STK11 1206980~1207102
KIT 55592143~55592251
PIK3CA 178916778~178916879
FGFR3 1806070~1806202
ABL1 133748282~133748415
EZH2 148508702~148508808
PIK3CA 178947814~178947917
KIT 55597425~55597544
AKT1 105246448~105246581
RB1 48923142~48923253
FGFR2 123274705~123274837
TP53 7578183~7578296
KIT 55599262~55599373
NRAS 115252189~115252299
ERBB2 37881327~37881451
TP53 7577018~7577149
RET 43615549~43615685
FBXW7 153247234~153247368
APC 112175318~112175441
SMAD4 48603029~48603130
KIT 55594156~55594291
JAK2 5073732~5073855
ATM 108137921~108138036
EGFR 55248968~55249088
SMAD4 48591817~48591929
FGFR1 38282143~38282252
PTEN 89717506~89717618
VHL 10183765~10183899
MLH1 37067210~37067331
ATM 108180900~108181021
CDH1 68847172~68847301
NRAS 115258678~115258813
CDH1 68835574~68835704
GNAS 57484549~57484684
APC 112174554~112174665
TP53 7578355~7578481
ABL1 133747443~133747574
MET 116403134~116403249
PTEN 89717669~89717778
CSF1R 149433573~149433707
EGFR 55211026~55211145
HNF1A 121431336~121431462
ALK 29432559~29432683
ABL1 133750297~133750423
STK11 1223017~1223142
KDR 55962447~55962546
PTEN 89685261~89685372
PIK3CA 178921462~178921573
RET 43609877~43610008
KRAS 25378552~25378656
RB1 49027098~49027217
ERBB4 212576802~212576908
RB1 48919182~48919310
FLT3 28608230~28608346
KIT 55602671~55602779
EGFR 55259510~55259626
VHL 10191422~10191536
EGFR 55232951~55233067
FGFR3 1807835~1807962
SMO 128846299~128846432
ATM 108170460~108170573
TP53 7579353~7579483
RB1 48953756~48953872
APC 112175923~112176033
SMAD4 48604661~48604772
PIK3CA 178951981~178952112
KIT 55593578~55593693
PTEN 89711807~89711930
BRA2 140453105~140453219
ERBB4 212652713~212652822
RB1 49033830~49033932
PDGFRA 55140984~55141101
FLT3 28592576~28592702
SMO 128845951~128846078
FGFR3 1803555~1803672
ATM 108236042~108236170
ATM 108200919~108201045
JAK3 17954110~17954231
PTPN11 112926838~112926959
PDGFRA 55144540~55144675
NOTCH1 139397765~139397882
PIK3CA 178928068~178928195
CDKN2A 21970943~21971064
SMAD4 48593402~48593517
ATM 108225549~108225667
SMARCB1 24143196~24143317
ATM 108119810~108119926
KDR 55955047~55955168
TP53 7577491~7577616
TP53 7578493~7578609
ATM 108123515~108123623
ALK 29443610~29443727
HRAS 533815~533928
ATM 108173618~108173740
RB1 49037828~49037944
KIT 55595452~55595581
FBXW7 153245408~153245517
FLT3 28602253~28602378
RB1 48941604~48941722
CTNNB1 41266032~41266145
ATM 108205722~108205835
JAK3 17947958~17948082
SMO 128845066~128845186
MET 116411881~116411995
APC 112175570~112175701
SMAD4 48581193~48581300
FGFR2 123279610~123279711
CSF1R 149452944~149453073
RB1 49039151~49039280
IDH2 90631827~90631952
STK11 1220313~1220448
ERBB4 212288879~212288989
KDR 55946253~55946369
AKT1 105241436~105241517
PIK3CA 178927408~178927523
SMAD4 48575071~48575194
GNA11 3118882~3119004
RET 43617317~43617431
MET 116423369~116423503
PIK3CA 178916934~178917033
SMARCB1 24176262~24176389
EGFR 55249083~55249202
KDR 55979536~55979662
MET 116339578~116339701
EGFR 55242414~55242538
FGFR2 123279420~123279542
FBXW7 153250818~153250928
FGFR1 38285854~38285973
FGFR2 123257942~123258066
VHL 10188189~10188304
CDH1 68846027~68846149
IDH1 209113103~209113210
SMAD4 48586254~48586359
SRC 36031668~36031799。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫的構(gòu)建方法,其特征在于:還包括擴(kuò)增權(quán)利要求1所述207個(gè)突變基因的引物,其堿基序列如SEQ ID NO.1~414所示。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫的構(gòu)建方法,其特征在于:還包括利用權(quán)利要求2所述的引物,用標(biāo)化的人基因組DNA作為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增、純化、分別定量后,均一等量混合207個(gè)PCR產(chǎn)物,將混合的PCR產(chǎn)物通過進(jìn)行片斷化處理,獲得大小為70-130 bp的DNA片斷,通過表面帶有鏈霉親和素標(biāo)記的磁珠來分離純化帶有生物素標(biāo)記的含有目標(biāo)基因DNA片斷,從而獲得帶有生物素標(biāo)記的捕獲文庫。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫的構(gòu)建方法,其特征在于:所述進(jìn)行片斷化處理的方法為超聲波打斷法。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫的構(gòu)建方法,其特征在于:所述PCR擴(kuò)增體系為:
2×GC 緩沖液 12.5uL
權(quán)利要求2所述的濃度為10uM的每組上下游引物 各0.5uL
濃度為10mM的dATP、dGTP、dCTP 各0.2uL
濃度為10mM的dTTP 0.15uL
濃度為1mM的Biotin-11-dUTP 0.5uL
Ex Taq 0.2uL
100ng標(biāo)準(zhǔn)的人基因組DNA模板 2uL
ddH2O 8.05uL
PCR擴(kuò)增條件為:
95℃、5min;95℃、30s,55℃、30s,72℃、30s,35個(gè)循環(huán);72℃、10min;4℃、∞。
6.利用權(quán)利要求1所述方法獲得的腫瘤相關(guān)突變基因的捕獲文庫。
7.利用權(quán)利要求5所述的捕獲文庫制備的腫瘤相關(guān)突變基因的檢測試劑盒。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的檢測試劑盒,其特征在于:包括以下試劑:
建庫試劑:KAPA Hyper Prep Kit Illumina platforms
封閉試劑:COT DNA、封閉引物
雜交試劑:Hybridiation 緩沖液
探針:權(quán)利要求5所述的雜交捕獲文庫
生物素親和磁珠:Invitrogen Dynabeads? MyOneTM Streptavidin T1
洗脫試劑:緩沖液1×SSC,0.1% SDS, 緩沖液0.1×SSC,0.1% SDS;
富集試劑:KAPA HiFi HotStart ReadyMix,Post-LM-PCR Oligos 1&2,5uM。