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一種基于illumina二代測序平臺的超快速DNA文庫構(gòu)建試劑盒的制作方法

文檔序號:12347826閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種基于illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,在打斷DNA樣品末端修復(fù)反應(yīng)中采用3-4酶的修飾酶系統(tǒng)進(jìn)行末端快速修復(fù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述DNA樣品末端修復(fù)反應(yīng)結(jié)束后不經(jīng)過純化,直接加入鏈接buffer及T4DNA鏈接酶進(jìn)行接頭鏈接。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述修飾酶為T4DNA聚合酶、T4多聚核苷酸激酶、Taq DNA聚合酶的組合;或者是T4DNA聚合酶、T4多聚核苷酸激酶、Klenow片段(3′→5′exo-)的組合;或者是T4DNA聚合酶、T4多聚核苷酸激酶、Taq DNA聚合酶、Klenow片段(3′→5′exo-)的組合。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述修飾酶各組分濃度分別是2U-5U T4DNA聚合酶、5U-15U T4多聚核苷酸激酶、1U-5U Taq DNA聚合酶、1U-5U Klenow片段(3′→5′exo-)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,修飾溫度第一階段為20℃-25℃,第二階段為65℃-75℃。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,修飾時間第一階段為5分鐘-40分鐘,第二階段為5分鐘-40分鐘。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述DNA樣品末端修復(fù)反應(yīng)所用的修飾bufer含有2%-8%的PEG6000。

8.根據(jù)權(quán)利要求2所述illumina二代測序平臺的DNA文庫構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述鏈接bufer含有2%-8%的PEG6000。

9.一種基于illumina二代測序平臺的超快速DNA文庫構(gòu)建方法,其特征在于,包括如下步驟:

(1)采用Covaris超聲打斷系統(tǒng)將樣品基因組DNA打斷,樣本要求:1ng-1μg打斷的雙鏈DNA,溶于EB(10mM Tris-HCl pH 8.0)或去離子水中;DNA純度要求:OD260/OD280=1.8~2.0;

(2)將步驟1打斷的DNA片段用多重DNA末端修復(fù)試劑進(jìn)行DNA末端修復(fù);

(3)向步驟2修復(fù)試劑的修復(fù)反應(yīng)液中加入文庫接頭及鏈接試劑進(jìn)行接頭鏈接;

(4)DNA片段的選擇性回收:采用PCR產(chǎn)物分離和純化試劑,包括在PCR反應(yīng)液條件下AMPure XP磁珠與PCR產(chǎn)物的結(jié)合,分離出DNA產(chǎn)物,然后分別經(jīng)過80%乙醇漂洗、EB或去離子水洗脫得到純化的DNA片段;

(5)PCR擴(kuò)增:采用多重PCR引物和多重PCR擴(kuò)增反應(yīng)試劑進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

(6)PCR產(chǎn)物的純化:采用PCR產(chǎn)物分離和純化試劑,包括在PCR反應(yīng)液條件下AMPure XP磁珠與PCR產(chǎn)物的結(jié)合,而分離出DNA產(chǎn)物,然后分別經(jīng)過80%乙醇漂洗、EB或去離子水洗脫得到純化的DNA樣本;

(7)文庫質(zhì)量檢測:通過Real-time PCR方法或使用熒光染料法對DNA文庫進(jìn)行定量。用瓊脂糖凝膠電泳或Agilent 2100Bioanalyzer或Fragment Analyzer全自動毛細(xì)管電泳系統(tǒng)檢測DNA文庫中的片段分布范圍。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述基于illumina二代測序平臺的超快速DNA文庫構(gòu)建方法,其特征在于,所述步驟2中所用的修復(fù)試劑為:T4DNA聚合酶,T4多聚核苷酸激酶,Taq DNA聚合酶,Klenow片段(3′→5′exo-),ATP,dATP,dCTP,dTTP,dGTP,Enhancer,10x T4DNA連接酶反應(yīng)緩沖液,修飾條件為22℃10分鐘,72度10分鐘;所述步驟3中文庫接頭Adapter濃度為15μM,若起始DNA樣本量少于100ng,Adapter濃度為1.5μM,所述鏈接試劑為ATP,Enhancer,10x T4DNA連接酶反應(yīng)緩沖液,鏈接溫度為20℃溫浴15min;所述步驟5中PCR擴(kuò)增反應(yīng)試劑為ExHiFi Reaction Buffer,ExHiFi Hot Start DNA Pol,DMSO,Enhancer,dATP,dCTP,dTTP,dGTP;引物為Index primer,Univesial primer。

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