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一種達(dá)氏鱘微衛(wèi)星標(biāo)記及其篩選方法和應(yīng)用與流程

文檔序號(hào):12249847閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種達(dá)氏鱘微衛(wèi)星分子標(biāo)記,其特征在于,所述分子標(biāo)記具有SEQ ID No.1-8中任意一條或多條的核苷酸序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述達(dá)氏鱘微衛(wèi)星分子標(biāo)記在達(dá)氏鱘遺傳多樣性分析、遺傳圖譜的構(gòu)建、基因定位、品種鑒定、種質(zhì)保存、數(shù)量性狀基因的分析、親子關(guān)系鑒定中的應(yīng)用。

3.一種篩選如權(quán)利要求1所述達(dá)氏鱘微衛(wèi)星分子標(biāo)記,其特征在于,包括以下步驟:

(1)達(dá)氏鱘cDNA文庫(kù)的構(gòu)建:用TRIzol試劑盒提取達(dá)氏鱘組織RNA、構(gòu)建達(dá)氏鱘轉(zhuǎn)錄組文庫(kù);

(2)測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制:高通量測(cè)序得到的原始圖像數(shù)據(jù)經(jīng)Illumina Casava堿基識(shí)別軟件分析轉(zhuǎn)化為原始測(cè)序序列,隨后對(duì)原始序列進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估及統(tǒng)計(jì);

(3)組裝:原始測(cè)序序列(raw reads)經(jīng)過(guò)濾處理得到高質(zhì)量測(cè)序序列(clean reads),采用Trinity軟件對(duì)clean reads進(jìn)行拼接得到轉(zhuǎn)錄本序列,取每條基因中最長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本作為unigene;

(4)SSR檢測(cè):對(duì)于已經(jīng)組裝好的數(shù)據(jù),用QDD3軟件進(jìn)行SSR檢測(cè),并設(shè)計(jì)SSR引物,鑒定其在不同達(dá)氏鱘個(gè)體中的多態(tài)性,篩選出具有穩(wěn)定性和多態(tài)性的引物。

4.一種適于權(quán)利要求1所述分子標(biāo)記的特異性引物,其特征在于,具有SEQ ID No.9-24中任意一條或多條的核苷酸序列。

5.一種利用權(quán)利要求4所述的引物分析其在不同達(dá)氏鱘個(gè)體中的多樣性的方法,其特征在于,包括以下步驟:

(1)實(shí)驗(yàn)材料的準(zhǔn)備:達(dá)氏鱘采樣,并分別提取用于檢測(cè)分析的每個(gè)個(gè)體的基因組DNA;

(2)PCR擴(kuò)增:利用權(quán)利要求2所述的引物,以提取的不同個(gè)體的基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng),94℃預(yù)變性5分鐘,94℃變性30秒,退火30秒,72℃延伸30秒,變性至延伸三個(gè)步驟重復(fù)32次,最后72℃充分延伸8分鐘,4℃保存;

(3)電泳檢測(cè):對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行聚丙烯酰氨凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè),對(duì)于有多樣性的引物進(jìn)一步用熒光標(biāo)記進(jìn)行分型以確認(rèn)條帶大??;

(4)結(jié)果分析:用ATetra軟件計(jì)算期望雜合度,Shannon-wiener多樣性指數(shù)以及檢測(cè)哈迪-溫伯格平衡,以此來(lái)描述達(dá)氏鱘相關(guān)微衛(wèi)星DNA多態(tài)性的特征。

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