本發(fā)明涉及個(gè)體識別與家系分析技術(shù)領(lǐng)域,尤其是用于基于基因組snp密集區(qū)dna序列堿基組成的個(gè)體識別與家系分析的引物及其應(yīng)用。
背景技術(shù)：
目前，個(gè)體識別和家系推斷分析廣泛應(yīng)用于日常生活中，尤其是在刑事案件偵查、犯罪嫌疑人篩選、親子鑒定等領(lǐng)域，隨著各方面對司法訴訟活動的科學(xué)性、客觀性以及準(zhǔn)確性要求的不斷提高,物證鑒定領(lǐng)域不斷發(fā)展,要求更為精確的分析手段來對案件中檢材的個(gè)體來源進(jìn)行確定,dna分析由于其檢驗(yàn)結(jié)果精確,成為物證鑒定領(lǐng)域的重要技術(shù)手段。
隨著現(xiàn)代化進(jìn)程的不斷加速,多種個(gè)體識別技術(shù)，如指紋、虹膜等已經(jīng)應(yīng)用于日常的考勤、通訊終端和安全支付領(lǐng)域。然而，目前廣泛使用的個(gè)體識別和家系推斷分析技術(shù)在準(zhǔn)確性和抗干擾方面都存在一定的不足，如指紋和虹膜識別技術(shù)雖然能夠快速識別個(gè)體，但由于分辨率和必須使用可識別器官（如手指、眼睛等）的限制，這些技術(shù)很難應(yīng)用于犯罪嫌疑人篩選、親子鑒定等對準(zhǔn)確性要求極高的領(lǐng)域；雖然目前dna指紋技術(shù)已經(jīng)廣泛用于刑事案件偵查、犯罪嫌疑人篩選和親子鑒定等領(lǐng)域，但dna指紋技術(shù)難以排除dna污染、檢測位點(diǎn)存在遺傳連鎖、pcr擴(kuò)增引入的堿基錯(cuò)配、突變、pcr產(chǎn)物質(zhì)量等造成的鑒定誤差，因此急需一種更加準(zhǔn)確可靠的鑒定技術(shù)。
單核苷酸多態(tài)性（snp）在人類基因組中廣泛分布，平均1000bp就含有一個(gè)snp位點(diǎn)，這些snp位點(diǎn)記錄了人類不同時(shí)期發(fā)生的基因組突變信息；另外，這些snp位點(diǎn)在人類基因組中分布不均勻，有些特定的區(qū)域snp位點(diǎn)高度密集，這些區(qū)域較適合用于個(gè)體識別和家系分析。因此，通過pcr擴(kuò)增獲得snp位點(diǎn)密集區(qū)域并分析這些snp位點(diǎn)的堿基組成情況，不僅能夠建立準(zhǔn)確的個(gè)體特異性snp位點(diǎn)堿基組成用于個(gè)體識別，還可以根據(jù)snp位點(diǎn)的堿基組成計(jì)算不同個(gè)體之間的兩兩進(jìn)化距離，從而推斷個(gè)體之間的家系親緣關(guān)系。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：
本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一組擴(kuò)增人類基因組中snp密集區(qū)的引物堿基序列及其在個(gè)體識別與家系分析中的應(yīng)用。利用本發(fā)明提供的引物序列擴(kuò)增相應(yīng)染色體dna片段并進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析的方法非常精準(zhǔn)。可以做為物證鑒定領(lǐng)域的重要技術(shù)手段。
用于進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析的引物序列，包括用于擴(kuò)增人類3號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列3011f如seqidno：1所示和3011r如seqidno：2所示；
用于擴(kuò)增人類6號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列6011f如seqidno：3所示和6011r如seqidno：4所示；
用于擴(kuò)增人類7號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列7011f如seqidno：5所示和7011r如seqidno：6所示；
用于擴(kuò)增人類8號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列8011f如seqidno：7所示和8011r如seqidno：8所示；
用于擴(kuò)增人類10號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1011f如seqidno：9所示和1011r如seqidno：10所示、1021f如seqidno：11所示和1021r如seqidno：12所示；
用于擴(kuò)增人類11號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1111f如seqidno：13所示和1111r如seqidno：14所示；
用于擴(kuò)增人類13號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1311f如seqidno：15所示和1311r如seqidno：16所示；
用于擴(kuò)增人類14號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1412f如seqidno：17所示和1411r如seqidno：18所示；
用于擴(kuò)增人類15號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1511f如seqidno：19所示和1511r如seqidno：20所示；
用于擴(kuò)增人類16號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1611f如seqidno：21所示和1611r如seqidno：22所示、1621f如seqidno：23所示和1621r如seqidno：24所示、1631f如seqidno：25所示和1631r如seqidno：26所示；
用于擴(kuò)增人類17號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1711f如seqidno：27所示和1711r如seqidno：28所示、1721f如seqidno：29所示和1721r如seqidno：30所示、1731f如seqidno：31所示和1731r如seqidno：32所示；
用于擴(kuò)增人類18號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列1811f如seqidno：33所示和1811r如seqidno：34所示、1821f如seqidno：35所示和1821r如seqidno：36所示；
用于擴(kuò)增人類20號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列2011f如seqidno：37所示和2011r如seqidno：38所示、2021f如seqidno：39所示和2021r如seqidno：40所示；
用于擴(kuò)增人類21號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列2111f如seqidno：41所示和2111r如seqidno：42所示、2121f如seqidno：43所示和2121r如seqidno：44所示、2131f如seqidno：45所示和2131r如seqidno：46所示；
用于擴(kuò)增人類22號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列2211f如seqidno：47所示和2211r如seqidno：48所示；
用于擴(kuò)增人類x號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列x11f如seqidno：49所示和x11r如seqidno：50所示、x21f如seqidno：51所示和x21r如seqidno：52所示、x31f如seqidno：53所示和x31r如seqidno：54所示、x41f如seqidno：55所示和x41r如seqidno：56所示；
用于擴(kuò)增人類y號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物序列y11f如seqidno：57所示和y11r如seqidno：58所示、y21f如seqidno：59所示和y21r如seqidno：60所示、y31f如seqidno：61所示和y31r如seqidno：62所示。
上述引物在進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析中的應(yīng)用，包括以下步驟：
（1）用上述引物分別對受檢對象基因組中相應(yīng)的3號、6號、7號、8號、10號、11號、13號、14號、15號、16號、17號、18號、20號、21號、22號、x和y染色體進(jìn)行pcr擴(kuò)增得到相應(yīng)染色體上的snp密集區(qū)dna片段：
每25微升pcr反應(yīng)體系分別含有1×pcr緩沖液（pcrbuffer）、1.5mmmgcl2、各0.4μmdntp、各1.0μm引物、0.5utaq酶和10ng受檢對象基因組dna模板。pcr擴(kuò)增的反應(yīng)條件為：94℃預(yù)變性5min，隨后跟30個(gè)循環(huán)的常規(guī)pcr程序（94℃變性1min，52～58℃退火30s，72℃延伸30s），最后72℃反應(yīng)10min。每對引物重復(fù)擴(kuò)增2次，擴(kuò)增得到的pcr產(chǎn)物經(jīng)濃度1.5%的瓊脂糖凝膠120v穩(wěn)壓水平電泳30min檢測擴(kuò)增效果。同一對引物的兩次pcr重復(fù)擴(kuò)增都能夠得到明亮的目的條帶，則將兩次pcr擴(kuò)增產(chǎn)物混合后用測序儀進(jìn)行測序。
（2）對所述dna片段進(jìn)行測序分析得到每個(gè)個(gè)體特異的snp堿基組成特征；
（3）根據(jù)snp堿基組成特征建立用于個(gè)體識別的snp堿基組成；
（4）根據(jù)所述snp堿基組成計(jì)算不同個(gè)體之間的遺傳距離進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析。
根據(jù)測序得到的峰圖和dna序列信息，與參考基因組序列進(jìn)行比對，獲得snp堿基組成做為用于個(gè)體識別的snp堿基序列。同時(shí)通過將獲得的dna片段的堿基序列與已知來源的對應(yīng)dna片段的堿基序列進(jìn)行比對并計(jì)算兩兩進(jìn)化距離，能夠確定備檢樣品的親緣關(guān)系。
由上述可知在已知多個(gè)個(gè)體的家系snp堿基組成特征時(shí)，通過計(jì)算snp堿基組成的兩兩遺傳距離，可以推斷未知家系來源的個(gè)體的最近家系和親緣關(guān)系情況。
本發(fā)明提供了一種基于人類個(gè)體基因組中snp位點(diǎn)差異進(jìn)行精準(zhǔn)的個(gè)體識別與家系分析的技術(shù)方法。
擴(kuò)增人類3號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對3011f（引物序列為：5，-ttcacccaatgaagtcccgc-3，）和3011r（引物序列為：5，-tttggtggggaatccaggaa-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為3a如seqidno：63所示（斜體加粗堿基序列為引物序列，正體加粗堿基為備選snp位點(diǎn)，下同）：5，-ttcacccaatgaagtcccgccttcgacgcacaatgcttgtagccaaagtcacctgcatcatcatttggctgctggcaggcttggccagtttgccagctataatccatcgaaatgtatttttcattgagaacaccaatattacagtttgtgctttccattatgagtcccaaaattcaacccttccgatagggctgggcctgaccaaaaatatactgggtttcctgtttccttttctgatcattcttacaagttatactcttatttggaaggccctaaagaaggcttatgaaattcagaagaacaaaccaagaaatgatgatatttttaagataattatggcaattgtgcttttctttttcttttcctggattccccaccaaa-3，。
擴(kuò)增人類6號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對6011f（引物序列為：5，-ctagccccacgtcacttcag-3，）和6011r（引物序列為：5，-atacgcacatgatcgcctgt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為6a如seqidno：64所示：5，-ctagccccacgtcacttcagctgcggtcccagatcgaagtaagcacaatgactttaatcatctagttttgcttctgccttttttttttaagtgacactctgtacaaatcagatgaagcctgctcctctgaccacactgactatacgaatcttctctcgtaggagtcgcttggcttctgtagcgccgtgtcaaccccagaagtggaaagaaagtaagtctttctccctctgcccaggaccaccttccaagaaggtgtcttttaggtccatgatgacggaaatcaaacaggcgatcatgtgcgtat-3，。
擴(kuò)增人類7號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對7011f（引物序列為：5，-ctccggagcctggtgtcta-3，）和7011r（引物序列為：5，-atctcacctgggctgctttt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為7a如seqidno：65所示：5，-ctccggagcctggtgtctaggcctgaccactgcactgcactgcctcccacgaggctgtctgcagtcaccgtcagatccgtgggctgttatcctgtgaggaggcatgtacctctccctatagctcggagcctggcgtcattactgcaacgtcacgggctgaatgcacaggcggcttagaagattttattttccccacaccatcctctcctgttagaaagaggaaaggcatgaattaagttgggataggtgatgcaaagccctgccgttactactattgttgaaaagttcacgggagaaagttgtaaacgcaactagttagcccggagaaaagaactgccctgtcttgttggatgacgattacataagaataactccacaagaaggaaaagcagcccaggtgagat-3，。
擴(kuò)增人類8號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對8011f（引物序列為：5，-catgagggtttttgccttggag-3，）和8011r（引物序列為：5，-gatgcccacatttctgacctctt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為8a如seqidno：66所示：5，-catgagggtttttgccttggagtaagaaaaccactgagactcagtgttcaaggtcacctgggggatgggtgtgtgagctgtggctcagctccacacccttgcagggccgttgccaaggtgcacatgtgcatctgagtgtgcctcaggcccatgggtgcctgtgttctagcaaaggaaagtggtaaagaggaaaggatgcagagtcacaactgtgaggttcagctcctgaccctggggctcaccagctgggtggccccgagcaaactccttcccttttctctttagcatctcttctgtctgtaaaatgaagaggtcagaaatgtgggcatc-3，。
擴(kuò)增人類10號染色體上snp密集區(qū)dna片段的兩對引物1011f（引物序列為：5，-acctaagttggaaacatggct-3，）和1011r（引物序列為：5，-tgcagcaagttactccccat-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為10a如seqidno：67所示：5，-acctaagttggaaacatggctttttgagtgtcttcattcacagatgcagtcacaaaatattaatactctttttttgaacatgacaaaacaaagtattcatttaaacctcctttgtccacgtccatggtaaaagagcacctcaggcaggggagaaaaaaaaaaaaaactggtcccttgagaattactttatcctttgcatttgcatatagtttgaattcataattaggctatttttattggctagcagctgtattatcatataaatccctgaatatgtaatttggagtcatttagaccagtcgtcccacagtaaccctgggaagcacgtgagcagcgtcagcgtctttctcgaggaagaaaatgaagatggggagtaacttgctgca-3，；1021f（引物序列為：5，-acatgtacaatgtgagctgctg-3，）和1021r（引物序列為：5，-agatgtggcttccgggatgt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為10b如seqidno：68所示：5，-acatgtacaatgtgagctgctgagccactctttcaggcaaaaattcaagggccagaggaaattattgctccaaatatcaccatcactcaggactgcaatgtaaactttagaaatgccttctcaggtaatggaaggttatccaaatatttttcgtaagtatttcaaatagcaatggctcgtctatggttagtctcgcagccacattctcagaactgctcaaaccctggccctgcaaagctgccggttcattaataagacgggacatcccggaagccacatct-3，。
擴(kuò)增人類11號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對1111f（引物序列為：5，-ctgtgtccctgtgtgctacc-3，）和1111r（引物序列為：5，-agacatatgggggcatgtgg-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為11a如seqidno：69所示：5，-ctgtgtccctgtgtgctaccagtgcaagatctgaggctctagtgggaaacctcaggtagctcccgaagatctgtgctttccaacaagtgactacccttgaagcacatccccttctggatctgaaaagagcccttggctcagggcgtctttttccagcccctgaggaaaaggaatgaaccactccctgcccattccctataagaatatcccaagacccaggcaattttgcccctctttcccacatgcccccatatgtct-3，。
擴(kuò)增人類13號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對1311f（引物序列為：5，-cactggttcaaggttctggagt-3，）和1311r（引物序列為：5，-tgcatcctgtcctccacagt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為13a如seqidno：70所示：5，-cactggttcaaggttctggagttctccatgaaacttgggttaattttgctcagagtatccaggagttagccactaggctgcgggtgaaatgggatggagtagaacaacagcaggcttcctggagccacatgggctgactagggcactctgtggctggcctggcacgggctcagcccaggaagaggagaaacgatcccttgcctgcccctccctgtggcagggctaactgcctggccctcctggctcgcagccagccagccccctggcagcaggttctcctcagggcttgggtcttcaacctgtggcgacaggaggcagggcagactgtggaggacaggatgca-3，。
擴(kuò)增人類14號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對1412f（引物序列為：5，-acacgctcacatacacaggaaa-3，）和1411r（引物序列為：5，-agtgttcctttcctgcatccaa-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為14a如seqidno：71所示：5，-acacgctcacatacacaggaaagtgaacagtctctctggagccccacagccaatgggatattctgaattagcaccatacatagaaccagaggaagttttcatagagcatcctgggcacaaagttcattttctgtacttataaggcgatctgctccgtgagaaagctgccgtgtagagctggagttgagagtcgtgggtttatcccatcatttacaactactgattgattgccttttaaaatatgaacacatttattaagaaccacaacaaaacccattcctgattaaaggatatctttttcttatcactggccctagccagtgattgttcttcaaccaagagctgggaggagtgctcctaagcaaagattttggatgcaggaaaggaacact-3，。
擴(kuò)增人類15號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對1511f（引物序列為：5，-tggttgctaaacccaccaatct-3，）和1511r（引物序列為：5，-tccagtgcaagacaagcgat-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為15a如seqidno：72所示：5，-tggttgctaaacccaccaatcttttaagacttagatgtagaaacccatgaaccaggcagatggggtgttagcaacaacatccattcacccagctcctccccagaagtagaggcaggaatatctcctctttgcaaggcatacatccactcccaaagcaaagaaccctagattgcataaagctccaactcaatggccctccttttacctgcctcatctctctgggatagggcagagaaggagcactctttccttgtcccttctgaccttagctatggaacctctgctgtcttttcctgacattctccttcttctatctgtatcccttactgcatttttgcactgcagttcagtggctccattgtgcccgcaataacacatccacttctttcaatcgcttgtcttgcactgga-3，。
擴(kuò)增人類16號染色體上snp密集區(qū)dna片段的三對引物1611f（引物序列為：5，-tgggtcgtggagaggtctat-3，）和1611r（引物序列為：5，-gcagcagtaaccagcaacac-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為16a如seqidno：73所示：5，-tgggtcgtggagaggtctataaggaacagagagctctgcctttctttactcagtcaataagttttttgagcaccagccatgtgccagatactgtgctaggctcaccttctgaaatccgtctcggaagacacaaggaacctctgaattggagatggtctaagtccattaataagcattttttgaacaatatttactttgttagttttgacgagaaattagaagaattagataggacccttgttttcaaaaagttgtcagcatgggaggaagaaaacagagagtcttgaccgtagaggggacaacaaagaatgagcttcaaggtatgattaggagtgttgctggttactgctgc-3，；1621f（引物序列為：5，-aaggtttgaaggaggttagggt-3，）和1621r（引物序列為：5，-gccacctatgggctcttctt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為16b如seqidno：74所示：5，-aaggtttgaaggaggttagggtattaacatttcaaaagccatttggggtataggaaacatttgtgtatgagcaaggaggaaagaaatttgaggagcagagaatagaacagtgtagctgaaatacaagatggtggggagggagtagagtggaagacaggcactatgggaagtcagcaccaggtctgggggccgctgaatgccaagctgggaatcttaaatgttaaggaacaaggtcatacaatgaatggtgtgatgtaaacgcttgggaggcgatttctgagggtaggtgctgggtttaatggaaggagaaataagaagagcccataggtggc-3，；1631f（引物序列為：5，-gtccagcctctgcttcctg-3，）和1631r（引物序列為：5，-tttaaggccaaagccctggt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為16c如seqidno：75所示：5，-gtccagcctctgcttcctgggcgccatcgccgtggaccgctacatctccatcttctacgcactgcgctaccacagcatcgtgaccctgccgcgggcgcggcgagccgttgcggccatctgggtggccagtgtcgtcttcagcacgctcttcatcgcctactacgaccacgtggccgtcctgctgtgcctcgtggtcttcttcctggctatgctggtgctcatggccgtgctgtacgtccacatgctggcccgggcctgccagcacgcccagggcatcgcccggctccacaagaggcagcgcccggtccaccagggctttggccttaaa-3，。
擴(kuò)增人類17號染色體上snp密集區(qū)dna片段的三對引物1711f（引物序列為：5，-cggggcccacaccttagt-3，）和1711r（引物序列為：5，-ccatgggacgcaggattaagt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為17a如seqidno：76所示：5，-cggggcccacaccttagtccttctgcatcagctttctgaagctggagttctgagagcagcctccctcgactagctcacactacgataaggaaaattcatgagctggtgtccaaggagggctgggtgactcgtggctcagtcagcatcaagattcctttcgtctttcccctctgccctccctggcttgtcagctttgtccctcaggcttggcccctcgtggccctaagatcattgtcatggttttgtctgctgacaaaacactgctgacatgttaaatcttttttgggaatcattgagaaaacctttccccagcgcacccagtggatatgccctcctctgccactggcaagaggataggctaactgactgccttaggcagatcatgacttaatcctgcgtcccatgg-3，；1721f（引物序列為：5，-gggggctttctctaaagcctat-3，）和1721r（引物序列為：5，-cccctctttacatcccttcgt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為17b如seqidno：77所示：5，-gggggctttctctaaagcctatctagtactgataaagaagaagctgagatctagagaaatgaagagtcttactagggtcataaacccagtctgctgcagattgaaccaaaatttcagaggggacatctctacgtgatgctgagacctaaaactggccatggttacctagtatctaaagcgatgctgttccgccaactctacggagttccacgaagggatgtaaagagggg-3，；1731f（引物序列為：5，-caccacaaacgcgaagcat-3，）和1731r（引物序列為：5，-acgtgcatctgagtgtgagaa-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為17c如seqidno：78所示：5，-caccacaaacgcgaagcatccgcaggagcacccgggggtgcaggttctggggagcggaggccccgagctgaggtgacacgggccgctccgtttaaaaacagcctttcactgtcaagctagagtctgtccgactgtctgtgtgctgcatgtggatctgtttttccatgtgagctttggggaacaccagtttgagcacagagattcagaagggcagcccagaccaccaggctgaagcagctagagaactctgtacgtggtcaccaggggacgcctggcgctgcgagggaggccccgagcctcgtgcccccgtgaagcttcagctcccctccccggctgtccttgaggctcttctcacactcagatgcacgt-3，。
擴(kuò)增人類18號染色體上snp密集區(qū)dna片段的兩對引物1811f（引物序列為：5，-acggttctgtcctgtagggg-3，）和1811r（引物序列為：5，-gtagacaaccatctcgctgc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為18a如seqidno：79所示：5，-acggttctgtcctgtaggggagaaaagtcctcgttgttcctctgggatgcaacatgagagagcagcacactgaggctttatgggttgccctgccacaagtgaacaggtcccagcatgaaagcagggacaagaaaattgagctcgtgacctccgtccagtgggccctttgattcattctttctttttgtctcactgtgtcatcatatctccctgaactcagctccagattgaaacgtagctgtaaccgcagctaaccaacaggcttcccttgaacaggccgaaaggtacagggtgagtctattttgtgactctgtggaggcgtgggcagcgagatggttgtctac-3，；1821f（引物序列為：5，-gcaaaggcaagatgacaggtg-3，）和1821r（引物序列為：5，-actagagccaatggccaatcc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為18b如seqidno：80所示：5，-gcaaaggcaagatgacaggtgagaatggggcaggagcacaaggccccaggggtctcaccatagctctgcactgtatctccagcccttgttctttacactcataccctcccaaacgaggcctcatgagccacctgtaggctcagaatggcaatgaagggaggccacctccctcccacctgcaggtgggcagtatccttgcaaaccttctaccaggctggtcctgggctgggctctgctgccagcagctccagttggtacttgggttacattgtccctgctccaacgcatccttctagttaaatgataactgtaggccataatactcttgagtacatggttgacatttggccattttataggtccagcagatggctgtggattggccattggctctagt-3，。
擴(kuò)增人類20號染色體上snp密集區(qū)dna片段的兩對引物2011f（引物序列為：5，-tgatggtcgtggtcgtcttt-3，）和2011r（引物序列為：5，-taggggaagggctcctcaga-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為20a如seqidno：81所示：5，-tgatggtcgtggtcgtctttgtgctctgctggatgcctttctacgtggtgcagctgctgaacctcttcgtgaccagccttgatgccaccgtcaaccacgtgtcccttatccttagctatgccaacagctgcgccaaccccattctctatggcttcctctccgacaacttccgccgattcttccagcgggttctctgcctgcgctgctgcctcctggaaggtgctggaggtgctgaggaggagcccctggactactatgccactgctctcaagagcaaaggtggggcagggtgcatgtgccccccactcccctgccagcaggaagccctgcaaccagaacccggccgcaagcgcatccccctcaccaggaccaccaccttctgaggagcccttccccta-3，；2021f（引物序列為：5，-ccctcaggaacaggggagtt-3，）和2021r（引物序列為：5，-ggagtcccagtaccctctctt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為20b如seqidno：82所示:5，-ccctcaggaacaggggagttagaagcccccaaagtgaggatcccagtgctttttttttctgaagccctttcatattttatgcctatagaagcttagggtcttaatacattcatttctgcatgggtggggtttcagtctgcaacaagatcttgtagggatgctatcgctggctattaggtgatcacagttctgtgcattgtctcacccagtcctcacagtaactccaaagacaggttgtattatgatcctattctatagatgaaggaacttaggaaagtcacacatccaggccatacaggtagagagtgatgaagccaagacttgaggcgaggtctttttgattccaggtatggattggctgattataactgcttcttttgtgataagagagggtactgggactcc-3，。
擴(kuò)增人類21號染色體上snp密集區(qū)dna片段的三對引物2111f（引物序列為：5，-atgagaaggtgagtgtgccg-3，）和2111r（引物序列為：5，-tgctgtgtttgaatggtttcct-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為21a如seqidno：83所示：5，-atgagaaggtgagtgtgccgttacaggttttcattttagtctttaaaaagacaatcatgatcaaagagctaccacaaaatgaaaaataacaatgagaaagtttgcttgatatgcttttgctttaggggccccacgttagtgtgattccactctttgttaagtacacagtgtttcacaaaacacaattaagttcctaaggagatatctctgttgaatgtaatggcaagtagaatctcaagaaggcttggttacaagatcctaaaccttaattcgtatacatgatgggtctgtcaataagtaggaaaccattcaaacacagca-3，；2121f（引物序列為：5，-gctgcccaattccagacaac-3，）和2121r（引物序列為：5，-cccagaatttcaatcgctctcg-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為21b如seqidno：84所示：5，-gctgcccaattccagacaacatgttttccaggaaaacacacacgcgcgcgcgcacacacacacacacacacacacagacacgcctcttgtgtgctggtccattctcttgtaaccatgtcaggtgaaggaacagccccgaggaaaggggcgcggggttgtccagtatccctctctgcacctagggcatcgctccttctccagccttcactgcccaaagccccaggtccctgaggagcaaaggtgatggttctagggcaggaggggaaaaacagagctcagtgtggaagaaagagaaaactggaggctaaatgccaggaaatcaccagagggagagaatgggaggaaagaaaggaacatttccagttttggaatatacgagagcgattgaaattctggg-3，；2131f（引物序列為：5，-gatgagaatcagaacaaaggcca-3，）和2131r（引物序列為：5，-attgcaggcaaaatgttcagc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為21c如seqidno：85所示：5，-gatgagaatcagaacaaaggccaatttagaatggtttagaatcattgttacaaataatgacattattagaaacgaagtgttaacatatgtgttagtaatacccctttgcatgagtatactatggatcccacagcagtcaacatttgcaccatcgaatctgcttgttacctacttttgctccctgatatctgatgtttgtggctcattcattgcttaattgactttgagtatatttcccaaatgttcttctcaatcttgtctttgcagcagaagggagaagctgtgtgtccctgggattctgggggctcaccaaagtccacaatggcttaccgaaagtacaacatttttgtgaaatctcgtgctttagctgaacattttgcctgcaat-3，。
擴(kuò)增人類22號染色體上snp密集區(qū)dna片段的引物對2211f（引物序列為：5，-cgcaggttggaaaagtgtgc-3，）和2211r（引物序列為：5，-ccttccctgtaaaggggcaat-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為22a如seqidno：86所示：5，-cgcaggttggaaaagtgtgctcagaagaactaagtaaattgttcaagctctgattcttttcgctatttaccaatttgtcacttgggccttgaatatattttctataactctgtattacattttaaaatgaagtgtggtatgcttttactgatgtaggaaaaaaaccagtttccaacatttccaatgaccatctttgtgtttcaatactccagaatgaagtgaaggtctttggctccaaaataattgaaagctactccactgtttggcatgaacttgttcattacaggtacattcacttaacaggctctctttccacccttgtagaaatacaaaaataagacttaatacagacgatggcatgggcttagtaactacccctttacccttaaacagctcattgcccctttacagggaagg-3，。
擴(kuò)增人類x染色體上snp密集區(qū)dna片段的四對引物x11f（引物序列為：5，-tttgagggcccagaatgagc-3，）和x11r（引物序列為：5，-gtgactaacgagtgccttagc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為xa如seqidno：87所示：5，-tttgagggcccagaatgagcacaagtgtttttgtaggcagaacctctgtggctccatgctgaagacatcagggtgtttacgttattatgtgggcaactaatgatggaaacagattttctactcctattttcttttactgattcatttgctaaagacatgtaatgtaagcagaattctccaaaggcatttaatcatagaagtgatggctaaaagaagccaacgattctgaaatgtcctaatgggatatttggccatttaggtgacttcactaccttcttgtgacagaatctttggacacagaacatcattctcacttcatattccatgagtacatcatcatctccacattatgctaaggcactcgttagtcac-3，；x21f（引物序列為：5，-agcttcgaaagatacctgtccc-3，）和x21r（引物序列為：5，-accagagtgtgggtaggtcc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為xb如seqidno：88所示：5，-agcttcgaaagatacctgtccccccgccacgaacccaggctacaagtactcttttttccagtaaagatgcattttgaaaagactattccgaggcagataagagaagctgttggcatgttttaatgagggaaaatgagaagggggctgtggaaacagctcgacagactgctcatcagagcagaaggaagcttctatgcctttttatagacacgctggcccccttacgtccctgaaatattctctctccaaagtttcaaaggtaggacttgctaagcgggcagtcccgaaagggaagtcttggaaacaccctctatctggaacaggacctacccacactctggt-3，；x31f（引物序列為：5，-tgacagaactcttcaggagcg-3，）和x31r（引物序列為：5，-aagcctgttgtgatccaggc-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為xc如seqidno：89所示：5，-tgacagaactcttcaggagcgtatcttttgcaagaaaggagatacacctgtggagtgtctctctattgggcctgcaaatccttcttaaagtcatcgtcccacaaatctctactcagcccacacagttctcatgagccttgctcacatctgccaagacttcactgctttgcattttgcttccctcacagtgtctggcaggccgcctggatcacaacaggctt-3，；x41f（引物序列為：5，-catctaccatagtgtggcttcaga-3，）和x41r（引物序列為：5，-gagcctgggatgttagaccag-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為xd如seqidno：90所示：5，-catctaccatagtgtggcttcagatatgagactcttctaaatttcaaaagtgacgaaagttacttatttgcatgaaagttcttcccatgtaataaactatgaactcttcggattggaattcaaagccattaacaatctgacctcttcctacttcccttaacccattttatgctttagtcaaaacaaactacccattttctatgtatatgtcatgcctcctttcctgactctattttctttactcagcatacttctcccccacccccaaccaggtttctctcaatgggaattactggtctaacatcccaggctc-3，。
擴(kuò)增人類y染色體上snp密集區(qū)dna片段的三對引物y11f（引物序列為：5，-aaggtacgcacttgggcttc-3，）和y11r（引物序列為：5，-gtgacagtggcaccaaaggt-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為ya如seqidno：91所示：5，-aaggtacgcacttgggcttcctcaagatttgtttgtccctattcagactagaatgaaactggtttaggaaatcactcctgtatgctagcaggaatgttgctggcaagacacttctgagcatcggggtgtggactttacgaaccaaccttttaacagtaactctaggagagaggatatcaaaaattggcagtgaaaaattatagataagcaaaaagctccttctgaggtccaggccaggagatagtaggatttaagaaacaaacaaacaaaaacaaccacaaatgacctttggtgccactgtcac-3，；y21f（引物序列為：5，-atctccaaaacacgtcggat-3，）和y21r（引物序列為：5，-tgccttctgaggcacat-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為yb如seqidno：92所示：5，-atctccaaaacacgtcggatttgtttaaagaggaagtgtggattttttgatcttagaaaggaaacgagataaaatattaaacgactttaatttttgtatgatcatgcctagcctcattcctctaaaatataatttaaagtggattctgttacatggtatcacaatagaaggggaatgatcagggtttggttaatcctggtaaattgaaaacaattttttttttatcatatgtgcctcagaaggca-3，；y31f（引物序列為：5，-ttagcttcggcagtaggcac-3，）和y31r（引物序列為：5，-tggccagtacaaactgatgct-3，），參考基因組上該區(qū)域的dna序列為yc如seqidno：93所示：5，-ttagcttcggcagtaggcacttcataatcaacgttaagtaagagtgtctaaagagatagttttgagaacacgtcctctattaagagaaatgcttagtatgttaaaagaagaattttgtttgaaccagtttgatgcagcactgaaattacaacatacttcaaaggtttgttaaaatgaagggcctgttgccaggacatgtaatagaattacatggttgagcatcagtttgtactggcca-3，，共31對引物。
采用上述技術(shù)方案所產(chǎn)生的有益效果在于：利用本發(fā)明提供的序列擴(kuò)增相應(yīng)染色體并進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析的方法非常精準(zhǔn)。能夠排除擴(kuò)增、測序過程中引物的誤差,結(jié)果準(zhǔn)確可靠,對樣本和dna質(zhì)量要求低,僅需獲取受檢個(gè)體的dna即可同時(shí)開展個(gè)體識別和家系分析,并且通過家系推斷分析更有助于難鑒定樣本的個(gè)體識別，可以做為物證鑒定領(lǐng)域的重要技術(shù)手段。
本發(fā)明個(gè)體識別和家系推斷方法準(zhǔn)確性高，抗干擾能力強(qiáng)，能夠快速識別個(gè)體，還可以根據(jù)snp位點(diǎn)的堿基組成計(jì)算不同個(gè)體之間的兩兩進(jìn)化距離，從而推斷個(gè)體之間的家系親緣關(guān)系。
附圖說明
圖1是本發(fā)明的技術(shù)路線圖。
具體實(shí)施方式
實(shí)施例1
對隨機(jī)選取的8位無明確親緣關(guān)系的受試者（5位女性，3位男性）采用本發(fā)明技術(shù)方案進(jìn)行分析，如預(yù)期結(jié)果一致，女性均無法通過三對y染色體特異性引物（即y11f和y11r、y21f和y21r、y31f和y31r）擴(kuò)增得到目的片段，其他引物均能擴(kuò)增得到穩(wěn)定的目的條帶。去除三對y染色體特異性引物（即y11f和y11r、y21f和y21r、y31f和y31r）擴(kuò)增得到的三名男性受試者y染色體上的目的片段，其他pcr產(chǎn)物經(jīng)dna測序，去除測序獲得的序列前后端不準(zhǔn)確的序列（前后各20bp）后，個(gè)體之間（含參考基因組）共檢出139個(gè)snp堿基差異，其中8位無明確親緣關(guān)系的受試者之間差異而與參考基因組之間存在差異的snp位點(diǎn)有50個(gè)，而個(gè)體之間存在差異的snp位點(diǎn)共檢出89個(gè)，兩兩個(gè)體間存在差異的snp位點(diǎn)數(shù)為31～62個(gè)，平均46個(gè)。以上結(jié)果充分證明，可以通過選用的snp位點(diǎn)進(jìn)行個(gè)體識別。另外，通過snp位點(diǎn)差異，使用mega7.0軟件構(gòu)建了個(gè)體之間的進(jìn)化樹，根據(jù)進(jìn)化樹推斷出個(gè)體之間的親緣遠(yuǎn)近關(guān)系。
實(shí)施例2：
對三組共10位已知親緣關(guān)系的受試者（其中2組受試者組成為父親、母親和子女，另外1組受試者組成為祖母、父親、母親和兒子，三組受試者之間無明確親緣關(guān)系）采用本發(fā)明技術(shù)方案進(jìn)行分析，如預(yù)期結(jié)果一致，女性均無法通過三對y染色體特異性引物（即y11f和y11r、y21f和y21r、y31f和y31r）擴(kuò)增得到目的片段，其他引物均能擴(kuò)增得到穩(wěn)定的目的條帶。去除三對y染色體特異性引物（即y11f和y11r、y21f和y21r、y31f和y31r）擴(kuò)增得到的三名男性受試者y染色體上的目的片段，其他pcr產(chǎn)物經(jīng)dna測序，去除測序獲得的序列前后端不準(zhǔn)確的序列（前后各20bp）后，在不包括參考基因組的情況下，10個(gè)個(gè)體之間共檢出67個(gè)snp位點(diǎn)差異，其中子女與父母之間存在13～24個(gè)snp位點(diǎn)差異，平均19個(gè)snp位點(diǎn)差異；而無親緣關(guān)系的個(gè)體（含夫妻和三組受試者組間個(gè)體）之間存在29～58個(gè)snp位點(diǎn)差異，平均47個(gè)snp位點(diǎn)差異。通過所獲得的dna序列使用mega7.0計(jì)算個(gè)體之間的兩兩進(jìn)化距離并構(gòu)建進(jìn)化樹，能夠準(zhǔn)確確定樣本之間的親緣關(guān)系。
sequencelisting
<110>東莞市美康生物科技有限公司
<120>用于進(jìn)行個(gè)體識別與家系分析的引物序列及其應(yīng)用
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tgctgtgtttgaatggtttcct22
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gctgcccaattccagacaac20
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cccagaatttcaatcgctctcg22
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aaggtacgcacttgggcttc20
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gtgacagtggcaccaaaggt20
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atctccaaaacacgtcggat20
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ttagcttcggcagtaggcac20
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tggccagtacaaactgatgct21
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ttcacccaatgaagtcccgccttcgacgcacaatgcttgtagccaaagtcacctgcatca60
tcatttggctgctggcaggcttggccagtttgccagctataatccatcgaaatgtatttt120
tcattgagaacaccaatattacagtttgtgctttccattatgagtcccaaaattcaaccc180
ttccgatagggctgggcctgaccaaaaatatactgggtttcctgtttccttttctgatca240
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ctagccccacgtcacttcagctgcggtcccagatcgaagtaagcacaatgactttaatca60
tctagttttgcttctgccttttttttttaagtgacactctgtacaaatcagatgaagcct120
gctcctctgaccacactgactatacgaatcttctctcgtaggagtcgcttggcttctgta180
gcgccgtgtcaaccccagaagtggaaagaaagtaagtctttctccctctgcccaggacca240
ccttccaagaaggtgtcttttaggtccatgatgacggaaatcaaacaggcgatcatgtgc300
gtat304
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ctccggagcctggtgtctaggcctgaccactgcactgcactgcctcccacgaggctgtct60
gcagtcaccgtcagatccgtgggctgttatcctgtgaggaggcatgtacctctccctata120
gctcggagcctggcgtcattactgcaacgtcacgggctgaatgcacaggcggcttagaag180
attttattttccccacaccatcctctcctgttagaaagaggaaaggcatgaattaagttg240
ggataggtgatgcaaagccctgccgttactactattgttgaaaagttcacgggagaaagt300
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catgagggtttttgccttggagtaagaaaaccactgagactcagtgttcaaggtcacctg60
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ggtaaagaggaaaggatgcagagtcacaactgtgaggttcagctcctgaccctggggctc240
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taaaatgaagaggtcagaaatgtgggcatc330
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acctaagttggaaacatggctttttgagtgtcttcattcacagatgcagtcacaaaatat60
taatactctttttttgaacatgacaaaacaaagtattcatttaaacctcctttgtccacg120
tccatggtaaaagagcacctcaggcaggggagaaaaaaaaaaaaaactggtcccttgaga180
attactttatcctttgcatttgcatatagtttgaattcataattaggctatttttattgg240
ctagcagctgtattatcatataaatccctgaatatgtaatttggagtcatttagaccagt300
cgtcccacagtaaccctgggaagcacgtgagcagcgtcagcgtctttctcgaggaagaaa360
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acatgtacaatgtgagctgctgagccactctttcaggcaaaaattcaagggccagaggaa60
attattgctccaaatatcaccatcactcaggactgcaatgtaaactttagaaatgccttc120
tcaggtaatggaaggttatccaaatatttttcgtaagtatttcaaatagcaatggctcgt180
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ccggttcattaataagacgggacatcccggaagccacatct281
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ctgtgtccctgtgtgctaccagtgcaagatctgaggctctagtgggaaacctcaggtagc60
tcccgaagatctgtgctttccaacaagtgactacccttgaagcacatccccttctggatc120
tgaaaagagcccttggctcagggcgtctttttccagcccctgaggaaaaggaatgaacca180
ctccctgcccattccctataagaatatcccaagacccaggcaattttgcccctctttccc240
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cactggttcaaggttctggagttctccatgaaacttgggttaattttgctcagagtatcc60
aggagttagccactaggctgcgggtgaaatgggatggagtagaacaacagcaggcttcct120
ggagccacatgggctgactagggcactctgtggctggcctggcacgggctcagcccagga180
agaggagaaacgatcccttgcctgcccctccctgtggcagggctaactgcctggccctcc240
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ttctgaattagcaccatacatagaaccagaggaagttttcatagagcatcctgggcacaa120
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gagttgagagtcgtgggtttatcccatcatttacaactactgattgattgccttttaaaa240
tatgaacacatttattaagaaccacaacaaaacccattcctgattaaaggatatcttttt300
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tggttgctaaacccaccaatcttttaagacttagatgtagaaacccatgaaccaggcaga60
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tccaactcaatggccctccttttacctgcctcatctctctgggatagggcagagaaggag240
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aaggtttgaaggaggttagggtattaacatttcaaaagccatttggggtataggaaacat60
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gtccagcctctgcttcctgggcgccatcgccgtggaccgctacatctccatcttctacgc60
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cggggcccacaccttagtccttctgcatcagctttctgaagctggagttctgagagcagc60
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gggggctttctctaaagcctatctagtactgataaagaagaagctgagatctagagaaat60
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ggacatctctacgtgatgctgagacctaaaactggccatggttacctagtatctaaagcg180
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caccacaaacgcgaagcatccgcaggagcacccgggggtgcaggttctggggagcggagg60
ccccgagctgaggtgacacgggccgctccgtttaaaaacagcctttcactgtcaagctag120
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<213>人工序列
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acggttctgtcctgtaggggagaaaagtcctcgttgttcctctgggatgcaacatgagag60
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gcagggacaagaaaattgagctcgtgacctccgtccagtgggccctttgattcattcttt180
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gcaaaggcaagatgacaggtgagaatggggcaggagcacaaggccccaggggtctcacca60
tagctctgcactgtatctccagcccttgttctttacactcataccctcccaaacgaggcc120
tcatgagccacctgtaggctcagaatggcaatgaagggaggccacctccctcccacctgc180
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tgatggtcgtggtcgtctttgtgctctgctggatgcctttctacgtggtgcagctgctga60
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ccctcaggaacaggggagttagaagcccccaaagtgaggatcccagtgctttttttttct60
gaagccctttcatattttatgcctatagaagcttagggtcttaatacattcatttctgca120
tgggtggggtttcagtctgcaacaagatcttgtagggatgctatcgctggctattaggtg180
atcacagttctgtgcattgtctcacccagtcctcacagtaactccaaagacaggttgtat240
tatgatcctattctatagatgaaggaacttaggaaagtcacacatccaggccatacaggt300
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gattataactgcttcttttgtgataagagagggtactgggactc404
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<213>人工序列
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atgagaaggtgagtgtgccgttacaggttttcattttagtctttaaaaagacaatcatga60
tcaaagagctaccacaaaatgaaaaataacaatgagaaagtttgcttgatatgcttttgc120
tttaggggccccacgttagtgtgattccactctttgttaagtacacagtgtttcacaaaa180
cacaattaagttcctaaggagatatctctgttgaatgtaatggcaagtagaatctcaaga240
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gctgcccaattccagacaacatgttttccaggaaaacacacacgcgcgcgcgcacacaca60
cacacacacacacacagacacgcctcttgtgtgctggtccattctcttgtaaccatgtca120
ggtgaaggaacagccccgaggaaaggggcgcggggttgtccagtatccctctctgcacct180
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gtgatggttctagggcaggaggggaaaaacagagctcagtgtggaagaaagagaaaactg300
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<213>人工序列
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gatgagaatcagaacaaaggccaatttagaatggtttagaatcattgttacaaataatga60
cattattagaaacgaagtgttaacatatgtgttagtaatacccctttgcatgagtatact120
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cctgatatctgatgtttgtggctcattcattgcttaattgactttgagtatatttcccaa240
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gggggctcaccaaagtccacaatggcttaccgaaagtacaacatttttgtgaaatctcgt360
gctttagctgaacattttgcctgcaat387
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<212>dna
<213>人工序列
<400>86
cgcaggttggaaaagtgtgctcagaagaactaagtaaattgttcaagctctgattctttt60
cgctatttaccaatttgtcacttgggccttgaatatattttctataactctgtattacat120
tttaaaatgaagtgtggtatgcttttactgatgtaggaaaaaaaccagtttccaacattt180
ccaatgaccatctttgtgtttcaatactccagaatgaagtgaaggtctttggctccaaaa240
taattgaaagctactccactgtttggcatgaacttgttcattacaggtacattcacttaa300
caggctctctttccacccttgtagaaatacaaaaataagacttaatacagacgatggcat360
gggcttagtaactacccctttacccttaaacagctcattgcccctttacagggaagg417
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<213>人工序列
<400>87
tttgagggcccagaatgagcacaagtgtttttgtaggcagaacctctgtggctccatgct60
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ctcctattttcttttactgattcatttgctaaagacatgtaatgtaagcagaattctcca180
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gggatatttggccatttaggtgacttcactaccttcttgtgacagaatctttggacacag300
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<213>人工序列
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agcttcgaaagatacctgtccccccgccacgaacccaggctacaagtactcttttttcca60
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ctctattgggcctgcaaatccttcttaaagtcatcgtcccacaaatctctactcagccca120
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cctcacagtgtctggcaggccgcctggatcacaacaggctt221
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<213>人工序列
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catctaccatagtgtggcttcagatatgagactcttctaaatttcaaaagtgacgaaagt60
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aaacaaactacccattttctatgtatatgtcatgcctcctttcctgactctattttcttt240
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