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一種納米?雙環(huán)狀適配體探針及其應(yīng)用的制作方法

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一種納米?雙環(huán)狀適配體探針及其應(yīng)用的制作方法與工藝

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,涉及一種納米-雙環(huán)狀適配體探針及其應(yīng)用。



背景技術(shù):

腫瘤因其發(fā)生率高、危害性大、難以治愈、疾病癥狀嚴(yán)重影響生存質(zhì)量、且治療費(fèi)用昂貴等特點(diǎn),已經(jīng)成為目前人類急需攻克的一大類疾病。據(jù)世界衛(wèi)生組織最近公布的統(tǒng)計(jì)資料顯示,目前全世界癌癥患者約達(dá)1400萬(wàn),每年新發(fā)病人數(shù)約700萬(wàn),每年約有500萬(wàn)人死于癌癥,也就是說(shuō),約每6秒鐘就有1人死于癌癥。同時(shí),中國(guó)國(guó)家癌癥登記中心(NCCR)發(fā)布的2015年中國(guó)癌癥的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)也顯示出,2015 年中國(guó)預(yù)計(jì)有429.2 萬(wàn)例新增癌癥病例和 281.4萬(wàn)例癌癥死亡病例。

在癌癥的眾多分型中,血癌,也叫做白血病,作為臨床上較為常見(jiàn)的血液惡性疾病,也是最為多發(fā)的腫瘤之一。據(jù)報(bào)道,我國(guó)各地區(qū)血癌的發(fā)病率在各種腫瘤中占第六位。

作為一類造血干細(xì)胞惡性克隆性疾病,克隆性血癌細(xì)胞主要表現(xiàn)為通過(guò)增殖失控、分化障礙、凋亡受阻等,通過(guò)在骨髓和其他造血組織中大量增殖累積,并浸潤(rùn)其他非造血組織和器官,同時(shí)抑制正常造血功能來(lái)影響人的健康。主要癥狀包括發(fā)熱、炎癥以及出血等,但因?yàn)檠┚哂袠O高的異質(zhì)性,所以患者病情的臨床表現(xiàn)也是多樣化的,在診斷中主訴癥狀有較大差異,進(jìn)而易引起漏診或誤診,而延誤患者的治療。雖然近年來(lái),隨著細(xì)胞學(xué)、分子生物學(xué)及免疫學(xué)的不斷發(fā)展和應(yīng)用,血癌的臨床確診率得到大幅提升。對(duì)于典型血癌,因其具有特殊的形態(tài)學(xué)特點(diǎn),通??赏ㄟ^(guò)血常規(guī)和細(xì)胞形態(tài)學(xué)予以確診。但對(duì)于不具典型的血癌,則因發(fā)病較為特殊,臨床表現(xiàn)多樣而又復(fù)雜,所以要實(shí)現(xiàn)即時(shí)準(zhǔn)確的診斷有較大難度。有報(bào)道稱,血癌的臨床誤診率高達(dá)25%。并且由于分型和預(yù)后分層復(fù)雜,在血癌的治療方案上,并沒(méi)有一個(gè)統(tǒng)一化的治療方法,而是需要結(jié)合細(xì)致的分型和預(yù)后分層制定治療方案。目前主要幾類治療方法為,化學(xué)治療﹑放射治療﹑靶向治療、免疫治療、干細(xì)胞移植等。

綜上所述,開(kāi)發(fā)一種基于靶向診療于一體的、高靈敏度并且高特異性診斷血癌的探針意義重大。

對(duì)于靶向識(shí)別腫瘤細(xì)胞,適配體探針作為能夠特異性和腫瘤細(xì)胞標(biāo)志物相結(jié)合的一段單鏈寡核苷酸DNA,就是一項(xiàng)非常好的新型的技術(shù),其具有分子量小,穩(wěn)定性好,低毒性并且檢測(cè)靈敏度高等優(yōu)點(diǎn),已經(jīng)被廣泛用于對(duì)體內(nèi)腫瘤細(xì)胞的檢測(cè)研究。但由于環(huán)境中大量核酸酶的存在,線性適配體會(huì)發(fā)生降解。如人們熟知的T4 DNA聚合酶就具有單鏈DNA特異性的3'到5'端的外切酶活性。而環(huán)狀DNA獨(dú)特的閉合結(jié)構(gòu)賦予其缺乏酶識(shí)別端口的特點(diǎn),因此可以避免被DNA剪切酶的識(shí)別,從而免于酶解,而最終維持穩(wěn)定性。同樣,利用DNA的堿基互補(bǔ)配對(duì)原理,來(lái)控制DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的研究在核酸領(lǐng)域也有報(bào)道。

另一方面,在納米技術(shù)這一相對(duì)成熟的研究領(lǐng)域,有報(bào)道表明,適配體探針和納米材料相結(jié)合能夠提升其特異性,并且,納米材料作為性能良好的小體積容器,具有同時(shí)承載多個(gè)元件的特點(diǎn),可以為后續(xù)的進(jìn)一步研究提供基礎(chǔ)。

基于上述研究背景,本發(fā)明根據(jù)線性適配體探針易降解這一缺陷,提出了環(huán)狀適配體的概念,將一段已經(jīng)篩選到的能夠特異性識(shí)別血癌細(xì)胞株Rccf-CEM的線性適配體探針進(jìn)行閉環(huán)結(jié)構(gòu)改造,利用其獨(dú)特的雙環(huán)雜交結(jié)構(gòu)使得其在形成閉環(huán)結(jié)構(gòu)從而隱藏端口的同時(shí),也能夠控制二級(jí)結(jié)構(gòu),使其功能段的序列暴露出來(lái),進(jìn)而維持了特異性。然后,將上述雙環(huán)適配體探針和修飾有羧基的納米材料PAMAM-G4.5相結(jié)合,以進(jìn)一步增強(qiáng)其特異性,并為下一步連接更多原件和有效抑制被捕獲細(xì)胞的活性提供可能。



技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

本發(fā)明要解決的技術(shù)問(wèn)題,是提供一種極其穩(wěn)定的納米-雙環(huán)狀適配體探針,并用于血癌細(xì)胞的特異性檢測(cè)和活性抑制。

為解決上述技術(shù)問(wèn)題本發(fā)明所采取的技術(shù)方案如下:

一種極其穩(wěn)定的納米-雙環(huán)狀適配體探針(G-dApR),它以由羧基修飾的樹(shù)枝狀納米PAMAM分子,與FAM基團(tuán)和biotion基團(tuán)修飾的具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的環(huán)狀適配體探針(dApR)通過(guò)streptavidin抗體相結(jié)合所組成;

其中,環(huán)狀適配體探針dApR的合成,是由堿基數(shù)目不同的一個(gè)單環(huán)狀適配體和一個(gè)單環(huán)狀寡核苷酸雜交互補(bǔ)得到的,同時(shí)包含賦予探針特異性的功能區(qū)和改善探針?lè)€(wěn)定性的雙環(huán)DNA區(qū)的環(huán)狀結(jié)構(gòu)。

其中,單環(huán)狀適配體和單環(huán)狀寡核苷酸均由與之相對(duì)應(yīng)的線性單鏈DNA閉環(huán)反應(yīng)得到:

線性單鏈DNA包括線性適配體鏈(Ap)和線性寡核苷酸鏈(C1)。

其中,所述的線性適配體鏈(Ap)為:

5'-GGTTAGATTTCTAGACTCATAT(biotin)AGCTCAATCAATCTACGACTCGAT(FAM)C TAA CTG CTG CGC CGC CGG GAA AAT ACT GTAC-3';

線性適配體鏈閉環(huán)所需要的模板(T- Ap)為:

5'-GTC TAG AAA TCT AAC CGT ACA GTA TTT TCC-3';

其中,線性寡核苷酸鏈(C1)為:

5'- AGCTATATGAGTCTA GGTCGT AGATTGATTG -3';

所述的線性寡核苷酸鏈閉環(huán)所需要的模板(T-C1)為:

5'- ATA TAG CTC AAT CAA T -3'。

其中,上述具有高特異性的線性適配體鏈(Ap)的設(shè)計(jì)是基于Cell-SELEX技術(shù),以血癌細(xì)胞Rccf-CEM細(xì)胞表面高表達(dá)的蛋白PTK7為識(shí)別靶標(biāo),并借助序列結(jié)構(gòu)分析的權(quán)威科研軟件(http://mfold.rna.albany.edu/)設(shè)計(jì)的;

并且,依據(jù)堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,設(shè)計(jì)可使線性適配體探針Ap閉環(huán)的模板寡核苷酸T- Ap、可與閉環(huán)后的Ap部分序列互補(bǔ)配對(duì)形成雙環(huán)結(jié)構(gòu)的小環(huán)的線性寡核苷酸C1、以及C1閉環(huán)所需模板T-C1,其中,T- Ap和Ap的3’端和5’端兩個(gè)端口的部分序列互補(bǔ),C1和T-C1的3’端和5’端兩個(gè)端口的部分序列互補(bǔ),C1和部分Ap部分序列互補(bǔ),并且,Ap含有Biotin和FAM兩個(gè)基團(tuán);

上述納米-雙環(huán)狀適配體探針的制備方法包括具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的環(huán)狀適配體探針(dApR)的合成,以及將具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的環(huán)狀適配體探針(dApR)和納米材料PAMAM相結(jié)合兩大步驟:

其中,所述具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的環(huán)狀適配體探針dApR的合成方法,包括如下步驟:

(1)將線性適配體 Ap或線性寡核苷酸C1(10nM)加入到含有其1/3體積的 ATP 和1/2體積的Polynucleotide Kinase(T4 PNK)酶的緩沖液體系中,用dd H2O稀釋十倍后,置于37℃金屬浴中,震蕩反應(yīng)30 min后,90℃退火5min,降至室溫,得到磷酸化的Ap或C1;

(2)將T- Ap或T-C1(10nM)按照Ap和T- Ap或C1和T-C1的反應(yīng)摩爾比為1:1.3的比例分別加入到步驟(1)得到的溶液中,并加入步驟(1)Ap或C1體積的2倍的10×Ligase Buffer 及4倍體積的dd H2O ,混勻,置于恒溫金屬浴中90℃退火5min后,55 ℃振蕩反應(yīng)2 h,待反應(yīng)產(chǎn)物冷卻至室溫后,加入步驟(1)Ap或C1體積的1/3體積T4 DNA Ligase ,于金屬浴中16 ℃反應(yīng)2 h,反應(yīng)結(jié)束后,65℃失活10min,降至室溫,得到Ap和T- Ap或C1和T-C1相雜交互補(bǔ)而形成的環(huán)狀DNA;

(3)向步驟(2)得到的體系中分別加入步驟(1)Ap或C1體積的6倍體積的dd H2O 、4倍體積的10×T4 DNA Polymerase Buffer、1/3體積的及T4 DNA Polymerase,混勻后于恒溫金屬浴中37℃振蕩反應(yīng)16 h,結(jié)束后85 ℃失活10 min,降至室溫,得到單鏈的環(huán)狀適配體ApR或單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1;

(4)向上述體系中分別加入其體積1/10的3 M醋酸鈉溶液(20 μL)和其體積2.5倍無(wú)水乙醇(500 μL),充分混勻后,豎直于-20 ℃放置1 h,結(jié)束后離心棄去上清,保留底部沉淀。沉淀用500 μL 的70% 乙醇(-20℃)打散,于4℃離心棄去上清,保留底部沉淀,將產(chǎn)物干燥。得到純化后的單鏈的環(huán)狀適配體ApR或單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1。

(5)將步驟(4)得到的堿基數(shù)目較多的單鏈的環(huán)狀適配體ApR和堿基數(shù)目較少的單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1進(jìn)行互補(bǔ)雜交,得到含功能區(qū)(特異性)和雙環(huán)DNA區(qū)(穩(wěn)定性)的適配體探針dApR。

其中,所述的納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR制備方法,包括如下步驟:

(1)取末端為128個(gè)羧基的4.5代聚酰胺-胺型樹(shù)枝狀分子(G4.5)溶于 dd H2O中,并按照10倍于G4.5 的摩爾比例加入過(guò)量EDC、NHS后,溫和攪拌活化反應(yīng)2 h。將上述反應(yīng)得到的體系置于10,000 MWCO透析袋中,透析24h,得到末端羧基活化的G4.5溶液;

(2)向步驟(1)得到的溶液中加入鏈霉親和素(Stre),溫和攪拌反應(yīng)過(guò)夜,次日加入環(huán)狀結(jié)構(gòu)適配體探針dApR,溫和攪拌反應(yīng)2 h,G4.5、dApR和Stre的摩爾比(2-4):(2-4):1。反應(yīng)結(jié)束后,用50,000超濾管離心,最終得到G-dApR納米-適配體探針。

制備得到的納米-雙環(huán)狀適配體探針可用于特異性捕獲高表達(dá)腫瘤標(biāo)志物蛋白PTK7的血癌細(xì)胞,實(shí)現(xiàn)可視化檢測(cè),并且能有效抑制被捕獲細(xì)胞的活性。

其中,將目標(biāo)腫瘤細(xì)胞Rccf-CEM分別與上述的線性適配體Ap、具有雙環(huán)狀結(jié)構(gòu)的適配體探針dApR、以及納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR共孵育,探針的和靶蛋白相結(jié)合則使得被識(shí)別的細(xì)胞具有熒光信號(hào),以此判斷G-dApR捕獲識(shí)別目標(biāo)血癌細(xì)胞的水平。

本發(fā)明的有益效果:本發(fā)明提出的將常規(guī)的線性適配體探針改造成具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的適配體探針,在序列不發(fā)生改變的情況下,適當(dāng)控制適配體的二級(jí)結(jié)構(gòu):首先,形成的環(huán)狀結(jié)構(gòu)可以有效躲避多種酶的降解;其次,雙環(huán)結(jié)構(gòu)的存在限制了功能功能段序列和非功能段的自身折疊等可能,進(jìn)一步提高穩(wěn)定性的同時(shí),更維持甚至提升了探針的特異性。除此之外,本發(fā)明將適配體探針和納米材料相結(jié)合的實(shí)踐,不僅改善了探針的特異性,更有效抑制了被捕獲血癌細(xì)胞的活性。

綜上所述,本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)在于:G-dApR探針具有以下優(yōu)點(diǎn):1.特異性強(qiáng);2.穩(wěn)定性好:3.有效抑制被捕獲到的血癌細(xì)胞的活性。本發(fā)明在大大改善穩(wěn)定性的同時(shí)實(shí)現(xiàn)高特異性捕獲血癌細(xì)胞并抑制其活性,在血癌的診斷和治療中表現(xiàn)出一定的優(yōu)勢(shì),有望于突破血癌臨床診斷難的技術(shù)瓶頸。

附圖說(shuō)明

圖1:為本發(fā)明所述的單環(huán)狀DNA閉環(huán)反應(yīng)電泳驗(yàn)證結(jié)果圖。圖中:1泳道為:Ap;2泳道為:ApR;3泳道為:線性C1;4泳道為:環(huán)狀C1。

圖2:為本發(fā)明所述的具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的的探針閉環(huán)的電泳驗(yàn)證結(jié)果。圖中:1泳道為:Ap;2泳道為:ApR;3泳道為:具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的適配體探針dApR。

圖3:為本發(fā)明的探針構(gòu)建過(guò)程中得到的幾個(gè)改造結(jié)構(gòu)后的環(huán)狀適配體探針和陰性對(duì)照相比對(duì)目標(biāo)血癌細(xì)胞的特異性捕獲的能力的流式驗(yàn)證結(jié)果圖。

圖4:為驗(yàn)證本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR是否構(gòu)建成功的電泳檢測(cè)結(jié)果圖。圖中:Maker泳道的DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)(Low Molecular Weight DNA Ladder);1泳道為:dApR;2泳道為:G-dApR。

圖5:為激光共聚焦顯微鏡下三個(gè)不同通道模式下觀察到的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR的形態(tài)。其中,Photo為明場(chǎng)模式下拍攝到的圖像,F(xiàn)AM為明場(chǎng)同一視野和焦距下FAM通道所拍攝的圖像,代表探針中熒光基團(tuán)FAM被激發(fā)后所發(fā)射出的熒光,Merge代表上述兩個(gè)通道的疊加。

圖6:為本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR的Zeta電位檢測(cè)結(jié)果,其中樣本1、2、3分別代表G、dApR和G-dApR。

圖7:為本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR在三個(gè)不同PH值緩沖液環(huán)境中放置不同時(shí)間后檢測(cè)到的其中G-dApR的殘余量(% G-dApR ramaining)所繪制的柱狀結(jié)果圖;

圖8:為本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR分別與目標(biāo)細(xì)胞Rccf-CEM和非目標(biāo)細(xì)胞Ramos共孵育后用激光共聚焦顯微鏡檢測(cè)觀察其于目標(biāo)細(xì)胞特異性結(jié)合的結(jié)果圖。圖中:分別展示了在相同拍攝條件的得到的DAPI通道、FAM通道,以及代表上述兩個(gè)通道相疊加的圖像。

圖9:為不同濃度的本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR,與目標(biāo)細(xì)胞Rccf-CEM和非目標(biāo)細(xì)胞Ramos共培養(yǎng)24h后,用MTT檢測(cè)法得到的,G-dApR對(duì)目標(biāo)細(xì)胞以及非目標(biāo)細(xì)胞的活性抑制的程度的柱形圖。

圖10:為不同濃度的本發(fā)明所述的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR、以及本發(fā)明所用的納米材料G與目標(biāo)細(xì)胞Rccf-CEM和非目標(biāo)細(xì)胞Ramos共培養(yǎng)24h后,用AO/EB染色法處理后的細(xì)胞在熒光顯微鏡下的觀察結(jié)果圖,反映G-dApR促使目標(biāo)細(xì)胞和非目標(biāo)細(xì)胞凋亡的程度。

圖11:為本發(fā)明所述的納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR,在用裸鼠構(gòu)建的模擬的體內(nèi)循環(huán)腫瘤細(xì)胞條件下對(duì)其檢測(cè)結(jié)果。其中Photo代表在明場(chǎng)模式下拍攝到的圖像,Hochest以及FAM通道分別代表和明場(chǎng)模式相同拍攝條件、這兩種熒光檢測(cè)模式下,拍攝到的照片。Merge1代表Hochest和FAM兩個(gè)通道圖像的疊加,Merge2代表Photo、Hochest以及FAM三個(gè)通道下的圖像疊加。

圖12雙環(huán)結(jié)構(gòu)的環(huán)狀適配體探針dApR的合成示意圖。

圖13納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR的合成示意圖。

具體實(shí)施方式

根據(jù)下述實(shí)施例,可以更好地理解本發(fā)明。然而,本領(lǐng)域的技術(shù)人員容易理解,實(shí)施例所描述的內(nèi)容僅用于說(shuō)明本發(fā)明,而不應(yīng)當(dāng)也不會(huì)限制權(quán)利要求書(shū)中所詳細(xì)描述的本發(fā)明。

實(shí)施例1:線性適配體的設(shè)計(jì)

以目標(biāo)血癌細(xì)胞RccF-CEM細(xì)胞膜表面高表達(dá)的腫瘤生物標(biāo)記物蛋白PTK7為模板,基于Cell-SELEX技術(shù),設(shè)計(jì)可與PTK7蛋白高特異性結(jié)合的適線性配體Ap;

依據(jù)堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,設(shè)計(jì)可使線性Ap閉環(huán)的模板T-Ap、可與閉環(huán)后的Ap部分序列互補(bǔ)配對(duì)形成雙環(huán)結(jié)構(gòu)的小環(huán)的線性C1、以及C1閉環(huán)所需模板T-C1,其中,T-Ap和Ap的3’端和5’端兩個(gè)端口的部分序列互補(bǔ),C1和T-C1的3’端和5’端兩個(gè)端口的部分序列互補(bǔ),C1和部分Ap部分序列互補(bǔ),并且,Ap含有Biotin和FAM兩個(gè)基團(tuán)。

所用到的引物序列如下:

其中,線性適配體鏈(Ap)為:

5'-GGTTAGATTTCTAGACTCATAT(biotin)AGCTCAATCAATCTACGACTCGAT(FAM)C TAA CTG CTG CGC CGC CGG GAA AAT ACT GTAC-3';

線性適配體鏈閉環(huán)所需要的模板(T-Ap)為:

5'-GTC TAG AAA TCT AAC CGT ACA GTA TTT TCC-3';

其中,線性寡核苷酸鏈(C1)為:

5'- AGCTATATGAGTCTA GGTCGT AGATTGATTG -3';

所述的線性寡核苷酸鏈閉環(huán)所需要的模板(T-C1)為:

5'- ATA TAG CTC AAT CAA T -3'。

實(shí)施例2:將線性適配體改造為具有功能區(qū)和雙環(huán)區(qū)的適配體探針

將稀釋為10μM的Ap經(jīng)形單環(huán)成環(huán)反應(yīng)。反應(yīng)步驟為:(1)于恒溫金屬浴37℃中振蕩反應(yīng)30 min進(jìn)行磷酸化反應(yīng);(2)55 ℃振蕩反應(yīng)2 h進(jìn)行l(wèi)igase連接反應(yīng);(3)去模板;(4)產(chǎn)物純化,;最終得到單一的、閉合環(huán)狀A(yù)pR,按照同法得到C1,并且C1的較ApR小。然后將ApR和C1進(jìn)行互補(bǔ)雜交,得到具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)和功能區(qū)域的適配體探針。

具體包括如下步驟:

(1)將線性適配體 Ap或線性寡核苷酸C1(10nM)加入到含有其1/3體積的 ATP 和1/2體積的Polynucleotide Kinase(T4 PNK)酶的緩沖液體系中,用dd H2O稀釋十倍后,置于37℃金屬浴中,震蕩反應(yīng)30 min后,90℃退火5min,降至室溫,得到磷酸化的Ap或C1;

(2)將T- Ap或T-C1(10nM)按照Ap和T- Ap或C1和T-C1的反應(yīng)摩爾比為1:1.3的比例分別加入到步驟(1)得到的溶液中,并加入步驟(1)Ap或C1體積的2倍的10×Ligase Buffer 及4倍體積的dd H2O ,混勻,置于恒溫金屬浴中90℃退火5min后,55 ℃振蕩反應(yīng)2 h,待反應(yīng)產(chǎn)物冷卻至室溫后,加入T4 DNA Ligase ,于金屬浴中16 ℃反應(yīng)2 h,反應(yīng)結(jié)束后,65℃失活10min,降至室溫,得到Ap和T- Ap或C1和T-C1相雜交互補(bǔ)而形成的環(huán)狀DNA;(3)向步驟(2)得到的體系中分別加入步驟(1)Ap或C1體積的6倍體積的dd H2O 、4倍體積的10×T4 DNA Polymerase Buffer、1/3體積的及T4 DNA Polymerase,混勻后于恒溫金屬浴中37℃振蕩反應(yīng)16 h,結(jié)束后85 ℃失活10 min,降至室溫,得到單鏈的環(huán)狀適配體ApR或單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1;

(4)向步驟(3)獲得的體系中分別加入其體積1/10的3 M醋酸鈉溶液(20 μL)和2.5倍體積無(wú)水乙醇(500 μL),充分混勻后,豎直于-20 ℃放置1 h,結(jié)束后離心棄去上清,保留底部沉淀。沉淀用500 μL 的70% 乙醇(-20℃)打散,于4℃離心棄去上清,保留底部沉淀,將產(chǎn)物干燥。得到純化后的單鏈的環(huán)狀適配體ApR或單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1。

(5)將步驟(4)得到的堿基數(shù)目較多的單鏈的環(huán)狀適配體ApR和堿基數(shù)目較少的單鏈環(huán)狀寡核苷酸C1進(jìn)行互補(bǔ)雜交,得到含功能區(qū)(特異性)和雙環(huán)DNA區(qū)(穩(wěn)定性)的適配體探針dApR。

實(shí)施例3:變性膠電泳驗(yàn)證具有功能區(qū)和雙環(huán)區(qū)的適配體探針構(gòu)建成功

第一部分為采用變性膠電泳技術(shù)驗(yàn)證單環(huán)閉環(huán)產(chǎn)物的成功合成,首先,制備10% 變性大塊凝膠(Urea-PAGE),將合成的單環(huán)狀適配體ApR和用于雙環(huán)結(jié)構(gòu)構(gòu)建的內(nèi)環(huán)C1,以及與之相對(duì)應(yīng)的線性單鏈DNA,在相同條件下,經(jīng)行變性膠電泳,根據(jù)環(huán)狀DNA的泳動(dòng)速度相對(duì)于線性DNA較慢的定論來(lái)驗(yàn)證單環(huán)狀適配體的構(gòu)建工作是否成功。如圖1所示,環(huán)狀DNA的條帶明顯高于線性DNA的,說(shuō)明泳動(dòng)速度更慢,證明單環(huán)狀DNA的成功構(gòu)建。

第二部分,在驗(yàn)證單環(huán)閉環(huán)合成成功之后,以第一部分相同的方法來(lái)驗(yàn)證雙環(huán)適配體的構(gòu)建工作是否成功。如圖2所示,具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的dApR的條帶一次高于單環(huán)狀的ApR、和線性適配體Ap,證明具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的適配體探針的成功構(gòu)建。

實(shí)施例4:用流式細(xì)胞儀考察雙環(huán)狀適配體探針特異性捕獲目標(biāo)細(xì)胞的能力

為了驗(yàn)證經(jīng)過(guò)結(jié)構(gòu)改造的適配體仍然具有特異性識(shí)別捕獲目標(biāo)腫瘤細(xì)胞的能力,采用流式細(xì)胞術(shù)的方法,來(lái)觀察將環(huán)狀適配體探針和目標(biāo)細(xì)胞共孵育后的細(xì)胞被捕獲的情況。

具體方法為:于常規(guī)條件下培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)所需細(xì)胞懸浮株Rccf-CEM,待細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期,取約8×105個(gè)細(xì)胞加入到200 μL結(jié)合緩沖液(由含有20% FBS和0.1 mg/mL yeast tRNA的PBS組成),而后,在避光條件下,分別加入5 μL線性適配體Ap、單環(huán)適配體ApR和雙環(huán)適配體dApR(10 μM),充分混勻,于37 °C孵育過(guò)夜。將上述適配體與細(xì)胞孵育液,1000 g離心10 min,棄上清留細(xì)胞沉淀。加入新鮮1 mL PBS,再次1000 g離心10 min,目的是去除未與細(xì)胞結(jié)合的游離適配體。同樣步驟重復(fù)兩次后,加入500 μL PBS懸浮細(xì)胞,于流式細(xì)胞儀測(cè)試。

結(jié)果如圖3所示,與對(duì)照相比,Ap、ApR、與dApR結(jié)合Rccf-CEM 后的熒光強(qiáng)度均有明顯增加,其中dApR的熒光強(qiáng)度最高,ApR和Ap的熒光強(qiáng)度相當(dāng),結(jié)果表明環(huán)狀適配體均能特異性識(shí)別目標(biāo)細(xì)胞,其中具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的dApR的特異性最強(qiáng)。

實(shí)施例5:納米-雙環(huán)狀適配體探針的制備

首先,稱取3g末端為128個(gè)羧基的第4.5代聚酰胺-胺型高分子(G4.5 PAMAM dendrimers,本發(fā)明中簡(jiǎn)稱G),用N-羥基琥珀酰亞胺(N-Hydroxysuccinimide,NHS)和1-(3-二甲基丙基)-3-乙基碳二亞胺鹽酸鹽(EDC·HCl)對(duì)其末端羧基進(jìn)行活化反應(yīng)反應(yīng)2 h,置于10,000 MWCO透析袋中,透析24h,然后加入0.2 nmoL的Stre,溫和攪拌反應(yīng)過(guò)夜,次日加入0.4 nmoL實(shí)施例2獲得的雙環(huán)適配體dApR,溫和攪拌反應(yīng)2 h。反應(yīng)結(jié)束后,產(chǎn)物用50,000超濾管于低速離心機(jī)3500 g,離心10 min,重復(fù)離心兩次,最終得到納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR。

實(shí)施例6:聯(lián)合電泳檢測(cè)、激光共聚焦顯微鏡觀察、以及Zata電位檢測(cè)等技術(shù)手段來(lái)確定納米-雙環(huán)狀適配體探針構(gòu)建成功

為了驗(yàn)證本納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針的成功構(gòu)建,采用了多種手段來(lái)對(duì)所得產(chǎn)物的理化性質(zhì)進(jìn)行表征。根據(jù)納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR與其構(gòu)成部分適配體探針dApR以及納米材料G的多處理化性質(zhì)差異,其中包括:(1)dApR以及G的分子量均遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于G-dApR的分子量;(2)G-dApR以及dApR具有熒光基團(tuán)FAM而G沒(méi)有;(3)G的Zata電位為正值,而dApR以及G-dApR為負(fù)值,等等。根據(jù)上述差異,采用的方法分別為變性膠電泳手段、激光共聚焦顯微鏡下成像觀察的手段,以及zata電位檢測(cè)的手段,來(lái)檢測(cè)G-dApR是否成功構(gòu)建。

如圖4所示,表示G-dApR的條帶位置在電泳泳道口的位置,表明起分子量遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于dApR,;如圖5所示,可以看到G-dApR具有FAM基團(tuán)的吸收特性;如圖6所示,G-dApR的Zata值為負(fù)值。上述結(jié)果均符合G-dApR應(yīng)該具有的特性。證明納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR構(gòu)建成功。

實(shí)施例7:在不同PH值緩沖液條件下考察納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針的穩(wěn)定性

取等量G-dApR,置于事先制備好的相同體積的PH值分別為9.0、7.0、4.0的三種磷酸鹽緩沖液緩沖液中,同樣條件下,在室溫溫度放置,分別在第0、1、2、3、4、5、6天的相同時(shí)間點(diǎn)檢測(cè)各緩沖液中G-dApR的含量。如圖7所示,隨著時(shí)間的變化,在不同PH環(huán)境下放置一周時(shí)間內(nèi)G-dApR無(wú)明顯降解,說(shuō)明穩(wěn)定性良好。

實(shí)施例8:用激光共聚焦顯微鏡下觀察納米-雙環(huán)狀適配體探針和目標(biāo)血癌細(xì)胞的特異性結(jié)合

為了檢測(cè)納米-雙環(huán)狀適配體探針特異性捕獲目標(biāo)腫瘤細(xì)胞的能力,本發(fā)明采用了激光共聚焦顯微鏡的方法觀察的手段。

具體方法為:于常規(guī)條件下培養(yǎng)本發(fā)明所需目標(biāo)腫瘤細(xì)胞,懸浮細(xì)胞株CCRF-CEM,以及也可作為陰性對(duì)照的不表達(dá)腫瘤標(biāo)志物PTK7蛋白的懸浮細(xì)胞株Ramos,待細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期,按照每個(gè)實(shí)驗(yàn)組105個(gè)細(xì)胞的量,取相應(yīng)細(xì)胞,用無(wú)菌PBS洗滌干凈后,置于經(jīng)過(guò)滅菌的500微升EP管中,并與1% BSA封閉液溶液作用30 min,離心棄掉封閉液并用無(wú)菌PBS清洗干凈后,按照每樣品500 μL的量,向樣品加入孵育液,之后分別向各實(shí)驗(yàn)組加入5 μL G-dApR(10 μM);于37℃、5% CO2的培養(yǎng)箱中共培養(yǎng)1 h 后,洗滌除去未結(jié)合的探針G-dApR,用4%多聚甲醛在常溫條件下固定細(xì)胞,固定時(shí)間為15min,最后棄去甲醛并清洗干凈,然后用DAPI染色液避光標(biāo)記細(xì)胞核15 min;用PBS反復(fù)洗滌后,取出一點(diǎn)細(xì)胞懸液,滴加到激光共聚焦專用小皿上,并覆蓋上載玻片使形成均勻的單細(xì)胞層。

如圖9所示,本納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR和不表達(dá)把蛋白PTK7的陰性對(duì)照細(xì)胞Ramos無(wú)特異性結(jié)合,而表達(dá)把蛋白PTK7目標(biāo)腫瘤細(xì)胞CCRF-CEM的識(shí)別和捕獲性能良好。

實(shí)施例9:MTT法檢測(cè)納米-雙環(huán)狀適配體探針對(duì)血癌細(xì)胞存活率的影響

本發(fā)明也采用MTT了法檢測(cè)細(xì)胞活性的方法,來(lái)反應(yīng)納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR對(duì)目標(biāo)腫瘤細(xì)胞活性的調(diào)控。

具體方法為取處于對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的CCRF-CEM和Ramos細(xì)胞株,經(jīng)過(guò)計(jì)數(shù)后,以104個(gè)細(xì)胞/孔的量,分別懸浮于事先制得的,含有G-dApR濃度不同的無(wú)菌的培養(yǎng)基和細(xì)胞混合,并接種到96孔板中,置于5% CO2或無(wú)CO2培養(yǎng)箱中37 ℃培養(yǎng)24 h,離心棄掉含探針的培養(yǎng)基,于每孔中加入100 μL無(wú)血清、無(wú)酚紅的1640培養(yǎng)基,并于每孔加入10 μL MTT溶液,繼續(xù)孵育4 h,棄各孔上清液,每孔加入DMSO 150 μL,振蕩搖勻10 min,使藍(lán)紫色結(jié)晶全部溶解,用酶標(biāo)儀(570 nm)測(cè)定各孔光吸收值(OD值),并計(jì)算納米-雙鏈環(huán)狀適配體探針G-dApR對(duì)不同細(xì)胞的抑制率:抑制率(%)=(1-探針組平均OD值/空白對(duì)照組的平均OD值)×100%。

如圖10所示,G-dApR對(duì)目標(biāo)血癌細(xì)胞CCRF-CEM的活性有輕微的抑制作用。說(shuō)明本發(fā)明能夠下調(diào)目標(biāo)血癌細(xì)胞的活性。

實(shí)施例10:AO/EB染色法觀察納米-雙環(huán)狀適配體探針促使目標(biāo)血癌細(xì)胞凋亡

取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的腫瘤細(xì)胞,調(diào)整細(xì)胞濃度為2×105個(gè)/mL,按1.5 mL/孔接種六孔培養(yǎng)板,其中每孔加入不同濃度的G-dApR,共培養(yǎng)24 h,離心收集細(xì)胞并洗滌3次,用100~500 μL PBS懸浮細(xì)胞,并調(diào)整濃度為1×105個(gè)/mL;然后加入1 μL AO/EB染色液,混勻后于室溫避光孵育15 min后,將少量染色后的細(xì)胞懸液滴加到載玻片上,并蓋上蓋玻片,于熒光顯微鏡的GFP模塊(λex 510 nm)下觀察拍照。

如圖11所示,隨著探針濃度的增加,目標(biāo)腫瘤細(xì)胞CCRF-CEM細(xì)胞所呈現(xiàn)的顏色為逐漸產(chǎn)生黃綠色的代表凋亡的顏色,而非目標(biāo)細(xì)胞Ramos則無(wú)明顯變化,說(shuō)明本發(fā)明能夠下調(diào)目標(biāo)血癌細(xì)胞的活性。

實(shí)施例11:模擬體內(nèi)條件下對(duì)血癌細(xì)胞的檢測(cè)

為了進(jìn)一步評(píng)估納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR在動(dòng)物體內(nèi),動(dòng)態(tài)條件下捕獲血癌細(xì)胞的能力,構(gòu)建了體內(nèi)含有血癌細(xì)胞的裸鼠模型來(lái)模擬臨床腫瘤病人的體內(nèi)環(huán)境。

具體方法為:首先用Hoechst 33258將目標(biāo)血癌細(xì)胞CCRF-CEM染色15 min后,靜脈注射到裸鼠體內(nèi),而后將納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR注射到裸鼠體內(nèi)30 min后,抽取裸鼠的血液,裂解紅細(xì)胞并離心分離得到WBCs和目標(biāo)血癌細(xì)胞并進(jìn)行PBS洗滌,而后進(jìn)行共聚焦顯微鏡分析。

如圖12所示,其中因?yàn)槲磳?duì)WBCs 進(jìn)行熒光標(biāo)記,故只有在明場(chǎng)下才能觀察到它們,呈現(xiàn)亮灰色圓球狀形態(tài)(Photo);藍(lán)色(Hoechst)代表血癌細(xì)胞的細(xì)胞核;綠色(FAM)代表G-dApR與血癌細(xì)胞的結(jié)合;Merge1是藍(lán)色、綠色疊加,其代表G-dApR與CTCs的結(jié)合;Merge2是明場(chǎng)、藍(lán)色、綠色和明場(chǎng)三個(gè)通道疊加。由此,從圖中Merge 2可看出,G-dApR可以特異性地捕獲裸鼠體內(nèi)的血癌細(xì)胞,而對(duì)WBCs無(wú)任何識(shí)別能力。證明本發(fā)明對(duì)目標(biāo)血癌細(xì)胞的特異性即使在體內(nèi)環(huán)境下也能得以維持。

綜上所述,本發(fā)明可以所構(gòu)建的納米-雙環(huán)狀適配體探針G-dApR具有良好穩(wěn)定性,可特異性捕獲目標(biāo)血癌細(xì)胞,并且有效抑制其活性。有望于運(yùn)用到血癌病的臨床診斷,并把靶向地抑制血癌細(xì)胞的活性,達(dá)到診療于一體化的目的。

SEQUENCE LISTING

<110> 福州大學(xué)

<120> 一種納米-雙環(huán)狀適配體探針及其應(yīng)用

<130> 4

<160> 4

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 78

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 1

ggttagattt ctagactcat atagctcaat caatctacga ctcgatctaa ctgctgcgcc 60

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<212> DNA

<213> 人工序列

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<212> DNA

<213> 人工序列

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atatagctca atcaat 16

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