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一種58型HPV病毒E6/E7致癌基因拷貝數(shù)的絕對(duì)定量檢測(cè)方法與流程

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技術(shù)特征:

1.一種58型HPV病毒E6/E7致癌基因拷貝數(shù)的絕對(duì)定量檢測(cè)方法,其特征在于經(jīng)過(guò)下列各步驟:

(1)構(gòu)建58型HPV病毒 E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒:

a.根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中58型HPV基因序列,針對(duì)E6/E7基因47-941位點(diǎn)區(qū)域,按下述設(shè)計(jì)特異性引物:

HPV58 E6/E7For:5'-ACG GTC TGA CCG AAA CCG GTG-3'

HPV58 E6/E7Rev:5'-ACC TCA AAC CAG CCA GTA CAG-3'

b.宮頸癌細(xì)胞中總DNA的提?。合葘? mL HPV-58陽(yáng)性細(xì)胞保存液吸入1.5 mL滅菌的EP管中,在4℃下以13000rpm離心5min;棄上清,往沉淀中加入1mL Tris-HCl 洗滌緩沖液,在4℃下以13000rpm離心5min;棄上清,再加入1mL Tris-HCl洗滌緩沖液,在4℃下以13000rpm離心5min,棄上清;往沉淀中加入200 μL濃度為0.1mg/mL的蛋白酶K裂解液, 在50℃下消化過(guò)夜;然后以95℃沸水煮沸變性10min;再在4℃下以13000rpm離心5min,將上清轉(zhuǎn)移至0.5 mL EP管中,-70℃下凍存,得到58型HPV基因組DNA;

c.將步驟(1)b所得58型HPV基因組DNA通過(guò)PCR的方法,利用步驟a的特異性引物擴(kuò)增58型HPV病毒 E6/E7基因,將擴(kuò)增產(chǎn)物連接到pMD-18T Vector克隆載體上,轉(zhuǎn)化DH5α感受態(tài)細(xì)胞,挑單克隆進(jìn)行測(cè)序鑒定,獲得58型HPV目的基因序列鑒定正確的陽(yáng)性菌株;

d.將步驟(1)c所得序列鑒定正確的陽(yáng)性菌株分別進(jìn)行常規(guī)培養(yǎng),獲得58型HPV標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒,并用紫外分光光度計(jì)測(cè)定58型HPV標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的濃度,再按下列公式計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的拷貝數(shù):

Number of copies(copies/μl) = (Amount×6.022×1023)/(Length×1×109×650)

其中,Amount為紫外分光光度計(jì)測(cè)得標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒所測(cè)含量(ng/μl),Length代表模板DNA長(zhǎng)度;

(2)參照步驟(1)c所得的58型HPV目的基因序列分別設(shè)計(jì)下列58型HPV病毒 E6和E7的熒光定量PCR特異性引物:

HPV58 E6For:5'-TGT CAG GCG TTG GAG ACA TC-3'

HPV58 E6Rev:5'-ATA GCA ATC GTA AGC ACA CT-3'

HPV58 E7For:5'-ACC AAC TGA CCT ATT CTG CTA TG-3'

HPV58 E7Rev:5'-ACG TCG GTT GTT GTA CTG TTG AT-3'

(3)利用步驟(1)d所得58型HPV病毒E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒分別檢測(cè)宮頸癌細(xì)胞中的58型HPV病毒 E6和E7拷貝數(shù),具體檢測(cè)方法如下:

a.將步驟(1)d所得58型HPV病毒E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒用雙蒸水按梯度稀釋至10-7,按PCR反應(yīng)體系以SYBR法實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒擴(kuò)增效率和特異性,通過(guò)熒光定量PCR檢測(cè)直接獲得58型HPV病毒E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的擴(kuò)增曲線與溶解曲線,同時(shí)根據(jù)熒光定量PCR檢測(cè)所得標(biāo)準(zhǔn)品Ct值作為X軸,標(biāo)準(zhǔn)品拷貝數(shù)log10作為Y軸繪制標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的標(biāo)準(zhǔn)曲線,進(jìn)而得到58型HPV病毒E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的標(biāo)準(zhǔn)曲線方程:

所述PCR反應(yīng)體系如表1:

表1 熒光定量PCR反應(yīng)體系(反應(yīng)總體積為20μl)

采用的反應(yīng)程序如下:

b.按步驟(3)a提供的PCR反應(yīng)體系以SYBR法實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)細(xì)胞中HPV病毒DNA,分別根據(jù)步驟(3)a利用標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒得到標(biāo)準(zhǔn)曲線和標(biāo)準(zhǔn)曲線方程,進(jìn)而獲得宮頸癌細(xì)胞中HPV病毒 E6以及E7致癌基因DNA的絕對(duì)定量拷貝數(shù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的絕對(duì)定量檢測(cè)方法,其特征在于:所述步驟(1)58型HPV基因序列在基因庫(kù)中的收錄號(hào)為D90400.1。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的絕對(duì)定量檢測(cè)方法,其特征在于:所述步驟(3)a中用雙蒸水按梯度稀釋至10-7是指將58型HPV病毒E6/E7致癌基因共同標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒分別用雙蒸水稀釋成以下梯度:10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6、10-7。

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