本發(fā)明涉及SNP標(biāo)記的技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一個(gè)與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其制備方法。

背景技術(shù)：

我國(guó)養(yǎng)豬業(yè)歷史悠久，養(yǎng)殖規(guī)模與技術(shù)不斷擴(kuò)大與提高。然而，養(yǎng)豬業(yè)的發(fā)展也面臨著挑戰(zhàn)，其中豬的疫病控制能力尚低，對(duì)疾病的監(jiān)測(cè)、診斷、防御和撲滅等環(huán)節(jié)仍需要加強(qiáng)。為了防御疾病，藥物的大量使用使得豬肉食品安全問(wèn)題突出，因此，從培育抗病品系入手，是改善養(yǎng)豬行業(yè)的新策略和熱門(mén)研究方向。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS，genome-wide association studies)自1996年被提出(Rish N,Merikangas K,1996)，近些年成為研究復(fù)雜性狀的新方法，特別是在畜禽的重要經(jīng)濟(jì)性狀、疾病的抗性、品種的特征等性狀研究的應(yīng)用，大大豐富了畜禽標(biāo)記輔助選擇(MAS,marker assisted selection)可用的分子標(biāo)記，為畜禽重要經(jīng)濟(jì)性狀提供了遺傳基礎(chǔ)，從而克服了連鎖分析的局限性。

Klein等人利用全基因組關(guān)聯(lián)分析首次報(bào)道了與年齡相關(guān)的視網(wǎng)膜黃斑變性，在醫(yī)學(xué)界運(yùn)用人類(lèi)基因組中數(shù)量眾多的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)為標(biāo)記對(duì)病例進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，從而發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜疾病的遺傳基礎(chǔ)，這在人類(lèi)疾病研究中是一大突破。如最近利用GWAS發(fā)現(xiàn)在TCF7L2和CDKN2A/2B基因上存在與亞洲人、印度人早發(fā)型II型糖尿病有關(guān)的SNPs(Chidambaram M et al.,2016)。在畜禽上，Daetwyler等人利用Affymetrix公司的10K SNP芯片對(duì)484頭荷斯坦奶牛進(jìn)行方差組分連鎖分析和連鎖不平衡單點(diǎn)回歸分析發(fā)現(xiàn)了與305天產(chǎn)奶量、乳汁率、乳蛋白含量；體細(xì)胞評(píng)分；個(gè)體壽命；產(chǎn)犢間隔；初產(chǎn)年齡相關(guān)的102個(gè)潛在的QTL和144個(gè)顯著相關(guān)的SNPs。依賴(lài)于基因分型和高通量測(cè)序，傳統(tǒng)的分子標(biāo)記GWAS通過(guò)基因分型尋找可能影響人類(lèi)疾病的基因多態(tài)。如果將GWAS與臨床結(jié)合起來(lái)，運(yùn)用抗原作為探針，就可以利用細(xì)胞GWAS尋找真正影響發(fā)病機(jī)制的基因多態(tài)。

IFNγ(interferon gamma)是II型干擾素的唯一成員，由活化的T細(xì)胞和自然殺傷細(xì)胞產(chǎn)生，具有激活激活巨噬細(xì)胞并促進(jìn)其功能，促進(jìn)多種細(xì)胞表達(dá)MHCI類(lèi)和MHCII類(lèi)分子，促進(jìn)Th0細(xì)胞分化成Th1細(xì)胞，并抑制Th2細(xì)胞增殖等作用。Ben等人的研究發(fā)現(xiàn)，IFNγ基因存在多態(tài)，相比于正常人，在慢性乙型肝炎患者中AA基因型更容易產(chǎn)生低水平的IFNγ，這可能降低對(duì)乙型肝炎病毒的敏感性；另有研究表明IFNγ可以通過(guò)抑制粒細(xì)胞趨化蛋白2的生成而對(duì)膠原誘導(dǎo)性關(guān)節(jié)炎起保護(hù)作用；研究還發(fā)現(xiàn)IFNγ能抗肝纖維化；最新研究發(fā)現(xiàn)在I型糖尿病患者自然殺傷細(xì)胞上的MHCI類(lèi)限制性T細(xì)胞相關(guān)分子CRTAM可以觸發(fā)分泌IFNγ的自然殺傷細(xì)胞IFNγ的表達(dá)，表明CRTAM可以作為鑒定炎性細(xì)胞的一個(gè)標(biāo)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

本發(fā)明的目的在于提出一個(gè)與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，以此作為豬病毒免疫性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記在標(biāo)記輔助選擇中應(yīng)用。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提出一種與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法，可有效確定與豬病毒免疫性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs。

為達(dá)此目的，本發(fā)明采用以下技術(shù)方案：

一個(gè)與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列為：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp處有一個(gè)A11-G11的堿基突變，導(dǎo)致多態(tài)性。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述SNP分子標(biāo)記在豬病毒免疫性狀檢測(cè)中應(yīng)用。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述SNP分子標(biāo)記位于1號(hào)染色體的264617769處，即為等位基因的突變位點(diǎn)，所述SNP分子標(biāo)記與細(xì)胞因子IFNγ呈極顯著相關(guān)。

一種與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法，包括如下步驟：

(1)提取豬基因組DNA；

(2)Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)：對(duì)35日齡小豬進(jìn)行Poly I:C模擬病毒刺激，刺激4小時(shí)后采血，分離血清進(jìn)行Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)；

(3)基因分型：將所述豬基因組DNA樣品在全基因組芯片上做基因分型；

(4)細(xì)胞因子與基因型間的關(guān)聯(lián)分析：采用PLINK軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制；采用GenABEL軟件包進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，從中選取與IFNγOD值顯著關(guān)聯(lián)的SNP，注釋該SNP，再通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋?zhuān)_定與豬病毒免疫性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)，包括如下步驟：

(1)用標(biāo)準(zhǔn)品稀釋液倍比稀釋IFNγ標(biāo)準(zhǔn)液使終濃度分別為500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；

(2)用Streptavidin-HRP稀釋液將Streptavidin-HRP稀釋至終濃度2.5μL/mL；

(3)在酶標(biāo)板中每孔加50μL標(biāo)準(zhǔn)稀釋液或待測(cè)樣品，室溫孵育1h；

(4)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL生物素標(biāo)記的抗體，室溫孵育1h；

(5)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL Streptavidin-HRP，室溫孵育30min；

(6)Wash buffer清洗3次，每孔加100μLTMB底物，避光反應(yīng)30min；

(7)每孔加100μL stop solution終止反應(yīng)；

(8)酶標(biāo)儀繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)，測(cè)待測(cè)樣品OD值。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述提取豬基因組DNA為從豬血液中提取豬基因組DNA，按常規(guī)DNA提取方法得到DNA溶液，并將所述DNA溶液和1μL加樣緩沖液混勻，上樣于1.2％的瓊脂糖凝膠，120V電壓電泳20～25分鐘，紫外燈下觀測(cè)電泳結(jié)果并拍照，判斷DNA的完整性；對(duì)提取后的DNA進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，A260/A280的比值在1.8-2.2之間，A260/A230在1.8-2.2之間被判定為合格。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述全基因組芯片中包含61177個(gè)SNP位點(diǎn)，所述質(zhì)量控制為采用PLINK軟件對(duì)所有個(gè)體的原始基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢驗(yàn)，以SNP基因型檢出率(SNP call rate)>90％、最小等位基因頻率(minor allele frequency,MAF)>0.01、哈代-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)檢驗(yàn)的P值<10-5以及樣本檢出率(sample call rate)>90％指標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)，質(zhì)控后共得到43481個(gè)SNP。

本發(fā)明的有益效果：本發(fā)明通過(guò)運(yùn)用了全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法尋找得到了與豬病毒免疫性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其中從獲得的核苷酸序列可以看到在該序列的第11位堿基處有一個(gè)A11-G11的堿基突變，導(dǎo)致多態(tài)性；所述的SNP分子標(biāo)記可用于豬細(xì)胞因子性狀的檢測(cè)，即作為豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記在標(biāo)記輔助選擇中的應(yīng)用，為豬病毒免疫性狀的標(biāo)記輔助選擇提供了一個(gè)新的SNP分子標(biāo)記。

附圖說(shuō)明

圖1是本發(fā)明一種與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法的一個(gè)實(shí)施例的技術(shù)流程圖；

圖2是本發(fā)明得到的DRGA0002194分子標(biāo)記序列，其中DRGA0002194是原SNP芯片序列號(hào)碼，經(jīng)過(guò)檢測(cè)分析得到本發(fā)明關(guān)聯(lián)的SNP分子標(biāo)記；該SNP分子標(biāo)記位于豬1號(hào)染色體的264617769處，即為等位基因的突變位點(diǎn)；

圖3是本發(fā)明全基因組關(guān)聯(lián)分析得到的曼哈頓圖。

具體實(shí)施方式

下面結(jié)合附圖并通過(guò)具體實(shí)施方式來(lái)進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明的技術(shù)方案。

一個(gè)與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列為：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp處有一個(gè)A11-G11的堿基突變，導(dǎo)致多態(tài)性。本發(fā)明主要涉及一個(gè)與豬細(xì)胞因子性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，通過(guò)運(yùn)用了全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS,genome-wide association studies)的方法尋找得到了與豬病毒免疫性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其中從獲得的核苷酸序列可以看到在該序列的第11位堿基處有一個(gè)A11-G11的堿基突變，導(dǎo)致多態(tài)性；所述的SNP分子標(biāo)記可用于豬細(xì)胞因子性狀的檢測(cè)，即作為豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記在標(biāo)記輔助選擇中應(yīng)用，為豬病毒免疫性狀的標(biāo)記輔助選擇提供了一個(gè)新的SNP分子標(biāo)記。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述SNP分子標(biāo)記在豬病毒免疫性狀檢測(cè)中應(yīng)用。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述SNP分子標(biāo)記位于1號(hào)染色體的264617769處，即為等位基因的突變位點(diǎn)，所述SNP分子標(biāo)記與細(xì)胞因子IFNγ呈極顯著相關(guān)。

如圖1所示，一種與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法，包括如下步驟：

(1)提取豬基因組DNA；

(2)Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)：對(duì)35日齡小豬進(jìn)行Poly I:C模擬病毒刺激，刺激4小時(shí)后采血，分離血清進(jìn)行Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)；

(3)基因分型：將所述豬基因組DNA樣品在全基因組芯片上做基因分型；

(4)細(xì)胞因子與基因型間的關(guān)聯(lián)分析：采用PLINK軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制；采用GenABEL軟件包進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，從中選取與IFNγOD值顯著關(guān)聯(lián)的SNP，注釋該SNP，再通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋?zhuān)_定與豬病毒免疫性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs。本發(fā)明通過(guò)提取豬基因組DNA在全基因組芯片上進(jìn)行基因分型；并對(duì)35日齡小豬模擬病毒刺激后采血，進(jìn)行Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)；最后通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法進(jìn)行細(xì)胞因子與基因型間的關(guān)聯(lián)分析，從而有效確定與豬病毒免疫性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs，得到了與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，為豬的分子標(biāo)記輔助選擇提供了新的分子標(biāo)記。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述Elisa細(xì)胞因子檢測(cè)，包括如下步驟：

(1)用標(biāo)準(zhǔn)品稀釋液倍比稀釋IFNγ標(biāo)準(zhǔn)液使終濃度分別為500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；

(2)用Streptavidin-HRP稀釋液將Streptavidin-HRP稀釋至終濃度2.5μL/mL；

(3)在酶標(biāo)板中每孔加50μL標(biāo)準(zhǔn)稀釋液或待測(cè)樣品，室溫孵育1h；

(4)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL生物素標(biāo)記的抗體，室溫孵育1h；

(5)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL Streptavidin-HRP，室溫孵育30min；

(6)Wash buffer清洗3次，每孔加100μLTMB底物，避光反應(yīng)30min；

(7)每孔加100μL stop solution終止反應(yīng)；

(8)酶標(biāo)儀繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)，測(cè)待測(cè)樣品OD值。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述提取豬基因組DNA為從豬血液中提取豬基因組DNA，按常規(guī)DNA提取方法得到DNA溶液，并將所述DNA溶液和1μL加樣緩沖液混勻，上樣于1.2％的瓊脂糖凝膠，120V電壓電泳20～25分鐘，紫外燈下觀測(cè)電泳結(jié)果并拍照，判斷DNA的完整性；對(duì)提取后的DNA進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，A260/A280的比值在1.8-2.2之間，A260/A230在1.8-2.2之間被判定為合格。

進(jìn)一步說(shuō)明，所述全基因組芯片中包含61177個(gè)SNP位點(diǎn)，所述質(zhì)量控制為采用PLINK軟件對(duì)所有個(gè)體的原始基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢驗(yàn)，以SNP基因型檢出率(SNP call rate)>90％、最小等位基因頻率(minor allele frequency,MAF)>0.01、哈代-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)檢驗(yàn)的P值<10-5以及樣本檢出率(sample call rate)>90％指標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)，質(zhì)控后共得到43481個(gè)SNP。

實(shí)施例

1、實(shí)驗(yàn)樣品采集

實(shí)驗(yàn)豬群來(lái)自杜洛克×二花臉F₂群體的293頭小豬；豬群自由采食、飲水，整個(gè)飼喂方式、飼養(yǎng)條件等始終保持一致，為常規(guī)方法。

對(duì)所有35日齡小豬注射Poly I:C后4小時(shí)內(nèi)采血，用抗凝管采集血液，4℃保存?zhèn)溆?；同時(shí)采集小豬耳樣，用于提取豬基因組DNA。(具體方法參照北京天根生化技術(shù)有限公司生產(chǎn)的基因組DNA試劑盒提供的說(shuō)明書(shū))

2、Elisa細(xì)胞因子測(cè)定

檢測(cè)所用試劑盒購(gòu)自Thermofisher公司(Porcine INFγElisa kit)

(1)用標(biāo)準(zhǔn)品稀釋液倍比稀釋IFNγ標(biāo)準(zhǔn)液使終濃度分別為500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；

(2)用Streptavidin-HRP稀釋液將Streptavidin-HRP稀釋至終濃2.5μL/mL；

(3)在酶標(biāo)板中每孔加50μL標(biāo)準(zhǔn)稀釋液或待測(cè)樣品，室溫孵育1h；

(4)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL生物素標(biāo)記的抗體，室溫孵育1h；

(5)用Wash buffer清洗3次，每孔加100μL Streptavidin-HRP，室溫孵育30min；

(6)Wash buffer清洗3次，每孔加100μLTMB底物，避光反應(yīng)30min；

(7)每孔加100μL stop solution終止反應(yīng)；

(8)酶標(biāo)儀繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)，測(cè)待測(cè)樣品OD值。

3、豬基因組DNA的提取與檢測(cè)

試驗(yàn)采用北京天根生化技術(shù)有限公司生產(chǎn)的基因組DNA試劑盒(TIANamp Genomic DNA Kit)從豬血液中提取豬基因組DNA，具體操作步驟如下：

(1)用豬血加入抗凝管，加200μL裂解液，加入200μL緩沖液體GA(該試劑盒自帶)，振蕩至徹底懸浮；

(2)加入20μL蛋白酶K溶液(該試劑盒自帶)，混勻，置于56℃水浴鍋消化過(guò)夜；

(3)加入200μL緩沖液GB(該試劑盒自帶)，充分顛倒混勻，70℃放置10分鐘，溶液應(yīng)變清亮，簡(jiǎn)短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠；

(4)加入200μL無(wú)水乙醇，充分振蕩混勻15秒，此時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)絮狀沉淀，簡(jiǎn)短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠；

(5)將上一步所得溶液和絮狀沉淀都加入一個(gè)吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中)，12000rpm(～13,400×g)離心30sec，倒掉廢液，將吸附柱CB3放回收集管中；

(6)向吸附柱CB3中加入500μL緩沖液GD(該試劑盒自帶)，12000rpm離心30秒，倒掉廢液，將吸附柱CB3放入收集管中；

(7)向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW(該試劑盒自帶)，12000rpm離心30秒，倒掉廢液，將吸附柱CB3放入收集管中；

(8)重復(fù)操作步驟7；

(9)將吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm離心2分鐘，倒掉廢液。將吸附柱CB3置于室溫放置數(shù)分鐘，徹底晾干吸附材料中殘余的漂洗液；

(10)將吸附柱CB3轉(zhuǎn)入一個(gè)干凈的離心管中，向吸附膜的中間部位懸空滴加50-200μL洗脫緩沖液TE，室溫放置2-5分鐘，12,000rpm離心2分鐘，將溶液收集到離心管中；

(11)取2μL上一步所得溶液DNA溶液和1μL加樣緩沖液混勻，上樣于1.2％的瓊脂糖凝膠，120V電壓電泳20分鐘，紫外燈下觀測(cè)電泳結(jié)果并拍照，以判斷DNA的完整性；用NanoDrop 2000核酸蛋白分析儀(Thermo Fisher Scientific，USA)對(duì)提取后的DNA進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，A260/A280的比值在1.8-2.2之間，A260/A230在1.8-2.2之間被判定為合格；對(duì)合格的DNA進(jìn)行濃度測(cè)定，然后將濃度統(tǒng)一稀釋至200ng/μL，放入-20℃的冰箱存放；不合格的DNA樣品則需要重新提取。

4、SNP芯片基因型判定及基因型數(shù)據(jù)的質(zhì)控

將293頭豬血液中提取的基因組DNA樣品在Illumina公司研制的Porcine SN P60BeadChip全基因組芯片上雜交，該芯片中包含61177個(gè)SNP位點(diǎn)。

采用PLINK軟件對(duì)所有個(gè)體的原始基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)可靠性，以SNP基因型檢出率(SNP call rate)>90％、最小等位基因頻率(minor allele frequency，M AF)>0.01、哈代-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium,HWE)檢驗(yàn)的P值<10^-5以及樣本檢出率(sample call rate)>90％指標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)，質(zhì)控后共得到43481個(gè)SNP。

5、數(shù)據(jù)整理與分析

(1)表型數(shù)據(jù)分析

利用R統(tǒng)計(jì)分析軟件，對(duì)細(xì)胞因子測(cè)定值進(jìn)行正態(tài)性檢驗(yàn)，結(jié)果顯示該性狀基本符合正態(tài)分布。

(2)全基因組關(guān)聯(lián)分析

采用GenABEL軟件，進(jìn)行GWAS分析，運(yùn)用下述混合線(xiàn)性模型分析數(shù)據(jù)，模型為：Y＝Xβ+Zu+e；

其中，Y為處理后的性狀值；β為固定效應(yīng)(包括性別效應(yīng)和批次效應(yīng))，μ為隨機(jī)加性效應(yīng)；X和Z為已知設(shè)計(jì)矩陣；e為未觀測(cè)到的殘基向量。

(3)檢驗(yàn)SNP與性狀關(guān)聯(lián)的顯著性

當(dāng)某個(gè)SNP符合P<1.15×10^-6條件時(shí)，則這個(gè)SNP達(dá)到了全基因組的基因組水平顯著。

(4)SNP注釋

根據(jù)芯片SNP信息，在Ensembl網(wǎng)站(www.ensembl.org)的Sus scrofa Buid10.2數(shù)據(jù)庫(kù)中，運(yùn)用Variant Effect Predictor工具，注釋該SNP，即確定SNP位點(diǎn)所在染色體及其在染色體上的物理位置，并由此確定這些顯著SNPs在Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)中已知基因的內(nèi)部還是側(cè)翼區(qū)域內(nèi)；再利用生物信息學(xué)方法，根據(jù)Ensem bl、NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)、DAVID(david.abcc.ncifcrf.gov)等網(wǎng)站提供的基因結(jié)構(gòu)、基因類(lèi)型、基因功能和通路等信息，對(duì)目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋?zhuān)M(jìn)一步確定與豬細(xì)胞因子性狀相關(guān)聯(lián)的SNPs，如圖2所示，得到的DRGA0002194分子標(biāo)記序列。

6、結(jié)果分析

R統(tǒng)計(jì)豬細(xì)胞因子表型性狀數(shù)據(jù)檢測(cè)統(tǒng)計(jì)結(jié)果見(jiàn)表1-2。

表1DRGA0002194的基因型分布

由表1可知：在280個(gè)個(gè)體里面，AA基因型個(gè)體有0個(gè)，AG基因型個(gè)體有13個(gè)，GG基因型個(gè)體有267個(gè)，初步說(shuō)明A為次等位基因(MAF)，該位點(diǎn)可能受過(guò)選擇。

表2細(xì)胞因子表型性狀

表3多態(tài)性位點(diǎn)DRGA0002194基因型與細(xì)胞因子IFNγ的關(guān)聯(lián)分析

注：**表示差異極顯著P<0.01

由表2、3可知：IFNγ的方差為0.0116，DRGA0002194與IFNγ的關(guān)聯(lián)P值低于1.15×10^-6的標(biāo)準(zhǔn)，說(shuō)明DRGA0002194與細(xì)胞因子IFNγ呈極顯著相關(guān)。如圖3所示，全基因組關(guān)聯(lián)分析得到的曼哈頓圖。

以上結(jié)合具體實(shí)施例描述了本發(fā)明的技術(shù)原理。這些描述只是為了解釋本發(fā)明的原理，而不能以任何方式解釋為對(duì)本發(fā)明保護(hù)范圍的限制?；诖颂幍慕忉?zhuān)绢I(lǐng)域的技術(shù)人員不需要付出創(chuàng)造性的勞動(dòng)即可聯(lián)想到本發(fā)明的其它具體實(shí)施方式，這些方式都將落入本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。

<110> 佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院

<120> 一個(gè)與豬細(xì)胞因子IFNγ相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其制備方法

<160> 1

<210> 1

<211> 21

<212> DNA

<213> 豬（Sus scrofa)

<400> 1

cactttagga rttcctgtttt 21