本發(fā)明涉及分子生物學及玉米育種
技術領域：
，特別涉及糯玉米淀粉分子標記
技術領域：
，具體是指一種糯玉米淀粉峰值黏度(PeakViscosity，PV)主效QTL位點的分子標記及應用。
背景技術：
：糯玉米含有豐富的營養(yǎng)成份，在中國和東南亞國家主要用作鮮食，因而品質是決定糯玉米經(jīng)濟價值高低的重要因素之一。淀粉黏度性狀(RVA(rapidvisco-analysis)黏度譜值，通過快速黏度分析儀測定)已被證明可廣泛應用于評價谷類作物的籽粒品質，包括糯玉米。籽粒淀粉黏度性狀中的峰值黏度、終值黏度、崩解值與糯玉米食味品質呈顯著或極顯著正相關，特別是峰值黏度對鮮食糯玉米的食味品質有重要的決定作用。淀粉黏度性狀是經(jīng)典的數(shù)量性狀，由涉及許多淀粉相關基因的復雜遺傳系統(tǒng)調節(jié)，同時還受到非遺傳和環(huán)境因素的影響。由于這種數(shù)量遺傳特性，糯玉米育種者很難通過常規(guī)方法有效地進行糯玉米籽粒品質的改良。隨著現(xiàn)代生物技術的發(fā)展，特別是分子生物學的發(fā)展，使剖析作物重要性狀的多基因遺傳行為成為可能，有利于推動傳統(tǒng)的“經(jīng)驗育種”向高效的“精確分子育種”轉變。利用玉米基因組學和生物信息學的最新研究成果，構建實用、經(jīng)濟、高效的分子育種技術體系，高效改良目標性狀，已經(jīng)成為現(xiàn)代育種的重要研究方向。大量與淀粉RVA黏度譜相關的QTL研究已經(jīng)在多種作物中有所報道，包括水稻(Bao等2000；Bao等2002；Hsu等2014；Xu等2015；Yacouba等2013；Yan等2014；Zhang等2013)，大麥(Wang等2010)和小麥(Liang等2009)。然而，目前尚無與糯玉米淀粉黏度特性遺傳機制相關的研究報道。因此，開展糯玉米食味品質顯著相關的淀粉峰值黏度的遺傳基礎研究，鑒定基因組中調控淀粉峰值黏度性狀的主效QTL位點，挖掘優(yōu)異等位變異，開發(fā)靶標分子標記，對于選育優(yōu)質糯玉米品種具有極其重要的意義。技術實現(xiàn)要素：為了克服上述現(xiàn)有技術中的缺點，本發(fā)明的一個目的在于提供一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記，其可以檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，適于大規(guī)模推廣應用。本發(fā)明的另一目的在于提供一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記，其設計巧妙，檢測簡便快捷，成本低，適于大規(guī)模推廣應用。本發(fā)明的另一目的在于提供一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記的應用，其可以用于檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以用于對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，適于大規(guī)模推廣應用。本發(fā)明的另一目的在于提供一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記的應用，其設計巧妙，檢測簡便快捷，成本低，適于大規(guī)模推廣應用。為達到以上目的，在本發(fā)明的第一方面，提供一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記，其特點是，所述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記特異性檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424。較佳地，所述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記包括第一分子標記和第二分子標記，所述第一分子標記特異性檢測所述玉米SNP位點PZE-104141018，所述第二分子標記特異性檢測所述玉米SNP位點PZE-104141424。更佳地，所述第一分子標記是第一CAPS分子標記，所述第一CAPS分子標記包括SEQIDNO:1和SEQIDNO:2所示的第一引物對，所述第二分子標記是第二CAPS分子標記，所述第二CAPS分子標記包括SEQIDNO:3和SEQIDNO:4所示的第二引物對。在本發(fā)明的第二方面，提供了一種利用分子標記檢測糯玉米淀粉峰值黏度高低的方法，其特點是，包括以下步驟：(1)提取待測糯玉米的基因組DNA；(2)采用上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記對所述基因組DNA進行檢測；(3)當檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G且檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A時，所述待測糯玉米為淀粉高峰值黏度糯玉米，否則，所述待測糯玉米為淀粉低峰值黏度糯玉米。較佳地，在所述步驟(2)中，采用CAPS分子標記對所述基因組DNA進行檢測的步驟具體包括：(21)對所述基因組DNA采用所述第一引物對進行PCR擴增獲得第一擴增產(chǎn)物，采用EaeI酶切所述第一擴增產(chǎn)物；(22)對所述基因組DNA采用所述第二引物對進行PCR擴增獲得第二擴增產(chǎn)物，采用HinfI酶切所述第二擴增產(chǎn)物，在所述步驟(3)中，若所述第一擴增產(chǎn)物酶切得到196bp和65bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G，若所述第二擴增產(chǎn)物酶切得到132bp和40bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A。在本發(fā)明的第三方面，提供了一種利用分子標記輔助淀粉高峰值黏度糯玉米育種的方法，其特點是，包括以下步驟：(A)提取待測糯玉米的基因組DNA；(B)采用上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記對所述基因組DNA進行檢測；(C)當檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G且檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A時，所述待測糯玉米為淀粉高峰值黏度糯玉米，將所述淀粉高峰值黏度糯玉米應用于糯玉米品質育種。較佳地，在所述步驟(B)中，采用CAPS分子標記對所述基因組DNA進行檢測的步驟具體包括：(B1)對所述基因組DNA采用所述第一引物對進行PCR擴增獲得第一擴增產(chǎn)物，采用EaeI酶切所述第一擴增產(chǎn)物；(B2)對所述基因組DNA采用所述第二引物對進行PCR擴增獲得第二擴增產(chǎn)物，采用HinfI酶切所述第二擴增產(chǎn)物，在所述步驟(C)中，若所述第一擴增產(chǎn)物酶切得到196bp和65bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G，若所述第二擴增產(chǎn)物酶切得到132bp和40bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A。在本發(fā)明的第四方面，提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低中的應用。在本發(fā)明的第五方面，提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行選擇中的應用。在本發(fā)明的第六方面，提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種中的應用。本發(fā)明的有益效果主要在于：1、本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記特異性檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424，當檢測到玉米SNP位點PZE-104141018為G且檢測到玉米SNP位點PZE-104141424為A時，待測糯玉米為淀粉高峰值黏度糯玉米，否則，為淀粉低峰值黏度糯玉米，因此，其可以檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，適于大規(guī)模推廣應用。2、本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記特異性檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424，當檢測到玉米SNP位點PZE-104141018為G且檢測到玉米SNP位點PZE-104141424為A時，待測糯玉米為淀粉高峰值黏度糯玉米，否則，為淀粉低峰值黏度糯玉米，因此，其設計巧妙，檢測簡便快捷，成本低，適于大規(guī)模推廣應用。3、本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記的應用可以用于檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以用于對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，適于大規(guī)模推廣應用。4、本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記的應用可以用于檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以用于對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，設計巧妙，檢測簡便快捷，成本低，適于大規(guī)模推廣應用。本發(fā)明的這些和其它目的、特點和優(yōu)勢，通過下述的詳細說明、附圖和權利要求得以充分體現(xiàn)，并可通過所附權利要求中特地指出的手段、裝置和它們的組合得以實現(xiàn)。附圖說明圖1是本發(fā)明中利用RIL群體定位糯玉米淀粉峰值黏度主效QTLqPV4-1的遺傳圖譜，其中，1為13PV，2為14PV，3為15PV。圖2為dCAPS標記PvdCAPS1在重組自交系中PCR擴增及酶切后的8％聚丙烯凝膠電泳圖。圖3為dCAPS標記PvdCAPS2在重組自交系中PCR擴增及酶切后的8％聚丙烯凝膠電泳圖。具體實施方式本發(fā)明人經(jīng)過深入的研究，首次揭示一種糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記，利用其可以有效地對糯玉米籽粒品質進行高效改良。本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記特異性檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424。所述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記可以是單個標記，可以同時檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424，也可以是兩個標記，分別檢測玉米SNP位點PZE-104141018和玉米SNP位點PZE-104141424，較佳地，所述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記包括第一分子標記和第二分子標記，所述第一分子標記特異性檢測所述玉米SNP位點PZE-104141018，所述第二分子標記特異性檢測所述玉米SNP位點PZE-104141424。所述第一分子標記可以是任何合適的分子標記，所述第二分子標記可以是任何合適的分子標記，更佳地，所述第一分子標記是第一CAPS分子標記，所述第一CAPS分子標記包括SEQIDNO:1和SEQIDNO:2所示的第一引物對，所述第二分子標記是第二CAPS分子標記，所述第二CAPS分子標記包括SEQIDNO:3和SEQIDNO:4所示的第二引物對。本發(fā)明還提供了一種利用分子標記檢測糯玉米淀粉峰值黏度高低的方法，其特點是，包括以下步驟：(1)提取待測糯玉米的基因組DNA；(2)采用上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記對所述基因組DNA進行檢測；(3)當檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G且檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A時，所述待測糯玉米為淀粉高峰值黏度糯玉米，否則，所述待測糯玉米為淀粉低峰值黏度糯玉米。既然可以確定所述待測糯玉米是否為淀粉高峰值黏度糯玉米，則上述方法顯然還可以用于對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行選擇。在所述步驟(2)中，采用CAPS分子標記對所述基因組DNA進行檢測的步驟具體包括：(21)對所述基因組DNA采用所述第一引物對進行PCR擴增獲得第一擴增產(chǎn)物，采用EaeI酶切所述第一擴增產(chǎn)物；(22)對所述基因組DNA采用所述第二引物對進行PCR擴增獲得第二擴增產(chǎn)物，采用HinfI酶切所述第二擴增產(chǎn)物，在所述步驟(3)中，若所述第一擴增產(chǎn)物酶切得到196bp和65bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141018為G，若所述第二擴增產(chǎn)物酶切得到132bp和40bp的產(chǎn)物則表明檢測到所述玉米SNP位點PZE-104141424為A。本發(fā)明還提供了一種利用分子標記輔助淀粉高峰值黏度糯玉米育種的方法，其是在上述獲得淀粉高峰值黏度糯玉米的情況下，將該淀粉高峰值黏度糯玉米應用于糯玉米品質育種。本發(fā)明還提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低中的應用。本發(fā)明還提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行選擇中的應用。本發(fā)明還提供了上述的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記在淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種中的應用。下面結合具體實施例，進一步闡述本發(fā)明。應理解，這些實施例僅用于說明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實施例中未注明具體條件的實驗方法，通常按照常規(guī)條件如J.薩姆布魯克等編著，分子克隆實驗指南，第三版，科學出版社，2002中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。實施例1、糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點qPV4-1的定位1.試驗材料通系5(母本，高淀粉峰值黏度)和衡白522(父本，低淀粉峰值黏度)兩親本雜交后采用單粒傳法構建了包含198個家系的重組自交系(RIL)群體(由江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學研究所提供)。2.性狀測定供試RIL群體于2013-2015年在江蘇南通進行田間試驗，所有家系及兩親本的籽粒淀粉黏度性狀采用澳大利亞NewportScientific儀器公司生產(chǎn)的3-D型快速黏度分析儀(Rapidviscoanalyzer，RVA儀)進行測定。3.基因分型與QTL定位本發(fā)明利用包含56000個SNP標記的CGMB50KSNP芯片(由中玉金標記(北京)生物技術股份有限公司提供，http://cgmb.com.cn/)對所有家系及其兩個親本進行基因型分析，CGMB50KSNP芯片及群體基因分型由中玉金標記(北京)生物技術股份有限公司完成。應用JoinMap4.0軟件構建遺傳連鎖圖譜(參數(shù)設置為默認值)，獲得包含2703個SNPs(binmarkers)的糯玉米高密度遺傳圖譜，該圖譜總圖距1876.20cM，標記間平均距離為0.73cM?；谌考蚁档谋憩F(xiàn)型(其中，13PV表示2013年淀粉峰值黏度，14PV表示2014年淀粉峰值黏度、15PV表示2015年淀粉峰值黏度)和基因型數(shù)據(jù)，采用QTLIcimapping軟件的ICIM加性作圖方法進行QTL定位(參數(shù)設置為默認值)。QTL定位結果表明，在糯玉米第4染色體上檢測到一個在所有環(huán)境中均能穩(wěn)定表達的調控糯玉米峰值黏度的主效QTL位點，命名為qPV4-1(請參見圖1)。該位點介于SNP標記PZE-104141018(http://www.maizegdb.org/data_center/locus/2802067)與SNP標記PZE-104141424(http://www.maizegdb.org/data_center/locus/2802070)之間(兩個標記間遺傳距離為0.198cM(～475.4kb)，qPV4-1與兩標記間的遺傳距離分別約為0.12cM和0.078cM)，可解釋總表型變異11.82％-15.51％，其平均加性效應為221.8cP，增效基因來自母本自交系通系5。其中，PZE-104141018的等位變異為A/G，優(yōu)異等位變異為G；PZE-104141424的等位變異為A/C，優(yōu)異等位變異為A(表1)。表1198個RIL家系PZE-104141018和PZE-104141424等位基因型LinesPZE-104141018PZE-104141424LinesPZE-104141018PZE-104141424NT-1GGAANT-41AACCNT-2AACCNT-42GGAANT-3AACCNT-43GGAANT-4GGAANT-44GGAANT-5AACCNT-45AACCNT-6AACCNT-46GGAANT-7GGAANT-47AACCNT-8GGAANT-48GGAANT-9AACCNT-49AACCNT-10GGCCNT-50AACCNT-11GGCCNT-51AACCNT-12AACCNT-52AACCNT-13AACCNT-53AACCNT-14AACCNT-54GGAANT-15GGAANT-55GGAANT-16AACCNT-56GGAANT-17GGAANT-57AACCNT-18GGAANT-58GGCCNT-19AACCNT-59GGAANT-20GGAANT-60AACCNT-21AACCNT-61GGAANT-22GGCCNT-62GGAANT-23GGAANT-63AACCNT-24AACCNT-64GGAANT-25GGAANT-65GGAANT-26AACCNT-66GGAANT-27GGCCNT-67GGCCNT-28GGAANT-68AACCNT-29GGCCNT-69AACCNT-30GGAANT-70GGAANT-31GGCCNT-71AACCNT-32GGAANT-72GGCCNT-33AACCNT-73GGAANT-34AACCNT-74AACCNT-35GGAANT-75AACCNT-36GGAANT-76GGAANT-37GGAANT-77AACCNT-38AACCNT-78GGAANT-39AACCNT-79GGAANT-40AACCNT-80GGAA(續(xù)表1)LinesPZE-104141018PZE-104141424LinesPZE-104141018PZE-104141424NT-81GGAANT-121GGAANT-82AACCNT-122AACCNT-83AACCNT-123AACCNT-84GGCCNT-124GGAANT-85GGAANT-125AACCNT-86AACCNT-126GGAANT-87AACCNT-127GGAANT-88AACCNT-128AACCNT-89GGAANT-129AACCNT-90GGAANT-130GGAANT-91AACCNT-131AACCNT-92AACCNT-132GGAANT-93AACCNT-133AACCNT-94AACCNT-134GGAANT-95GGAANT-135GGAANT-96GGAANT-136AACCNT-97GGAANT-137GGAANT-98GGAANT-138GGAANT-99GGAANT-139GGAANT-100AACCNT-140AACCNT-101GGAANT-141GGCCNT-102GGAANT-142AACCNT-103GGAANT-143GGAANT-104GGAANT-144AACCNT-105GGAANT-145GGAANT-106GGAANT-146GGAANT-107GGAANT-147GGAANT-108AACCNT-148GGAANT-109GGAANT-149AACCNT-110AACCNT-150AACCNT-111GGAANT-151AACCNT-112AACCNT-152AACCNT-113GGAANT-153GGAANT-114AACCNT-154AACCNT-115GGAANT-155AACCNT-116AACCNT-156GGAANT-117AACCNT-157AACCNT-118GGAANT-158GGAANT-119GGCCNT-159GGCCNT-120GGAANT-160GGAA(續(xù)表1)LinesPZE-104141018PZE-104141424LinesPZE-104141018PZE-104141424NT-161AACCNT-180GGAANT-162AACCNT-181GGAANT-163AACCNT-182AACCNT-164GGAANT-183GGAANT-165GGAANT-184GGAANT-166GGAANT-185GGAANT-167AACCNT-186AACCNT-168AACCNT-187AACCNT-169AACCNT-188AACCNT-170GGAANT-189AACCNT-171AACCNT-190AACCNT-172GGAANT-191AACCNT-173AACCNT-192GGAANT-174GGAANT-193GGAANT-175AACCNT-194AACCNT-176AACCNT-195AACCNT-177AACCNT-196GGAANT-178AACCNT-197GGAANT-179GGAANT-198AACC實施例2、基于糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點qPV4-1緊密連鎖的SNP位點開發(fā)dCAPS標記根據(jù)檢測到的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點qPV4-1緊密連鎖的SNP位點PZE-104141018和SNP位點PZE-104141424相關序列信息，從玉米基因組數(shù)據(jù)庫(http://www.maizegdb.org)分別下載上述SNP位點兩側各延伸500bp的堿基序列，所得序列總長度1000bp左右。利用Primer5.0軟件設計PCR引物，要求擴增產(chǎn)物必須含有SNP位點的核苷酸，產(chǎn)物大小100-300bp。然后根據(jù)PZE-104141018和PZE-104141424的ID序列信息，利用在線工具dCAPSFinder2.0(http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html)選擇限制性內(nèi)切酶。經(jīng)過對所設計的PCR引物及選擇的限制性內(nèi)切酶進行PCR體系研究與優(yōu)化、擴增及酶切產(chǎn)物測序驗證后，獲得兩個理想的dCAPS標記，分別為PvdCAPS1和PvdCAPS2。兩標記PvdCAPS1和PvdCAPS2的引物對序列、限制性內(nèi)切酶、PCR擴增產(chǎn)物及限制性酶切產(chǎn)物大小見表2。表2兩個dCAPS標記、引物、限制性內(nèi)切酶及擴增片段信息上述方法中，PCR擴增反應體系為25μL反應體系：10×Buffer2.5μL；dNTP(10mM/mL)2μL；正反向引物(20μL)各0.5μL；Taq酶(5U/μL)0.2μL；DNA(200ng/μL)2.5μL；ddH2O16.8μL。PCR反應程序：94℃5min，94℃30s，55℃40s，72℃40s；35個循環(huán)，72℃10min，4℃保存。其中采用PvdCAPS1引物擴增的DNA片段長261bp，在該擴增片段序列197位點處存在A與G的單核苷酸多態(tài)性位點(AGCCC/GGCCC)，限制性內(nèi)切酶EaeI可以識別GGCC；PCR擴增產(chǎn)物經(jīng)EaeI酶切后，含G位點的DNA片段(SEQIDNO:5)被酶切成196bp和65bp的兩個片段，而含有A位點的DNA片段不能被EaeI酶切(圖2)。其中采用PvdCAPS2引物擴增的DNA片段長172bp，在該擴增片段序列133位點處存在A與C的單核苷酸多態(tài)性位點(ACTG/CCTG)，限制性內(nèi)切酶HinfI可以識別ACTG；PCR擴增產(chǎn)物經(jīng)HinfI酶切后，含A位點的DNA片段(SEQIDNO:6)被酶切成132bp和40bp的兩個片段，而含有C位點的DNA片段不能被HinfI酶切(圖3)。實施例3、利用dCAPS標記進行糯玉米淀粉峰值黏度選擇應用利用開發(fā)出的PvdCAPS1和PvdCAPS2的PCR引物對及對應的限制性內(nèi)切酶對通系5×衡白522雜交后衍生的198份RIL家系(即實施例1的重組自交系(RIL)群體)進行PCR擴增與酶切反應。圖2和圖3分別為PvdCAPS1和PvdCAPS2在重組自交系中PCR擴增及酶切后的8％聚丙烯凝膠電泳圖的部分截圖。198份RIL家系中，能被PvdCAPS1和PvdCAPS2的引物對PCR，擴增產(chǎn)物能被對應的限制性內(nèi)切酶EaeI和HinfI酶切，分別產(chǎn)生196bp、65bp和132bp、40bpDNA片段的家系有94個；能被PvdCAPS1和PvdCAPS2的引物對PCR，但擴增產(chǎn)物不能被EaeI和HinfI酶切的家系有91個；能被PvdCAPS1和PvdCAPS2的引物對PCR，并且擴增產(chǎn)物只能被EaeI酶切的家系有13個(表3)。表3兩個SNP位點的基因型對應的家系數(shù)及其淀粉峰值黏度評價注：G和A分別為PZE-104141018和PZE-104141424優(yōu)異等位變異。結合各家系籽粒淀粉峰值黏度性狀測定數(shù)據(jù)表明(表3)，同時能被EaeI和HinfI酶切(具有與糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點qPV4-1緊密連鎖的SNP位點PZE-104141018和PZE-104141424的優(yōu)異等變異G和A)的家系，其籽粒淀粉峰值黏度值較其他家系高，比不能被兩種限制性內(nèi)切酶酶切家系高出241.25cP(高15.5％)，比僅能被EaeI酶切的家系高158.04cP(高9.6％)。因此在育種中同時選擇兩個標記的優(yōu)異等位變異，即利用PvdCAPS1標記引物PCR得到的擴增產(chǎn)物經(jīng)EaeI酶切后得到196bp和65bp的DNA片段，并且利用PvdCAPS2標記引物PCR得到的擴增產(chǎn)物經(jīng)HinfI酶切后得到132bp和40bp的DNA片段，則可顯著提高淀粉峰值黏度，待測糯玉米種質為候選高峰值黏度的優(yōu)質糯玉米。該候選高峰值黏度的優(yōu)質糯玉米可以進一步用于糯玉米品質育種。因此，本發(fā)明通過QTL分析，在糯玉米第4號染色體上檢測到一個淀粉峰值黏度主效QTL位點qPV4-1，可解釋總表型變異11.82％～15.51％，其加性效應為221.8cP。該主效QTL位于SNP標記PZE-104141018、SNP標記PZE-104141424之間；根據(jù)上述兩個與主效QTL位點緊密連鎖的SNP標記開發(fā)的dCAPS標記PvdCAPS1和PvdCAPS2可以對糯玉米籽粒的淀粉峰值黏度進行有效選擇，同時可用于糯玉米籽粒淀粉高峰值黏度的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程。綜上，本發(fā)明的糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記可以檢測糯玉米淀粉峰值黏度的高低，從而可以對糯玉米的淀粉峰值黏度的高低進行有效選擇，還可以用于淀粉高峰值黏度糯玉米的分子標記輔助育種，加速糯玉米優(yōu)良品質育種的進程，且設計巧妙，檢測簡便快捷，成本低，適于大規(guī)模推廣應用。由此可見，本發(fā)明的目的已經(jīng)完整并有效的予以實現(xiàn)。本發(fā)明的功能及結構原理已在實施例中予以展示和說明，在不背離所述原理下，實施方式可作任意修改。所以，本發(fā)明包括了基于權利要求精神及權利要求范圍的所有變形實施方式。序列表<110>江蘇沿江地區(qū)農(nóng)業(yè)科學研究所<120>糯玉米淀粉峰值黏度主效QTL位點的分子標記及應用<160>6<210>1<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<222>(1)...(20)<223>擴增玉米SNP位點PZE-104141018的上游引物<400>1caaccagcaggaagattgaa20<210>2<211>20<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<222>(1)...(20)<223>擴增玉米SNP位點PZE-104141018的下游引物<400>2cagcctaaccgttaagcatt20<210>3<211>25<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<222>(1)...(25)<223>擴增玉米SNP位點PZE-104141424的上游引物<400>3cctgtgtgtatggtagtcaaatcaa25<210>4<211>25<212>DNA<213>人工序列<220><221>misc_feature<222>(1)...(25)<223>擴增玉米SNP位點PZE-104141424的下游引物<400>4cccttaataattctcctgttcgtag25<210>5<211>261<212>DNA<213>玉米（ZeamaysL.）<220><221>misc_feature<222>(1)...(261)<223>采用PvdCAPS1的引物對擴增玉米的基因組DNA的擴增序列<400>5caaccagcaggaagattgaaaattccaacgttgcgcgatttacgcaagaaaataagaaac60aacttatgtttacagttgtaggcacgcatccgctgatgccggcagaagacatctctgcca120aatcatctatggttcgagggtggtaaatgcaccatatgacagtctatttgaagacgtggg180ttctaggttataccgtggcccagcagtgcatcaaccaaagtaaagctatttaaatccata240taatgcttaacggttaggctg261<210>6<211>172<212>DNA<213>玉米（ZeamaysL.）<220><221>misc_feature<222>(1)...(172)<223>采用PvdCAPS2的引物對擴增玉米的基因組DNA的擴增序列<400>6cctgtgtgtatggtagtcaaatcaagcgcttgactgtgcacaggtagctatgctacgggt60gccaccactttgtgagggcctagatcattagcattttgatatgatgcagcgtgtcacctt120tgtctgctaatgactgtcgctgacaccctacgaacaggagaattattaaggg172當前第1頁1 2 3