本發(fā)明涉及一個輔助選擇水稻粒長基因qgl4leyd的分子標(biāo)記gl4j，gl4j的序列為上游序列：5’-taccgttcgagtaaaccc-3’，以及下游序列：5’-ctgcttcccttgtgctt-3’。

背景技術(shù)：

水稻是重要的糧食作物。我國從南到北均可種植水稻。水稻生產(chǎn)關(guān)乎國家糧食安全。我國水稻育種選育不同粒長水稻的傳統(tǒng)方法均是通過表型鑒定進行的，在水稻成熟后對粒長進行鑒定并作出選擇。通過分子標(biāo)記對水稻粒長相關(guān)基因進行選擇可以在水稻苗期即對粒長進行選擇，可以大大提高育種效率。水稻的粒長是一個數(shù)量性狀，受多個數(shù)量性狀基因座位(qtl)控制。為了有效的提高育種效率，加快育種進程，本發(fā)明提出一個輔助選擇水稻粒長基因qgl4leyd的分子標(biāo)記gl4j，gl4j的序列為上游序列：5’-taccgttcgagtaaaccc-3’，以及下游序列：5’-ctgcttcccttgtgctt-3’。本發(fā)明相比傳統(tǒng)的表型選擇方法可大大加快育種效率。例如，傳統(tǒng)方法是在水稻成熟后對粒長進行鑒定并作出選擇，確定了候選單株之后，再利用候選單株在下一代進行雜交或作其他用途；而本發(fā)明公開的方法可在水稻苗期即通過分子標(biāo)記確定不同粒長的候選單株，在當(dāng)代即可進行雜交或作其他用途，大大提高了育種效率。

技術(shù)實現(xiàn)要素：

本發(fā)明公開了一個輔助選擇位于水稻第4染色體的粒長基因qgl4leyd的分子標(biāo)記gl4j。gl4j的序列為上游序列：5’-taccgttcgagtaaaccc-3’，以及下游序列：5’-ctgcttcccttgtgctt-3’。gl4j標(biāo)記應(yīng)用于檢測水稻品種lemont和水稻品種揚稻4號組配獲得的分離群體fn(n≥2)的單株，利用gl4j標(biāo)記與qgl4leyd基因連鎖的特點，無需等到水稻成熟期進行粒長鑒定，在分離群體的苗期即可檢測出某一個單株在qgl4leyd座位攜帶的粒長等位基因，在苗期即可選擇不同粒長的水稻單株，可大大提高育種效率。

具體實施方式

實施例1：在水稻品種lemont和水稻品種揚稻4號雜交組配的f9代分離群體中，gl4j標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚稻4號作父本進行雜交并構(gòu)建f9代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚稻4號為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚稻4號由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個包括219個單株在內(nèi)的f9分離群體于2015年5月播種在杭州市富陽區(qū)中國水稻研究所試驗場。

2.利用標(biāo)記gl4j對這個219個單株的分離群體每一單株進行pcr檢測，利用標(biāo)記gl4j與基因qgl4leyd連鎖的特點，可檢測出哪個單株在qgl4leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增lemont的帶型來追蹤qgl4leyd座位的lemont等位基因)；哪個單株在qgl4leyd座位攜帶揚稻4號的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增揚稻4號的帶型來追蹤qgl4leyd座位的揚稻4號等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表1)。

表1.在f9世代利用gl4j標(biāo)記進行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f9群體于2015年5月播種于杭州

實施例2：在水稻品種lemont和水稻品種揚稻4號雜交組配的f10代分離群體中，gl4j標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚稻4號作父本進行雜交并構(gòu)建f10代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚稻4號為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚稻4號由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個包括219個單株在內(nèi)的f10分離群體于2015年11月播種在海南陵水縣中國水稻研究所試驗中心。

2.利用標(biāo)記gl4j對這個219個單株的分離群體每一單株進行pcr檢測，利用標(biāo)記gl4j與基因qgl4leyd連鎖的特點，可檢測出哪個單株在qgl4leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增lemont的帶型來追蹤qgl4leyd座位的lemont等位基因)；哪個單株在qgl4leyd座位攜帶揚稻4號的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增揚稻4號的帶型來追蹤qgl4leyd座位的揚稻4號等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表2)。

表2.在f10世代利用gl4j標(biāo)記進行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f10群體于2015年11月播種于海南陵水

實施例3：在水稻品種lemont和水稻品種揚稻4號雜交組配的f11代分離群體中，gl4j標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚稻4號作父本進行雜交并構(gòu)建f11代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚稻4號為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚稻4號由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個包括219個單株在內(nèi)的f11分離群體于2016年5月播種在杭州市富陽區(qū)中國水稻研究所試驗站。

2.利用標(biāo)記gl4j對這個219個單株的分離群體每一單株進行pcr檢測，利用標(biāo)記gl4j與基因qgl4leyd連鎖的特點，可檢測出哪個單株在qgl4leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增lemont的帶型來追蹤qgl4leyd座位的lemont等位基因)；哪個單株在qgl4leyd座位攜帶揚稻4號的等位基因(用gl4j標(biāo)記擴增揚稻4號的帶型來追蹤qgl4leyd座位的揚稻4號等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表3)。

表3.在f11世代利用gl4j標(biāo)記進行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f11群體于2016年5月播種于杭州富陽

以上3個實施例子pcr擴增所用到的葉片dna的提取方法采用通用的ctab方法；gl4j分子標(biāo)記的pcr擴增程序為94℃5分鐘，35個循環(huán)的94℃30秒、50℃30秒、72℃1分鐘，及最后的72℃7分鐘；pcr擴增產(chǎn)物采用通用的變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法和硝酸銀染色法進行檢測。由于這些方法都是通用的常規(guī)實驗方法，因此在這里不再贅述。

最后，需要指出的是，本發(fā)明不僅僅限于以上的實施例子，本領(lǐng)域技術(shù)人員從本發(fā)明公開內(nèi)容直接推導(dǎo)或聯(lián)想到的所有變通情況，均認為是本發(fā)明的保護范圍。例如，gl4j分子標(biāo)記不僅僅局限于應(yīng)用在lemont和揚稻4號組配的fn(n≥2)分離群體，也可應(yīng)用于lemont和揚稻4號組配的bckfm(k≥1，m≥1)群體等。