本發(fā)明屬于生物，具體?涉及一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、甜瓜（ cucumis?melo?l.?）是重要的葫蘆科作物，其果實富含較高的維生素和礦物質(zhì)，經(jīng)濟價值高，是世界十大水果之一，具有較高營養(yǎng)價值和經(jīng)濟價值。雖然中國的甜瓜栽培歷史悠久，且栽培面積和產(chǎn)量居世界首位，但果實品質(zhì)良莠不齊，市場品質(zhì)控制亟需從源頭得到解決。

2、甜瓜果實的甜味是甜瓜重要的風(fēng)味品質(zhì)，甜味主要由果肉中的可溶性糖含量決定，而可溶性糖是可溶性固形物的主要組分，通過直觀測定果肉中可溶性固形物含量，是目前通行的、快速鑒別甜瓜果肉甜度的有效方法。目前對控制甜瓜可溶性固形物含量及甜度的研究已有進展，楊永等（2022）以“高糖vzx×低糖材料hp”為親本構(gòu)建f2群體，利用bsa方法，在8號染色體上定位到跨度為3.29mb的qtl；以“usda-846-1?×?top?mark”為親本構(gòu)建重組自交系，shahwar等（2023）分別在1、2、6、7、8、9、10號染色體上定位到與可溶性固形物含量相關(guān)的qtl?，F(xiàn)有技術(shù)沒有記載對果實可溶性固形物含量的鑒定。本專利通過全基因組關(guān)聯(lián)分析檢測到與甜瓜果實可溶性固形物含量相關(guān)的顯著性位點，鑒定到控制甜瓜果實可溶性固形物含量的基因及snp變異位點，開發(fā)了一個共顯性caps標記，并在甜瓜自然群體中進行驗證，結(jié)果表明，該標記可以用于指導(dǎo)鑒定甜瓜可溶性固形物含量高低的分子標記輔助育種。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明提供一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記及應(yīng)用，用于苗期判斷甜瓜果實可溶性固形物含量的高低，初判果實甜度，加快高糖甜瓜的選育過程。

2、本發(fā)明提供一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記，命名為ssc-caps分子標記，該標記位于甜瓜基因組dhl92?v3.6.1第2號染色體第21,807,825至21,808,062位，核苷酸序列如seq?id?no.1所示，同時該分子標記位于染色體上 melo3c026992基因（chr02:21802395..21807407）的啟動子區(qū)域，該基因的編碼序列如seq?id?no.2所示，啟動子序列如seq?id?no.3所示。

3、如上述，snp變異位點位于seq?id?no.1所示序列的第37位，且所述snp位點為c/g二元等位變異。

4、如上述，snp變異位點上，含有等位變異c的甜瓜材料，其果實平均可溶性固形物含量表現(xiàn)為低值；含有等位變異g的甜瓜材料，其果實平均可溶性固形物含量表現(xiàn)為高值。

5、本發(fā)明還提供一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記的檢測引物，引物對的核苷酸序列如表2所示，以及能夠識別上述snp位點的限制性內(nèi)切酶taq1。該分子標記屬于caps標記。

6、本發(fā)明還提供一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的方法，所述方法包括應(yīng)用上述分子標記的步驟。

7、上述鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的方法，包括以下步驟：

8、（1）提取被檢測甜瓜樣品的基因組dna；

9、（2）以步驟（1）獲得的dna為模板，利用上述的特異性引物進行pcr擴增，并以taq1酶對擴增產(chǎn)物進行酶切、電泳和/或基因組測序。

10、（3）根據(jù)步驟（2）進行電泳和/或基因組測序結(jié)果進行判定，判定標準為：

11、如果電泳產(chǎn)物有一條長度為237bp的特征條帶，或如?seq?id?no.1?所示序列，則該樣品為果實高可溶性固形物含量的性狀；如果電泳產(chǎn)物有一條長度為201bp的特征條帶，或如?seq?id?no.4?所示序列，則該樣品為果實低可溶性固形物含量的性狀；如果電泳產(chǎn)物有兩條長度分別為201bp和237bp的特征條帶，則說明該樣品基因型為雜合。

12、效果：本發(fā)明提供的上述分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，snp位點位于seq?id?no.1所示序列的第37位，該snp位點為c/g，高可溶性固形物含量果實的等位變異為g，低可溶性固形物含量果實的等位變異為c，并開發(fā)了能夠識別該snp位點的caps標記。利用本發(fā)明提供的上述分子標記能夠鑒定甜瓜可溶性固形物含量的高低，區(qū)分高可溶性固形物含量甜瓜和低可溶性固形物含量甜瓜，實現(xiàn)在苗期判斷高可溶性固形物含量的甜瓜材料，初步篩選高糖甜瓜材料，加速高糖甜瓜的選育過程。

技術(shù)特征：

1.一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記，其特征在于：該分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，位于甜瓜第2號染色體，seq?id?no.1所示的核苷酸序列的第37位snp存在c/g二元多態(tài)性。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記，其特征在于：分子標記位點位于melo3c026992基因的啟動子序列，該基因的編碼序列如seq?id?no.2所示，啟動子序列如seq?id?no.3所示。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記，其特征在于：該分子標記為caps標記；

4.一種權(quán)利要求1所述的分子標記在鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低中的應(yīng)用。

5.一種使用權(quán)利要求1所述分子標記的鑒定方法，其特征在于：包括以下步驟：

6.一種用于鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的試劑盒，其特征在于，包含權(quán)利要求3中所述的分子標記。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種鑒定甜瓜果實可溶性固形物含量高低的分子標記，其核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示，位于甜瓜第2號染色體。SEQ?ID?NO.1所示序列的第37位為SNP位點，且該位點為二元等位變異g/c。所述SNP的等位變異g對應(yīng)高可溶性固形物含量，等位變異c對應(yīng)低可溶性固形物含量。本發(fā)明還提供了一種基于該等位變異開發(fā)的CAPS分子標記及其應(yīng)用方法，該分子標記能夠區(qū)分甜瓜果實可溶性固形物含量高低，實現(xiàn)在苗期對育種材料或商業(yè)品種果實甜度的初判，大大縮短育種周期和商用品種選擇時間。本發(fā)明還提供一種上述CAPS分子標記的特異性引物對及其檢測試劑盒的應(yīng)用。

技術(shù)研發(fā)人員：胡建斌,牛旭旭,王盼喬,毛文文,李瓊,侯娟,李翔,曹磊,強軍豪,李文龍,陳瑩瑩,曹晨晨,孟晴,劉穎,范君龍,郭巖,程志強
受保護的技術(shù)使用者：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/30