本發(fā)明涉及分子遺傳育種，特別是涉及一種與鮮食大豆莢寬相關(guān)的kasp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、鮮食大豆莢寬是影響大豆產(chǎn)量和外觀品質(zhì)的重要農(nóng)藝性狀。近年來，隨著消費者對食品口感和營養(yǎng)價值的日益提高，鮮食大豆的市場需求逐漸增加，通過對鮮食大豆莢寬的研究，可以為鮮食大豆育種提供重要理論依據(jù)，培育出既高產(chǎn)又優(yōu)質(zhì)的新品種，滿足市場需求。

2、kasp(kompetitive?allele?specific?pcr)標(biāo)記與ssr、rflp和aflp等傳統(tǒng)分子標(biāo)記技術(shù)相比具有操作簡便、結(jié)果準(zhǔn)確、成本低廉等優(yōu)點，已廣泛應(yīng)用于植物遺傳育種、基因組學(xué)研究等領(lǐng)域。利用gwas(genome-wide?association?study)關(guān)聯(lián)分析挖掘與鮮食大豆莢寬顯著關(guān)聯(lián)的qtl位點，根據(jù)其序列開發(fā)kasp標(biāo)記。目前對大豆資源的利用程度較低，鮮食大豆專用品種較少，利用鮮食大豆莢寬相關(guān)的kasp分子標(biāo)記對不同來源的鮮食大豆材料進(jìn)行基因分型和分子標(biāo)記輔助育種，可以穩(wěn)定地提高育種效率。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、有鑒于此，本發(fā)明的目的在于提供一種與鮮食大豆莢寬相關(guān)的kasp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了如下方案：

2、一種與鮮食大豆莢寬相關(guān)的kasp分子標(biāo)記，所述kasp分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，seq?id?no.1所示序列的第151位存在t/a堿基突變，該位點寬豆莢基因型為a，窄豆莢基因型為t。

3、seq?id?no.1：

4、cccctgcataatcgttgtcagtgtaagcaagaagctctttgtttcctccctttttgtagaaaattccaaa

5、ctcagttgttccctttaaatatctcagcacccttttggctgctagtaaatgcagctcagtaggattctcc

6、atgtacctgcwaattaagttcaccacaaacatcatatcgggccgagtagatgttagatacataagacttc

7、ccacaatttgtttatagtaagtcttatccacctttacaccagtgtcgtcctttgtgagtttaacaccaggaacaattggagtttgcaccga，其中w＝t或a。

8、所述的kasp分子標(biāo)記或檢測所述的kasp分子標(biāo)記的試劑在以下任一項的應(yīng)用：a在鑒定鮮食大豆莢寬中的應(yīng)用；

9、b在改良鮮食大豆種質(zhì)資源中的應(yīng)用；

10、c在培育高產(chǎn)鮮食大豆中的應(yīng)用。

11、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，檢測所述的kasp分子標(biāo)記的試劑為檢測所述的kasp分子標(biāo)記的引物組合。

12、作為本發(fā)明的進(jìn)一步優(yōu)選，所述引物組合由以下引物組成：

13、正向引物f1-fam：seq?id?no.2；

14、正向引物f2-hex：seq?id?no.3；

15、反向引物r：seq?id?no.4。

16、一種擴增所述的kasp分子標(biāo)記引物組合，所述引物組合由以下引物組成：

17、正向引物f1-fam：seq?id?no.2；

18、正向引物f2-hex：seq?id?no.3；

19、反向引物r：seq?id?no.4。

20、一種鑒定鮮食大豆莢寬的方法，包括以下步驟：以待測大豆樣品的基因組dna為模板，利用所述的引物組合進(jìn)行熒光定量pcr擴增，根據(jù)所得擴增產(chǎn)物的熒光檢測結(jié)果進(jìn)行基因型分型，如果樣品pcr產(chǎn)物只檢測到f1-fam對應(yīng)的熒光信號，則檢測位點的基因型為t，判定為窄莢寬單株；如果樣品pcr產(chǎn)物只檢測到了f2-hex對應(yīng)的熒光信號，則檢測位點基因型為a，判定為寬莢寬單株。

21、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，所述的熒光定量pcr反應(yīng)體系如下：

22、

23、其中，所述的引物混合液為權(quán)利要求5所述的引物組合的混合液。

24、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，pcr擴增程序：

25、第一輪循環(huán)

26、

27、本發(fā)明的有益效果是：本發(fā)明開發(fā)了與鮮食大豆莢寬顯著相關(guān)的kasp分子標(biāo)記，可對大豆莢寬進(jìn)行判定，具有操作簡便、成本低廉的特點。有利于培育高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)鮮食大豆品種，輔助鮮食大豆分子育種，提高育種效率，縮短育種周期，具有廣闊的應(yīng)用前景。

技術(shù)特征：

1.一種與鮮食大豆莢寬相關(guān)的kasp分子標(biāo)記，其特征在于，所述kasp分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，seq?id?no.1所示序列的第151位存在t/a堿基突變，該位點寬豆莢基因型為a，窄豆莢基因型為t。

2.權(quán)利要求1所述的kasp分子標(biāo)記或檢測權(quán)利要求1所述的kasp分子標(biāo)記的試劑在以下任一項的應(yīng)用：

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的檢測權(quán)利要求1所述的kasp分子標(biāo)記的試劑為檢測權(quán)利要求1所述的kasp分子標(biāo)記的引物組合。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，所述引物組合由以下引物組成：

5.一種擴增權(quán)利要求1所述的kasp分子標(biāo)記的引物組合。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的引物組合，其特征在于，所述引物組合由以下引物組成：

7.一種鑒定鮮食大豆莢寬的方法，其特征在于，包括以下步驟：以待測大豆樣品的基因組dna為模板，利用權(quán)利要求5所述的引物組合進(jìn)行熒光定量pcr擴增，根據(jù)所得擴增產(chǎn)物的熒光檢測結(jié)果進(jìn)行基因型分型，如果樣品pcr產(chǎn)物只檢測到f1-fam對應(yīng)的熒光信號，則檢測位點的基因型為t，判定為窄莢寬單株；如果樣品pcr產(chǎn)物只檢測到了f2-hex對應(yīng)的熒光信號，則檢測位點基因型為a，判定為寬莢寬單株。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，所述的熒光定量pcr反應(yīng)體系如下：

9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，pcr擴增程序：

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種與鮮食大豆莢寬相關(guān)的KASP分子標(biāo)記及其引物和應(yīng)用。上述莢寬KASP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1所示，該序列的第151位存在T/A堿基突變，其中寬豆莢基因型為A，窄豆莢基因型為T。一種擴增本發(fā)明所述的KASP分子標(biāo)記的引物組合，由SEQ?ID?NO：2?4所示的引物組成。本發(fā)明公開的KASP標(biāo)記可以快速高效地鑒定待檢測大豆的莢寬，可大幅度提高大豆育種效率。

技術(shù)研發(fā)人員：戴冬青,薛晨晨,黃璐,張曉燕,陳新,袁星星,劉金洋
受保護(hù)的技術(shù)使用者：江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/23