本發(fā)明屬于分子標記，涉及一組用于巴音布魯克羊快速鑒定的snp位點。

背景技術：

1、巴音布魯克羊是重要的新疆地方綿羊品種，經(jīng)過長期選育，具有早熟、耐粗飼，適應性強、抗病力強等特點，能適應高寒惡劣氣候，是肉脂毛絨兼用的優(yōu)良地方品種之一。然而，巴音布魯克羊的養(yǎng)殖和繁育中存在許多不容忽視的問題，例如缺乏科學的繁育方法，忽視了對公羊的飼養(yǎng)，使得后代出現(xiàn)品種退化、羊只體重差異大、肉質參差不齊等問題，再加上基礎設施條件差、飼草供應不均衡、缺乏科學的飼養(yǎng)管理手段等，進一步增加了巴音布魯克羊種群繁育工作難度，這就需要建立健全巴音布魯克羊的繁殖體系，培育生產(chǎn)性能優(yōu)良的優(yōu)質品種。

2、單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphism，snp)作為分布廣泛的遺傳分子標記，具有密度高、遺傳穩(wěn)定性強和易于自動化分析等特點，因而得到越來越多的應用。根據(jù)snp的不同功能，不僅能用于優(yōu)良性狀選育，還能用于品種鑒定、遺傳多樣性分析等研究。目前，可用于巴音布魯克羊品種鑒定的snp位點的相關研究成果仍較匱乏，限制了巴音布魯克羊種群的健康發(fā)展。

技術實現(xiàn)思路

1、為了加快巴音布魯克羊育種進程，高效、準確地鑒定出批量樣品的基因型，本發(fā)明基于重測序數(shù)據(jù)，對巴音布魯克羊進行全基因組關聯(lián)分析，篩選出250個存在于巴音布魯克羊的特異性snp位點，所述snp位點如no.1～no.250所示：

2、

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4、

5、

6、

7、，所述snp位點位于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0。

8、進一步，所述snp位點由如下步驟篩選：

9、1)測序：將巴音布魯克羊的血液樣本進行基因組重測序，得到每個樣本的fastq.gz下機數(shù)據(jù)。

10、2)格式轉換：將fastq.gz下機數(shù)據(jù)經(jīng)過fastqc軟件的質量控制、bwa軟件的序列比對、samtools軟件的排序以及去除重復、gatk軟件的變異調用，得到vcf.gz格式文件。

11、3)過濾：利用gatk、bcftools和plink軟件進行過濾，得到等位基因頻率大于0.1、位點缺失率小于0.1且哈代-溫伯格平衡檢驗p值大于0.001的位點；利用plink軟件去除連鎖位點，條件：窗口大小為50snp、步長為10snp、ld閾值為0.2。

12、4)初篩：利用plink軟件計算巴音布魯克羊和其他不同品種綿羊的群體固定指數(shù)(fst)，篩選出巴音布魯克羊fst最高的前10000個snp位點。

13、5)復篩：利用python中的隨機森林模型和支持向量機器學習的方法篩選最佳位點，用分層抽樣方法將10000個snp位點按8:2的比例分為訓練集和測試集，利用隨機森林模型的特征重要性，選擇最重要的snp特征。

14、6)位點保留：輸出隨機森林模型和支持向量機器學習得到最佳模型下的250個snp位點。

15、另一方面，本發(fā)明還提供上述snp位點在制備液相芯片中的應用，所述液相芯片中含有分子探針，所述分子探針用于特異性檢測上述snp位點。

16、在上述應用中，所述分子探針的制備方法為：將snp位點no.1～no.250在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到包括snp位點在內(nèi)的長度為121bp的堿基序列，將所述堿基序列的反向互補序列作為所述snp位點的分子探針。

17、此外，本發(fā)明還請求保護一種snp液相芯片，所述snp液相芯片中含有分子探針，所述分子探針用于特異性檢測上述snp位點。

18、最后，本發(fā)明還請求保護上述snp位點在巴音布魯克羊基因分型檢測、品種鑒定、遺傳育種、遺傳多樣性分析中的應用。

19、與現(xiàn)有技術相比，本發(fā)明“一組用于巴音布魯克羊快速鑒定的snp位點”具有以下有益效果：

20、本發(fā)明基于重測序數(shù)據(jù)，對巴音布魯克羊進行全基因組關聯(lián)分析，篩選出250個存在于巴音布魯克羊的特異性snp位點，本發(fā)明提供的snp位點在用于巴音布魯克羊鑒定時，準確率為97.76％，可用于巴音布魯克羊的品種鑒定、遺傳育種等工作，幫助建立健全巴音布魯克羊種質資源，促進種群健康發(fā)展。

技術特征：

1.一組巴音布魯克羊的snp位點，其特征在于，所述snp位點如no.1～no.250所示：

2.根據(jù)權利要求1所述的巴音布魯克羊snp位點，其特征在于，由如下步驟篩選：

3.權利要求1所述的snp位點在制備液相芯片中的應用，其特征在于，所述液相芯片中含有分子探針，所述分子探針用于特異性檢測權利要求1所述的snp位點。

4.根據(jù)權利要求3所述的應用，其特征在于，所述分子探針的制備方法為：將snp位點no.1～no.250在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到包括snp位點在內(nèi)的長度為121bp的堿基序列，將所述堿基序列的反向互補序列作為所述snp位點的分子探針。

5.一種snp液相芯片，其特征在于，所述snp液相芯片中含有分子探針，所述分子探針用于特異性檢測權利要求1所述的snp位點。

6.權利要求1所述的snp位點在基因分型檢測中的應用。

7.權利要求1所述的snp位點在品種鑒定中的應用。

8.權利要求1所述的snp位點在遺傳育種中的應用。

9.權利要求1所述的snp位點在遺傳多樣性分析中的應用。

技術總結
本發(fā)明屬于分子標記技術領域，公開了一組用于巴音布魯克羊快速鑒定的SNP位點。本發(fā)明基于重測序數(shù)據(jù)，對巴音布魯克羊進行全基因組關聯(lián)分析，篩選出250個存在于巴音布魯克羊的特異性SNP位點，所述SNP位點可用于巴音布魯克羊的品種鑒定，鑒定準確率為97.76％。本發(fā)明在巴音布魯克羊的遺傳育種、品種鑒定等方面具有重要的貢獻意義。

技術研發(fā)人員：鄭文新,吳偉偉,林長春,宮平,魏佩玲,張蓉銀,邢巍婷,呂雪峰,劉建,耿娟
受保護的技術使用者：新疆畜牧科學院畜牧業(yè)質量標準研究所（新疆維吾爾自治區(qū)種羊與羊毛羊絨質量安全監(jiān)督檢驗中心）
技術研發(fā)日：
技術公布日：2025/1/2