本發(fā)明屬于生物檢測，公開了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合。

背景技術(shù)：

1、在畜牧業(yè)領(lǐng)域，隨著消費(fèi)者對高品質(zhì)、特色化畜產(chǎn)品需求的增加，動物品種的準(zhǔn)確鑒定成為了提升畜產(chǎn)品質(zhì)量、保護(hù)地方種質(zhì)資源及促進(jìn)畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要環(huán)節(jié)。塔什庫爾干羊，作為新疆塔什庫爾干塔吉克自治縣獨(dú)有的地方優(yōu)良品種，以其獨(dú)特的生長環(huán)境適應(yīng)性、肉質(zhì)鮮美及優(yōu)良的遺傳特性而聞名，深受市場青睞。然而，傳統(tǒng)上依賴于形態(tài)特征、生產(chǎn)性能及血緣譜系的鑒定方法，不僅耗時(shí)費(fèi)力，且易受主觀因素及環(huán)境因素干擾，難以實(shí)現(xiàn)快速、準(zhǔn)確的品種鑒定。

2、近年來，隨著分子生物學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展，特別是單核苷酸多態(tài)性(snp)標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)與應(yīng)用，為動物品種鑒定提供了一種高效、精確的新途徑。snp作為基因組中最常見的遺傳變異形式，具有數(shù)量多、分布廣、遺傳穩(wěn)定性高等特點(diǎn)，通過特定snp位點(diǎn)的組合分析，可以實(shí)現(xiàn)對動物品種的快速、準(zhǔn)確識別。針對塔什庫爾干羊這一珍稀品種，開發(fā)一套基于snp位點(diǎn)的快速鑒定體系，不僅能夠?yàn)樗矌鞝柛裳虻姆N質(zhì)資源保護(hù)、遺傳育種研究及市場推廣提供有力支撐，還能有效避免品種混雜，保障養(yǎng)殖戶的合法權(quán)益，推動塔什庫爾干羊產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展。

3、因此，本發(fā)明旨在通過深入研究塔什庫爾干羊基因組中的snp變異，篩選并組合出一組具有高度特異性和準(zhǔn)確性的snp位點(diǎn)，以此構(gòu)建一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的方法，旨在解決現(xiàn)有鑒定技術(shù)中存在的不足，滿足畜牧業(yè)發(fā)展對高效、精準(zhǔn)品種鑒定的迫切需求。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、為克服上述現(xiàn)有技術(shù)問題，本發(fā)明提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合。相比于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)在于提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合，其用于塔什庫爾干羊快速鑒定時(shí)具有高度特異性和較高的預(yù)測準(zhǔn)確率。

2、一方面，本發(fā)明涉及一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合，其特征在于，由位于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中的50個snp位點(diǎn)組成，分別編號為no.1～no.50，具體信息如下：

3、

4、另一方面，本發(fā)明涉及一種鑒定塔什庫爾干羊品種的方法，其包括：采集待檢測樣本的基因序列，檢測所述塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合的snp位點(diǎn)的突變情況，確定所述待檢測樣本的品種。

5、進(jìn)一步地，在本發(fā)明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據(jù)所述snp位點(diǎn)的位置，在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到長度為121bp的堿基序列，將所述長度為121bp的堿基序列的反向互補(bǔ)序列作為所述snp位點(diǎn)的探針序列。

6、進(jìn)一步地，在本發(fā)明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據(jù)所述突變情況進(jìn)行基因分型。

7、進(jìn)一步地，在本發(fā)明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，所述基因分型包括：提取所述待檢測樣本的基因組dna得到dna樣品，檢測dna樣品的質(zhì)量，液相芯片檢測，對檢測獲得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控、比對以及snp檢測得到所述基因分型的結(jié)果。

8、進(jìn)一步地，在本發(fā)明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，所述質(zhì)控采用fastp軟件，比對采用bwa軟件，snp檢測采用gatk軟件。

9、進(jìn)一步地，在本發(fā)明提供的鑒定塔什庫爾干羊品種的方法中，根據(jù)所述基因分型的結(jié)果，基于分類器算法進(jìn)行品種鑒定。

10、另一方面，本發(fā)明涉及所述塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合在區(qū)別綿羊品種中的應(yīng)用，從多個綿羊基因組dna中區(qū)分塔什庫爾干羊品種。

11、另一方面，本發(fā)明涉及一種用于塔什庫爾干羊品種鑒定的基因芯片，其由檢測所述用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合的位點(diǎn)構(gòu)成。

12、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明提供的技術(shù)方案至少具備下述的有益效果或優(yōu)點(diǎn)。

13、本發(fā)明基于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中所披露的第1～26染色體和第x染色體(或稱性染色體)，定位到于塔什庫爾干羊品種緊密相連的50個snp位點(diǎn)，本發(fā)明的snp位點(diǎn)組合應(yīng)用于塔什庫爾干羊品種的品種鑒定時(shí)，其預(yù)測準(zhǔn)確率為96.15％。

14、相對于傳統(tǒng)的固相芯片，本發(fā)明將塔什庫爾干羊的snp位點(diǎn)制作為液相芯片，靈活性較高，可以根據(jù)應(yīng)用需要隨時(shí)添加標(biāo)記位點(diǎn)。本發(fā)明的塔什庫爾干羊液相芯片基于靶向捕獲測序技術(shù)，不僅可以對目標(biāo)位點(diǎn)進(jìn)行分型，同時(shí)目標(biāo)位點(diǎn)周圍一定范圍內(nèi)的snp也可以被準(zhǔn)確分型，可以得到比標(biāo)記位點(diǎn)更多的snp分型信息。相比于全基因組重測序，本發(fā)明提供的塔什庫爾干羊液相芯片依托二代測序平臺，分型成本較低，具有明顯的價(jià)格優(yōu)勢，可以進(jìn)行塔什庫爾干羊的大規(guī)模分型，進(jìn)而促進(jìn)塔什庫爾干羊的育種工作。本發(fā)明的塔什庫爾干羊液相芯片可用于塔什庫爾干羊的品種鑒定、親緣關(guān)系鑒定以及種質(zhì)資源改良。

技術(shù)特征：

1.一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合，其特征在于，由位于綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0中的50個snp位點(diǎn)組成，分別編號為no.1～no.50；

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合，其特征在于，所述no.1的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.2的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.3的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.4的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.5的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.6的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.7的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.8的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.9的參考堿基為g，突變堿基為t；所述no.10的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.11的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.12的參考堿基為a，突變堿基為t；所述no.13的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.14的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.15的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.16的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.17的參考堿基為g，突變堿基為t；所述no.18的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.19的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.20的參考堿基為t，突變堿基為a；所述no.21的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.22的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.23的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.24的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.25的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.26的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.27的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.28的參考堿基為a，突變堿基為c；所述no.29的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.30的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.31的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.32的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.33的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.34的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.35的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.36的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.37的參考堿基為c，突變堿基為a；所述no.38的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.39的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.40的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.41的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.42的參考堿基為c，突變堿基為t；所述no.43的參考堿基為a，突變堿基為g；所述no.44的參考堿基為t，突變堿基為a；所述no.45的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.46的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.47的參考堿基為t，突變堿基為c；所述no.48的參考堿基為g，突變堿基為a；所述no.49的參考堿基為c，突變堿基為g；所述no.50的參考堿基為g，突變堿基為a。

3.一種鑒定塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，包括：采集待檢測樣本的基因序列，檢測權(quán)利要求1～2任一項(xiàng)所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合的snp位點(diǎn)的突變情況，確定所述待檢測樣本的品種。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據(jù)所述snp位點(diǎn)的位置，在綿羊參考基因組ars-ui_ramb_v2.0上前后各延伸60bp，得到長度為121bp的堿基序列，將所述長度為121bp的堿基序列的反向互補(bǔ)序列作為所述snp位點(diǎn)的探針序列。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據(jù)所述突變情況進(jìn)行基因分型。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，所述基因分型包括：提取所述待檢測樣本的基因組dna得到dna樣品，檢測dna樣品的質(zhì)量，液相芯片檢測，對檢測獲得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控、比對以及snp檢測得到所述基因分型的結(jié)果。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，所述質(zhì)控采用fastp軟件，比對采用bwa軟件，snp檢測采用gatk軟件。

8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的塔什庫爾干羊品種的方法，其特征在于，根據(jù)所述基因分型的結(jié)果，基于分類器算法進(jìn)行品種鑒定。

9.權(quán)利要求1～2任一項(xiàng)所述的塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合在區(qū)別綿羊品種中的應(yīng)用，其特征在于，從多個綿羊基因組dna中區(qū)分塔什庫爾干羊品種。

10.一種用于塔什庫爾干羊品種鑒定的基因芯片，其特征在于，由檢測權(quán)利要求1～2任一項(xiàng)所述的用于塔什庫爾干羊快速鑒定的snp位點(diǎn)組合的位點(diǎn)構(gòu)成。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明屬于生物檢測技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的SNP位點(diǎn)組合。本發(fā)明提供了一種用于塔什庫爾干羊快速鑒定的SNP位點(diǎn)組合，該組合由50個SNP位點(diǎn)組成，具有高度特異性和較高的預(yù)測準(zhǔn)確率，從而實(shí)現(xiàn)塔什庫爾干羊的品種鑒定。本發(fā)明通過使用分子標(biāo)記技術(shù)和生物信息學(xué)技術(shù)實(shí)現(xiàn)了品種的特異性鑒定，操作簡單且結(jié)果可靠，可以為塔什庫爾干羊的遺傳資源保護(hù)利用提供科學(xué)依據(jù)和技術(shù)支持。

技術(shù)研發(fā)人員：吳偉偉,林長春,黃俊成,哈尼克孜·吐拉甫,宮平,李鵬飛,耿娟,薛正芬
受保護(hù)的技術(shù)使用者：新疆畜牧科學(xué)院畜牧研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/11/4