本發(fā)明涉及羅氏沼蝦分子標(biāo)記，具體涉及一種用于羅氏沼蝦種質(zhì)資源鑒定的snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、羅氏沼蝦(macrobrachium?rosenbergii)隸屬于甲殼綱、十足目、長(zhǎng)臂蝦科、沼蝦屬，作為我國(guó)重要的淡水經(jīng)濟(jì)蝦類(lèi)之一，具有生長(zhǎng)速度快、適應(yīng)能力強(qiáng)、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高等特點(diǎn)，深受消費(fèi)者歡迎。在養(yǎng)殖方面，羅氏沼蝦生長(zhǎng)周期短，生長(zhǎng)速度快，有著廣闊的養(yǎng)殖前景，目前被廣泛養(yǎng)殖在廣東、浙江、江蘇等省份。截至2022年，我國(guó)的養(yǎng)殖產(chǎn)量已接近18萬(wàn)噸，占全球養(yǎng)殖產(chǎn)量的一半以上。目前我國(guó)主要養(yǎng)殖的羅氏沼蝦品種/系較多，且多數(shù)為派生品系，這些不同的羅氏沼蝦品種/系均沒(méi)有典型的外觀特征，因此在外觀上無(wú)法準(zhǔn)確區(qū)分。如果沒(méi)有準(zhǔn)確的品種信息，羅氏沼蝦種質(zhì)資源的鑒定和品種權(quán)認(rèn)定無(wú)法開(kāi)展，羅氏沼蝦新品種創(chuàng)制也勢(shì)必會(huì)受到影響。因此建立一個(gè)高效的羅氏沼蝦種質(zhì)資源鑒定平臺(tái)顯得尤為重要。

2、隨著基因分型技術(shù)的不斷發(fā)展，分子標(biāo)記輔助育種被越來(lái)越多地應(yīng)用到水產(chǎn)動(dòng)物遺傳育種中，其中snp分子標(biāo)記憑借其高通量、高穩(wěn)定性、高兼容性以及低成本的特點(diǎn)逐漸取代了其他分子標(biāo)記，成為目前主要采用的分子標(biāo)記。例如zhang等基于26個(gè)snp位點(diǎn)建立了可區(qū)分南海和渤海海域皮皮蝦群體的鑒定平臺(tái)。王彥云通過(guò)篩選獲得了由27個(gè)snp位點(diǎn)組成的標(biāo)記組合，該組合可滿(mǎn)足我國(guó)80％以上黃河鯉主產(chǎn)區(qū)的鑒定。王琦等通過(guò)篩選獲得了由144個(gè)snp位點(diǎn)組成的標(biāo)記組合，可用于區(qū)分包含黃河鯉、超級(jí)鯉、福安鯉在內(nèi)的16個(gè)鯉品種，為鯉品種權(quán)認(rèn)定以及種質(zhì)資源保護(hù)提供了有效的技術(shù)手段。因此將分子標(biāo)記應(yīng)用到羅氏沼蝦遺傳背景調(diào)查工作中有望從分子水平鑒別不同品系，有助于品種真實(shí)性和純度鑒定。

3、綜上所述，目前急需建立一套可靠、高效的基于snp分子標(biāo)記的羅氏沼蝦dna指紋圖譜，使其在品種選育和種質(zhì)保護(hù)、防偽、品種鑒定等方面發(fā)揮更重要的作用，進(jìn)而推動(dòng)我國(guó)優(yōu)質(zhì)羅氏沼蝦產(chǎn)業(yè)快速的發(fā)展。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供了一種全基因組snp分子標(biāo)記組合在羅氏沼蝦品種/系鑒定中的應(yīng)用，本發(fā)明通過(guò)基因分型和核心位點(diǎn)篩選，構(gòu)建了基于40個(gè)snp分子標(biāo)記組合的隨機(jī)森林分類(lèi)器，可用于弗羅里達(dá)、新緬甸、泰國(guó)以及“數(shù)豐1號(hào)”羅氏沼蝦品種/系的鑒定。

2、為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明所設(shè)計(jì)的技術(shù)方案如下：

3、本發(fā)明提供了一種用于羅氏沼蝦種質(zhì)資源鑒定的snp分子標(biāo)記組合，所述snp分子標(biāo)記組合選自40個(gè)snp分子標(biāo)記，所述snp分子標(biāo)記組合中，snp分子標(biāo)記的物理位置信息和核苷序列如下表1所示。

4、本發(fā)明還提供了一種上述snp位點(diǎn)組合在羅氏沼蝦品種/系鑒定中的應(yīng)用

5、本發(fā)明還提供了一種利用pcr技術(shù)擴(kuò)增上述的snp分子標(biāo)記的引物組合，所述引物組合包括40對(duì)引物中至少一對(duì)，其中，40對(duì)引物的核苷酸序列如下表5所示。

6、本發(fā)明還提供了一種上述的引物組合在制備檢測(cè)試劑盒中的應(yīng)用。

7、本發(fā)明還提供了一種檢測(cè)試劑盒，其特征在于：所述檢測(cè)試劑盒包括上述的引物組合。

8、本發(fā)明還提供了一種上述的引物組合或上述檢測(cè)試劑盒在在羅氏沼蝦品種/系鑒定中的應(yīng)用。

9、本發(fā)明的有益效果：

10、1)本發(fā)明提供的40個(gè)snp位點(diǎn)是從10個(gè)群體共203份羅氏沼蝦的全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)中篩選出來(lái)的，群體覆蓋面廣，具有代表性。

11、2)與基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行種質(zhì)鑒定的方法相比，本發(fā)明利用固定且有限的snp位點(diǎn)，可以快速、低成本地完成羅氏沼蝦種質(zhì)鑒定。

12、3)基于本發(fā)明篩選的40個(gè)snp位點(diǎn)構(gòu)建的隨機(jī)森林分類(lèi)模型，在佛羅里達(dá)、新緬甸、泰國(guó)以及“數(shù)豐1號(hào)”羅氏沼蝦這4個(gè)品種/系中達(dá)到了90％以上的準(zhǔn)確鑒定率，解決了生產(chǎn)實(shí)踐中難以開(kāi)展品種鑒定的問(wèn)題，為后續(xù)種質(zhì)鑒定與管理提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持。

13、4)本發(fā)明開(kāi)發(fā)了40對(duì)引物對(duì)或檢測(cè)試劑盒可以快速、低成本地完成羅氏沼蝦種質(zhì)鑒定；解決了生產(chǎn)實(shí)踐中難以開(kāi)展品種鑒定的問(wèn)題，為后續(xù)種質(zhì)鑒定與管理提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持。

技術(shù)特征：

1.一種用于羅氏沼蝦種質(zhì)資源鑒定的snp分子標(biāo)記組合，其特征在于：所述snp分子標(biāo)記組合選自40個(gè)snp分子標(biāo)記，所述snp分子標(biāo)記組合中，snp分子標(biāo)記的物理位置信息和核苷序列如下：

2.一種權(quán)利要求1所述snp位點(diǎn)組合在羅氏沼蝦品種/系鑒定中的應(yīng)用。

3.一種利用pcr技術(shù)擴(kuò)增權(quán)利要求1所述的snp分子標(biāo)記的引物組合，其特征在于：所述引物組合包括40對(duì)引物對(duì)中至少一對(duì)，其中，40對(duì)引物對(duì)的核苷酸序列如下：

4.一種權(quán)利要求3所述的引物組合在制備檢測(cè)試劑盒中的應(yīng)用。

5.一種檢測(cè)試劑盒，其特征在于：所述檢測(cè)試劑盒包括權(quán)利要求3所述的引物組合。

6.一種權(quán)利要求3所述的引物組合或權(quán)利要求5所述檢測(cè)試劑盒在在羅氏沼蝦品種/系鑒定中的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開(kāi)了一種用于羅氏沼蝦種質(zhì)資源鑒定的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，所述SNP分子標(biāo)記組合選自40個(gè)SNP分子標(biāo)記，基于上述40個(gè)SNP分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)了40對(duì)引物對(duì)；基于本發(fā)明篩選的40個(gè)SNP位點(diǎn)構(gòu)建的隨機(jī)森林分類(lèi)模型，在佛羅里達(dá)、新緬甸、泰國(guó)以及“數(shù)豐1號(hào)”羅氏沼蝦這4個(gè)品種/系中達(dá)到了90％以上的準(zhǔn)確鑒定率，解決了生產(chǎn)實(shí)踐中難以開(kāi)展品種/系鑒定的問(wèn)題，為后續(xù)種質(zhì)鑒定與管理提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持。本發(fā)明開(kāi)發(fā)了40對(duì)引物對(duì)或檢測(cè)試劑盒可以快速、低成本地完成羅氏沼蝦種質(zhì)鑒定；解決了生產(chǎn)實(shí)踐中難以開(kāi)展品種/系鑒定的問(wèn)題，為后續(xù)種質(zhì)鑒定與管理提供強(qiáng)有力的技術(shù)支持。

技術(shù)研發(fā)人員：易少奎,虞炯瑩,唐瓊英,高權(quán)新,楊國(guó)梁,夏正龍
受保護(hù)的技術(shù)使用者：湖州師范學(xué)院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/2