本發(fā)明屬于農(nóng)業(yè)生物技術(shù)工程，具體涉及水稻整精米率位點qhry4-10及其分子標(biāo)記與應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、水稻是世界上最重要的糧食作物之一，全球有超過半數(shù)的人口以稻米為主食。在當(dāng)前水稻穩(wěn)產(chǎn)增產(chǎn)的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步提升稻米品質(zhì)已成為水稻育種和產(chǎn)業(yè)發(fā)展的主攻方向。整精米率用來衡量稻谷的加工品質(zhì)及食用品質(zhì)，是水稻商品性的重要指標(biāo)。高整精米率稻谷在加工時出米率高、碎米少、米粒整齊、可食用部分利用率高，商品經(jīng)濟(jì)價值高，農(nóng)民經(jīng)濟(jì)收益大，因而提高整精米率對于稻米的經(jīng)濟(jì)價值和食用品質(zhì)具有重要意義。

2、整精米率是一個復(fù)雜的數(shù)量性狀，由多基因控制，受灌漿、收獲及收獲后期光照、溫度、濕度等環(huán)境因子影響。因此，表型選擇為基礎(chǔ)的常規(guī)育種難以有效選育整精米率高的品種。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，解析控制整精米率的分子遺傳基礎(chǔ)，利用整精米率相關(guān)基因及與其緊密連鎖的分子標(biāo)記，開展高效準(zhǔn)確的分子育種可以有效地解決這一問題，使高整精米率水稻育種取得突破。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明通過研究，發(fā)現(xiàn)在水稻在4號染色體2480324bp處存在一個與整精米率顯著相關(guān)的位點qhry4-10，發(fā)現(xiàn)攜帶a核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶t核苷酸等位變異的種質(zhì)，進(jìn)而完成本發(fā)明。

2、本發(fā)明提供一種水稻整精米率分子標(biāo)記，其是位于4號染色體2480324bp處的與整精米率顯著相關(guān)的位點qhry4-10，具體在物理位置2480324bp處的核苷酸差異，且該位點攜帶a核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶t核苷酸等位變異的種質(zhì)。

3、本發(fā)明提供檢測所述的分子標(biāo)記的引物，優(yōu)選地，其是kasp引物。

4、具體地，包括用于檢測所述攜帶a核苷酸等位變異位點的高整精米率等位變異特異引物qhry4-10-a、用于檢測攜帶t核苷酸等位變異的低整精米率等位變異特異引物qhry4-10-t，任選還包括通用引物qhry4-10-c。

5、更具體地，所述分子標(biāo)記qhry4-10-a-)引物如下：

6、5’-gaaggtgaccaagttcatgctaattacatccaggtcctcgagca-3’，

7、qhry4-10-t引物如下：

8、5’-gaaggtcggagtcaacggattaattacatccaggtcctcgagct-3’，

9、qhry4-10-c引物如下：5’-caacttattcacagataggccctcc-3’。

10、本發(fā)明還提供所述的水稻整精米率分子標(biāo)記的檢測方法在鑒定水稻整精米率中的應(yīng)用。

11、具體地，所述檢測方法是基因測序列或者分子擴(kuò)增。

12、本發(fā)明提供一種鑒定水稻整精米率的方法，其采用所述的水稻整精米率分子標(biāo)記的檢測方法獲得所述分子標(biāo)記的結(jié)果以判斷水稻整精米率，其中該位點攜帶a核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶t核苷酸等位變異的種質(zhì)。

13、具體地，其是采用所述引物進(jìn)行檢測。

14、更具體方法如下：提取待測水稻的基因組dna，以基因組dna為模板，采用所述引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到pcr產(chǎn)物；

15、具體地，所述pcr擴(kuò)增的體系中，qhry4-10-a和qhry4-10-t的濃度為30-45μmol/μl，qhry4-10-c濃度為80-100μmol/μl，三種引物按體積比1:1:1混勻為kasp引物mix；反應(yīng)體系按總反應(yīng)體積為10.14μl，反應(yīng)體系包括：dna?5μl,2x?kasp?master?mix?5μl,kasp引物mix?0.14μl；

16、擴(kuò)增程序為：(1)94℃預(yù)變性15min；(2)94℃變性20s，61℃延伸60s，以0.6℃/循環(huán)的速度降落，10次循環(huán)；(3)94℃變性20s，55℃延伸60s，26次循環(huán)。

17、進(jìn)一步地，檢測步驟包括：根據(jù)pcr產(chǎn)物的核苷酸序列鑒定待測水稻的整精米率：若pcr產(chǎn)物的分型為a型，則待測水稻為或候選為整精米率較高的水稻品種；若pcr產(chǎn)物的分型為t型，則待測水稻為或候選為整精米率較低的水稻品種。

18、本發(fā)明的水稻整精米率的鑒定方法經(jīng)驗證準(zhǔn)確可靠，具有應(yīng)用價值。

技術(shù)特征：

1.水稻整精米率分子標(biāo)記，其特征在于，其是位于4號染色體2480324bp處的與整精米率顯著相關(guān)的位點qhry4-10，具體在物理位置2480324bp處的核苷酸差異，且該位點攜帶a核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶t核苷酸等位變異的種質(zhì)。

2.檢測如權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的引物，優(yōu)選地，其是kasp引物。

3.如權(quán)利要求2所述的引物，其特征在于，包括用于檢測所述攜帶a核苷酸等位變異位點的高整精米率等位變異特異引物qhry4-10-a、用于檢測攜帶t核苷酸等位變異的低整精米率等位變異特異引物qhry4-10-t，任選還包括通用引物qhry4-10-c。

4.如權(quán)利要求3所述的引物，其特征在于，所述分子標(biāo)記qhry4-10-a引物如下：5’-gaaggtgaccaagttcatgctaattacatccaggtcctcgagca-3’，

5.如權(quán)利要求1所述的水稻整精米率分子標(biāo)記的檢測方法在鑒定水稻整精米率中的應(yīng)用。

6.如權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于，所述檢測方法是基因測序列，分子擴(kuò)增。

7.一種鑒定水稻整精米率的方法，其特征在于，采用如權(quán)利要求1所述的水稻整精米率分子標(biāo)記的檢測方法獲得所述分子標(biāo)記的結(jié)果以判斷水稻整精米率，其中該位點攜帶a核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶t核苷酸等位變異的種質(zhì)。

8.如權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，其是采用如權(quán)利要求2至4任一項所述的引物進(jìn)行檢測。

9.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，具體方法如下：提取待測水稻的基因組dna，以基因組dna為模板，采用所述引物進(jìn)行pcr?擴(kuò)增，得到pcr產(chǎn)物；

10.如權(quán)利要求8或9所述的方法，其特征在于，檢測步驟包括：根據(jù)pcr產(chǎn)物的核苷酸序列鑒定待測水稻的整精米率：若pcr產(chǎn)物的分型為a型，則待測水稻為或候選為整精米率較高的水稻品種；若pcr產(chǎn)物的分型為t型，則待測水稻為或候選為整精米率較低的水稻品種。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明屬于農(nóng)業(yè)生物技術(shù)工程，具體涉及水稻整精米率位點qHRY4?10及其分子標(biāo)記與應(yīng)用。所述分子標(biāo)記是位于4號染色體2480324bp處的與整精米率顯著相關(guān)的位點qHRY4?10，且該位點攜帶A核苷酸等位變異種質(zhì)的整精米率極顯著高于攜帶T核苷酸等位變異的種質(zhì)。本發(fā)明的水稻整精米率的鑒方法經(jīng)驗證準(zhǔn)確可靠。

技術(shù)研發(fā)人員：崔迪,王斐,韓龍植,李賢勇,余昆馳,王楚桃,馬小定,朱子超,韓冰,歐陽杰
受保護(hù)的技術(shù)使用者：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9