本發(fā)明涉及動物遺傳育種與分子生物學，具體涉及一種與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)cdk5rap3基因snp分子標記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、飼料效率作為一個重要的經(jīng)濟性狀，一直受到國內(nèi)外養(yǎng)雞企業(yè)的重點關(guān)注。雞肉具有低脂肪、高蛋白、價格低廉的優(yōu)勢且沒有宗教限制，是世界上消費量最大的肉類產(chǎn)品，其需求量也在不斷上升。對于肉雞產(chǎn)業(yè)而言，飼料在養(yǎng)殖成本中占很大比例，商品雞的飼料轉(zhuǎn)化率很大程度上決定了產(chǎn)業(yè)的經(jīng)濟效益。

2、降低飼料轉(zhuǎn)化率對于提高經(jīng)濟效益非常重要，因此，挖掘和利用新的與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的基因?qū)τ陔u的遺傳育種有著重大意義?；诟采w全基因組的高密度snp數(shù)據(jù)和大群體的性狀表型記錄，可通過全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)(gwas)準確定位控制性狀的候選基因。盡管該技術(shù)仍然存在一些缺陷，其已被廣泛應(yīng)用于人類復(fù)雜疾病候選基因挖掘和畜禽重要經(jīng)濟性狀關(guān)鍵基因的定位。利用gwas篩選出與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的snp分子標記，為雞生長性狀的遺傳育種提供了可行途徑，對養(yǎng)禽業(yè)具有重要意義。

3、通過高通量測序技術(shù)，揭示飼料轉(zhuǎn)化率性狀的遺傳調(diào)節(jié)機制，遴選出特定表型潛在的分子標記，提高性狀遺傳預(yù)測的準確性。具體為，通過將飼料轉(zhuǎn)化率表型和基因組數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析，尋找影響黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率的顯著snp位點，并鑒定出有效snp標記，為性狀早期選擇和加速遺傳選育進程提供有力工具。然而，尚未有禽類飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)遺傳分子標記的報道。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明的目的是提供一種與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)cdk5rap3基因snp分子標記及其應(yīng)用，以解決現(xiàn)有缺乏黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)遺傳分子標記的開發(fā)和利用的問題。

2、本發(fā)明解決上述技術(shù)問題的技術(shù)方案如下：

3、一種與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)cdk5rap3基因snp分子標記，snp分子標記多態(tài)性為a/g，位于雞27號染色體的369307位點，rs號為rs738324012。

4、進一步地，snp分子標記的突變位點及上下游序列如seq?id?no.1所示，其中，r為a＞g突變位點，當r為g時，為低飼料轉(zhuǎn)化率黃羽肉雞；

5、seq?id?no.1：5’-gacgtcagcctcctcctccatctccaccaggcgc?tgtgccaggaacagctccagctgtggggaaaaggacgccgtgaggggaaggggcggccaaaacccacccgacatggggagggtgcccgagccgtcccagtgctgctcacctccatgagctcatcgatgaattggttccgtgtcgcagcattctccagcagtgtcagrgcatcggagccacgggcaactgcctcgggttctgggggatgagtggggtcagcagggaagggagctctgcggtctctgcacgctggaacccgactgtccccttgtgaccgtgctcaccctcagagccatcctccaacactgtaatctgtgccccgttgccttcaccatcaccccagtcaatgccattgtcctgcagtgat-3’。

6、一種用于檢測上述snp分子標記的引物，引物的正向引物序列如seq?id?no.2所示，反向引物序列如seq?id?no.3所示；

7、正向引物：5’-ctccagctgtggggaaaaggac-3’(seq?id?no.2)；

8、反向引物：5’-caggacaatggcattgactggg-3’(seq?id?no.3)。

9、一種用于檢測上述snp分子標記的試劑盒，試劑盒包括上述引物。

10、上述snp分子標記或引物或試劑盒在篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本中的應(yīng)用。

11、一種篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本的方法，采用pcr技術(shù)對待測個體的snp分子標記進行擴增測序，篩選獲得snp分子標記基因型為gg的純合個體。

12、進一步地，采用上述引物或試劑盒進行pcr擴增。

13、進一步地，pcr擴增體系為：2×taq?master?mix?10μl，正、反向引物各1μl，dna模板1μl，ddh2o補至20μl。

14、進一步地，pcr反應(yīng)條件為：94℃預(yù)變性2min；94℃變性15s，56℃退火10s，72℃延伸15s，35個循環(huán)；72℃延伸5min。

15、本發(fā)明具有以下有益效果：

16、本發(fā)明提供了一種位于雞第27號染色體cdk5rap3基因中的與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的snp分子標記，該標記表明不同基因型黃羽肉雞之間的飼料轉(zhuǎn)化率存在顯著差異，可以用于高效篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀的個體或親本黃羽肉雞，將其應(yīng)用于黃羽肉雞的選育中可以快速選育得到低飼料轉(zhuǎn)化率的黃羽肉雞，可以有效降低生產(chǎn)過程中的飼料消耗量，提高企業(yè)經(jīng)濟效益和競爭力。

技術(shù)特征：

1.一種與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)cdk5rap3基因snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記多態(tài)性為a/g，位于雞27號染色體的369307位點，rs號為rs738324012。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)cdk5rap3基因snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記的突變位點及上下游序列如seq?id?no.1所示，其中，r為a＞g突變位點，當r為g時，為低飼料轉(zhuǎn)化率黃羽肉雞。

3.一種用于檢測權(quán)利要求1或2所述的snp分子標記的引物，其特征在于，所述引物的正向引物序列如seq?id?no.2所示，反向引物序列如seq?id?no.3所示。

4.一種用于檢測權(quán)利要求1或2所述的snp分子標記的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權(quán)利要求3所述的引物。

5.權(quán)利要求1或2所述的snp分子標記或權(quán)利要求3所述的引物或權(quán)利要求4所述的試劑盒在篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本中的應(yīng)用。

6.一種篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本的方法，其特征在于，采用pcr技術(shù)對待測個體的snp分子標記進行擴增測序，篩選獲得snp分子標記基因型為gg的純合個體。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本的方法，其特征在于，采用權(quán)利要求3所述的引物或權(quán)利要求4所述的試劑盒進行pcr擴增。

8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本的方法，其特征在于，pcr擴增體系為：2×taq?master?mix?10μl，正、反向引物各1μl，dna模板1μl，ddh2o補至20μl。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀黃羽肉雞的個體或親本的方法，其特征在于，pcr反應(yīng)條件為：94℃預(yù)變性2min；94℃變性15s，56℃退火10s，72℃延伸15s，35個循環(huán)；72℃延伸5min。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)CDK5RAP3基因SNP分子標記及其應(yīng)用，屬于動物遺傳育種與分子生物學領(lǐng)域。上述SNP分子標記多態(tài)性為A/G，位于雞27號染色體的369307位點，RS號為rs738324012。本發(fā)明提供了一種位于雞第27號染色體CDK5RAP3基因中的與黃羽肉雞飼料轉(zhuǎn)化率相關(guān)的SNP分子標記，該標記表明不同基因型黃羽肉雞之間的飼料轉(zhuǎn)化率存在顯著差異，可以用于高效篩選具有低飼料轉(zhuǎn)化率優(yōu)良性狀的個體或親本黃羽肉雞，將其應(yīng)用于黃羽肉雞的選育中可以快速選育得到低飼料轉(zhuǎn)化率的黃羽肉雞，可以有效降低生產(chǎn)過程中的飼料消耗量，提高企業(yè)經(jīng)濟效益和競爭力。

技術(shù)研發(fā)人員：張新珩,謝青梅,戴振凱,邵潤霖,趙琪琪
受保護的技術(shù)使用者：華南農(nóng)業(yè)大學
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/2