本發(fā)明屬于水產(chǎn)分子育種，具體的說涉及一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、黃鱔(monopterus?albus)，合鰓魚目(synbranchiformes)、合鰓魚科(synbranchidae)、黃鱔屬(monopterus)，廣泛分布于東亞、南亞和東南亞的稻田、沼澤地和泥塘中。具有口感好、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高、風(fēng)味突出等諸多優(yōu)點(diǎn)，因其商業(yè)上的重要性和肉質(zhì)鮮美而在中國(guó)被稱為具有經(jīng)濟(jì)價(jià)值的“特色淡水魚”之一。根據(jù)2024中國(guó)漁業(yè)統(tǒng)計(jì)年鑒，國(guó)內(nèi)黃鱔產(chǎn)量已超35.5萬噸，且目前資源產(chǎn)量供不應(yīng)求，價(jià)格高昂，其市場(chǎng)潛力巨大。然而，野生黃鱔的棲息地正在減少，其遺傳資源受到嚴(yán)重破壞。因此，對(duì)優(yōu)質(zhì)野生資源進(jìn)行準(zhǔn)確且定向的篩選顯得尤為必要。西南地區(qū)是中國(guó)七大自然地理分區(qū)之一，水系豐富多樣，優(yōu)質(zhì)種質(zhì)資源豐富。

2、分子標(biāo)記是以個(gè)體間遺傳物質(zhì)內(nèi)核苷酸序列變異為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記，能夠反映種群間基因組中某種差異的特異性dna片段。相較于其他形態(tài)學(xué)標(biāo)記、細(xì)胞學(xué)標(biāo)記、微衛(wèi)星標(biāo)記等，indel標(biāo)記具有操作簡(jiǎn)便、精準(zhǔn)高效、可重復(fù)性高等優(yōu)點(diǎn)，且在生物發(fā)育的不同階段，不同組織的dna都可用于標(biāo)記分析。目前尚未存在有效的方法來對(duì)不同地區(qū)的黃鱔品系進(jìn)行定向篩選，因而有必要開發(fā)針對(duì)特定地區(qū)黃鱔品系進(jìn)行篩選的分子標(biāo)記。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的首先是提供了一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的indel分子標(biāo)記a、b、c或d，

2、其中所述indel分子標(biāo)記a的核苷酸序列如seq?id?no:9或者如seq?id?no:13所示；所述indel分子標(biāo)記b的核苷酸序列如seq?id?no:10或者如seq?id?no:14所示；所述indel分子標(biāo)記c的核苷酸序列如seq?id?no:11或者如seq?id?no:15所示；所述indel分子標(biāo)記d的核苷酸序列如seq?id?no:12或者如seq?id?no:16所示；

3、如在seq?id?no:13所示序列的31bp堿基處存在如下所示序列的插入：aaccgtggtttcactttaagaggcccactat，則對(duì)應(yīng)的是seq?id?no:9；

4、在seq?id?no:14所示序列的28-57bp堿基處存在如下所示序列的缺失：aaaaaaaaaacccacaaggtctgatctctt，則對(duì)應(yīng)的是seq?id?no:10；

5、在seq?id?no:15所示序列的73-101bp堿基處存在如下所示序列的缺失：cacatcaaataaaataaaagggccaaggt，則對(duì)應(yīng)的是seq?id?no:11；

6、在seq?id?no:16所示序列的184-204bp堿基處存在如下所示序列的缺失：ccagtgaatactaatagcttg，則對(duì)應(yīng)的是seq?id?no:12。

7、本發(fā)明的另外一個(gè)目的是提供了引物對(duì)1、引物對(duì)2、引物對(duì)3和引物對(duì)4，分別用于擴(kuò)增上述indel分子標(biāo)記a、b、c或d，所述引物對(duì)的核苷酸序列如表1中seq?id?no:1-8所示：

8、表1四對(duì)引物對(duì)的核苷酸序列

9、

10、用上述seq?id?no:1-8的引物對(duì)分別對(duì)待測(cè)地區(qū)黃鱔基因組dna進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)，可快速地根據(jù)擴(kuò)增片段篩選出西南地區(qū)的黃鱔品系。如果所述擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列分別如seq?id?no:9-12所示，鑒定為西南地區(qū)黃鱔品系；如果所述擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列分別如seq?id?no:13-16所示，鑒定為非西南地區(qū)黃鱔品系。

11、本發(fā)明還提供了一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的試劑盒，包含如seq?id?no:1-2所示引物對(duì)1、如seq?id?no:3-4所示引物對(duì)2、如seq?id?no:5-6所示引物對(duì)3或者如seqid?no:7-8所示引物對(duì)4中的一種或一種以上。

12、本發(fā)明還提供上述indel分子標(biāo)記、seq?id?no:1-8的引物對(duì)或含有seq?id?no:1-8所示引物對(duì)的試劑盒用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的應(yīng)用。

13、本發(fā)明的還提供了一種鑒定西南地區(qū)黃鱔品系的方法，包括以下步驟：

14、(1)取待測(cè)黃鱔尾部的肌肉組織，用于提取黃鱔基因組dna；

15、(2)以黃鱔基因組dna為模板，利用seq?id?no:1-2所示引物對(duì)、seq?id?no:3-4所示引物對(duì)、seq?id?no:5-6所示引物對(duì)或者seq?id?no:7-8所示引物對(duì)中的一對(duì)或一對(duì)以上進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到擴(kuò)增產(chǎn)物；

16、(3)根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列分別與seq?id?no:9-12或seq?id?no:13-16進(jìn)行比對(duì)鑒定；如果所述擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列分別如seq?id?no:9-12所示，鑒定為西南地區(qū)黃鱔品系；如果所述擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列分別如seq?id?no:13-16所示，鑒定為非西南地區(qū)黃鱔品系。

17、本發(fā)明的創(chuàng)新點(diǎn)：

18、本發(fā)明提供了一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的indel分子標(biāo)記，采用本發(fā)明提供的檢測(cè)所需的分子標(biāo)記引物對(duì)不同地區(qū)黃鱔品系進(jìn)行pcr擴(kuò)增，可以快速的根據(jù)擴(kuò)增片段鑒定是否為西南地區(qū)的黃鱔品系。將本發(fā)明提供的indel標(biāo)記應(yīng)用于實(shí)踐中，有利于快速實(shí)現(xiàn)遺傳鑒定，快速篩選出西南地區(qū)黃鱔品系，加快對(duì)西南地區(qū)野生黃鱔種質(zhì)資源的馴化育種，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)育種。

技術(shù)特征：

1.一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的indel分子標(biāo)記a、b、c或d，其特征在于其中所述indel分子標(biāo)記a的核苷酸序列如seq?id?no:9或者如seq?id?no:13所示；所述indel分子標(biāo)記b的核苷酸序列如seq?id?no:10或者如seq?id?no:14所示；所述indel分子標(biāo)記c的核苷酸序列如seq?id?no:11或者如seq?id?no:15所示；所述indel分子標(biāo)記d的核苷酸序列如seq?id?no:12或者如seq?id?no:16所示。

2.一種用于擴(kuò)增權(quán)利要求1所述indel分子標(biāo)記a、b、c或d的引物對(duì)，分別用于擴(kuò)增上述indel分子標(biāo)記a、b、c或d，其特征在于所述引物對(duì)1的核苷酸序列如seq?id?no:1-2所示；所述引物對(duì)2的核苷酸序列如seq?id?no:3-4所示；所述引物對(duì)3的核苷酸序列如seq?id?no:5-6所示；所述引物對(duì)4的核苷酸序列如seq?id?no:7-8所示。

3.一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的試劑盒，其特征在于其包含如seq?id?no:1-2所示引物對(duì)1、如seq?id?no:3-4所示引物對(duì)2、如seq?id?no:5-6所示引物對(duì)3或者如seq?idno:7-8所示引物對(duì)4中的一種或一種以上。

4.權(quán)利要求1所述indel分子標(biāo)記a、b、c或d用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的應(yīng)用。

5.權(quán)利要求2所述引物對(duì)1、2、3、4用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的應(yīng)用。

6.權(quán)利要求3所述試劑盒用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的應(yīng)用。

7.一種鑒定西南地區(qū)黃鱔品系的方法，包括以下步驟：

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種用于鑒別西南地區(qū)黃鱔品系的Indel分子標(biāo)記，所述Indel分子標(biāo)記的核苷酸序列分別SEQ?ID?NO:9?12或者如SEQ?ID?NO:13?16所示。本發(fā)明還提供了用于擴(kuò)增所述Indel分子標(biāo)記的引物對(duì)。采用本發(fā)明提供的Indel分子標(biāo)記引物對(duì)對(duì)不同地區(qū)黃鱔品系的基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增，可快速地根據(jù)擴(kuò)增片段篩選出西南地區(qū)的黃鱔品系。將本發(fā)明提供的Indel標(biāo)記應(yīng)用于實(shí)踐中，有利于快速實(shí)現(xiàn)對(duì)西南地區(qū)黃鱔品系的遺傳鑒定，加快對(duì)野生種質(zhì)資源的馴化育種，實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)育種。

技術(shù)研發(fā)人員：呂巍巍,王甘翔,周文宗,李名友,李目巖,黃偉偉,楊航,袁泉,張禹寧
受保護(hù)的技術(shù)使用者：上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9