本發(fā)明涉及分子生物，尤其是小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp-c95g及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、小麥(triticum?aestivum?l)是是我國第二大口糧作物，在保障我國糧食安全方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。提升小麥單產(chǎn)是滿足今年來糧食需求不斷提高的重要方式，同時也是保證糧食安全的戰(zhàn)略目標(biāo)。穗粒數(shù)是小麥產(chǎn)量三要素之一，而每穗小穗數(shù)和每個小穗的小花數(shù)共同決定穗粒數(shù)。因此，挖掘調(diào)控每穗小穗數(shù)的優(yōu)異等位變異并開發(fā)功能標(biāo)記在小麥穗粒數(shù)改良和小麥高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)育種中具有重要的現(xiàn)實意義。

2、目前，研究者已經(jīng)定位了大量調(diào)控每穗小穗數(shù)的qtl。ma等對冬小麥品系‘20828’與國審小麥川農(nóng)16雜交創(chuàng)制了含有199個株系的重組自交系群體并利用小麥55k?snp芯片和ssr標(biāo)記進行了基因分型，發(fā)現(xiàn)了在2d、4b、5a、5b和5d染色體上的5個穩(wěn)定的qtl。zheng等通過小麥55k?snp芯片對含126個株系的重組自交系群體進行分型，鑒定到兩個主效的小麥小穗數(shù)主效位點。long等利用小麥55k?snp芯片對構(gòu)建的川麥42(cm42)/科成麥1號(k1)雙單倍體(double?haploid)群體進行分型，構(gòu)建了高密度遺傳圖譜，在小麥3d染色體長臂上鑒定到一個新的小穗數(shù)主效qtl位點qtsn/fsn.cib-3d。zhang等利用雙單倍體群體檢測到分別位于1b、4a、5d和7a染色體上的4個加性qtl。

3、盡管目前已經(jīng)定位了如此大量的與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的qtl。但是，由于絕大多數(shù)這些qtl的表型貢獻率較小，且在不同年際及環(huán)境間重復(fù)性差，所以這些qtl難以應(yīng)用于小麥每穗小穗數(shù)的遺傳改良。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp-c95g及其應(yīng)用。

2、為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明所采取的技術(shù)方案如下。

3、一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點，所述的snp位點對應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點為c/c純合時，相對應(yīng)的基因型是甲；該位點為g/g純合時，相對應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。

4、另一方面，本發(fā)明還包括一種鑒別或輔助鑒別小麥每穗小穗數(shù)性狀的試劑或試劑盒，該試劑或試劑盒用于檢測權(quán)利要求1中所述的snp位點，所述試劑或試劑盒當(dāng)中包含與所述snp位點對應(yīng)的pcr擴增特異引物組合和酶切組件，以及模板dna、緩沖液、dntps及其他基因檢測必要組件。

5、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選技術(shù)方案，該試劑或試劑盒pcr擴增的目標(biāo)dna片段設(shè)計為seq?id?no.1中5’末端74-217bp。

6、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述pcr擴增特異引物組合包括：seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對2f和2r。

7、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述酶切組件為限制性內(nèi)切酶noti。

8、另一方面，本發(fā)明還包括一種引物組合，用于檢測小麥基因組中如下snp位點的單核苷酸多態(tài)性，所述的snp位點對應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點為c/c純合時，相對應(yīng)的基因型是甲；該位點為g/g純合時，相對應(yīng)的基因型是乙；所述引物組合為序列表中seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?idno.5組成的引物對2f和2r；此引物組合用于檢測權(quán)利要求1所述的snp位點。

9、另一方面，本發(fā)明還包括一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，對待測小麥基因組dna中任意一段包含權(quán)利要求1所述snp位點在內(nèi)的dna片段進行pcr擴增，并將該pcr擴增產(chǎn)物進行酶切鑒定。

10、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述的pcr擴增的dna片段為seq?id?no.1中5’末端74-217bp；所述pcr擴增的特異性引物對為seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對2f和2r。

11、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述酶切包括以下步驟：以小麥基因組dna為模板，以引物1f和1r為引物對擴增得到pcr產(chǎn)物；將此pcr產(chǎn)物稀釋100倍，以其做為模板，以引物2f和2r為引物對擴增得到pcr產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶noti酶切pcr產(chǎn)物；若pcr產(chǎn)物可以被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點為c/c，基因型為甲；若pcr產(chǎn)物不能被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點為g/g，基因型為乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。

12、最后一方面，本發(fā)明還包括所述的snp位點在鑒定或輔助鑒定小麥每穗小穗數(shù)性狀中的應(yīng)用。

13、采用上述技術(shù)方案所產(chǎn)生的有益效果在于：本發(fā)明研究團隊公開了一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點及其應(yīng)用。本發(fā)明通過對小麥自然變異群體基因外顯子區(qū)的遺傳變異分析，發(fā)現(xiàn)有一個snp，對應(yīng)于序列表1自5’末端第95位，該snp存在兩種基因型：基因型甲(c)、基因型乙(g)。通過關(guān)聯(lián)分析證明，這兩種基因型的純合類型中，每穗小穗數(shù)大小為：基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。本發(fā)明還提供了檢測所述snp的dcaps標(biāo)記。實驗證明，通過檢測所述該snp，即可找到每穗小穗數(shù)較高的小麥。本發(fā)明為小麥的分子標(biāo)記輔助選擇育種提供了一個新方法，在培育高產(chǎn)小麥品種的農(nóng)業(yè)實踐和/或相關(guān)科學(xué)研究中均具有重要意義。

技術(shù)特征：

1.一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點，其特征在于：所述的snp位點對應(yīng)于seq?idno.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點為c/c純合時，相對應(yīng)的基因型是甲；該位點為g/g純合時，相對應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。

2.一種鑒別或輔助鑒別小麥每穗小穗數(shù)性狀的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒用于檢測權(quán)利要求1中所述的snp位點，所述試劑或試劑盒當(dāng)中包含與所述snp位點對應(yīng)的pcr擴增特異引物組合和酶切組件，以及模板dna、緩沖液、dntps及其他基因檢測必要組件。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒pcr擴增的目標(biāo)dna片段設(shè)計為seq?id?no.1中5’末端74-217bp。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：所述pcr擴增特異引物組合包括：seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對2f和2r。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：所述酶切組件為限制性內(nèi)切酶noti。

6.一種引物組合，其特征在于：用于檢測小麥基因組中如下snp位點的單核苷酸多態(tài)性，所述的snp位點對應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點為c/c純合時，相對應(yīng)的基因型是甲；該位點為g/g純合時，相對應(yīng)的基因型是乙；所述引物組合為序列表中seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對2f和2r；此引物組合用于檢測權(quán)利要求1所述的snp位點。

7.一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于：對待測小麥基因組dna中任意一段包含權(quán)利要求1所述snp位點在內(nèi)的dna片段進行pcr擴增，并將該pcr擴增產(chǎn)物進行酶切鑒定。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于，所述的pcr擴增的dna片段為seq?id?no.1中5’末端74-217bp；所述pcr擴增的特異性引物對為seqid?no.2和seq?id?no.3組成的引物對1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對2f和2r。

9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于，所述酶切包括以下步驟：以小麥基因組dna為模板，以引物1f和1r為引物對擴增得到pcr產(chǎn)物；將此pcr產(chǎn)物稀釋100倍，以其做為模板，以引物2f和2r為引物對擴增得到pcr產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶noti酶切pcr產(chǎn)物；若pcr產(chǎn)物可以被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點為c/c，基因型為甲；若pcr產(chǎn)物不能被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點為g/g，基因型為乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。

10.權(quán)利要求1所述的snp位點在鑒定或輔助鑒定小麥每穗小穗數(shù)性狀中的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的SNP?C95G及其應(yīng)用，所述的SNP位點對應(yīng)于SEQ?ID?NO.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點為C/C純合時，相對應(yīng)的基因型是甲；該位點為G/G純合時，相對應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。本發(fā)明的SNP具有較高的有效性和潛在應(yīng)用價值，通過檢測所述該SNP即可找到每穗小穗數(shù)較大的小麥，在培育高產(chǎn)小麥品種的研究或應(yīng)用中具有重要價值。

技術(shù)研發(fā)人員：郭琳,葉一凡,楊雨風(fēng),張騰騰,丁一,戚晴晴,劉西崗,張昊
受保護的技術(shù)使用者：河北師范大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/6