本發(fā)明涉及分子標記檢測技術(shù)，具體涉及一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記及其應用。

背景技術(shù)：

1、永登七山羊是位于甘肅省蘭州市永登縣的地方綿羊群體，該群體體型外貌一致、遺傳性能穩(wěn)定，善于爬山遠牧、耐粗飼、抗病力強。永登七山羊的肉質(zhì)細嫩，肥瘦相間，富含高水平的蛋白質(zhì)和不飽和脂肪酸，礦物質(zhì)元素種類豐富，其肉質(zhì)在煮熟后湯清亮透明，香味濃郁，肉質(zhì)鮮嫩爽口，肥而不膩，瘦而不柴，且膻味輕，有良好的市場前景。

2、斷奶重是指幼崽在停止母乳喂養(yǎng)(斷奶)時的體重，是作為衡量羊生產(chǎn)性能的關(guān)鍵指標，不僅能夠反映羔羊早期生長發(fā)育的水平，也是評估其生命力和抵抗力的重要依據(jù)。斷奶重較高的羔羊在后續(xù)的生長過程中，通常表現(xiàn)出更快的生長速度和更優(yōu)良的產(chǎn)肉性能。

3、目前，分子試驗已經(jīng)證明永登七山羊與其周邊飼養(yǎng)的灘羊、蘭州大尾羊等品種存在明顯的遺傳分化。而對于永登七山羊經(jīng)濟性狀相關(guān)的分子標記挖掘研究鮮有報道。因此，提供與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記并將其用于永登七山羊生產(chǎn)性能提高，在永登七山羊養(yǎng)殖中具有重要作用。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的問題，本發(fā)明的目的在于提供一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記，并通過檢測所述snp分子標記堿基類型，實現(xiàn)永登七山羊斷奶重的基因分型，并進一步根據(jù)基因型鑒定永登七山羊斷奶重性狀，篩選或選育高斷奶重性狀的永登七山羊。

2、為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供了以下技術(shù)方案：

3、本發(fā)明提供了一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記，所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。

4、優(yōu)選的，當所述snp分子標記第289位的堿基為t，基因型為tt或tc時，永登七山羊表現(xiàn)為高斷奶重性狀。

5、本發(fā)明還提供了上述snp分子標記在如下任一中的應用：

6、(1)鑒定永登七山羊斷奶重性狀；

7、(2)篩選高斷奶重性狀的永登七山羊；

8、(3)選育高斷奶重性狀的永登七山羊。

9、本發(fā)明還提供了一種用于檢測上述snp分子標記的引物對，上游引物的序列如seqid?no：2所示，下游引物的序列如seq?id?no：3所示。

10、本發(fā)明還提供了一種用于鑒定永登七山羊斷奶重性狀的試劑盒，包括上述引物對。

11、優(yōu)選的，所述試劑盒還包括標準陽性模板。

12、本發(fā)明還提供了上述引物對或上述試劑盒在如下任一中的應用：

13、(1)鑒定永登七山羊斷奶重性狀；

14、(2)篩選高斷奶重性狀的永登七山羊；

15、(3)選育高斷奶重性狀的永登七山羊。

16、本發(fā)明還提供了一種利用上述snp分子標記鑒定永登七山羊斷奶重的方法，包括以下步驟：

17、(1)以待測永登七山羊基因組dna為模板，利用上述snp分子標記的特異性引物進行pcr擴增，獲得pcr產(chǎn)物；

18、(2)對pcr產(chǎn)物進行測序；

19、(3)結(jié)果判斷：pcr產(chǎn)物第289位的堿基存在t，基因型為tt或tc時，表現(xiàn)為高斷奶重性狀；pcr產(chǎn)物第289位的堿基為c，基因型為cc時，表現(xiàn)為低斷奶重性狀。

20、本發(fā)明還提供了一種高斷奶重永登七山羊的育種方法，所述方法包括：利用上述分子標記自5’端第289位t/c突變進行高斷奶重性狀的選擇，選留攜帶tt基因型或tc基因型的個體。

21、進一步優(yōu)選的，以攜帶tt基因型的個體作為種羊繁育高斷奶重永登七山羊子代。

22、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明的技術(shù)方案的有益效果如下：

23、本發(fā)明首次提出一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記，所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。當所述snp分子標記第289位的堿基存在t，基因型為tt或tc時，永登七山羊表現(xiàn)為高斷奶重性狀，當所述snp分子標記第289位的堿基僅為c，基因型為cc時，永登七山羊表現(xiàn)為低斷奶重性狀。本發(fā)明所述snp分子標記的突變位點位于國際綿羊基因組oar_v4.0版本第3號染色體上第5343313位點的堿基處，當堿基t突變?yōu)閏時，存在tc和cc兩種基因型，其中基因型tc表現(xiàn)為高斷奶重，基因型為cc時表現(xiàn)為低斷奶重。本發(fā)明驗證發(fā)現(xiàn)，所述基因型tt和tc的永登七山羊個體斷奶重顯著高于基因型cc個體(p<0.05)，基因型tt和tc之間無顯著差異(p>0.05)，均表現(xiàn)為高斷奶重性狀。

24、本發(fā)明基于所述snp分子標記進一步提供了鑒定永登七山羊斷奶重性狀，篩選或選育高斷奶重性狀的永登七山羊的方法，該方法準確性高，檢測速度快，成本低，結(jié)果判讀容易。本發(fā)明利用pcr技術(shù)檢測與永登七山羊斷奶重顯著相關(guān)的核苷酸多態(tài)性的方法，可對斷奶重相關(guān)的snp位點多態(tài)性實現(xiàn)快速自動化檢測，保留基因型為tt和tc的永登七山羊個體，用于育種早期選留，在對永登七山羊?qū)崿F(xiàn)大規(guī)模分子精準育種中有重要應用價值。

技術(shù)特征：

1.一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的分子標記，其特征在于，當所述snp分子標記第289位的堿基為t，基因型為tt或tc時，永登七山羊表現(xiàn)為高斷奶重性狀。

3.權(quán)利要求1或2所述的snp分子標記在如下任一中的應用：

4.一種用于檢測如權(quán)利要求1或2所述的snp分子標記的引物對，其特征在于，上游引物的序列如seq?id?no：2所示，下游引物的序列如seq?id?no：3所示。

5.一種用于鑒定永登七山羊斷奶重性狀的試劑盒，其特征在于，包括dna提取試劑盒、pcr擴增試劑盒和測序試劑盒；所述pcr擴增試劑盒包括權(quán)利要求4所述的引物對。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑盒，其特征在于，所述pcr擴增試劑盒還包括標準陽性模板。

7.一種如權(quán)利要求4所述的引物對或如權(quán)利要求5～6任意一項所述的試劑盒在如下任一中的應用：

8.一種鑒定永登七山羊斷奶重的方法，其特征在于，包括以下步驟：

9.一種高斷奶重永登七山羊的育種方法，其特征在于，所述方法包括：以待測永登七山羊基因組dna為模板，利用權(quán)利要求4所述snp分子標記的特異性引物進行pcr擴增，獲得pcr產(chǎn)物；對pcr產(chǎn)物進行測序；選留攜帶tt基因型或tc基因型的個體。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，以攜帶tt基因型的個體作為種羊繁育高斷奶重永登七山羊子代。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供了一種與永登七山羊斷奶重相關(guān)的SNP分子標記及其檢測試劑盒和應用，屬于SNP分子標記技術(shù)領(lǐng)域。所述SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示，突變位點為國際綿羊基因組Oar_v4.0版本第3號染色體上第5343313位點的堿基處，通過對該位點進行分型選擇該位點優(yōu)勢等位基因，可以鑒定永登七山羊高斷奶重性狀。本發(fā)明基于所述SNP分子標記進一步提供了鑒定永登七山羊斷奶重性狀，篩選或選育高斷奶重性狀的永登七山羊的方法，該方法準確性高，檢測速度快，成本低，結(jié)果判讀容易，在對永登七山羊?qū)崿F(xiàn)大規(guī)模分子精準育種中有重要應用價值。

技術(shù)研發(fā)人員：馬友記,馬克巖,段心明,宋娟娟
受保護的技術(shù)使用者：甘肅農(nóng)業(yè)大學
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/6