本發(fā)明涉及基因芯片，具體涉及一種四川地方雞11k?snp液相芯片及其應用。

背景技術：

1、根據(jù)國家第三次畜禽遺傳資源普查統(tǒng)計結果，四川地方雞種資源有14個，這些遺傳資源和品種，是我省養(yǎng)雞業(yè)發(fā)展的后勁和動力。但由于近年來國外育種公司配套系的大量引進，尤其是引進品種(品系)與地方品種無計劃、大面積的雜交，導致四川的雞品種資源受到非常嚴重的破壞，飼養(yǎng)規(guī)模大幅度減少，許多品種正在走向滅絕，許多優(yōu)質特色性狀也隨之消失。目前，四川雞品種資源境況是有喜有憂。喜的是有零星報道的新發(fā)掘的“品種”，憂的是大量品種已經或正在走向滅絕，許多優(yōu)質特色性狀也隨之消失，甚至因為資源情況不清楚，新發(fā)掘的“品種”可能未必是真正意義上的品種。因此迫切需要針對這些品種的精準鑒定，從而準確了解四川省雞品種資源的現(xiàn)狀，為地方品種資源的保護與開發(fā)利用打下堅實的基礎。品種資源鑒定的本質就是品種之間標記的差異。目前主要的標記有形態(tài)學標記、細胞學標記、生化標記和分子標記等，前三種標記均存在密度低、重復性低、通用性低等缺點。形態(tài)學標記如體型外貌等是品種差異的重要體現(xiàn)，也是種質資源的重要特征之一。但依靠體型體尺、羽毛膚色等進行品種的分類和鑒定，要求鑒定者必須有豐富的經驗，且主觀性強、誤判率較高，很難推廣和應用。相對于形態(tài)學標記，分子標記能直接從dna水平上反映品種的差異，穩(wěn)定可靠，多態(tài)性好。但對于分布較為稀疏的分子標記，為基因組提供的信息則非常有限。

2、綜上可以發(fā)現(xiàn)，對于分布較為稀疏或單一的的分子標記，為基因組提供的信息非常有限，因而用于品種鑒定評價或優(yōu)質肉雞育種選擇的分子標記需要擴大數(shù)量及范圍。全基因組選擇不依賴表型信息，選種準確性更高且縮短了育種周期，但由于成本偏高，僅在hubbard、avigen等數(shù)家家禽育種公司應用；檢測成本同樣限制了illumina?60k、affymetrix?600k、“京芯一號”55k等芯片的應用。因此從全基因組范圍內篩選數(shù)量合理、品種分類準確的snps子集或者研發(fā)低密度專用育種芯片是降低家禽等小動物品種精準鑒定及育種成本的有效途徑。隨著芯片設計、基因型填充以及基因組選擇技術不斷優(yōu)化，針對重要經濟性狀和市場偏好的特定目標性狀的低成本專用芯片具有更好的應用前景，將是今后的發(fā)展方向。

技術實現(xiàn)思路

1、有鑒于此，本發(fā)明針對四川地方雞品種資源面臨的嚴峻形勢，提供一種四川地方雞11k?snp液相芯片及其應用，該芯片可用于四川地方雞種質資源鑒定、遺傳多樣性評估、群體結構分析、親緣關系鑒定、育種材料遺傳背景分析等。

2、為達到以上技術目的，本申請采用的技術方案如下：

3、第一方面，本發(fā)明提供一種四川地方雞11k?snp分子標記組合，所述四川地方雞11k?snp分子標記組合由11747個snp分子標記組成，所述11747個snp分子標記在雞參考基因組grcg7b上的染色體位置和編號如說明書表1所示。

4、進一步地，所述四川地方雞品種選自以下14種：涼山巖鷹雞、金陽絲毛雞、羌山云朵雞、藏雞、平武紅雞、彭縣黃雞、米易雞、瀘寧雞、峨眉黑雞、廣元灰雞、舊院黑雞、草科雞、黑水鳳尾雞、四川山地烏骨雞。

5、第二方面，本發(fā)明提供第一方面所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合和/或用于檢測所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合的探針在制備四川地方雞11k?snp分子標記產品上的應用。

6、優(yōu)選地，所述四川地方雞11k?snp分子標記產品為液相芯片或者試劑盒。

7、本發(fā)明還提供一種四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒，包括第一方面所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合和/或用于檢測所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合的探針。

8、本發(fā)明還提供上述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞種質資源鑒定及改良中的應用。

9、本發(fā)明還提供上述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞遺傳多樣性評估和/或遺傳圖譜構建及qtl定位中的應用。

10、本發(fā)明還提供上述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞全基因組關聯(lián)分析中的應用。

11、本發(fā)明還提供上述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞分子標記輔助選擇中的應用。

12、本發(fā)明還提供上述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞全基因組選擇育種中的應用。

13、與現(xiàn)有技術相比，本發(fā)明具有以下優(yōu)異效果：

14、本發(fā)明基于多樣性豐富的四川地方雞材料重測序數(shù)據(jù)，優(yōu)選代表性強、多態(tài)性高、通用性好、在染色體上均勻分布的11,747個分子標記，形成液相芯片；該芯片檢測通量高、目標位點檢出率高(99.91％)、分型結果準確可靠(重復一致率為99.82％)；是一款低密度、高準確性、低成本的分子標記芯片；可用于雞種質資源鑒定及改良、遺傳多樣性評估、群體結構分析、親緣關系鑒定、傳圖譜構建及qtl定位、全基因組關聯(lián)分析、分子標記輔助選擇、全基因組選擇育種等；

15、相比于同類型的其他芯片，該芯片功能位點豐富，涵蓋了與雞生長性狀、體重、剩余采食量、肌肉發(fā)育、胸肌重等性狀顯著關聯(lián)位點1,670個，與雞體重、產蛋、酮體、肌肉發(fā)育、采食量、開產日齡、飼料轉化率、胸肌重、平均日增重、股骨長、雞冠形態(tài)、繁殖、疾病等169個性狀相關的qtl位點1,900個，可用于分子標記輔助選擇、重要性狀基因挖掘鑒定和功能解析等；

16、該芯片包含14個地方雞品種的品種特異位點1,590個，可用于四川地方雞種質資源鑒定、遺傳多樣性評估、群體結構分析、親緣關系鑒定、育種材料遺傳背景分析等。

技術特征：

1.一種四川地方雞11k?snp分子標記組合，其特征在于，所述四川地方雞11k?snp分子標記組合由11747個snp分子標記組成，所述11747個snp分子標記在雞參考基因組grcg7b上的染色體位置和編號如說明書表1所示。

2.根據(jù)權利要求1所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合，其特征在于，所述四川地方雞品種選自以下14種：涼山巖鷹雞、金陽絲毛雞、羌山云朵雞、藏雞、平武紅雞、彭縣黃雞、米易雞、瀘寧雞、峨眉黑雞、廣元灰雞、舊院黑雞、草科雞、黑水鳳尾雞、四川山地烏骨雞。

3.權利要求1或2所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合和/或用于檢測權利要求1或2所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合的探針在制備四川地方雞11k?snp分子標記產品上的應用。

4.一種四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒，其特征在于，包括權利要求1或2所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合和/或用于檢測權利要求1或2所述的四川地方雞11k?snp分子標記組合的探針。

5.權利要求4所述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞種質資源鑒定及改良中的應用。

6.權利要求4所述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞遺傳多樣性評估和/或遺傳圖譜構建及qtl定位中的應用。

7.權利要求4所述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞全基因組關聯(lián)分析中的應用。

8.權利要求4所述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞分子標記輔助選擇中的應用。

9.權利要求4所述的四川地方雞11k?snp液相芯片或者四川地方雞11k?snp試劑盒在四川地方雞全基因組選擇育種中的應用。

技術總結
本發(fā)明提供一種四川地方雞11K?SNP液相芯片及其應用，該液相芯片由四川地方雞11K?SNP分子標記組合制成，其中，四川地方雞11K?SNP分子標記組合由11747個SNP分子標記組成，11747個SNP分子標記在雞參考基因組GRCg7b上的染色體位置和編號如說明書表1所示。該芯片檢測通量高、目標位點檢出率高（99.91%）、分型結果準確可靠（重復一致率為99.82%），是一款低密度、高準確性、低成本的分子標記芯片，可用于雞種質資源鑒定及改良、遺傳多樣性評估、群體結構分析、親緣關系鑒定、傳圖譜構建及QTL定位、全基因組關聯(lián)分析、分子標記輔助選擇、全基因組選擇育種等。

技術研發(fā)人員：楊朝武,邱莫寒,熊霞,朱師良,余春林,張增榮,汪江先,唐順學,曹明月,田甜甜,尹立新,姚辰
受保護的技術使用者：四川省畜牧科學研究院
技術研發(fā)日：
技術公布日：2025/1/28