本發(fā)明屬于分子生物技術(shù)和分子標(biāo)記，具體涉及一種位于豬5號(hào)染色體上與產(chǎn)活仔數(shù)性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、在生豬養(yǎng)殖過(guò)程中，豬產(chǎn)活仔數(shù)是重要的繁殖性能之一，產(chǎn)活仔數(shù)的高低直接影響生豬養(yǎng)殖企業(yè)的生產(chǎn)效率，對(duì)產(chǎn)活仔數(shù)性狀進(jìn)行遺傳改良是豬育種工作中的重點(diǎn)。產(chǎn)活仔數(shù)性狀受遺傳和環(huán)境等多因素調(diào)控，通過(guò)傳統(tǒng)選育方法對(duì)產(chǎn)活仔數(shù)進(jìn)行遺傳改良可能收效甚微。因此，如若能用分子標(biāo)記輔助選擇（marker?assisted?selection，mas）技術(shù)改良豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀，在分子水平上對(duì)豬進(jìn)行早期選育，將進(jìn)一步較快該性狀的育種改良進(jìn)程，提高母豬的繁殖效率，增加生豬養(yǎng)殖企業(yè)的經(jīng)濟(jì)效益。

2、全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide?association?study，gwas）是通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)手段將覆蓋全基因組的snp標(biāo)記與復(fù)雜表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，以檢測(cè)最可能影響相關(guān)表型的遺傳變異。然而，樣本量和標(biāo)記密度是影響gwas結(jié)果的重要因素。一般來(lái)說(shuō)，樣本量越大，標(biāo)記密度越高，則gwas的統(tǒng)計(jì)效力越強(qiáng)。樣本量的大小主要受實(shí)驗(yàn)成本和實(shí)驗(yàn)周期等客觀因素影響，而標(biāo)記密度可通過(guò)基因型填充技術(shù)增加。

3、長(zhǎng)白豬是我國(guó)引進(jìn)的主要瘦肉型豬種之一，具有生長(zhǎng)快、飼料轉(zhuǎn)化率高、繁殖性能強(qiáng)等特點(diǎn)，常被作為杜長(zhǎng)大（杜洛克豬×長(zhǎng)白豬×大白豬）商品豬的第一母本，也常被用來(lái)與我國(guó)地方豬進(jìn)行雜交育種。因此，對(duì)核心群長(zhǎng)白豬的產(chǎn)活仔數(shù)性狀進(jìn)行遺傳改良，可提高母豬的繁殖性能，進(jìn)而提高生豬養(yǎng)殖企業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力，給企業(yè)帶來(lái)經(jīng)濟(jì)巨大經(jīng)濟(jì)效益。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、為了克服現(xiàn)有技術(shù)的不足和缺點(diǎn)，本發(fā)明的首要目的在于提供一種位于豬5號(hào)染色體上與產(chǎn)活仔數(shù)性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記，該snp分子標(biāo)記是通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)分析得到，可顯著影響豬的產(chǎn)活仔數(shù)性狀。

2、本發(fā)明的另一目的在于提供上述snp分子標(biāo)記的應(yīng)用。

3、本發(fā)明的再一目的在于提供一種檢測(cè)上述snp分子標(biāo)記的引物對(duì)和試劑盒。

4、本發(fā)明的第四個(gè)目的在于提供一種上述引物對(duì)和試劑盒的應(yīng)用。

5、本發(fā)明的第五個(gè)目的在于提供一種長(zhǎng)白豬的遺傳改良的方法。

6、本發(fā)明的目的通過(guò)下述技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)：

7、一種位于豬5號(hào)染色體上與產(chǎn)活仔數(shù)性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記，所述的snp分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于國(guó)際豬參考基因組11.1版本5號(hào)染色體上第89503311bp處的t>g突變；該位點(diǎn)堿基的多態(tài)性影響產(chǎn)活仔數(shù)性狀，其中，tt基因型的豬產(chǎn)活仔數(shù)比tg基因型和gg基因型的豬產(chǎn)活仔數(shù)高。

8、所述的snp分子標(biāo)記的核苷酸序列優(yōu)選為seq?id?no.1所示，其中序列中的m是t或g。

9、所述的snp分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)為seq?id?no:1序列標(biāo)注位置為134位的t134-g134的核苷酸突變（位于該序列片段第134位核酸單堿基突變，命名為：g.134?t>g）。

10、所述的豬優(yōu)選為美系長(zhǎng)白豬及其合成系。

11、一種用于檢測(cè)上述snp分子標(biāo)記的引物對(duì)，包含引物primer-f和primer-r，其核酸序列如下：

12、上游引物primer-f：5’-agcccatgtctccttcatgc-3’；

13、下游引物primer-r：5’-ccaaaagagctttcacgggc-3’。

14、一種用于檢測(cè)上述snp分子標(biāo)記的試劑盒，包括上述的引物對(duì)。

15、所述的snp分子標(biāo)記、引物對(duì)或試劑盒在鑒定豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀或篩選產(chǎn)活仔數(shù)高的豬品種或豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀遺傳育種中的應(yīng)用。

16、所述的遺傳育種優(yōu)選為分子標(biāo)記輔助遺傳育種。

17、所述的豬優(yōu)選為美系長(zhǎng)白豬及其合成系。

18、一種檢測(cè)豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀的方法，包含如下步驟：

19、檢測(cè)豬5號(hào)染色體上上述snp分子標(biāo)記，根據(jù)所述的snp分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)單核苷酸是t還是g，判斷豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀；其中，tt基因型的豬產(chǎn)活仔數(shù)比tg基因型和gg基因型的豬產(chǎn)活仔數(shù)高。

20、所述的豬優(yōu)選為美系長(zhǎng)白豬及其合成系。

21、一種篩選高產(chǎn)活仔數(shù)的豬品種的方法，包括以下步驟：

22、檢測(cè)豬5號(hào)染色體上上述snp分子標(biāo)記，淘汰所述的snp分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)為tg基因型和gg基因型的個(gè)體，保留所述的snp分子標(biāo)記的snp位點(diǎn)為tt基因型的個(gè)體為種豬。

23、所述的豬優(yōu)選為美系長(zhǎng)白豬及其合成系。

24、所述的檢測(cè)的方法，包含如下步驟：

25、（1）提取待測(cè)豬的基因組dna；

26、（2）采用上述引物對(duì)或上述試劑盒中的引物對(duì)作為擴(kuò)增引物，以步驟（1）獲得的待測(cè)豬的基因組dna為模板dna，進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到pcr擴(kuò)增產(chǎn)物；

27、（3）對(duì)pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，得到測(cè)序結(jié)果；

28、（4）基于測(cè)序結(jié)果，確定基因型。

29、一種豬的遺傳改良的方法，包含如下步驟：

30、確定種豬核心群中種豬的上述snp分子標(biāo)記，并根據(jù)所述的分子標(biāo)記做出相應(yīng)的選擇：種豬的繼代選育國(guó)際豬參考基因組11.1版本5號(hào)染色體上第89503311bp處的tt基因型的種豬個(gè)體，淘汰該位點(diǎn)的tg和gg基因型的種豬個(gè)體，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因t的頻率，從而提高豬產(chǎn)活仔數(shù)。

31、所述的豬優(yōu)選為美系長(zhǎng)白豬及其合成系。

32、本發(fā)明相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)具有如下的優(yōu)點(diǎn)及效果：

33、（1）本發(fā)明研究并確定影響豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀相關(guān)的分子標(biāo)記位于豬的5號(hào)染色體的核苷酸序列上，驗(yàn)證其對(duì)豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀的影響效應(yīng)，最終建立對(duì)豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀進(jìn)行快速改良的分子標(biāo)記輔助選擇育種技術(shù)，將其應(yīng)用于豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀遺傳改良中，從而提高豬產(chǎn)活仔數(shù)，提高企業(yè)利潤(rùn)，增加核心競(jìng)爭(zhēng)力。

34、（2）本發(fā)明提供一種檢測(cè)位于豬5號(hào)染色體上與產(chǎn)活仔數(shù)性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記的引物對(duì)和試劑盒，通過(guò)該引物對(duì)或試劑盒，可建立高效準(zhǔn)確的分子標(biāo)記輔助育種技術(shù)，快速準(zhǔn)確的對(duì)產(chǎn)活仔數(shù)性狀進(jìn)行選育，加快育種進(jìn)程，將其應(yīng)用于種豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀遺傳改良中，可增加豬的產(chǎn)活仔數(shù)，提高母豬繁殖效率，進(jìn)而提高企業(yè)利潤(rùn)，增加核心競(jìng)爭(zhēng)力。

35、（3）本發(fā)明通過(guò)優(yōu)選該分子標(biāo)記的優(yōu)勢(shì)等位基因，提供了一種豬選育的方法，能夠加快美系長(zhǎng)白豬的遺傳進(jìn)展，縮短了美系長(zhǎng)白豬改良的時(shí)間，從而有效提高種豬育種的經(jīng)濟(jì)效益。其中，若本發(fā)明將影響豬產(chǎn)活仔數(shù)性狀的分子標(biāo)記的gg型和tg型個(gè)體全部選育成tt型個(gè)體，美系長(zhǎng)白豬的產(chǎn)活仔數(shù)提高0.74頭。一個(gè)規(guī)?；f(wàn)頭豬場(chǎng)，按5000頭能繁母豬算，每胎可多提供0.74頭仔豬，母豬一年產(chǎn)2.2胎，則每年為豬場(chǎng)多提供8140頭豬，將為豬場(chǎng)帶來(lái)約1628萬(wàn)元收入。由此可見(jiàn)，高產(chǎn)活仔數(shù)為養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)提供收益的潛力是巨大的。因此，通過(guò)優(yōu)選美系長(zhǎng)白豬該snp的優(yōu)勢(shì)等位基因（t），可顯著提高母豬繁殖效率，進(jìn)而提高豬場(chǎng)經(jīng)濟(jì)效益。