Tec家族激酶抑制劑療法的伴隨診斷的制作方法
【專利說明】
[0001] 相關(guān)申請
[0002] 本申請要求2012年10月11日提交的美國臨時(shí)專利申請No. 61/712,675的優(yōu)先 權(quán)的權(quán)益，該專利申請全文以引用方式并入本文。
技術(shù)領(lǐng)域
[0003] 本文描述了與包括施用TEC家族激酶抑制劑的療法結(jié)合使用的伴隨診斷方法和 試劑盒。
【背景技術(shù)】
[0004] TEC激酶家族是非受體蛋白酪氨酸激酶（PTK)的亞家族。TEC激酶家族由五個(gè)成員 組成，分別是TEC、BTK(布魯頓酪氨酸激酶）、ITK(白介素2誘導(dǎo)的T細(xì)胞激酶）/EMT/TSK、 BMX和TXK/RLK。該家族的特有特征是存在普列克底物蛋白同源性（PH)結(jié)構(gòu)域，已知該結(jié) 構(gòu)域與磷脂酰肌醇結(jié)合。TEC家族激酶參與磷酸酪氨酸介導(dǎo)的和磷脂介導(dǎo)的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)。 許多TEC家族蛋白質(zhì)在造血組織中大量表達(dá)，并在血細(xì)胞的生長和分化過程中發(fā)揮著重要 作用。BTK基因的突變在人類中導(dǎo)致X染色體連鎖無丙種球蛋白血癥（XLA)并在小鼠中導(dǎo) 致X染色體連鎖免疫缺陷（Xid)，這表明BTK活性對于B細(xì)胞個(gè)體發(fā)生不可或缺。ITK對于 Th2和Thl7細(xì)胞的發(fā)育和效應(yīng)子功能具有功能上的重要意義。此外，已表明TEC家族激酶 參與細(xì)胞因子受體、淋巴細(xì)胞表面抗原、異源三聚G蛋白偶聯(lián)受體和整聯(lián)蛋白分子的細(xì)胞 內(nèi)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制。已開發(fā)出TEC激酶抑制劑來治療與TEC家族激酶的活化相關(guān)聯(lián)的多種疾 病，包括癌癥、自身免疫障礙和炎癥性疾病。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本文描述了與包括施用TEC家族激酶抑制劑的療法結(jié)合使用的伴隨診斷方法和 試劑盒。在一些實(shí)施例中，所提供的伴隨診斷方法涉及TEC激酶家族的一種或多種抑制劑 的蛋白質(zhì)占有率測定法。因此，本文描述了TEC激酶家族的激酶抑制劑的蛋白質(zhì)占有率測 定法。本文還描述了TEC激酶家族的不可逆激酶抑制劑的蛋白質(zhì)占有率測定法。本文還描 述了TEC激酶家族的可逆激酶抑制劑的蛋白質(zhì)占有率測定法。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家 族抑制劑為TEC激酶家族的一種或多種激酶的抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制 劑為BTK、ITK、BMX、TXK、TEC或它們的任意組合的抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族 抑制劑為TEC激酶家族的一種或多種激酶的抑制劑同時(shí)也是一種或多種結(jié)構(gòu)同源激酶的 抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制劑為TEC激酶家族的一種或多種激酶的抑制劑 同時(shí)也是一種或多種結(jié)構(gòu)同源酪氨酸激酶（例如，具有結(jié)構(gòu)同源活性位點(diǎn)的激酶）的抑制 劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制劑為TEC激酶家族的一種或多種激酶的抑制劑同時(shí) 也是EGFR家族的激酶的抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制劑為TEC激酶家族的 一種或多種激酶的抑制劑同時(shí)也是HER1 (EGFR、ErbBl)、HER2/c-neu(ErbB2)、HER3 (ErbB3) 和HEIM(ErbB4)、或JAK3的抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制劑為TEC激酶家族 的一種或多種激酶的抑制劑同時(shí)也是SRC家族酪氨酸激酶的抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC激酶家族抑制劑為TEC激酶家族的一種或多種激酶的抑制劑同時(shí)也是B淋巴激酶（BLK)的 抑制劑。本文還描述了用于所提供的蛋白質(zhì)占有率測定法中的示例性試劑和探針。
[0006] 本文在某些實(shí)施例中描述了為ELISA探針測定法的蛋白質(zhì)占有率測定法。在一些 實(shí)施例中，ELISA探針測定法是用于確定尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的TEC家族激酶 的相對量的基于板的電化學(xué)發(fā)光測定法。在一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑為不可逆 的TEC家族激酶抑制劑。例如，在一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑結(jié)合到TEC家族激酶 的活性位點(diǎn)并與半胱氨酸殘基形成二硫鍵。在一些實(shí)施例中，所述測定法涉及將探針結(jié)合 到尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的TEC家族激酶。在一些實(shí)施例中，探針包括經(jīng)由連接 基（例如，長鏈連接基）連接到可檢測標(biāo)簽（例如，生物素）的TEC家族激酶抑制劑。在一 些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑為BTK抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑為 不可逆的BTK抑制劑。在一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑為依魯替尼（ibrutinib)。在 一些實(shí)施例中，探針為本文所述的化合物1-5,其由經(jīng)由長鏈連接基連接到生物素的依魯替 尼組成。用探針標(biāo)記樣品允許檢測未被TEC家族激酶抑制劑占據(jù)的BTK。在一些實(shí)施例中， 與TEC家族激酶偶聯(lián)的探針（即，探針結(jié)合的激酶）被包被鏈霉親和素的板捕獲。在一些 實(shí)施例中，過量的未偶聯(lián)探針和探針結(jié)合的激酶競爭與鏈霉親和素的結(jié)合。
[0007] 本文還描述了用于確定TEC激酶家族的抑制劑的功效的方法。本文還描述了在對 與TEC激酶家族的一個(gè)或多個(gè)成員的活化相關(guān)聯(lián)的疾病進(jìn)行治療的過程中將蛋白質(zhì)占有 率測定法用于診斷、預(yù)測、以及確定和修改治療方案的方法，所述疾病包括其中對TEC激酶 家族的一個(gè)或多個(gè)成員的抑制為患有該病的患者提供治療有益效果的疾病。在一些實(shí)施例 中，患者被診斷為患有與TEC家族激酶的異?；罨嚓P(guān)聯(lián)的疾病或障礙，比如癌癥、自身免 疫障礙、和/或炎癥性疾病。
[0008] 在一個(gè)方面，本文提供了包括基于板的系統(tǒng)的蛋白質(zhì)占有率測定法。在一些實(shí)施 例中，基于板的蛋白質(zhì)占有率測定法包括電化學(xué)發(fā)光測定法。
[0009] 本文描述了用于確定樣品中尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的TEC家族激酶（例 如，未被抑制劑占據(jù)的活性位點(diǎn)）的量的方法。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中 尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的BTK的量。在一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑為BTK 抑制劑。在一些實(shí)施例中，BTK抑制劑為依魯替尼。在一些實(shí)施例中，BTK抑制劑為AVL-292。 在一些實(shí)施例中，BTK抑制劑為0N0-WG-307。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中未 結(jié)合到依魯替尼的TEC家族激酶的量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中未結(jié)合 到依魯替尼的BTK的量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中未結(jié)合到依魯替尼的 ITK的量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中未結(jié)合到依魯替尼的BMX的量。在一 些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中未結(jié)合到依魯替尼的TEC的量。在一些實(shí)施例中，所 述方法包括確定樣品中未結(jié)合到依魯替尼的T)(K的量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確 定樣品中未結(jié)合到依魯替尼的BLK的量。
[0010] 在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的 BTK激酶活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被TEC家族激酶 抑制劑結(jié)合的ITK激酶活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未 被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的BMX活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定 樣品中尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的T)(K活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方 法包括確定樣品中尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的TEC活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例 中，所述方法包括確定樣品中尚未被TEC家族激酶抑制劑結(jié)合的BLK活性位點(diǎn)的數(shù)量。在 一些實(shí)施例中，TEC家族激酶抑制劑抑制TEC激酶家族的兩個(gè)或更多個(gè)成員。在一些實(shí)施 例中，TEC家族激酶抑制劑抑制BTK、ITK、BMX、TXK、TEC或它們的任意組合。在一些實(shí)施例 中，TEC家族激酶抑制劑抑制EGFR或SRC家族酪氨酸激酶。
[0011]在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的BTK激酶活性 位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的ITK激酶 活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的BMX 活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的T)(K 活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的TEC 活性位點(diǎn)的數(shù)量。在一些實(shí)施例中，所述方法包括確定樣品中尚未被依魯替尼結(jié)合的BLK 活性位點(diǎn)的數(shù)量。
[0012] 在一些實(shí)施例中，所述蛋白質(zhì)占有率測定法包括使樣品與探針接觸，其中探針包 括經(jīng)由連接基連接到標(biāo)簽的TEC家族激酶抑制劑；以及檢測結(jié)合到探針的TEC家族激酶 (即，探針結(jié)合的激酶）。在一些實(shí)施例中，探針為依魯替尼的衍生物，其中依魯替尼經(jīng)由連 接基連接到標(biāo)簽。在一些實(shí)施例中，標(biāo)簽為生物素或其衍生物。在一些實(shí)施例中，探針選自 如本文所述的式（I)、（II)或（III)的探針。在一些實(shí)施例中，探針選自如本文所述的探針 化合物1-1、1-2、1-3、1-4、或1-5。在一些實(shí)施例中，探針為探針化合物1-5。
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