于）：核酸測序、測序讀數(shù)的比對、凝膠電 泳、限制酶消化、單鏈構(gòu)象多態(tài)性等。
[0059] 術(shù)語"檢測（detecting)"和"檢測（detection)"在本文中在廣義上使用并且 涵蓋可以確定核酸序列的存在或鑒別核酸序列的任何技術(shù)。在一些實施例中，檢測可 以包括對來自核酸的可檢測信號進行定量，包括（但不限于）實時檢測方法，例如定量 PCR("Q-PCR")。在一些實施例中，檢測可以包括使用擴增產(chǎn)物作為模板測定測序產(chǎn)物或測 序產(chǎn)物家族的序列；在一些實施例中，所述檢測可以包括獲得測序產(chǎn)物家族的序列。在其它 實施例中，檢測可以通過測量核酸擴增產(chǎn)物的大小來實現(xiàn)。
[0060] 如本文所用，"DNA"是指如本領(lǐng)域中所了解呈其各種形式的脫氧核糖核酸，例如基 因組DNA、cDNA、經(jīng)分離核酸分子、載體DNA以及染色體DNA。"核酸"是指呈任何形式的DNA 或RNA。經(jīng)分離核酸分子的實例包括（但不限于）載體中所含的重組DNA分子、維持在異源 宿主細胞中的重組DNA分子、部分地或?qū)嵸|(zhì)上純化的核酸分子以及合成的DNA分子。通常， "經(jīng)分離"核酸不含天然地側(cè)接獲得核酸的生物體的基因組DNA中的核酸的序列（即，位于 核酸的5'和3'端處的序列）。此外，"經(jīng)分離"核酸分子（例如cDNA分子）當通過重組技 術(shù)產(chǎn)生時一般基本上不含其它細胞材料或培養(yǎng)基，或當以化學方式合成時不含化學前體或 其它化學品。
[0061] 如本文所用，術(shù)語"側(cè)接序列"廣泛地指目標核酸序列的核酸序列5'和/或3'，包 括（但不限于）短串聯(lián)重復序列。側(cè)接序列可以在擴增產(chǎn)物內(nèi)或在擴增產(chǎn)物外，即側(cè)接擴 增產(chǎn)物。擴增引物可以經(jīng)選擇以雜交到側(cè)接STR標志物的可變部分的序列，以便產(chǎn)生表現(xiàn) 出STR標志物的特定等位基因的大小的擴增子。
[0062] 如本文所用，術(shù)語"短串聯(lián)重復（STR)基因座"是指基因組中含有長度為2到7個 堿基對的短重復序列元件的區(qū)域。每個序列元件在STR內(nèi)重復至少一次并且在本文中被稱 作"重復單元"。術(shù)語STR還涵蓋基因組DNA區(qū)域，其中超過單一重復單元串聯(lián)重復或插入 堿基重復，其限制條件為所述序列中的至少一個串聯(lián)重復至少兩次。STR的實例包括（但 不限于）三聯(lián)體重復序列，例如ate串聯(lián)，例如atcatcatcatcaacatcatc(SEQ ID N0:1); 4- peat (四重復序列），例如 gata 串聯(lián)，例如 GATAGATAGATACATAGATA (SEQ ID NO: 2);以及 5- peat (五重復序列），例如attgc串聯(lián)，例如ATTGCATTGCATTGC(SEQ ID N0:3)等。關(guān)于可 以用作遺傳標志物的特定STR的信息尤其可在www. cstl. nist. gov/strbase見于STRbase。[0063] 如本文所用，術(shù)語"不完美重復序列"、"不完全重復序列"和"變異體重復序列"是 指其中重復單元盡管串聯(lián)，但是在一或多個重復單元之間具有序列中斷（添加或缺失）的 串聯(lián)重復序列，例如ateg ateg aacg ateg atcg(SEQ ID N0:4)，其中第三個重復單元與其 它重復單元不一致并且因此是不完美重復序列；不完全重復序列可以視為其中重復單元中 的堿基對的數(shù)量是不完全重復的串聯(lián)重復序列，例如TH01基因座的等位基因9含有九個 4-peat重復單元（[AATG]9表示TH01基因座的完全重復單元"AATG"），但是9. 3等位基因 含有九個"AATG"重復單元和一個不完全重復單元，不完全重復單元三個核苷酸"ATG"，即， [AATG]6ATG[AATG] 3;而變異體重復序列在重復單元內(nèi)具有變異，例如atcc atcg atcc atcg 已1^8 31：(^31：(^(5￡(>)10勵:5)，其中41631:重復單元在重復單元的第四個位置處具有變 異體堿基對"c"或"g"核苷酸。
[0064] 如本文所用，術(shù)語"多態(tài)短串聯(lián)重復基因座"是指其中在基因組DNA的特定區(qū)域中 的重復序列元件的數(shù)量（和所述序列的凈長度）因等位基因而異并且因個體而異的STR基 因座。
[0065]"遺傳標志物" 一般是具有用于分析的相關(guān)特征的基因組DNA基因座的等位基因， 所述分析例如DNA分型，其中基于個體的DNA的變異區(qū)分個體。大多數(shù)DNA分型方法被設(shè) 計成用于檢測并分析已知以至少兩種不同形式或等位基因出現(xiàn)在群體中的DNA標志物的 一或多個區(qū)域的長度和/或序列的差異。所述變異被稱作"多態(tài)性"，并且其中出現(xiàn)這種變 異的任何DNA區(qū)域都被稱作"多態(tài)基因座"。執(zhí)行DNA分型的一種可能方法涉及將PCR擴增 技術(shù)（K B穆利斯（K B Mullis)，美國專利第4, 683, 202號）與長度變異多態(tài)性的分析相結(jié) 合。PCR在傳統(tǒng)上只可以用來可靠地擴增相對較小的DNA區(qū)段；即，只擴增長度低于3, 000 個堿基的 DNA 區(qū)段（M.龐塞（M. Ponce)和 L.米克（L. Micol) (1992)，NAR 20(3) :623 ;R.德 科爾特（R.Decorte)等人（1990)，DNA 細胞生物學（DNACELL BIOL.) 9(6) : 461469)。短串聯(lián) 重復序列（STR)、小衛(wèi)星和數(shù)目可變串聯(lián)重復序列（VNTR)是長度變異多態(tài)性的一些實例。 含有小衛(wèi)星或VNTR的DNA區(qū)段一般過長以致于不能通過PCR可靠地擴增。相比之下，含有 約三到七個核苷酸的重復單元的STR足夠短以適用作PCR應(yīng)用中的遺傳標志物，因為擴增 方案可以被設(shè)計成用于產(chǎn)生比可能來自DNA的其它可變長度區(qū)域的產(chǎn)物小的產(chǎn)物。
[0066] 如本文所用，術(shù)語"單體型"是Y染色體上一起遺傳的一組所選擇的等位基因。
[0067] 如本文所用的術(shù)語"基因座"是指在染色體或核酸分子上的特定實體位置?；蜃?的等位基因位于同源染色體上的相同位點處。如本文所用的"基因座（locus)"的復數(shù)"基 因座（Loci) "是指在相同或不同染色體上的特定實體位置以及在核酸分子上的相同或不同 特定實體位置。
[0068] 如本文所用，術(shù)語"核酸樣品"是指在根據(jù)本發(fā)明的生物樣品中所發(fā)現(xiàn)的核酸，包 括（但不限于）例如毛發(fā)、糞便、血液、組織、尿液、唾液、頰部細胞、陰道細胞、皮膚（例如指 紋中所含有的皮膚細胞）、骨骼、牙齒、面頰樣品、含有胎盤細胞的羊水和含有胎兒細胞的羊 水以及精液。預計可以侵入性或非侵入性地收集樣品。樣品可以在以下各者之上、之中、之 內(nèi)、來自以下各者或結(jié)合以下各者發(fā)現(xiàn)：纖維、織物、香煙、口香糖、粘合材料、土壤或無生命 的物體。如本文所用的"樣品"在其最廣泛的意義上使用并且是指疑似含有核酸的樣品并 且可能伴隨著細胞、從細胞中分離的染色體（例如，中期染色體的擴展）、基因組DNA、RNA、 cDNA等。樣品可以是動物或植物來源的，涵蓋含有核酸的任何生物體，包括（但不限于）細 菌、病毒、植物、牲畜、家養(yǎng)寵物以及人類樣品。
[0069] 另外在本文中，通過端點對數(shù)值范圍進行的敘述包括所述范圍內(nèi)所包含的所有數(shù) 字（例如 1 到 5 包括 1、1. 5、2、2. 75、3、3. 80、4、5 等）。
[0070] 如本文所用，"聚合酶鏈式反應(yīng)"或PCR是核酸的擴增，由分離雙鏈核酸樣品的鏈 的初始變性步驟、接著重復以下各步組成：（i)退火步驟，它允許擴增引物特定地退火到側(cè) 接目標序列的位置；（ii)延伸步驟，它沿著5'到3'的方向延伸引物，由此形成與目標序列 互補的擴增子多核苷酸；以及（iii)變性步驟，它引起擴增子與目標序列分離（穆利斯等人 編，聚合酶鏈式反應(yīng)（The Polymerase Chain Reaction),比克霍瑟（BirkHauser),波士 頓（Boston)，馬薩諸塞州（Mass.) (1994))。以上步驟中的每一個都可以在不同溫度下進 行，優(yōu)選地使用自動化熱循環(huán)儀（應(yīng)用生物系統(tǒng)公司（Applied Biosystems LLC),生命技 術(shù)公司（Life Technologies Corporation)的分公司，福斯特市（Foster City),加利福 尼亞州（CA.))。必要時，RNA樣品可以通過本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的方法轉(zhuǎn)化成DNA/RNA 異雙螺旋或雙螺旋cDNA。PCR方法還包括逆轉(zhuǎn)錄酶-PCR和遵循PCR原理的其它反應(yīng)。
[0071] 如本文所用，術(shù)語"多核苷酸"、"寡核苷酸"和"核酸"在本文中可互換地使用并且 是指核苷酸單體的單鏈和雙鏈聚合物，包括（但不限于）通過核苷酸間磷酸二酯鍵鍵聯(lián)或 核苷酸間類似物以及相關(guān)抗衡離子連接的2' -脫氧核糖核苷酸（DNA)和核糖核苷酸（RNA)， 所述抗衡離子例如H+、NH4+、三烷基按、Mg 2+、Na+等。多核苷酸可以完全由脫氧核糖核苷酸構(gòu) 成、完全由核糖核苷酸構(gòu)成或由其嵌合混合物構(gòu)成，并且可以包括核苷酸類似物。核苷酸單 體單元可以包括任何核苷酸或核苷酸類似物。多核苷酸的大小通常從幾個單體單元到若數(shù) 千個單體核苷酸單元不等，例如5-40,當它們有時在本領(lǐng)域中被稱為寡核苷酸時。除非另外 指出，否則每當呈現(xiàn)多核苷酸序列時，都應(yīng)了解，核苷酸從左到右是按5'到3'的順序并且 除非另外指出，否則"A"表示脫氧腺苷，"C"表示脫氧胞苷，"G"表示脫氧鳥苷，"T"表示胸 苷，并且"U"表示脫氧尿苷。
[0072] 術(shù)語"引物"是指如下多核苷酸（寡核苷酸）和其類似物：能夠選擇性雜交到目標 核酸或"模板"、目標區(qū)域側(cè)接序列或雜交到擴增產(chǎn)物的對應(yīng)引物結(jié)合位點；并且允許從引 物的3'端合成與對應(yīng)多核苷酸模板、側(cè)接序列或擴增產(chǎn)物互補的序列。引物的長度通常可 以介于約10到100個核苷酸之間并且可以提供與模板互補的多核苷酸的模板定向合成的 起始點，所述合成可以在存在恰當酶、輔因子、例如核苷酸（dNTP)的底物等的情況下發(fā)生。
[0073] 如本文所用，術(shù)語"引物結(jié)合位點"是指多核苷酸序列、通常是側(cè)接目標區(qū)域和/ 或擴增子的序列中可以直接或通過其互補序列充當模板的區(qū)域，引物可以退火到所述模板 進行本領(lǐng)域中已知的任何合適的引物延伸反應(yīng)，例如（但不限于）PCR。本領(lǐng)域的技術(shù)人員 應(yīng)了解，當在雙鏈多核苷酸上存在兩個引物結(jié)合位點時，這兩個引物結(jié)合位點的方向一般 是不同的。舉例來說，引物對的一個引物與第一引物結(jié)合位點互補并且可以與它雜交，而引 物對的對應(yīng)引物被設(shè)計成用于與第二引物結(jié)合位點的互補序列雜交。換句話說，在一些實 施例中，第一引物結(jié)合位點可以沿有義方向，并且第二引物結(jié)合位點可以沿反義方向。擴增 子的引物結(jié)合位點可以（但不需要）涵蓋與目標側(cè)接序列或其互補序列相同的序列或所述 序列中的至少一些。
[0074] 本領(lǐng)域的技術(shù)人員了解，當目標區(qū)域通過某些擴增手段擴增時，在互補的擴增子 或擴增子的互補鏈中合成了引物結(jié)合位點的互補序列。因此，應(yīng)了解，引物結(jié)合位點的互補 序列明確地包括在如本文所用的的術(shù)語引物結(jié)合位點的既定含義內(nèi)。
[0075] 如本文所用，術(shù)語"串聯(lián)重復序列"是指依次連續(xù)出現(xiàn)的重復序列。
[0076] 如本文所用，術(shù)語"串聯(lián)重復基因座"是指含有串聯(lián)重復序列的基因座。
[0077] 如本文所用，術(shù)語"目標多核苷酸"、"核酸目標"和"目標核酸"在本文中可互換地 使用并且是指特定相關(guān)核酸序列。"目標"可以是力圖被擴增并且可以在存在其它核酸分 子的情況下存在或存在于更大核酸分子內(nèi)的多核苷酸序列。目標多核苷酸可以從任何來源 獲得，并且可以包括任何數(shù)量的不同組成性組分。舉例來說，目標可以是核酸（例如DNA或 RNA)。目標可以經(jīng)甲基化、非甲基化或兩者。此外，應(yīng)了解"目標多核苷酸"可以指目標多核 苷酸本身以及其代替物（例如擴增產(chǎn)物）以及天然序列。在一些實施例中，目標多核苷酸 是來源于降解來源的短DNA分子，例如可以發(fā)現(xiàn)于例如（但不限于）法醫(yī)學樣品中（參看 例如布特勒（Butler) ,2001，法醫(yī)學DNA分型：STR標志物背后的生物學和技術(shù)（Forensic DNA Typing:Biology and Technology Behind STR Markers))。本傳授內(nèi)容