rs492594的基因型的檢測(cè)方法及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及一種rs492594的基因型的檢測(cè)方法及其應(yīng)用，屬于生物醫(yī)藥領(lǐng)域，
【背景技術(shù)】
[0002] 噻唑烷二酮類藥物又稱為胰島素增敏劑，是臨床上常用的口服降糖藥物。噻唑 烷二酮類藥物包括吡格列酮、曲格列酮、羅格列酮等，這些藥物具有相似的化學(xué)結(jié)構(gòu)，即2， 4-噻唑烷二酮結(jié)構(gòu)，不同的藥物區(qū)別在于具有不同的側(cè)鏈取代基。但是這些化合藥物的安 全性不盡相同，目前仍在臨床上廣泛使用的只有吡格列酮。噻唑烷二酮類藥物是過氧化物 酶體增殖物激活受體γ (PPARy)激動(dòng)劑。PPARy激活后發(fā)生結(jié)構(gòu)上的變化，可招募多種共 激活物與之結(jié)合，發(fā)揮不同的生物學(xué)作用，包括增加外周組織的胰島素敏感性，減輕骨骼肌 和肝臟的脂肪沉積，促進(jìn)骨骼肌對(duì)循環(huán)中葡萄糖的利用，抑制肝糖輸出。也有研宄提示噻唑 烷二酮類藥物可保護(hù)胰腺β細(xì)胞功能。
[0003] 目前臨床上雖然有多種口服降糖藥物，但是一方面難以做到個(gè)體化治療使藥物發(fā) 揮最大療效，另一方面由于副作用的發(fā)生限制了某些降糖藥物的使用。藥物作用差異主要 是個(gè)體在藥物效應(yīng)和代謝相關(guān)的遺傳背景差異所決定的。通過研宄口服降糖藥物的藥物遺 傳學(xué)，可以采用遺傳信息為個(gè)體化用藥提供理論依據(jù)。吡格列酮是目前市場(chǎng)上仍在使用的 噻唑烷二酮類藥物。研宄顯示，它除了降低血糖、延緩糖尿病前期進(jìn)展為糖尿病，還有抗炎 和抗動(dòng)脈粥樣硬化，具有潛在的心血管保護(hù)作用。同時(shí)也有導(dǎo)致水腫、體重增加、骨折風(fēng)險(xiǎn) 增加和心力衰竭的不良反應(yīng)。吡格列酮的適應(yīng)癥是所有2型糖尿病，但由于2型糖尿病病 因和發(fā)病機(jī)制的異質(zhì)性，如果不加細(xì)分，必然有少部分病人出現(xiàn)不良反應(yīng)或療效不佳，導(dǎo)致 患者醫(yī)療費(fèi)用增加和因不良反應(yīng)導(dǎo)致的身心危害。因此，找出對(duì)該藥敏感的2型糖尿病特 殊群體，使用個(gè)體化的藥物劑量，可能對(duì)病人帶來更多收益。
[0004] G6PC2基因位于2q24. 3,編碼葡萄糖-6-磷酸酶催化亞基2。該蛋白在胰腺β細(xì) 胞特異性表達(dá)，細(xì)胞研宄中并沒有發(fā)現(xiàn)該蛋白有磷酸水解酶的活性，而是細(xì)胞免疫介導(dǎo)的 自身免疫性糖尿病的主要靶蛋白。在動(dòng)物實(shí)驗(yàn)中敲除G6PC2基因后導(dǎo)致葡萄糖激酶的相 對(duì)活化，改變了葡萄糖刺激的胰島素分泌狀態(tài)。國(guó)內(nèi)外多項(xiàng)2型糖尿病人群中的研宄曾發(fā) 現(xiàn)G6PC2基因和空腹血糖或2型糖尿病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。其中一個(gè)SNP位點(diǎn)rs492594位于 G6PC2基因的第5號(hào)外顯子上，是一個(gè)錯(cuò)義突變（c. 655G > C，Val219Leu)，根據(jù)PubMed中 國(guó)人分型數(shù)據(jù)，rs492594的次要等位基因 G頻率為0. 463。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明一個(gè)所要解決的技術(shù)問題是預(yù)測(cè)吡格列酮的降血糖效果。
[0006] 為了解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明提供檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型 的產(chǎn)品或檢測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備預(yù)測(cè)吡格列酮干預(yù)后 對(duì)人的降血糖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0007] 上述應(yīng)用具體體現(xiàn)在如下：
[0008] rs492594 SNP位點(diǎn)GG基因型的待測(cè)糖尿病患者在吡格列酮干預(yù)后血糖下降程 度、HbAlc下降程度和/或胰島素抵抗水平下降程度高于或候選高于rs492594 SNP位點(diǎn) CC基因型或rs492594 SNP位點(diǎn)GC基因型的待測(cè)糖尿病患者在吡格列酮干預(yù)后血糖下降 程度、HbAlc (糖化血紅蛋白）下降程度和/或胰島素抵抗水平下降程度；所述GG基因型為 rs492594SNP位點(diǎn)為G的純合體，所述GC基因型為rs492594SNP位點(diǎn)為G和C的雜合體，所 述CC基因型為rs492594SNP位點(diǎn)為C的純合體；
[0009] rs570876 SNP位點(diǎn)AA基因型的待測(cè)糖尿病患者在吡格列酮干預(yù)后血糖下降程 度、HbAlc下降程度和/或胰島素抵抗水平下降程度高于或候選高于rs570876 SNP位點(diǎn) TT基因型或rs570876 SNP位點(diǎn)AT基因型的待測(cè)糖尿病患者在吡格列酮干預(yù)后血糖下降 程度、HbAlc (糖化血紅蛋白）下降程度和/或胰島素抵抗水平下降程度；所述AA基因型為 rs570876SNP位點(diǎn)為A的純合體，所述AT基因型為rs570876SNP位點(diǎn)為A和T的雜合體，所 述TT基因型為rs570876SNP位點(diǎn)為T的純合體；
[0010] 上述吡格列酮干預(yù)后血糖下降程度為【（吡格列酮干預(yù)前血糖與吡格列酮干預(yù)后 血糖的差值）/吡格列酮干預(yù)前血糖】*100% ;
[0011] 上述吡格列酮干預(yù)后HbAlc下降程度為【（吡格列酮干預(yù)前HbAlc與吡格列酮干 預(yù)后HbAlc的差值）/吡格列酮干預(yù)前HbAlc】*100%。
[0012] 上述血糖為0GTT2小時(shí)血糖。
[0013] 啦格列酮干預(yù)是指服用一年，每天劑量為30mg。
[0014] 上述降血糖效果體現(xiàn)在如下（1)-(3)其中至少任一所示：
[0015] (1)吡格列酮干預(yù)后人的血糖濃度下降程度；
[0016] ⑵吡格列酮干預(yù)后人的糖化血紅蛋白濃度下降程度；
[0017] (3)吡格列酮干預(yù)后人的胰島素抵抗水平下降程度；
[0018] 降血糖效果好體現(xiàn)在如下A' -C'其中至少任一所示：
[0019] A'、吡格列酮干預(yù)后人的血糖濃度下降程度高；
[0020] B'、吡格列酮干預(yù)后人的糖化血紅蛋白濃度下降程度高；
[0021] C'、吡格列酮干預(yù)后人的胰島素抵抗水平下降程度高。
[0022] 吡格列酮對(duì)rs492594位點(diǎn)的基因型為GG的人的降血糖效果好于吡格列酮對(duì) rs492594位點(diǎn)的基因型為CG或CC的人的降血糖效果。
[0023] 吡格列酮對(duì)rs570876位點(diǎn)的基因型為AA的人的降血糖效果好于吡格列酮對(duì) rs492594位點(diǎn)的基因型為AT或TT的人的降血糖效果。
[0024] 本發(fā)明另一個(gè)所要解決的技術(shù)問題是篩查對(duì)吡格列酮敏感的糖尿病前期患者。
[0025] 為了解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明提供檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型 的產(chǎn)品或檢測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備篩查對(duì)吡格列酮敏感 的糖尿病前期患者的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0026] 對(duì)吡格列酮相對(duì)敏感的糖尿病前期患者體現(xiàn)在吡格列酮干預(yù)后血糖下降程度高、 HbAlc下降程度高和/或胰島素抵抗水平下降程度高。
[0027] 上述應(yīng)用中，所述產(chǎn)品為序列1和序列2所示的DNA分子。
[0028] 本發(fā)明第三個(gè)所要解決的技術(shù)問題是檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因 型。
[0029] 為了解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明提供檢測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型 的產(chǎn)品在制備檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0030] 本發(fā)明第四個(gè)所要解決的技術(shù)問題是檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因 型。
[0031] 為了解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明提供一種檢測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基 因型的方法，1)直接測(cè)序；
[0032] 2)檢測(cè)待測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型，根據(jù)所述待測(cè)人基因組中 rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所述待測(cè)人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型。
[0033] 上述2)所示的方法，包括如下步驟：
[0034] 1)用擴(kuò)增含有rs570876SNP位點(diǎn)DNA片段的引物對(duì)所述待測(cè)人基因組DNA進(jìn)行 PCR擴(kuò)增，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；
[0035] 2)用ApoI酶切所述PCR產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物，根據(jù)所述酶切產(chǎn)物大小判斷所述待 測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型，再根據(jù)所述rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所 述rs492594SNP位點(diǎn)的基因型。
[0036] 上述方法中，所述擴(kuò)增含有rs492594SNP位點(diǎn)DNA片段的引物對(duì)由序列1所示的 DNA分子和序列2所不的DNA分子組成；
[0037] 所述根據(jù)所述酶切產(chǎn)物大小判斷所述待測(cè)人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因 型，再根據(jù)所述rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所述rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為如下：若 所述酶切產(chǎn)物僅含有307bp和396bp大小的目的片段，則所述人基因組中rs570876SNP位 點(diǎn)的基因型為AA，所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為GG ;若所述酶切產(chǎn)物含有 307bp、396bp和703bp 3條DNA片段，則所述人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型為AT， 所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為GC ;若所述酶切產(chǎn)物僅含有703bp DNA片段， 則所述人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型為TT，所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的 基因型為CC。
[0038] 所述rs570876SNP位點(diǎn)的核苷酸為序列3或序列4的第308位核苷酸；
[0039] 所述rS492594SNP位點(diǎn)的核苷酸為序列7的第501位核苷酸或G6PC2基因的 GenBank Accession Number NCBI Reference Sequence:NG_011682. 1(2014