意指至少所記載的數(shù)目(例如，“兩次記載”中的簡要記載(bare recitat1n)，沒有其它修飾語，是指至少兩次記載或兩次或更多次記載)。此外，在使用類似于“A、B和C等中的至少一個”慣常用法的情況下，本領(lǐng)域技術(shù)人員將以慣常用法理解這樣的結(jié)構(gòu)(例如，“具有A、B和C中的至少一個的系統(tǒng)”將包括但不限于具有單獨的A、單獨的B、單獨的C、A和B —起、A和C 一起、B和C 一起、和/或A、B和C 一起等的系統(tǒng))。在使用類似于“A、B或C等中的至少一個”的慣常用法的情況下，本領(lǐng)域技術(shù)人員將以慣常用法理解這樣的結(jié)構(gòu)(例如，“具有A、B或C中的至少一個的系統(tǒng)”將包括但不限于具有單獨的A、單獨的B、單獨的C、A和B —起、A和C 一起、B和C 一起、和/或A、B和C 一起等的系統(tǒng))。本領(lǐng)域技術(shù)人員還應理解，無論在說明書、權(quán)利要求書或附圖中出現(xiàn)兩個或多個可選術(shù)語的幾乎任何分離的單詞和/或短語應理解為設(shè)想包括術(shù)語中的一個、任一術(shù)語、兩個術(shù)語的可能性。例如，短語“A或B”將被理解為包括“A”或“B”或“A和B”的可能性。
[0122]此外，以馬庫什組的方式描述本公開的特征或方面，本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認識到，本公開也由此描述了馬庫什組的任何個別成員或成員的亞組。
[0123]如同本領(lǐng)域技術(shù)人員所理解的，出于任何及所有目的，如提供書面描述的方面，本文公開的所有范圍還包括任何及所有可能的子范圍以及子范圍的組合。任何列出的范圍可以被容易地認為是充分描述并能夠使相同的范圍被細分為至少相等的兩半、三分之一、四分之一、五分之一、十分之一等。作為非限制性實例，本文所討論的每個范圍可容易地分為下三分之一、中三分之一和上三分之一等。如同本領(lǐng)域技術(shù)人員所理解的，所有語言諸如“高達”，“至少”等包括列出的數(shù)目并且指隨后可細分為如上所述子范圍的范圍。如同本領(lǐng)域技術(shù)人員所理解的，一個范圍包括每個單獨的成員。因此，例如，具有1-3個細胞的組是指具有1、2或3個細胞的組。類似地，具有1-5細胞的組是指具有1、2、3、4或5個細胞的組，等等。
[0124] 從前述內(nèi)容可以理解，本文已經(jīng)描述了本發(fā)明的各種實施方案用于說明的目的，并且可以在不背離本公開的范圍和精神的情況下做出各種修改。因此，本文公開的各種實施方案并不意圖限制隨附權(quán)利要求真正的范圍和精神。
【主權(quán)項】
1.一種表征DNA的方法，所述方法包括: 在第一序列基序處使第一 DNA產(chǎn)生切口，其中所述第一 DNA是雙鏈的，并且其中所述第一DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈； 用第一標記標記所述第一 DNA上的所述切口 ； 線性化所述第一 DNA;以及 檢測所述線性化的第一 DNA上的所述第一標記的模式。2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中在標記后線性化所述第一DNA。3.如權(quán)利要求1所述的方法，還包括用第三標記標記所述第一DNA，其中所述第三標記是非序列特異性的，并且其中所述第三標記與所述第一標記不同。4.如權(quán)利要求1-3中任一項所述的方法，還包括修復所述第一DNA上的至少一些切口。5.如權(quán)利要求4所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述標記的第一DNA之前修復所述第一 DNA上的切口。6.如權(quán)利要求1-5中任一項所述的方法，所述方法還包括: 在所述第一序列基序處使第二 DNA產(chǎn)生切口 ； 用所述第一標記標記所述第二 DNA上的所述切口 ； 線性化所述第二 DNA;以及 檢測所述線性化的第二 DNA上所述第一標記的模式。7.如權(quán)利要求6所述的方法，所述方法還包括用所述第三標記標記所述第二DNA。8.如權(quán)利要求6-7中任一項所述的方法，還包括修復所述第二DNA上的至少一些切口。9.如權(quán)利要求8所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述標記的第二DNA之前修復所述第二 DNA上的切口。10.如權(quán)利要求1-9中任一項所述的方法，所述方法還包括: 在第二序列基序處使第一 DNA產(chǎn)生切口，其中所述修復的第一 DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈，以及 用所述第二標記標記所述第一 DNA上所述第二序列基序處的切口，其中所述第二標記與所述第三標記不同。11.如權(quán)利要求10所述的方法，還包括在用所述第二標記進行標記后，修復所述第一DNA上的切口。12.如權(quán)利要求11所述的方法，其中在用所述第三標記標記所述第一DNA之前，修復所述第一 DNA上的切口。13.如權(quán)利要求10-12中任一項所述的方法，還包括檢測所述第一DNA上所述第二標記的模式。14.如權(quán)利要求8-13中任一項所述的方法，所述方法還包括: 在第二序列基序處使所述修復的第二 DNA產(chǎn)生切口，其中所述修復的第二 DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈；以及 用第二標記標記所述第二 DNA上所述第二序列基序處的切口，其中所述第三標記與所述第二標記不同。15.如權(quán)利要求14所述的方法，還包括在用第二標記進行標記后，修復所述第二DNA上的切口。16.如權(quán)利要求14-15中任一項所述的方法，還包括檢測所述第二DNA上所述第二標記的模式。17.—種表征DNA的方法，所述方法包括: 用第一切口核酸內(nèi)切酶在識別序列處使第一 DNA的一條鏈產(chǎn)生切口，其中所述第一DNA是雙鏈的，并且其中所述第一 DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈； 用第一標記在切口位點標記所述第一 DNA ; 修復所述第一 DNA上的所述切口 ； 用第二切口核酸內(nèi)切酶在識別序列處使第二 DNA的互補鏈產(chǎn)生切口，其中所述第二DNA的互補鏈與所述第一 DNA的一條鏈互補，其中所述第二 DNA是雙鏈的，并且其中所述第二DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈； 用第二標記在所述切口位點標記所述第二 DNA ; 修復所述第二 DNA上的所述切口 ； 線性化所述標記的第一 DNA和所述標記的第二 DNA ;以及 檢測所述線性化的第一 DNA和線性化的第二 DNA上所述第一和第二標記的模式。18.如權(quán)利要求17所述的方法，還包括用第三標記標記所述修復的第一和第二DNA，其中所述第三標記是非序列特異性的。19.如權(quán)利要求6-18中任一項所述的方法，其中所述第一DNA和所述第二 DNA都來自同一來源。20.如權(quán)利要求6-18中任一項所述的方法，其中所述第一DNA和所述第二 DNA各來自不同的來源。21.如權(quán)利要求10-20中任一項所述的方法，其中所述第一和第二標記各包括相同的 ο22.如權(quán)利要求10-20任一項所述的方法，其中所述第一和第二標記各包括不同的標記。23.如權(quán)利要求6-22中任一項所述的方法，還包括比較所述第一DNA上標記的模式與所述第二 DNA上標記的模式。24.如權(quán)利要求1-23中任一項所述的方法，還包括使用標記的基序的模式組裝所述標記的第一 DNA，以構(gòu)建第一 DNA圖譜。25.如權(quán)利要求6-24中任一項所述的方法，還包括使用所述標記的基序的模式組裝所述標記的第二 DNA，以構(gòu)建第二 DNA圖譜。26.如權(quán)利要求6-25中任一項所述的方法，還包括: 使用標記的序列基序的重疊組裝多個第一 DNA，以構(gòu)建第一 DNA圖譜； 使用所述標記的序列基序的重疊組裝多個第二 DNA，以構(gòu)建第二 DNA圖譜；以及 比較所述第一 DNA圖譜與所述第二 DNA圖譜。27.如權(quán)利要求18-26中任一項所述的方法，還包括: 用所述第一切口核酸內(nèi)切酶在識別序列處使第三DNA的一條鏈產(chǎn)生切口，由此產(chǎn)生至少一個切口位點，其中所述第三DNA是雙鏈的，并且其中所述第三DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈； 在所述切口位點處標記所述第三DNA ; 用所述第二切口核酸內(nèi)切酶在所述識別序列處使第四DNA的互補鏈產(chǎn)生切口，由此產(chǎn)生至少一個切口位點，其中所述第四DNA的互補鏈與所述第三DNA的一條鏈互補； 在所述切口位點處標記所述第四DNA ; 用第三標記標記修復的第三和第四DNA，其中所述第三標記是非序列特異性的。28.如權(quán)利要求27所述的方法，還包括修復所述第三DNA上的所述切口和修復所述第四DNA上的所述切口。29.如權(quán)利要求27-28中任一項所述的方法，其中所述第三DNA和所述第四DNA都來自相同的第二來源。30.如權(quán)利要求27-28中任一項所述的方法，其中所述第三DNA包含來自所述第二來源的第一樣品，且其中所述第四DNA包含來自所述第二來源的第二樣品。31.如權(quán)利要求29-30中任一項所述的方法，其中所述第二來源與第一來源不同。32.如權(quán)利要求1-31中任一項所述的方法，還包括比較所述第一DNA上所述第一標記的模式與參照DNA上標記的模式。33.如權(quán)利要求1-31中任一項所述的方法，還包括比較所述第一標記的模式與參照DNA上標記的模式。34.如權(quán)利要求10-33中任一項所述的方法，還包括比較所述第一標記的模式與參照DNA上第二標記的模式。35.如權(quán)利要求10-31中任一項所述的方法，還包括比較所述第一DNA上所述第一和第二標記中至少一個的模式與參照DNA上標記的模式。36.如權(quán)利要求10-31中任一項所述的方法，還包括比較所述第一DNA上所述第一和第二標記中每一個的模式與參照DNA上標記的模式。37.如權(quán)利要求1-36中任一項所述的方法，其中所述線性化包括將上述DNA運送至納米通道內(nèi)。38.如權(quán)利要求1-37中任一項所述的方法，其中所述第三標記包括非序列特異性標記。39.如權(quán)利要求1-38中任一項所述的方法，其中所述第一和第二標記獨立地選自熒光團、量子點、樹狀聚體、納米線、珠、半抗原、鏈霉親和素、抗生物素蛋白、中性親和素、生物素和反應性基團。40.如權(quán)利要求1-38中任一項所述的方法，其中所述第一和第二標記獨立地選自熒光團或量子點。41.如權(quán)利要求1-39中任一項所述的方法，其中所述第一和第二標記中的至少一個包括非光學標記。42.如權(quán)利要求1-41中任一項所述的方法，其中用聚合酶進行所述標記。43.如權(quán)利要求1-41中任一項所述的方法，其中在包含所述標記的dNTP存在下用聚合酶進行標記。44.如權(quán)利要求42所述的方法，其中所述聚合酶具有5’至3’核酸外切酶活性。45.如權(quán)利要求43所述的方法，其中所述聚合酶離開側(cè)翼區(qū)域，并且其中去除所述側(cè)翼區(qū)域，以在用連接酶修復之前恢復可連接的切口。46.如權(quán)利要求45所述的方法，其中在至少一個核苷酸以有限濃度存在的條件下，使用聚合酶的5’至3’核酸外切酶活性去除所述側(cè)翼區(qū)域。47.如權(quán)利要求45所述的方法，其中在至少一個核苷酸從反應中省略的條件下，使用聚合酶的5’至3’核酸外切酶活性去除所述側(cè)翼區(qū)域。48.如權(quán)利要求45所述的方法，其中用側(cè)翼核酸內(nèi)切酶去除所述側(cè)翼區(qū)域。49.如權(quán)利要求1-48中任一項所述的方法，其中在至少一種dNTP存在的條件下用聚合酶進行所述標記。50.如權(quán)利要求1-49中任一項所述的方法，其中所述至少一種dNTP是單種類的dNTP。51.如權(quán)利要求1-50中任一項所述的方法，還包括通過調(diào)節(jié)溫度、dNTP濃度、輔助因子濃度、緩沖液濃度或它們的任何組合，在標記期間調(diào)節(jié)所述聚合酶的活性。52.如權(quán)利要求1-51中任一項所述的方法，其中使所述第一基序或第二基序產(chǎn)生切口包括用Nt.BspQI產(chǎn)生切口。53.一種表征包含雙鏈DNA的DNA的方法，其中所述雙鏈DNA在所述DNA的任一鏈上包含至少一個堿基側(cè)翼，所述方法包括: 在至少一種dNTP與存在的其它dNTP相比以有限濃度存在或省略的條件下，用聚合酶的5’至3’核酸外切酶活性處理所述雙鏈DNA ; 連接所述切口以恢復側(cè)翼區(qū)域的鏈完整性；以及 表征所述DNA。54.如權(quán)利要求53所述的方法，其中所述標記是熒光團或量子點。55.如權(quán)利要求53所述的方法，其中所述標記是標簽，且其中所述標簽標記有熒光團或量子點。56.—種表征DNA的方法，所述方法包括: 在第一序列基序處使DNA產(chǎn)生切口，其中所述DNA是雙鏈的，并且其中所述DNA在鄰近所述切口處保持雙鏈； 用包含第一標記的核苷酸標記所述DNA上的所述切口，使得每一切口位點并入一個核苷酸，其中所述核苷酸還包括終止子，并且其中所述終止子是可逆的； 使所述終止子逆轉(zhuǎn)； 修復所述切口 ； 用第二標記標記所述DNA，其中所述第二標記是非序列特異性的，并且其中所述第二標記與所述第一標記不同； 用所述第一和第二標記進行標記后，線性化所述DNA ;以及 檢測所述線性化的DNA上所述第一標記的模式。57.如權(quán)利要求56所述的方法，其中在修復所述切口后用所述第二標記標記所述DNA。58.如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述第一標記包括焚光團或量子點。59.如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述第一標記包括標簽，且其中所述標簽標記有熒光團或量子點。60.如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述第一標記包括非光學標記。
【專利摘要】本發(fā)明公開了單分子制備和分析方法。該方法例如可用于從各種生物樣品中分離和分析DNA。
【IPC分類】C07H21/00, C12Q1/68
【公開號】CN105143462
【申請?zhí)枴緾N201480007595
【發(fā)明人】曹涵, 肖明, 亞歷克斯·R·黑斯蒂, 邁克爾·G·薩比尼, 亨利·B·薩多夫斯基
【申請人】生物納米基因有限公司
【公開日】2015年12月9日
【申請日】2014年2月3日
【公告號】CA2900054A1, EP2954069A1, US20140221218, WO2014123822A1