Snp標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。具體地，本發(fā)明涉及山羊羊毛卷曲性狀相關(guān)的SNP 標(biāo)記，用于檢測前述SNP標(biāo)記的引物對和試劑盒，前述SNP標(biāo)記、引物對、試劑盒在山羊選育 中的用途，以及檢測山羊羊毛卷曲性狀的方法。
【背景技術(shù)】
[0002] 中國是世界上山羊品種資源最為豐富的國家，根據(jù)山羊用途不同可分為絨用、毛 用、裘用、羔皮、肉用和奶用山羊等。而山羊毛一般分為內(nèi)、外兩層。內(nèi)層由皮膚中的次級毛 囊形成的無髓毛纖維，山羊絨細(xì)而柔軟，光澤良好，保暖性能強(qiáng)，素有"軟黃金"的美稱，通常 作為我國重要的出口創(chuàng)匯紡織材料。外層粗毛由初級毛囊生長形成，與綿羊毛相比，彎曲 少。山羊毛主要用于織造地毯、毛毯、各種粗呢料、毛筆、帳篷等。通過對各種羊毛大量加工 的結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，發(fā)現(xiàn)羊毛纖維的卷曲度對纖維性能和紗線、織物性能存在著一定的 影響。在地毯織造過程中，采用卷曲毛一般來說可以提高抗壓性和手感。但羊毛的卷曲有 時對加工是不利的，特別是過大的卷曲度對精紡加工及其產(chǎn)品不利。毛纖維卷曲度增加會 增加梳毛過程中纖維的斷裂和落毛，卷曲度也影響到并合過程中的牽伸力。因而，生產(chǎn)養(yǎng)殖 中需要根據(jù)實(shí)際需求培育羊毛卷曲度不同（卷毛或直毛）的山羊品種。但是，傳統(tǒng)的選擇 手段難以取得有效進(jìn)展。分子標(biāo)記輔助選擇，可以通過影響選擇時間、選擇強(qiáng)度以及準(zhǔn)確性 而極大地提高這類性狀的選擇效果。
[0003] 目前應(yīng)用較廣泛的分子遺傳標(biāo)記技術(shù)有：限制性片段長度多態(tài)分析技術(shù) (RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)、隨機(jī)引物擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù) (RandomAmplifiedPolymorphismDNA，RAPD)、擴(kuò)增片段長度多態(tài)性分析技術(shù)（Amplified FragmentLengthPolymorphism，AFLP)、單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記（singlenucleotide polymorphism,SNP)等。其中，SNP標(biāo)記具有遺傳穩(wěn)定、突變率低、便于自動化檢測等優(yōu)點(diǎn)， 因此開發(fā)與山羊羊毛卷曲相關(guān)的SNP遺傳標(biāo)記將對培育所需羊毛卷曲的山羊新品種（系） 產(chǎn)生重大影響。其中，目前關(guān)于山羊羊毛卷曲的遺傳標(biāo)記的研究多基于已在其它品種或物 種中發(fā)現(xiàn)的毛發(fā)卷曲的候選基因。這些在山羊羊毛卷曲遺傳機(jī)制研究中發(fā)現(xiàn)的羊毛卷曲相 關(guān)遺傳標(biāo)記多是初步的結(jié)果，并且局限于已有候選基因，利用這些結(jié)果，還難以對山羊羊毛 卷曲性狀做出較準(zhǔn)確的選擇。因而，目前，在全基因水平上挖掘與羊毛卷曲性狀相關(guān)的遺傳 標(biāo)記仍然很有必有。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明旨在至少解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明的一個目的 在于提出一種與山羊羊毛卷曲性狀相關(guān)，能夠有效用于山羊選育的SNP標(biāo)記。
[0005] 其中，需要說明的是，SNP(singlenucleotidepolymorphism，SNP，即單核苷酸多 態(tài)性）是1996年由美國麻省理工學(xué)院的人類基因組研究中心學(xué)者Lander提出的一類分子 遺傳標(biāo)記，主要是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP表現(xiàn) 出的多態(tài)性僅涉及到單個堿基的變異，表現(xiàn)是有轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等。
[0006] 根據(jù)本發(fā)明的一個方面，本發(fā)明提供了一種山羊羊毛卷曲性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記。 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述SNP標(biāo)記為山羊26號染色體5119569位置的堿基C或T。
[0007] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述SNP標(biāo)記位于SEQIDNO: 1所示核苷酸序列的方框標(biāo) 記處：
[0008] TACTTGAGGCATAGATTGTAGATAACTTTTTTGAAAAAGTGTTTGCTCCTGTGAGAAAGTTAGACTGTT ATCGTTAAAAATCAAATTCACAGTTGCGGTTCTTCTGTTTATTCAGGTAGAATTCAGGACTACTGAATTTACAAATT GATAACATTATGATTTATCCTTGAGCTGAAGAAATCAGTGATGTGTGAATAAAGGTTGCAAATGCTGATGAAGGCTT GTGTTGGTTATAGATTGAGTCTCAATAAAGTTTGGGTTTCTTTGCTTTCTGTTTTTTCTCCACTGCATTCAACATCA AGGTTTAACAAGGCAGTTTTCTTTTTACTTTTGGGTGGCAGGGCAGTGGTGGCTGGAAAGGGGAAATAAATTCTCAT TCACCTTTAAAATTCACAACCCCATGGACTGCAGCATGCCAAGCCTTCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGATTATG CAGACTCATGTTCATCGAGTTAATGATGCCATCCAGCCACCTCATCgCACCTTTAGCATTCTTCAGATTGGAGTCTT ATTAGACTTACATCTATGAGTGGGCCTTGATCTTGCCTCCTATTCTCTGAGCCACTCAAGACCTCATAAATTAAATT TTAAGTTCACTTGGATCAACAGAAACCCTATAAGTGAACTTACTGTCAGTACTAAACTGTCTAGATCCTTGTTTTCA TTTAGTTTTTGACCTTCATACTTATTTTCTTCTTATCTTCTTGATATGTTTAGGAAAAATTATTAAGATCCTTTCAG TTCAGTCAGT(SEQIDNO：1)〇
[0009] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體中直毛個體比重顯著高于 TT基因型的直毛個體比重。由此，該SNP位點(diǎn)的CC和CT基因型可以作為判斷山羊直卷毛 性狀的重要標(biāo)準(zhǔn)。
[0010] 即發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體中直毛個體比重極顯著高于TT基 因型的直毛個體比重（P= 0.000)。進(jìn)而，表明該SNP位點(diǎn)的CC和CT基因型可以作為判斷 山羊直卷毛性狀的重要標(biāo)準(zhǔn)。進(jìn)而，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，通過檢測山羊的上述SNP，能夠有 效地預(yù)測其羊毛卷曲性狀，具體地，如前所述，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體中直毛個體 比重顯著高于TT基因型的直毛個體比重。從而，例如所述SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型為CC和 /或CT時，則能夠預(yù)測待測山羊很大可能為直毛個體。由此，發(fā)明人確定，本發(fā)明的SNP標(biāo) 記與山羊的羊毛卷曲性狀緊密相關(guān)，能夠有效用于山羊的分子標(biāo)記輔助育種。進(jìn)而能夠根 據(jù)實(shí)際育種需求對山羊育種材料進(jìn)行早期選擇（例如選擇直毛山羊個體），進(jìn)一步能夠有 效提1?育種的效率和準(zhǔn)確性，提1?山羊繁殖群體的遺傳水平，從而能夠準(zhǔn)確、1?效地選育出 山羊優(yōu)良品種。此外，根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，利用本發(fā)明的SNP標(biāo)記進(jìn)行山羊分子標(biāo)記 輔助育種，具有早期篩選、節(jié)省時間、成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)。
[0011] 根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供了一種用于檢測前面所述的本發(fā)明的一種 SNP標(biāo)記的引物對。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述引物對包含：具有SEQIDNO:2-3所示的核 苷酸序列，用于檢測所述SNP標(biāo)記。
[0012] 具體地，引物對的序列如下所示：
[0013] F：CAAGGTTTAACAAGGCAGTT(SEQIDNO：2)
[0014] R：CTGTTGATCCAAGTGAACTT(SEQIDNO：3)
[0015] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，利用本發(fā)明的引物對能夠有效地對待測山羊的上述與羊毛 卷曲性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記所在的片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增，進(jìn)而通過測序能夠有效實(shí)現(xiàn)對這種SNP 標(biāo)記的檢測，確定待測山羊該種SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，進(jìn)而能夠有效預(yù)測待測山羊的羊 毛卷曲性狀。具體地，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體中直毛個體比重顯著高于TT基因型 的直毛個體比重。從而，例如所述SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型為CC和/或CT時，則能夠預(yù)測待 測山羊極可能為直毛個體。由此，用于檢測前面所述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記的引物對，能夠有 效用于山羊的分子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育 山羊優(yōu)良品種。
[0016] 根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明還提供了一種用于檢測前面所述的SNP標(biāo)記的試 劑盒。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該試劑盒包含：前面所述的用于檢測本發(fā)明的SNP標(biāo)記的引物 對。即本發(fā)明的試劑盒中包含具有SEQIDNO:2-3所示的核苷酸序列的引物對。根據(jù)本發(fā) 明的實(shí)施例，利用本發(fā)明的試劑盒中所包含的引物對，能夠有效實(shí)現(xiàn)對待測山羊的上述與 羊毛卷曲性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的多態(tài)性檢測，確定待測山羊該SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，進(jìn)而 能夠有效預(yù)測待測山羊的羊毛卷曲性狀。具體地，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體中直毛 個體比重顯著高于TT基因型的直毛個體比重。從而，例如所述SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型為CC 和（或）CT時，則能夠預(yù)測待測山羊很大可能為直毛個體。由此，本發(fā)明的用于檢測前面所 述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記的試劑盒，能夠有效用于山羊的分子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助 早期實(shí)現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育山羊優(yōu)良品種。
[0017] 根據(jù)本發(fā)明的再一方面，本發(fā)明還提供了前面所述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記、引物對 或試劑盒，在山羊選育中的用途。如前所述，通過能夠用于檢測本發(fā)明的與山羊羊毛卷曲性 狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的試劑例如前述的引物對或包含該引物對的試劑盒等，能夠有效地檢測 確定待測山羊的上述SNP標(biāo)記的基因型，進(jìn)而基于獲得的基因型能夠有效預(yù)測待測山羊的 羊毛卷曲性狀，從而能夠有效輔助山羊選育。
[0018] 進(jìn)而，根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供了一種檢測山羊羊毛卷曲性狀的方 法。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該方法通過對待測山羊進(jìn)行前面所述的SNP標(biāo)記的檢測，預(yù)測所 述待測山羊的羊毛卷曲性狀。具體地，可以通過能夠用于檢測本發(fā)明的與山羊羊毛卷曲性 狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的試劑例如前述的引物對或包含該引物對的試劑盒等，對待測山羊進(jìn)行 PCR擴(kuò)增、測序，以便檢測確定待測山羊的上述SNP標(biāo)記的基因型，進(jìn)而基于獲得的基因型 能夠有效預(yù)測待測山羊的羊毛卷曲性狀。其中，如前所述，該SNP位點(diǎn)的CC、CT基因型個體 中直毛個體比重顯著高于TT基因型的直毛個體比重。從而，例如所述SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因 型為CC和（或）CT時，則能夠預(yù)測待測山羊極可能為直毛個體。由此，本發(fā)明的檢測山羊 羊毛卷曲性狀的方法，能夠快速、高效、準(zhǔn)確地檢測山羊羊毛卷曲性狀，進(jìn)而能夠有效用于 山羊的分子標(biāo)記輔助育種，從而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育山羊優(yōu) 良品種。
[0019] 另外，根據(jù)本發(fā)明上述實(shí)施例的檢測山羊羊毛卷曲性狀的方法還可以具有如下附 加的技術(shù)特征：
[0020] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，對待測山羊進(jìn)行SNP標(biāo)記檢測的方法不受特別限制。測 序、單鏈構(gòu)象多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCRsinglestrandconformationpolymorphism， PCR-SSCP)、限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR-restrictionfragmentlength polymorphism，PCR-RFLP)及飛行時間質(zhì)譜等技術(shù)均可以實(shí)現(xiàn)SNP的檢測。其中，測序是一 種準(zhǔn)確性最高、靈活性強(qiáng)，通量大、檢測周期短的檢測技術(shù)。只需在SNP位點(diǎn)的兩側(cè)設(shè)計(jì)一 對引物，擴(kuò)增400-700bp的產(chǎn)物，再通過測序即可直接檢測SNP位點(diǎn)的基因型。因而，本發(fā)明 采用測序的方法進(jìn)行SNP標(biāo)記檢測。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，通過對待測山羊進(jìn)行前 面所述SNP標(biāo)記的檢測，預(yù)測所述待測山羊的羊毛卷曲性狀，進(jìn)一步包括：提取待測山羊的 基因組DNA;利用前面所述的引物對，將所述待測山羊的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以便獲 得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，以便獲得測序結(jié)果；基于所述測序結(jié)果， 確定所述待測山羊的所述SNP標(biāo)記的基因型；以及基于所述待測山羊的所述SNP標(biāo)記的基