大豆始花期主效QTL的分子標記indel15-1及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及大豆分子標記輔助育種，屬于大豆遺傳育種領(lǐng)域，尤其設(shè)及大豆始花 期主效QTL的分子標記indell5-l及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 大豆始花期是重要的生育期性狀之一，是一個復(fù)雜數(shù)量性狀，易受環(huán)境因素影響， 目前在Soybase上，公布了至少70個大豆始花期QTL，分布在20個連鎖群上。大豆始花期不僅 是控制大豆由營養(yǎng)生長向生殖生長轉(zhuǎn)變的重要節(jié)點，而且前人的研究結(jié)果還表明大豆始花 期對許多產(chǎn)量相關(guān)性狀都有影響。在不同大豆產(chǎn)區(qū)，都具有與之相適應(yīng)的生態(tài)類型，因此準 確預(yù)測大豆始花期對篩選適合的大豆品種進行育種具有重要意義。
[0003] 由于分子標記輔助選擇不易受環(huán)境因素影響和性狀顯隱性干擾，可W從分子水平 定向選擇目標性狀基因，克服了簡單基于表型選擇的常規(guī)育種方法中存在的選擇效率低和 育種周期長等缺點。因此分子標記輔助選擇是減少育種時間提高育種效率的一個有效的方 法。而分子輔助選擇的關(guān)鍵是能否檢測到在多環(huán)境下控制目標性狀的主效QTL及與之緊密 連鎖的實用分子標記。隨著數(shù)量性狀作圖方法、分子生物學(xué)和基因組學(xué)的迅速發(fā)展，數(shù)量性 狀定位W及分子標記技術(shù)廣泛應(yīng)用為分子輔助育種提供了基礎(chǔ)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的目的是提供大豆始花期主效QTL緊密連鎖的分子標記indell5-l。
[0005] 本發(fā)明的另一目的是提供該分子標記的引物對。
[0006] 本發(fā)明的又一個目的是提供該大豆始花期主效QTL的分子標記indell5-l或其引 物對在檢測所述的大豆始花期主效QTL及鑒定大豆始花期長短中的應(yīng)用。
[0007] 本發(fā)明的目的可通過如下技術(shù)方案實施：
[000引一個大豆始花期主效QTL，該位點位于大豆第15號染色體Gml5:48600化-49850化， 所述的緊密連鎖標記indell5-l位于大豆第15號染色體Gml5:49588kb。所述的主效QTL位點 在'NJZNRIL'群體中6個環(huán)境下都可W檢測到，最高可W解釋24%的表型變異，6個環(huán)境平均 有18%的表型解釋率;在ZN-164與順1138-2的回交構(gòu)建的BC2F2群體中解釋了 19.8%的表 型變異。
[0009] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL的緊密連鎖標記indell5-l，該分子標記的上游 引物序列為SEQ ID NO. 1，下游引物序列為SEQ ID NO.2。
[0010] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效0化的分子標記indel 15-1在檢測所述的大豆始花 期QTL中的應(yīng)用。
[0011] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL的分子標記indell5-l在鑒定大豆始花期長短 中的應(yīng)用。
[0012] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL的分子標記indell5-l的引物對，該引物對的上 游引物序列為Seq ID NO. 1，下游引物序列為Seq ID NO.2。
[0013] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL的分子標記indell5-l的引物對在檢測本發(fā)明 所述的大豆始花期主效QTL中的應(yīng)用。
[0014] 本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL的分子標記indell5-l的引物對在鑒定大豆始 花期長短中的應(yīng)用。
[0015] -種利用本發(fā)明所述分子標記或引物對檢測所述的大豆始花期主效QTL的方法， 利用本發(fā)明所述的引物對擴增大豆基因組DNA，擴增產(chǎn)物在8%聚丙締酷胺凝膠電泳后，如 果獲得180~21化P的擴增片段，則表明存在本發(fā)明所述的大豆始花期主效QTL。
[0016] -種利用本發(fā)明所述分子標記或引物對鑒定大豆品種始花期長短的方法，優(yōu)選用 所述的inde 115-1引物對擴增大豆基因組DNA，擴增產(chǎn)物在8 %聚丙締酷胺凝膠電泳后，如果 獲得180bp的擴增片段，則表明存在本發(fā)明所述的大豆始花期增效QTL位點，預(yù)測該大豆具 有較大的始花期，如果獲得210bp的擴增片段，則表明存在本發(fā)明所述的大豆始花期減效 Q化位點，預(yù)測該大豆具有較小的始花期。
[0017] 本發(fā)明大豆始花期主效QTL連鎖的分子標記indell5-l是通過下列步驟篩選的：
[0018] (1)利用ZXD和順1138-2雜交，得到雜種Fi，通過'單粒傳 '法構(gòu)建群體，獲得236個 F2:8代重組自交系（'NJZNRIL'）；
[0019] (2)使用SLAF-seq技術(shù)對ZXD和順1138-2及236重組自交家系進行基因分型，利用 Highmap作圖軟件進行遺傳連鎖圖譜構(gòu)建；
[0020] (3)對ZXD和順1138-2構(gòu)建的'NJZNRIL'群體的始花期進行測定，利用復(fù)合區(qū)間作 圖法(WinQTLcart2.5)進行定位，在第15號染色體48600kb-49850kb內(nèi)檢測到大豆始花期主 效Q化；
[0021] (4)根據(jù)大豆第15號染色體48600kb-49850kb的序列信息，設(shè)計分子標記；
[0022] (5)利用'NJZNRIL'衍生的162個BC2F2次級群體，測定大豆始花期，同時鑒定新設(shè)計 分子標記的遺傳帶型；
[0023] (6)根據(jù)次級群體表型數(shù)據(jù)和分子標記數(shù)據(jù)，單標記分析后，發(fā)現(xiàn)緊密連鎖標記 indell5-l，貢獻率為19.8% (P<0.00001)，而且其遺傳帶型清晰可見，無雜帶。
[0024] 有益效果：
[00巧]本發(fā)明在國際上首次鑒定了 一個位于大豆Gml5號染色體Gml5:48600化-49850化 區(qū)域控制大豆始花期主效QTL，同時發(fā)現(xiàn)一個緊密連鎖的分子標記indell5-l; indell5-l分 子標記在重組自交系群體和衍生的次級群體的表現(xiàn)使其在大豆始花期的育種中具有非常 重要的價值。
[00%] 1、首次鑒定了位于大豆Gml5號染色體Gml5:48600化-49850化附近的一個與控制 大豆始花期相關(guān)的分子標記inde 15-1;
[0027] 2、在次級群體中，大豆始花期與分子標記indel5-l呈極顯著相關(guān);在'NJZNRIL'兩 組表型不同的家系中基因型和表型一致；因此該分子標記在今后的大豆始花期輔助選擇育 種中具有巨大的應(yīng)用前景；
[0028] 3、本發(fā)明提出了利用大豆種質(zhì)資源中始花期QTL的方法。
【附圖說明】
[0029] 圖1:NJZNRIL群體在6個環(huán)境下第15號染色體QTL作圖表現(xiàn)。
[0030] 圖2:BC2F2群體部分單株分子標記indell5-l擴增產(chǎn)物。
[0031] 其中前1為ZXD擴增帶型，后2為NN1138-2擴增帶型，M:50bp DNA Marker。
[0032] 圖3: NJZNRIL群體分子標記inde 115-1擴增產(chǎn)物。
[0033] 其中前1為Z拙擴增帶型，2為順1138-2擴增帶型，M:50bp DNA Marker,3~20為 NJZNRIL群體中始花期較長單株擴增帶型，21~36為NJZNRIL群體中始花期較短單株擴增帶 型。
【具體實施方式】
[0034] W下的實施例便于更好地理解本發(fā)明，但不限定本發(fā)明，下述實例中的實驗方法， 如無特殊說明，均為常規(guī)方法，下述實例中所用的試驗材料，如無特殊說明，均為常規(guī)生化 試劑商店購買得到的。
[0035] 實施例1:大豆始花期主效QTL的獲得
[0036] (1)'NJZNRIL'群體構(gòu)建
[0037] 利用大豆材料ZXD和順1138-2進行雜交，得到雜種Fi，通過"單巧傳"法構(gòu)建群體， 獲得236個F2:8代重組自交系群體（'NJZNRIL'）。
[0038] "單巧傳"法步驟如下:在父母本雜交當代從母本植株上收獲的一粒種子種植后長 成一個Fi代單株，其自交（即自花授粉)結(jié)實收獲1株F2代種子，后者種植長成一個包含分離 性狀的F2代株行，它的每一單株自交結(jié)實收獲F3代種子，將分離的同類性狀植株單株收獲并 脫粒裝袋，每株種子次年單獨種植一個的株行，自交結(jié)實收獲F4代種子，……，直至各家系內(nèi) 不同植株之