專利名稱：通過測量her-2表達確定患者應答的方法
通過測量HER-2表達確定患者應答的方法相關申請的交叉引用本申請根據35USC§ 119(e)要求提交于2009年1月15日的美國臨時申請 61/145,029的權益和優(yōu)先權，將其通過引用整體并入本文。
技術領域：
本發(fā)明提供用于確定是否癌患者可能響應用Her-2作用劑治療的方法。方法通過使用另一生物標記(例如HER3標記物)的存在或缺乏進一步分劃它們來提供HER2陽性患者亞類的可能的進展用時間。
背景技術：
個體細胞表面受體(例如Her-2)的表達水平已用作生物標記。常規(guī)免疫組織化學 (IHC)或熒光原位雜交(FISH)分析已用于檢測Her-2過表達，以測定是否用Her-2作用劑 (例如，曲妥珠單抗)的治療被保證。而且，美國專利4，968，603說明Her-2表達作為癌生物標記。但是，在2個不同的研究中，僅20 %或35 %的過表達Her-2的患者客觀地響應曲妥珠單抗治療。見 Baselga et al, 1996, J. Clin. Oncol. 14 :737-44 ；Cobleigh et al, 1999, J. Clin. Oncol. 17 :2639-48 ；和 Vogel et al.，2002，J. Clin. Oncol. 20 :719_26。而且，在轉移性乳腺癌環(huán)境中曲妥珠單抗加化學治療的組合的其他研究中，僅約50%的過表達Her-2 的患者客觀地響應曲妥珠單抗聯(lián)合治療。見Slamon等人，N Engl J Med 344:783-92。目前，確定是否患癌受試者可能或不可能響應用Her-2作用劑(例如曲妥珠單抗) 的治療成為問題。確定是否所述患者不可能響應曲妥珠單抗和/或其他Her-作用劑將避免對那些患者提供耗資但無效的治療。例如，測定測定患者對Her-2作用劑的靈敏度也可用于鑒定患者不可能響應Her-2作用劑之外的化學治療劑，由此允許受試者避免化學治療劑的潛在地毒性效應。而且，測定患者對Her-2作用劑的靈敏度的測定可用于預測疾病的時間進程或Her-2陽性患者的疾病中顯著的事件的概率。由此，需要測定是否癌患者會響應Her-2作用劑的方法，從而最大化患者治療。發(fā)明概述本發(fā)明提供用于確定是否患癌受試者可能響應用Her-2作用劑治療的方法。例如，在某些實施方式中，本發(fā)明包括將來自受試者的生物學樣品中總Her-2(H2T)或Her-2 同源二聚體中的至少一種的量的相對水平與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)的方法，所述方法包括(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2或 Her-2同源二聚體中的至少一種的量；及(b)將Her_2或Her_2同源二聚體的量與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)。在某些實施方式中，本發(fā)明也提供基于患者對于Her-2作用劑的預測的靈敏度預測疾病的時間進程和/或患癌受試者的疾病的時間進程中的顯著的事件的概率的方法。在某些實施方式中，所述方法包括檢測與對用本文后述的Her-2作用劑的治療的應答相關的生物標記或生物標記的組合，及確定是否受試者可能響應用Her-2作用劑治療。在某些實施方式中，所述方法包括檢測生物標記或生物標記的組合，以及預測與疾病進展相關的時間進程或患癌受試者的疾病的時間進程中的顯著的事件的概率。例如，在某些實施方式中，本發(fā)明包括用于預測患癌且用Her-2作用劑治療的受試者是否可能具有顯著的事件的方法，所述方法包括以下步驟(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2或Her_2同源二聚體中的至少一種的量；及(b)將Her_2或Her_2 同源二聚體的量與受試者會具有顯著的事件的可能性關聯(lián)。在其他方面，本發(fā)明針對用于確定是否患癌受試者可能響應用Her-2作用劑治療的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測疾病的時間進程的方法。在另一方面，方法針對用于預測疾病的時間進程中顯著的事件的概率的方法。在本發(fā)明的各方法的某些實施方式中，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量和確定是否Her_2和/或Her_2同源二聚體與低或高Her-2表達水平關聯(lián)。在本發(fā)明的各方法的某些實施方式中，高Her-2表達是loglOH2T(總Her-2的 IoglO)彡約1. 14 1. 125。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，高Her_2表達包括非常高和/或中等高的表達。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，非常高Her-2 表達是loglOH2T >約1. 84 2. 21。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，中等高 Her-2表達在約1. 14 1. 25和1. 84-2. 21之間的loglOH2T之間(即彡1. 14 1. 25及 ^ 1.84-2.21)?；蛘?，依賴于監(jiān)控的患者同群和/或顯著的事件可使用其他范圍。由此，本文所述的各閾值和/或閾值范圍可當以IoglO標尺描述時0. 5個對數(shù)單位或在線性標度上以約25%變化或更少(即是< 25%大于和/或< 25%小于本文中公開的特定范圍)，或以約20%或更少，或以約15%或更少，或以約10%或更少，或以約5%或更少。在某些實施方式中，如果Her-2和/或Her-2同源二聚體的量高，則患者可能響應 Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。在一些實施方式中，如果Her-2和/或Her-2同源二聚體的量是中等高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。而且，在一些實施方式中，如果Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是非常高和/ 或低，則患者不可能響應Her-2作用劑和/或患者具有短時間進程。由此，在某些實施方式中，如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量在第 1閾值以上水平(例如，"高")，受試者的預后是可能響應Her-2作用劑。另外，在某些實施方式中且如本文中更細節(jié)討論，如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量在高于第1閾值水平的第2閾值水平以上(例如，“非常高")，受試者的預后是不可能響應 Her-2作用劑。在某些實施方式中，癌是乳腺癌。在一些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在一些實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌。在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，方法用VERATAG 測定進行。在某些實施方式中， 響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些實施方式中，預定測量通過將患者樣品分成至少3個患者亞組來創(chuàng)建。例如，在某些實施方式中，患者被分為的具有低Her-2表達的亞組(即Her2總和/或Her-2 二聚體)和具有高Her-2表達的亞組。具有高Her-2表達的亞組可再分為具有非常高Her-2和中等高Her-2表達的組。由此，在某些實施方式中，亞組數(shù)是3從而患者樣品被分為Her-2 和/或Her-2同源二聚體非常高的患者亞組，Her_2和/或Her_2同源二聚體低的亞組，及 Her-2和/或Her-2同源二聚體中等高的亞組。在某些實施方式中，受試者中Her_2和/或 Her-2同源二聚體的量相當于任一高亞組或低亞組；如果患者中Her_2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者可能具有長時間進程。例如，在本文中公開的各方法的某些實施方式中，預定測量通過將多個受試者樣品分成至少3個亞組來創(chuàng)建，其中第1亞組包括以低水平具有Her-2或Her_2同源二聚體的樣品，其中低水平包括具有等于或小于第1閾值水平的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種，且具有等于或大于第1閾值的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品包括具有高水平的Her-2或Her-2同源二聚體的樣品，以及其中然后將具有高水平的Her-2或Her-2同源二聚體的樣品分成2個亞組，非常高亞組包括具有等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平的量的Her-2或Her_2同源二聚體中的至少一種的樣品， 且中等高亞組包括具有大于或等于第1閾值水平和小于或等于第2閾值水平的量的Her-2 或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品。在本發(fā)明的方法的各實施方式中，其中測量Her-2，Her_3表達可包括Her_2， Her-2同源二聚體或Her_2異源二聚體。例如，在某些實施方式中，總Her-2，Her-2同源二聚體和/或Her-2異源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。在另一實施方式中，Her-2和/或Her-2同源二聚體中等高的亞組(即中等)進一步亞分為表達另一生物標記的亞組。其他生物標記可為下列中的至少一種F0XM1，PRAME， Bcl2, STK15, CEGPl，Ki-67, GSTMl，CA9, PR, BBC3, NMEl, SURV, GATA3, TFRC, YB-I，DPYD, GSTM3, RPS6KB1, Src, Chkl，IDl，EstRl，p27, CCNBl，XIAP, Chk2, CDC25B, IGF1R, AK055699, P13KC2A, TGFB3, BAGI1，CYP3A4, EpCAM, VEGFC, pS2, hENTl，WISPl，HNF3A, NFKBp65, BRCA2, EGFR, TKl，VDR, Contig51037, pENTl, EPHXl，IF1A, CDHl，HIFl α，IGFBP3 ；CTSB, Her3 或 DIABLO。在某些實施方式中，其他生物標記可為VEGF，CD31，KDR，p95或Her3。在其他實施方式中，生物標記可為Her3。額外的標記物可用于還區(qū)別Her_2亞組。在某些實施方式中，預定測量通過將Her-2中等高患者樣品分為至少2個患者亞組來創(chuàng)建。在某些實施方式中，亞組數(shù)是2，從而患者樣品被分為Her-3表達高的亞組患者和Her3表達低的另一亞組患者。由此，在本發(fā)明的各方法的某些實施方式中，其中還基于Her-3表達細分中等高亞組，其中高水平包括具有等于或大于第1閾值水平的Her-3，而低水平包括具有第1閾值水平以下的Her-3，且其中具有中等高水平的Her_2和/或Her_2 二聚體中的至少一種和低水平的Her-3的受試者可能響應Her-2作用劑和/或其中具有中等高水平的Her-2和/ 或Her-2 二聚體中的至少一種和高水平的Her_3的受試者不可能或欠可能響應Her_2作用劑。當測量Her-3時，Her-3表達可包括Her_3，Her-3同源二聚體或Her_3異源二聚體。例如，在某些實施方式中，總Her-3，Her-3同源二聚體和/或Her_3異源二聚體(例如， Her2/Her-3)的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白_蛋白相互作用的量的測定來測量。例如，在一實施方式中，Her3高表達的截止值(相比Her3低表達)是0. 158。或者，可使用約25%更低和/或25%更高的值。由此，本文所述的各閾值和/或閾值范圍可在IoglO標尺上以約0. 5個對數(shù)單位變化和/或在線性標度上以25%或更少變化(即是 < 25 %大于和/或< 25 %小于本文中公開的特定范圍)，或以約20 %或更少，或以約15 % 或更少，或以約10%或更少，或以約5%或更少。Her3高對比低截止值的實際的值可依賴于監(jiān)控的患者同群和/或顯著的事件變化。在某些實施方式中，亞組數(shù)大于3，包括，無限制地，4個亞組，5個亞組和6個亞組。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些優(yōu)選的實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者可能響應用 Her-2作用劑治療和/或疾病的時間進程長的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測患有Her-2陽性癌的受試者中疾病時間進程的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測患有 Her-2陽性癌的受試者中顯著的事件的概率的方法。由此，在各公開的方法的某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，且Her-3表達低，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或 Her-2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，且Her_3 表達高，則患者不可能響應Her-2作用劑和/或患者具有短時間進程。在某些實施方式中， 生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在某些實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌。在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，測量Her-2的量。在某些實施方式中，測量Her_2同源二聚體的量。例如，在某些實施方式中，將總Her-2水平與Her-2同源二聚體的水平關聯(lián)，以至于任一測量提供相同的預后指示(即是否患者將響應Her-2作用劑)。在某些實施方式中， Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白_蛋白相互作用的量的測定來測量。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在另一方面，本發(fā)明提供用于確定是否患有Her2-陽性癌的受試者不可能響應用 Her-2作用劑治療和/或患者可能具有短時間進程的方法。在某些實施方式中，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中的Her-2量，其中如果Her-2量低，受試者不可能響應用Her-2作用劑治療和/或患者可能具有短時間進程。在某些優(yōu)選的實施方式中，Her-2 作用劑是曲妥珠單抗。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者不可能響應用至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑治療和/或患者可能具有短時間進程的方法。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her-2 同源二聚體的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚體的水平高和/或非常高，則患者不可能響應至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑。在某些實施方式中，生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在其他實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌。在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，化學治療劑是紫杉醇。在某些實施方式中，測量總Her-2量。在某些實施方式中，測量Her_2 同源二聚體的量。在某些實施方式中，Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST 或其他應答標準測量。再一方面，本發(fā)明提供用于測量Her-2的試劑盒和用于關聯(lián)Her_2表達與患者可能響應用Her-2作用劑治療的可能性的使用說明。在某些實施方式中，本發(fā)明也提供用于基于患者對于Her-2作用劑的預測的靈敏度預測疾病的時間進程和/或患癌受試者的疾病的時間進程中的顯著的事件的概率的試劑盒。在某些實施方式中試劑盒包括測量額外的標記物的試劑。其他生物標記可為下列中的至少一種F0XM1，PRAME, Bcl2, STK15，CEGP1, Ki-67, GSTMl 1，CA9, PR, BBC3, NMEl, SURV, GATA3, TFRC, YB-I，DPYD, GSTM3, RPS6KB1, Src, Chk 1, IDl, EstRl, p27, CCNB1, XIAP, Chk2, CDC25B, IGF1R, AK055699, P13KC2A, TGFB3, BAGI1，CYP3A4, EpCAM, VEGFC, pS2, hENTl, WISPl，HNF3A, NFKBp65, BRCA2, EGFR, TKl，VDR, Contig51037, pENTl, EPHXl，IF1A, CDHl，HIFl α，IGFBP3 ；CTSB, Her3 或 DIABLO。在某些實施方式中，其他生物標記可為VEGF，CD31，KDR, p95或Her3。在本文中公開的各實施方式的其他方面，本發(fā)明提供治療患癌受試者的方法。一方面，所述方法包括確定受試者患癌，根據本發(fā)明的方法其可能響應用Her-2作用劑的治療和/或具有長時間進程，及給受試者施用有效量的Her-2-作用劑作為所述確定的結果。 在另一方面，所述方法包括確定受試者患癌，根據本發(fā)明的方法其可能響應用Her-2作用劑的治療，然后給出給受試者施用有效量的Her-2-作用劑的治療選項的醫(yī)學專業(yè)性建議。 在另一方面，所述方法包括確定受試者患癌，其具有短時間進程和/或不可能響應Her-2作用劑之外的化學治療劑。在某些實施方式中，Her-2-作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，化學治療劑是紫杉醇。在某些實施方式中，癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。

本發(fā)明可參考以下非-限制圖更好地理解。圖1顯示根據本發(fā)明的實施方式的FFPE VERATAG 測定的概略圖。圖2A和圖2B顯示擴散反應性純態(tài)氧切割VERATAG 報告分子和根據本發(fā)明的替代性實施方式的抗體之間的共價接頭的VERATAG 反應。圖3隨著平行的Her_2IHC顯微照片顯示對4種良好表征的乳腺癌細胞系產生的 VERATAG 信號的代表性的電泳圖譜。根據本發(fā)明的實施方式，坐標圖左側表示細胞系，中間顯示相應電泳圖譜，及右側顯示相應IHC。圖4顯示根據本發(fā)明的實施方式的全部HER2陽性患者的進展用時間(TTP)。圖5顯示根據本發(fā)明的實施方式的通過Her2基因擴增的FISH檢測測定的HER2 陰性或陽性患者的TTP。圖6顯示根據本發(fā)明的實施方式的是無關于通過基因擴增的FISH測量分類而不響應用曲妥珠單抗治療的低HER2表達者的患者的TTP。
圖7顯示根據本發(fā)明的實施方式，是非常高HER2表達者(H2T彡1. 84)和/或低 HER2表達者(H2T< 1. 14，無關于FISH)的患者的TTP不響應用曲妥珠單抗治療以及具有中等高水平(1. 14和1. 84之間的H2T)的HER2表達的患者。圖8顯示根據本發(fā)明的實施方式的具有中等高量的HER2及通過FISH測定為陽性的患者的TTP，可進一步分劃為HER3過表達(H3Thi)或表達不足(Η3Τ1ο)，其中HER3表達不足相比HER3過表達，與對用曲妥珠單抗治療增加的應答相關。圖9顯示根據本發(fā)明的實施方式的初始早期階段(即輔佐性)Her-2陽性樣品的研究，其中圖B顯示，相比具有不是如圖A所示非常高的Her-2的樣品，具有H2T > 2. 21的截止值的CISH陽性，非常高VERATAG H2T患者顯示少受益于添加曲妥珠單抗到化學治療。發(fā)明詳述本文中的術語"實施方式"和"方面"互換使用。本文中的術語"約"除非另有說明，指不多于10%以上或以下被該術語修飾的值的值。例如，術語〃約5yg/kg〃是指從4.5yg/kg到5.5yg/kg的范圍。作為另一例，" 約1小時"是指從48分鐘到72分鐘的范圍?！翱贵w"是指特異性地結合，及由此定義為互補于，另一分子的特定空間和極性組織的免疫球蛋白?？贵w可為單克隆，多克隆或重組抗體，且可通過本領域熟知的技術(例如宿主免疫和血清收集)(多克隆)或通過制備連續(xù)的雜交細胞系和收集分泌的蛋白(單克隆)，或通過克隆和表達編碼至少天然的抗體的特異性結合需要的氨基酸序列的核苷酸序列或其經誘變的形式來制備?？贵w可包括完全免疫球蛋白或其片段，該免疫球蛋白包括各類和同種型，例如IgA, IgD, IgE, IgGl，IgG2a，IgG2b和IgG3，IgM，等。其片段可包括Fab, Fv和F(ab' )2, Fab'，等。抗體也可為單鏈抗體或抗原-結合其片段，嵌合抗體，人源化的抗體或任何本領域技術人員已知保留特異于特定結合位點的結合活性的其他抗體衍生物。此外，只要維持對于特定結合位點的結合親和性且適當就可使用免疫球蛋白或它們的片段的聚集物，聚合物和綴合物。用于免疫測定的抗體和抗體衍生物的產生和選擇，包括所述采用可釋放的分子標簽的測定(如以下所述)的介紹可見于容易得到的文本和手冊， 例如，Harlow and Lane，1988，Antibodies :A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor Laboratory Press，New York ；Howard and Bethell，2001，Basic Methods in Antibody Production and Characterization, CRC Press ；Wild, ed.，1994，The Immunoassay Handbook，Stockton Press，New York0“抗體結合組合物"是指包括一種或更多種抗體，或結合分子的抗原-結合片段，及從所述抗體或抗體-結合片段衍生其結合特異性的分子或分子復合物?？贵w結合組合物包括，但不限于，⑴抗體對，其中第1抗體特異性地結合到靶分子，而第2抗體特異性地結合到第1抗體的恒定區(qū)；生物素化的抗體，其特異性地結合到靶分子和鏈霉親和素蛋白，該蛋白用部分(例如分子標簽或光敏化劑等)經生物素部分衍生；(ii)抗體，其特異于靶分子和綴合于聚合物(例如葡聚糖)，其進而，用部分(例如分子標簽或光敏化劑)，任一直接通過共價鍵或間接經鏈霉親和素-生物素連接衍生；(iii)抗體，其特異于靶分子和綴合于珠，或微珠，或其他固相支持物，其進而，任一直接或間接用部分(例如分子標簽或光敏化劑，或含后者的聚合物)衍生。
“抗原決定簇"或"表位"是指單個抗體分子結合于其上的分子(通常蛋白)表面上的位點。通常，蛋白具有幾種或許多不同的抗原決定簇和與不同特異性的抗體反應。優(yōu)選的抗原決定簇是蛋白的磷酸化位點?！敖Y合化合物"應指抗體結合組合物，抗體，肽，細胞表面受體的肽或非-肽配體，蛋白，寡核苷酸，寡核苷酸類似物(例如肽核酸)，凝集素或能特異性結合靶蛋白或分子或與目的分析物(例如蛋白復合物)形成穩(wěn)定的復合物的任何其他分子實體。一方面，結合化合物，其可通過以下式呈現(xiàn)，包括一種或更多種附接到結合部分的分子標簽?！敖Y合部分"指分子標簽可直接或間接附接于其上，且能特異性結合分析物的任何分子。結合部分包括，但不限于，具有達約IOOODa的分子量且含選自氫，碳，氧，氮，硫和磷的原子的抗體，抗體結合組合物，肽，蛋白，核酸和有機分子。優(yōu)選，結合部分是抗體或抗體結合組合物?！鞍?和"癌性的"指或描述生理條件生物，包括哺乳動物，其一般表征為未經調節(jié)的細胞生長。癌的例包括，但不限于，癌，淋巴瘤，母細胞瘤，肉瘤及白血病。所述癌的更特定例包括鱗狀細胞癌，肺癌，例如，小-細胞肺癌或非-小細胞肺癌；消化道癌，胰腺癌， 成膠質細胞瘤，子宮頸癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，肝細胞瘤，乳腺癌，結腸癌，結直腸癌，子宮內膜癌，唾液腺癌，腎癌，前列腺癌，外陰癌，甲狀腺癌，肝臟癌和各類型的頭和頸癌。“化學治療劑"是指化學物質，主要是用于治療病情，尤其癌的細胞毒性或細胞生長抑制劑。化學治療劑應包括所述化合物，例如本文中所示的紫杉醇。本文中的"可切割的連接"指可在不降解結構或影響與結合部分用可切割的連接連接的分子標簽的檢測特征的條件下切割的化學連接基團。本文中的"切割-誘導部分”或"切割劑”是產生能切割(優(yōu)選通過氧化)可切割的連接的活性物質的基團。優(yōu)選，活性物質是呈現(xiàn)短-壽命的活性，從而其切割-誘導效應僅在其產生位點附近的化學物質。本文中的"切割探針”指試劑，其包括本文中定義的切割-誘導部分和抗體結合組合物，抗體，肽，細胞表面受體的肽或非-肽配體，蛋白，例如生物素或鏈霉親和素，寡核苷酸，寡核苷酸類似物(例如肽核酸)，凝集素或能特異性結合靶蛋白或分子或與目的分析物 (例如蛋白復合物)形成穩(wěn)定的復合物的任何其他分子實體。"VERATAG ” "VERATAG ”和"VERATAG 測定"互換使用，
且指用于進行和利用所述測定的單次和多進行的和多-標記物測定，材料，方法和技術，包括但不限于與那些測定相關的試劑，分析過程和軟件。所述測定公開于本申請以及在美國專利7，105，308，將其通過弓I用并入本文中，包括任何附圖?！?FFPE“應指一組細胞或一定量的固定的組織，尤其常規(guī)福爾馬林-固定的石蠟-包埋樣品。所述樣品一般，無限制地，用于測定封固于顯微鏡載玻片或相當?shù)谋砻娴谋〉那衅问?例如3 ΙΟμπι厚)的固定的組織中的受體復合物。所述樣品也一般經歷常規(guī)再-水合過程，且任選，抗原收回過程作為測定測量的部分，或在測定測量之前。本文中的"危害比"指用于產生相對風險的估計值的統(tǒng)計學方法?！拔：Ρ?是一組對比另一組的預測的危害之間的比。例如，可評定用Her-2作用劑治療對比未用Her_2 作用劑治療的患者群是否或不Her-2作用劑在增加疾病的遠處復發(fā)用時間中有效。危害比可然后相當于獨立性測量，例Her-2同源二聚體與總Her_2的比。在Her-2同源二聚體與總Her-2比例中，危害比小于1，用Her-2作用劑治療具有功效的機會更大。在Her_2同源二聚體與總Her-2比例中，危害比無法從1區(qū)別，用Her-2作用劑治療具有功效的機會更低?！?Her-2"，‘‘ ErbB2"，‘‘ c-Erb_B2〃，‘‘ HER2"，‘‘ Her2"和〃 neu〃 在本文中互換使用，且指天然的Her-2，及其等位基因變體，如所述，例如，在kmba等人，1985， P. N. A. S. USA 82 :6497-650 和 Yamamoto et al,1986，Nature 319 :230-234 和 Genebank 登錄號 X03363。除非另有說明，術語〃 Her-2"，“ ErbB2〃，“ C-Erb_B2〃，“ HER2" 和〃 Her2"在本文中指人蛋白。編碼Her2的基因在本文中表示為"erbB2"。本文中的 H2T應指例如無限制地，通過VERATAG 所示的總Her-2表達。本文中的“Her-2-作用劑”指可抑制Her_2或表達Her_2的細胞或Her_2陽性癌細胞的生物學活性的化合物。所述生物學活性包括，但不限于，二聚化，自磷酸化，另一受體的磷酸化，信號轉導等。生物學活性可包括，無限制地，細胞存活和細胞增值，及所述活性通過Her-2作用劑的抑制可為直接或間接細胞殺傷(例如ADCC)，蛋白復合物破壞或復合物形成，蛋白運輸或酶抑制的調節(jié)。生物學活性也可包括本申請所示的患者應答。例示 Her-2-作用劑包括，但不限于，大分子4D5和曲妥珠單抗和小分子例如AEE-788和拉帕替尼。參考細胞表面Her-2膜受體，“Her-2同源二聚體"指2個或更多個膜-結合的Her-2 蛋白的復合物。二聚體通常由彼此接觸的2個受體構成。二聚體可通過被動過程(例如范德華相互作用，等)在細胞表面膜中創(chuàng)建，或二聚體可通過活性過程(例如通過配體-誘導的二聚化，共價連接，與細胞內成分的相互作用等)創(chuàng)建。見，例如，Schlessinger, 2000, Cell 103:211-225。本文中的術語〃 二聚體〃理解為指〃細胞表面膜受體二聚體”，除非從上下文看出別的理解。本文中的H22D應指例如無限制地，通過VERATAG 所示的定量的二聚體?！?Her-2同源二聚體與總Her-2比"指根據本領域技術人員可用的任一定量方法的描述來自受試者的組織的樣品中Her-2同源二聚體的量除以總Her-2量的測量。本文中的"Her-2陽性"癌，癌細胞，受試者或患者，指當使用HercepTest (DakoCytomation California Inc.，Carpenteria, CA)時呈現(xiàn)至少 2 的分值的癌,細胞受試者或患者，或已通過FISH鑒定的癌，癌細胞，受試者或患者。在某些實施方式中，Her-2陽性細胞使用Here印Test呈現(xiàn)至少2+或3+的分值。“高"指測量，其大于正常，大于標準(例如預定測量或亞組測量)，或其相對大于另一亞組測量。例如，高Her-2指大于正常Her_2測量的Her_2測量。正常Her_2測量可根據本領域技術人員可用的任何方法測定。高Her-2也可指等于或大于預定測量(例如預定截止值)的測量。高Her-2也可指高Her_2個亞組相比另一亞組具有相對更大的Her_2的水平的Her-2測量。例如，無限制地，根據本說明書，2個不同的患者亞組可通過圍繞以數(shù)學方法測定的點分組樣品來創(chuàng)建，例如，無限制地，中位，由此創(chuàng)建測量高(即高于中位)的亞組和測量低的另一亞組。Her-2可通過本領域技術人員已知的任何方法測量，例如，無限制
地，使用VEIiAT AG 或使用任何標準免疫組織化學(IHC)方法例如HercepTest 。 作為另一例，高Her-2同源二聚體指在特定組樣品或Her_2陽性患者中大于正常Her_2同源二聚體的測量的Her-2同源二聚體的測量。正常Her_2同源二聚體測量可根據本領域技術人員可用的任何方法測定。高Her-2同源二聚體也可指大于預定測量(例如預定截止值) 的測量。高Her-2同源二聚體也可指高Her_2同源二聚體亞組相比另一亞組具有相對更高的Her-2同源二聚體的水平的Her_2同源二聚體的測量。Her_2同源二聚體可通過本領域已知的任何方法測量，例如熒光共振能量轉移(FRET)，生物發(fā)光共振能量轉移(BRET)，接近連接測定(PLA)，二聚體-特異性抗體或VERATAG 或本領域技術人員熟知的任何其他方法。作為另一例，高Her-2同源二聚體與總Her-2的比可指具有大于任一中等或低比亞組的測量的一個或更多亞組Her-2同源二聚體與總Her_2的比例。高Her_2同源二聚體與總Her-2的比例可根據本領域技術人員可用的任何個體定量方法測定。在一些情況中，“高"表達水平可包括非常高的表達范圍和“中等高”的表達范圍，其中中等高是大于正常，但小于"非常高"的表達水平。本文提供高(包括非常高和中等高)Her-2表達的范圍例。本文中的〃中等高〃、“中等〃或〃中等〃指大于〃低〃和小于非?！ǜ摺ǖ臏y量。例如，“中等"可用于描述落入Her-2同源二聚體與總Her-2的比例的測量的中部范圍的至少3個亞組中的一個或多個。本文中的"可能”指物品，對象，事物或人會發(fā)生的增加的概率。由此，在一個實例中，可能響應用曲妥珠單抗治療的受試者具有相對于參照受試者或受試者組響應用曲妥珠單抗治療的增加的概率。本文中的"長”指時間測量，其大于正常，大于標準(例如預定測量或亞組測量)， 且其相比另一亞組測量相對更長。例如，相應于患者的壽命，長時間進展指相比正常時間進展更長的時間進展。是否時間進展長或不長可根據本領域技術人員可用的任何方法測定。 長可包括，例如，無進展。在一實施方式中，“長"指大于疾病中顯著的事件發(fā)生需要的中位時間進程的時間。術語"低"指小于正常，小于標準(例如預定測量或亞組測量)，且其相對小于另一亞組測量的測量。例如，低Her-2是指Her-2陽性患者的特定組樣品中小于正常Her-2測量的Her-2測量。正常Her-2測量可根據本領域技術人員可用的任何方法測定。低Her-2也可指小于預定測量(例如預定截止值)的方法。低Her-2也可指低Her-2個亞組相對低于另一亞組的測量。例如，無限制地，根據本說明書，2個不同的患者亞組可通過圍繞以數(shù)學方法測定的點分組樣品來創(chuàng)建，例如，無限制地，中位，由此創(chuàng)建相應于測量高的另一組測量低 (即小于中位)的組。Her-2可通過本領域技術人員已知的任何方法測量，例如，無限制地， 使用VEHATAG 方法或使用任何標準免疫組織化學(1HC)方法例如HercepTest 。 作為另一例，低Her-2同源二聚體指特定組樣品或Her_2陽性患者中小于正常Her_2同源二聚體的測量的Her-2同源二聚體的測量。低Her_2同源二聚體也可指小于預定測量(例如預定截止值)的測量。低Her-2同源二聚體也可指低Her_2同源二聚體亞組相對小于另一亞組的測量。Her-2同源二聚體可通過本領域已知的任何方法測量，例如熒光共振能量轉移(FRET)，生物發(fā)光共振能量轉移(BRET)，接近連接測定(PLA)，二聚體-特異性抗體或 VERATAG 或本領域技術人員熟知的任何其他方法。作為另一例，低Her-2同源二聚體與總Her-2的比可指具有小于任一中等或高比亞組的測量的一個或更多亞組Her_2同源二聚體與總Her-2的比例。低Her-2同源二聚體與總Her-2的比例可根據本領域技術人員可用的任何個體定量方法測定。本文提供Her-2表達的低值范圍例。本文中的"分子標簽”指可從其他分子基于分離的分子中的一種或更多種物理， 化學或光學差異來區(qū)別的分子，包括但不限于，電泳遷移率，分子量，形狀，溶解度，pKa，疏水性，帶電性，荷質比，極性等。一方面，多種或一組分子標簽在電泳遷移率和光學檢測特征上不同，并可通過電泳分離。在另一方面，多種或一組分子標簽可在分子量，形狀，溶解度， PKa,疏水性，帶電性，極性上不同，且可通過正相或反相HPLC，離子交換HPLC，毛細管電子層析，質量光譜學，氣相層析等技術分離。本文中的"最佳截止值"指對呈現(xiàn)允許最佳區(qū)別屬性的2個類別之間的某些屬性的受試者的預定測量的值。例如，求出允許最佳區(qū)別高H2T表達和低H2T表達的2個類別之間的最佳截止值的值，用于確定OS。最佳截止值用于分離具有低于或高于最佳截止值的值的受試者，以優(yōu)化預測模型，例如，無限制地，以最大化模型的特異性，最大化模型的靈敏度，最大化結果中的差異，或最小化來自危害比或應答差異的P-值?！翱傮w存活"或"OS"指如從治療開始到死亡或潛意識抑制測量的時間。潛意識抑制可來自研究結束或治療變化。總體存活可指概率，例如，以在特定時間活著的 Kaplan-Meier圖代表的概率，該時間是治療開始到死亡或潛意識抑制之間的時間。“光敏化劑"應指當通過光將分子氧轉變成純態(tài)氧活化的光吸收分子?！?RECIST“應是"實體瘤中的應答評估標準"的簡稱，是一組定義治療期間癌患者改善(“響應")，保持相同(“穩(wěn)定的")或變差(“進展")的公開的規(guī)則。RECIST 定義的應答標準已公開，例如，在 Journal of the National Cancer Institute, Vol. 92, No. 3，2000年2月2日，且RECIST標準可包括其他類似公開定義及規(guī)則集。本領域技術人員將了解遵照RECIST標準的定義，本文中的例如"PR，，、“ CR，，、“ SD"和〃 PD"?！跋鄬晒鈫挝?或"RFU"互換使用，且應指相比標準，使用任意熒光單位的特定毛細管電泳峰的時間積分。相應于VERATAG ,RFU與注射進毛細管電泳的 VERATAG 濃度成比例，以及通過，例如，注射和毛細管差異導入一些期望的變異性。‘‘相對峰面積〃或〃RPA"互換使用，且應指特定VERATAG 的RFU和已知的和常數(shù)濃度的已知的內部熒光標準的RFU之間的比?！皯稹?、“響應"治療，及其他形式的此動詞，在本文中的指受試者對用 Her-2-作用劑的治療的反應。作為例，受試者響應用Her-2作用劑治療，如果受試者中的腫瘤生長延遲約10%，20%，30%，40%，50%，60%，70%，80%，90%或更多。在另一例中，受試者響應用Her-2作用劑的治療，如果受試者腫瘤縮減約5 %，10 %，20 %，30 %，40 %，50 % 或更多，如通過任何適當?shù)臏y量測定的，例如，通過質量或體積。在另一例中，受試者響應用 Her-2作用劑治療，如果受試者經歷預期壽命延長約5 %，10 %，20 %，30 %，40 %，50 %或更多超過在未施用治療時預測的預期壽命。在另一例中，受試者響應用Her-2作用劑的治療， 如果受試者具有增加的無疾病存活，總體存活或增加的進展用時間。幾種方法可用于測定是否患者響應治療包括RECIST標準，如以上所示?！皹悠?或"組織樣品"或"患者樣品"或"患者細胞或組織樣品"或"樣本"各指從受試者或患者組織獲得的一批類似細胞。組織樣品的來源可為來自新鮮，冷凍和/或保存的器官或組織樣品或活組織檢查或吸入的固體組織；血或任何血成分；體液例如腦脊液，羊水，腹膜液或間質液；或來自受試者妊娠或發(fā)育中的任何時間的細胞。組織樣品可含未與天然組織天然地混合的化合物，例如防腐劑，抗凝劑，緩沖液，固定劑，營養(yǎng)劑， 抗生素等。細胞可以常規(guī)方式固定，例如以FFPE方式。本文中的"短”指時間測量，其短于正常，短于標準(例如預定測量或亞組測量)，且其相對短于另一亞組測量。例如，相應于患者的壽命，短時間進展指短于正常時間進展的時間進展。是否時間進展短或不短可根據本領域技術人員可用的任何方法測定。在一實施方式中，“短"指小于疾病中顯著的事件發(fā)生需要的中位時間進程的時間。本文中的"顯著的事件"應指患者的疾病中如由本領域技術人員測定為重要的事件。顯著的事件例包括，例如，無限制地，初始診斷，死亡，復發(fā)，患者的疾病是轉移性的確定，患者的疾病的復發(fā)或患者的疾病從以上提及的任一階段到另一階段的進展。顯著的事件可用于評定OS，TTP和/或使用RECIST等由本領域技術人員測定的其他應答標準的任何重要的事件。本文中的術語"受試者"和"患者"互換使用。本文中的術語"受試者"和"受試者"指動物，優(yōu)選哺乳動物包括非-靈長類動物(例如，牛，豬，馬，驢，山羊，駱輪，貓，狗， 豚鼠，大鼠，小鼠，羊)和靈長類動物(例如，猴，例如短尾猴，大猩猩，黑猩猩和人)。本文中的"時間進程"應指初始事件和隨后事件之間的時間量。例如，相應于患者的癌，時間進程可涉及患者的疾病和可通過計量在疾病過程中的顯著的事件來測量，其中第1事件可為診斷，而隨后事件可為轉移，例如?！斑M展用時間"或"TTP"指如從治療開始到進展或癌或潛意識抑制測試的時間。潛意識抑制可來自研究結束或來自治療中的變化。進展用時間也可表示為概率，例如， 在Kaplein-Meier圖中，其中進展用時間可代表經特定時間無進展的概率，該時間是治療開始到進展或潛意識抑制之間的時間?！爸委?treat)”、丨‘治療(treatment)”和此詞的其他形式指施用Her-2-作用劑，以防止癌生長，以導致癌的重量或體積縮減，以延長受試者的期望的存活時間和/或腫瘤進展用時間等?！安豢赡?指相應于參照，事件，物品，對象，事物或人會發(fā)生的降低的概率。由此，不可能響應除了曲妥珠單抗之外用紫杉醇治療的受試者相對于參照受試者或受試者組具有響應用紫杉醇和曲妥珠單抗治療的降低的概率。由此，本發(fā)明的實施方式提供用于確定是否患癌受試者可能響應用Her-2作用劑的治療和/或用于預測疾病的時間進程和/或患癌受試者的疾病的時間進程中的顯著的事件的概率的方法。在某些實施方式中，所述方法包括檢測與對用本文所述的Her-2-作用劑的治療的應答相關的生物標記或生物標記的組合，及確定是否受試者可能響應用Her-2 作用劑治療。在某些實施方式中，所述方法包括檢測生物標記或生物標記的組合，以及預測與疾病進展相關的時間進程或患癌受試者的疾病的時間進程中的顯著的事件的概率。一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患癌受試者可能響應用Her-2作用劑的治療的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測疾病的時間進程的方法。在另一方面，方法針對用于預測疾病的時間進程中顯著的事件的概率的方法。在某些實施方式中，時間進程通過確定患者的疾病過程中顯著的事件之間的時間來測量，其中測量預測是否患者具有長時間進程。例如，在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到死亡的進展。在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到轉移性疾病的進展。在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到復發(fā)的進展。在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從轉移性疾病到死亡的進展。在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從轉移性疾病到復發(fā)的進展。在優(yōu)選的實施方式中，顯著的事件是從復發(fā)到死亡的進展。在某些實施方式中，時間進程相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些實施方式中，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和 /或Her-2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2同源二聚體的量高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。由此，在某些實施方式中，本發(fā)明包括將來自受試者的生物學樣品中Her-2或 Her-2同源二聚體中的至少一種的量的相對水平與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)的方法，所述方法包括(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中 Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量；及(b)將Her_2或Her_2同源二聚體的量與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)。在某些實施方式中，如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或大于第1閾值水平，受試者的預后是可能響應Her-2作用劑。另外，如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平，受試者的預后是不可能響應Her-2作用劑。而且，在某些實施方式中，預定測量通過將多個受試者樣品分成至少3個亞組來創(chuàng)建，其中第1個亞組包括以低水平具有Her-2或Her-2同源二聚體的樣品，其中低水平包括具有Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或小于第1閾值水平，且具有等于或大于第1閾值的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品包括具有高水平的Her-2或Her_2同源二聚體的樣品，以及其中然后將具有高水平的Her_2或Her_2同源二聚體的樣品分成2個亞組，非常高亞組包括具有等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品，且中等高亞組包括具有大于或等于第1閾值水平和小于或等于第2閾值水平的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品。如本文中討論，在某些實施方式中，Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。在本發(fā)明的各方法的某些實施方式中，高Her-2表達是loglOH2T彡約1. 14 1. 125。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，高Her-2表達包括非常高和/或中等高的表達。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，非常高Her-2表達是loglOH2T彡約 1. 84 2. 21。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，中等高表達在1. 14 1. 25和 1.84 2.21之間?；蛘?，可依賴于監(jiān)控的患者同群和/或顯著的事件使用其他范圍(即達本文所述的約25%左右)。在某些實施方式中，癌是乳腺癌。在一些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在一些實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌?；蛘?，可監(jiān)控可敏感于Her-2作用劑的任何癌。Her-2作用劑可為任何Her-2作用劑。在某些實施方式中，Her-2作用劑是本文所述的制劑之一。例如，在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在本發(fā)明的各方法的某些實施方式中，中等高Her-2個亞組進一步亞分為表達至少一種其他生物標記的亞組。例如，在一些實施方式中，預定測量通過基于至少一種其他生物標記的水平將Her-2介質和/或Her_2高樣品分為至少2個亞組來產生。至少一種其他生物標記可，在替代性實施方式中，包括下列之至少一種F0XM1，PRAME, Bcl2, STK15, CEGPl，Ki-67, GSTMl，CA9, PR, BBC3, NMEl, SURV, GATA3, TFRC, YB-I， DPYD, GSTM3, RPS6KB1, Src, Chkl, IDl, EstRl, p27, CCNB1, XIAP, Chk2, CDC25B, IGF1R, AK055699, P13KC2A, TGFB3, BAGI1， CYP3A4, EpCAM, VEGFC, pS2, hENTl, WISPl， HNF3A, NFKBp65, BRCA2, EGFR, TKl，VDR, Contig51037, pENTl, EPHXl，IF1A, CDHl，HIFl α，IGFBP3 ； CTSB, Her3, DIABLO, VEGF, CD31, KDR 或 p95。例如，在某些實施方式中，還基于Her-3表達細分中等高亞組，其中高水平包括具有等于或大于第1閾值水平的Her-3，而低水平包括具有第1閾值水平以下的Her_3，且其中具有中等高水平的Her-2和/或Her_2 二聚體中的至少一種和低水平的Her_3的受試者可能響應Her-2作用劑和/或其中具有中等高水平的Her_2和/或Her_2 二聚體中的至少一種和高水平的Her-3的受試者不可能或欠可能響應Her_2作用劑。其中測量Her_3， Her-3表達包括Her_3，Her-3同源二聚體或Her_3異源二聚體(例如，Her-2/Her_3)。在某些實施方式中，測定用VERAT AG 測定進行。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些實施方式中，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和 /或Her-2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高(例如，中等)，則患者組可為進一步亞分為高Her-3表達者及低Her-3表達者。在此實施方式中，具有中等高Her-2和/或Her_2同源二聚體和低Her_3的患者可能響應Her_2作用劑和/或患者具有長時間進程。在替代性實施方式中，Her-3表達者可表達Her_3，Her-3同源二聚體或Her-2/Her3異源二聚體。在某些實施方式中測量Her2和Her3 二者，癌是乳腺癌。在一些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在其他實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌?；蛘?，可監(jiān)控其他Her-2敏感性癌。Her_2作用劑可為任何Her_2作用劑。在某些實施方式中，Her_2作用劑是本文所述的制劑之一。例如，在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，測定用VERATAG 測定進行。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些實施方式中，預定測量通過將患者樣品分為至少2個患者亞組來創(chuàng)建。在某些實施方式中，亞組數(shù)是3從而患者樣品被分為Her-2和/或Her-2同源二聚體非常高的患者亞組，Her-2和/或Her_2同源二聚體低的亞組，及Her_2和/或Her_2同源二聚體中等高的亞組(即中等)。各亞-組可然后進一步亞分為Her-3高或中等的亞組?？蓪er-2同源二聚體的水平與總Her-2水平緊密關聯(lián)。由此，在本發(fā)明的各方法某些實施方式中，受試者中Her-2和/或Her-2同源二聚體的量相當于非常高亞組，中等高亞組，或低亞組中的至少一個。如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，及Her-3表達者低，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者可能具有長時間進程。如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，及Her_3表達者高，則患者不可能響應Her-2作用劑和/或患者可能具有短時間進程。在某些實施方式中，亞組數(shù)大于2，包括，無限制地，3個亞組，4個亞組，5個亞組和6個亞組。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在某些優(yōu)選的實施方式中， Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，預定測量是最佳截止值。本文中公開了所述最佳截止值，及某些本發(fā)明的實施方式旨在包括與本文中提及和公開的量近似的量。在某些實施方式中，受試者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量相當于最佳截止值，如果患者中Her_2和/或 Her-2同源二聚體的量是中等高(例如，之間約1. 14 1.25和1. 84 2. 21H2T)，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者的時間進程可能長。在另一實施方式中，如果Her-2量高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或時間進程可能長。在另一實施方式中，如果Her-2 量高，及Her-2同源二聚體的量和/或Her_2同源二聚體與Her_2的比低，則患者可能響應 Her-2作用劑和/或時間進程可能長。在另一實施方式中，如果Her_2量高和Her_2量二聚體高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或時間進程可能長。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者可能響應用 Her-2作用劑的治療和/或疾病的時間進程長的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測患有Her-2陽性癌的受試者中疾病時間進程的方法。在另一方面，本發(fā)明針對用于預測患有 Her-2陽性癌的受試者中顯著的事件的概率的方法。例如，本發(fā)明可包括用于預測患癌且用Her-2作用劑治療的受試者是否可能具有顯著的事件的方法，所述方法包括以下步驟(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中 Her-2或Her_2同源二聚體中的至少一種的量；及(b)將Her_2或Her_2同源二聚體的量與受試者會具有顯著的事件的可能性關聯(lián)。在一個實施方式中，顯著的事件是診斷與癌之間減少的時間和下列之至少一種 初始診斷，癌從一個階段到更高階段的進展，到轉移性疾病的進展，復發(fā)，手術或死亡。也在某些實施方式中，方法可還包括預測期間可發(fā)生顯著的事件的時間進程。在一個實施方式中，如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或小于第1閾值水平，顯著的事件是受試者欠可能響應Her-2作用劑。另外，如果Her-2或Her-2 同源二聚體中的至少一種的量等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平，受試者的預后是不可能響應Her-2作用劑。在優(yōu)選的實施方式中，時間進程通過確定患者的疾病過程中顯著的事件之間的時間來測量，其中測量預測是否患者具有長時間進程。在一實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到死亡的進展。在另一實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到轉移性疾病的進展。再一實施方式中，顯著的事件是從初始診斷到復發(fā)的進展。在另一實施方式中，顯著的事件是從轉移性疾病到死亡的進展。在另一實施方式中，顯著的事件是從轉移性疾病到復發(fā)的進展。在另一實施方式中，顯著的事件是從復發(fā)到死亡的進展。在某些實施方式中，時間進程相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST或其他應答標準測量。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和 /或Her-2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2同源二聚體的量高和/或中等高， 則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。在某些實施方式中，生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在其他實施方式中，癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌。或者，可監(jiān)控敏感于Her-2 作用劑的其他癌。如本文中提及，Her-2作用劑可為已知的制劑之一。在某些實施方式中， Her-2-作用劑是曲妥珠單抗。或可使用其他Her-2作用劑。在某些實施方式中，測量Her-2的量。在某些實施方式中，測量Her_2同源二聚體的量。在某些實施方式中，Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白_蛋白相互作用的量的測定來測量。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-3量和/或Her-3同源二聚體以及Her_2和/或Her_2同源二聚體的量，其中如果Her_3量和/ 或Her-3同源二聚體高，則患者可能響應Her_2作用劑和/或患者具有長時間進程。在某些實施方式中，生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的?；蛉橄侔┛蔀樵缙陔A段(即輔佐性)乳腺癌。或者，可監(jiān)控敏感于Her-2作用劑的其他癌。如本文中提及，Her-2作用劑可為已知的和/或本文所述的制劑之一。在某些實施方式中，Her-2-作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，測量Her-3同源二聚體量。在某些實施方式中，Her_3同源二聚體量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和 /或Her-2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her-2同源二聚體的量是中等高(即中等)，然后還分析生物學樣品的Her-3表達量，其中Her-3表達者可表達Her-3，Her-3同源二聚體或Her-2/Her3異源二聚體。如果患者中Her_2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高和Her-3表達量高，則患者可能響應Her_2作用劑和/或患者具有長時間進程。反過來，如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高和Her_3表達量低，則患者不可能響應Her-2作用劑和/或患者具有短時間進程。在某些實施方式中，生物學樣品包括 FFPE0在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。 或者，乳腺癌可為早期階段(即輔佐性)乳腺癌?；蛘?，可監(jiān)控響應Her-2作用劑的任何其他癌。如本文中提及，Her-2作用劑可為已知的和/或本文所述的制劑之一。在某些實施方式中，Her-2-作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在某些實施方式中，預定測量通過將患者樣品分為至少2個患者亞組來創(chuàng)建。在某些實施方式中，亞組數(shù)是3從而患者樣品被分為Her-2和/或Her-2同源二聚體高的亞組患者，及Her-2和/或Her_2同源二聚體低的亞組。在某些實施方式中，高Her_2亞組被分為Her-2和/或Her_2同源二聚體非常高的亞組，及Her_2和/或Her_2同源二聚體中等高的亞組(即中等)。在實施方式中；受試者中Her-2和/或Her-2同源二聚體的量相當于任一非常高亞組，中等高亞組，或低亞組。如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者可能具有長時間進程。如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量非常高或低，則患者不可能響應Her_2作用劑和/ 或患者可能具有短時間進程。在另一實施方式中，如果患者中Her-2和/或Her-2同源二聚體的量是中等高和 Her-3表達量高，則患者不可能響應Her-2作用劑和/或患者具有短時間進程。在另一實施方式中，如果患者中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量是中等高和Her_3表達量低，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。在某些實施方式中，亞組數(shù)大于3，
1包括，無限制地，4個亞組，5個亞組和6個亞組。在某些實施方式中，響應的可能性或時間進程相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在某些優(yōu)選的實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，預定測量是最佳截止值。本文中公開了所述最佳截止值，及某些本發(fā)明的實施方式旨在包括與本文中提及和公開的量近似的量。在某些實施方式中，受試者中Her-2和/或Her-2同源二聚體的量相當于最佳截止值；如果患者中Her-2和/或 Her-2同源二聚體的量高或中等高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或患者的時間進程可能長。在另一實施方式中，如果Her-2量高，及Her-2同源二聚體的量和/或Her_2同源二聚體與Her-2的比低，則患者可能響應Her-2作用劑和/或時間進程可能長。在另一實施方式中，如果Her-2量高和Her_2同源二聚體的量和/或Her_2同源二聚體與Her_2的比例高，則患者可能響應Her-2作用劑和/或時間進程可能長。在另一方面，本發(fā)明提供用于確定是否患有Her2-陽性癌的受試者不可能響應用 Her-2作用劑治療和/或患者可能具有短時間進程的方法。在某些實施方式中，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中的Her-2量，其中如果Her-2量低，受試者不可能響應用Her-2作用劑治療和/或患者可能具有短時間進程。在某些優(yōu)選的實施方式中，Her-2 作用劑是曲妥珠單抗。本領域技術人員已知的任何方法有用對于確定Her-2表達量和/或Her-2同源二聚體，和/或Her-3表達和/或Her_3同源二聚體，和/或Her-2/Her-3異源二聚體可根據本發(fā)明使用。例如，測定所述表達或二聚體量任何定量測定可用于測定細胞或癌產生多少信號，然后將信號與VERATAG測定中產生的信號相比，以測定2個測定之間的對應。所述方法可包括但不必限于FRET，BRET,生物分子熒光互補和接近連接測定。在某些實施方式中，量通過使來自患癌受試者的生物學樣品與分子標簽通過可切割的連接和具有切割誘導-部分的切割探針附接于其上的結合化合物接觸，并檢測是否及哪個分子標簽釋放來測定。圖1提供所述FFPE VERATAG 測定的概略，其中將組織切片固定(最上或第ι圖)，然后允許具有切割-誘導劑的第ι抗體(描繪為切割工具)和連接到可檢測的部分(ETAG )的第2抗體結合(第2圖)，通過光(hv)的切割-誘導劑的光-誘導(第3圖)，e-標簽的電泳分離(第4圖)和讀出數(shù)據(最下或第5圖)。
在某些實施方式中，結合化合物和切割探針各特異性地結合Her-2或Her-3。在某些實施方式中，切割探針和結合探針不結合相同的表位。在某些實施方式中，如果結合化合物在切割探針的切割-誘導部分的有效接近距離內，切割-誘導部分切割可切割的接頭從而釋放分子標簽。在某些實施方式中，如果Her-2同源二聚體，Her_3同源二聚體或Her_2/ Her-3異源二聚體存在，釋放的分子標簽與Her-2單體和/或Her-3單體存在時釋放的分子標簽可區(qū)分。通過用于總Her-2和/或Her-2同源二聚體的檢測的測定檢測Her_2的例由共同所有的美國專利申請公開No. 2009/0191559提供，其通過引用整體并入本文中。類似策略可用于測量其他生物標記，例如Her-3，p-95等。 在某些實施方式中，活化切割-誘導部分切割可切割的接頭。在某些實施方式中， 結合化合物特異性地結合Her-2或Her-3表位。在某些實施方式中，結合化合物包括抗體或抗原-結合片段。在某些實施方式中，結合化合物特異性地結合Her-2配體結合位點或 Her-3配體結合位點。在某些實施方式中，結合化合物包括Her_2配體和/或Her_3配體。在某些實施方式中，結合化合物和切割探針結合相同的Her-2表位和/或Her-3表位。在某些實施方式中，及如顯示使用2種不同的抗體(一種有切割劑及一種有標簽) 的Her-2總的測量的圖2A，及顯示使用交替附接到切割劑或結合部分的單個抗體的Her-2 二聚體測量的圖2B中所示，測量一種或更多種Her-2同源二聚體，Her-3同源二聚體或 Her-2/Her-3異源二聚體的量的步驟包括以下步驟(i)在每一種Her_2同源二聚體中，給一種或更多種Her-2同源二聚體中的每一種提供特異于第lHer-2蛋白的切割探針(例如， 在圖2A中為抗體15，及在圖2B中為抗體8)，各切割探針含具有有效接近距離的切割-誘導部分；(ii)提供特異于各一種或更多種Her-2同源二聚體的第2蛋白的一種或更多種結合化合物(例如，在圖2A和2B中為抗體8)，以至于各結合化合物具有通過可切割的連接各附接于其上的一種或更多種分子標簽，及以至于附接到不同的結合化合物的一種或更多種分子標簽具有不同的分離特征，從而從不同的結合化合物分離分子標簽之后形成分離特征不同的峰；(iii)混合切割探針，結合化合物，及一種或更多種復合物，以至于切割探針特異性地結合Her-2同源二聚體的第1蛋白，而結合化合物特異性地結合Her_2同源二聚體的第2蛋白，以及以至于結合化合物的可切割的連接在切割探針的切割-誘導部分的有效接近距離內，從而釋放分子標簽；及(iv)分離和鑒定釋放的分子標簽，以測定Her-2同源二聚體的存在或缺失或量。在某些實施方式中，測量一種或更多種Her-2同源二聚體，Her-3同源二聚體或 Her-2/Her-3異源二聚體的量的步驟包括以下步驟(i)在每一種Her_2同源二聚體中，給各一種或更多種Her-2同源二聚體提供特異于第lHer-2蛋白的切割探針，各切割探針含具有有效接近距離的切割-誘導部分；(ii)提供特異于各一種或更多種Her-3同源二聚體的第2蛋白的一種或更多種結合化合物，以至于各結合化合物具有通過可切割的連接各附接于其上的一種或更多種分子標簽，及以至于附接到不同的結合化合物的一種或更多種分子標簽具有不同的分離特征，從而從不同的結合化合物分離分子標簽之后形成分離特征不同的峰；(iii)混合切割探針，結合化合物，及一種或更多種復合物，以至于切割探針特異性地結合Her-3同源二聚體的第1蛋白，而結合化合物特異性地結合Her_3同源二聚體的第2 蛋白，以及以至于結合化合物的可切割的連接在切割探針的切割-誘導部分的有效接近距離內，從而釋放分子標簽；及(iv)分離和鑒定釋放的分子標簽，以測定Her-3同源二聚體的存在或缺失或量。Her-2/Her-3異源二聚體可使用特異于Her_2和Her_3的切割探針和結合探針類似地測定，例如，特異于Her-2的切割探針和特異于Her-3的結合探針和/或特異于Her-3 的切割探針和特異于Her-2的結合探針。本發(fā)明涉及Her-2-作用劑。Her_2-作用劑可為本領域技術人員已知的任何所述制劑。在某些實施方式中Her-2作用劑選自4D5，曲妥珠單抗，AEE-788和拉帕替尼。在優(yōu)選的實施方式中，Her-2-作用劑是曲妥珠單抗(赫賽燈 )。見，例如，Goldenberg，1999， Clin Ther. 21 :309-18 ；and Shak，1999，Semin Oncol. 26 :71-7。而且，其他 Her_2 作用劑可使用本文所述的方法評價。可適于用作生物標記的含Her-2和/或Her_2同源二聚體和/或Her_3和/或 Her-3同源二聚體和/或Her-2/Her-3異源二聚體的樣品可來自廣泛的來源，包括細胞培養(yǎng)，動物或植物組織，患者活組織檢查等。優(yōu)選，樣品是人患者樣品。使用常規(guī)技術制備用于本發(fā)明的測定的樣品，其可取決于獲取樣品的來源。對于活組織檢查和醫(yī)學樣本， 介紹見于以下參考文獻Bancroft JD & Stevens A, eds. 1977, Theory and Practice of Histological Techniques, Churchill Livingstone, Edinburgh, ；Pearse,1980, Histochemistry. Theory and applied. 4th ed.，Churchill Livingstone, Edinburgh。在癌性的疾病狀態(tài)領域，可使用的患者組織樣品例包括，但不限于，乳腺，前列腺， 卵巢，結腸，肺，子宮內膜，胃，唾液腺或胰腺。組織樣品可通過各種過程(包括手術切除，抽吸或活組織檢查)得到。組織可為新鮮或冷凍的。在一實施方式中，本發(fā)明的測定在已固定和包埋進石蠟的組織樣品上進行，并進行脫蠟步驟。組織樣品可通過常規(guī)方法固定(即保存)。見，例如，Lee G. Luna,HT (ASCP)Ed. , 1960,Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology 3rd edition, The Blakston Division McGraw-Hill Book Company, New York ；Ulreka V. Mikel, Ed. ,1994, The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology, Armed Forces Institute of Pathology,American Registry of Pathology,Washington, D. C。本領域技術人員將認同，固定劑的選擇由將組織組織學染色或別樣分析的目的確定。 本領域技術人員將也認同，固定的長度依賴于組織樣品的尺寸和使用的固定劑。通常，首先固定組織樣品，然后通過遞升的系列的醇脫水，用石蠟或其他切片介質浸潤和包埋，從而可切片組織樣品?；蛘撸汕衅M織和固定得到的切片。例如，可將組織樣品通過常規(guī)方法根據由以上提供的參考文獻描述的常規(guī)技術在石蠟中包埋和處理。可使用的石蠟例包括，但不限于，Paraplast，Broloid和Tissuemay。一旦包埋組織樣品，樣品可通過切片機根據常規(guī)技術切片。切片可具有跨約3 μ m 約12 μ m的厚度，及優(yōu)選，厚度在約 5μπι 約IOym范圍內。一方面，切片可具有約IOmm2 約Icm2的面積。一旦切割，切片可通過幾種標準方法附著于載玻片。載玻片粘合劑例包括，但不限于，硅烷，明膠和聚-L-賴氨酸。石蠟包埋切片可附著到帶正電的載玻片和/或用聚-L-賴氨酸包被的載玻片。如果石蠟已用作包埋材料，組織切片通常在檢測生物標記之前脫蠟及再水化到水。組織切片可通過幾種常規(guī)標準方法脫蠟。例如，可根據由以上提供的參考文獻描述的常規(guī)技術使用二甲苯和逐漸降低的系列的醇。或者，可使用可商購的脫蠟非-有機制劑例如 Hemo- De (CMS, Houston, Tex.)。哺乳動物組織培養(yǎng)細胞，或新鮮或冷凍的組織可通過常規(guī)細胞裂解技術制備(例如，0. 14M NaCl, 1. 5mM MgCl2, IOmM Tris Cl (ρΗ8· 6)，0. 5% Nonidet Ρ-40，及蛋白酶和 / 或磷酸酶抑制劑，根據需要)。對于新鮮哺乳動物組織，樣品制備也可包括組織解聚步驟，例如壓碎，切碎，磨碎或超聲處理。通過使用可釋放的分子標簽測量二聚體群提供許多優(yōu)勢，包括(1)從測定混合物分離釋放的分子標簽提供大大降低的背景和顯著獲得靈敏度；及( 特別設計用于容易分離和檢測的分子標簽的使用提供方便的多次進行能力，從而可容易在相同的測定中同時測量多種受體復合物成分。采用所述標簽的測定可具有各種形式及公開于下列參考文獻美國專利號No. 7，105，308和6，627，400 ；公開的美國專利申請No. 2002/0013126, 2003/0170915，2002/0146726 和 2009/0191559 ；及國際專利公開 No. WO 2004/011900，將它們各通過引用整體并入本文中。例如，可采用廣泛的分離技術，其可基于分離的分子之中的一種或更多種物理，化學或光學差異區(qū)別分子，所述差異包括電泳遷移率，分子量，形狀，溶解度，pKa，疏水性，帶電性，荷質比或極性。一方面，多種或一組分子標簽在電泳遷移率和光學檢測特征上不同，并將通過電泳分離。在另一方面，多種或一組分子標簽可在分子量，形狀，溶解度，PKa,疏水性，帶電性，極性上不同，且通過正相或反相HPLC，離子交換HPLC，毛細管電子層析，質量光譜學或氣相層析分離。提供可在從結合化合物釋放后通過分離技術分成不同的條帶或峰的多組分子標簽。所述峰的鑒定和定量提供受體二聚體的存在和/或量的測量或特征。一組之內的分子標簽可為化學多樣的；但是，為了方便，通常使多組分子標簽化學關聯(lián)。例如，它們可全部是肽或它們可由相同的基礎構建或單體的不同的組合構成或它們可使用具有用于附加不同的分離特征的不同的取代基的相同的基礎支架合成。多個分子標簽的數(shù)可依賴于幾個因素變化，包括采用的分離模式，分子標簽上使用的用于檢測的標記物，結合部分的靈敏度和可切割的連接切割的效率。直接對組織樣品的測量可通過包括對細胞或組織靶的測量標準化，其為樣品中總細胞數(shù)的代表和/或樣品中特定亞型的細胞數(shù)。額外的測量可優(yōu)選，或甚至必需，因為患者樣品(尤其腫瘤樣品，其可包括正常細胞的實質性級分)的細胞和組織異質性。如上所述，可提供含多種不同的結合化合物的混合物，其中各不同的結合化合物具有通過可切割的連接附接的一種或更多種分子標簽。結合化合物，可切割的連接和分子標簽的性質可廣泛變化。結合化合物可包括抗體結合組合物，抗體，肽，細胞表面受體的肽或非-肽配體，蛋白，寡核苷酸，寡核苷酸類似物(例如肽核酸)，凝集素或能特異性結合靶蛋白或分子或與目的分析物(例如Her-2同源二聚體)形成穩(wěn)定的復合物的任何其他分子實體。一方面，結合化合物可以下式表示B-(L-E)k其中B是結合部分；L是可切割的連接，而E是分子標簽。在同源測定中，可切割的連接，L，可為氧化-不穩(wěn)定的連接，及更優(yōu)選地，其為可通過純態(tài)氧切割的連接。部分〃 -(L-E)k"表示可具有經可切割的連接附接的多種分子標簽的單個結合化合物。一方面，k是大于或等于1的整數(shù)，但在其他實施方式中，k可大于幾百，例如100 500或k大于幾百至幾千，例如500 5000。通常各多種不同類型的結合化合物具有不同的分子標簽， E?？汕懈畹倪B接，例如氧化-不穩(wěn)定的連接，及分子標簽，E，通過常規(guī)化學方式附接到B。優(yōu)選，B是特異性地結合靶(例如Her-2上的抗原決定簇)的抗體結合組合物。本文中所示實施例中提供特異于Her-2表位的抗體?？贵w組合物由廣泛的可商購的抗體(單克隆或多克隆)容易形成。尤其是，特異于表皮生長因子受體的抗體公開于美國專禾Ij No. 5，677，171 ；5，772，997 ；5，968，511 ；5，480，968 ；5，811，098，各通過引用整體并入本文。美國專利5，599，681，通過引用整體并入本文，公開了特異于蛋白的磷酸化位點的抗體。供應商，例如 Cell Signaling Technology (Beverly, ΜΑ), Biosource International (Camarillo, CA)和 Upstate (Charlottesville，VA)也提供單克隆和多克隆抗體?？汕懈畹倪B接，L，可實際上是可在不降解結構或影響釋放的分子標簽，E的檢測特征的條件下切割的任何化學連接基。無論何時在同源測定形式中使用切割探針，可切割的連接，L，通過由切割探針產生的切割制劑切割，所述切割探針短距離作用，從而僅切割比鄰切割探針的可切割的連接。一般，所述制劑必需通過使反應混合物經物理或化學變化來活化，從而制劑產生擴散到可切割的連接而實現(xiàn)切割的短壽命的活性物質。在同源形式中，切割制劑優(yōu)選附接到結合部分，例如抗體，在活化之前將切割制劑靶向具有可釋放的分子標簽的結合化合物附近的特定位點。在所述實施方式中，切割制劑在本文中成為"切割-誘導部分"。在非-同源形式中，因為將特異性地結合的結合化合物從未結合的結合化合物分離，可用可切割的連接和切割制劑的更寬的選擇?？汕懈畹倪B接可不僅包括對于與局部作用反應性物質(例如過氧化氫，純態(tài)氧等)反應不穩(wěn)定的連接，但也對于在整個反應混合物操作的制劑不穩(wěn)定的連接，例如堿不穩(wěn)定的連接，光切割性連接，可通過還原切割的連接，通過氧化切割的連接，酸-不穩(wěn)定的連接和可通過特異性蛋白酶切割的肽連接。描述許多所述連接的參考文獻包括Greene and Wuts，1991，Protective Groups in Organic Synthesis, Second Edition, John Wiley & Sons, New York ；Hermanson,1996, Bioconjugate Techniques, Academic Press, New York ；及美國專利 No. 5，565，324。一方面，本發(fā)明可采用可商購的可切割的試劑系統(tǒng)。例如，可使用異官能制劑將二硫鍵導入抗體結合組合物和分子標簽之間，所述異官能制劑，例如N-琥珀酰亞胺基 3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亞胺基氧基羰基- -甲基- -O-吡啶基二硫代)甲苯(SMPT)等，可獲自供應商，例如Pierce化學公司(Rockford，IL)。通過所述連接導入的二硫鍵可通過用還原劑處理而斷裂，所述還原劑例如二硫蘇糖醇(DTT)，二硫赤蘚糖醇(DTE)，2-巰基乙醇或硼氫化鈉。實現(xiàn)二硫鍵切割的還原劑的典型的濃度在10 IOOmM 范圍內?？墒褂猛p官能NHS酯交聯(lián)試劑(含對于用高碘酸鈉(例如，生理pH的15mM高碘酸鹽，處理4小時)切割靈敏的中心順式-二醇的雙琥珀酰亞胺基酒石酸鹽(DST)(獲自 Pierce))將氧化性不穩(wěn)定的連接導入抗體結合組合物和分子標簽之間。含酯化的間隔物成分的連接可于37°C用強親核的制劑，例如羥胺，例如，0. IN羥胺，pH8. 5切割3 6小時。 所述間隔物可通過同雙官能交聯(lián)劑導入，例如獲自Pierce (Rockf ord，IL)的乙二醇雙(琥珀酰亞胺基琥珀酸鹽)(EGS)。堿不穩(wěn)定的連接可用砜基導入?？捎糜趯㈨炕鶎肟汕懈畹倪B接的同雙官能交聯(lián)劑包括雙[2-(琥珀酰亞胺基氧基羰基氧基)乙基]砜(BS0C0ES)， 及4，4-二氟-3，3-二硝基苯基砜(DFDNPS)。用于切割的例示堿性條件包括0. IM磷酸鈉， 通過添加iTris堿調至pHl 1.6，含6M脲，0. 1% SDS和2mM DTT，于37°C溫育2小時。光切割性連接也包括公開于美國專利No. 5，986，076的那些。當L氧化不穩(wěn)定時，L可為硫醚或其硒類似物；或烯烴，其含碳-碳雙鍵，其中雙鍵切割成橋氧基，釋放分子標簽，E。例示氧化不穩(wěn)定的連接公開于美國專利No. 6，627，400和 5，622，929及公開的美國專利申請No. 2002/0013126和2003/0170915 ；各通過引用整體并入本文。當多種分子標簽的分離通過氣相色譜或質量光譜法進行時，分子標簽，E，在本發(fā)明中可包括如以下參考文獻中所述的電泳標簽見，例如，^iang et al,2002, Bioconjugate Chem. 13 :1002-1012 ；Giese, 1983，Anal. Chem. 2 :165-168 ；及美國專利 No. 4，650，750 ；5，360，819 ；5，516，931 ；及 5，602，273，各通過引用整體并入本文。分子標簽，E，優(yōu)選為水溶性有機化合物，其相應于活性物質，尤其純態(tài)氧穩(wěn)定，且包括檢測或報告基團。另外，E可在尺寸和結構上變化廣泛。一方面，E具有約50 約2500Da 范圍的分子量，更優(yōu)選地，約50 約1500Da。E可包括用于產生電化學，熒光或發(fā)色信號的檢測基團。在采用通過質量檢測的實施方式中，E可不具有用于檢測目的的分離部分。優(yōu)選，檢測基團產生熒光信號。選擇多數(shù)中的分子標簽，從而各相應于相同多數(shù)的其他成員具有獨特分離特征和 /或獨特光學性質。一方面，層析或電泳分離特征是在本領域常規(guī)的一組標準分離條件，例如，電壓，柱壓力，柱類型，移動相或電泳分離介質下的滯留時間。在另一方面，光學性質是熒光性質，例如發(fā)射光譜，熒光壽命或給定波長或波長帶的熒光強度。優(yōu)選，熒光性質是熒光強度。例如，多數(shù)的各分子標簽可具有相同的熒光發(fā)射性質，但各將在獨特滯留時間上彼此不同。另一方面，1種或2種或更多種多數(shù)分子標簽可具有相同的遷移或滯留時間，但它們將具有獨特熒光性質，例如光譜可分辯的發(fā)射波譜，從而多數(shù)的全部成員通過分子分離及熒光測量的組合可區(qū)分。優(yōu)選，釋放的分子標簽通過電泳分離及檢測基團的熒光檢測。在所述實施方式中， 具有基本上相同的熒光性質的分子標簽具有不同的電泳遷移率，從而在分離條件下在電泳圖譜中形成不同的峰。優(yōu)選，將本發(fā)明的多種分子標簽通過常規(guī)毛細管電泳設備，任意在常規(guī)篩模的存在或缺乏分離。電泳分離期間或后，分子標簽通過記錄分離的化合物的熒光信號和遷移時間(或遷移距離)或通過構建相對熒光的表和分子標簽的遷移順序(例如，作為電泳圖譜)檢測或鑒定。優(yōu)選，分子標簽的存在，缺失和/或量通過使用如公開的美國專利申請No. 2003/0170734A1公開的一種或更多種標準測量，將其通過引用整體并入本文。 圖3顯示根據本發(fā)明的實施方式的Her-2標簽的電泳分離例。多種分子標簽也可設計用于通過基于一種或更多種物理特征的層析分離，所述物理特征包括分子量，形狀，溶解度，pKa,疏水性，帶電性，極性等，例如公開于公開美國專利申請No. 2003/0235832，將其通過引用整體并入本文。層析分離技術基于參數(shù)(例如柱類型，固相，移動相等)選擇，然后是可在單次操作中分離形成不同的峰或條帶的多種分子標簽的選擇。幾個因素決定選擇哪種HPLC技術用于發(fā)明，包括待檢測的分子標簽數(shù)(即多數(shù)的大小(size of the plurality))，測定中會產生的各分子標簽的估計的量，作為一組待在多次進行的測定中使用的候選物的合成分子標簽的利用度和容易性，采用的檢測模式和HPLC儀表，柱和溶劑的操作的利用度，穩(wěn)健性，成本和容易性。通常，柱和技術偏好可適于分析有限的量的樣品及其提供最高分辨率分離。進行所述選擇的介紹可見于文獻， 例如，Snyder et ah, 1988, Practical HPLC Method Development, John Wiley & Sons, New York ；Millner,1999, High Resolution Chromatography :A Practical Approach, Oxford University Press, New York ；Chi—San Wu,1999, Column Handbook for Size Exclusion Chromatography, Academic Press, San Diego ；and Oliver,1989, HPLC of Macromolecules :A Practical Approach, Oxford University Press, Oxford, England。一方面，分子標簽，E，是(M，D)，其中M是遷移率-修飾部分，而D是檢測部分。標記"(M，D)"用于表示，M和D部分的排序可為任一部分可與可切割的連接，L相鄰。這是說，“B-L-(M, D)“表示2種形式的結合化合物“B-L-M-D“或〃 B-L-D-M“之任一。檢測部分，D，可為熒光標記物或染料，發(fā)色標記物或染料或電化學標記物。優(yōu)選， D是熒光染料。用于本發(fā)明的例示熒光染料包括水溶性若丹明染料，熒光素，4，7_ 二氯熒光素，苯并噸染料和能量轉移染料，如公開于下列參考文獻無名氏，2002，Handbook of Molecular Probes and Research Reagents，8th ed.，Molecular Probes，Eugene，OR ；美國專禾Ij No. 6，191，278，6，372，907，6，096，723，5，945，526，4，997，928 和 4，318，846 ；及 Lee et al，1997，Nucleic Acids Research25 :2816_2822。優(yōu)選，D 是熒光素或熒光素衍生物。一旦各結合化合物通過不同的分子標簽獨立地衍生，將其與其他結合化合物合并，以形成多種結合化合物。通常，各不同的類型的結合化合物以相同的比例存在于組合物；但是，比例可作為設計選擇變化，從而一種或一個亞組的特定結合化合物取決于特定實施方式或測定的的期望或需求而以更大的或更低比例存在?？捎绊懰鲈O計選擇的因素包括，但不限于，對于特定靶的抗體親和性和親合力，靶的相對流行，分子標簽的檢測部分的熒光特征等。切割-誘導部分，或切割劑，是產生能切割(優(yōu)選通過氧化)可切割的連接的活性物質的基團。優(yōu)選，活性物質是呈現(xiàn)短-壽命的活性，從而其切割-誘導效應僅在其產生位點附近的化學物質。任一活性物質是固有地短壽命的，從而其將不創(chuàng)建超過其創(chuàng)建接近距離的顯著的背景，或采用有效清除活性物質的清除劑，從而其不可與超過從其產生位點短距離的可切割的連接反應。例示活性物質包括純態(tài)氧，過氧化氫，NADH和羥基自由基，苯氧基自由基，超氧化物等。例示用于導致氧化的活性物質的猝滅劑包括聚烯，類胡蘿卜素，維生素E，維生素C，酪氨酸，組氨酸和谷胱甘肽的氨基酸-吡咯N-綴合物。見，例如Beutner et al，2000，Meth.Enzymo1. 319 :226-241 采用切割-誘導部分和可切割的連接的設計測定中的一種考慮是當結合到受體復合物時它們不彼此遠離，通過切割-誘導部分產生的活性物質不可有效切割可切割的連接。一方面，可切割的連接優(yōu)選在結合的切割-誘導性部分的約IOOOnm之內和優(yōu)選約20 200nm之內。更優(yōu)選地，對于產生純態(tài)氧的光敏化劑切割-誘導部分而言，可切割的連接在受體復合物中光敏化劑的約20 IOOnm之內。切割-誘導部分可有效切割可切割的連接 (即為切割足夠的分子標簽以產生可檢測的信號)的范圍在本文中稱為其"有效接近距離"。本領域普通技術人員將認可，特定敏化劑的有效接近距離可取決于特定測定設計的細節(jié)，且可通過常規(guī)實驗測定或修飾。敏化劑是可經誘導產生反應性中間體，或物質，通常為純態(tài)氧的化合物。優(yōu)選，根據本發(fā)明使用的敏化劑是光敏化劑。其他包括在本發(fā)明的范圍之內的敏化劑是通過熱，光照，電離輻射或化學活化激發(fā)會釋放純態(tài)氧分子的化合物。此類化合物的最佳已知的成員包括內過氧化物，例如1，4-雙羧乙基-1，4-萘內過氧化物，9，10- 二苯基蒽-9，10-內過氧化物和5，6，11，12-四苯基萘5，12-內過氧化物。由這些化合物的加熱或直接光吸收釋放純態(tài)氧。其他敏化劑公開于 Di Mascio et al, 1994,FEBS Lett. 355 :287 ；and Kanofsky, 1983，J.Biol. Chem. 258 :5991-5993 ；Pierlot et al，2000，Meth.Enzymo1. 319 :3_20。光敏化劑可直接或間接，經共價或非-共價連接附接于類型特異性試劑的結合劑。構建所述組合物的介紹，尤其對于抗體作為結合劑的可見于文獻，例如在光動力學治療，免疫診斷學，等領域。例示介紹可見于Ullman et al, 1994, Proc. Natl. Acad. ScL USA 91,5426-5430 ；Strong et al,1994, Ann. New York Acad. ScL 745 :297-320 ；Yarmush et al,1993, Crit. Rev. Therapeutic Drug Carrier Syst. 10 :197-252 ；及美國專利 No. 5，709，994，5，340，716，6，251，581 和 5，516，636。各種光源可用于光-活化光敏化劑，以產生純態(tài)氧。只要足夠強，可將多色及單色光源用作光源，以在實踐時間持續(xù)時間產生足夠的純態(tài)氧。照射長度取決于光敏化劑的性質，可切割的連接的性質，照射光源功率和其從樣品的距離。一般而言，照射時間可從小于約1 μ s至約10分鐘，通常在約Ims 約60s的范圍。強度和照射長度應足以激發(fā)至少約 0. 1 %的光敏化劑分子，通常至少約30 %的光敏化劑分子和優(yōu)選，基本上全部光敏化劑分子。例示光源包括激光器，例如，氦-氖激光器，氬激光器，YAG激光器，He/Cd激光器及紅寶石激光器；光電二極管；汞，鈉和氙蒸汽燈；白熾燈，例如，鎢和鎢/鹵素及閃光燈?？蛇m用于本發(fā)明中的方法的例示光活化裝置公開于國際專利公開No. WO 03/051669。在所述實施方式中，光活化裝置是安裝在允許同時照射96孔板的全部孔的外殼的發(fā)光二極管(LED)陣列?？稍诒景l(fā)明中利用的光敏化劑例具有以上性質和公開于美國專利No. 5，536，834， 5，763，602，5，565，552，5，709，994，5，340，716，5，516，636，6，251，581 和 6，001，673 ；公開的歐洲專利申請 No. 0484027 ；Martin et al, 1990，Methods Enzymo 1. 186 :635-645 ；及 Yarmush et al. , 1993, Crit. Rev. Therapeutic Drug Carrier Syst. 10 :197_252。說道敏化劑，在某些實施方式中，光敏化劑可通過共價或非-共價附接到支持物表面或合并入支持物體部與固相支持物關聯(lián)。一般而言，光敏化劑以對于達到必需量的純態(tài)氧必需的量與支持物關聯(lián)。通常，光敏化劑的量根據常規(guī)方法依經驗測定。在一實施方式中，將光敏化劑合并入膠乳粒子，以形成光敏化劑珠，例如公開于美國專利No. 5，709，994和6，346，384 ；及國際專利公開No. WO 01/84157?；蛘撸饷艋瘎┲榭赏ㄟ^利用膠乳上的氯甲基將光敏化劑(例如玫瑰紅)共價附接于0.5 μ m膠乳珠而提供酯連接基來制備，如J. Amer. Chem. Soc，97 :3741(1975)中所述。此反應可，例如，在具有允許試劑通過施加真空除去的形成孔的一個壁(例如底部)的過濾膜的常規(guī)96孔或384-孔微孔板，等中進行。如果結合化合物的特異性結合需要的緩沖液不同于任一純態(tài)氧產生或分離需要的緩沖液，此允許緩沖液的方便的交換。例如，在基于抗體的結合化合物的情況中，需要高鹽緩沖液。如果采用釋放的標簽的電泳分離，則通過將緩沖液更換為具有可適于電泳的更低鹽濃度的緩沖液來實現(xiàn)更佳表現(xiàn)。作為例，切割探針可包括用多種光敏化劑分子衍生的第一半抗原化的抗體和第二抗-半抗原結合蛋白。優(yōu)選的第一半抗原化的抗體是生物素化的抗體，而優(yōu)選的第二抗-半抗原結合蛋白可為任一抗-生物素抗體或鏈霉親和素。其他所述第一及第二試劑的組合為本領域熟知。例示的所述試劑的組合教導于Haugland，2002，Handbook of Fluorescent Probes and Research Reagents, Ninth Edition, Molecular Probes, Eugene, 0Ro 以下描述例示的所述試劑的組合。具有可釋放的標簽(“IiiT1 “和"HiT2")的結合化合物，及用生物素衍生的第一抗體特異性地結合到膜中受體二聚體的不同的表位。將生物素-特異性結合蛋白(例如鏈霉親和素)附接到將多種光敏化劑帶到結合化合物的有效接近距離的生物素。生物素-特異性結合蛋白也可為抗-生物素抗體，且光敏化劑可通過常規(guī)偶聯(lián)化學 (例如，Hermanson(supra))經游離的胺基團附接到蛋白。所述用途的例示光敏化劑是如公開于公開的歐洲專利申請0510688的制備的亞甲藍的NHS酯。以下方法和特定條件和材料的一般討論旨在闡釋，而非限制。本領域技術人員將了解本文所述的方法如何可適于其他應用，尤其使用不同的樣品，細胞類型和靶復合物。在進行本發(fā)明的方法的過程中，進行測定成分的組合，包括所測樣品，結合化合物和任選切割探針。通常，測定成分可以任何順序合并。但是，在某些應用中，添加順序可相關。例如，可希望，例如在定量測定中監(jiān)控競爭性結合?；蚩上ＭO(jiān)控組裝的復合物的穩(wěn)定性。在所述應用中，反應可依階段組裝。各試劑的量可通常依經驗測定。測定中使用的樣品量通過預測的數(shù)的存在的靶復合物和用于監(jiān)控測定信號的分離和檢測裝置來測定。一般而言，結合化合物和切割探針量可以超過相對于樣品中靶分子的期望的量的摩爾提供，通常以超過至少約1.5的摩爾，更期望超過約10倍，或更多。在特定應用中，使用的濃度可更高或更低，取決于單細胞上存在的結合劑和期望的量的靶分子的親和性。當確定化合物對寡聚體細胞表面復合物的形成的效應時，可在添加探針之前，同時或后將化合物添加到細胞，取決于監(jiān)控的效應。測定混合物可在提供探針與細胞表面分子的結合的條件下合并和溫育，通常在含水培養(yǎng)基中，通常以生理PH(可相當于培養(yǎng)細胞時的pH)，通過以約10 200mM范圍內的濃度的緩沖液維持?？墒褂贸Ｒ?guī)緩沖液，以及根據需要而使用其他常規(guī)添加劑，例如鹽，生長培養(yǎng)基，穩(wěn)定劑，等。正常采用生理和恒定溫度。溫育溫度正?？缂s4° 70°C，通常約 15° 45°C，更通常約25° 37°C。集合測定混合物以及允許探針結合細胞表面分子的溫育后，可處理混合物，以活化切割劑，切割來自在切割劑的有效接近距離內的結合化合物的標簽，從細胞表面將相應標簽釋放到溶液。此處理的性質將取決于切割劑的作用機理。例如，其中采用光敏化劑作為切割劑時，切割的活化可包括以對于使用的特定敏化劑適當?shù)墓獾牟ㄩL照射混合物。切割后，然后可分析樣品，以測定已釋放的標簽性質。當采用采用多種結合化合物的測定時，釋放的標簽的分離將通常先于它們的檢測。分離和檢測的方法在設計用于測定的標簽的過程中確定。優(yōu)選的分離模式采用電泳，其中各標簽將基于已知的它們的電泳遷移率的差異分離。如上所述，在一些實施方式中，如果測定反應條件可干擾采用的分離技術，需要在分子標簽的切割和分離之前去除，或更換，測定反應緩沖液。例如，當基于電泳遷移率分離分子標簽時，測定條件可包括降低分離表現(xiàn)的鹽濃度(例如特異性結合需要的)。由此，例如，在切割分子標簽之前，可除去所述高鹽緩沖液，及通過過濾，抽吸，稀釋或其他方法用可適于電泳分離的另一緩沖液取代。在某些實施方式中，可給受試者施用包括曲妥珠單抗的聯(lián)合治療。聯(lián)合治療可包括曲妥珠單抗與本領域技術人員已知的(無限制地)一種或更多種任何化學治療劑的組合。優(yōu)選，化學治療劑具有來自曲妥珠單抗的不同的作用機理。例如，化學治療劑可為抗-代謝物(例如，5-氟尿嘧啶(5-FU)，甲氨喋呤(MTX)，氟達拉濱，等.)，抗微管制劑(例如，長春新堿；長春堿；紫杉烷例如紫杉醇和多西他賽；等.)，烷基化劑(例如，環(huán)磷酰胺， 美法侖，雙氯乙基亞硝基脲，等.)，鉬制劑(例如，順鉬，卡鉬，奧沙利鉬，JM-216，CI-973， 等.)，蒽環(huán)類抗生素(例如，多柔比星，柔紅霉素，等.)，抗生素制劑(例如，絲裂霉素-C，放線菌素D，等.)，拓撲異構酶抑制劑(例如，依托泊苷，喜樹堿，等.)或本領域技術人員已知的任何其他化學治療劑?？稍诒景l(fā)明的各實施方式中使用的化學治療劑的特定例，包括本發(fā)明的藥物組合物，劑型和試劑盒，包括，無限制地，阿糖胞苷，美法侖，托泊替康，氟達拉濱，依托泊苷，伊達比星，柔紅霉素，米托蒽醌，順鉬紫杉醇，及環(huán)磷酰胺?？墒褂玫钠渌瘜W治療劑包括阿巴瑞克，阿地白介素，阿侖珠單抗，阿利維A酸，別嘌醇，六甲蜜胺，氨磷汀，阿那曲唑，三氧化二砷，天冬酰胺酶，BCG活，貝伐珠單抗，貝沙羅汀，博來霉素，硼替佐米，白消安，卡普睪酮，喜樹堿，卡培他濱，卡鉬，卡莫司汀，塞來考昔，西妥昔單抗，苯丁酸氮芥，西那卡塞，順鉬，克拉屈濱，環(huán)磷酰胺，阿糖胞苷，達卡巴嗪，更生霉素，達貝泊汀α，柔紅霉素，地尼白介素2，右雷佐生，多西他賽，多柔比星，屈他雄酮， 埃利奧特B溶液，表柔比星，依泊汀α，雌莫司汀，依托泊苷，依西美坦，非格司亭，氟尿苷， 氟達拉濱，氟尿嘧啶，氟維司群，吉西他濱，吉妥珠單抗、奧加米星，吉非替尼，戈舍瑞林，羥基脲，替伊莫單抗，伊達比星，異環(huán)磷酰胺，伊馬替尼，干擾素α _2a，干擾素α _2b，伊立替康，來曲唑，甲酰四氫葉酸，左旋咪唑，洛莫司汀，甲氯乙胺，甲地孕酮，美法侖，巰嘌呤，美司鈉，甲氨喋呤，甲氧沙林，甲潑尼龍，絲裂霉素C，米托坦，米托蒽醌，諾龍，諾非單抗，奧利美生，奧普瑞白介素，奧沙利鉬，紫杉醇，帕米膦酸二鈉，培加酶，培天冬酶，培非司亭，培美曲塞，噴司他丁，哌泊溴烷，普卡霉素，聚苯丙生，卟菲爾鈉，丙卡巴胼，米帕林，拉布立酶，利妥昔單抗，沙格司亭，鏈佐星，滑石粉，他莫昔芬，塔西法，替莫唑胺，替尼泊苷，睪內酯，硫鳥嘌呤，塞替派，托泊替康，托瑞米芬，托西莫單抗，曲妥珠單抗，維a酸，烏拉莫司汀，戊柔比星， 長春堿，長春新堿，長春瑞濱及唑來膦酸鹽。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者不可能響應用至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑治療和/或患者可能具有短時間進程的方法。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her-2 同源二聚體的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚體的水平高或非常高，則患者不可能響應至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑。在某些實施方式中，可包括將具有高Her-2的患者分劃微2組非常高和中等高。 分劃可包括使用本文所述的Her-2水平。在一些實施方式中，方法可還包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量，其中如果Her_2和/或Her_2 同源二聚體的量是中等高，則將患者組進一步亞-分(即分劃)為高Her-3表達者及低 Her-3表達者。在一些實施方式中，相比具有中等高(即中等)Her-2和/或Her-2同源二聚體和低Her-3的患者，具有中等高(即中等)Her_2和/或Her_2同源二聚體和高Her_3 的患者欠可能響應Her-2作用劑和/或患者具有長時間進程。在本發(fā)明的各方法某些實施方式中，高Her-2表達是loglOH2T彡約1. 14 1. 125。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，高Her-2表達包括非常高和/或中等高的表達。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，非常高Her-2表達是loglOH2T彡約1.84 2. 21。在本文中公開的各方法的某些實施方式中，中等高表達在之間1. 14 1.25和1.84 2. 21?；蛘撸蕾囉诒O(jiān)控的患者同群和/或顯著的事件可使用其他范圍。在某些實施方式中，生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在一些實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌?；蛘?，可監(jiān)控可敏感于Her-2作用劑的任何癌。Her-2作用劑可為任何 Her-2作用劑。在某些實施方式中，Her-2作用劑是本文所述的制劑之一。例如，在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，化學治療劑是紫杉醇。在某些實施方式中，測量Her-2的量。在某些實施方式中，測量Her_2同源二聚體的量。在某些實施方式中，如果Her-2是中等，則測量Her-3量。在某些實施方式中，如果 Her-2是中等高(即中等)，則測量Her_3同源二聚體和/或Her-2/Her-3異源二聚體的量。在某些實施方式中，Her-2量和/或her_3使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。在某些實施方式中，測定是VERATAG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準或其他應答標準測量。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者可能響應用至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑治療的方法。在某些實施方式中，所述方法包括測量來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2和/或Her_2同源二聚體的量，其中如果Her_2和 /或Her-2同源二聚體的水平低，則患者可能響應至少一種Her-2作用劑之外的化學治療劑。在某些實施方式中，生物學樣品包括FFPE。在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。 在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的。在一些實施方式中，乳腺癌是早期階段(即輔佐性)乳腺癌?；蛘?，可監(jiān)控可敏感于Her-2作用劑的任何癌。Her-2作用劑可為任何Her-2 作用劑。在某些實施方式中，Her-2作用劑是本文所述的制劑之一。例如，在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，額外的化學治療劑是紫杉醇?；蛘?， 可評價本領域已知的和/或本文中公開的其他額外的化學治療劑。在某些實施方式中，響應的可能性或時間進程相應于總體存活率，進展用時間和/或使用RECIST標準測量。在另一方面，本發(fā)明針對用于確定是否患有Her-2陽性癌的受試者可能響應 Her-2作用劑和/或預測是否疾病的時間進程長和/或預測是否受試者將具有顯著的事件的方法，所述方法包括檢測來自受試者的癌的生物學樣品中的Her-2量和Her-2同源二聚體，和確定Her-2同源二聚體與總Her_2的比，其中確定受試者的比在至少3個亞組之一， 且如果受試者的比在低，或高亞組，則受試者可能響應Her-2作用劑，受試者可能具有長時間進程和/或受試者不可能具有顯著的事件。在優(yōu)選的實施方式中，通過比較Her-2同源二聚體與總Her-2的比和用對比不用Her-2作用劑治療的群的危害比來測定至少3個亞組， 其中如果危害比小于1，則受試者更可能響應Her-2作用劑，患者更可能具有長時間進程和 /或患者欠可能具有顯著的事件。在FIN HER臨床試驗中也相應于曲妥珠單抗應答檢查例如，H2D/H2T比，Her-2表達(H2T)和Her-2同源二聚體水平(H2D)，其設計為的測試曲妥珠單抗在早期階段(即輔佐性)環(huán)境中的有效性。在研究中，將H2T，H2D和H2D/H2T與IHC, CISH和臨床結果相比。 由于通過IHC或FISH的Her-2陽性已顯示與用曲妥珠單抗的不利的預后和改善的臨床結果相關，預期了用定量測定(例如HERMark測定)區(qū)別可能應答者和非應當者的能力。但是，如通過多變量Cox比例危險度分析所示，既非H2T也非H2D與結果顯著相關。另一方面， H2D/H2T與任何復發(fā)用時間(TAR)獨立地相關，并與遠處復發(fā)用時間(TDR)幾乎顯著相關。 因為這些發(fā)現(xiàn)，進行STEPP (亞群治療效果圖)分析來檢查跨H2T，H2D和H2D/H2T分布的治療對比對照患者的危害比例。80個患者的亞群用于這些分析。而既非H2D也非H2T鑒定出不受益于曲妥珠單抗的任何組患者，顯示H2D/H2T來區(qū)別之間響應曲妥珠單抗的患者組和不響應曲妥珠單抗的患者組。此后來的組具有落入低H2D/H2T比組和高H2D/H2T比組之間的中等H2D/H2T比例。而申請人不希望限于機械理論，對此觀察的一種可能的解釋是H2D/ H2T是乳腺腫瘤中Her-2活化的測量，且因此，當在早期階段(即輔佐性)環(huán)境中用曲妥珠單抗治療時，是早期階段(即輔佐性)環(huán)境中未接受曲妥珠單抗的Her-2-陽性患者的預后生物標記，和患者經歷的臨床益處的程度的預測性生物標記。
在某些實施方式中，受試者的癌是乳腺癌。在某些實施方式中，受試者的癌是轉移性的或初始早期階段(即輔佐性)。在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，Her-2, Her-2同源二聚體，Her-3, Her-3同源二聚體，及Her-2/Her_3異源二聚體檢測使用VERAT AG 測定。在某些實施方式中，響應的可能性，具有長時間進程的可能性和/或具有顯著的事件的可能性測量為總體存活率，進展用時間，遠處復發(fā)用時間和無疾病存活，和/或應答或臨床益處使用RECIST標準測量。在某些實施方式中，是否癌是Her-2陽性通過IHC或FISH或CISH測定。在其他實施方式中，本發(fā)明針對包括通過將受試者的癌的Her-2同源二聚體與總Her-2的比與最佳截止值比較來確定是否Her-2 同源二聚體與總Her-2的比低，中等或高的方法。再一個實施方式中，如果Her_2同源二聚體與總Her-2的比是中等和/或危害比等于或大于1，則患者欠可能響應Her_2作用劑和/ 或患者欠可能具有長時間進程和/或患者更可能具有顯著的事件。再一方面，本發(fā)明提供治療患癌受試者的方法。一方面，所述方法包括根據本發(fā)明的方法確定受試者患癌，且其可能響應用Her-2作用劑治療和/或具有長時間進程，并給受試者施用有效量的Her-2作用劑作為所述確定的結果。在另一方面，所述方法包括根據本發(fā)明的方法確定受試者患癌，其可能響應用Her-2作用劑治療和/或具有長時間進程，然后提供給受試者施用有效量的Her-2作用劑的醫(yī)學專業(yè)性的治療選項。在另一方面，所述方法包括確定受試者患癌，其具有短時間進程和/或不可能響應Her-2作用劑之外的化學治療劑。本發(fā)明的這些方面各包括各種實施方式(例如，通過本文中公開的Her-2和其他標記物的表達分劃；評估各種Her-2作用劑和/或其他化學治療劑；分析各種癌類型)。在某些實施方式中，Her-2作用劑是曲妥珠單抗。在某些實施方式中，化學治療劑是紫杉醇。在某些實施方式中，癌是乳腺癌。在某些實施方式中，乳腺癌是轉移性的或初始早期階段(即輔佐性)。
實施例實施例1抗體、VERATAG -抗體，生物素和分子剪刀單克隆抗體，針對HER2的細胞質結構域的Ab8和針對HER2的C-末端的Ab 15， 購自Lab Vision。根據之前描述的流程合成和純化VERATAG 報告子(Proll和ftx) 14)和綴合鏈霉親和素的亞甲藍(“分子剪刀")(見，例如，以上和美國專利7，105，308，將其通過引用并入本文中，包括任何附圖)?？贵w-VERATAG 和抗體-生物素綴合物， 即Ab8-Proll和Abl5-生物素使用硫-NHS-LC-LC-生物素(Pierce)作為接頭根據生產商的流程制造，并通過HPLC(Agilent)純化綴合產物。實施例2細胞培養(yǎng)，固定，處理和石蠟包埋4種乳腺癌細胞系，MDA-MB-468, MCF-7，MDA-MB-453和SKBR-3，購自美國典型細胞培養(yǎng)物保藏中心。全部細胞系于37°C和5% CO2保持在Dulbecco修飾的fegle培養(yǎng)基 (DMEM) F12(50 50)，10% FBS，PSQ(10%胚胎牛血清，青霉素-鏈霉素)和 2mM L-谷氨酰胺中。使細胞在對于各細胞系至少10個150mm培養(yǎng)板上生長至接近匯合。去除培養(yǎng)基后，將細胞用冷IXPBS洗滌一次，并將15mL的10% NBF(中性緩沖的福爾馬林)添加到各板。將細胞于4°C固定過夜(> 16小時)。去除固定劑溶液后，將細胞通過用殘留的固定劑溶液刮下來收獲，并以3200Xg離心15min。將細胞沉轉移到橡膠0-環(huán)，用過濾紙包裝和放入處理盒。用自動組織-Tek處理器處理。簡言之，將細胞沉淀暴露于增加濃度的醇，Clear-rite (二甲苯替代品)和石蠟。處理后，使用石蠟包埋站將沉淀包埋成塊。用于細胞沉淀處理的全部溶劑獲自Richard-Allen Scientific。實施例3乳腺組織，固定，處理和石蠟包埋具有不同的Her-2表達水平的冷凍的乳腺組織購自Biooptions。將組織塊(0. 9 1. 9g)于4°C在10% NBF中固定 M小時，及如對細胞系沉淀所述處理和石蠟_包埋。實施例4:顯微切片術將7μπι厚度的切片用切片機(LEICA)切片，并放在帶正電的玻璃載玻片(VWR) 上，并標記系列號。將載玻片風干30min，然后在設于60°C的加熱爐中烘烤1小時。全部樣品載玻片保存于4°C用于將來測定。實施例5免疫組織化學和H&E染色在Ventana Discovery XT系統(tǒng)上根據生產商的使用說明進行對于Her_2的免疫組織化學。針對Her-2的第一抗體(CB 11)和其他試劑購自Ventana。根據標準流程進行 FFPE乳腺組織的H&E染色。實施例6在福爾馬林固定的，石蠟包埋的細胞系和乳腺組織中的 Her-2 VERATAG 測定將FFPE樣品使用一系列溶劑脫蠟/再水化。簡言之，將載玻片依次浸入二甲苯 (2X，5min)，100% 乙醇(2 X，5min)，70 % 乙醇(2X，5min)和去離子水(2X，5min)。在含 250mL的IX檸檬酸鹽緩沖液(pH6. 0) (Lab Vision)的皿中使用微波爐(Spacemaker II， GE)功率10持續(xù);3min于然后是于功率3持續(xù)IOmin來進行再水化樣品的熱-誘導的表位收回。于室溫冷卻20min后，將載玻片用去離子水潤洗一次。在載玻片上使用疏水筆 (Zymed)畫疏水圈，以在載玻片上保留試劑。然后將樣品用1 XPBS中含1 %小鼠血清，1. 5% BSA和蛋白酶和磷酸酶抑制劑(Roche)的混合劑的封閉緩沖液封閉lhr。用抽吸去除封閉緩沖液后，添加在封閉緩沖液中制備的VERATAG -及綴合生物素的抗體(二者均 4yg/mL的濃度)的混合物，將結合反應在濕潤的室內于4°C伴著搖動溫育過夜。吸入抗體混合劑，并將樣品用在1 XPBS中含0. 25% TritonX-100的洗滌緩沖液洗滌，并添加1 XPBS 中2. 5μ g/mL濃度的綴合鏈霉親和素的亞甲藍?？贵w和鏈霉親和素-光敏化劑綴合物的濃度全部基于信號特異性和測定讀出值動態(tài)范圍使用細胞系和乳腺組織樣品優(yōu)化。于室溫溫育1小時后，吸去鏈霉親和素亞甲藍試劑，并將樣品以洗滌緩沖液洗滌一次，然后是改成去離子水洗滌3次。將在0. 01XPBS中含3pM熒光素和2CE內部標記物(MF和ML)的照射緩沖液添加到樣品切片。結合的VERATAG 于 4°c通過光活化的切割使用配備電子冰塊的室內LED陣列照明燈(Torrey Pine Scientific)釋放。從以上載玻片上的組織切片收集含釋放的VERATAG 報告子的CE樣品，并將CE樣品中的釋放的VERATAG 報告子分離，并用ABI3100CE儀器(22cm毛細管陣列)(Applied Biosystems)在下6kV的 CE注射條件下且于30°C檢測50s。實施例7:數(shù)據分析VERAT AG 的鑒定和定量使用VERAT AG hformer軟件(見，例如，美國公開號2007/0203408-A1，將其通過引用并入本文中，包括任何附圖)進行。為分析原始CE電泳圖譜中的VERATAG 信號，2CE內部標記物，MF(第1標記物)和ML(最后標記物)，用于根據它們的相對于2種標記物的電泳遷移率或遷移時間，t鑒定 VERATAG 峰，即[t(VERATAG )-t(MF)]/[t(ML)-t(MF)]。鑒定的 VERATAG 峰然后通過對于各VERATAG 的峰面積計算定量。為校正從組織切片VERATAG 恢復中的變異性，及整個毛細管陣列的CE注射效率和/或檢測靈敏度中的運行變異性，使熒光素(3pM)包括于照射和VERATAG 恢復緩沖液， 及在各樣品運行中作為內部參比對照共電泳。然后將各VERATAG 峰的面積通過 VERATAG 峰(VERATAG 峰面積)到內部熒光素峰(熒光素峰面積ΛρΜ)的面積標準化而報道為RFU或RPA，且具有濃度單位(PM)。通過VERATAG 測定檢測的靶蛋白的最終定量術語可為任一對于類似樣品的RPA(pM)或對于可變異的腫瘤樣品的RPA 女IB vol/TA(=相對峰面積乘以裝載到樣品切片的照射緩沖液體積(IB)；除以以mm2的腫瘤面積(RPA * IB vol/TA = pmole/L * L/mm2 = pmole/mm2))。實施例8樣品切片尺寸的測量(titration)和腫瘤面積的估計為評估VERATAG 測定定量相同的樣品樣本中靶蛋白的能力，將載玻片上的以7μπι切割的細胞系樣品的切片尺寸使用剃刀刀片連續(xù)測量，并對于組織材料的各測量，在一個載玻片上捕獲乳腺組織的不同的數(shù)的切片機-切割的切片。VERATAG 測定后，將細胞系載玻片風干并光掃描。對掃描的圖像使用ImageJ軟件測試和計算以mm2的樣品切片面積。對于乳腺組織樣品，將VERATAG 測定后載玻片經H&E染色并用封固介質封固(Richard-Allan kientific)。組織樣品的腫瘤含量由經認證的病理學家使用筆標記確定，并用ImageJ軟件以關于細胞系樣品的相同的方式測試和計算以mm2的腫瘤含量面積。實施例9對于FFPE細胞的veratag 測定的顯色FFPE VERATAG 測定的模式圖顯示于圖1。在測定開始之前，從人乳腺癌細胞系或腫瘤組織產生FFPE切片機切片，并如以上所述烘烤到玻璃載玻片上。將FFPE細胞系或腫瘤組織切片通過標準二甲苯/乙醇/水流程脫蠟及再水化，然后經歷熱-誘導的抗原收回，然后是VERATAG 測定。通過添加綴合VERATAG 的和綴合生物素的抗體對來起始VERATAG 測定，然后是洗滌，并與綴合鏈霉親和素的光-敏化劑(即SA-亞甲藍，或SA-MB)溫育。使細胞系和腫瘤切片暴露于在670nm處的光照射，期間結合到生物素抗體的光-敏化劑將溶解的氧轉變?yōu)楦哂蟹磻?，單態(tài)氧(O2)在緩沖溶液中。此經吸收，體系間交叉和A產生發(fā)生。O2分子是短-壽命的(在水中 4 μ s)，并由此具有有限的平均擴散距離，例如， 產生的50%的A將擴散 80nm，且將在促滅之前< 0. 擴散250nm (Latch，科學，2006)。 隨后，擴散A與VERATAG 報告分子和抗體之間的共價接頭反應，導致硫_醚鍵的基于接近的切割和結合到組織細胞的VERATAG .報告分子的釋放(見例如圖2A和 2B)。施加到常規(guī)毛細管電泳(CE)儀，將釋放的VERATAG 報告子根據其遷移性質分離，并檢測為電泳圖譜中的熒光峰，其可使用VERATAG hformer軟件作為峰面積鑒定和定量。因此，VERATAG 熒光報告分子峰面積與存在于細胞的靶抗原量成正比。 VERATAG 峰面積以RFU開始計算。為校正對于從組織切片的可變異的恢復和注射到 CE的VERATAG 信號，峰面積(RPA)相對于已知的濃度的內部標準熒光素的峰面積計
笪弁。30/33 頁為鑒定可適于VERATAG 測定顯色的ι個接近對Her-2抗體，將5種抗體與任一 VERATAG 熒光報告子基團或生物素綴合，及對FFPE-制備的人乳腺腫瘤細胞系以每lyg/mL測試10個接近對。通過它們平行相對Her-2蛋白表達水平的能力評估各抗體對的表現(xiàn)，所述相對Her-2蛋白表達水平通過FACS分析和其他獨立性方法在 SK-BR-3 (6 X IO5/ 細胞)，MDA-MB-453 (1. 5 X IO5/ 細胞)；BT-20 (6 X IO4/ 細胞)； MCF-7 O X IO4/細胞)，及MDA-MB-468細胞(陰性對照；< IO4/細胞)中測定。Her-2抗體對 Ab 15和AbS產生最大動態(tài)信號范圍，與通過其他方法定量的相對Her-2表達水平一致。對于4種良好表征的FFPE乳腺癌細胞系產生的VERATAG 信號的代表性的電泳圖譜顯示于圖3，隨著利用DAB顯色的平行Her-2IHC顯微照片。從Her-2 VERATAG 測定產生的VERATAG 的峰面積與IHC信號強度平行，并與接受的Her-2表達水平的IHC測試類別一致(即 Here印iTest :SK_BR-3 = 3+ ；MDA-MB-453 = 2+ ；MCF-7 = 0-1+ ；MDA-MB-468 =0)。實施例10VERATAG 抗體和測定最優(yōu)化已鑒定了可以接近形式適于VERATAG 測定顯影的抗體對，在非-近端，直接VERATAG 釋放條件下，以及κ1/2及飽和濃度在近端條件下，對個體抗體測定相對親和性和特異性。抗體滴定用綴合VERATAG 的Ab8-Proll或Abl5-Proll在陽性 (SKBR-3)和陰性(MDA-MB-468)Her-2-表達FFPE細胞系上利用對于VERATAG 釋放飽和濃度OOOuM)的O2敏化劑亞甲藍進行。此I^0 Ii VERATAG 從增加濃度的結合抗體的非-近端釋放反映抗體的相對親和性。擬合AbS-Proll的結果的多-參數(shù)曲線與 Kd = 6 8 μ g/mL(40 50nM)的單個結合位點最一致，并類似于具有2 3 μ g/mL(12 18nM)的Kd的Ab 15-Pro 11的單個位點結合。可從陰性對照MDA-MB-468估計Ab8_Pro 11 的非-特異性結合為總SK-BR-3信號的百分率的<4%，然Ab 15-Proll的非-特異性結合估計為 10%。總Her-2的接近測定的最佳Ab8_Prol 1和Ab 15-生物素濃度通過對FFPE乳腺癌細胞系和人乳腺腫瘤樣品的抗體滴定測定。兩種抗體的濃度在從0. 25 μ g/mL到8 μ g/mL滴定期間保持相等。對兩種抗體觀察等于約2 μ g/mL的最大VERATAG 信號的K112，及飽和濃度達到3 4μ g/mL。在此和其他類似滴定研究中，100 200的最佳信號對背景比是對于Ab8-Proll和Abl5-生物素是2 4 μ g/mL。額外的最優(yōu)化實驗確定，2. 5 μ g/mL的 O2-致敏試劑SA-MB的濃度在多數(shù)條件下飽和，且最佳照射時間是2小時。給定這些結果， 對Ab8-Pro 11和Ab 15-生物素選擇4 μ g/mL (26nM)的濃度，及對SA-MB選擇2. 5 μ g/mL的濃度，用于進一步測定最優(yōu)化和表現(xiàn)表征。以4 μ g/mL抗體濃度比較3種Her-2 VERATAG 測定形式，以鑒定導致最佳測定表現(xiàn)的條件。這些是2種接近形式，由Abl5-生物素加AbS-Proll和AbS-生物素加 Ab 15-Pro 11構成，及在飽和亞甲藍存在下VERATAG 從Ab8-Pro 11的非-接近直接釋放。盡管亞甲藍直接釋放形式提供最高總體信號，兩種接近測定方法導致更低背景，更高信號與背景比和動態(tài)范圍，及最接近地追蹤通過獨立性方法測定的期望的受體數(shù)/細胞。 使用Abl5-生物素和AbS-Pro 11的接近形式導致最佳信號與背景比，并選定為用于進一步研究的最終測定形式。使用以上描述的方法進一步分析Her-2和/或Her-2同源二聚體的量是中等的生物學樣品的Her-3表達。由此，通過Her-3水平表達者是高或低將中等Her-2表達者進一步分劃或分類。實施例11患有轉移性乳腺癌的患者中Her-2和Her_3分類的應用VERATAG 測定在患有MBC的患者同群中進行。此同群(N = 103)源于國際血清Her2/neu研究組(ISHSG)，并稱為Lipton同群。對在中心位置(奧地利維也納大學) 的患者由單個病理學家進行IHC，其中患者是IHC 3+或2+/FISH陽性。自103患者中，99 個具有中心FISH測量，98個具有H2T測量，及79個具有H3T測量。在由此選定的79個患者中，排除具有H2T彡1. 14的FISH陰性的3個。由此，最終測試76個患者的測試組。如下測試5個組
權利要求
1.將來自受試者的生物學樣品中Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量的相對水平與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)的方法，所述方法包括(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量；以及(b)將Her-2或Her-2同源二聚體的量與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)。
2.權利要求1的方法，其中癌是轉移性或初始早期階段(即輔佐性)乳腺癌中的至少一種。
3.權利要求1的方法，其中如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或大于第1閾值水平，受試者的預后是可能響應Her-2作用劑。
4.權利要求1的方法，其中如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平，受試者的預后是不可能響應Her-2作用劑。
5.權利要求1的方法，其中預定測量通過將多個受試者樣品分成至少3個亞組來創(chuàng)建，其中第1亞組包括以低水平具有Her-2或Her-2同源二聚體的樣品，其中低水平包括具有等于或小于第1閾值水平的量的Her-2或Her_2同源二聚體中的至少一種，且具有第1閾值以上的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品包括具有高水平的Her-2或Her_2同源二聚體的樣品，以及其中然后將具有高水平的Her-2或Her-2同源二聚體的樣品分成2個亞組，非常高亞組包括具有等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平的量的Her-2或 Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品，且中等高亞組包括具有大于或等于第1閾值水平和小于或等于第2閾值水平的量的 Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品。
6.權利要求1的方法，其中Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。
7.權利要求5的方法，其中中等高Her-2亞組進一步亞分為表達至少一種其他生物標記的亞組。
8.權利要求7的方法，其中至少一種其他生物標記包括下列之至少一種F0XM1， PRAME, Bcl2, STK15, CEGPl，Ki-67, GSTMl，CA9, PR, BBC3, NMEl, SURV, GATA3, TFRC, YB-I， DPYD, GSTM3, RPS6KB1, Src, Chkl，IDl，EstRl, p27, CCNBl，XIAP, Chk2, CDC25B, IGF1R, AK055699, P13KC2A, TGFB3, BAGI1， CYP3A4, EpCAM, VEGFC, pS2, hENTl, WISPl， HNF3A, NFKBp65, BRCA2, EGFR, TKl，VDR, Contig51037, pENTl, EPHXl，IF1A, CDHl，HIFl α，IGFBP3 ； CTSB, Her3, DIABLO, VEGF, CD31, KDR 或 p95。
9.權利要求7的方法，其中預定測量通過基于至少一種其他生物標記的水平將Her-2 介質和/或Her-2高樣品分為至少2個亞組來產生。
10.權利要求9的方法，其中還基于Her-3表達細分中等高亞組，其中高水平包括具有第1閾值水平以上的Her-3，低水平包括具有第2閾值水平以下的Her-3，且其中具有中等高水平的Her-2和/或Her_2 二聚體中的至少一種和低水平的Her_3的受試者可能響應Her-2作用劑，和/或其中具有中等高水平的Her-2和/或Her_2 二聚體中的至少一種和高水平的Her_3的受試者不可能或欠可能響應Her-2作用劑。
11.權利要求10的方法，其中Her-3表達包括Her-3，Her-3同源二聚體或Her-3/Her-2 異源二聚體。
12.權利要求11的方法，其中Her-3同源二聚體和/或Her-2/Her-3異源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。
13.用于預測患癌且用Her-2作用劑治療的受試者是否可能具有顯著的事件的方法， 所述方法包括以下步驟(a)檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量；以及(b)將Her-2或Her-2同源二聚體的量與受試者會具有顯著的事件的可能性關聯(lián)。
14.權利要求13的方法，其中癌是轉移性或初始早期階段(即輔佐性)乳腺癌中的至少一種。
15.權利要求13的方法，其中顯著的事件是診斷與癌之間減少的時間和下列之至少一種初始診斷，癌從一個階段到更高階段的進展，到轉移性疾病的進展，復發(fā)，手術或死亡。
16.權利要求13的方法，還包括預測期間可發(fā)生顯著的事件的時間進程。
17.權利要求13的方法，其中如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或小于第1閾值水平，顯著的事件是受試者欠可能響應Her-2作用劑。
18.權利要求13的方法，其中如果Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平，受試者的預后是不可能響應Her-2作用劑。
19.權利要求13的方法，其中預定測量通過將多個受試者樣品分成至少3個亞組來創(chuàng)建， 其中第1亞組包括以低水平具有Her-2或Her-2同源二聚體的樣品，其中低水平包括具有等于或小于第1閾值水平的量的Her-2或Her_2同源二聚體中的至少一種，且具有等于或大于第1閾值的量的Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品包括具有高水平的Her-2或Her-2同源二聚體的樣品，以及其中然后將具有高水平的Her-2或Her-2同源二聚體的樣品分成2個亞組， 非常高亞組包括具有等于或大于高于第1閾值水平的第2閾值水平的量的Her-2或 Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品，且中等高亞組包括具有大于或等于第1閾值水平和小于或等于第2閾值水平的量的 Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的樣品。
20.權利要求13的方法，其中Her-2同源二聚體的量使用能測量和/或定量樣品中蛋白-蛋白相互作用的量的測定來測量。
21.權利要求13的方法，其中中等亞組進一步亞分為表達至少一種其他生物標記的亞組。
22.權利要求21的方法，其中至少一種其他生物標記包括F0XMl，PRAME，Bcl2，STK15，CEGPl，Ki-67, GSTMl，CA9, PR, BBC3, NMEl, SURV, GATA3, TFRC, YB-1，DPYD，GSTM3, RPS6KB1, Src, Chkl，IDl，EstRl，p27, CCNBl，XIAP, Chk2, CDC25B, IGF1R, AK055699, P13KC2A, TGFB3, BAGI1，CYP3A4, EpCAM, VEGFC, pS2, hENTl, WISPl，HNF3A, NFKBp65, BRCA2, EGFR, TKl，VDR, Contig51037, pENTl, EPHXl，IF1A, CDHl，HIFl α，IGFBP3 ；CTSB, Her3, DIABLO, VEGF, CD31, KDR 或 p95。
23.權利要求21的方法，其中預定測量通過基于至少一種其他生物標記的水平，將 Her-2中等高樣品分為可能具有用于具有顯著的事件的不同的時間進程的至少2個亞組來產生。
24.用于將來自受試者的生物學樣品中Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量的相對水平與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)的試劑盒，所述試劑盒包括(a)用于檢測來自受試者的癌的生物學樣品中Her-2或Her-2同源二聚體中的至少一種的量的試劑；以及(b)對于將Her-2或Her-2同源二聚體的量與對于受試者會響應用Her-2作用劑治療的可能性的預后關聯(lián)的使用說明。
全文摘要
提供用于確定或評定患者對治療(尤其是，對癌治療)的應答的方法。所述方法包括分析樣品中HER2種標記物單獨或與其他生物標記(例如HER3標記物)組合的存在或缺乏。在某些實施例中，可能的進展用時間可通過首先確定HER2陽性患者，然后通過使用第2生物標記(例如HER3標記物)的存在或缺乏進一步分劃來測定。此外，數(shù)據可用于追蹤患者對治療方案的應答，評定使用特定方案治療患者的期望的成功，確定治療方案的效應或用于分類患者以便創(chuàng)建用于臨床試驗的同質的組。
文檔編號G01N33/569GK102439452SQ201080009544
公開日2012年5月2日 申請日期2010年1月15日 優(yōu)先權日2009年1月15日
發(fā)明者A·慕克吉, G·帕里, G·迪德里希, J·W·庫克, J·斯珀林德, L·古德曼, M·貝茨, S·J·威廉斯 申請人:美國控股實驗室公司