專(zhuān)利名稱(chēng)：：卵巢癌的生物標(biāo)記ctap3-相關(guān)蛋白質(zhì)的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明提供一種對(duì)于偵測(cè)卵巢癌來(lái)說(shuō)重要的生物標(biāo)記。識(shí)別該標(biāo)記是通過(guò)使用SELDI分析法區(qū)別卵巢癌患者與健康個(gè)體的血清蛋白圖譜。本發(fā)明使該生物標(biāo)記相關(guān)于系統(tǒng)及方法，其中該生物標(biāo)記應(yīng)用于鑒定卵巢癌狀態(tài)。本發(fā)明亦識(shí)別一種為已知的CTAP3蛋白質(zhì)的生物標(biāo)記。先前技術(shù)在發(fā)達(dá)國(guó)家中卵巢癌是最致命的婦產(chǎn)科惡性腫瘤的一種。每年僅僅在美國(guó)約有23，OOO位婦女被診斷為患有該疾病，并且有接近14，000位婦女因此死亡。(Jamal，A.，ets丄，CACancerJ.67^,iWZSV5么JJ-^)。盡管癌癥治療有進(jìn)展，但在過(guò)去二十年卵巢癌的死亡率本質(zhì)上持續(xù)不變(同上)。對(duì)于產(chǎn)生對(duì)應(yīng)于疾病確診后所處階段的陡峭的存活坡度來(lái)說(shuō)，疾病的早期偵測(cè)仍為提高卵巢癌病患病患長(zhǎng)期存活的最重要因素。于晚期所診斷出的卵巢癌的低微治愈性，伴隨確診過(guò)程的花費(fèi)與風(fēng)險(xiǎn)，及其在一般人群中相對(duì)低的流行程度共同造成于一般人群卵巢癌篩選測(cè)試的敏感度與特異性的極度迫切需求。對(duì)適合于癌癥的早期偵測(cè)與診斷的腫瘤標(biāo)記的識(shí)別具有提高病患臨床結(jié)果的巨大前景。于癥狀表現(xiàn)不清或無(wú)癥狀，或存在物理檢查相對(duì)無(wú)法達(dá)到的腫瘤的病患，則尤為重要。盡管在早期偵測(cè)上已付出相當(dāng)多努力，但仍未發(fā)展出有效的篩選測(cè)試(PaleyPJ.，Curr0pin0ncol:2001;13(5):399-402)，并且婦女一般在診斷時(shí)表現(xiàn)出擴(kuò)散性疾病。(0zolsRF,et<3丄，Epithelialovariancancer.In:HoskinsWJ，PerezCA，YoungRC，editors.PrinciplesandPracticeofGynecologicOncology.3rded.Philadelphia:Lippincott，WilliamsandWilkins;2000.p.981—1057)。最具特征性的腫瘤標(biāo)記，CA125，于大至30-40%第I階段的卵巢癌呈陰性，且其水平于多種良性疾病中提高。(MeyerT，etal.，BrJCancer,2000;82(9):1535-8;B翻ahP.，JSurgOncol,2000;75(4):264-5;T匿nMK，etal.，CancerTreatRev,1995;21(3):215-45)。其作為對(duì)以人群為基礎(chǔ)的卵巢癌早期偵測(cè)與診斷的篩選工具的應(yīng)用被其低敏感度和特異性所牽制(MacDonldND，etal.，EurJObstetGynecolR印rodBiol，1999;82(2):155-7;JacobsI，etal.，HumR印rod，1989;4(1)1—12;ShihI—M，etal.，Tumormarkers)。盡管盆骨與最近的陰道超聲波檢查法已用于篩選高風(fēng)險(xiǎn)病患，但沒(méi)有一種技術(shù)具有足夠適用于一般人群的敏感度和特異性(MacDonldND，etal.，如前)。最近使用CA125與額外腫瘤標(biāo)記組合的成果(WoolasRPXF，etal.，JNatlCancerInst，1993;85(21):1748-51;WoolasRP，etal.，GynecolOncol，1995;59(1):111-6;ZhangZetal.，GynecolOncol，1999;73():56-61;ZhangZ，etal.，UseofMultipeMarkerstoDetectStageIEpithelialovariancancers:NeuralNetworkAnalysisImprovesPerformance.AmericanSocietyofClinicalOncology2001;AnnualMeeting,Abstract)于癌癥模型的縱向風(fēng)險(xiǎn)(SkateSJ，etal.，Cancer,1995;76(10Suppl):2004-10)，以及與超聲作為第二線測(cè)i式(JacobsIDA,etal.,BrMedJ，1993:306(6884):1030-34;MenonUTA，etal.，BritishJournalofObstericasandGynecology,2000;107(2);165-69)已顯示提高總體試驗(yàn)特異性的有希望結(jié)果，其對(duì)如卵巢癌這種具有相對(duì)低的流行性的疾病來(lái)說(shuō)很關(guān)鍵。由于對(duì)后期卵巢癌預(yù)后的不樂(lè)觀，一般一致認(rèn)為一位醫(yī)生會(huì)接受一項(xiàng)最小陽(yáng)性預(yù)告值為10%的測(cè)試。(Bast，R.C.et.al.，CancerTreatmentandResearch,2002;107:61-97)。將其擴(kuò)展至一般群體，則一個(gè)一般性篩選測(cè)試將需要大于70%的敏感度與99.6%的特異性。目前，沒(méi)有任何一種現(xiàn)存的血清學(xué)標(biāo)記，如CA125、CA72-4、或M-CSF單獨(dú)實(shí)現(xiàn)這樣的成果。(Bast,R.C,，etal.，IntJBiolMarkers,1998;13:179-87)。因此，目前的關(guān)鍵需求為一種新血清學(xué)標(biāo)記，其單獨(dú)或與其它標(biāo)記或診斷形式的組合實(shí)現(xiàn)早期偵測(cè)卵巢癌所需敏感度與特異性。(BastRC，eteil.，Earlydetectionofovaviancancer:promiseandreality.Ovariancancer:ISISMedicalMediaLtd.,Oxford,UK;2001.inpress)。在缺少可接受的篩選測(cè)試的情況下，早期偵測(cè)仍為提高卵巢癌病患長(zhǎng)期存活的最關(guān)鍵因素。因此，有必要得到一種確定病患卵巢癌狀態(tài)的可靠與精確的方法，其結(jié)果可隨后用于處理受試對(duì)象的治療。
發(fā)明內(nèi)容據(jù)發(fā)現(xiàn)CTAP3于卵巢癌病患血清中為上調(diào)。由此，作為生物標(biāo)記而言，CTAP3的水平有助于確定一個(gè)受試對(duì)象的卵巢癌。同樣地，作為生物標(biāo)記而言，CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)有助于確定一個(gè)受試對(duì)象的卵巢癌。本發(fā)明提供一種通過(guò)測(cè)量一種或多種特異的生物標(biāo)記來(lái)確定卵巢癌狀態(tài)的敏感且快速的方法及套組，特異的生物標(biāo)記例如CTAP-3相關(guān)分子，如CTAP3。病患樣本中該生物標(biāo)記的測(cè)定提供信息以供診斷醫(yī)生將其與一個(gè)人類(lèi)癌癥的可信診斷或陰性診斷(例如，正常或非疾病)關(guān)聯(lián)化。該標(biāo)記以它的分子量與已知的蛋白質(zhì)身分為特征?？赏ㄟ^(guò)使用多種分級(jí)技術(shù)從同一樣本的其它蛋白質(zhì)中分辨出該標(biāo)記，例如層析分離與質(zhì)譜法的耦合、利用固定抗體的蛋白質(zhì)捕捉或是通過(guò)傳統(tǒng)免疫檢測(cè)法。在優(yōu)選具體例中，分辨方法包括表面增強(qiáng)激光解析/電離(「SELDI」)質(zhì)譜法，其中質(zhì)譜法探針的表面包括可結(jié)合該標(biāo)記的吸收劑。本發(fā)明提供一種鑒定受試對(duì)象卵巢癌狀態(tài)的方法，其包括測(cè)定至少一種包含來(lái)自該受試對(duì)象的生物樣本中的CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)的生物標(biāo)記，例如CTAP3;及(b)將該測(cè)定結(jié)果與卵巢癌狀汰關(guān)聯(lián)化。在某些方法中，該測(cè)量步驟包括偵測(cè)該樣本中該生物標(biāo)記的存在與否。在其它方法中，該測(cè)量步驟包括計(jì)量該樣本中該標(biāo)記的含量。在另一些方法中，該測(cè)定歩驟包括鑒定樣本中生物標(biāo)記的類(lèi)型。本發(fā)明亦有關(guān)于多個(gè)方法，其中測(cè)定步驟包括提供一個(gè)受試對(duì)象的血液樣本或者是一個(gè)血液衍生物；通過(guò)陰離子交換樹(shù)脂將樣本中蛋白質(zhì)分級(jí)(fractionating)，并從包括與該蛋白質(zhì)生物標(biāo)記結(jié)合的捕捉劑的基質(zhì)表面的該些分級(jí)收集含有CTAP3相關(guān)肽的分級(jí)，該CTAP3相關(guān)肽如CTAP3。血液衍生物為，例如，血清或血漿。在優(yōu)選具體例中，基質(zhì)為包括頂AC銅表面的SELDI探針，其中蛋白質(zhì)生物標(biāo)記由SELDI偵測(cè)。在其它具體例中，基質(zhì)為SELDI探針，其包括與例如CTAP3結(jié)合的生物特異性親和劑，其中蛋白質(zhì)生物標(biāo)記由SELDI偵測(cè)。在其它具體例中，基質(zhì)為微滴定盤(pán)，其包括與CTAP3結(jié)合的生物特異性親和劑，且該蛋白質(zhì)生物標(biāo)記由免疫檢測(cè)法偵測(cè)。在某些具體例中，該方法進(jìn)一步包括基于通過(guò)該方法所確定的狀態(tài)而處理受試對(duì)象的治療。例如，若本發(fā)明方法的結(jié)果為不確定或有必要進(jìn)行狀態(tài)再確認(rèn)時(shí)，醫(yī)生可安排更多測(cè)試。另外，若該狀態(tài)表明手術(shù)為合適，醫(yī)生可為病患手術(shù)排期。此外，若結(jié)果顯示治療成功，則不必要進(jìn)一歩處理。本發(fā)明亦提供于受試對(duì)象處理后，也就是治療后，再次測(cè)定CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記的這類(lèi)方法。于這些實(shí)例中，接著依據(jù)得到的結(jié)果重復(fù)及/或改變處理受試對(duì)象的治療的步驟。在進(jìn)一步具體例中，將該測(cè)量關(guān)聯(lián)疾病進(jìn)程。術(shù)語(yǔ)「卵巢癌狀態(tài)」是指病患疾病的狀態(tài)。卵巢癌狀態(tài)的類(lèi)型的實(shí)例包含，但不局限于，受試對(duì)象患癌的風(fēng)險(xiǎn)，疾病的存在或或不存在，病患疾病的階段及疾病治療的效果。其它狀態(tài)與每一狀態(tài)的程度在本領(lǐng)域?yàn)橐阎?。在某些?yōu)選具體例中，鑒定卵巢癌狀態(tài)的方法進(jìn)一步包括測(cè)定及關(guān)聯(lián)卵巢癌狀態(tài)與至少一個(gè)選自下列所組成的組群CA125、轉(zhuǎn)鐵蛋白、結(jié)合珠蛋白、ApoAl、轉(zhuǎn)甲狀腺素蛋白、IT工H4內(nèi)部片段、beta2-微球蛋白、海帕西啶(h印cidin)、波斯塔停(prostatin)、骨橋素、嗜酸性粒細(xì)胞(esoin叩hil)衍生神經(jīng)毒素、瘦素、催乳素、IGF-II、血紅蛋白及其修飾形式。在其它優(yōu)選具體例中，鑒定卵巢癌狀的方法進(jìn)一步包括測(cè)定及關(guān)聯(lián)卵巢癌狀態(tài)與至少一個(gè)選自下列所組成的組群CA125II、CA15-3、CA19-9、CA72-4、CA195、腫瘤相關(guān)胰蛋白騰抑制劑(TATI)、CEA、胎盤(pán)堿性磷酸酶(PLAP)、唾液酸(Sialyl)TN、半乳糖轉(zhuǎn)移酶、巨噬細(xì)胞集落激激因子(M-CSF，CSF-1)、溶血磷脂酸(LPA)、表皮生長(zhǎng)因子受體胞外段的110KD成分(pllOEGFR)、組織激肽釋放酶原，如激肽釋放酶6和激肽釋放酶IO(NES-I)、絲氨酸蛋白水解酶(prostasin)、HE4、肌酸激酶B(CKB)、LASA、HER-2/,、尿促性腺激素肽、DianonNB70/K、組織肽抗體(TPA)、SMRP、骨橋素和結(jié)合珠蛋白、瘦素、催乳素、類(lèi)胰島素生長(zhǎng)因子I以及類(lèi)胰島素生長(zhǎng)因子II。在一具體例中，本發(fā)明提供的方法，其包括與測(cè)定來(lái)自受試對(duì)象的生物樣本CA125或CA125II結(jié)合同時(shí)測(cè)定CTAP3標(biāo)記，并將該成套的測(cè)量與卵巢癌狀態(tài)關(guān)聯(lián)化。我們發(fā)現(xiàn)相比于任一種標(biāo)記的單獨(dú)測(cè)定，CTAP3結(jié)合或組合CA125的測(cè)定可提供增強(qiáng)的結(jié)果(例如增強(qiáng)區(qū)別或者在另一具體例中，本發(fā)明提供的方法，其包括測(cè)定來(lái)自受試對(duì)象的生物樣本的CTAP3標(biāo)記，以及將該測(cè)定與卵巢癌狀態(tài)關(guān)聯(lián)化，其中該狀態(tài)為界限(borderline)卵巢癌相對(duì)于侵入式卵巢癌。我們發(fā)現(xiàn)CTAP3能在界限卵巢癌與侵入式卵巢癌間作出區(qū)別。本發(fā)明的CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記以一個(gè)或多個(gè)態(tài)樣為特征。尤其是，在一種態(tài)樣中，該生物標(biāo)記特征為于本文所明確指示的條件下的分子量，特別是指由質(zhì)譜分析得到的。在其它態(tài)樣中，該生物標(biāo)記的特征可為其光譜識(shí)別標(biāo)志的特點(diǎn)，例如該生物標(biāo)記的譜峰尺寸(包括區(qū)域)與/或形狀，該特點(diǎn)包括相鄰峰的臨近度，尺寸，形狀等。又在另外的態(tài)樣中，該標(biāo)記的特征為親和性結(jié)合特性，尤其是于特定情況下結(jié)合至IMAC銅吸附劑的能力，然而，其它金屬，如鎳，亦可使用。在優(yōu)選具體例中，本發(fā)明的標(biāo)記可以這些態(tài)樣的每一個(gè)為特征，也就是分子量、質(zhì)譜識(shí)別標(biāo)志及頂AC-Cu吸收劑結(jié)合。就本文所述標(biāo)記的質(zhì)量值來(lái)說(shuō)，考慮波譜儀的質(zhì)量精確度為所揭示的分子量值的約+/-.15百分比之內(nèi)。另夕卜，對(duì)這些己認(rèn)知精確度變化的儀器，所確定的質(zhì)譜可于約400至1000m/dm的分辨率限區(qū)范圍內(nèi)變化，其中m為質(zhì)量，dm為O.5峰高處的質(zhì)譜峰寬度。與質(zhì)譜儀及其操作相關(guān)的這些質(zhì)量精確度與分辨率變化會(huì)反映在提及生物標(biāo)記I質(zhì)量時(shí)使用術(shù)語(yǔ)「約」上。這些質(zhì)量精確度與分辨率變化是預(yù)計(jì)中的，因此有關(guān)于本文所提及的生物標(biāo)記的術(shù)語(yǔ)「約」包括由于受試對(duì)象的性別，基因型與/或種族及特定癌癥或起源或其階段而可能存在的標(biāo)記的變形。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種鑒定受試對(duì)象卵巢癌狀態(tài)的方法，其包括(a)測(cè)定來(lái)自受試對(duì)象的樣本的CTAP3生物標(biāo)記，及(b)將該測(cè)定與卵巢癌狀態(tài)關(guān)聯(lián)化。在某些方法中，該測(cè)定步驟包括偵測(cè)該樣本中該生物標(biāo)記是否存在(存在或是不存在)。在其它方法中，該測(cè)定步驟包括計(jì)量該樣本中該生物標(biāo)記含量。診斷測(cè)試的精確度以接收對(duì)象工作特征曲線(ROC曲線)為特征。R0C是診斷測(cè)試中不同可能性切點(diǎn)的真陽(yáng)性率相對(duì)假陽(yáng)性率的圖示。一條R0C曲線顯示了敏感度與特異性間的關(guān)是。也就是，敏感度的增加將伴隨特異性的減少。曲線沿著左軸且隨后與R0C空間頂部邊緣越接近，測(cè)試越精確。相反地，曲線越靠近R0C圖45度對(duì)角線，測(cè)試越不精確。ROC曲線下區(qū)域?yàn)闇y(cè)試的精確度的度量工具。測(cè)試的精確度取決于該測(cè)試能將待測(cè)群中分成患有及未患有所討論的疾病的程度。曲線下的區(qū)域(是指「AUC」)為1時(shí)表示為理想的測(cè)試，而該區(qū)域?yàn)镺.5則表示為較無(wú)用處的測(cè)試。因此，本發(fā)明的生物標(biāo)記與診斷方法具有大于0.5的AUC，優(yōu)選的測(cè)試具有大于0.6的AUC,最優(yōu)選的測(cè)試具有大于0.7的AUC。測(cè)定生物標(biāo)記的優(yōu)選方法包含使用生物晶片陣列。適用于本發(fā)明的生物晶片陣列包含蛋白質(zhì)與核酸陣列。一種或多種生物標(biāo)記被捕捉于生物晶片陣列上并且通過(guò)激光電離偵測(cè)標(biāo)記的分子量。對(duì)該標(biāo)記的分析是通過(guò)，例如該標(biāo)記的分子量相對(duì)于依照總離子電流標(biāo)準(zhǔn)化的閥值強(qiáng)度。優(yōu)選地，使用對(duì)數(shù)變換來(lái)降低峰強(qiáng)度范圍從而限制偵測(cè)到標(biāo)記的數(shù)量。在本發(fā)明的一種優(yōu)選方法中，將生物標(biāo)識(shí)的測(cè)定與卵巢癌狀況關(guān)聯(lián)化的步驟是通過(guò)軟件分類(lèi)演算實(shí)現(xiàn)。優(yōu)選地，從生物晶片陣列上固定的對(duì)象樣本獲得數(shù)據(jù)，將所述生物晶片陣列通過(guò)激光電離并偵測(cè)質(zhì)量/電荷比率的信號(hào)強(qiáng)度；及將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成計(jì)算機(jī)可讀取形式；然后，根據(jù)用戶(hù)輸入?yún)?shù)執(zhí)行用以分類(lèi)數(shù)據(jù)的演算，作為偵測(cè)表明標(biāo)記存在于卵巢癌病患中卻于無(wú)癌癥的受試對(duì)象內(nèi)不存在的信號(hào)。優(yōu)選的生物晶片表面為例如離子性、陰離子性、由固定的鎳離子組成者、由陰、陽(yáng)離子的混合物所組成者、由一種或多種抗體所組成者、單鏈或者雙鏈核酸、蛋白質(zhì)、肽或其片段、氨基酸探針、或者噬菌體展示庫(kù)(phagedisplaylibraries)所組成。在其它優(yōu)選方法中一種或多種標(biāo)記是使用激光解析/電離質(zhì)譜法而測(cè)量，其包括提供適合用于質(zhì)譜儀的含有吸附劑附著的探針，及使受試對(duì)象樣本與吸附劑接觸，然后，從探針上解析與電離該標(biāo)記，并用質(zhì)譜儀偵測(cè)該去電離/電離的標(biāo)記。優(yōu)選地，激光解析/電離質(zhì)譜法包括提供包括吸附劑附著于其上的基質(zhì)；使受試對(duì)象樣本與吸附劑接觸；將基質(zhì)放置于適合用于質(zhì)譜儀的含有吸附劑附著的探針上，及從探針上解析和電離該標(biāo)記，并用質(zhì)譜儀偵測(cè)該去電離/電離的標(biāo)記。吸附劑例如可為疏水、親水、離子、或者金屬敖合吸附劑，如鎳或者抗體、單或雙鏈寡核苷酸、氨基酸、蛋白質(zhì)、肽或其片段。本發(fā)明的方法可在經(jīng)得起所述方法試驗(yàn)的任何類(lèi)型的病患樣本中進(jìn)行，如血液、血清和血漿。本發(fā)明亦提供了套組，其包括(a)—種結(jié)合CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記的捕捉劑；及(b)包含該生物標(biāo)記的容器。在優(yōu)選具體例中，該捕捉劑結(jié)合該生物標(biāo)記。該捕捉劑可為任何種類(lèi)的反應(yīng)劑，該反應(yīng)劑優(yōu)選為SELDI探針。該捕捉劑亦可結(jié)合本文所揭露的其它已知生物標(biāo)記。在某些優(yōu)選具體例中，套組進(jìn)一步包括了可與第一捕捉劑未結(jié)合的生物標(biāo)記結(jié)合的第二捕捉劑。在本發(fā)明的某些套組中，捕捉劑包括了「固定的金屬敖合物」(immobilizedmetalchelate,IMAC)。在本發(fā)明的某些套組中進(jìn)一步包括清洗溶液，在洗滌后相對(duì)于其它生物標(biāo)記其選擇性地保留結(jié)合到捕捉劑的生物標(biāo)記。本發(fā)明亦提供套組，其包括(a)結(jié)合CTAP3-相關(guān)生物標(biāo)記的第一捕捉劑，及(b)使用該捕捉劑測(cè)定生物標(biāo)記的指導(dǎo)說(shuō)明。在某些這類(lèi)套組中，該捕捉劑包括抗體。另外，某些套組進(jìn)一步包含了該捕捉劑附著于或可附著的MS探針。在一些套組中，該捕捉劑包括IMAC。該套組亦可包含清洗溶液，在洗滌后相對(duì)于其它生物標(biāo)記其選擇性地保留結(jié)合捕捉劑的生物標(biāo)記。優(yōu)選地，該套組包括使用該套組來(lái)確定卵巢癌狀態(tài)的書(shū)面指導(dǎo)說(shuō)明，與提供使該捕捉劑與測(cè)試樣本接觸以及測(cè)定一種或多種由該捕捉劑保留的生物標(biāo)記的指導(dǎo)說(shuō)明。該套組亦提供了一種捕捉劑，其為一抗體、單或雙鏈寡核苷酸、氨基酸、蛋白質(zhì)、肽或者其片段。使用該套組測(cè)量蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，是通過(guò)質(zhì)譜法或者如EL工SA的免疫檢測(cè)法。亦提供用于偵測(cè)卵巢癌與/或用于為進(jìn)一步診斷檢測(cè)試驗(yàn)產(chǎn)生的純化蛋白質(zhì)。純化的蛋白質(zhì)包含，例如，純化CTAP3肽。本發(fā)明亦提供進(jìn)一步包括可偵測(cè)標(biāo)簽的該純化蛋白質(zhì)。在另一具體例中，非侵入性醫(yī)療成像技術(shù)，如陰道超聲、正電子放射斷層成像(PET)或者單光子放射斷層(SPECT)成像于偵測(cè)癌癥，冠心病和腦疾病尤為有效。多普勒超聲、PET和SPECT成像顯示了器官與組織的化學(xué)功能，而其它成像技術(shù)-如X射線、CT和MRI主要顯示了結(jié)構(gòu)。超聲波流、PET和SPECT成像的使用對(duì)于鑒定與監(jiān)控疾病發(fā)展，例如卵巢癌，日益有用，。于本文所述的CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記，或其片段可用于前文所述PET與SPECT成像應(yīng)用。以合適的跟蹤剩余物修飾PET或者SPECT應(yīng)用后，與腫瘤蛋白質(zhì)反應(yīng)的CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記可用于成像卵巢癌病患體內(nèi)生物標(biāo)記的沉積。本發(fā)明的其它態(tài)樣將于下文中描述。實(shí)施方式1.引言生物標(biāo)記是一種有機(jī)分子，與另一種表現(xiàn)形狀態(tài)(例如非疾病)相比，其差異性地存在于取自一種表現(xiàn)形狀態(tài)(例如患有該疾病)的一個(gè)受試對(duì)象的樣本。當(dāng)于不同組群中一種生物標(biāo)記的平均或中值表達(dá)水平的計(jì)算具有統(tǒng)計(jì)上顯著意義時(shí)，該生物標(biāo)記是差異性地存在于不同的表現(xiàn)形狀態(tài)間。于其他測(cè)試中，計(jì)算統(tǒng)計(jì)上顯著意義的通常測(cè)試包括T檢定(t-test)、AN0VA、Kruskal-Wallis、Wilcoxon、Mann-Whitney及比數(shù)比。單獨(dú)或組合的生物標(biāo)記提供了對(duì)受試對(duì)象屬于一種或其它表現(xiàn)型狀態(tài)的相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)的測(cè)定。因此，生物標(biāo)志對(duì)于疾病(診斷)、藥物的治療效果(治療診斷學(xué))及藥物毒性為有用的標(biāo)志。2.卵巢癌的生物標(biāo)記2.1生物標(biāo)記本發(fā)明提供以多肽為基礎(chǔ)的生物標(biāo)記，亦即CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)(也稱(chēng)作「CATP-III相關(guān)蛋白質(zhì)」)，其差異性地存在于患卵巢癌的受試對(duì)象中，尤其是卵巢癌相對(duì)于正常態(tài)(非卵巢癌)。生物標(biāo)記以通過(guò)質(zhì)譜法測(cè)得的質(zhì)荷比、以飛行時(shí)間質(zhì)譜法的質(zhì)譜峰形、及它們于吸附劑表面的結(jié)合特性為特征。這些特征提供一種確定一種特定偵測(cè)到的生物分子是否為本發(fā)明的生物標(biāo)記的方法。這些特征顯示了該生物分子的固有特性但并非作為區(qū)分該生物分子的局限。在一個(gè)態(tài)樣中，本發(fā)明提供該生物標(biāo)記的分離形式。該生物標(biāo)記通過(guò)使用來(lái)自CiphergenBiosystems，Inc.(FremontCA)("Ciphergen")的蛋白質(zhì)晶片(ProteinChip)陣列以SELID技術(shù)而發(fā)現(xiàn)。收集被診斷為卵巢癌及正常的受試對(duì)象的血清樣本。通過(guò)陰離子交換層析法將該樣本分級(jí)。將分級(jí)后的樣本涂于SELDI生物晶片上，且樣本中多肽的光譜經(jīng)CiphergenPCS4000質(zhì)譜儀以飛行時(shí)間質(zhì)譜法產(chǎn)生。將得到白勺光譜以CiphergenExpress""DataManagerSoftware禾口BiomarkerWizard及CiphergenBiosystems公司的BiomarkerPatternSoftware分析。每個(gè)組的質(zhì)譜通過(guò)散布圖分析。以Mann-Whitney測(cè)試分析來(lái)比較卵巢癌與控制組的散布圖中每一個(gè)蛋白質(zhì)群集，且選取于兩組中具有顯著差異(p〈0.0001)的蛋白質(zhì)。該方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明提供生物標(biāo)記，其為這里所提到的CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)或CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記。該CTAP3生物標(biāo)記包括包含由血小板堿性蛋白前體(PPBP)及其片段衍生得到的氨基酸序列的肽與多肽。在特定具體例中，本發(fā)明提供了CTAP3生物標(biāo)記。CTAP3是一種從Temecula，CA)的抗體所識(shí)別。CTAP3是一種血小板堿性蛋白前體的片段，并由SEQIDN0:1的44-128氨基酸所組成?！傅鞍踪|(zhì)晶片(ProteinChip)檢測(cè)法」的列是指于其中發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記的層析分級(jí)、生物標(biāo)記所結(jié)合的晶片類(lèi)型、及清洗條件，于下文中討論。表1<table>tableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table>本發(fā)明的生物標(biāo)記以如同通過(guò)質(zhì)譜法所測(cè)得的質(zhì)荷比為特征。生物標(biāo)記的質(zhì)荷比提供于表l「M」后。由此，例如CTAP具有測(cè)量到的質(zhì)荷比為9313.9。這個(gè)質(zhì)荷比是通過(guò)CiphergenBiosystems，Inc.PBSII質(zhì)譜儀上所產(chǎn)生的質(zhì)譜確定。該儀器具有質(zhì)量精確度約為+/-0.15百分比。另外，該儀器具有質(zhì)量分辨率約為400至1000m/dm，其中m為質(zhì)量及dm為于0.5峰高處的質(zhì)譜峰寬度。該生物標(biāo)記的質(zhì)荷比由BiomarkerWizard車(chē)欠件(CiphergenBiocystems，Inc.)確定。BiomarkerWizard,通過(guò)群集所有由PBSII確定的分析光譜的相同峰的質(zhì)荷比、取群集內(nèi)極大與極小的質(zhì)荷比并除以二而指派一個(gè)質(zhì)荷比給該生物標(biāo)記。因此，所提供的質(zhì)量反映出這些說(shuō)明。本發(fā)明的生物標(biāo)記進(jìn)一步以其質(zhì)譜峰的形狀與/或位置為特征。于圖1中顯示表示該生物標(biāo)記譜峰的波譜，圖1內(nèi)該質(zhì)譜(圖IA至圖IE)是由SELDI分析所產(chǎn)生，且其顯示了不同于表1列出的數(shù)值的質(zhì)量值。那些不同的質(zhì)量值是歸因于分析工具內(nèi)部校正的差異。本發(fā)明的生物標(biāo)記進(jìn)一步以其結(jié)合層析表面的特性為特征。以pH7磷酸鈉沖洗后，CTAP3結(jié)合至IMAC-Cu。本發(fā)明的生物標(biāo)記的身分已確定并顯示于表1。該測(cè)定方法于下文實(shí)施例中描述。偵測(cè)該生物標(biāo)記的優(yōu)選生物來(lái)源是血清。然而，在其它具體例中，可于血漿或尿液中偵測(cè)到該生物標(biāo)記。本發(fā)明的生物標(biāo)記是一種多肽。因此，本發(fā)明提供了以分離形式存在的該多肽。該生物標(biāo)記可從生物液體，如尿液或者血清中分離。其可通過(guò)任何基于其質(zhì)量和結(jié)合特性的本領(lǐng)域已知方法分離。例如，能將包括該多肽的樣品進(jìn)行如本文所描述的層析分級(jí)，并通過(guò)如丙烯酰胺凝膠電泳來(lái)進(jìn)行進(jìn)一步的分離。該生物標(biāo)記身分的知識(shí)亦允許其通過(guò)免疫親和層析而分離。已證明本發(fā)明的一種生物標(biāo)記CTAP3于數(shù)種類(lèi)別中為差異性地存在。這可從下列樣本的比較中發(fā)現(xiàn)早期卵巢癌相對(duì)健康控制，早期卵巢癌相對(duì)術(shù)后無(wú)癌(治療前后患者的一系列樣品)，及早期卵巢癌相對(duì)于不論是卵巢癌或非卵巢癌的良性疾病。3.生物標(biāo)記與蛋白質(zhì)的不同形式蛋白質(zhì)通営以多個(gè)不同的形式存在于一樣本中。這些形式可由翻譯前、后的修飾的任一或兩者一同產(chǎn)生。翻譯前修飾形式包括等位基因變體、剪接變體與RNA編輯形式。翻譯后修飾形式包括由蛋白質(zhì)裂解(例如信號(hào)序列的裂解或母蛋白質(zhì)的片段)、糖基化、磷酸化、脂化、氧化、甲基化、半胱胺酸化、磺化及乙酰化產(chǎn)生的形式。因此，本發(fā)明提供于此所所述的生物標(biāo)記「CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)」或「CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記」。該CTAP3生物標(biāo)記包括包含由血小板堿性蛋白前體(PPBP)及其片段衍生得到的氨基酸序列的肽與蛋白質(zhì)。具示范性的CTAP3相關(guān)生物標(biāo)記包括文獻(xiàn)中的BTG1、BetaTG、Beta血小板球蛋白、趨化因子(CXC區(qū)域)配合體7、結(jié)締組織激肽III、CXC趨化因子配合體7、CXCL7、LAPF4、LDGF、低親和性血小板因子IV、MDGF、NAP3L1、親核激肽2、PBP、血小板堿性蛋白質(zhì)前體、前血小板堿性蛋白、SCYB7、可誘導(dǎo)小分子細(xì)胞因子B7、可誘導(dǎo)小分子細(xì)胞因子亞科B成員7、TC1、TC2、TGB、TGB1、THBGB、THBGB1、凝血調(diào)節(jié)肽1(Thrombocidinl)、凝血調(diào)節(jié)肽2(Tlir。mbocidin2)及血小板球蛋白beta1。表2顯示了具示范性的CTAP3相關(guān)分子與每一個(gè)分子所含有的PPBP氨基酸殘基。表2:示范性的CTAP3相關(guān)分子<table>tableseeoriginaldocumentpage17</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table>于偵測(cè)與測(cè)定樣品中的蛋白質(zhì)時(shí)，區(qū)分蛋白質(zhì)中不同形式的能力取決于差異的性質(zhì)以及所使用的偵測(cè)或測(cè)定方法。例如，使用單株抗體的免疫檢測(cè)法，將偵測(cè)到含有該表位(印tiope)的蛋白質(zhì)的所有形式而將無(wú)法區(qū)分它們。然而，利用二抗體直接針對(duì)蛋白質(zhì)上不同表位的夾心免疫檢測(cè)法將會(huì)偵測(cè)所有包含該二種表位的蛋白質(zhì)形式而不會(huì)偵測(cè)僅含有其中一種表位的那些形式。在診斷檢測(cè)法中，當(dāng)使用特定方法偵測(cè)得到的蛋白質(zhì)形式與不論其為任何特定形式，其同樣為良好的生物標(biāo)記，則無(wú)法區(qū)別其不同形態(tài)所造成的影響很小。然而，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)的一種特定形態(tài)(或一種特定形態(tài)的亞群)是比以一種特定方法偵測(cè)得到的不同形態(tài)的集合體較好的生物標(biāo)記時(shí)，該檢測(cè)法的強(qiáng)度將受到影響。在此種情況下，采用一種能區(qū)別蛋白質(zhì)不同形式且能特異地偵測(cè)與測(cè)定該所需蛋白質(zhì)形式的檢測(cè)法是有用的。區(qū)別一種分析物的不同形式或特異地偵測(cè)一種分析物的特定形式是指「分辨」該分析物。質(zhì)譜法是一種分辨蛋白質(zhì)的不同形式特別有效的方法，因?yàn)椴煌男问酵ǔ＞哂锌捎少|(zhì)譜法分辨的不同質(zhì)量。因此，若對(duì)于某一疾病，蛋白質(zhì)的某一種形式相對(duì)其它形式是較好的生物標(biāo)記，在傳統(tǒng)免疫撿測(cè)法無(wú)法區(qū)分各形式且無(wú)法特異地偵測(cè)該有效的生物標(biāo)記時(shí)，質(zhì)譜法可特異地偵測(cè)和測(cè)定該有效形式。一種有用的方法結(jié)合了質(zhì)譜法與免疫檢測(cè)法。首先，使用一種生物特異性捕捉劑(例如能辨識(shí)該生物標(biāo)記及它的其它形式的抗體、適體或親和體)捕捉感興趣的生物標(biāo)記。優(yōu)選地，將生物特異性捕捉劑結(jié)合至固相，例如珠子、盤(pán)、膜或陣列。洗去未結(jié)合的物質(zhì)后，通過(guò)質(zhì)譜法偵測(cè)與/或測(cè)定所捕捉的分析物。(此方法亦會(huì)捕捉到結(jié)合至該蛋白質(zhì)、或可由抗體所識(shí)別的蛋白質(zhì)相互作用物，其自身可做為生物標(biāo)記。)各式的質(zhì)譜法可用于偵測(cè)蛋白質(zhì)形式，其包括激光解析法，例如傳統(tǒng)MALDI或者SELDI與電噴射電離。因此，當(dāng)本文提到偵測(cè)一個(gè)特定蛋白質(zhì)或測(cè)定一特定蛋白質(zhì)的量時(shí)，其意指在有或是沒(méi)有分辨蛋白質(zhì)的多種形式下偵測(cè)與測(cè)定蛋白質(zhì)。例如，「測(cè)定CTAP3」的步驟包含以不區(qū)分多種蛋白質(zhì)形式的手段(如某些免疫檢測(cè)法)測(cè)定CTAP3，以及以可于其它形態(tài)中區(qū)分一些形態(tài)或測(cè)定該蛋白質(zhì)的一種特定形態(tài)的手段測(cè)定CTAP3。相比而言，當(dāng)需要測(cè)定蛋白質(zhì)的一種特定形式或是多種形式時(shí)，例如，CTAP3的特定形式，可指定該種特定形式(多種型式)。例如，「測(cè)定M9313.9」其含義為以可于其它形式的CTAP3中區(qū)分M9313.9的方法來(lái)測(cè)定CTAP3。本發(fā)明的生物標(biāo)記可通過(guò)任何適當(dāng)?shù)姆椒▊蓽y(cè)到。為達(dá)目的可使用的偵測(cè)范例包含光學(xué)方法、電化學(xué)方法(電位測(cè)定法及電流滴定法(amperometry)技術(shù))、原子力顯微鏡與射頻方法，例如多極共振波譜。除顯微鏡方法的外，共焦與非共焦光學(xué)方法的例子為可偵測(cè)熒光、冷光、化學(xué)冷光、吸光率、反射率、透光率和雙折射或折射率(例如表面等離子共振、橢圓偏光法、共鳴鏡法、光柵耦合波導(dǎo)法或干涉測(cè)量)。在一個(gè)具體實(shí)例中，通過(guò)生物晶片的方法分析樣品。生物晶片一般包括固體基質(zhì)與供捕捉劑附著(亦稱(chēng)作吸附劑或親和劑)的一個(gè)平面。通常，生物晶片的表面包括多個(gè)可定址位置，各自具有一種捕捉劑結(jié)合于在那里。蛋白質(zhì)生物晶片是指適合捕捉多肽的生物晶片。許多蛋白質(zhì)生物晶片已記述于本
技術(shù)領(lǐng)域：
。這些包括，例如CiphergenBiosysem，Inc.(Fremont,CA)、Zyomyx(Hayward，CA)、Invitrogen(Carlsbad,CA)、Biacore(Uppsala,Sweden)及Procognia(Berkshire,UK)等公司生產(chǎn)的蛋白質(zhì)生物晶片。這些蛋白質(zhì)生物晶片的實(shí)施例揭露于以下專(zhuān)利或已公開(kāi)的專(zhuān)利申請(qǐng)中美國(guó)專(zhuān)利6，255，047號(hào)(Hutchens&Yip)、美國(guó)專(zhuān)利6，537，749號(hào)(KidmelisandWagner)、美國(guó)專(zhuān)利6，329，209號(hào)(Wagneretal.)、PCT國(guó)際公開(kāi)第WO00/56934號(hào)(Englertetal.)、PCT國(guó)際公開(kāi)第WO03/048768號(hào)(Boutelletal.)及美國(guó)專(zhuān)利5，242，828號(hào)(Bergstrometal.)。4.1通過(guò)質(zhì)譜法偵測(cè)在一個(gè)優(yōu)選具體例中，本發(fā)明的生物標(biāo)記是通過(guò)質(zhì)譜法偵測(cè)，質(zhì)譜法為一種操作質(zhì)譜儀以偵測(cè)氣相離子的方法。質(zhì)譜儀的實(shí)例是飛行時(shí)間式、扇形磁場(chǎng)式、四極濾質(zhì)器式、離子阱式、離子回旋共振式、扇形靜電分析式及這些的混合。在更佳的具體實(shí)例中，該質(zhì)譜儀為激光解析/電離質(zhì)譜儀。于激光解析/電離質(zhì)譜法中，將分析物置于質(zhì)譜法探針的表面，一種適合接合質(zhì)譜儀的探針界面裝置并把分析物呈現(xiàn)于電離能量下以電離及傳入質(zhì)譜儀內(nèi)。激光解析質(zhì)譜儀利用激光能，典型為紫外線激光，但亦可從紅外線激光，以從表面釋出分析物，以及揮發(fā)并使它們電離然后使它們可為質(zhì)譜儀的離子光學(xué)儀器所用。通過(guò)LDI的蛋白質(zhì)分析可采用MALDI或SELD工的形式。通過(guò)LDI的蛋白質(zhì)分析可采用MALDI或SELDI的形式。于單一T0F儀器內(nèi)激光解析/電離典型地是以線抽取模式執(zhí)行。串聯(lián)質(zhì)譜儀可使用直角抽取模式。4.1.1.SELDI本發(fā)明所使用的一種優(yōu)選質(zhì)量光譜測(cè)定技術(shù)是「表面增強(qiáng)激光解析電離」或「SELDI」，例如，記述于美國(guó)專(zhuān)利5，719，060號(hào)與6，255，047號(hào)，皆屬于Hutchens與Yip。這是指一種解析/電離氣相離子光譜法(例如，質(zhì)譜法)，于其中分析物(于此指一種或多種生物標(biāo)記)是經(jīng)捕捉于SELDI質(zhì)譜法探針表面。SELDI亦被稱(chēng)為「親和捕捉質(zhì)譜法」或者「表面增強(qiáng)親和捕捉」("SEAC")。該方法包括探針的使用，該探針于其表面上具有一種物質(zhì)，能通過(guò)該物質(zhì)與分析物之間的非共價(jià)親和作用(吸附)捕捉該分析物。該物質(zhì)的各式稱(chēng)呼為「吸附物」、「捕捉劑」、「親和劑」或者「結(jié)合基團(tuán)」。此等探針可稱(chēng)為「親和捕捉探針」以及具有「吸附表面」。該捕捉劑可為任何能結(jié)合分析物的物質(zhì)。該捕捉劑通過(guò)物理吸著或化學(xué)吸著而粘附于探針表面。在某些具體實(shí)例中，該探針具有已附著于該探針表面的捕捉劑。在其它具體實(shí)例中，該探針經(jīng)預(yù)先活化且其包含一種能結(jié)合捕捉劑的反應(yīng)基團(tuán)，例如通過(guò)反應(yīng)形成共價(jià)或配位鍵。環(huán)氧化物和?；溥?yàn)楣矁r(jià)結(jié)合多肽捕捉劑時(shí)的有用反應(yīng)基團(tuán)，例如為抗體或細(xì)胞受體。次氮基三乙酸(nitrilotriaceticacid)和亞氨基二乙酸是作為能與金屬離子結(jié)合的螯合劑的有用反應(yīng)基團(tuán)，該金屬離子非共價(jià)地與含組氨酸肽反應(yīng)。吸附物一般分為層析吸附劑與生物特「層析吸附劑」是指一種通常用于層析的吸附劑材料。層析吸附劑包含，例如離子交換材料、金屬螯合劑(例如次氮基三乙酸和亞氨基二乙酸)、固定金屬螯合物、疏水性相互作用吸附劑、親水性相互作用吸附劑、染料、簡(jiǎn)單生物分子(如核苷酸、氨基酸、簡(jiǎn)單糖和脂肪酸)及混合形吸附劑(如疏水吸引/靜電排斥吸附物)?！干锾禺愋晕絼故侵敢环N包括生物分子的吸附劑，該生物分子例如為核酸分子(如適體)、多肽、多糖、脂質(zhì)、類(lèi)固醇或這些的共軛物(如糖蛋白、脂蛋白、糖脂、核酸(如DNA)-蛋白質(zhì)共軛物)。在某些實(shí)例中，該生物特異性吸附劑可為大分子結(jié)構(gòu)，如多蛋白復(fù)合物、生物膜或病毒。生物特異性吸附劑的實(shí)例是抗體、受體蛋白質(zhì)和核酸。生物特異性吸收劑通常比層析吸附劑對(duì)目標(biāo)分析物具有更高的特異性。更進(jìn)一步用于SELDI的吸附劑的實(shí)例可于美國(guó)專(zhuān)利6，225，047號(hào)中查到?！干镞x擇性吸附劑」是指與分析物結(jié)合親和性為至少10—8M的吸附劑。由CiphergenBiosystems，Inc.生產(chǎn)的蛋白質(zhì)生物晶片包括多個(gè)具有層析或生物特異性吸附劑于可定址位置附著于其上的表面。Ciphergen的ProteinChip⑧陣列包括NP20(親水性);H4和H50(疏水性)；SAX-2，Q-10以及(陰離子交換)；WCX-2與CM-10(陽(yáng)離子交換)；頂AC-3、IMAC-30和IMAC-50(金屬螯合);及PS-10、PS-20(反應(yīng)表面具有醯基咪唑、環(huán)氧化物)和PG-20(通過(guò)?；溥蝰詈系牡鞍踪|(zhì)G)。疏水蛋白質(zhì)晶片(ProteinChip)陣列含有異丙基或壬基苯氧基-聚(乙二醇)異丁烯酸鹽官能基。陰離子交換蛋白質(zhì)晶片(ProteinChip)陣列含四級(jí)銨官能團(tuán)。陽(yáng)離子交換蛋白質(zhì)晶片(21能團(tuán)(IMAC3和IMAC30)或者O-異丁烯?；?N，N-二-羧甲基酪氨酸官能團(tuán)(IMAC50)，其可通過(guò)螯合吸附過(guò)渡金屬如銅、鎳、鋅和鎵。預(yù)先激活的蛋白質(zhì)晶片(ProteinChip)陣列含有?；溥蚧颦h(huán)氧化物官能團(tuán)，其能與蛋白質(zhì)上的基團(tuán)通過(guò)共價(jià)鍵相互作用。這些生物晶片更進(jìn)一步記述于美國(guó)專(zhuān)利6，579，719號(hào)(HutchensandYip，"RetentateChromatography,，，June17，2003)、美國(guó)專(zhuān)利6，897，072號(hào)(Richetal.，"ProbesforaGasPhaseIonSpectrometer,"May24，2005)、美國(guó)專(zhuān)利6，555，813號(hào)(Beecheretal.，"SampleHolderwithHydrophobicCoatingforGasPhaseMasSpectrometer,"April29，2003)、美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)案號(hào)U.S.2003_0032043Al號(hào)(PohlandPapa叫)UtexBasedAdsorbentChip,)July16，2002)、及PCT國(guó)際公開(kāi)案W003/040700號(hào)(Umetal.，"HydrophobicSurfaceChip,"May15,2003)、美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)案U.S.2003—0218130Al號(hào)(Boschettietal.，"BiochipsWithSurfacesCoatedWithPolysaccharide-BasedHydrogels，，，April14:2003)及美國(guó)專(zhuān)利7，045，366號(hào)(Huangetal.,"PhotocrosslinkedHydrogelBlendSurfaceCoatings,"May16，2006).通常具有吸附劑表面的探針與樣品接觸一段充分的時(shí)間以允許可能存在于樣品中的生物標(biāo)記結(jié)合至吸附劑。在培養(yǎng)一段時(shí)間后，清洗該基質(zhì)以除去未結(jié)合的物質(zhì)。可使用任何適合的清洗溶液，優(yōu)選使用水性溶液。通過(guò)調(diào)整清洗的力度可控制分子保持結(jié)合的程度。清洗溶液的洗脫特性取決于，例如，pH、離子強(qiáng)度、疏水性、混亂度、清潔劑強(qiáng)度及溫度。除非該探針同時(shí)具有SEAC與SEND性質(zhì)(如同本文所述)，接著施加能量吸收分子至具有該已結(jié)合生物標(biāo)記的基質(zhì)上。在另一方法中，生物標(biāo)記可由結(jié)合于固相的免疫吸附劑捕捉，其中該吸附劑具有與該生物標(biāo)記結(jié)合的抗體。清洗吸附劑以除去未結(jié)合物質(zhì)后，從固相洗脫出該生物標(biāo)記并通過(guò)將其施加于結(jié)合該生物標(biāo)記的SELD工生物晶片而偵測(cè)，并以SELDI分析。通過(guò)氣相離子光譜儀，如飛行時(shí)間質(zhì)譜儀偵測(cè)結(jié)合于基質(zhì)上的生物標(biāo)記。通過(guò)離子源，如激光電離該生物反應(yīng)標(biāo)記，產(chǎn)生的離子由離子光學(xué)裝置收集，然后通過(guò)質(zhì)量分析器分散并分析通過(guò)的離子。然后偵測(cè)器將偵測(cè)到的離子資訊轉(zhuǎn)換為質(zhì)荷比。生物標(biāo)記的偵測(cè)通常包包括信號(hào)強(qiáng)度的偵測(cè)。因此，生物標(biāo)記的量與質(zhì)量皆可被測(cè)定。4.1.2.SEND另一種激光解析質(zhì)譜法稱(chēng)為表面增強(qiáng)完整解析("SEND")。SEND包括使用多種包括可化學(xué)地結(jié)合到探針表面("SEND探針")的能量吸收分子的探針。短語(yǔ)「能量吸收分子」(EAM)表示能從激光解析/電離源吸收能量，然后貢獻(xiàn)于與其接觸的分析物分子的解析與電離的分析物分子。該EAM范疇包括用于MALDI的分子，常常是指「基質(zhì)，」并且以肉桂酸衍生物、芥子酸(SPA)、氰氧-羥基-肉桂酸(CHCA)和二羥基苯甲酸、阿魏酸和羥苯乙酮衍生物作為例證。在一些具體例中，該能量吸收分子合并于一種線性或交聯(lián)的聚合物中，如聚甲基丙烯酸酯。例如，該組合物能為a-氰基-4-異丁烯酰基氧基肉桂酸和丙烯酸酯的共聚物。在另一具體例中，該組合物為a-氰基-4-異丁烯酰基氧基肉桂酸、丙烯酸脂和3-(三-乙氧基)甲硅烷基丙基異丁烯酸鹽的共聚物。在其它具體例中，該組合物為ci-氰基-4-異丁烯?；趸夤鹚岷褪送榛．惗∠┧猁}("C18SEND")的共聚物。SEND更進(jìn)一步記述于美國(guó)專(zhuān)利6，124，137號(hào)及PCT國(guó)際公開(kāi)案W003/64594號(hào)(Kitagawa,"MonomersAndPolymersHavingEnergyAbsorbingMoietiesOfUseInDesorption/IonizationOfAnalytes，，，August7，2003)。SEAC/SEND是一種激光解析質(zhì)譜法的變體，其中捕捉劑與能量吸收分子皆附著于出現(xiàn)樣品的表面。因此SEAC/SEND探針允許通過(guò)親和捕捉捕捉分析物而不需藉用外界基質(zhì)電離/解析。該C18SEND生物晶片是一種SEAC/SEND的變體，其包括作為捕捉劑的C18基團(tuán)以及作為能量吸收基團(tuán)的CHCA基團(tuán)(moiety)。4.1.3.SEPAR另外一種LDI的變體被稱(chēng)為表面增強(qiáng)光不穩(wěn)定附著與釋放("SEPAR")。SEPAR包括使用含有附著于該表面的基團(tuán)的探針，該基團(tuán)可共價(jià)結(jié)合分析物且隨后通過(guò)暴露于光下打斷基團(tuán)內(nèi)光不穩(wěn)定鍵而釋放分析物，例如激光光束(參閱美國(guó)專(zhuān)利5,719,060號(hào))。依照本發(fā)明，SEPAR與其它形式的SELDI適合于偵測(cè)生物標(biāo)記形態(tài)。4.1.4.MALDIMALDI是一種用于例如蛋白質(zhì)與核酸的生物分子分析物的傳統(tǒng)激光解析/電離方法。在一種MALDI方法中，樣品與基質(zhì)混合并直接沉淀于MALDI芯片。然而，如血清和尿液的生物樣品的復(fù)雜性使此方法于無(wú)事先分級(jí)樣品情況下不太理想。因此，在某些具體實(shí)例中，生物標(biāo)記優(yōu)選地首先是由耦合于一固體支持物如一樹(shù)脂(如于一離心柱內(nèi))的生物特異性(如一抗體)或?qū)游鲂圆牧喜蹲?。結(jié)合本發(fā)明的生物標(biāo)記的特異親和性材料已于上文中描述。由親和性材料純化后，洗脫出本發(fā)明的生物標(biāo)記并以MALD工偵測(cè)。在另一質(zhì)譜法法中，該生物標(biāo)記首先于具有結(jié)合該生物標(biāo)記的層析性質(zhì)的層析樹(shù)脂上捕捉。在實(shí)施例中，其可包括多種方法。例如，于陽(yáng)離子交換樹(shù)脂如CMCeramicHyperDF樹(shù)脂上捕捉生物標(biāo)記，清洗樹(shù)脂，洗脫生物標(biāo)記并以MALDI偵測(cè)。另外，于應(yīng)用陽(yáng)離子交換樹(shù)脂前可先通過(guò)陰離子交換樹(shù)脂分級(jí)該樣品。另外，其可通過(guò)陰離子交換樹(shù)脂分級(jí)并直接以MALDI偵測(cè)。在又一方法中，可于含有與生物標(biāo)記結(jié)合的抗體的免疫層析樹(shù)脂上捕捉該生物標(biāo)記，清洗樹(shù)脂以除去未結(jié)合材料，從樹(shù)脂上洗脫該生物標(biāo)記并以MALDI或SELDI偵測(cè)洗脫出的生物標(biāo)記。4.1.5質(zhì)譜法中電離的其它形式在另一方法中，生物標(biāo)記是以LC-MS或者LC-LOMS偵測(cè)得到。這包括到以一次或二次通過(guò)液體層析分辨樣品中的蛋白質(zhì)，接著應(yīng)用質(zhì)譜法，通常為電噴霧離子化。4.1.6數(shù)據(jù)分析通過(guò)飛行時(shí)間質(zhì)譜法對(duì)被分析物的分析會(huì)產(chǎn)生飛行吋間光譜。最終分析的飛行時(shí)間光譜通常并不反映樣本對(duì)電離能的單一脈沖信號(hào)，而是許多脈沖的信號(hào)和。這將降低雜訊并增加動(dòng)態(tài)范圍。隨后對(duì)該時(shí)間飛行數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。在Ciphergen的？1^^6化(:^口軟件中，數(shù)據(jù)處理通常包括T0F至M/Z轉(zhuǎn)換以產(chǎn)生質(zhì)譜、減算基線以消除儀器偏差及高頻雜訊過(guò)濾以降低高頻雜訊。由解析與偵測(cè)生物標(biāo)記所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)可于一種可編程的數(shù)字電腦上分析。該電腦程式分析數(shù)據(jù)并指明偵測(cè)到的生物標(biāo)記的數(shù)量，及視需要指出對(duì)每一偵測(cè)到的生物標(biāo)記的信號(hào)強(qiáng)度與測(cè)定分子量。數(shù)據(jù)分析的步驟包括確定生物標(biāo)記的信號(hào)強(qiáng)度并移除偏離預(yù)測(cè)的統(tǒng)計(jì)分布的數(shù)據(jù)。例如，可通過(guò)計(jì)算相對(duì)某些參考物的每一個(gè)譜峰的高度標(biāo)準(zhǔn)化觀測(cè)到的峰值。電腦可轉(zhuǎn)換結(jié)果數(shù)據(jù)為多種顯示格式?？娠@示標(biāo)準(zhǔn)光譜，但于一種有用的格式中，從光譜角度來(lái)看，僅僅保留峰高和質(zhì)量資訊，產(chǎn)生更清晰的畫(huà)面并使分子量幾乎相等的生物標(biāo)記更容易被觀測(cè)到。在另一有用格式中，比較二個(gè)或更多光譜，以方便地突顯獨(dú)特的生物標(biāo)記及于樣品中上調(diào)或下調(diào)的生物標(biāo)記。利用任何一種所述的這些格式，人們可容易地確定特定生物標(biāo)記是否存在于樣本中。分析通常包括表示來(lái)自分析物的信號(hào)的譜峰的識(shí)別。譜峰的選擇可通過(guò)直接觀察，但也可使用軟件，如Ciphergen的？1~016^0^@軟件套件的一部分可自動(dòng)偵測(cè)譜峰。一般而言，該軟件得運(yùn)作是通過(guò)識(shí)別具有信號(hào)-雜訊比高于所選閥值得信號(hào)，以及于該譜峰信號(hào)的中心標(biāo)記該譜峰的質(zhì)量。于一有效的應(yīng)用，比較多個(gè)光譜以識(shí)別于某一選定百分比的質(zhì)譜內(nèi)存在的相等譜峰。該軟件的一種版本群集所有于一個(gè)指定質(zhì)量范圍內(nèi)各式質(zhì)譜的譜峰，并于所有臨近該質(zhì)量(M/Z)群集的中點(diǎn)為所有譜峰指派一個(gè)質(zhì)量(M/Z)。用于分析數(shù)據(jù)的軟件包含應(yīng)用演算于信號(hào)分析的演算編碼，以確定該信號(hào)表示的譜峰信號(hào)是否對(duì)應(yīng)本發(fā)明的生物標(biāo)記。該軟件亦可通過(guò)分類(lèi)支干或ANN分析處理關(guān)于觀察到的生物標(biāo)記譜峰的數(shù)據(jù)，以確定于檢查中指示特定臨床參數(shù)的狀態(tài)的生物標(biāo)記的譜峰或其多個(gè)譜峰的結(jié)合是否存在。數(shù)據(jù)的分析對(duì)于不論直接或間接地從樣品質(zhì)量光譜分析獲得的多種參數(shù)可能是「關(guān)鍵的」。這些參數(shù)包含，但不局限于，一個(gè)或多個(gè)譜峰的存在或不存在、一個(gè)譜峰或一群譜峰的形狀、一個(gè)或多個(gè)譜峰的高度、一個(gè)或多個(gè)譜峰的對(duì)數(shù)高度以及于峰高數(shù)據(jù)的其它算術(shù)演算。4.1.7.SELDI偵測(cè)卵巢癌生物標(biāo)記的常用方案一種偵測(cè)本發(fā)明的生物標(biāo)記優(yōu)選方案于下文描述。用于測(cè)試的樣本，例如血清，優(yōu)選地為于SELDI分析的前預(yù)先經(jīng)過(guò)分級(jí)。這使該樣本簡(jiǎn)單化并提高了敏感度。一種優(yōu)選預(yù)先分級(jí)的方法包括使樣本接觸陰離子交換層析材料，例如QHyperD(BioS印ra，SA)。然后已結(jié)合的材料通過(guò)使用于pH9，pH7，pH5，pH4，pH3的緩沖液的分歩pH洗脫，以及有機(jī)清洗。收集含有該生物標(biāo)記的多個(gè)分級(jí)。CTAP3于有機(jī)洗液分級(jí)發(fā)現(xiàn)，其亦可于pH4的分級(jí)發(fā)現(xiàn)。然后用于測(cè)試的樣本(優(yōu)選預(yù)分級(jí))接觸一種包括工MAC-Cu生物晶片的親和捕捉探針。以緩沖液清洗該探針，該緩沖劑可于洗去未結(jié)合分子同時(shí)保留該生物標(biāo)記。適合各生物標(biāo)記的清洗液為于表1內(nèi)所識(shí)別的緩沖液。通過(guò)激光解析/電離質(zhì)譜法偵測(cè)該生物標(biāo)記。另外，若可取得辨識(shí)CTAP3的生物標(biāo)記的抗體，可將其附著于一種探針表面，如一預(yù)激活PS10或者PS20蛋白質(zhì)晶片陣列(CiphergenBiosystem，Inc.)。這些抗體能從樣品中將生物標(biāo)記捕捉到探針表面。然后可通過(guò)如激光解析/電離質(zhì)譜法測(cè)得生物標(biāo)記。4.2.通過(guò)免疫檢測(cè)法進(jìn)行偵測(cè)在本發(fā)明另一具體例中，本發(fā)明的生物標(biāo)記通過(guò)一種異于質(zhì)譜法或其它借助該生物標(biāo)記質(zhì)量的方法測(cè)定。于這種非借助質(zhì)量的一個(gè)具體例中，本發(fā)明的生物標(biāo)記通過(guò)免疫檢測(cè)法測(cè)定。免疫檢測(cè)法需要生物特異性的捕捉劑，例如抗體以捕捉該生物標(biāo)記?？贵w可由本領(lǐng)域已知的方法制造，例如用該生物標(biāo)記免疫動(dòng)物。該生物標(biāo)記可基于其結(jié)合特征而從樣本中分離。另外，若已經(jīng)知道多肽生物標(biāo)記的氨基酸序列，可合成該多肽并藉其由本領(lǐng)域已知的方法產(chǎn)生抗體。本發(fā)明考慮傳統(tǒng)免疫包括，例如，夾心免疫檢測(cè)法包括ELISA或者基于螢光的免疫檢測(cè)法，以及其它酵素免疫檢測(cè)法。濁度法是一種于液相實(shí)施的檢測(cè)法，其中抗體是于溶液中。而抗體與抗原的結(jié)合使得所測(cè)定的吸光度產(chǎn)生變化。在基于SELDI的免疫檢測(cè)法中，生物標(biāo)記的生物特異性捕捉劑附著于MS探針表面，例如預(yù)激活蛋白質(zhì)晶片(ProteinChip)陣列。生物標(biāo)記通過(guò)該反應(yīng)劑特異性地捕捉于該生物晶片上，并以質(zhì)譜法偵測(cè)捕捉的生物標(biāo)記。5.受試對(duì)象卵巢癌狀態(tài)的確定本發(fā)明的生物標(biāo)記可用于診斷測(cè)試中以估定受試對(duì)象的卵巢癌狀態(tài)，例如，診斷卵巢癌。短語(yǔ)「卵巢癌狀態(tài)」包含任何可鑒別的疾病表現(xiàn)，包括非疾病。例如，卵巢癌狀態(tài)包含，但不局限于疾病的存在或不存在(例如，卵巢癌相對(duì)非卵巢癌)、患病的風(fēng)險(xiǎn)、疾病的階段、疾病的進(jìn)程(例如，隨時(shí)間疾病的加劇或好轉(zhuǎn))及疾病治療的效果或反應(yīng)。將測(cè)試結(jié)果與卵巢癌狀態(tài)關(guān)聯(lián)化包括對(duì)該結(jié)果應(yīng)用某一類(lèi)演算以得到該狀態(tài)。該分類(lèi)演算可簡(jiǎn)單至確定所測(cè)定的CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)含量，例如CTAP3，是否高于或低于一特定反折(cut-off)數(shù)值。使用多種生物標(biāo)記時(shí)，分類(lèi)算法可為一種線性回歸公式。另外，該分類(lèi)算法可為任何數(shù)個(gè)本文所述的學(xué)習(xí)算法的結(jié)果。于復(fù)合分類(lèi)演算情況下，則需要使用電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)上的演算，由此確定其分類(lèi)，例如，可編程的數(shù)字電腦。于任一個(gè)情況，該狀態(tài)可記錄于切實(shí)的媒介，例如，以電腦的可讀格式如一記憶驅(qū)動(dòng)或磁盤(pán)或僅僅打印于紙上。其結(jié)果亦可于電腦屏幕中呈現(xiàn)。5.1單一生物標(biāo)記本發(fā)明的生物標(biāo)記可用于診斷測(cè)試以估定受試對(duì)象卵巢癌狀態(tài)，例如，診斷卵巢癌。短語(yǔ)「卵巢癌狀態(tài)」包含任何可鑒別的疾病表現(xiàn)，包括非疾病。例如，疾病狀況包括但不局限于疾病的存在或不存在(例如，卵巢癌相對(duì)非卵巢癌)、患病的風(fēng)險(xiǎn)、疾病的階段、疾病的進(jìn)程(例如，隨時(shí)間疾病的惡化或好轉(zhuǎn))及疾病治療的效果或反應(yīng)?；谶@個(gè)狀態(tài)，可指明進(jìn)一步程序，包含附加的診斷測(cè)試或治療程序或食物療法。正確預(yù)測(cè)狀態(tài)的診斷測(cè)試力度通常通過(guò)測(cè)試該檢測(cè)法的敏感度、該檢測(cè)法的特異性或接收對(duì)象工作特征(「R0C」)曲線下的面積而測(cè)定。敏感度為一個(gè)測(cè)試預(yù)測(cè)為陽(yáng)性時(shí)真陽(yáng)性百分比，而特異性為一個(gè)測(cè)試預(yù)測(cè)為陰性時(shí)真陰性百分比。一條R0C曲線將一個(gè)測(cè)試的敏感度提供作為1-特異性的函數(shù)。R0C曲線下區(qū)域越大，一個(gè)測(cè)試的預(yù)測(cè)值則越有力。測(cè)量一個(gè)測(cè)試的有用性其它測(cè)定為陽(yáng)性預(yù)測(cè)值與陰性預(yù)測(cè)值。陽(yáng)性預(yù)測(cè)值為測(cè)試為陽(yáng)性且確實(shí)為陽(yáng)性的人的百分比。陰性預(yù)測(cè)值為測(cè)試陰性且確實(shí)為陰性的人的百分比。本發(fā)明的生物標(biāo)記顯示了至少P〈0.05、P〈10—2、P〈10—3、P〈10—4或P〈1(T的不同卵巢癌狀態(tài)的統(tǒng)計(jì)差異。單獨(dú)利用這些生物標(biāo)記或者它們組合的診斷測(cè)試顯示至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%及約100%的敏感度和特異性。CTAP3差異性地存在于卵巢癌中，由此，在確定卵巢癌狀態(tài)時(shí)，每一個(gè)單獨(dú)有助益。該方法包括，首先，使用本文所述偵測(cè)方法測(cè)定受試對(duì)象樣品中所選定生物標(biāo)記，例如，于一SELDI生物晶片上捕捉后以質(zhì)譜法偵測(cè)，其次，將該測(cè)定值與一個(gè)診斷量或是一個(gè)能區(qū)分卵巢癌陰性狀況與卵巢癌陽(yáng)性狀況的反折作比較。診斷量表明當(dāng)高于或低于其時(shí)，將受試對(duì)象分類(lèi)為患有特定卵巢癌狀態(tài)的一種生物標(biāo)記的測(cè)定量。例如，若與正常比較該生物標(biāo)記于卵巢癌中為上調(diào)，則高于診斷反折的測(cè)定量作出為卵巢癌的診斷。另外，若該生物標(biāo)記于卵巢癌中為下調(diào)，則低于診斷分界的測(cè)定量作出為卵巢癌的診斷。由于為本領(lǐng)域已知技術(shù)，通過(guò)調(diào)整檢測(cè)法中使用的特定診斷反折，可依照診斷者偏好的增強(qiáng)診斷檢測(cè)法的敏感度或特異性。該特定診斷反折可通過(guò)，例如，測(cè)定來(lái)自多個(gè)具有不同卵巢癌狀態(tài)的受試對(duì)象的具有統(tǒng)計(jì)上顯著意義數(shù)目的樣本的生物標(biāo)記含量，如同本文所實(shí)施的，并取可滿(mǎn)足該診斷者所要求的特異性與敏感度水平的分界而確定。5.2.生物標(biāo)記的組合當(dāng)單獨(dú)的生物標(biāo)記為有用的診斷生物標(biāo)記，可發(fā)現(xiàn)多個(gè)生物標(biāo)記的組合可提供比單一的生物標(biāo)記單獨(dú)于一種特定狀態(tài)下更大的預(yù)測(cè)值。特別地，于樣品中偵測(cè)多種生物標(biāo)記可增加該測(cè)試的敏感度與特異性。至少二種生物標(biāo)記、優(yōu)選地至少三種或更多種生物標(biāo)記的組合，有時(shí)稱(chēng)作「生物標(biāo)記圖譜(profile)」或「生物標(biāo)記指紋」。因此，CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)，例如CTAP3，可結(jié)合其它卵巢癌或子宮內(nèi)膜癌的生物標(biāo)記，以提高診斷測(cè)試的敏感度及/或特異性。特別地，卵巢癌狀態(tài)的診斷測(cè)試包括CTAP3的測(cè)定，以及任何下列已識(shí)別于表3中的卵巢癌生物標(biāo)記(包含恰當(dāng)位置的修飾形式)，其相比于一種CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)的單獨(dú)測(cè)定來(lái)說(shuō)，例如CTAP3，具有更強(qiáng)的預(yù)測(cè)能力。表3<table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table>嗜酸性繊鵬勝神經(jīng)毒素尿液內(nèi)上調(diào)。于WCX2蛋白晶片陣列偵測(cè)糖割七為17.4KdaWO2005-0009120Al<table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table>于日本群組的樣本研究中發(fā)現(xiàn)，海帕西啶、ApoAl、P2微球蛋白和CTAP-3的組合是一種特別有效的診斷組合。卵巢癌的診斷通常包括CA125的測(cè)量，因?yàn)樵撋飿?biāo)記的水平伴隨卵巢癌而增加。因此，在確定卵巢癌狀態(tài)時(shí)，CA125的水平能與上述標(biāo)記的任何組合相關(guān)聯(lián)。CA125尤其用于作為進(jìn)行卵巢癌測(cè)試的婦女以CA125測(cè)試為常規(guī)病情檢查部分。其它可與CTAP3組合的生物標(biāo)記包含，但不局限于CA125II、-4、CA195、腫瘤相關(guān)胰蛋白酶抑制劑(TATI)、CEA、胎盤(pán)堿性磷酸酶(PLAP)、唾液酸TN、半乳糖轉(zhuǎn)移酶、巨噬細(xì)胞集落刺激因子(M-CSF，CSF-1)、溶血磷脂酸(LPA)、表皮生長(zhǎng)因子受體胞外段的110kD成分(pllOEGFR)、組織激肽釋放酶，例如激肽釋放酶6及激肽釋放酶10(NES-1)、絲氨酸蛋白水解酶(prostasin)、HE4、激氨酸激酶B(CKB)、LASA、HER-2/neu、尿液促性腺激素肽、Dian。nNB70/K、組織肽抗原(TPA)、S認(rèn)P，骨橋素、及結(jié)合珠蛋白、瘦素、催乳素、類(lèi)胰島素生長(zhǎng)因子i或n。5.3.確定患病的風(fēng)險(xiǎn)在一具體例中，本發(fā)明提供確定受試對(duì)象患病風(fēng)險(xiǎn)的方法。生物標(biāo)記含量或模式(pattern)是多種風(fēng)險(xiǎn)狀況的特征，例如，高，中或低?；疾〉娘L(fēng)險(xiǎn)的確定是通過(guò)測(cè)定相關(guān)的生物標(biāo)記或多個(gè)生物標(biāo)記，隨后可對(duì)其進(jìn)行分類(lèi)演算或?qū)⑵渑c相關(guān)于特定風(fēng)險(xiǎn)水平的生物標(biāo)記的參考量或/與模式作比較。.，5.4.確定疾病的階段在一具體例中，本發(fā)明提供確定受試對(duì)象疾病階段的方法。該疾病每一階段具有一種生物標(biāo)記的特征性含量或一組生物標(biāo)記(一種模式)的相對(duì)含量。疾病階段的確定是通過(guò)測(cè)定相關(guān)生物標(biāo)記，隨后可對(duì)其進(jìn)行分類(lèi)演算或?qū)⑵渑c相關(guān)于特定風(fēng)險(xiǎn)水平的生物標(biāo)記的參考量或/模式作比較。5.5.確定疾病的進(jìn)展(加劇/好轉(zhuǎn))在一具體例中，本發(fā)明提供確定受試對(duì)象疾病進(jìn)展的方法。疾病進(jìn)展是指隨時(shí)間推移疾病狀態(tài)的變化，包含疾病加劇(惡化)與疾病好轉(zhuǎn)(改善)。該生物標(biāo)記的含量或相對(duì)含量(例如，模式)隨著時(shí)間推移而變化。例如，CTAP3隨疾病增加。因此，這些生物標(biāo)記的趨勢(shì)，隨時(shí)間增加或降低不論是朝著疾病或是非疾病都表明疾病的進(jìn)展。因此，該方法包括在至少二個(gè)不同的時(shí)間點(diǎn)測(cè)定受試對(duì)象的一種或多種生物標(biāo)記，例如，第一時(shí)間和第二時(shí)間，以及若有含量的變化則比較含量的變化。疾病的進(jìn)展基于這些比較而確定。5.6.報(bào)告狀態(tài)本發(fā)明的另一個(gè)具體例關(guān)于對(duì)例如技術(shù)人員、醫(yī)生或病患傳達(dá)檢測(cè)結(jié)果或診斷或二者。在某些具體例中，電腦用于將檢測(cè)結(jié)果或診斷或二者傳達(dá)給有意方，如醫(yī)生及其病患。在一些具體例中，于一個(gè)與該結(jié)果或診斷將傳達(dá)的國(guó)家或權(quán)限不同的國(guó)家或權(quán)限中進(jìn)行該檢測(cè)或是分析該檢測(cè)結(jié)果。在本發(fā)明的一優(yōu)選具體例中，基于經(jīng)測(cè)試的受試對(duì)象中差異性存在的CTAP3相關(guān)蛋白質(zhì)的診斷在診斷一完成盡速傳達(dá)給病患。該診斷可由治療受試對(duì)象的醫(yī)生傳達(dá)于受試對(duì)象。另外，該診斷可通過(guò)電子郵件傳送或通過(guò)電話(huà)傳達(dá)給經(jīng)測(cè)試的受試對(duì)象。電腦可用于以電子郵件或電話(huà)傳達(dá)該診斷。在某些具體例中，使用熟悉電信的技術(shù)人員所熟知的電腦硬體與軟件的組合，可產(chǎn)生并自動(dòng)將含有診斷測(cè)試結(jié)果的資訊傳達(dá)于受試對(duì)象。保健取向的通信系統(tǒng)的實(shí)例已描述于美國(guó)專(zhuān)利號(hào)6，283，761，然而，本發(fā)明并不局限于使用該特定通信系統(tǒng)的方法。在本發(fā)明的某些具體例中，該方法的所有或一些步驟，包含樣品檢測(cè)、疾病診斷，及檢測(cè)結(jié)果或診斷的傳達(dá)，這可于不同(例如外國(guó)的)權(quán)限中實(shí)行。5.7.病患處理在某些鑒定卵巢癌狀態(tài)的方法的具體例中，該方法進(jìn)一歩包括基于該狀態(tài)而處理病患的治療。這種處理包含醫(yī)生或臨床醫(yī)生于確定卵巢癌狀態(tài)后的行動(dòng)。例如，若醫(yī)生作出卵巢癌診斷，隨之可進(jìn)行某種食物療法治療，例如可能接著開(kāi)方或投予治療劑。另外，非卵巢癌或非卵巢癌診斷將可伴隨更進(jìn)一歩的測(cè)試以確定該病患可能遭受的一種特定疾病。同樣的，若診斷測(cè)試對(duì)卵巢癌狀態(tài)作出不確定結(jié)果，則可進(jìn)行進(jìn)一步的測(cè)試。本發(fā)明的另一個(gè)具體例關(guān)于對(duì)例如技術(shù)人員、醫(yī)生或病患傳達(dá)檢測(cè)結(jié)果或診斷或二者。在某些具體例中，電腦用于將檢測(cè)結(jié)果或診斷或二者傳達(dá)給有意方，如醫(yī)生及其病患。在一些具體例中，于一個(gè)與該結(jié)果或診斷將傳達(dá)的國(guó)家或權(quán)限不伺的國(guó)家或權(quán)限中進(jìn)行該檢測(cè)法或是分析該檢測(cè)結(jié)果。在本發(fā)明的一優(yōu)選具體例中，基于經(jīng)測(cè)試的受試對(duì)象中差異性存在的生物標(biāo)記的診斷在診斷一完成盡速傳達(dá)給病患。該診斷可由治療受試對(duì)象的醫(yī)生傳達(dá)于受試對(duì)象。另外，該診斷可通過(guò)電子郵件傳送或通過(guò)電話(huà)傳達(dá)給經(jīng)測(cè)試的受試對(duì)象。電腦可用于以電子郵件或電話(huà)傳達(dá)該診斷。在某些具體例中，使用熟悉電信的技術(shù)人員所熟知的電腦硬體與軟件的組合，可產(chǎn)生并自動(dòng)將含有診斷測(cè)試結(jié)果的資訊傳達(dá)(通信)于受試對(duì)象。保健取向的通信系統(tǒng)的實(shí)例已描述于美國(guó)專(zhuān)利號(hào)6，283，761，然而，本發(fā)明并不局限于使用該特定通信系統(tǒng)的方法。在本發(fā)明的某些具體例中，該方法的所有或一些步驟，包含樣品檢測(cè)、疾病診斷，及檢測(cè)結(jié)果或診斷的傳達(dá)，這可于不同(例如外國(guó)的)權(quán)限中實(shí)行。5.8.確定制藥藥物療效在另一具體例中，本發(fā)明提供確定制藥藥物療效的方法。這些方法適用于實(shí)施該藥物的臨床試驗(yàn)與監(jiān)控對(duì)于該藥物病患的進(jìn)程。治療與臨床試驗(yàn)包括于一特別食物療法中投予該藥物。該食物療法可包括該藥物的單一劑量或是一段時(shí)間該藥物的多個(gè)劑量。醫(yī)生或臨床研究者于投予過(guò)程中監(jiān)控該藥物對(duì)于病患或受試對(duì)象的效果。若該藥物對(duì)于病癥具有藥物影響，則本發(fā)明的生物標(biāo)記含量或相對(duì)量(例如，模式或圖譜)會(huì)朝非疾病圖譜變化。因此，可追蹤于治療過(guò)程中受試對(duì)象體內(nèi)這些生物標(biāo)記量的進(jìn)展。因此，該方法包括測(cè)定于接受藥物治療的受試對(duì)象體內(nèi)一種或多種生物標(biāo)記，以及將這些生物標(biāo)記量與受試對(duì)象的疾病狀態(tài)關(guān)聯(lián)化。該方法的一具體例包括于一藥物治療過(guò)程的至少二個(gè)不同時(shí)間點(diǎn)上測(cè)定一種或多種生物標(biāo)記的水平，例如，第一時(shí)間和第二時(shí)間(第一次或是第二次)，以及若有變化，則比較生物標(biāo)記量的變化。例如，于投藥前后或者于投藥期間的二個(gè)不同時(shí)間點(diǎn)測(cè)定一種或多種生物標(biāo)記。治療效果基于這些比較而確定。若治療為有效，則一種或多種該生物標(biāo)記將趨于正常，而若治療無(wú)效，該生物標(biāo)記則趨于疾病跡象。若治療為有效，則一種或多種該生物標(biāo)記將趨于正常，而若治療無(wú)效，該生物標(biāo)記則趨于疾病跡象。6.鑒定卵巢癌狀態(tài)的分類(lèi)演算的產(chǎn)生在一些具體例中，光譜(例如質(zhì)譜或飛行時(shí)間譜)中使用如「已知樣本」的樣本產(chǎn)生得到的數(shù)據(jù)，可用來(lái)「訓(xùn)練」分類(lèi)模型?！敢阎獦颖尽故且环N己預(yù)分類(lèi)的樣本。由光譜衍生并用于形成分類(lèi)模型的數(shù)據(jù)稱(chēng)作「訓(xùn)練數(shù)據(jù)組」。一旦被訓(xùn)練，該分類(lèi)模式可識(shí)別由使用未知樣本所產(chǎn)生的光譜所衍生的數(shù)據(jù)的模式。然后，該分類(lèi)模型可用于將未知樣本歸類(lèi)。這將適用于，例如預(yù)測(cè)一種特定生物樣本是否與某種生物病癥(例如，疾病相對(duì)非疾病)相關(guān)。用于形成分類(lèi)模型的訓(xùn)練數(shù)據(jù)組可包括原始數(shù)據(jù)或預(yù)處理數(shù)據(jù)。在一些具體例中，原始數(shù)據(jù)可直接由飛行時(shí)間譜或質(zhì)譜中得到，且其隨后可視需要地如上述般進(jìn)行「預(yù)處理」?？墒褂萌魏芜m合的統(tǒng)計(jì)分類(lèi)(或「學(xué)習(xí)」)方法形成分類(lèi)模式，其試圖基于存在于數(shù)據(jù)中的目標(biāo)參數(shù)將數(shù)據(jù)本體分離歸類(lèi)。分類(lèi)方法可為監(jiān)督或無(wú)監(jiān)督。監(jiān)督或無(wú)監(jiān)督分類(lèi)過(guò)程的實(shí)例記述于Jain，"StatisticalPatternRecognition:AReview"，IEEETransactionsonPatternAnalysisandMachineIntelligence,Vol.22，No.1，January2000,其所教導(dǎo)的內(nèi)容并入本文參考。于監(jiān)督分類(lèi)中，將包含已知類(lèi)別的樣本的訓(xùn)練數(shù)據(jù)呈現(xiàn)于學(xué)習(xí)機(jī)制，其學(xué)習(xí)一組或多組定義各己知類(lèi)別的關(guān)系。然后可將新數(shù)據(jù)應(yīng)用于該學(xué)習(xí)機(jī)制，其隨后使用所學(xué)習(xí)到的關(guān)系分類(lèi)該新數(shù)據(jù)。監(jiān)督樣本過(guò)程的實(shí)例包含線性回歸過(guò)程(例如，多元線性回歸(MLR)、偏最小二乘回歸(PLS)及主成分回歸(PCR))、二進(jìn)制判定樹(shù)(例如，遞歸分化過(guò)程，如CART-分類(lèi)和回歸樹(shù))、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，例如反向傳播網(wǎng)絡(luò)、辨別分析(例如，貝葉斯分類(lèi)器或費(fèi)希爾分析)、邏輯分類(lèi)器及支援向量分析器(支援向量機(jī))。優(yōu)選監(jiān)督分類(lèi)方法是遞歸分化過(guò)程。遞歸分化過(guò)程利用遞歸分化樹(shù)將從未知樣本衍生的光譜分類(lèi)。進(jìn)一步關(guān)于遞歸分化過(guò)程的描述提供于美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)?zhí)?0020138208Al，Paulseetal.，"Methodsforanalyzingmassspectra.，，。在另一些具體例中，所建構(gòu)的分類(lèi)模型可使用無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)方法形成。無(wú)監(jiān)督分類(lèi)試圖基于訓(xùn)練數(shù)據(jù)組的相似處學(xué)習(xí)分類(lèi)，而不用預(yù)分類(lèi)光譜，其中由該光譜衍生訓(xùn)練數(shù)據(jù)組。無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)方法包括群集分析(clusteranalysis)。群集分析嘗試將數(shù)據(jù)分成「群集」或群組，其理想應(yīng)為所具有的每一成分彼此非常相似，并且與其他群集的成分非常不相似。隨后利用某些用于測(cè)定數(shù)據(jù)項(xiàng)間的距離的距離度量來(lái)測(cè)定相似性，及群集彼此靠近的數(shù)據(jù)項(xiàng)。群集技術(shù)包含MacQueen的K-平均演算法同Kohonen的自組織映射(Self-OrganizingMap)演算。聲稱(chēng)可把生物資訊分類(lèi)的學(xué)習(xí)演算法己描述于，例如在PCT國(guó)際發(fā)明者D·W·尚,E·T·馮,F·張,Z·張,Z·王申請(qǐng)人:約翰·霍普金斯大學(xué);賽弗吉生物系統(tǒng)公司