專利名稱：用于進(jìn)行質(zhì)譜測定的裝置和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及用于進(jìn)行質(zhì)譜測定的裝置和方法，特別地，涉及用于 通過質(zhì)量和色譜保留時間識別混合物中的化合物的裝置和方法。
背景技術(shù)：
質(zhì)譜法是用于測定化合物質(zhì)量的技術(shù)。質(zhì)鐠儀是產(chǎn)生可以經(jīng)處理 或解釋以給出化合物質(zhì)量的質(zhì)量電荷信號的儀器。質(zhì)語儀將電荷放在 分子上并將該分子加速到檢測器。檢測器產(chǎn)生與該分子的質(zhì)量和該分 子攜帶的電荷相關(guān)的信號。質(zhì)諳儀用于識別蛋白質(zhì)和其它生物來源的
化合物。
色鐠法是用于分離溶解狀態(tài)的化合物的技術(shù)。溶解狀態(tài)的化合物 對與該溶液接觸的固體介質(zhì)具有不同的親和性。隨著溶液流動越過或 通過固定介質(zhì)，該化合物彼此分離。
此處所用的術(shù)語"保留時間"表示化合物從包含固體分離介質(zhì)的 柱或筒或其它分離裝置中離開所花費(fèi)的時間。
此處所用的術(shù)語"樣品"表示待分析的材料。生物來源的樣品通 常是包含蛋白質(zhì)、這種蛋白質(zhì)的前體、蛋白質(zhì)片段和蛋白質(zhì)和其它化 合物的反應(yīng)產(chǎn)物的復(fù)雜混合物。蛋白質(zhì)能夠呈現(xiàn)不同的電荷狀態(tài)且能 夠成為片段。通常，對樣品的分析可以包括酶消化以將樣品在一個或 多個已知位點(diǎn)分裂開。這些消化可以完全或留下不完全的消化產(chǎn)物。 在典型的分析中，將包含一種或多種蛋白質(zhì)的樣品放置在小瓶中，并 經(jīng)過酶消化。該消化樣品通過色語裝置，分離成消化產(chǎn)物。
通常將色語和質(zhì)語相結(jié)合。色譜用于分離樣品的化合物，將所述 化合物放到質(zhì)語儀中。質(zhì)譜儀產(chǎn)生可以與保留時間相關(guān)聯(lián)的質(zhì)量電荷 信號。
由這種組合產(chǎn)生的數(shù)據(jù)是復(fù)雜的，并且難于分析。需要具有較大
7專 一性和較少錯誤識別的用于分析這種色譜質(zhì)鐠數(shù)據(jù)的方法和裝置。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的實(shí)施方案涉及用于分析樣品的方法和裝置。本發(fā)明的一 種實(shí)施方案特征是通過質(zhì)量和色譜保留時間識別混合物中的化合物的 裝置。該裝置包括計算機(jī)處理工具，以與色譜裝置和質(zhì)譜儀信號連接 的方式設(shè)置，用于從色鐠裝置中接收與保留時間相關(guān)的 一種或多種信 號，并從質(zhì)譜儀中接收與質(zhì)量相關(guān)的一種或多種信號。該色譜裝置和 該質(zhì)語儀流體連接以使該色諮裝置可以接收樣品并將該樣品傳遞到該 質(zhì)譜儀中。該計算機(jī)處理工具將每 一 質(zhì)量信號與保留時間信號相關(guān)聯(lián) 以形成數(shù)據(jù)對和用于多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息，存儲該數(shù)據(jù)對信息， 并將該數(shù)據(jù)對信息分類成由保留時間范圍限定的群組中進(jìn)入信息倉。 該計算機(jī)處理工具具有包含已知化合物的質(zhì)量和保留時間信息的數(shù)據(jù)
庫工具。該計算機(jī)處理工具引發(fā)具有第一次通過的離子核對過程(ion audit process )。
該離子核對過程的第一次通過包括以下步驟指定用于一個或多 個信息倉中存在的潛在表示化合物的數(shù)據(jù)對信息的匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹 配參數(shù)，并識別符合該匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，所述符合該匹配參 數(shù)的數(shù)據(jù)對形成匹配組。然后，將該匹配組與該數(shù)據(jù)庫工具相比專交， 識別符合該匹配參數(shù)中至少 一 個的化合物并將標(biāo)識分配給該匹配組的 數(shù)據(jù)對以形成標(biāo)記的化合物。將該配對組的數(shù)據(jù)對從信息倉中減去以 形成一個或多個減損的信息倉。用該一個或多個信息倉和減損的信息 倉中保持的數(shù)據(jù)對信息重復(fù)該過程，直至該離子核對過程使所有數(shù)據(jù) 對信息與化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)聯(lián)為止，或者 直至剩余化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的匹配標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù) 庫中的信息不相符合為止，或者用戶限定的重復(fù)次數(shù)為止。
優(yōu)選地，該離子核對過程集中于優(yōu)勢信號(dominant signal),該 核對將這種信號從數(shù)據(jù)對信息中清除以可以進(jìn)行下 一 個優(yōu)勢信號群組 的識別。因此，隨著該核對的進(jìn)行，較低強(qiáng)度的信號得以更清晰地顯 示出來。
術(shù)語"計算機(jī)處理工具，，用于表示供計算機(jī)使用的軟件和固件、 程序化的計算機(jī)處理單元(CPU)、個人計算機(jī)、服務(wù)器、主計算機(jī)、計算機(jī)和與色譜儀或質(zhì)譜儀或其它分析儀器相結(jié)合的CPU。
與流體相關(guān)的術(shù)語"連通"表示用管子連接(plumbed)在一起。 與信號相關(guān)的術(shù)語"通訊"表示用有線連接，或光連接、或無線電信 號連接(如無線連接)以接收和/或發(fā)出信號。
術(shù)語"關(guān)聯(lián)"用于表示連接或結(jié)合。例如，將保留時間和質(zhì)量電 荷信號的結(jié)合表示由具有限定保留時間的離子產(chǎn)生的質(zhì)量電荷信號結(jié) 合在一起成為一對數(shù)值(數(shù)據(jù)對)。術(shù)語"信息倉(bin)"用于表示這 種具有相同或相似特征的數(shù)據(jù)對的群組。本申請形成具有保留時間范 圍的信息倉。即，將分離的總時間分成多個時間間隔。
術(shù)語"數(shù)據(jù)庫工具"表示信息檔案。用戶可以從一個或多個計算 機(jī)中開發(fā)和存儲的數(shù)據(jù)、可通過網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)(例如因特網(wǎng))獲得或可通 過訪問存儲設(shè)備等獲得的市場上可獲得的數(shù)據(jù)庫開發(fā)該數(shù)據(jù)庫工具。
術(shù)語"匹配標(biāo)準(zhǔn)"表示落入限定范圍的數(shù)值。該匹配標(biāo)準(zhǔn)可以使 數(shù)值串或數(shù)值群組。術(shù)語"參數(shù)"用于表示用于比較數(shù)據(jù)對或數(shù)據(jù)庫 中發(fā)生的數(shù)值的數(shù)值。與該參數(shù)一致的數(shù)據(jù)對被分組到匹配組中。
"標(biāo)記化合物"是由該數(shù)據(jù)對組表示的推定相同的化合物。該相 同可以具有不同的置信度， 一旦對該數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的分析，其可能 提高或降低。
優(yōu)選地，該離子核對過程包括指定用于一個或多個信息倉或減損 的信息倉(depleted bin)中存在的潛在表示標(biāo)記的化合物的一種或多 種片段的數(shù)據(jù)對信息的匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成片段匹配參數(shù)。然后，識別符 合該片段匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對 的群組形成片段相關(guān)匹配組。將該片段相關(guān)匹配組的數(shù)據(jù)對從所述信 息倉和減損的信息倉中減去。進(jìn)一步減損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對， 使得其它數(shù)據(jù)對群組可以更清晰地識別。使用表示該標(biāo)記的化合物的 片段的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
優(yōu)選地，該離子核對包括對 一 個或多個信息倉或減損的信息倉中 存在的潛在代表標(biāo)記化合物的一種或多種前體的數(shù)據(jù)對信息指定匹配 標(biāo)準(zhǔn)以形成前體匹配參數(shù)。然后，識別符合該前體匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對 的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相關(guān)匹配組。 將該前體相關(guān)匹配組從信息倉和減損的信息倉中減去。進(jìn) 一 步減損的 信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù)對的群組可以更清晰地識別。
9使用代表該標(biāo)記化合物的前體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
術(shù)語"前體"用于表示蛋白質(zhì)或該標(biāo)記蛋白質(zhì)由其制備的較大蛋 白質(zhì)的不完全消化產(chǎn)物或縮合或折疊在一起以形成蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)的 較小部分。例如，在活體內(nèi)，用可以用于建立三級結(jié)構(gòu)的增加的氨基 酸或肽單元合成蛋白質(zhì)，即無論該蛋白質(zhì)自身折疊的方式如何，這些 增加的氨基酸或肽單元可以喪失或去除以制備活性蛋白質(zhì)。
優(yōu)選地，該離子核對包括為 一個或多個信息倉或減損的信息倉中 存在的潛在代表標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以 形成反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)。然后，識別符合該反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)的數(shù)據(jù) 對，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成產(chǎn)物相關(guān)匹配組。將 該反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)匹配組從信息倉和減損的信息倉中減去。再次，進(jìn)一 步減損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù)對的群組可以更清 晰地識別。使用代表該標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對來提高化合物 識別的置信度。
該裝置可以在所有信息倉或其子集或單一信息倉的一次通過中進(jìn) 行該離子核對。然而，優(yōu)選將該減少應(yīng)用于多個信息倉使得去除與推 定化合物相關(guān)的數(shù)據(jù)對和使其它的細(xì)節(jié)可見。
優(yōu)選地，該離子核對過程包括第二次通過，其中對于標(biāo)記化合物， 從針對該標(biāo)記化合物的數(shù)據(jù)庫中識別選自其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù) 期反應(yīng)產(chǎn)物中的至少一種。為在一個或多個將形式的信息倉中存在的 數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)，其將第二次通過匹配參數(shù)限定為所述選定 的其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物。識別符合所述第二次通過 匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對以形成數(shù)據(jù)對的群組，從而形成第二次通過匹配組。 將該第二次通過匹配組從所述信息倉和減損的信息倉中減去。
再次，該進(jìn)一步減損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù) 對的群組可以更清晰地識別。使用表示該標(biāo)記化合物的預(yù)期片段、預(yù) 期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
術(shù)語"預(yù)期片段"的使用含義是蛋白質(zhì)的不完全消化物、或在具
有片段化室的質(zhì)譜儀中通常所見的片段。如果該色i普裝置接受到樣品 的消化物，那么不完全消化過程可以預(yù)期。
如果該質(zhì)i普儀具有片段化室，那么該化合物可以期望形成片段。 優(yōu)選的質(zhì)譜儀具有片段化室，且具有其中不形成片段的低能模式和其語儀可以在比與信息倉相關(guān)的間隔 更小的時間間隔內(nèi)從高能轉(zhuǎn)變?yōu)榈湍苣Ｊ健?br> 術(shù)語"預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物"用于表示該化合物、片段和該化合物的前 體的普通曱基化、氧化磷酸化和糖基化衍生物。預(yù)期的前體是會預(yù)期 在樣品中存在的、該化合物由其制備的分子。
優(yōu)選地，該裝置進(jìn)一步包括數(shù)據(jù)輸出工具或與其一起使用，其用 于顯示在該離子核對過程中識另'J的化合物。該數(shù)據(jù)輸出工具可以包括 打印機(jī)、視頻輸出裝置，例如視頻監(jiān)視器、屏幕顯示器、放映機(jī)。
該裝置進(jìn)一步包括色譜裝置或與其一起使用，其用于接收樣品并 通過保留時間將所述樣品分離為化合物。該色語裝置與計算機(jī)處理工 具信號通訊以產(chǎn)生信號，由該信號可以確定保留時間。
該裝置進(jìn)一步包括質(zhì)諳儀或與其一起使用，其用于接收來自該色 語裝置的化合物并產(chǎn)生對應(yīng)該化合物的質(zhì)量的信號。而且如果所述化 合物形成一種或多種片段，信號與片段相對應(yīng)，如果該化合物反應(yīng)生 成反應(yīng)產(chǎn)物，信號與所述反應(yīng)產(chǎn)物相對應(yīng)，以及如果該化合物作為前 體存在，信號與該前體相對應(yīng)，該質(zhì)譜儀與所述計算機(jī)處理工具信號 通訊以產(chǎn)生涉及化合物、片段、反應(yīng)產(chǎn)物或前體的質(zhì)量的質(zhì)量信號。
本發(fā)明的另一實(shí)施方案涉及用色譜裝置和質(zhì)譜裝置識別化合物的 方法。該色譜裝置接收樣品并通過保留時間將該樣品分離成化合物。
而且，該色譜裝置產(chǎn)生由其可以確定保留時間的信號。該質(zhì)i普儀接收 來自該色語裝置的 一種或多種化合物，并產(chǎn)生與該化合物的質(zhì)量對應(yīng) 的信號。而且，如果該化合物形成一種或多種片段，信號與片段相對 應(yīng)，如果該化合物反應(yīng)生成反應(yīng)產(chǎn)物，信號與所述反應(yīng)產(chǎn)物相對應(yīng)， 以及如果該化合物作為前體存在，信號與該前體相對應(yīng)。該方法包括 離子核對過程，該過程具有以下步驟將每一質(zhì)量信號與保留時間信 號相關(guān)聯(lián)以形成數(shù)據(jù)對和針對多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息，存儲該數(shù)據(jù) 對信息，并將該數(shù)據(jù)對信息分類成由保留時間范圍限定的群組進(jìn)入信 息倉。該方法進(jìn)一步包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛 在表示化合物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹配參數(shù)。而且，該 方法包括以下步驟識別符合所述匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，符合該 匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對形成匹配組。然后，將該匹配組與該數(shù)據(jù)庫工具相 比專交，識別符合該匹配參數(shù)中至少 一 個的化合物并將標(biāo)識分配給該匹
ii配組的數(shù)據(jù)對以形成標(biāo)記化合物。將所述配對組的數(shù)據(jù)對信,包、/人信,t、 倉中減去以形成一個或多個減損的信息倉。本發(fā)明的離子核對通過從 所述信息倉和減損的信息倉中減去數(shù)據(jù)對信息的步驟重復(fù)指定匹配標(biāo) 準(zhǔn)的步驟，直至所有數(shù)據(jù)對信息都與化合物、化合物片段和化合物的 反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)聯(lián)為止，或者直至針對剩余化合物、化合物片段和化合 物的反應(yīng)產(chǎn)物的匹配標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù)庫中的信息不相符合為止，或者直到 用戶限定的重復(fù)次數(shù)。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛
在表示標(biāo)記化合物的 一 種或多種片段的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形 成片段匹配參數(shù)。然后，識別符合該片段匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組， 以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成片段相關(guān)匹配組。將該片 段相關(guān)匹配組的數(shù)據(jù)對信息從信息倉和減損的信息倉中減去。使用表 示該標(biāo)記化合物的片段的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。數(shù)據(jù)對 信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛 在表示標(biāo)記化合物的 一 種或多種前體的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形 成前體匹配參數(shù)。然后，識別符合所述前體匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組， 以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相關(guān)匹配組。將該前 體相關(guān)匹配組的數(shù)據(jù)對信息從信息倉和減損的信息倉中減去。使用表 示該標(biāo)記化合物的前體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。數(shù)據(jù)對 信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛 在表示標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成反應(yīng) 產(chǎn)物匹配參數(shù)。識別符合所述反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對，以形成數(shù) 據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)匹配組。將該反應(yīng)產(chǎn) 物相關(guān)匹配組的數(shù)據(jù)對信息從信息倉和減損的信息倉中減去。使用表 示該標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。數(shù) 據(jù)對信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。
本發(fā)明的方法可以在單一的第一次通過或在多次通過中進(jìn)行。優(yōu) 選地，該離子核對過程包括第二次通過，其中對于標(biāo)記化合物，選擇 選自其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物的至少一種用于第二次通
過。該第二次通過緊跟在第一次通過和第一系列通過(其中該指定的
12標(biāo)準(zhǔn)基本保持不變)之后。
對于本領(lǐng)域的沖支術(shù)人員，在閱讀附圖并閱讀后面的詳細(xì)描述之后， 本發(fā)明的這些和其它特征和優(yōu)點(diǎn)將是顯而易見的。
附圖簡述


圖1是體現(xiàn)本發(fā)明的特征的裝置的圖解；
圖2a是沒有使信息倉減損的信息倉化的數(shù)據(jù)對的譜圖2b是減損的信息倉化的數(shù)據(jù)對的語圖3是體現(xiàn)本發(fā)明的特征的裝置和方法的流程圖；和
圖4a和4b是體現(xiàn)本發(fā)明的特征的裝置和方法的流程圖。
發(fā)明詳述
現(xiàn)在將參照附圖關(guān)于用于分析樣品的方法和裝置描述本發(fā)明。在 這一點(diǎn)上，該描述將重點(diǎn)突出本發(fā)明用于蛋白質(zhì)和肽的化學(xué)分析的應(yīng) 用。然而，本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識到本發(fā)明的實(shí)施方案具有更廣闊 的應(yīng)用，用于分析其它化合物或組合物、聚合物和生物聚合物(包括 但不局限于核酸、碳水化合物)和合成聚合物。
圖1中描述了體現(xiàn)本發(fā)明特征的裝置，通常由附圖標(biāo)記11表示。 該裝置用于通過質(zhì)量和色語保留時間識別混合物中的化合物。該裝置 包括以下主要元件計算機(jī)處理工具15、色譜裝置17和質(zhì)譜儀19。
如圖所示，該計算機(jī)處理工具15建議為計算機(jī)或CPU。然而，該 計算機(jī)處理工具15可以包括安裝在計算機(jī)、CPU或服務(wù)器主計算機(jī)或 與其他分析裝置(例如包括色鐠裝置17和質(zhì)譜儀19)集成的CPU的 軟件或固件。通常使用計算機(jī)可讀裝置或磁盤或具有該計算機(jī)程序入 口的網(wǎng)絡(luò)將軟件編程到計算機(jī)的存儲器上。 一旦經(jīng)過編程，就認(rèn)為該 軟件為固件。計算機(jī)和CPU是本領(lǐng)域中已知的，由4艮多廠商銷售。Dell Computer Corporation等銷售IBM才各式的計算斗幾，Apple Corporation (California, USA)銷售Apple格式的計算機(jī)。例如，計算機(jī)處理工 具15可以包括集成到用于管理分析儀器的操作、數(shù)據(jù)管理和數(shù)據(jù)處理 的大型軟件程序中的計算機(jī)程序。這種大型的軟件程序由幾個廠商以 商標(biāo)MILLENNIUM , EMPOWER ( Waters Corporation, Milford, MA， USA)、 CHEMSTATION ( Agilent Corporation, Palo Alto, CA,USA)、 MASSLINKS (Mic腿ass UK Ltd, Manchester, England )等銷售。
計算機(jī)處理工具15與色譜裝置17和質(zhì)譜儀19信號通訊，如線23a 和23b所示。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識到該線23a和線23b可以;故無 線通訊裝置和路由器代替。線23a和線23b可以是用于電磁信號的導(dǎo) 線或表示光通訊工具，例如光纖電纜。
計算機(jī)處理工具15與色譜裝置17和質(zhì)譜儀19信號通訊。色譜裝 置17包括任意數(shù)量的色譜裝置，包括例如但不局限于液相和氣相色譜 裝置。色譜裝置通常具有用于推進(jìn)流體的泵(未示出)和用于運(yùn)輸該 流體的導(dǎo)管。色語儀器接收來自樣品管理器或樣品注射裝置(未示出) 的樣品。如圖所示，該色譜裝置17通過導(dǎo)管27與保持在小瓶25中的 樣品流體連通。當(dāng)期望蛋白質(zhì)和肽時，這種保持在小瓶25中的樣品經(jīng) 歷消化方法，例如酶等。這使得蛋白質(zhì)和肽形成一種或多種消化產(chǎn)物。
色語儀器接收樣品并將其置于在導(dǎo)管(未示出)中流動的溶劑中。 該溶劑接收在分離裝置(未示出)中，例如毛細(xì)管、柱或筒。柱和筒 通常裝填或包含分離介質(zhì)，其與溶劑中的樣品化合物相互作用。這些 化合物將顯示出對該分離介質(zhì)的不同親和性，將被保留和分離。該化 合物保留的時間間隔稱作保留時間。
色語裝置17產(chǎn)生傳送到涉及保留時間的該計算機(jī)處理裝置的 一個 或多個信號。這種所述類型的色語裝置可獲自幾個廠商，以商標(biāo) ALLIANCE⑧和ACQUITY⑧獲自Waters Corporation和以1100"^獲自 Agilent GmbH ( Germany )。
如圖所示，色語裝置17與質(zhì)譜儀19通過導(dǎo)管29流體連通。然而， 流體連通，在這種意義上，不需要該質(zhì)語儀19通過導(dǎo)管29從該色語 裝置17接收樣品。該質(zhì)譜儀19可以通過沉積在具有MALDI或DIOS 過程性質(zhì)的固體表面上接收與保留時間相關(guān)的樣品。
該質(zhì)語儀19產(chǎn)生與質(zhì)量相關(guān)，更精確地與化合物的質(zhì)荷比相關(guān)的 信號。質(zhì)諳儀19示作三重四極質(zhì)譜儀，其具有第一質(zhì)量選擇室31、片 段化室33和質(zhì)量4全測室35。第一質(zhì)量檢測室31通過質(zhì)荷比選4f離子 或離子群組?？梢允乖撾x子通過片段化室35或遭受使離子形成片段的 能量。該離子和離子片段通到該質(zhì)量檢測室35。
質(zhì)譜儀(例如質(zhì)譜儀19 )可獲自幾個廠商，包括Waters Corporation(Milford, MA， USA )、 Thermo Finnigan (Waltham, MA, USA)、 Agilent Corporation (Palo Alto, CA, USA)等。
該計算機(jī)處理工具15將每一質(zhì)量信號與保留時間信號相關(guān)聯(lián)以形 成數(shù)據(jù)對或群組。例如，該數(shù)據(jù)可以組織如下表1中所示
MH+ 強(qiáng)度 保留時間 電荷價態(tài)
484.7397 110 43.556 1
表1
存儲該針對多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息。該數(shù)據(jù)對信息可以包括上 述所示類型的成千個折線(thousand fold lines )或千兆字節(jié)的信息。這 種大量的信息難于解釋。為了幫助該數(shù)據(jù)的解釋，通常將該數(shù)據(jù)繪圖 并做成圖標(biāo)，分析峰值和標(biāo)識離子和離子片段的圖案。
依照本發(fā)明，由該計算機(jī)處理工具15將該數(shù)據(jù)對信息分類成由保 留時間范圍限定的群組進(jìn)入信息倉。計算機(jī)處理工具15具有數(shù)據(jù)庫工 具，所述數(shù)據(jù)庫工具包括已知化合物的質(zhì)量和保留時間信息。該計算 機(jī)處理工具15啟動具有至少一個下述的第一次通過的離子核對過程。 該計算機(jī)處理工具15的數(shù)據(jù)庫可以包括計算機(jī)中的存儲數(shù)據(jù)或保持在 數(shù)據(jù)存儲系統(tǒng)或網(wǎng)絡(luò)中的數(shù)據(jù)。
該離子核對過程的第一次通過包括以下步驟指定針對一個或多 個信息倉中存在的潛在表示化合物的數(shù)據(jù)對信息的匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹 配參數(shù)。即，檢查針對具有最高強(qiáng)度的數(shù)據(jù)對信息，所述具有最高強(qiáng) 度的數(shù)據(jù)對代表以顯著量存在的化合物。
該計算機(jī)處理工具15識別符合所述匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，形 成匹配組。然后，該計算才幾處理工具將該匹配組與該數(shù)據(jù)庫工具相比 較，識別符合所述匹配參數(shù)中至少一個的化合物。該計算機(jī)處理工具 15將標(biāo)識分配給該匹配組的數(shù)據(jù)對以形成標(biāo)記的化合物。該計算機(jī)處 理工具15將該匹配組的數(shù)據(jù)對從信息倉中減去以形成一個或多個減損 的信息倉。
用該 一 個或多個信息倉和減損的信息倉中保持的數(shù)據(jù)對信息重復(fù) 該過程，直至該離子核對過程使所有數(shù)據(jù)對信息與化合物、化合物片 段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)聯(lián)為止，或者直至剩余化合物、化合物片
15段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的匹配標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù)庫中的信息不相符合為止， 或者用戶對重復(fù)次數(shù)進(jìn)行限定。
優(yōu)選地，該離子核對過程集中于優(yōu)勢信號，該核對將這種信號從 數(shù)據(jù)對信息中清除以可以進(jìn)行下一個優(yōu)勢信號群組的識別。因此，隨 著該核對的進(jìn)行，較低強(qiáng)度的信號得以更清晰地顯示出來。
圖2a通過計數(shù)和保留時間圖示了信息倉化的數(shù)據(jù)對。只觀察到單 一峰。然而， 一旦將形成標(biāo)記的化合物的數(shù)據(jù)對的信息減去，三個更
小的峰變得顯而易見。這些更小的峰可能包括其他化合物。
優(yōu)選地，該離子核對過程包括為 一個或多個信息倉或減損的信息 倉中存在的潛在代表標(biāo)記化合物的 一種或多種片段的數(shù)據(jù)對信息指定 匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成片段匹配參數(shù)。然后，識別符合該片段匹配參數(shù)的數(shù) 據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成片段相關(guān)匹 配組。將該片段相關(guān)匹配組從信息倉和減損的信息倉中減去。進(jìn)一步 減損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù)對的群組可以更清晰 地識別。使用代表該標(biāo)記化合物的片段的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的 置信度。
優(yōu)選地，該離子核對包括為 一 個或多個信息倉或減損的信息倉中 存在的潛在代表標(biāo)記化合物的 一種或多種前體的數(shù)據(jù)對信息指定匹配 標(biāo)準(zhǔn)以形成前體匹配參數(shù)。然后，識別符合該前體匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對
的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相關(guān)匹配組。 將該前體相關(guān)配對組從所述信息倉和減損的信息倉中減去。進(jìn)一步減
損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù)對的群組可以更清晰地 識別。使用表示該標(biāo)記化合物的前體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
優(yōu)選地，該離子核對包括為 一 個或多個信息倉或減損的信息倉中 存在的潛在表示標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以 形成反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)。然后，識別符合該反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)的數(shù)據(jù) 對，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)匹配組。 將該反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)配對組從所述信息倉和減損的信息倉中減去。再次， 進(jìn) 一 步減損的信息倉具有較少的數(shù)據(jù)對，使得其它數(shù)據(jù)對的群組可以
合物識別的置信度。該裝置可以在所有信息倉或其子集或單一信息倉的一次通過中進(jìn) 行該離子核對。然而，優(yōu)選將該減少應(yīng)用于多個信息倉，從而去除與 推定化合物相關(guān)的數(shù)據(jù)對和使其它的細(xì)節(jié)可見。
優(yōu)選地，該離子核對過程包括第二次通過，其中對于標(biāo)記化合物， 從針對該標(biāo)記化合物的數(shù)據(jù)庫中識別選自其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù) 期反應(yīng)產(chǎn)物中的至少 一 種。指定針對將形成的在 一 個或多個信息倉中 存在的數(shù)據(jù)對信息的匹配標(biāo)準(zhǔn)，其將第二次通過匹配參數(shù)限定為所述 選定的其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物。識別符合所述第二次 通過匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成第 二次通過匹配組。將該第二次通過匹配組從所述信息倉和減損的信息 倉中減去。優(yōu)選的第二次通過針對預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物。
因此，將該過程應(yīng)用于針對標(biāo)記化合物的所有信息倉可使該數(shù)據(jù) 對信息筒化，降低較大信號的優(yōu)勢性，以使較小的信號可以看到和識 別。這些較小的信號可能是信息倉中不明顯的(不是標(biāo)記化合物的初 始關(guān)注點(diǎn))，但隨著將與前體、片段和反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)的信號除去而顯現(xiàn) 出來。
質(zhì)語儀19具有第一質(zhì)量選擇室41、片段化室43和第二質(zhì)量檢測 室45。該第一質(zhì)量選擇室41選擇選定質(zhì)荷比的離子并將這種離子送入 該片段化室43。片段化室43可以以低能水平和高能水平進(jìn)行操作。在 低能水平時，進(jìn)入該片段化室43的化合物不會片段化成片段，通入該 第二質(zhì)量檢測室45,在其中這種離子產(chǎn)生信號送往計算機(jī)處理工具15。 在高能水平時，該片段化室43使該離子形成原始化合物的一種或多種 片段。所述片段通入該第二質(zhì)量檢測室45,在其中這種離子產(chǎn)生信號 送往控制工具。
質(zhì)語儀19可以在計算機(jī)處理工具15的控制下從高能切換到低能 模式。計算機(jī)處理工具15優(yōu)選設(shè)定用于在高能和低能水平之間循環(huán)的 時間間隔，該時間間隔小于與信息倉相關(guān)if關(guān)的間隔。因此，有利地將 具有片段化室43的質(zhì)i普儀19與計算機(jī)處理工具15結(jié)合使用以在高能 和低能之間循環(huán)，使得片段可以更容易地與母體化合物相關(guān)聯(lián)。
該裝置11進(jìn)一步包括監(jiān)視器形式的數(shù)據(jù)輸出工具51或與其一起 使用，其用于顯示在該離子核對過程中識別的化合物。本領(lǐng)域的技術(shù) 人員將認(rèn)識到，除了監(jiān)視器之外或作為監(jiān)視器的替代，該數(shù)據(jù)輸出工
17具可以包括打印機(jī)、其他視頻輸出裝置，例如電視、陽極射線管、LCD 屏幕、放映機(jī)等。
將結(jié)合該裝置11描述涉及化合物的識別方法的本發(fā)明的實(shí)施方
案。色譜裝置17接收樣品，并通過保留時間將該樣品分離成化合物。 該色語裝置17產(chǎn)生信號，由此信號可以確定保留時間。該質(zhì)語儀19 接收一種或多種來自色i普裝置17的化合物，并產(chǎn)生與該化合物的質(zhì)量 對應(yīng)的信號。而且，如果該化合物形成一種或多種片段，信號與片段 相對應(yīng)，如果該化合物反應(yīng)生成反應(yīng)產(chǎn)物，信號與該反應(yīng)產(chǎn)物相對應(yīng)， 以及如果該化合物作為前體存在，信號與該前體相對應(yīng)。
現(xiàn)在轉(zhuǎn)到圖3，其描述了該方法的流程圖，該方法包括具有以下步 驟的離子核對過程將每一質(zhì)量信號與保留時間信號相關(guān)聯(lián)以形成數(shù) 據(jù)對和針對多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息，存儲該數(shù)據(jù)對信息，并將所述 數(shù)據(jù)對信息分類成由保留時間范圍限定的群組進(jìn)入信息倉。該方法進(jìn) 一步包括以下步驟為在一個或多個信息倉中存在的潛在代表化合物 的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹配參數(shù)。而且，該方法包括以下 步驟識別符合該匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，符合該匹配參數(shù)的數(shù)據(jù) 對形成匹配組。然后，將該匹配組與l丈據(jù)庫工具相比4交，識別符合所 述匹配參數(shù)中至少 一 個的化合物并將標(biāo)識分配給該匹配組的數(shù)據(jù)對以 形成標(biāo)記化合物。將所述配對組的數(shù)據(jù)對信息從所述信息倉中減去以 形成一個或多個減損的信息倉。本發(fā)明的離子核對通過從該信息倉和 減損的信息倉中減去數(shù)據(jù)對信息的步驟重復(fù)指定匹配標(biāo)準(zhǔn)的步驟，直 至所有數(shù)據(jù)對信息都與化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān) 聯(lián)為止，或者直至剩余化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的匹 配標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù)庫中的信息不相符合為止，或者用戶對重復(fù)次數(shù)進(jìn)行限 定。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛 在代表標(biāo)記化合物的 一種或多種片段的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形 成片段匹配參數(shù)。然后，識別符合該片段匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組， 以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成片段相關(guān)匹配組。將該片 段相關(guān)配對組的數(shù)據(jù)對信,包、從所述信息倉和減損的信息倉中減去。使 用代表該標(biāo)記化合物的片段的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。數(shù) 據(jù)對信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。在圖4中進(jìn)一步對此以
18連續(xù)過程形式進(jìn)行了描述。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛 在代表標(biāo)記化合物的 一種或多種前體的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形 成前體匹配參數(shù)。然后，識別符合所述前體匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組， 以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相關(guān)匹配組。將該前 體相關(guān)配對組的數(shù)據(jù)對信息從所述信息倉和減損的信息倉中減去。使 用代表該標(biāo)記化合物的前體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。數(shù) 據(jù)對信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。
優(yōu)選地，該方法包括以下步驟為一個或多個信息倉中存在的潛
在代表標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成反應(yīng) 產(chǎn)物匹配參數(shù)。然后，識別符合該反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對，以形 成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)匹配組。將該反 應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)配對組的數(shù)據(jù)對信,i、從所述信息倉和減損的信息倉中減 去。使用代表該標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的 置信度。數(shù)據(jù)對信息的去除可使該數(shù)據(jù)的其它特征可見。
本發(fā)明的方法可以在單一第一次通過或在多次通過中執(zhí)行。圖4a 和4b示出了在多次通過中執(zhí)行的連續(xù)方法。優(yōu)選地，離子核對過程包 括第二次通過，其中，對于標(biāo)記化合物而言，針對第二次通過選擇選 自其預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物的至少一個。第二次通過在
第一次通過或第一系列的通過(其中，所述指定標(biāo)準(zhǔn)基本保持不變) 之后。
現(xiàn)在轉(zhuǎn)到圖1,通過使用軟件的計算機(jī)處理工具15進(jìn)行優(yōu)選方法。 在以下十六頁中提出了軟件程序的大綱。針對此處所述的發(fā)明并參考 該大綱，軟件程序師能夠容易地開發(fā)源代碼。
因此，已經(jīng)參照優(yōu)選實(shí)施方案對本發(fā)明進(jìn)行了描述，理解本領(lǐng)域 的技術(shù)人員將能夠?qū)Ρ景l(fā)明進(jìn)行改變和改進(jìn)。因此，本發(fā)明不應(yīng)當(dāng)限 定于此處設(shè)定的精確細(xì)節(jié)，而應(yīng)當(dāng)包括以下權(quán)利要求及其等效物的主 題。
權(quán)利要求
1. 用于通過質(zhì)量和色譜保留時間識別混合物中的化合物的裝置，包括計算機(jī)處理工具，以與色譜裝置和質(zhì)譜儀信號通訊的方式設(shè)置，用于從所述色譜裝置接收與保留時間相關(guān)的信號，并從所述質(zhì)譜儀接收所述質(zhì)量信號，所述計算機(jī)處理工具將每一質(zhì)量信號與保留時間信號相關(guān)聯(lián)以形成數(shù)據(jù)對和針對多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息，存儲該數(shù)據(jù)對信息，并將所述數(shù)據(jù)對信息分類成由保留時間范圍限定的群組進(jìn)入信息倉，所述計算機(jī)處理工具具有包含已知化合物的質(zhì)量和保留時間信息的數(shù)據(jù)庫工具，所述計算機(jī)處理工具引發(fā)離子核對過程，所述離子核對過程具有第一次通過，包括1)為一個或多個信息倉中存在的潛在代表化合物的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹配參數(shù)，并識別符合所述匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，所述符合所述匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對形成匹配組；2)將所述匹配組與所述數(shù)據(jù)庫工具相比較，識別符合所述匹配參數(shù)中至少一個的化合物并將標(biāo)識分配給所述匹配組的所述數(shù)據(jù)對以形成標(biāo)記化合物，將所述配對組的所述數(shù)據(jù)對從所述信息倉中減去以形成一個或多個減損的信息倉；和3)用所述一個或多個信息倉和減損的信息倉中保持的所述數(shù)據(jù)對信息重復(fù)步驟1和2，直至所述離子核對過程使所有數(shù)據(jù)對信息與化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)聯(lián)為止，或者直至針對剩余化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的所述匹配標(biāo)準(zhǔn)與所述數(shù)據(jù)庫中的信息不相符合為止，或者用戶限定的重復(fù)次數(shù)為止。
2. 權(quán)利要求1的裝置，其中所述離子核對過程包括為一個或多個 信息倉中存在的潛在代表所述標(biāo)記化合物的 一種或多種片段的數(shù)據(jù)對 信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成片段匹配參數(shù)，并識別符合所述片段匹配參 數(shù)的數(shù)據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成片段 相關(guān)匹配組，并且將所述片段相關(guān)匹配組從所述信息倉和減損的信息 倉中減去。
3. 權(quán)利要求2的裝置，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的片段 的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
4. 權(quán)利要求1的裝置，其中所述離子核對包括為一個或多個信息倉中存在的潛在代表所述標(biāo)記化合物的 一種或多種前體的數(shù)據(jù)對信息 指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成前體匹配參數(shù)，并識別符合所述前體匹配參數(shù)的 數(shù)據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相關(guān) 匹配組，并且將所述前體相關(guān)匹配組乂人所述信息倉和減損的信息倉中 減去。
5. 權(quán)利要求4的裝置，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的前體 的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
6. 權(quán)利要求l的裝置，其中所述離子核對包括為一個或多個信息 倉中存在的潛在代表所述標(biāo)記化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的數(shù)據(jù)對信息指定匹 配標(biāo)準(zhǔn)以形成反應(yīng)產(chǎn)物匹配參數(shù)，并識別符合所述反應(yīng)產(chǎn)物匹配參翁: 的數(shù)據(jù)對，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)倉中減去。
7. 權(quán)利要求6的裝置，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的前體 的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
8. 權(quán)利要求l的裝置，其中所述離子核對過程包括第二次通過， 其中對于標(biāo)記化合物，從針對所述標(biāo)記化合物的數(shù)據(jù)庫中識別選自其 預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物中的至少一種，并為在一個或多 個信息倉中存在的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)，以對所述選定的其預(yù)期 片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物形成笫二次通過匹配參數(shù)，識別符合 所述第二次通過匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成第二次通過匹配組，以及將所述第二次通過匹配組從所述信 息倉和減損的信息倉中減去。
9. 權(quán)利要求8的裝置，其中使用代表所述標(biāo)記化合物的預(yù)期片 段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物的所述數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
10. 權(quán)利要求8的裝置，其中所述預(yù)期片段包括不完全消化物。
11. 權(quán)利要求8的裝置，其中所述預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物包括氧化的、曱基 化的、磷酸化的和糖基化的片段和前體中的至少 一種。
12. 權(quán)利要求l的裝置，其中所述色語工具接收樣品的消化物。
13. 權(quán)利要求1的裝置，其中所述質(zhì)譜儀具有片段化室，且具有其 中不形成片段的低能模式和其中形成片段的高能模式。
14. 權(quán)利要求13的裝置，其中所述質(zhì)諳儀可以在比與所述信息倉相關(guān)的間隔更小的時間間隔內(nèi)從高能模式轉(zhuǎn)變?yōu)榈湍苣Ｊ健?br> 15. 權(quán)利要求2的裝置，進(jìn)一步包括用于顯示在該離子核對過程中 識別的化合物的數(shù)據(jù)輸出工具。
16. 權(quán)利要求l的裝置，其中所述化合物是蛋白質(zhì)和肽。
17. 權(quán)利要求1的裝置，其中所述匹配標(biāo)準(zhǔn)針對代表最大信號的數(shù)據(jù)對。
18. 權(quán)利要求l的裝置，其中所述標(biāo)記反映了該識別的置信度。
19. 權(quán)利要求1的裝置，進(jìn)一步包括色譜裝置，其用于接收樣品并 通過保留時間將所述樣品分離為化合物，所述色譜裝置與計算機(jī)處理 工具信號通訊以產(chǎn)生信號，由該信號可以確定保留時間。
20. 權(quán)利要求1的裝置，進(jìn)一步包括質(zhì)譜儀，其用于接收來自所述 色語裝置的化合物并產(chǎn)生對應(yīng)該化合物的質(zhì)量的信號，而且如果所述 化合物形成一種或多種片段，產(chǎn)生與片段相對應(yīng)的信號，如果所述化 合物反應(yīng)生成反應(yīng)產(chǎn)物，產(chǎn)生與所述反應(yīng)產(chǎn)物相對應(yīng)的信號，以及如 果所述化合物作為前體存在，產(chǎn)生與所述前體相對應(yīng)的信號，所述質(zhì) 譜儀與所述計算機(jī)處理工具信號通訊以產(chǎn)生涉及化合物、片段、反應(yīng) 產(chǎn)物或前體的質(zhì)量的質(zhì)量信號。
21. 用色鐠裝置和質(zhì)譜裝置識別化合物的方法，其中色語裝置接收 樣品并通過保留時間將所述樣品分離成化合物，所述色鐠裝置產(chǎn)生由 其可以確定保留時間的信號，所述質(zhì)語儀接收來自所述色鐠裝置的一 種或多種化合物，并產(chǎn)生與該化合物的質(zhì)量對應(yīng)的信號，而且如果所 述化合物形成一種或多種片段，則產(chǎn)生與片段相對應(yīng)的信號，如果所 述化合物反應(yīng)生成反應(yīng)產(chǎn)物，則產(chǎn)生與所迷反應(yīng)產(chǎn)物相對應(yīng)的信號， 以及如果所述化合物作為前體存在，則產(chǎn)生與所述前體相對應(yīng)的信號， 所述方法包括具有以下步驟的離子核對過程a )將每一質(zhì)量信號與保留時間信號相關(guān)聯(lián)以形成數(shù)據(jù)對和針對多個數(shù)據(jù)對的數(shù)據(jù)對信息，存儲該數(shù)據(jù)對信息，并將所述數(shù)據(jù)對信息分 類成由保留時間范圍限定的群組進(jìn)入信息倉；b)為 一個或多個信息倉中存在的潛在代表化合物的數(shù)據(jù)對信息指 定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成匹配參數(shù)，并識別符合所述匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對的群 組，符合所述匹配參數(shù)的所述數(shù)據(jù)對形成匹配組；C)將所述匹配組和相關(guān)匹配組與數(shù)據(jù)庫工具相比較，并識別符合 所述匹配參數(shù)中至少一個的化合物并將標(biāo)識分配給所述匹配組的所述 數(shù)據(jù)對以形成標(biāo)記化合物，將所述匹配組的所述數(shù)據(jù)對從所述信息倉 中減去以形成一個或多個減損的信息倉；和d )用所述 一 個或多個信息倉和減損的信息倉中保持的數(shù)據(jù)對信息重復(fù)步驟b c,直至所有數(shù)據(jù)對信息都與化合物、化合物片段和化合物的反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)聯(lián)為止，或者直至針對剩余化合物、化合物片段和 化合物的反應(yīng)產(chǎn)物的所述匹配標(biāo)準(zhǔn)與所述數(shù)據(jù)庫中的信息不相符合為 止，或者直至用戶限定的重復(fù)次數(shù)為止。
22. 權(quán)利要求21的方法，其中所述離子核對包括為一個或多個信 息倉中存在的潛在代表所述標(biāo)記化合物的 一種或多種片段的數(shù)據(jù)對信 息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成片段匹配參數(shù)，并識別符合所述片段匹配參數(shù) 的數(shù)據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成片段相 關(guān)匹配組，并且將所述片段相關(guān)匹配組從所述信息倉和減損的信息倉 中減去。
23. 權(quán)利要求22的方法，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的片 段的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
24. 權(quán)利要求21的方法，其中所述離子核對包括為一個或多個信 息倉中存在的潛在代表所述標(biāo)記化合物的一種或多種前體的數(shù)據(jù)對信 息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成前體匹配參數(shù)，并識別符合所述前體匹配參數(shù) 的數(shù)據(jù)對的群組，以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成前體相 關(guān)匹配組，并且將所述前體相關(guān)匹配組從所述信息倉和減損的信息倉 中減去。
25. 權(quán)利要求24的方法，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的前 體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
26. 權(quán)利要求21的方法，其中所述離子核對包括為一個或多個信匹配標(biāo)準(zhǔn)以形成反應(yīng)產(chǎn)物匹配參凄史，并識別符合所述反應(yīng)產(chǎn)物匹配參 數(shù)的數(shù)據(jù)對以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的群組形成反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān) 匹配組，并且將所述反應(yīng)產(chǎn)物相關(guān)匹配組從所述信息倉和減損的信息 倉中減去。
27. 權(quán)利要求26的裝置，其中使用所述代表所述標(biāo)記化合物的前體的數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
28. 權(quán)利要求21的方法，其中所述離子核對過程包括第二次通過，其中對于標(biāo)記化合物，從針對所述標(biāo)記化合物的數(shù)據(jù)庫中識別選自其 預(yù)期片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物中的至少一種，并為在一個或多 個信息倉中存在的數(shù)據(jù)對信息指定匹配標(biāo)準(zhǔn)，以對所述選定的其預(yù)期 片段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物形成第二次通過匹配參數(shù)，識別符合 所述第二次通過匹配參數(shù)的數(shù)據(jù)對以形成數(shù)據(jù)對的群組，該數(shù)據(jù)對的 群組形成第二次通過匹配組，以及將所述第二次通過匹配組從所述信 息倉和減損的信息倉中減去。
29. 權(quán)利要求28的方法，其中使用代表所述標(biāo)記化合物的預(yù)期片 段、預(yù)期前體和預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物的所述數(shù)據(jù)對來提高化合物識別的置信度。
30. 權(quán)利要求28的方法，其中所述預(yù)期片段包括不完全消化物。
31. 權(quán)利要求28的裝置，其中所述預(yù)期反應(yīng)產(chǎn)物包括氧化的、曱 基化的、磷酸化的和糖基化的片段和前體中的至少 一種。
32. 權(quán)利要求21的方法，其中所述色語工具接收樣品的消化物。
33. 權(quán)利要求21的方法，其中所述質(zhì)譜儀具有片段化室，且具有 其中不形成片段的低能模式和其中形成片段的高能模式，以及所述方 法包括在所述高能模式和低能模式之間切換的步驟。
34. 權(quán)利要求33的方法，其中所述質(zhì)譜儀可以在比與所述信息倉 相關(guān)的間隔更小的時間間隔內(nèi)從高能模式轉(zhuǎn)變?yōu)榈湍苣Ｊ?，以及所?方法包括在比所述信息倉更小的所述時間間隔內(nèi)在所述高能模式和低 能模式之間切換。
35. 權(quán)利要求22的方法，進(jìn)一步包括顯示在該離子核對過程中識 別的化合物。
36. 權(quán)利要求21的方法，其中所述化合物是蛋白質(zhì)和肽。
37. 權(quán)利要求21的方法，其中所迷匹配標(biāo)準(zhǔn)涉及代表最大信號的數(shù)據(jù)對。
38. 權(quán)利要求21的方法，其中所述標(biāo)記反映了該識別的置信度。
全文摘要
本發(fā)明涉及用于進(jìn)行質(zhì)譜測定的裝置和方法。本發(fā)明的實(shí)施方案涉及用于進(jìn)行質(zhì)譜測定的裝置和方法。數(shù)據(jù)對信息經(jīng)過離子核對過程，其中從該數(shù)據(jù)對信息中減去涉及標(biāo)記化合物的數(shù)據(jù)對信息。該減損的信息更容易顯示以較小信號存在的化合物的數(shù)據(jù)對信息。
文檔編號G01N33/48GK101454666SQ200780019474
公開日2009年6月10日 申請日期2007年5月24日 優(yōu)先權(quán)日2006年5月26日
發(fā)明者H·威瑟斯, J·C·西爾瓦, M·V·戈倫斯坦, S·J·格羅馬諾斯, 李國忠 申請人:沃特世投資有限公司