專利名稱::用于監(jiān)測腎功能的預(yù)測性的腎安全性生物標(biāo)志物和生物標(biāo)志物標(biāo)簽的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域:
:本發(fā)明涉及生物標(biāo)志物標(biāo)簽(biomarkersignatures)及它們在監(jiān)測、預(yù)防、診斷和/或治療腎毒性或肝毒性、和更具體地作為疾病或藥物治療后果的腎小管毒性的方法和裝置中的用途。
背景技術(shù):
:各種蛋白尿腎病的最終共同途徑是發(fā)展為終末期腎衰竭。蛋白尿程度與腎病的進(jìn)展速度有關(guān)。人類蛋白尿疾病中,腎小管間質(zhì)損傷能夠比腎小球損害更好地預(yù)測腎功能衰退。經(jīng)過濾的腎小管毒性血漿蛋白被認(rèn)為導(dǎo)致了此關(guān)系,雖然這些蛋白質(zhì)的性質(zhì)仍不確定。經(jīng)過濾的蛋白質(zhì)部分地通過激活近端腎小管細(xì)胞(PTC)發(fā)揮其有害作用,這些細(xì)胞分泌趨化因子和細(xì)胞因子,從而導(dǎo)致炎癥、間質(zhì)成纖維細(xì)胞的肌轉(zhuǎn)化(myotransformation)、纖維化和細(xì)胞凋亡。這最終將導(dǎo)致終末期腎衰竭。因此,腎小管上皮細(xì)胞被J人為是間質(zhì)損害進(jìn)展過程中的關(guān)鍵。有人提出蛋白尿是腎小管損傷和間質(zhì)纖維化的誘因。本領(lǐng)域一直需要確定和監(jiān)測藥物治療后或當(dāng)腎功能由疾病導(dǎo)致受損時(shí)動物和人類的腎臟和肝臟功能。發(fā)明概述本發(fā)明提供了用于診斷或預(yù)測腎臟和肝臟的狀態(tài)、功能和完整性的試驗(yàn)和裝置??蓪⒈景l(fā)明的生物標(biāo)志物、其他臨床化學(xué)參數(shù)或其組合物轉(zhuǎn)換成用于診斷腎臟或肝臟狀態(tài)的化驗(yàn)、試驗(yàn)或裝置,以監(jiān)測不良事件如藥物引起的腎毒性或肝毒性,以根據(jù)腎臟或肝臟狀態(tài)調(diào)整藥物治療方案,或以開展用于診斷腎臟或肝臟疾病或其患病率的臨床試驗(yàn)?;诒疚奶峁┑臄?shù)據(jù),本發(fā)明使腎臟或肝毒性的預(yù)測、分類、關(guān)聯(lián)和診斷成為可能。本文還描述了動物研究,其中釆用了不同給藥方案給動物施用不同類型的腎毒物和肝毒物。并在不同時(shí)間點(diǎn)采集動物的不同生物樣本。在不同時(shí)間點(diǎn)和不同治療組中采集尿液、血液、器官組織、來自器官組織和血液的mRNA。在體內(nèi)期對動物進(jìn)行評估,然后采用不同方法,特別是利用臨床觀察、體內(nèi)數(shù)據(jù)(例如體重、攝食量),進(jìn)行器官(特別是腎臟和肝臟)的宏觀檢查和顯孩i鏡檢查。附圖簡述附圖以舉例的方式而不是以限制性方式描述了優(yōu)選實(shí)施方案。圖1列出了在體內(nèi)研究中施用至動物的化合物。圖2顯示了在全部10項(xiàng)研究中報(bào)道的腎損害數(shù)。根據(jù)等級和治療組對該數(shù)目進(jìn)行了細(xì)分(腎毒物處理的動物與載體(vehicle)和肝毒物處理的動物)。圖3是一張表,顯示了在10項(xiàng)體內(nèi)研究中報(bào)道的組織病理學(xué)腎臟損害。根據(jù)等級和治療組對列出的發(fā)生數(shù)進(jìn)行分類(腎毒物處理的動物與載體和肝毒物處理的動物)。圖4是用于順鉑研究的腎臟組織病理矩陣。每列代表一種局部損害。每行對應(yīng)一只動物,根據(jù)劑量組(對照、低劑量、中等劑量和高劑量)對這些動物排序,在每個(gè)劑量組內(nèi)根據(jù)終止時(shí)間點(diǎn)排序。如果報(bào)道了一個(gè)損害,則用一個(gè)橙色框代表等級,框內(nèi)寫有相應(yīng)等級(l級,2-5級,無報(bào)道/0級)。并標(biāo)記主導(dǎo)過程。圖5是一張表,顯示了在10項(xiàng)體內(nèi)研究中報(bào)道的組織病理肝臟損害。列出了發(fā)生數(shù)。圖6是一張表,顯示了生物標(biāo)志物的受試者工作特征(ROC)分析結(jié)果和一些病理的現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)。笫1列代表生物標(biāo)志物,笫2列代表分子實(shí)體,第3列代表介質(zhì),生物標(biāo)志物在介質(zhì)中測定,第4列代表進(jìn)行ROC分析的病理。第5列代表AUC及其標(biāo)準(zhǔn)誤差。第6列顯示生物標(biāo)志物的值是否隨相應(yīng)病理的出現(xiàn)增加(+)或減小(-)。第7列和第8列顯示了用于相應(yīng)分析的動物數(shù)量。第11列顯示了95%特異性(第10列)的相應(yīng)靈敏性,第9列為生物標(biāo)志物的相應(yīng)閾值。除了目標(biāo)生物標(biāo)志物,還顯示了IO種目標(biāo)病理的當(dāng)前標(biāo)準(zhǔn)BUN和血清肌酸酐結(jié)果。此表說明了所列特定生物標(biāo)志物的裝置、化驗(yàn)、診斷試驗(yàn)或診斷試劑盒的實(shí)施的使用和性能,以監(jiān)測所列具體腎臟病理。圖7是一組散點(diǎn)圖,顯示了用不同蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物進(jìn)行的肝毒性評估。生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或不同劑量的肝毒物ANIT(a-萘異硫氰酸酯)。此研究中,在肝臟中觀察到與劑量相關(guān)的組織病理檢查結(jié)果,但是在腎臟中未觀察到。圖中顯示了相對濃度水平(與對照物相較的倍數(shù)變化)。劑量水平用不同顏色的點(diǎn)表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用標(biāo)簽表示。生物標(biāo)志物水平能很好地反映劑量,因此能4艮好地反映與劑量相關(guān)的肝毒性。這些圖中代表的生物標(biāo)志物為在血漿中測定的ALAT(圖7A頂部)、在血漿中測定的脂質(zhì)運(yùn)栽蛋白-2(圖7A底部)、在血漿中測定的GST-mu(圖7B頂部)和在尿中測定的脂質(zhì)運(yùn)栽蛋白-2(圖7B底部)。圖8是一組散點(diǎn)圖,顯示了用不同蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物和臨床化學(xué)參數(shù)進(jìn)行的腎損傷評估。生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或不同劑量的腎毒物順鉑。圖中顯示了相對濃度水平(與對照物相比較的倍數(shù)變化)。劑量水平用x軸上的標(biāo)簽表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用樣本標(biāo)簽表示。樣本根據(jù)在腎臟中觀察到的組織病理結(jié)果的最高等級進(jìn)行著色。橫條表示在病例對照動物(在腎臟中無組織病理結(jié)果的施用載體的動物)中觀察到的最高標(biāo)志物水平。高于橫條的蛋白質(zhì)水平增加明顯(病例對照的特異性為100%)。用不同臨床參數(shù)和蛋白質(zhì)檢測具有不同靈敏性的腎損傷。在血清中測定肌酸酐,這是當(dāng)前用于腎損傷和腎功能的標(biāo)準(zhǔn)外周測試,是最不靈敏的方法(圖8A頂部)。在血漿中測定的半胱氨酸蛋白酶抑制劑C(圖8A底部)、在尿液中測定的Kim-l(圖8B頂部)、在尿液中測定的脂質(zhì)運(yùn)載蛋白-2(圖8B底部)、在尿液中測定的骨橋蛋白(圖8C頂部)和在尿液中測定的簇集蛋白(圖8C底部)鑒定了更多具有顯著腎臟結(jié)果的動物。圖9是一組散點(diǎn)圖,顯示了根據(jù)腎臟中的mRNA中的不同基因的轉(zhuǎn)錄進(jìn)行的腎損傷評估。生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或不同劑量的腎毒物順鉑。圖中顯示了表達(dá)值(Ct值參照Polr2g)。劑量水平用x軸上的標(biāo)簽表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用樣本標(biāo)簽表示。樣本根據(jù)在腎臟中觀察到的組織病理結(jié)果的最高等級進(jìn)行著色。橫條表示對照動物中觀察到的最高表達(dá)(圖中的最低值)。橫條下方的值對應(yīng)顯著增加的表達(dá)水平(未給藥動物的特異性為100%)。Kim-l(圖9A)和Cyr61(圖9B)都能以一種比組織病理學(xué)檢查更靈敏的方式(在較低劑量水平)檢測早期(在較早時(shí)間點(diǎn))腎損傷。發(fā)明詳細(xì)說明定義本文使用的"腎毒性"或"腎損傷"或類似的"腎臟疾病"等表達(dá)都表示一種突然的(急性)或隨時(shí)間逐漸衰退(慢性)的腎衰竭或功能紊亂,可能由多種疾病引發(fā);或表示疾病過程,包括(但不限于)急性腎毒性I型敗血癥(感染)、休克、創(chuàng)傷、腎結(jié)石、腎感染、藥物中毒、毒藥或毒物或用碘對比染料注射后(副作用);以及慢性腎毒性長期高血壓、糖尿病、充血性心力衰竭、狼瘡或鐮刀型細(xì)胞貧血。這兩種腎衰竭形式都會導(dǎo)致危機(jī)性命的代謝紊亂。表述"身體樣本"應(yīng)包括但不限于活組織檢查,優(yōu)選腎臟和體液(例如血液、血漿、血清、淋巴液、腦脊髓液、囊液、腹水、尿液、糞便和膽汁)的活組織檢查。本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)在于可以在體液中(例如血漿或尿液)很好地監(jiān)測一種標(biāo)志物。例如,可以在血漿中很好地確定簇集蛋白的表達(dá)水平。本文4吏用的"個(gè)體"一詞表示一個(gè)人、一只動物,例如小鼠或大鼠,或一個(gè)人群或一群個(gè)體。本文使用的"候選試劑"或"候選藥物"可為天然或合成分子,例如蛋白質(zhì)或其片段、抗體、小分子抑制劑或激動劑、核酸分子、有機(jī)和無機(jī)化合物等。一般方法實(shí)踐本發(fā)明時(shí)采用了分子生物學(xué)、微生物學(xué)和DNA重組領(lǐng)域的許多常規(guī)技術(shù)。這些技術(shù)為人熟知,并且在下列文獻(xiàn)中進(jìn)行了解釋,例如,《分子生物學(xué)現(xiàn)行規(guī)范》(CurrentProtocolsinMolecularBiology)第一巻、第二巻和第三巻,1997(F.M.Ausubel編);Sambrook等人的《分子克隆實(shí)驗(yàn)手冊》(MolecularCloning:ALaboratoryManual)第二版(冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社,冷泉港,紐約,1989);《DNA克隆實(shí)用方法》(DNACloning:APracticalApproach)第一巻和第二巻,D.N.Glover編(1985);《寡核苷酸合成》(OligonucleotideSynthesis),M.L.Gait編(1984);Hames&Higgins,《核酸雜交》(NucleicAcidHybridization),(1985);《轉(zhuǎn)錄和翻譯》(TranscriptionandTranslation),Hames&Higgins編(1984);《動物細(xì)胞培養(yǎng)》(AnimalCellCulture),R.I.Freshney編(1986);《固定化細(xì)胞和酶》(ImmobilizedCellsandEnzymes),(IRL出版社,1986);Perbal,《分子克隆實(shí)用指南》(APracticalGuidetoMolecularCloning);《酶學(xué)方法》(MethodsinEnzymology)系歹'J(AcademicPress,Inc.,1984);《哺乳動物細(xì)胞基因轉(zhuǎn)移栽體》(GeneTransferVectorsforMammalianCells),J.H.Miller和M.P.Calos編(冷泉港實(shí)驗(yàn)室,1987);《酶學(xué)方法》(MethodsinEnzymology)Vol.154和Vol.155(分別由Wu&Grossman和Wu編)。有目的,其程度相當(dāng)于明確并單獨(dú)指出將每個(gè)出版物或?qū)@驅(qū)@暾埻ㄟ^對其全文的引用并入本文并用于所有目的。此外,本文引用的所有GenBank登錄號、UnigeneCluster(單基因簇)號和蛋白質(zhì)登錄號通過對其完整引用并入本文并用于所有目的,其程度相當(dāng)于明確并單獨(dú)指出將每個(gè)這類號通過對其完整引用并入本文并用于所有目的。本發(fā)明的生物標(biāo)志物測定了腎臟組織中一些生物標(biāo)志物(列于表1和2)的基因組表達(dá)和蛋白質(zhì)表達(dá)。還測定了尿液和血漿中的相關(guān)蛋白質(zhì)過程。確定了組織、尿液和血漿濃度中的基因組表達(dá)或蛋白質(zhì)表達(dá)與組織病理的相關(guān)性,以及與尿液分析參數(shù)(例如蛋白尿(表2))和血漿臨床化學(xué)參數(shù)(見表2)(例如肌酸酐、血液尿素氮(BUN)和肌酸酐清除率)的相關(guān)性。研究的問題是泌尿系統(tǒng)腎臟生物標(biāo)志物是否反映了腎臟組織損害和是否可能反映腎功能。表1列出了在轉(zhuǎn)錄水平(來自腎臟和肝臟的mRNA)和蛋白質(zhì)水平(在尿液和血液中)評估的生物標(biāo)志物。表l中的生物標(biāo)志物的測定將在后文描述。表l在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白質(zhì)水平評估的生物標(biāo)志物列表<table>tableseeoriginaldocumentpage8</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage9</column></row><table>本發(fā)明的生物標(biāo)志物如下鈣結(jié)合蛋白D-28k是大EF-手型家族中的一種鈣結(jié)合蛋白成員。鉤結(jié)合蛋白D-28k存在于所有脊推動物中,并分布于廣泛組織中。一些研究人員已證實(shí)在腎臟中,遠(yuǎn)端腎小管中的鈣結(jié)合蛋白D-28k的量最多,這與遠(yuǎn)端腎小管作為吸收鈣的部位這一作用有關(guān)。RhotenWB等人,Anat.Rec.227:145-151;BorkeJL等人,《美國生理學(xué)雜志》(Am.J.Physiol.)腎臟液電解質(zhì)生理學(xué)(RenalFluidElectrolytePhysiol)257:F842-F84926(1989)。此外,鉤結(jié)合蛋白D-28k的表達(dá)隨年齡下降可能導(dǎo)致腸和腎臟中的Ca++轉(zhuǎn)運(yùn)隨年齡下降。ArmbrechtHJ等人,《內(nèi)分泌學(xué)》(Endocrinology)125:2950-2956(1989)。環(huán)孢菌素A誘導(dǎo)的大鼠中腎臟鉤結(jié)合蛋白D-28k減少是其mRNA減少的結(jié)果。GrenetO等人,《生化藥理學(xué)》(Biochem.Pharmacol),55(7):1131-1133(1998);GrenetO等人,《生化藥理學(xué)》(Biochem.Pharmacol)59(3):267-272(2000)。簇集蛋白,又被稱為睪酮阻遏的前列腺信息2(TRPM-2),是一種遍在的、當(dāng)發(fā)生組織損傷和/或組織重塑時(shí)在許多器官(包括腎臟)內(nèi)誘導(dǎo)產(chǎn)生的分泌型糖蛋白,已經(jīng)在上皮導(dǎo)管的腎小管管腔內(nèi)發(fā)現(xiàn)這種蛋白。JenneDE&TschoppJ,《生化科學(xué)趨勢》(TrendsBiochem.Sci.)14:154-159(1992)。簇集蛋白可以保護(hù)由于腎臟損傷擾亂的細(xì)胞間相互作用。SilkensenJR等人,《美國腎臟病學(xué)會雜志》(J.Am.Soc.Nephrol,)8(2):302-305(1997)。此外,環(huán)孢菌素A(CsA)增加了大鼠腎臟內(nèi)的簇集蛋白mRNA水平。DarbyIA等人,實(shí)驗(yàn)?zāi)I臟病學(xué)(Exp.Nephrol.)3(4):234-239(1995)。表皮生長因子(EGF)是一種小的多肽,屬于一類可以調(diào)節(jié)細(xì)胞生長、分化和急性期反應(yīng)的分子。EGFmRNA主要在腎臟細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄。在各種實(shí)驗(yàn)誘導(dǎo)的急性腎衰竭中,腎臟EGF的mRNA和蛋白質(zhì)水平明顯下降,并長期保持在低水平。PricePM等人,《美國生理學(xué)雜志》(Am.J.Physiol.)268(4Pt2):F664-670(1995)。此外,EGF被認(rèn)為在腎臟缺血性損傷后的腎小管再生(DiPaoloS等人,《腎臟病與透析腎移植雜志》(N印hroIDialTransplant)2:2687-2693(1997))和藥物誘導(dǎo)的腎毒性后的腎臟組織修復(fù)(MorinNJ等人,《美國生理學(xué)雜志》(Am.J.Physiol.)263:F806-F811(1992))中起主要作用。受慢性排斥反應(yīng)或藥物引起的腎毒性困擾的腎移植患者中,EGF表達(dá)水平明顯下降。另外,報(bào)道了環(huán)孢菌素A(CsA)治療后腎臟中EGF表達(dá)下降。DengJT等人,TransplantProc.26(5):2842-2844;YangCW等人,《國際腎臟期刊》(KindeyInt.)60:847-857(2001)。腎臟損傷分子-1(Kim-1)是一種1型膜蛋白,含有細(xì)胞外6個(gè)半胱氨酸免疫球蛋白結(jié)構(gòu)域。Kim-lmRNA和蛋白質(zhì)在正常腎臟中的表達(dá)水平很低,幾乎無法檢測到,但是其量會在缺血后的腎臟中的近端腎小管中急劇增加。Kim-l與缺血后腎臟的形態(tài)完整和功能修復(fù)有關(guān)。IchimuraT等人,《生物化學(xué)雜志》(J.Biol.Chem.)273:4135-4142(1998)。Kim-l有時(shí)被稱為"Havcr1"。不同損傷類型后的早期大量腎小管表達(dá)使Kim-1成為腎'J、管細(xì)胞損傷的特異標(biāo)志物,這種損傷可能與間質(zhì)損害過程的恢復(fù)或損害機(jī)制有關(guān)。見WO2004/005544,以引用的方式并入本文。a-2u球蛋白相關(guān)蛋白質(zhì)(a-2u),在人體中又被稱為脂質(zhì)運(yùn)載蛋白2(LCN2)或嗜中性粒細(xì)胞明膠酶相關(guān)脂質(zhì)運(yùn)栽蛋白(NGAL),儲存于嗜中性粒細(xì)胞的顆粒中。它與小的親脂性物質(zhì)結(jié)合,被認(rèn)為在炎癥反應(yīng)中起作用。BundgaardJR等人,《生物化學(xué)與生物物理學(xué)研究通訊》(Biochem.Biophys.Res.Commun.)202:1468-1475(1994);CowlandJB和BorregaardN,《基因組學(xué)》(Genomics)45:17-23(1997);ZeregaB等人,《歐洲細(xì)胞生物學(xué)雜志》(Eur.J,CellBiol.)79,165-172(2000)。骨橋蛋白(OPN),又被稱為分泌型磷蛋白1(SPP1),是一種分泌型強(qiáng)酸性糖基化礴蛋白,含有精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸(RGD)細(xì)胞粘附基序。已在多個(gè)腎臟損傷模型中闡述了OPN增量調(diào)節(jié),它可能在組織重塑和修復(fù)過程中起作用。PersyVP等人,《國際腎臟期刊》(KidneyInt.)56(2):601-611(1999)。骨橋蛋白是泌尿系統(tǒng)草酸鉀結(jié)石的一種主要成分。KohriK等人,《生物化學(xué)與生物物理學(xué)研究通訊》(Biochem.Biophys.Res.Commun.)84:859-864(1992)。此外,OPN在大鼠遠(yuǎn)端腎小管細(xì)胞中被高表達(dá),傾向于形成泌尿系統(tǒng)結(jié)石。KohriK等人,《生物化學(xué)雜志》(J.Bio1.Chem.)268:15180-15184(1993).Pododn,又被稱為PDCN、SRN1、腎病2,自發(fā)性,是一種在腎臟足細(xì)胞中表達(dá)的蛋白質(zhì),在腎小球通透性調(diào)節(jié)中起作用。它幾乎只在胎兒和成熟腎的腎小球足細(xì)胞中表達(dá)。足細(xì)胞蛋白例如podocin的突變體導(dǎo)致先天性局灶節(jié)段性腎小球硬化。KomatsudaA等人,《腎衰竭》(Ren.Fail.)25(1):87-93(2003)),并且主要與抗類固醇的腎病綜合征有關(guān)。已知血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)能夠促進(jìn)血管生成,增加血管通透性,對單核細(xì)胞有趨化作用,并對糖尿病、傷口愈合、炎癥反應(yīng)和組織重塑起作用。BenjaminLE,《美國病理學(xué)雜志》(AmJPathol.)158:1181-1184(2001)。由于每種標(biāo)志物都與不同的腎臟病理結(jié)果有關(guān),因此可以鑒定這些與腎臟病理特別有關(guān)的標(biāo)志物的基因表達(dá)產(chǎn)物。例如,4丐結(jié)合蛋白-D28k水平被用作礦化作用鈣干擾預(yù)測的早期標(biāo)志物。Kim-1水平是一般性腎損傷的標(biāo)志物。OPN水平是通常與腎毒性有關(guān)的巨噬細(xì)胞浸潤的早期標(biāo)志物,和腎損傷時(shí)組織重塑的標(biāo)志。EGF水平是一般性腎毒性的早期標(biāo)志物。簇集蛋白水平是免疫介導(dǎo)的腎毒性的早期標(biāo)志物。表2列出了在尿液和血液中確定的臨床化學(xué)參數(shù)。表2中的這些生物標(biāo)志物的測定將在后文描述。<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>體內(nèi)研究和組織病理學(xué)結(jié)果。io例大鼠體內(nèi)研究全部成功進(jìn)行??梢詮脑诘?、7、14、21和22天終止的幾乎所有動物收集到足夠尿液。僅分析能獲得完整數(shù)據(jù)集(腎臟組織病理、尿液臨床化學(xué)、尿蛋白生物標(biāo)志物、血液臨床化學(xué)、血漿蛋白生物標(biāo)志物、腎臟mRNA生物標(biāo)志物)的動物并在此^^導(dǎo)。總共分析了來自739只動物的數(shù)據(jù),包括"7只用腎毒物處理的動物、188只用栽體處理的動物和104只用肝毒物處理的動物。存在9個(gè)樣本未獲得尿液Kim-l測定值,存在84個(gè)樣本未獲得血液Kim-l測定值。這些樣本被排除在Kim-l分析之外,但是被包含于其他參數(shù)和生物標(biāo)志物分4斤之內(nèi)。圖2顯示了組織病理學(xué)評估的等級分布。其中大多數(shù)為l級和2級,缺乏5級損害,這表明主要誘導(dǎo)輕微腎毒性的目標(biāo)已實(shí)現(xiàn)。施用載體和施用肝毒物的動物中有相當(dāng)數(shù)量的l級,還有一些2級結(jié)果,這表明了在此項(xiàng)目中進(jìn)行的組織病理學(xué)評估的靈敏度水平。用肝毒物未誘導(dǎo)出具有明顯劑量依賴的腎毒性。圖3詳細(xì)列出了報(bào)道的所有局部損害,包括每個(gè)級別的發(fā)生數(shù),并分為施用腎毒物的動物和對照動物(施用載體和施用肝毒物)。觀察到七十五種不同的局部結(jié)果。通常不能單獨(dú)觀察到不同類型的損害,這些損害通常是以高度關(guān)聯(lián)的方式被觀察到,代表不同分子過程。圖4顯示了順鉑試驗(yàn)的所有組織病理學(xué)結(jié)果。此過程不影響腎單位的單一孤立部分,但是以關(guān)聯(lián)方式影響多個(gè)部分(例如近端腎小管和降直腎小管)。此外,能夠觀察到按劑量和時(shí)間排序動物的分子過程的邏輯順序。觀察到壞死這種損害結(jié)果,然后觀察到再生過程,例如嗜堿性粒細(xì)胞增多和有絲分裂,但是平行地還觀察到繼發(fā)過程(例如腎小管擴(kuò)大、腎小管擴(kuò)張、細(xì)胞脫落等)。對于鑒定生物標(biāo)志物,存在兩種結(jié)果一,應(yīng)發(fā)現(xiàn)適當(dāng)?shù)木植炕剑詈门c生物標(biāo)志物表達(dá)相對應(yīng)。二,單獨(dú)的組織病理學(xué)描述應(yīng)被納入分子過程,此過程與觸發(fā)生物標(biāo)志物表達(dá)的分子事件相對應(yīng)。因此本文將局部損害并入10個(gè)不同過程,對于每個(gè)樣本,相應(yīng)局部損害的最高級別被分配到綜合病理。特別研究了下列IO個(gè)病理過程1.近端腎小管損傷下列類型的1級("最小"、"^f艮少"、"^f艮小,,)或較高級損害,所述類型為定位于任一腎小管S1、S2或S3段或不可定位的"壞死"、"細(xì)胞凋亡"或"腎小管細(xì)胞脫落"。2.腎小球改變/損傷下列類型的1級("最小"、"4艮少"、"4艮小,,)或較高級損害,所述類型為"系膜細(xì)胞增殖"、"系膜細(xì)胞增大"、"腎小球空泡化"或"間質(zhì)性鮑氏嚢纖維化"。3.腎小管損傷/再生/擴(kuò)張下列類型的1級("最小"、"很少"、"很小,,)或較高級損害,所述類型為定位于任一腎小管Sl、S2或S3段、亨利袢、粗升腎小管、遠(yuǎn)端腎小管、或集合管或不可定位的"壞死"、"細(xì)胞凋亡"、"腎小管細(xì)胞脫落"、"嗜堿性粒細(xì)胞增多"或"有絲分裂增加",或位于皮層、髓質(zhì)或乳突的"腎小管擴(kuò)張"。4.腎小球改變/損傷或腎小管損傷/再生/擴(kuò)張下列類型的1級("最小"、"很少"、"很小")或較高級損害,所述類型為"系膜細(xì)胞增殖"、"系膜細(xì)胞增大"、"腎小球空泡化,,或"間質(zhì)性鮑氏嚢纖維化"或定位于任一腎小管S1、S2或S3段、亨利袢、粗升腎小管、遠(yuǎn)端腎小管、或集合管或不可定位的"壞死"、"細(xì)胞凋亡,,、"腎小管細(xì)胞脫落"、"嗜堿性粒細(xì)胞增多"或"有絲分裂增加",或位于皮層、髓質(zhì)或乳突的"腎小管擴(kuò)張"。5.粗升腎小管損傷/再生下列類型的1級("最小"、"很少"、"^艮小")或較高級損害,所述類型為定位于粗升腎小管的"壞死"、"細(xì)胞凋亡"、"嗜堿性粒細(xì)胞增多"或"有絲分裂增加"。6.遠(yuǎn)端腎小管損傷/再生下列類型的1級("最小"、"很少"、"很小,,)或較高級損害,所述類型為定位于遠(yuǎn)端腎小管的"壞死"、"嗜堿性粒細(xì)胞增多"或"有絲分裂增加"。7.集合管損傷/再生下列類型的1級("最小"、"很少"、"很小")或較高級損害,所述類型為定位于集合管的"壞死"、"細(xì)胞凋亡"、"腎小管細(xì)胞脫落"或"嗜堿性粒細(xì)胞增多"。8.腎小管礦化下列類型的l級("最小"、"很少"、"很小,,)或較高級損害,所述類型為定位于任一腎小管Sl、S2或S3段、亨利袢、粗升腎小管、遠(yuǎn)端腎小管、或集合管的"管內(nèi)型-礦化"。9.管內(nèi)透明型下列類型的l級("最小"、"很少"、"很小,,)或較高級損害,所述類型為定位于任一腎小管S1、S2或S3段、亨利袢、粗升腎小管、遠(yuǎn)端腎小管、或集合管的"管內(nèi)型-玻璃樣(蛋白質(zhì)的、染色的)"。10.腎小球旁器肥大圖5中列出了在10例試驗(yàn)的動物肝臟中觀察到的病狀。分析說明采用經(jīng)驗(yàn)證的由RulesBasedMedicine(Texas,USA)開發(fā)的和可獲得的多重蛋白質(zhì)檢測法測定蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物。采用標(biāo)準(zhǔn)臨床化學(xué)分析方法(ADVIA1650裝置)測定臨床化學(xué)參數(shù)(例如,BUN、NAG、肌酸酐和LDH)。4吏用來自AppliedBiosystems的TaqMan基因表達(dá)測試法在AppliedBiosystems7900HT實(shí)時(shí)PCR儀上于低密度陣列上測定mRNA生物標(biāo)志物。已釆用標(biāo)準(zhǔn)程序從半個(gè)腎臟中提取mRNA。數(shù)據(jù)預(yù)處理說明。按照下列步驟對從分析裝置得到的生物標(biāo)志物濃度值進(jìn)行預(yù)處理(l)用定量上限的濃度值替代定量上限以上的濃度值;(2)用定量下限的濃度值替代定量下限以下的濃度值;(3)將每個(gè)樣本用相應(yīng)尿肌酸酐值除,使尿液生物標(biāo)志物標(biāo)準(zhǔn)化為尿肌酸酐濃度;和(4)將每個(gè)值用時(shí)間匹配的和研究匹配的對照組(通常為6只動物)的算數(shù)平均值除,以倍數(shù)變化表示數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)分析說明。數(shù)據(jù)的定量分析基礎(chǔ)均是受試者工作特征分析(ROC)。在ROC分析中,由于二元判定問題(例如對照動物與患病動物),判定閾值隨發(fā)生系統(tǒng)性改變,真陽性(靈敏性)與真陰性(l-特異性)會被標(biāo)出。曲線下面積(AUC)是將靈敏性和特異性合并成一個(gè)值的診斷能力測定,其中隨機(jī)鑒別器與0.5AUC對應(yīng),而理想鑒別器與l對應(yīng)。通過梯形積分法計(jì)算AUC,如BradleyAP,Pat.Recogn.30(7):1145-1159(1997)所述。通過Wilcoxon統(tǒng)計(jì)的標(biāo)準(zhǔn)誤差計(jì)算AUC的標(biāo)準(zhǔn)誤差,如Bradley(1997)所述。作為給定的生物標(biāo)志物和病理的ROC分析的一個(gè)應(yīng)用實(shí)例,生物標(biāo)志物/病理的閾值按以下方式建立了預(yù)定義的最低特異性首先為給定的最小特異性(例如95%)確定最小特異性以上或在最小特異性處的全部可能的最低確切特異性。對于確切特異性,選擇具有最高相應(yīng)靈敏性的閾值。此算法不考慮通過進(jìn)一步改變閾值產(chǎn)生針對此靈敏性的更高特異性的可能。本文報(bào)道了此閾值的相應(yīng)特異性和靈敏性。對于數(shù)據(jù)分析,采用了對照動物和患病動物的下列定義(a)對照組施用載體或肝毒物的動物,它們不表現(xiàn)出所研究的損害。(b)患病組施用腎毒物的動物,它們在組織病理學(xué)評估中^C分配了1級或較高級的目標(biāo)損害。由于在這些試驗(yàn)中未觀察到劑量相關(guān)的腎毒性,因此將施用肝毒物的動物劃分到對照組,以測試標(biāo)志物與其他肝毒性變化相比較的特異性??紤]到這些動物不"干凈",因此在ROC中不考慮給藥但是未表現(xiàn)出任何損害或僅表現(xiàn)出其他損害(不是組織病理學(xué)方面的特定目標(biāo)損害)的動物。這組動物代表一種未定義狀態(tài),特別是當(dāng)一種分子反應(yīng)比組織病理學(xué)表現(xiàn)更早更快時(shí)。在這種情況下,無法判定(l)一側(cè)腎臟的一份組織病理學(xué)切片是否無法代表腎臟的全部狀態(tài)(假陰性組織病理);(2)分子反應(yīng)是否比組織病理更早/更靈敏,一種所謂的前兆狀態(tài);或(3)如果組織病理是唯一的真實(shí)狀況(假陽性生物標(biāo)志物),這些動物是否是假陽性。處理這些動物的最保守的方法是將這些動物排除在任何分析之外,因?yàn)闊o法將其明確分配給任何組。目標(biāo)生物標(biāo)志物和病理的腎損傷監(jiān)測結(jié)果。圖6中顯示了大多數(shù)感興趣的腎臟病理和生物標(biāo)志物的結(jié)合了組織病理學(xué)、研究信息和生物標(biāo)志物值的ROC分析結(jié)果。監(jiān)測和鑒定肝損傷的蛋白質(zhì)和臨床化學(xué)參數(shù)。這些生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或不同劑量的肝毒物ANIT(a-萘異硫氰酸酯)。見圖7。在肝臟中觀察到與劑量相關(guān)的組織病理檢查結(jié)果,但是在腎臟中未觀察到。圖中顯示了相對濃度水平(與對照物相較的倍數(shù)變化)。劑量水平用不同顏色的陰影表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用標(biāo)簽表示。生物標(biāo)志物水平能很好地反映劑量,因此能很好地反映與劑量相關(guān)的肝毒性。這些圖中描繪的生物標(biāo)志物為當(dāng)前的標(biāo)準(zhǔn)在血漿中測定的ALAT(圖7A頂部)和在血漿中測定的新標(biāo)志物脂質(zhì)運(yùn)載蛋白-2(圖7A底部)、在血漿中測定的GST-mu(圖7B頂部)和在尿液中測定的脂質(zhì)運(yùn)栽蛋白-2(圖7B底部)。監(jiān)測和鑒定腎損傷的蛋白質(zhì)和臨床化學(xué)參數(shù)。這些生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或不同劑量的腎毒物順鉑。見圖7。圖中顯示了相對濃度水平(與對照物相比較的倍數(shù)變化)。劑量水平用x軸上的標(biāo)簽表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用樣本標(biāo)簽表示。樣本根據(jù)在腎臟中觀察到的組織病理結(jié)果的最高等級進(jìn)行著色。橫條表示在病例對照動物(在腎臟中無組織病理結(jié)果的施用栽體的動物)中觀察到的最高標(biāo)志物水平。高于橫條的蛋白質(zhì)水平增加明顯(病例對照的特異性為100%)。也可能存在其他閾值。圖6中給出了95%特異性的具體閾值。用不同臨床參數(shù)和蛋白質(zhì)檢測腎損傷,具有不同的靈敏度。在血清中測定肌酸酐,這是當(dāng)前用于腎損傷和腎功能的標(biāo)準(zhǔn)外周測試,是最不靈敏的方法(圖8A頂部)。在血清中測定的半胱氨酸蛋白酶抑制劑C(圖8A底部)、在尿液中測定的Kim-l(圖8B頂部)、在尿液中測定的脂質(zhì)運(yùn)載蛋白-2(圖8B底部)、在尿液中測定的骨橋蛋白(圖8C頂部)和在尿液中測定的簇集蛋白(圖8C底部)鑒定了更多具有顯著腎臟結(jié)果的動物。監(jiān)測和鑒定腎損傷的基因轉(zhuǎn)錄。這些生物標(biāo)志物來自動物,這些動物施用了載體或腎毒物順鉑。見圖9。圖中顯示了表達(dá)值(Ct值參照Polr2g)。劑量水平用x軸上的標(biāo)簽表示,采樣時(shí)間點(diǎn)用樣本標(biāo)簽表示。樣本根據(jù)在腎臟中觀察到的組織病理結(jié)果的最高等級進(jìn)行著色。橫條表示對照動物中觀察到的最高表達(dá)(圖中的最低值)。橫條下的值對應(yīng)顯著增加的表達(dá)水平(未給藥動物的特異性為100%)。也可能存在其他閾值。圖6中提出了95%特異性的具體閾值。Kim-l(圖9A)和Cyr61(圖9B)都能以一種比組織病理學(xué)檢查更靈敏的方式(在較低劑量水平)更早檢測到(在較早時(shí)間點(diǎn))腎損傷。本發(fā)明的實(shí)施方案和涉及的方面。本發(fā)明利用文中所述的數(shù)學(xué)運(yùn)算和數(shù)據(jù),提供了下列實(shí)施方案本發(fā)明通過將本發(fā)明的一種生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物的組合物(臨床化學(xué)參數(shù)、蛋白質(zhì)、mRNA轉(zhuǎn)錄)用于生物矩陣(尿液、血液、來自腎臟和血液的mRNA),從而提供了對腎毒性和/或肝毒性進(jìn)行診斷、預(yù)測和分類的方法。本發(fā)明還提供了借助在一個(gè)生物矩陣中或不同生物矩陣中對單一生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物的組合物(臨床化學(xué)參數(shù)、蛋白質(zhì)、mRNA轉(zhuǎn)錄)進(jìn)行的測定,對組織病理學(xué)結(jié)果、組織病理學(xué)結(jié)果組合在腎臟、肝臟或腎臟和肝臟中的組織病理學(xué)結(jié)果表現(xiàn)出的機(jī)制進(jìn)行診斷、預(yù)測和分類17的方法。在使用本發(fā)明時(shí),腎臟中的組織病理學(xué)結(jié)果對應(yīng)一種腎毒性或腎臟疾病癥狀,肝臟中的組織病理學(xué)結(jié)果對應(yīng)一種肝毒性或肝臟疾病癥狀。因此,可以確定個(gè)體中標(biāo)志物的表達(dá)水平或功能水平以選擇對個(gè)體合適的藥劑進(jìn)行治療性治療或預(yù)防性治療。了解了這些,當(dāng)應(yīng)用于給藥或藥物選擇時(shí),可避免不良反應(yīng)或治療失敗,因此當(dāng)用標(biāo)志物表達(dá)的調(diào)節(jié)劑治療受試者時(shí),可增強(qiáng)治療或預(yù)防效果。見WO2004/005544,以引用的方式并入本文作為參考。本發(fā)明還提供了借助生物矩陣中的單一生物標(biāo)志物和生物標(biāo)志物的組合物對生物矩陣中的單一生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物的組合物進(jìn)行診斷、預(yù)測和分類的方法。本發(fā)明還提供了借助在生物矩陣中對本發(fā)明的生物標(biāo)志物進(jìn)行的測定來預(yù)測個(gè)體的命運(yùn)(例如存活率)的方法。一方面,本發(fā)明顯示了可以用本發(fā)明的生物標(biāo)志物對組織病理學(xué)結(jié)果、組織病理學(xué)結(jié)果組合和腎臟、肝臟或腎臟和肝臟中的組織病理學(xué)結(jié)果表現(xiàn)出的機(jī)制進(jìn)行預(yù)測、分類和診斷,比起其他生物標(biāo)志物,本發(fā)明的標(biāo)志物具有更高的靈敏性和特異性,時(shí)間點(diǎn)更早,劑量水平更低。另一方面,本發(fā)明顯示了可在早于肝臟和腎臟的組織病理學(xué)評估的研究過程中在此研究時(shí)間點(diǎn)用本發(fā)明的生物標(biāo)志物對組織病理學(xué)結(jié)果、組織病理學(xué)結(jié)果組合和腎臟、肝臟或腎臟和肝臟中的組織病理學(xué)結(jié)果表現(xiàn)出的機(jī)制進(jìn)行預(yù)測、分類和診斷。這意味著借助生物標(biāo)志物進(jìn)行的組織病理學(xué)建模、診斷、分類和預(yù)測比組織病理學(xué)本身的評估更早、更靈敏、更具特異性。本發(fā)明提供的方法不僅可以與本發(fā)明所述的生物標(biāo)志物一起使用,也可以與其降解產(chǎn)物或所述生物標(biāo)志物的組合物及其降解產(chǎn)物一起使用。降解產(chǎn)物可以為所述蛋白質(zhì)的肽或肽片段或所述mRNA轉(zhuǎn)錄的mRNA片段及其降解產(chǎn)物。此外,本發(fā)明提供的方法不僅可以使用所述生物標(biāo)志物,還可以使用基本上相似的生物標(biāo)志物,例如不同的同工型、剪接變體或片段。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明提供的方法可以利用本發(fā)明所述生物標(biāo)志物的基因的多態(tài)現(xiàn)象。本發(fā)明還提供了在一個(gè)裝置中實(shí)施這些標(biāo)志物、這些生物標(biāo)志物和生物標(biāo)志物的模型、關(guān)聯(lián)、預(yù)測、分類和診斷與組織病理和其他生物標(biāo)志物的結(jié)合方法。特別是本發(fā)明提供了用于監(jiān)測或診斷腎臟的狀態(tài)和功能或肝臟的狀態(tài)和功能的試驗(yàn)、裝置、化驗(yàn)、生物標(biāo)志物檢測、臨床檢測試劑盒或診斷裝置。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了用于監(jiān)測或診斷對腎臟或肝臟的副作用的試驗(yàn)、裝置、化驗(yàn)、生物標(biāo)志物檢測、臨床檢測試劑盒或診斷裝置。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了用于鑒定不會引起或誘導(dǎo)對腎臟或肝臟的副作用的候選試劑(藥物)的試驗(yàn)、裝置、化驗(yàn)、生物標(biāo)志物檢測、臨床檢測試劑盒或診斷裝置。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了確定個(gè)體是否會對關(guān)于腎毒性、肝毒性或肝腎毒性的治療有反應(yīng)的試驗(yàn)、裝置、化驗(yàn)、生物標(biāo)志物檢測、臨床檢測試劑盒或診斷裝置。試劑盒的組分可用于釆用雜交印跡分析、逆轉(zhuǎn)錄PCR或?qū)崟r(shí)定量PCR、分支DNA、基于核酸序列的擴(kuò)增(NASBA)、轉(zhuǎn)錄介導(dǎo)的擴(kuò)增、核糖核酸酶保護(hù)分析或微陣列測定基因表達(dá)。另一特定實(shí)施方案提供了一種試劑盒,其中確定基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物的工具包含至少一種針對一種蛋白質(zhì)(由選自本發(fā)明的生物標(biāo)志物的標(biāo)志物基因編碼)的特異性抗體。這種抗體優(yōu)選地選自多克隆抗體、單克隆抗體、人源化抗體或嵌合抗體、以及生物功能性抗體片段,其中所述生物功能性抗體片段足以用于將該抗體片段結(jié)合到標(biāo)志物。特別優(yōu)選的是確定基因表達(dá)水平的免疫測定方法。在本發(fā)明的另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中,提供了一種試劑盒,此試劑盒包含用于獲得個(gè)體的身體樣本、特別是血漿或尿液的工具。一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案還包含一種容器,適合容納用于確定基因表達(dá)水平的工具和個(gè)體的身體樣本。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中,此試劑盒包含使用說明和試劑盒結(jié)果解釋。在一些實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了用于(i)鑒定能夠改善腎毒性的一種或多種癥狀的候選試劑(藥物);(ii)鑒定能夠改善肝毒性的一種或多種癥狀的候選試劑(藥物);(iii)比較兩種試劑(藥物)的潛在腎毒性;(iv)比較兩種試劑(藥物)的潛在肝毒性的試驗(yàn)、裝置、化驗(yàn)、生物標(biāo)志物檢測、臨床檢測試劑盒或診斷裝置。例如,可以在接受腎病或毒性治療的受試者的臨床試驗(yàn)中監(jiān)測一種試劑影響標(biāo)志物表達(dá)的效果。在一優(yōu)選實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種用某種試劑(例如,激動劑、拮抗劑、擬肽類藥物、蛋白質(zhì)、肽、核酸、小分子或其他候選藥物)監(jiān)測受試者的治療效果的方法,包括下列步驟(i)在受試者施用試劑前才從受試者處取施用前樣本;(ii)檢測施用前樣本中一種或多種所選的本發(fā)明所述標(biāo)志物的表達(dá)水平;(iii)從受試者處取一份或多份施用后樣本;(iv)檢測施用后樣本中標(biāo)志物的表達(dá)水平;(v)比較施用前樣本中的標(biāo)志物表達(dá)水平與施用后樣本中的標(biāo)志物表達(dá)水平;和(vi)根據(jù)比較結(jié)果,改變對受試者施用的試劑。例如,經(jīng)調(diào)整過的試劑施用能夠?qū)?biāo)志物的表達(dá)提高到比檢測到的水平高一級的級別,即提高試劑效力?;蛘?,希望通過增加/減少試劑的施用來分別地提高/降低試劑效力。在一特定實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種鑒定用于腎毒性治療的候選試劑的方法,包括下列步驟(a)用候選試劑接觸中毒腎臟組織樣本;(b)從腎臟組織確定所選本發(fā)明生物標(biāo)志物的一種或多種基因相對應(yīng)的基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的水平,以獲得第一組值;(c)將該第一組值和與基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的水平相對應(yīng)的第二組值比較,其中所述第二組值是在與(b)步驟相同的條件下對不是該候選試劑誘導(dǎo)的中毒腎臟組織內(nèi)的相同基因評估的。在另一特定實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了鑒定不會引起或誘導(dǎo)腎毒性的候選試劑的方法,包括下列步驟(a)用候選試劑接觸未中毒腎臟組織樣本;(b)從腎臟組織確定所選本發(fā)明生物標(biāo)志物的一種或多種基因相對應(yīng)的基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的水平;(c)將該第一組值和與基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的水平相對應(yīng)的第二組值比較,其中所述第二組值是在與(b)步驟相同的條件下對未中毒腎臟組織內(nèi)的相同基因評估的。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種比較兩種候選藥物的潛在腎臟細(xì)胞毒性的方法,包括下列步驟(a)用第一種候選藥物接觸未中毒腎臟組織樣本,從腎臟組織確定所選本發(fā)明生物標(biāo)志物的一種或多種基因相對應(yīng)的基因表達(dá)水平或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的水平,以獲得第一組值;(b)用第二種候選藥物接觸未中毒腎臟組織樣本,從腎臟組織確定所選本發(fā)明生物標(biāo)志物的一個(gè)或多個(gè)基因相對應(yīng)的基因表達(dá)水平,以獲得第二組值;和(c)比較第一組值和第二組值。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種通過施用治療有效量的一種調(diào)節(jié)化合物治療個(gè)體患者的腎毒性和/或肝毒性的治療方法,其中所述化合物調(diào)節(jié)肝臟和/或腎臟中一種或多種基因、基因表達(dá)產(chǎn)物或表1所列的蛋白質(zhì)的合成、表達(dá)或活性,從而改善至少一種腎臟和/或肝臟中毒癥狀。在本發(fā)明的一個(gè)特定方面,提供了一種預(yù)防和治療兼?zhèn)涞姆椒ǎ委熁加心I臟疾病或腎毒性或有患腎臟疾病或腎毒性風(fēng)險(xiǎn)的患者。可以在腎臟疾病癥狀特征表現(xiàn)出來之前施用預(yù)防試劑,從而阻止或延遲腎臟疾病的發(fā)展。在另一特定實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種用于治療或預(yù)防個(gè)體的腎毒性的方法,包括給所述個(gè)體施用治療有效量的調(diào)節(jié)化合物,其中所述化合物調(diào)節(jié)腎臟中本發(fā)明生物標(biāo)志物的基因的組中一種或多種基因或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的合成、表達(dá)或活性,從而改善至少一種腎毒性癥狀。在另一特定實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了一種用于治療個(gè)體的腎毒性的方法,包括給所述個(gè)體施用治療有效量的調(diào)節(jié)化合物,其中所述化合物調(diào)節(jié)腎臟中本發(fā)明生物標(biāo)志物的基因的組中一種或多種基因或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的合成、表達(dá)或活性,從而改善至少一種腎毒性癥狀。在另一實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了用細(xì)胞毒性劑治療來治療個(gè)體的腎毒性的方法,包括給所述個(gè)體施用治療有效量的調(diào)節(jié)化合物,其中所述化合物調(diào)節(jié)腎臟中本發(fā)明生物標(biāo)志物的基因的組中一種或多種基因或基因表達(dá)產(chǎn)物特別是蛋白質(zhì)的合成、表達(dá)或活性,從而改善至少一種腎毒性癥狀。本發(fā)明提供了一種鑒定其他新型生物標(biāo)志物用于診斷、預(yù)測、分類或監(jiān)測肝毒性和/或腎毒性或其癥狀的方法,所述方法借助了標(biāo)志物、生物標(biāo)志物和本發(fā)明的模型、關(guān)聯(lián)、預(yù)測、分類和診斷的組合。上述方法,即(i)鑒定候選試劑的方法,(ii)比較兩種候選藥物的潛在腎臟細(xì)胞毒性的方法,(iii)鑒定不會引起或誘導(dǎo)腎毒性的候選試劑的方法,的一個(gè)特別優(yōu)勢在于可以體外進(jìn)行。使用的腎臟組織優(yōu)選地獲自培養(yǎng)的用細(xì)胞毒性試劑接觸過的腎臟組織或細(xì)胞。腎臟組織也可以是腎毒性個(gè)體的一個(gè)腎樣本,但是這可能會限制此類方法的廣泛體外應(yīng)用。因此本發(fā)明提供了在培養(yǎng)的腎臟組織或細(xì)胞中測定上述生物標(biāo)志物的試驗(yàn),以對體內(nèi)腎毒性和/或肝毒性預(yù)測、分類或診斷??赡苁菃蝹€(gè)或一群腎臟或肝臟細(xì)胞,例如人腎臟上皮293T細(xì)胞、HK2細(xì)胞系、人胚胎腎臟細(xì)胞系或人胚胎肝臟細(xì)胞系。當(dāng)細(xì)胞暴露于各種改變的條件下時(shí),例如接觸藥物或其它活性分子時(shí),表達(dá)譜相對于基線譜的改變可用于指示此類作用。培養(yǎng)的腎臟組織或細(xì)胞可有利地基于模擬人類細(xì)胞和組織疾病優(yōu)選地腎臟疾病的體內(nèi)動物模型。它也可以是單個(gè)或一群腎臟細(xì)胞,例如人腎臟上皮293T細(xì)胞或人胚胎腎臟細(xì)胞系。由于腎臟的功能特性,腎臟對藥物的腎毒性作用很敏感,這些功能特性包括(a)腎血流量大,因此帶來大量毒素;(b)腎小球或腎小管上皮與藥物的接觸面積大,因此促進(jìn)了毒素的交互作用或攝??;(c)腎臟轉(zhuǎn)移活性物質(zhì)的能力提供了介導(dǎo)細(xì)胞攝取的特定轉(zhuǎn)移機(jī)制;(d)藥物分解可能發(fā)生在腎小管內(nèi),從而導(dǎo)致非毒性母體物質(zhì)產(chǎn)生有毒代謝產(chǎn)物;(e)腎臟的濃縮機(jī)制能夠增加非吸收產(chǎn)物的尿液和間質(zhì)濃度;正常功能所需的腎小管細(xì)胞高代謝率,這種高代謝率易受干擾。等效物本發(fā)明不受限于本申請所述特定實(shí)施方案,這些實(shí)施方案擬作為對本發(fā)明各個(gè)方面的單獨(dú)描述。本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員可以對本發(fā)明不偏離本發(fā)明的精神和范圍而進(jìn)行多種修改和變更。在功能上,除了本文列舉的方法和儀器,本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)通過前文的描述了解本發(fā)明范圍內(nèi)的等效方法和儀器。擬將這些修改和變更列于所附權(quán)利要求范圍中。本發(fā)明僅受限于所附權(quán)利要求以及此權(quán)利要求授權(quán)的等效物的全部范圍。權(quán)利要求1.在個(gè)體施用了懷疑會引起腎毒性或肝毒性的化合物后,評估腎毒性或肝毒性的方法,其中通過測定來自該個(gè)體的樣本中的一組生物標(biāo)志物并比較測得的生物標(biāo)志物的量與健康個(gè)體的相應(yīng)量,來鑒定腎毒性或肝毒性,其中生物標(biāo)志物選自表1中所列的生物標(biāo)志物。2.權(quán)利要求l所述的方法,其中通過測定一組蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物進(jìn)行肝毒性評估,其包括(a)脂質(zhì)運(yùn)栽蛋白-2,在來自個(gè)體的血液、血漿或血清樣本中測定,(b)谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶mu1(GST-mu),在來自個(gè)體的血液、血漿或血清樣本中測定;c)脂質(zhì)運(yùn)載蛋白-2,在來自個(gè)體的尿樣本中測定。3.權(quán)利要求l所述的方法,其中通過測定一組蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物進(jìn)行腎毒性評估,其包括(a)半胱氨酸蛋白酶抑制劑C,在來自個(gè)體的血液、血漿或血清樣本中測定,(b)腎損傷分子-l(Kim-l),在來自個(gè)體的尿樣本中測定;(c)脂質(zhì)運(yùn)載蛋白-2,在來自個(gè)體的尿樣本中測定。4.權(quán)利要求l所述的方法,其中通過測定一組基因轉(zhuǎn)錄生物標(biāo)志物進(jìn)行腎毒性評估,其包括(a)腎損傷分子-l(Kim-l);以及(c)富含半胱氨酸的蛋白質(zhì)-61(CYR61)。全文摘要鑒定了能夠用于診斷或預(yù)測腎毒性或肝毒性、和更具體地能夠用于診斷或預(yù)測作為疾病或藥物治療后果的腎小管毒性的生物標(biāo)志物標(biāo)簽。文檔編號G01N33/68GK101679525SQ200880017469公開日2010年3月24日申請日期2008年3月25日優(yōu)先權(quán)日2007年3月26日發(fā)明者A·梅爾,A·科迪爾,D·R·羅特,D·瓦爾,E·佩雷特斯,F·施泰特勒,F·迪特勒,G·莫勒,J·馮德施爾,O·格勒內(nèi)申請人:諾瓦提斯公司