專利名稱：使用基因組或蛋白質組表達圖譜診斷腎同種異體移植物的排斥的方法
技術領域：
本發(fā)明涉及使用基因組表達圖譜或蛋白質組表達圖譜診斷腎同種異體移植物的 排斥的方法。
背景技術：
移植被視作具有末期生命器官衰竭的患者的主要療法。盡管諸如環(huán)孢菌素和他羅 利姆等免疫抑制劑的可用性已經(jīng)提高了同種異體移植物受體的存活和健康，但盡可能早地 和盡可能精確地鑒別同種異體移植物的排斥和有效地監(jiān)視和調節(jié)免疫抑制藥物的劑量，對 于同種異體移植物受體的持續(xù)存活仍然非常重要。同種異體移植物的排斥源自受體對供體組織表達的非自身抗原的免疫應答，且可 能發(fā)生在接受同種異體移植物后數(shù)小時或數(shù)天內，或在數(shù)月至數(shù)年后。腎同種異體移植物 排斥的特征包括少尿、腎功能的快速衰退和輕度蛋白尿。腎同種異體移植物排斥可以導致 腎病變和腎衰竭。目前，侵入性活組織檢查(例如心內膜心肌、肝核心和腎細針抽吸)被視作監(jiān)督和 診斷同種異體移植物排斥的黃金標準，但是侵入性操作具有它們自身的風險(例如Mehra MR，等人Curr. Opin. Cardiol. 2002 Mar ； 17 (2) :131-136.)。由于取樣誤差和觀察人員之間 的差異性，活組織檢查結果也可能產(chǎn)生再現(xiàn)性和判讀問題，盡管可利用國際指南例如Banff 綱要(用于分級腎和肝同種異體移植物排斥)(Solez等人2008 Am J Transplant 8 :753 ； 表1)。在移植后第一年，同種異體移植物受體可以進行多次活組織檢查操作。目前使用非 侵入性的監(jiān)視技術(血肌酸酐水平的升高)，但是血清肌酸酐水平不能特異性地反映腎損 傷。腎損傷可以來自排斥、感染或甚至原始病的復發(fā)，因而，該檢驗不是排斥特異性的。同種異體移植物排斥的指標可以包括增強的和集中的免疫應答，這由下述的一種 或多種指示局部的或全身的炎癥、組織損傷、免疫細胞的同種異體移植物浸潤、識別移植 物上的供體特異性抗原的炎癥細胞、同種特異性的抗體、細胞毒性的T-細胞活化、組織-和 血液-衍生的蛋白的改變的組成和濃度、同種異體移植物組織的差別化氧合、水腫、感染、 同種異體移植物和/或周圍組織的壞死等。同種異體移植物排斥可以描述為“急性的”或“慢性的”。急性排斥(也稱作急性 抗體-介導的排斥、AMR或主動排斥)通常視作在受試者接受同種異體移植物的約6-12個 月內的組織或器官同種異體移植物排斥。排斥或急性排斥的特征在于對供體組織的細胞和 體液損傷，導致快速的移植物功能障礙和組織或器官的衰竭。6-12個月后的組織或器官同 種異體移植物的排斥通常視作慢性排斥，且可能發(fā)生在接受同種異體移植物后幾年。這樣 的晚期或慢性排斥可能是亞臨床的或未完全解決的急性排斥發(fā)作的結果。晚期發(fā)作或慢性
4排斥的特征在于由同種免疫應答觸發(fā)的漸進性組織再造，且可能導致在動脈內逐漸形成新 生內膜，促成閉塞性血管病、實質纖維化，和最終的移植物衰竭和損失。根據(jù)排斥的性質和 嚴重性，在正在發(fā)生或疑似發(fā)生同種異體移植物排斥(慢性的或急性的)的受試者中觀察 到的指示或臨床變量可能存在重疊。科學和專利文獻中報道了此類標志物或對于可以命名的每種醫(yī)學病況的鑒別/ 診斷/預測/治療具有重要意義的那些。甚至在同種異體移植物排斥的領域中，敘述了眾 多標志物(經(jīng)常單個地)，且可能呈現(xiàn)沖突的結果。文獻中的這種沖突與基因組的復雜性 (估計上限是30，000個轉錄單位)、人體中細胞類型(估計上限是200)、器官和組織和表達 的蛋白或多肽(估計上限是80，000)的復雜性一起，使可能用于診斷急性器官排斥的核酸 序列、基因、蛋白、代謝物或其組合的數(shù)目是驚人的。個體之間的差異會產(chǎn)生額外的障礙，以 及血漿中蛋白濃度的動態(tài)范圍(介于10_6至103yg/mL，許多潛在感興趣的蛋白以非常低的 濃度存在)和極大量的少數(shù)最豐富的血漿蛋白(占總蛋白質量的 99% )。PCT公布WO 2006/125301公開了在移植的組織中差別表達的核酸，和用于檢測腎 組織排斥的方法和材料。US 7235258公開了通過檢測受試者中一個或多個基因的表達水平，診斷或監(jiān)視受 試者的移植物排斥(包括腎移植排斥)的方法。也描述了在這些方法中有用的寡核苷酸。Flechner 等人(Am J Transplant 2004 :4 (9) 1475-1489)鑒別了幾篇出版物，它 們采用DNA或微陣列來鑒別接受腎移植物的受試者中不同基因的差別化表達，并且也描述 了微陣列分析和RT-PCR在檢查來自腎移植受試者的外周血淋巴細胞和腎活組織檢查樣品 的基因表達圖譜中的應用，并鑒別出了超過60個差別表達的基因。Alakulppi 等人，2007 (Transplantation 83:791-798)公開了使用 8 種核酸標志 物的RT-PCT診斷急性腎同種異體移植物排斥。Alakulppi等人Q008，Transplantation 86 :1222-8)的進一步研究沒有鑒別出亞臨床排斥的穩(wěn)健的全血基因表達核酸標志物。Sarwal等人2003 (N. Engl. J.Med 349 :125)報道稱，在急性排斥期間，與細胞凋亡 有關的基因在腎活組織檢查中增加，且發(fā)現(xiàn)了指示淋巴細胞浸潤和由NF- κ B和IFN γ驅動 的活化的轉錄物集合。Mueller等人，2007. Am J. Transplant 7 :2712鑒別出了在小鼠和人中與細胞毒 性的T-淋巴細胞、IFNy信號傳遞和上皮細胞損傷有關的腎組織中的轉錄物。Mehra等人，2008提出，調節(jié)T-細胞體內穩(wěn)態(tài)和皮質類固醇靈敏度的途徑可能與 心臟移植物的將來急性排斥有關，但是沒有給出關于腎移植的評論。ITGAX的表達是提及的 33個基因之一。Fildes 等人 2008 (Transplant Immunology 19 :1_11)的綜述討論了細胞類型在 肺移植后的免疫過程中的作用，并公開了 AICL(CLEC2B)與NK細胞蛋白的相互作用可能在 急性和慢性排斥中起作用。已經(jīng)為不同癌癥的診斷和監(jiān)視提出多平臺(蛋白質組學，基因組學)的整合， 但是，在該領域鑒別出蛋白和mRNA表達之間的不一致性(Chen等人，2002. Mol Cell Proteomics 1 :304-313 ;Nishizuka 等人，2003 Cancer Research 63 :5243-5250) 以前 的研究已經(jīng)報道了基因組和蛋白質組數(shù)據(jù)之間的低度相關(Gygi SP等人1999.Mol Cell Biol. 19 :1720-1730 ；Huber 等人，2004 Mol Cell Proteomics 3:43-55)。
已經(jīng)進行了幾項著眼于腎移植物受體的尿蛋白質組的研究(綜述見Schaub等人， 2008.Contrib. Nephrol 160 :65-75)。Bottelli 等人，2008 (J. Am Soc Nephrol 19 :1904-18)教導，在受損的小管細胞的 再生過程中，巨噬細胞刺激蛋白(MSP)被上調，并提出，它可能有助于從急性腎損傷恢復。 Gorgi 等人 Q009 Transplantation Proceedings 41 :660-662)研究了急性腎移植排斥 和MBL基因的多態(tài)性之間的關聯(lián)，并得出結論所述多態(tài)性可能參與研究的群體中對急性 同種異體移植物排斥的易感性。Fiane等人，2005 (Eur Heart J 26:1660-5)公開了低MBL 水平與心臟移植物受體中急性排斥的發(fā)展有關。Fildes 2008 (J. Heart Lung Transplant 27 :1353-1356)教導，具有MBL缺陷的心臟移植物受體具有更少的排斥發(fā)作。Fiane和 Fildes都沒有給出關于腎移植物的評論。Berger 等人，2005 (Am J. Transplant 5 1361-1366)教導，更高的 MBL (結合甘露 糖的凝集素)可能與腎移植物受體中的更嚴重的排斥形式有關，并提出，移植前MBL水平對 于腎移植之前的風險分級可能是有用的。迫切需要侵入性更低的、可重復的且更穩(wěn)健的(更不易產(chǎn)生取樣和判讀誤差)評 估或診斷同種異體移植物排斥的方法。

發(fā)明內容
本發(fā)明涉及使用從受試者得到的一個或多個生物樣品的基因組表達圖譜或蛋白 質組表達圖譜診斷腎同種異體移植物排斥的方法。生物樣品可以是血液或血漿樣品；這樣的樣品在本文所述方法中的應用，提供了 勝過基于活組織檢查的評估和/或監(jiān)視腎同種異體移植物排斥(包括急性排斥)的優(yōu)點， 因為這樣的樣品可以以最低侵入的方式得到(例如外周血樣品)，不需要同種異體移植物 的活組織檢查。血液或血漿樣品的使用提供了另一個優(yōu)點，即它可以降低采樣誤差，且蛋白 質組或核酸標志物的檢測受判讀的影響更低——標志物存在與否，或它相對于基線、對照 等升高或降低，如本文所述。某些現(xiàn)有的采用取血樣(例如血清肌酸水平)的監(jiān)督技術可能不是排斥特異性 的；當從血液或血漿樣品得到時，本文所述的核酸或蛋白質組標志物是急性腎同種異體移 植物排斥特異性的，因而會提供另一個特異性的優(yōu)點。急性腎同種異體移植物排斥的復雜的病理生物學反映在本文鑒別出的標志物的 異質性。本文鑒別出的標志物分布于廣范圍的生物學過程免疫信號轉導、細胞骨架改組、 細胞凋亡、T-細胞活化和增殖、細胞和體液免疫應答、急性期炎性途徑等。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的 方法，該方法包含下述步驟a)測定來自受試者的生物樣品中一種或超過一種核酸標志物 的核酸表達圖譜，所述核酸標志物選自TncRNA、FKSG49, ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、 LMAN2、237442_at、FKSG49/L0C730444、JUNB、PR01073 和 ITGAX ；b)將一種或超過一種核酸 標志物的表達圖譜與對照圖譜進行對比；和c)確定一種或超過一種核酸標志物的表達水 平是否相對于對照圖譜升高；其中一種或超過一種核酸標志物的升高是受試者的急性排斥 狀態(tài)的指示。在某些方面，生物樣品是血液或血漿。
在某些方面，核酸標志物集合另外包含SFRS16、NFYC、NC0A3、PGS1、NEDD9、LIMK2、 NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBPlA、HLA-G、RBMSl 和 SLC6A6 中的一種或超過一種。在某些方面，從無排斥的同種異體移植物受體受試者或非同種異體移植物受體受 試者得到對照圖譜。在某些方面，所述方法另外包含，得到一個或多個臨床變量的值。 在某些方面，所述方法另外包含，在步驟a)中，測定選自表2的一種或超過一種核 酸標志物的表達圖譜。在某些方面，通過檢測與一種或超過一種標志物相對應的RNA序列，測定一種或 超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜。在某些方面，通過PCR測定一種或超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜。在某些方面，通過雜交測定一種或超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜。所述雜 交可以是與寡核苷酸雜交。在某些方面，所述對照是自體對照。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的 方法，該方法包含下述步驟a)測定來自受試者的生物樣品中蛋白質組標志物的蛋白質組 表達圖譜，所述蛋白質組標志物包括由下述一種或超過一種編碼的多肽KNG1、AFM、TTN、 MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9和UBR4 ；b)將蛋白質組標志物的表達圖譜與對 照圖譜進行對比；和c)確定一種或超過一種蛋白質組標志物的表達水平是否相對于對照 圖譜升高或降低；其中5種或更多種蛋白質組標志物的升高或降低是受試者的急性排斥狀 態(tài)的指示。在某些方面，生物樣品是血液或血漿。在某些方面，由KNGl和AFM中的一種或超過一種編碼的多肽的水平相對于對照降 低，且由 TTN、MSTP9、MSTU PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一種或超過一種編 碼的多肽的水平相對于對照圖譜升高。在某些方面，從無排斥的同種異體移植物受體受試者或非同種異體移植物受體受 試者得到對照圖譜。在某些方面，所述方法另外包含，得到一個或多個臨床變量的值。在某些方面，通過免疫測定法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過ELISA測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過質譜法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過同重元素或同位素標記方法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，蛋白質組標志物另外包括由下述一種或超過一種編碼的多肽LBP、 VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。在某些方面，所述對照是自體對照。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的 方法，該方法包含下述步驟a.測定來自受試者的生物樣品中蛋白質組標志物的蛋白質組 表達圖譜，所述蛋白質組標志物包括包含在蛋白組代碼(protein group code) 111,224, 23、18、100、116、38、135、125中的一個或超過一個中的多肽；b.將蛋白質組標志物的表達圖譜與對照圖譜進行對比；和C.確定一種或超過一種蛋白質組標志物的表達水平是否相 對于對照圖譜升高或降低；其中5種或更多種蛋白質組標志物的升高或降低是受試者的急 性排斥狀態(tài)的指示。在某些方面，蛋白組代碼另外包括組18、108、222、97、104、洸、230、103、69或四中 的一個或超過一個。在某些方面，生物樣品是血液或血漿。在某些方面，由KNGl和AFM中的一種或超過一種編碼的多肽的水平相對于對照降 低，且由 TTN、MSTP9、MSTU PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一種或超過一種編 碼的多肽的水平相對于對照圖譜升高。在某些方面，從無排斥的同種異體移植物受體受試者或非同種異體移植物受體受 試者得到對照圖譜。在某些方面，所述方法另外包含，得到一個或多個臨床變量的值。在某些方面，通過免疫測定法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過ELISA測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過質譜法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，通過同重元素或同位素標記方法測定蛋白質組表達圖譜。在某些方面，蛋白質組標志物另外包括由下述一種或超過一種編碼的多肽LBP、 VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。在某些方面，所述對照是自體對照。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了一種陣列，其包含核酸標志物TncRNA、FKSG49, ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、LMAN2、237442_at、FKSG49/L0C730444、JUNB, PR01073、 ITGAX中的一種或超過一種的一個或多個探針集合。在某些方面，所述陣列另外包含核酸標志物SFRS16、NFYC, NC0A3、PGSU NEDD9、 LIMK2、NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBPlA、HLA-G、RBMSl 和 SLC6A6 中的一種 或超過一種的一個或多個額外的探針集合。在某些方面，所述陣列另外包含表2的核酸標志物的一個或多個額外的探針集
I=I O根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了一種陣列，其包含蛋白質組標志物KNG1、AFM、 TTN、MSTP9、MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 中的一種或超過一種的一種或多 種檢測試劑。在某些方面，所述陣列另外包含LBP、VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、 C9、LCAT, B2M、SHBG和ClS中的一種或超過一種的一種或多種額外的檢測試劑。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了評估、監(jiān)視或診斷受試者的腎同種異體移植物 排斥的方法，該方法包含a)測定來自受試者的生物樣品中至少一種或多種表2所示的核 酸標志物的表達圖譜；b)將至少一種或多種標志物的表達圖譜與無排斥者圖譜進行對比； 和c)確定至少一種或多種標志物的表達水平是否相對于對照圖譜上調(升高)或下調(降 低)，其中至少一種或多種標志物的上調或下調是排斥狀態(tài)的指示。在某些實施方案中，所述方法另外包含，得到一個或多個臨床變量的值，并將一個 或多個臨床變量與對照進行對比。所述對照是無排斥的同種異體移植物受體受試者或非同種異體移植物受體受試者。在某些實施方案中，所述排斥是急性排斥。在某些實施方案中， 所述一種或多種核酸標志物包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21、22、23或M種核酸標志物，它們選自表2所示的那些。在某些實施方案中，所述核酸標 志物可以包括一種或超過一種表5所示的核酸標志物。根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了一種試劑盒，其用于評估或診斷受試者的腎同 種異體移植物排斥，所述試劑盒包含用于特異性地和定量地檢測至少一種或多種表2所示 的標志物的試劑，以及關于使用這些試劑和分析得到的數(shù)據(jù)的方法的說明書。所述試劑盒 可以另外包含一種或多種寡核苷酸，其用于選擇性地雜交代表一種或多種標志物的一種或 多種基因、轉錄物或序列單位。也可以在試劑盒中提供用于將試劑盒結果與其它測定法的 結果進行組合、從而為受試者排斥狀態(tài)的診斷提供無排斥截止指標或對照的說明書或其它 fn息ο在某些實施方案中，所述試劑盒可以另外包含用于得到一個或多個臨床變量的值 并將一個或多個臨床變量與對照進行對比的說明書或材料。所述對照是無排斥的同種異體 移植物受體受試者或非同種異體移植物受體受試者。在某些實施方案中，所述排斥是急性 排斥。在某些實施方案中，所述一種或多種核酸標志物包括2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或對種核酸標志物，它們選自表2所示的那些。在某 些實施方案中，所述核酸標志物可以包括一種或超過一種表5所示的核酸標志物。本發(fā)明概要不一定描述了本發(fā)明的所有特征。本領域普通技術人員在閱讀本發(fā)明 的具體實施方案的以下描述后，會明白本發(fā)明的其它方面、特征和優(yōu)點。


從下面的描述更容易明白本發(fā)明的這些和其它特征，在描述中參考了附圖，其 中圖1顯示了使用一組M種核酸生物標志物(表5所示)進行受試者分類的結果。 測得受試者具有A) 24-探針集合分類器；B)A)的放大視圖，以更清楚地顯示高斯峰和下面 的樣品。對于A和B，急性排斥-實心圓形；無排斥-空心圓形。C)與A和B相同的數(shù)據(jù)集 合，以與圖2相同的格式顯示數(shù)據(jù)。急性排斥(實心菱形)或無排斥(實心圓形)。圖2顯示了僅使用臨床參數(shù)(血清肌酸酐、GFR、BUN)的受試者分類結果。測得受 試者具有急性排斥(實心菱形)或無排斥(實心圓形)。圖3 通過微陣列分析檢測具有和沒有BCAR的受試者之間的探針集合的差別化表 達?；疑狞c指示通過單獨的LIMMA鑒別出的探針集合，而黑色的點指示通過LIMMA、穩(wěn)健 的LIMMA和SAM的交叉鑒別出的183探針集合。圓形指示在主要分類器中包括的M探針集合。圖4:顯示相同受試者組的分離的主要組分分析，證實了所有組的形心 (centroid)都明顯分離。AR-急性排斥者；NR-無排斥者；N-正常對照(20位非受體受試 者)。通過主要組分解釋的百分比差異顯示在X軸(56%)和Y軸(12%)上。圖5.在BCAR中差別表達的183探針集合的基因本體論和網(wǎng)絡分析。χ-軸顯示 了 -IoglO (ρ-值)。A通過遞增的ρ-值分類的最顯著富集的基因本體論分類(“生物學過 程”)。B通過遞增的ρ-值分類的最顯著富集的基因本體論分類(GeneGO MetaCore生物學分類)。圖6.分類器的性能。(A)增加的分類準確度，證實了 11種普通的最高預測性的 探針集合的逐步包含。Y-軸-分類準確度；X-軸，生物標志物。(B)線性判別分析，顯示了 11探針集合分類器在區(qū)分具有(·，實線)和沒有(°，虛線)BCAR(活組織檢查-證實的急 性排斥)的情況中的性能。(C)與個體移植前(基線)值相比，移植后分類器評分的變化。 僅在排斥時(第1周)，隊列之間的差異是顯著的(ρ = 0.0001)。Y軸-從基線的變化(平 均值；X軸BL-基線；W1-W12，第1周-第12周?！癝TART”指示逐步分析的開始，這 時沒有探針集合分類器。圖7 火山圖(volcano plot)，顯示了在至少2/3的BCAR陽性樣品和2/3的BCAR 陰性樣品中發(fā)現(xiàn)的所有144蛋白組代碼。帶有圓圈的點表示在具有或沒有BCAR的受試者 之間它們的血漿濃度存在顯著差異(P < 0. 05)的18個蛋白組。圖8 線性判別分析，顯示了基于血漿蛋白生物標志物分離具有或沒有BCAR的患 者。實線/ “X”-BCAR受試者；虛線/ “ I ”-對照(無排斥者)受試者。圖9 估計的分類準確度，顯示了通過正向選擇逐步判別分析(SDA)選出的蛋白組 的逐步包含。Y軸-分類準確度；X軸-PGC碼?！癝TART”與在圖6中相同。圖10顯示了在表2中列出的可用于診斷急性腎同種異體移植物排斥的核酸標志 物的靶序列(SEQ ID NO :1-183)。
具體實施例方式本發(fā)明提供了診斷已經(jīng)接受組織或器官同種異體移植物、尤其是腎同種異體移植 物的受試者的排斥的方法。本發(fā)明提供了與受試者中同種異體移植物排斥的評估、預測或診斷有關的基因組 和蛋白質組表達圖譜。盡管基因組或蛋白質組表達圖譜中的幾個元件可能單個地是現(xiàn)有技 術已知的，但基因組、T-細胞、蛋白質組或代謝物標志物的特定集合的改變的表達水平(與 對照相比升高或降低)的特定組合，包含可用于評估或診斷受試者的同種異體移植物排斥 的新穎組合。同種異體移植物是在相同物種的兩個遺傳上不同的受試者之間移植的器官或組 織。接受同種異體移植物的受試者是“受體”，而提供同種異體移植物的受試者是“供體”。組 織或器官同種異體移植物可以替代性地稱作“移植物(transplant) ”、“移植物(graft) ”、 “同種異體移植物”、“供體組織”或“供體器官”或類似的術語。不同物種的兩個受試者之間 的移植物是異種移植物。受試者可能呈現(xiàn)文獻中熟知的許多癥狀或臨床變量，作為監(jiān)視同種異體移植物排 斥的輔助。除了同種異體移植物的活組織檢查以外，眾多臨床變量可以用于評估具有或疑 似具有同種異體移植物排斥的受試者。然后，來自這些臨床變量的信息由臨床醫(yī)師、醫(yī)師、 獸醫(yī)師或臨床場合的其它從業(yè)人員用于臨床場合中確定是否正在發(fā)生排斥和它的進展速 度的嘗試中，以允許修改受試者的免疫抑制藥物療法。在表1中顯示了臨床變量的實例。臨床變量(任選地伴有活組織檢查)盡管是目前臨床醫(yī)師在主流醫(yī)療實踐中可利 用的唯一實用工具，但是并非總能清楚地區(qū)分排斥的和無排斥的受試者，如圖2所示。盡管 極左和極右的受試者可以正確地被歸類為排斥的和無排斥的，但大量的受試者落入中間范圍，且他們的狀態(tài)不明。這沒有否認臨床變量在評估同種異體移植物排斥中的價值，但是相 反地指出當在沒有其它方法的情況下使用時它們的局限性。表1 可能用于評估同種異體移植物排斥的臨床變量
權利要求
1.測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的方法，該方法包含下述步驟a.測定來自受試者的生物樣品中一種或超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜，所述核 酸標志物選自TncRNA、FKSG49、ZNF438、1558448_a_at、CAMKK2、LMAN2、237442_at、FKSG49/ L0C730444、JUNB, PR01073 和 ITGAX ；b.將一種或超過一種核酸標志物的表達圖譜與對照圖譜進行對比；和c.確定一種或超過一種核酸標志物的表達水平是否相對于對照圖譜升高； 其中一種或超過一種核酸標志物的升高是受試者的急性排斥狀態(tài)的指示。
2.權利要求1的方法，其中核酸標志物集合另外包含下述一種或超過一種SFRS16、 NFYC, NC0A3、PGS1、NEDD9、LIMK2、NASP、240057_at、L0C730399/L0C731974、FKBP1A, HLA-G, RBMSl 禾口 SLC6A6。
3.權利要求1的方法，其中所述對照圖譜獲自無排斥的同種異體移植物受體受試者或 非同種異體移植物受體受試者。
4.權利要求1的方法，另外包括得到一個或多個臨床變量的值。
5.權利要求1的方法，另外包括在步驟a)中，測定選自表2的一種或超過一種核酸 標志物的表達圖譜。
6.權利要求1的方法，其中通過檢測與一種或超過一種標志物相對應的RNA序列來測 定所述一種或超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜。
7.權利要求1的方法，其中通過PCR測定所述一種或超過一種核酸標志物的核酸表達 圖譜。
8.權利要求1的方法，其中通過雜交測定所述一種或超過一種核酸標志物的核酸表達 圖譜。
9.權利要求9的方法，其中所述雜交是與寡核苷酸雜交。
10.測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的方法，該方法包含下述步驟a.測定來自受試者的生物樣品中蛋白質組標志物的蛋白質組表達圖譜，所述蛋白質組 標志物包括由 KNG1、AFM、TTN、MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9 和 UBR4 編碼的 多肽；b.將蛋白質組標志物的表達圖譜與對照圖譜進行對比；和c.確定一種或超過一種蛋白質組標志物的表達水平是否相對于對照圖譜升高或降低；其中5種或更多種蛋白質組標志物的升高或降低是受試者的急性排斥狀態(tài)的指示。
11.權利要求10的方法，其中由KNGl或AFM編碼的多肽的水平相對于對照降低，且由 TTN、MSTP9/MST1、PI16、C2、MBL2、SERPINA10、F9或UBR4編碼的多肽的水平相對于對照圖譜升尚。
12.權利要求10的方法，其中所述對照圖譜獲自無排斥的同種異體移植物受體受試者 或非同種異體移植物受體受試者。
13.權利要求10的方法，另外包括得到一個或多個臨床變量的值。
14.權利要求10的方法，其中通過免疫測定法測定蛋白質組表達圖譜。
15.權利要求10的方法，其中通過ELISA測定蛋白質組表達圖譜。
16.權利要求10的方法，其中通過質譜法測定蛋白質組表達圖譜。
17.權利要求10的方法，其中通過同重元素或同位素標記方法測定蛋白質組表達圖■i並 曰O
18.權利要求10的方法，其中蛋白質組標志物另外包括由下述一種或超過一種編碼的 多肽LBP、VASN、ARNTL2、PI16、SERPINA5、CFD、USH1C、C9、LCAT, B2M、SHBG 禾口 CIS。
19.權利要求1的方法，其中所述對照是自體對照。
20.權利要求10的方法，其中所述對照是自體對照。
21.權利要求1的方法，其中所述生物樣品是血液或血漿。
22.權利要求10的方法，其中所述生物樣品是血液或血漿。
全文摘要
測定受試者的急性同種異體移植物排斥狀態(tài)的方法，該方法包含下述步驟測定來自受試者的生物樣品中一種或超過一種核酸標志物的核酸表達圖譜，或一種或超過一種蛋白質組標志物；將一種或超過一種核酸標志物的表達圖譜與對照圖譜進行對比；和確定一種或超過一種核酸標志物的表達水平是否相對于對照圖譜升高，其中一種或超過一種核酸標志物的升高是受試者的急性排斥狀態(tài)的指示。
文檔編號G01N33/53GK102119224SQ200980129930
公開日2011年7月6日 申請日期2009年5月29日 優(yōu)先權日2008年5月30日
發(fā)明者A·斯徹爾, A·梅里迪斯, A·繆, B·麥克馬紐斯, G·科亨弗里尤, O·貢特爾, P·科歐文, R·巴爾肖, R·恩格, R·麥克馬斯特 申請人:不列顛哥倫比亞大學