專利名稱：一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法。
背景技術(shù)：
SNP (single nucleotide polymorphism單核苷酸多態(tài)性)主要指在基因組水平， 由單個(gè)核苷酸的變異引起的DNA序列的多態(tài)性，包括轉(zhuǎn)換、顛換、插入或缺失。在基因組中分布密集的SNP，因其攜帶巨大的遺傳信息量，被認(rèn)為是應(yīng)用前景最好的遺傳標(biāo)記物，人類 SNP標(biāo)記的檢測(cè)已經(jīng)成為基因診斷的重要手段。SNP標(biāo)記的遺傳圖譜的研究，對(duì)分子輔助育種有巨大的促進(jìn)作用，農(nóng)業(yè)動(dòng)物中很多重要性狀的基因已經(jīng)定位。SNP檢測(cè)常采用一些已有成熟技術(shù)，如DNA測(cè)序(Sanger測(cè)序法和焦磷酸測(cè)序法)、單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)、限制性酶切片段長度多態(tài)性(RFLP)、等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO)、寡聚核苷酸特異的連接、DNA芯片以及Taqman探針等技術(shù)手段。作為結(jié)構(gòu)性轉(zhuǎn)錄因子的HMGA2是一種非組蛋白的染色質(zhì)蛋白，含有3個(gè)AT_hook 結(jié)合域，可以特異性結(jié)合到DNA富含AT區(qū)域的小溝中。一般認(rèn)為，HMGA2在細(xì)胞生長和脂肪代謝中起作用。HMGA2主要在胚胎時(shí)期表達(dá)，成體組織中幾乎不表達(dá)，在腫瘤細(xì)胞中表達(dá)會(huì)被激活。HMGA2功能缺失的小鼠表現(xiàn)為侏儒癥，并且脂肪組織大量減少，當(dāng)過表達(dá)缺失C末端的HMGA2時(shí)，小鼠表現(xiàn)為巨人癥和脂肪過多，并會(huì)形成腫瘤，因此，HMGA2主要作為與癌癥相關(guān)的基因進(jìn)行研究。雞HMGA2基因的核苷酸序列見GENBANKACCESSION NO. NC_006088 (Chrl)自 5，末端第 36072025-36177364 位核苷酸。生長性狀中的體重指標(biāo)一直是畜牧業(yè)生產(chǎn)中重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一，也是肉雞品種選育中的重要指標(biāo)。與1957年相比，2001年肉雞當(dāng)代品系的屠體產(chǎn)量提高了 6倍，其中 85% -90%歸功于遺傳學(xué)效應(yīng)，只有10% -15%是由于飼料營養(yǎng)水平的改良造成的。家禽遺傳標(biāo)記輔助育種研究在不斷深入，大量的性狀已經(jīng)在遺傳水平上確定了候選區(qū)域。我國有豐富的地方雞品種資源，如何對(duì)其評(píng)估、保護(hù)和選育是迫切需要解決的問題。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法。本發(fā)明提供的輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法(一)包括如下步驟檢測(cè)待測(cè)雞的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸是G還是T，確定待測(cè)雞的基因型是GG還是TT;所述GG基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為G的純合體；所述TT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為T的純合體；TT基因型雞的體重在統(tǒng)計(jì)學(xué)上高于GG基因型雞的體重。所述方法(一)還可包括選擇待測(cè)雞的步驟；所述待測(cè)雞為GG基因型的雞和TT 基因型的雞。所述方法(一)中，確定待測(cè)雞的基因型的方法具體如下用3730x1型號(hào)測(cè)序儀、 美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)a > 6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為 GG ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT。所述方法(一)具體還包括如下選擇待測(cè)雞的步驟用3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA 進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)a > 6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為GG ；當(dāng) a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT ；選擇GG基因型的雞和TT基因型的雞作為待測(cè)雞。本發(fā)明提供的輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法(二)包括如下步驟檢測(cè)待測(cè)雞的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸是G還是T，確定待測(cè)雞的基因型是GT還是TT;所述GT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為G和T的雜合體；所述TT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為T的純合體；TT基因型雞的體重在統(tǒng)計(jì)學(xué)上高于GT基因型雞的體重。所述方法(二)還可包括選擇待測(cè)雞的步驟；所述待測(cè)雞為GT基因型的雞和TT 基因型的雞。所述方法(二)中，確定待測(cè)雞的基因型的方法如下用3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA 進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)1/ <a<3b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為GT ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT。所述方法(二 )具體還包括如下選擇待測(cè)雞的步驟用3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA 進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、序列表的序列4所示DNA 和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)1/ <a<3b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為GT ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT ；選擇GT基因型的雞和TT基因型的雞作為待測(cè)雞。所述方法(一)和方法(二)中所述美國應(yīng)用生物公司的SNPlex GenotypingSystem 48-plex kit的商品目錄號(hào)為4375768 ；所述雜交板為美國應(yīng)用生物公司的雜交板，優(yōu)選商品目錄號(hào)為436四33的雜交板；和/或；所述HMGA2基因的核苷酸序列如序列表的序列6所示；和/或；所述待測(cè)雞為CAU資源家系的雞，優(yōu)選CAU資源家系的F2 代個(gè)體；和/或；所述體重性狀為初生體重、1周齡體重、2周齡體重、3周齡體重、5周齡體重、6周齡體重或10周齡體重。以上任一所述方法均可應(yīng)用于雞的育種。本發(fā)明發(fā)現(xiàn)雞的HMGA2基因中的SNP(單核苷酸多態(tài)性)與體重具有顯著相關(guān)的特性，TT基因型雞的體重顯著高于GG基因型和GT基因型。該SNP可以作為雞的遺傳標(biāo)記， 使用分子生物學(xué)手段對(duì)該位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，實(shí)現(xiàn)早期選育，大大節(jié)省時(shí)間和資源。


圖1為實(shí)施例2中各個(gè)樣本基因型分型結(jié)果。
圖2為實(shí)施例3中各個(gè)樣本基因型分型結(jié)果。
具體實(shí)施例方式以下的實(shí)施例便于更好地理解本發(fā)明，但并不限定本發(fā)明。下述實(shí)施例中的實(shí)驗(yàn)方法，如無特殊說明，均為常規(guī)方法。下述實(shí)施例中所用的試驗(yàn)材料，如無特殊說明，均為自常規(guī)生化試劑商店購買得到的。下述實(shí)施例中的％，如無特殊說明，均為質(zhì)量百分含量。以下實(shí)施例中的定量試驗(yàn)，均設(shè)置三次重復(fù)實(shí)驗(yàn)，結(jié)果取平均值。CAU資源家系由中國農(nóng)業(yè)大學(xué)李寧教授課題組1998年建立的用于研究定位影響雞重要經(jīng)濟(jì)性狀QTL、尋找克隆主效基因的實(shí)驗(yàn)群體，親本為法國明星肉雞和泰和絲羽烏骨雞；來源為中國農(nóng)業(yè)大學(xué)實(shí)驗(yàn)?zāi)翀?chǎng)；CAU資源家系參考文獻(xiàn)Deng，Χ. Μ. , Li, J. Y. , Li, N. , and Wu, C. X. (2001). [Genetic analysis of important growth traitbased on F_2 resource population in chicken], Yi Chuan Xue Bao 28,801-807.；中國農(nóng)業(yè)大學(xué)保證向公眾提供。實(shí)施例1、rsl3849381位點(diǎn)SNP與體重相關(guān)性的發(fā)現(xiàn)在CAU資源家系中測(cè)定F2代個(gè)體1到12周齡的體重。分析HMGA2基因附近及內(nèi)部的共計(jì) 14 個(gè) SNP 位點(diǎn)(rsl5231375,rsl5231403,rsl384924Ursl4809326,rsl5231448, rsl5231464、rsl5231472、rsl3750437、rsl4809399、rsl3849381、rsl5231566、rsl0722387、 SNP36178184)，使用SNPlex技術(shù)進(jìn)行基因型檢測(cè)，確定了 1395只CAU資源家系F2代個(gè)體的上述SNP位點(diǎn)的基因型。采用JMP統(tǒng)計(jì)分析軟件統(tǒng)計(jì)分析，根據(jù)最小二乘分析模型對(duì)供試雞群的HMGA2 基因基因型和生長性狀體重進(jìn)行方差統(tǒng)計(jì)分析，結(jié)果表明rsl3849381位點(diǎn)(G/T ；Chrl 36175314，位于基因的內(nèi)含子4中)與體重存在顯著相關(guān)性。實(shí)施例2、CAU資源家系中rsl3849381 G/T基因型與體重的關(guān)聯(lián)分析實(shí)驗(yàn)材料1395只CAU資源家系F2代個(gè)體。一、體重測(cè)定分別每個(gè)個(gè)體的0周齡(初生重)、1周齡至12周齡中每個(gè)周齡的體重。二、SNP 的檢測(cè)1、基因組DNA的提取翅靜脈采血，抗凝處理后裂解，經(jīng)蛋白酶K消化后，用酚仿抽提，TE溶解后_20°C保存。2、基因型確定取基因組DNA，采用美國應(yīng)用生物公司(appliedbiosystems)的SNPlex GenotypingSystem 48-plex kit (商品目錄號(hào) 4375768)和雜交板(商品目錄號(hào) 4362933)， 按照試劑盒說明書對(duì)個(gè)體進(jìn)行基因型檢測(cè)。陰性對(duì)照為稀釋基因組DNA所用的TE緩沖液。三個(gè)探針(兩個(gè)上游探針和一個(gè)下游探針)序列如下(5’ 一 3’)探針A(上游探針)5，-CGTGGGCACTC-3，(序列3)；探針B(上游探針) 5’ -CGTGGGCACTA-3’ (序列 4)；探針 C(下游探針)5’ -CCTTTGTTTT-3’ (序列 5)。測(cè)序儀為3730x1型號(hào)，用儀器自帶軟件genemapperf. 0對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析?；蛐团袛鄻?biāo)準(zhǔn)探針A的熒光強(qiáng)度為a，探針B的熒光強(qiáng)度為b，a+b >1000RFU(熒光信號(hào)值單位)，如果a+b ( 1000RFU,需重復(fù)實(shí)驗(yàn)；當(dāng)a > 6b時(shí)，樣本的基因型為GG ；當(dāng)1/ < a< 3b時(shí)，樣本的基因型為GT ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，樣本的基因型為TT。GG基因型的雞為序列1所示DNA的純合體，TT基因型的雞為序列2所示DNA的純合體，GT基因型的雞為序列1所示DNA和序列2所示DNA的雜合體。序列1和序列2所示 DNA只有一個(gè)核苷酸的差異，序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為G，序列2自5' 末端第101位脫氧核糖核苷酸為T，為一個(gè)單核苷酸多態(tài)，序列1和序列2為HMGA2基因的部分序列。結(jié)果見表1和圖1。圖1是分析軟件給出的聚類圖，每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)個(gè)體；橫坐標(biāo)X = Iogltl (探針A對(duì)應(yīng)的熒光強(qiáng)度+探針B對(duì)應(yīng)的熒光強(qiáng)度)；縱坐標(biāo)Y =反正弦(探針A對(duì)應(yīng)的熒光強(qiáng)度/ (探針A對(duì)應(yīng)的熒光強(qiáng)度2+探針B 對(duì)應(yīng)的熒光強(qiáng)度2)°_5。表1位點(diǎn)rsl3849381基因型在F2群體中的分布
權(quán)利要求
1.一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法，包括如下步驟檢測(cè)待測(cè)雞的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸是G還是T，確定待測(cè)雞的基因型是GG還是TT;所述GG基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為G的純合體；所述TT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為T的純合體；TT基因型雞的體重在統(tǒng)計(jì)學(xué)上高于GG基因型雞的體重。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于所述方法還包括選擇待測(cè)雞的步驟；所述待測(cè)雞為GG基因型的雞和TT基因型的雞。
3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于所述確定待測(cè)雞的基因型的方法如下用 3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)a > 6b時(shí)， 待測(cè)雞的基因型為GG ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT。
4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于所述方法還包括如下選擇待測(cè)雞的步驟用 3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plexkit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)a > 6b時(shí)， 待測(cè)雞的基因型為GG ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT ；選擇GG基因型的雞和TT基因型的雞作為待測(cè)雞。
5.一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法，包括如下步驟檢測(cè)待測(cè)雞的HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸是G還是T，確定待測(cè)雞的基因型是GT還是TT;所述GT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為G和T 的雜合體；所述TT基因型為HMGA2基因中序列1自5'末端第101位脫氧核糖核苷酸為T 的純合體；TT基因型雞的體重在統(tǒng)計(jì)學(xué)上高于GT基因型雞的體重。
6.如權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于所述方法還包括選擇待測(cè)雞的步驟；所述待測(cè)雞為GT基因型的雞和TT基因型的雞。
7.如權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于所述確定待測(cè)雞的基因型的方法如下用 3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plex kit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)l/3b < a<3b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為GT ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT。
8.如權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于所述方法還包括如下選擇待測(cè)雞的步驟用 3730x1型號(hào)測(cè)序儀、美國應(yīng)用生物公司的SNPlex Genotyping System 48-plexkit和雜交板對(duì)待測(cè)雞的基因組DNA進(jìn)行檢測(cè)；進(jìn)行所述檢測(cè)所用的探針為序列表的序列3所示DNA、 序列表的序列4所示DNA和序列表的序列5所示DNA ；對(duì)熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行分析當(dāng)l/3b < a<3b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為GT ；當(dāng)a < l/6b時(shí)，待測(cè)雞的基因型為TT ；選擇GT基因型的雞和TT基因型的雞作為待測(cè)雞。
9.如權(quán)利要求1至8中任一所述的方法，其特征在于所述美國應(yīng)用生物公司的 SNPlex Genotyping System 48-plex kit的商品目錄號(hào)為4375768，所述雜交板為美國應(yīng)用生物公司的雜交板，優(yōu)選為商品目錄號(hào)為436四33的雜交板；和/或所述HMGA2基因的核苷酸序列如GENBANK ACCESSION NO. :NC_006088自5’末端第 36072025-36177364位核苷酸所示；和/或所述待測(cè)雞為CAU資源家系的雞，優(yōu)選CAU資源家系的F2代個(gè)體；和/或所述體重性狀為初生體重、1周齡體重、2周齡體重、3周齡體重、5周齡體重、6周齡體重或10周齡體重。
10.權(quán)利要求1至9中任一所述方法在雞的育種中的應(yīng)用。
全文摘要
本發(fā)明公開了一種輔助鑒定具有不同體重性狀雞的方法。本發(fā)明提供的方法包括如下步驟檢測(cè)待測(cè)雞的HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脫氧核糖核苷酸是G還是T，確定待測(cè)雞的基因型是GG、GT還是TT；GG基因型為HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脫氧核糖核苷酸為G的純合體；TT基因型為HMGA2基因中序列1自5′末端第101位脫氧核糖核苷酸為T的純合體；GT基因型為它們的雜合體，TT基因型雞的體重在統(tǒng)計(jì)學(xué)上高于GG基因型雞的體重；TT基因型雞的體重顯著高于GG基因型和GT基因型。該SNP可以作為雞的遺傳標(biāo)記，使用分子生物學(xué)手段對(duì)該位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)，實(shí)現(xiàn)早期選育，大大節(jié)省時(shí)間和資源。
文檔編號(hào)G01N21/64GK102220410SQ201010151060
公開日2011年10月19日 申請(qǐng)日期2010年4月16日 優(yōu)先權(quán)日2010年4月16日
發(fā)明者宋遲, 李寧, 胡曉湘, 顧曉榮 申請(qǐng)人:中國農(nóng)業(yè)大學(xué)