專利名稱：確定乳腺癌環(huán)境中fkbpl表達(dá)水平的測(cè)定方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及就激素反應(yīng)性癌癥例如卵巢癌、子宮內(nèi)膜癌、乳腺癌和前列腺癌而言 FKBPL作為用于作出癌癥治療決定的生物標(biāo)志物和還作為癌癥進(jìn)展和無疾病存活的預(yù)測(cè)性標(biāo)志物的用途。
背景技術(shù)：
乳腺癌是目前為止在女性中最為常見的癌癥，每年全球有約一百萬婦女被診斷患有該疾病。僅在英國(guó)，每年約45，500名女性被診斷患有乳腺癌。當(dāng)前，評(píng)價(jià)所有乳腺癌患者的雌激素受體(ER)和孕酮受體(PR)狀態(tài)，以確定各患者對(duì)內(nèi)分泌或激素療法的適合性。內(nèi)分泌或激素療法是用以治療患乳腺癌女性的藥劑， 所述女性在其乳腺癌細(xì)胞上具有允許激素結(jié)合的激素受體，內(nèi)分泌或激素療法包括抗雌激素，例如他莫昔芬和氟維司群，以及作用在于降低體內(nèi)雌性激素水平的芳香酶抑制劑。他莫昔芬通常被提供給所有雌激素受體陽性(ER+)患者。然而，這些患者中的僅約60%表現(xiàn)對(duì)他莫昔芬的反應(yīng)，而ER+腫瘤中的高達(dá)40%對(duì)他莫昔芬無反應(yīng)或產(chǎn)生對(duì)他莫昔芬的抗性(非反應(yīng)體受試者)。由于他莫昔芬已知增加子宮內(nèi)膜癌的風(fēng)險(xiǎn)，向有非反應(yīng)腫瘤的受試者(非反應(yīng)體受試者)提供他莫昔芬不必要地將這些受試者的風(fēng)險(xiǎn)增至進(jìn)展子宮內(nèi)膜癌的風(fēng)險(xiǎn)。當(dāng)前，用大量基因陣列組進(jìn)行嘗試，并預(yù)測(cè)疾病復(fù)發(fā)的可能性和確定對(duì)患者最為適當(dāng)?shù)闹委?。一此種基因組(gene panel)稱作Oncotype DX0該基因組不能用來選擇女性用于他莫昔芬療法。它僅預(yù)測(cè)用他莫昔芬治療的患者中的復(fù)發(fā)和她們是否很可能受益于輔助化療。該測(cè)定法需要福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)的組織。稱作MammaPrint的另一組測(cè)量獨(dú)立于治療的乳腺癌復(fù)發(fā)。該組需要由最少30%惡性細(xì)胞組成的新鮮組織。Oncotype DX測(cè)量21種基因(16種癌癥基因和5種參照基因)的RNA水平，所述水平展現(xiàn)與遠(yuǎn)處乳腺癌復(fù)發(fā)的一致統(tǒng)計(jì)學(xué)聯(lián)系，以及與化療益處相關(guān)的強(qiáng)大的預(yù)測(cè)能力。 MammaPrint測(cè)量被認(rèn)為最能提供與腫瘤復(fù)發(fā)可能性相關(guān)的信息的70種基因的RNA水平。 這兩種測(cè)定法都需要昂貴復(fù)雜的設(shè)備。準(zhǔn)確預(yù)測(cè)受試者對(duì)內(nèi)分泌療法的反應(yīng)會(huì)防止在潛在有害的藥物可能不提供治療性益處時(shí)，用所述藥物治療潛在的非反應(yīng)體。另外，確定會(huì)受益于諸如他莫昔芬療法的內(nèi)分泌療法的癌癥患者，會(huì)允許此類藥物方案的針對(duì)性，并因而提供健康經(jīng)費(fèi)上的減少。此外，預(yù)測(cè)癌癥進(jìn)展/無疾病存活的能力會(huì)使得能夠設(shè)計(jì)特異治療策略，以預(yù)防例如手術(shù)和化療/內(nèi)分泌療法后的轉(zhuǎn)移。發(fā)明概述本發(fā)明人已確定，F(xiàn)KBPL除作為癌癥進(jìn)展和無疾病存活的預(yù)測(cè)性標(biāo)志物外，還能夠提供對(duì)內(nèi)分泌療法的患者反應(yīng)的指示。FKBPL是抑免蛋白樣蛋白，其在細(xì)胞脅迫反應(yīng)中起作用且包括與在類固醇激素受體信號(hào)傳導(dǎo)中起作用的其它抑免蛋白的Hsp90相互作用位點(diǎn)同源的3個(gè)34肽重復(fù)序列 (tetratrico!peptide repeat，TPR)基序。
因此，本發(fā)明的第一方面提供表征癌癥組織的方法，包括測(cè)定測(cè)試組織樣品中至少FKBPL、FKBPL的變體或者FKBPL或FKBPL的變體的片段的表達(dá)水平，將所測(cè)定水平與對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL的表達(dá)相比較；其中在測(cè)試組織樣品中，如與所述對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL的表達(dá)相比的 FKBPL的差異表達(dá)是對(duì)癌癥組織特征的指示。優(yōu)選地，編碼FKBPL(H(506結(jié)合蛋白樣)的基因是Π(506蛋白樣，如Genbank登錄號(hào) AF139374 和 Genbank 登錄號(hào) AF139374. 1 所定義，這如 Robson 等人.(1997) Gene regulation by low dose ionizing radiation in a normal human lung epithelial cell line(正常人肺上皮細(xì)胞系中借助低劑量電離輻射的基因調(diào)節(jié))，Biochem. Soc. Trans. 25 (1)，335-342 所公開。任選地，所述方法還可以包括從受試者獲得生物樣品。FKBPL可由以下核苷酸序列編碼登錄號(hào)NM_022110
atggagacgc caccagtcaa tacaattggagaaaaggaca cctctcagcc gcaacaagag tgggaaaaga accttcggga gaaccttgattcagttattc agattaggca gcagccccga gaccctccta ccgaaacgct tgagctggaagtaagcccag atccagccag ccaaattcta gagcatactc aaggagctga
aaaactggttgctgaacttgaaggagactctcataagtctcatggatcaaccagtcagatgccagaggcccttcaagcttctgatctctggtactgccccgatgggagctttgtcaagaagatcgtaatccgtggccatggcttggacaaacccaaactaggctcctgctgccgggtactggctttggggtttcctttcggatcagggccgccagagggctggacagagctaactatgggcgtagggccatggagggaggaaacttggggggagctcatagagaaatgcttggagtccatgtgtcaaggtgaggaagcagagcttcagctgcctgggcactctggacctcctgtcaggctcacactggcatccttcactcaaggccgagactcctgggagctggagactagcgagaaggaagccctggccagggaagaacgtgcaaggggcacagaactatttcgagctgggaaccctgaaggagctgcccgatgctatggacgggctcttcggctgctcctgactttacccccacctggccctccagaacgaactgtccttcatgccaatctggctgcctgtcagttgttgctagggcagcctcagttggcagcccagagctgtgaccgggtgttggagcgggagcctggccatttaaaggccttataccgaaggggggttgcccaggctgcccttgggaacctggaaaaagcaactgctgacctcaagaaggtgctggcgatagatcccaaaaaccgggcagcccaggaggaactggggaaggtggtcattcaggggaagaaccaggatgcagggctggctcagggtctgcgcaagat
gtttggctgattaaaagtta aaccttaaaa gagaaaaaaa aaaaaaa (SEQ ID NO 1 ),
并可以具有以下氨基酸序列或是其變體或其片段
5
METPPVNTIGEKDTSQPQQEWEKNLRENLDSVIQIRQQPRDPPTETLELEVSPDPASQILEHTQGAEKLVAELEGDSHKSHGSTSQMPEALQASDLWYCPDGSFVKKIVIRGHGLDKPKLGSCCRVLALGFPFGSGPPEGWTELTMGVGPWREETWGELIEKCLESMCQGEEAELQLPGHSGPPVRLTLASFTQGRDSffELETSEKEALAREERARGTELFRAGNPEGAARCYGRALRLLLTLPPPGPPERTVLHANLAACQLLLGQPQLAAQSCDRVLEREPGHLKALYRRGVAQAALGNLEKAIADLKKVLAIDPKNRAAQEELGKVVIQGKNQDAGLAQGLRKMFG(SEQ ID NO 2)。FKBPL變體可由包括以下的核酸序列編碼
atggagacgc caccagtcaa tacaattggagaaaaggaca cctctcagcc gcaacaagag tgggaaaaga accttcggga gaaccttgattcagttattc agattaggca gcagccccga gaccctccta ccgaaacgct tgagctggaagtaagcccag atccagccag ccaaattcta gagcatactc aaggagctga
aaaactggttgctgaacttgaaggagactctcataagtctcatggatcaaccagtcagatgccagaggcccttcaagcttctgatctctggtactgccccgatgggagctttgtcaagaagatcgtaatccgtggccatggcttggacaaacccaaactaggctcctgctgccgggtactggctttggggtttcctttcggatcagggccgccagagggctggacagagctaactatgggcgtagggccatggagggaggaaacttggggggagctcatagagaaatgcttggagtccatgtgtcaaggtgaggaagcagagcttcagctgcctgggcacactggacctcCtgtCgggCtcacactggcatccttcactcaaggccgagactcctgggagctggagactagcgagaaggaagccctggccagggaagaacgtgcaaggggcacagaactatttcgagctgggaaccctgaaggagctgcccgatgctatggacgggctcttcggctgctcctgactttacccccacctggccctccagaacgaactgtccttcatgccaatctggctgcctgtcagttgttgctagggcagcctcagttggcagcccagagctgtgaccgggtgttggagcgggagcctggccatttaaaggccttataccgaaggggggttgcccaggctgcccttgggaacctggaaaaagcaactgctgacctcaagaaggtgctggcgatagatcccaaaaaccgggcagcccaggaggaactggggaaggtggtcattcaggggaagaaccaggatgcagggctggctcagggtctgcgcaagat
gtttggctgattaaaagtta aaccttaaaa gagaaaaaaa aaaaaaa (SEQ ID No 3)并具有以下氨基酸序列METPPVNTIGEKDTSQPQQEWEKNLRENLDSVIQIRQQPRDPPTETLELEVSPDPASQILEHTQGAEKLVAELEGDSHKSHGSTSQMPEALQASDLWYCPDGSFVKKIVIRGHGLDKPKLGSCCRVLALGFPFGSGPPEGWTELTMGVGPWREETWGELIEKCLESMCQGEEAELQLPGHTGPPVGLTLASFTQGRDSffELETSEKEALAREERARGTELFRAGNPEGAARCYGRALRLL
LTLPPPGPPERTVLHANLAACQLLLGQPQLAAQSCDRVLEREPGHLKAL
YRRGVAQAALGNLEKATADLKKVLAIDPKNRAAQEELGKVVIQGKNQDAGLAQGLRKMFG(SEQ ID No 4)。特別地，本發(fā)明人已確定，穩(wěn)定表達(dá)FKBPL的雌激素受體陽性(ER+)腫瘤細(xì)胞或癌癥具有以下特征它們對(duì)抗雌激素藥劑、例如他莫昔芬和氟維司群高度敏感。為支持這一工作，本發(fā)明人已確定，F(xiàn)KBPL的siRNA敲低顯著增加ER+細(xì)胞對(duì)他莫昔芬的抗性，并提示 FKBPL水平可以預(yù)測(cè)癌癥進(jìn)展和無疾病存活。差異表達(dá)的意思是，在檢測(cè)測(cè)試組織樣品和對(duì)照樣品中的FKBPL后，可以對(duì)FKBPL 在樣品中的水平評(píng)分，例如0 (無可檢測(cè)的FKBPL)，1 (低可檢測(cè)水平的FKBPL)，2 (中等可檢測(cè)水平的FKBPL)，3 (高可檢測(cè)水平的FKBPL)，并隨后比較測(cè)試樣品和對(duì)照樣品間的所檢測(cè)水平。檢測(cè)可以是通過例如根據(jù)FKBPL適當(dāng)免疫組織化學(xué)的染色?？蛇x擇地，檢測(cè)可以允許對(duì)測(cè)試樣品和對(duì)照樣品中FKBPL的定量測(cè)量。在實(shí)施方式中，可以在用任何藥劑治療前評(píng)價(jià)FKBPL水平，并且FKBPL在該點(diǎn)的水平被評(píng)分作0、1、2或3。所述值隨后可以用于預(yù)測(cè)對(duì)ER調(diào)節(jié)藥物、化療/放射或新藥物的反應(yīng)。在實(shí)施方式中，不會(huì)需要在每一治療后再評(píng)估FKBPL水平，以確定患者是否會(huì)反應(yīng)。高度敏感指，相比表達(dá)降低水平的FKBPL的腫瘤細(xì)胞，在用激素藥劑或抗雌激素藥劑治療癌癥細(xì)胞后，大于80 %、更優(yōu)選大于85%、更優(yōu)選大于90%、更優(yōu)選大于95%、甚至更優(yōu)選大于99%的腫瘤細(xì)胞更可能被抑制增殖(對(duì)治療反應(yīng))。關(guān)于癌癥，高度敏感的癌癥指，相比患有表現(xiàn)降低水平FKBPL的癌癥的癌癥受試者，在治療癌癥受試者后，該癌癥大于80 %、更優(yōu)選大于85 %、更優(yōu)選大于90 %、更優(yōu)選大于98 %和甚至更優(yōu)選大于99 %更可能被抑制。如果癌癥的至少一種癥狀被緩解、終結(jié)、放緩或預(yù)防，那么癌癥被抑制。如本文所用，如果癌癥的復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移被減少、減緩、延遲或預(yù)防，那么癌癥也被抑制。在本發(fā)明實(shí)施方式中，抗雌激素藥劑可以選自選擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑、選擇性雌激素受體下調(diào)劑或芳香酶抑制劑。此類抑制劑的實(shí)例提供在表1中。ER+細(xì)胞通常會(huì)對(duì)他莫昔芬反應(yīng)，但相比對(duì)照增加的FKBPL水平的存在與ER+組合，造成腫瘤細(xì)胞或癌癥對(duì)此類內(nèi)分泌藥物敏感性的顯著額外增加。表1可提供內(nèi)分泌藥物的實(shí)例。
權(quán)利要求
1.一種表征癌癥組織的方法，包括測(cè)定測(cè)試生物樣品中FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種的表達(dá)水平；將所測(cè)定的FKBPL水平與對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL或FKBPL變體或其片段的表達(dá)相比較；確定與對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL的表達(dá)相比，在所述樣品中是否存在FKBPL的差異表達(dá)；和表征所述癌癥組織，其中表征所述癌癥組織是確定選擇性調(diào)節(jié)癌癥組織中存在的雌激素受體或降低癌癥組織中雌激素循環(huán)水平的藥劑是否會(huì)減少所述癌癥的進(jìn)展，或確定包含所述癌癥組織的受試者具有無癌癥疾病存活的可能性。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中確定FKBPL的表達(dá)水平包括測(cè)量FKBPL編碼基因的表達(dá)產(chǎn)物的水平。
3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述表達(dá)產(chǎn)物是mRNA或蛋白。
4.如權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法，其中使用具有對(duì)FKBPL的結(jié)合特異性的抗體或其結(jié)合片段測(cè)定所述表達(dá)產(chǎn)物。
5.如權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)所述的方法，其中在用任何藥劑治療前評(píng)價(jià)FKBPL水平，并且對(duì)FKBPL水平定性評(píng)分，以預(yù)測(cè)治療結(jié)果或?qū)χ委煹臐撛诜磻?yīng)。
6.一種用于預(yù)測(cè)藥劑減少癌癥進(jìn)展的能力的試劑盒，其中所述藥劑能夠選擇性調(diào)節(jié)癌癥組織中存在的雌激素受體或降低癌癥組織中雌激素的循環(huán)水平，所述試劑盒包括用于在生物樣品中檢測(cè)FKBPL、FKBPL變體和其片段的轉(zhuǎn)錄物或蛋白中的至少一種的工具以及 FKBPL對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或能夠表達(dá)FKBPL的對(duì)照樣品。
7.如權(quán)利要求6所述的試劑盒，其中用于在生物樣品中檢測(cè)的所述工具是具有對(duì) FKBPL、FKBPL變體、其片段的轉(zhuǎn)錄物或蛋白中的至少一種的結(jié)合特異性的抗體。
8.如權(quán)利要求6所述的試劑盒，其中用于在生物樣品中檢測(cè)的所述工具是具有對(duì) FKBPL、FKBPL變體或其片段的轉(zhuǎn)錄物中的至少一種的結(jié)合特異性的核酸探針。
9.一種治療癌癥受試者的方法，包括以下步驟測(cè)定測(cè)試生物樣品中FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種的表達(dá)水平，將所測(cè)定表達(dá)水平與對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL、FKBPL變體或者FKBPL或FKBPL變體的片段的表達(dá)相比較，其中當(dāng)所述測(cè)試樣品中FKBPL的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL的表達(dá)增加時(shí)，用ER調(diào)節(jié)藥物、化療/放射或可選擇的治療藥劑治療受試者。
10.如權(quán)利要求9所述的方法，其中當(dāng)所述測(cè)試樣品中FKBPL的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ諛悠分蠪KBPL的表達(dá)增加時(shí)，向受試者提供選擇性調(diào)節(jié)癌癥組織中存在的雌激素受體或降低癌癥組織中雌激素循環(huán)水平的藥劑。
11.一種監(jiān)測(cè)對(duì)癌癥受試者的治療的方法，包括以下步驟測(cè)定測(cè)試生物樣品中FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種的表達(dá)水平，將所述測(cè)試樣品中所測(cè)定的表達(dá)水平與對(duì)照癌癥樣品中FKBPL的表達(dá)相比較，其中在使用藥劑的癌癥治療方案前已從受試者獲得所述對(duì)照癌癥樣品，并且在使用所述藥劑的癌癥治療方案后或在使用所述藥劑的癌癥治療方案期間已從受試者獲得所述測(cè)試癌癥樣品， 其中當(dāng)FKBPL的表達(dá)水平在所述測(cè)試樣品中相對(duì)于所述對(duì)照樣品降低時(shí)，指示所述癌癥對(duì)所述藥劑較不敏感。
12.—種監(jiān)測(cè)患癌癥受試者的腫瘤進(jìn)展的方法，包括以下步驟測(cè)定測(cè)試生物樣品中FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種的表達(dá)水平，將所述測(cè)試樣品中所測(cè)定的表達(dá)水平與對(duì)照癌癥樣品中FKBPL的表達(dá)相比較，其中在癌癥治療方案前已由受試者提供所述對(duì)照癌癥樣品，并且在癌癥治療方案后或在癌癥治療方案期間已由受試者提供所述測(cè)試癌癥樣品，其中當(dāng)FKBPL的表達(dá)水平在所述測(cè)試樣品中相對(duì)于所述對(duì)照樣品降低時(shí)，指示所述腫瘤會(huì)進(jìn)展并且受試者具有降低的無疾病存活可能性。
13.—種診斷、監(jiān)測(cè)或預(yù)后受試者中的癌性或惡性病癥的方法，所述方法包括(i)提供來自受試者的第一樣品，(ii)測(cè)定所述第一樣品中FKBPL、FKBPL變體和FKBPL片段中的至少一種的表達(dá)水平，(iii)將所述第一樣品中所測(cè)定的水平與對(duì)照樣品中FKBPL的表達(dá)相比較；其中當(dāng)FKBPL的表達(dá)水平在所述測(cè)試樣品中相對(duì)于所述對(duì)照樣品降低時(shí)，指示受試者具有會(huì)降低受試者具有無疾病存活的可能性的癌性或惡性病癥。
14.一種優(yōu)化現(xiàn)有抗癌癥治療藥劑的方法，所述方法包括以下步驟(i)提供第一樣品，( )提供第二樣品，其中所述第二樣品已暴露于治療藥劑，(iii)測(cè)定FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種在所述第一樣品和所述第二樣品中的表達(dá)水平，和(iv)比較所述的FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種在所述第一樣品和所述第二樣品中的表達(dá)水平，其中FKBPL表達(dá)水平的增加指示所述治療藥劑是在提供積極作用。
15.一種測(cè)試用于治療癌癥的療法或新治療藥劑的方法，所述方法包括(i)提供第一樣品，( )提供第二樣品，其中所述第二樣品已暴露于所述新療法或新治療藥劑，(iii)測(cè)定FKBPL、FKBPL變體和FKBPL或FKBPL變體的片段中的至少一種在所述第一樣品和所述第二樣品中的表達(dá)水平，和(iv)比較所述第一樣品和所述第二樣品中的FKBPL表達(dá)水平，其中當(dāng)FKBPL的水平增加時(shí)，這指示所述新療法或新治療藥劑具有積極作用。
全文摘要
公開了將FKBPL用作受試者對(duì)癌癥治療中內(nèi)分泌療法的敏感性的標(biāo)志物和用作與激素反應(yīng)性癌癥相關(guān)的癌癥進(jìn)展和無疾病存活的預(yù)測(cè)性標(biāo)志物的方法。
文檔編號(hào)G01N33/574GK102428370SQ201080021847
公開日2012年4月25日 申請(qǐng)日期2010年5月19日 優(yōu)先權(quán)日2009年5月19日
發(fā)明者克里斯多佛·伯恩, 大衛(wèi)·赫斯特, 海莉·麥基恩, 特蕾西·羅布森 申請(qǐng)人:英國(guó)貝爾法斯特女王大學(xué)