使用工程轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子檢測細(xì)胞的系統(tǒng)和方法相關(guān)申請的交叉引用本申請要求2013年3月13日提交的、名稱為“使用工程轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子檢測細(xì)胞的系統(tǒng)和方法(SystemsandMethodsforDetectionofCellsusingEngineeredTransductionParticles)”、申請?zhí)枮?3/802,416的美國專利申請的優(yōu)先權(quán)，上述申請要求2013年3月13日提交的、名稱為“非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和基于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的報告系統(tǒng)(Non-ReplicativeTransductionParticlesandTransductionParticle-BasedReporterSystems)”、申請?zhí)枮?1/779,177的美國臨時申請的優(yōu)先權(quán)，通過全文引用將上述每一件申請的內(nèi)容并入本文。技術(shù)領(lǐng)域本文所述的實施例涉及使用工程轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子檢測細(xì)胞的系統(tǒng)和方法。更特別地，本文所述的實施例涉及使用復(fù)制缺陷的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子作為報告系統(tǒng)來檢測細(xì)菌的方法。本文所述的實施例還涉及容器和儀器，在所述容器和儀器中，能夠在具有無人值守功能的一體、封閉的系統(tǒng)中執(zhí)行細(xì)菌的檢測。

背景技術(shù)：
細(xì)菌(尤其是耐藥菌株)的檢測是在診斷細(xì)菌感染并限制細(xì)菌感染的傳播中的關(guān)鍵步驟。例如，MRSA是由美國人口中的相當(dāng)大的一部分所攜帶的常見的金黃色葡萄球菌的一種耐藥變體。MRSA的多數(shù)感染發(fā)生在醫(yī)院中，并且可以具有高死亡率(在美國每年因MRSA感染而死亡約19,000人)。因此，需要對導(dǎo)致感染的細(xì)菌菌株(包括它們的表型和/或基因型以及其它的分子靶點)例如MRSA進(jìn)行高效、精確和快速的識別。特別重要的是要能夠從各種不同的樣本(例如，人類樣本、環(huán)境樣本、植物樣本、動物樣本、食物樣本等)中識別出細(xì)菌的表型和/或基因型以及其它的分子靶點，從而能夠及時地開始適當(dāng)?shù)闹委熀涂刂品桨?。用于識別細(xì)菌的一種已知方法包括細(xì)菌培養(yǎng)。培養(yǎng)是高度敏感的，但常常需要兩到三天(甚至更長)才能得到結(jié)果，并且因此不適合用于快速診斷或用于高效篩查目的。已知的培養(yǎng)方法常使用需要經(jīng)過高水平培訓(xùn)的人員實施測定的系統(tǒng)來執(zhí)行，因此不適合用于在各種不同的環(huán)境中使用。已知的培養(yǎng)方法也容易出現(xiàn)污染，這會導(dǎo)致假陽性和/或細(xì)菌的錯誤識別。而且，已知的培養(yǎng)方法使用專門定制的培養(yǎng)操作指南以用于識別各種細(xì)菌種屬，因此測試廣譜的細(xì)菌范圍會迅速提高成本。直接細(xì)菌免疫檢測(也就是利用抗體抗原反應(yīng)進(jìn)行的檢測)是用于細(xì)菌檢測的另一種方法。免疫檢測的已知方法能夠比培養(yǎng)更快速并且以更低的成本得到結(jié)果，但是常常受到用于感興趣的細(xì)菌菌株的選擇性抗體的可用性的限制并且可用的抗體容易產(chǎn)生交叉反應(yīng)性。這樣的已知方法也沒有培養(yǎng)那么敏感，因此仍然常常需要細(xì)菌擴(kuò)增，這會延長測定時間。用于檢測細(xì)菌細(xì)胞的其它已知方法包括核酸(例如DNA或RNA)的分離和分析。用于從樣本分離核酸的已知方法常常包括需要昂貴的和專門的設(shè)備的、若干嚴(yán)格的樣本制備步驟。特別地，這樣的步驟包括：1)通過加入蛋白酶來去除含細(xì)菌或細(xì)胞的樣本中的蛋白質(zhì)；2)破壞剩余大塊樣本以暴露包含在其中的核酸(也稱為細(xì)胞裂解)；3)沉淀來自樣本的核酸；4)洗滌和/或以另外的方式制備核酸以用于進(jìn)一步分析；5)分析核酸以識別種屬。在制備樣本之后，已知的分析方法可以包括：聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、基因測序、基因指紋分析、熒光、免疫測定、電化學(xué)免疫測定、微陣列、任何其它合適的技術(shù)或其組合。PCR得到了廣泛的商業(yè)應(yīng)用，但是常常需要涉及昂貴的試劑和儀器的多個步驟。涉及PCR的許多已知方法不適合用于小規(guī)模測試(benchtoptesting)(例如，它們需要相對熟練的人員)。而且，已知的PCR方法使用熱循環(huán)和/或高溫度，這會增加分析的成本、時間和/或復(fù)雜性。最后，由于用于檢測DNA序列的PCR方法裂解樣本細(xì)胞，因此這樣的方法不能在活細(xì)胞和死細(xì)胞之間進(jìn)行區(qū)分。用于細(xì)胞識別的一些已知的系統(tǒng)和方法包括使用細(xì)菌噬菌體來識別和/或檢測某些細(xì)菌。在一些已知的方法中，用報告分子(reportermolecule)標(biāo)記的噬菌體可以用于靶向和感染特定的細(xì)菌菌株。在感染之后，噬菌體會經(jīng)歷裂解周期(即，破壞細(xì)胞壁殺死靶細(xì)菌)和/或溶原周期(即，噬菌體與細(xì)菌一起復(fù)制而不殺死細(xì)菌)，隨后檢測擴(kuò)增的子代噬菌體。這樣的依賴于噬菌體檢測的已知方法通常包括限制性的或者復(fù)雜的步驟。例如，一些已知的基于噬菌體檢測的識別方法依賴于噬菌體復(fù)制(在此期間細(xì)菌可以裂解)，并且典型地需要細(xì)胞培養(yǎng)以便促進(jìn)該過程。一些已知的基于噬菌體檢測的方法需要使用仔細(xì)計量和/或pH受控的試劑從樣本中移除或“釋放(unbinding)”特異性結(jié)合的噬菌體。而且，一些已知的基于噬菌體檢測的方法依賴于仔細(xì)計量噬菌體的加入量和/或包括反應(yīng)室的打開或閉合以便加入/移除試劑，這會導(dǎo)致污染和/或試劑的過早混合，從而導(dǎo)致錯誤的結(jié)果并且實質(zhì)上使測定復(fù)雜化。其它的基于噬菌體的方法使用細(xì)菌噬菌體，所述細(xì)菌噬菌體被工程處理以將可以包括報告基因的核苷酸遞送到靶細(xì)菌中，這導(dǎo)致靶細(xì)菌表達(dá)報告分子。一些已知的方法包括在測定期間復(fù)制噬菌體，然而這會導(dǎo)致將在其中產(chǎn)生報告分子的細(xì)胞的非期望裂解。其它的基于噬菌體的已知方法使用在測定條件期間復(fù)制功能受到抑制的細(xì)菌噬菌體。然而，由于保持復(fù)制功能受到抑制的條件(例如，溫度條件)的嚴(yán)格范圍，這樣的已知方法難以實現(xiàn)。這樣的方法不容易控制，因此會導(dǎo)致裂解活性。另外的其它方法建議使用經(jīng)歷溶原周期而不是裂解周期的溫和噬菌體。然而，這樣的已知方法也易受偶發(fā)的裂解活性的影響。由于可能被噬菌體溶原化的靶細(xì)胞產(chǎn)生超感染免疫性，加入的自然噬菌體的生命周期也可能導(dǎo)致對報告噬菌體的宿主范圍的限制。因此，盡管該類型的已知方法已在學(xué)術(shù)環(huán)境中實施，但是它們并未應(yīng)用于臨床環(huán)境中。除了關(guān)于使用基于噬菌體的方法的上述缺點以外，已知的方法未采用能夠?qū)崿F(xiàn)“無人值守”的細(xì)菌噬菌體識別系統(tǒng)的自動化裝置或儀器。例如，許多已知的系統(tǒng)不包含封閉系統(tǒng)操作和/或由某些報告分子產(chǎn)生的信號(例如閃光發(fā)光反應(yīng))的測量。因此，已知的系統(tǒng)和方法需要熟練人員和樣本的熟練操作，否則會增加假陽性或者假陰性的可能性。因此，需要改進(jìn)的用于臨床樣本中的細(xì)菌種屬的快速、成本效益高且容易檢測和識別的裝置和方法。

技術(shù)實現(xiàn)要素：
本文中描述了使用工程病毒載體和/或轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子來檢測和/或識別靶細(xì)胞(例如細(xì)菌)的系統(tǒng)和方法。在一些實施例中，一種方法包括在樣本內(nèi)混合一定數(shù)量的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子為非復(fù)制性的，并且被工程處理成包括配制為致使靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子的核酸分子。樣本和轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被保持，以便在樣本中存在靶細(xì)胞時表達(dá)這一系列的報告分子。接收與報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號。在一些實施例中，信號的幅值與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的在預(yù)定數(shù)量以上的數(shù)量無關(guān)。在一些實施例中，一種容器包括外殼、輸送構(gòu)件和致動器。能夠可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室的外殼限定了試劑體積。當(dāng)外殼聯(lián)接到反應(yīng)室時，輸送構(gòu)件聯(lián)接到外殼并限定試劑體積和反應(yīng)室之間的路徑。輸送構(gòu)件的第一端部部分布置在試劑體積內(nèi)并且輸送構(gòu)件的第二端部部分布置在試劑體積的外部。致動器具有布置在試劑體積內(nèi)的柱塞部分，所述柱塞部分能夠在試劑體積內(nèi)沿著外殼的縱向軸線移動以產(chǎn)生從試劑體積經(jīng)由所述路徑的試劑的流動。輸送構(gòu)件配置成在不平行于外殼的縱向軸線的出口方向上引導(dǎo)離開輸送構(gòu)件的第二端部部分的試劑的流動。在一些實施例中，一種儀器包括保持組件、啟動組件和致動器。保持組件包括第一夾持器、第二夾持器和偏壓構(gòu)件。第一夾持器和第二夾持器配置成接觸樣本容器的第一部分以限制樣本容器的移動。樣本容器限定反應(yīng)體積和試劑體積。啟動構(gòu)件可移動地聯(lián)接到保持組件，并且配置成接合樣本容器的第二部分以將試劑從試劑體積傳送到反應(yīng)體積中。致動器配置成相對于保持組件在第一位置和第二位置之間移動啟動構(gòu)件。在第一位置，啟動構(gòu)件的表面與保持組件的表面相接觸以保持第一夾持器和第二夾持器處于打開配置。在第二位置，啟動構(gòu)件的表面與保持組件的表面間隔開，以使得偏壓構(gòu)件將第一夾持器和第二夾持器推壓成閉合配置。當(dāng)啟動構(gòu)件朝著第二位置移動時，啟動構(gòu)件的柱塞部分配置成在試劑體積內(nèi)移動。附圖說明圖1是根據(jù)實施例的用于細(xì)菌識別的系統(tǒng)的框圖。圖2和3是根據(jù)實施例的盒處于第一配置和第二配置的示意圖。圖4示出根據(jù)實施例的用于檢測樣本中靶細(xì)胞的方法的流程圖。圖5是根據(jù)實施例的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和包含在其中的工程核酸分子的示意圖。圖6顯示根據(jù)實施例的用于識別靶細(xì)胞的方法的示意圖。圖7A和7B顯示根據(jù)實施例的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子在第一時間(圖7A)和第二時間(圖7B)與靶細(xì)胞相互作用的示意圖。圖8示出根據(jù)實施例的用于識別活靶細(xì)胞的方法的流程圖。圖9是根據(jù)實施例的工程核酸的配制的示意圖。圖10示出根據(jù)實施例的用于靶細(xì)胞的基因型識別方法的流程圖。圖11顯示根據(jù)實施例的用于識別靶細(xì)胞的基因型方法的示意圖。圖12-14是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的樣本容器的橫截面示意圖。圖15-17是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視圖。圖18是根據(jù)實施例的容器組件的透視圖。圖19顯示圖18的容器組件的分解圖。圖20顯示包括在圖19的容器組件中的外殼的俯視圖。圖21顯示包括在圖19的容器組件中的外殼的透視仰視圖。圖22顯示根據(jù)實施例的包括在圖19的容器組件中的試劑容器的透視圖。圖23-25是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的圖19的容器的一部分的側(cè)視橫截面圖。圖26顯示根據(jù)實施例的容器組件的透視圖。圖27顯示包括在圖26的容器組件中的外殼的透視仰視圖。圖28顯示圖26的容器組件的側(cè)視橫截面圖。圖29是根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視橫截面圖。圖30-32是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視橫截面圖。圖33顯示根據(jù)實施例的容器組件的分解側(cè)視橫截面圖。圖34-36是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的圖33的容器組件的側(cè)視橫截面圖。圖37和38是分別處于第一配置和第二配置的根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視橫截面示意圖。圖39和40是分別處于第一配置和第二配置的根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視橫截面示意圖。圖41是根據(jù)實施例的容器組件的側(cè)視橫截面示意圖。圖42示出根據(jù)實施例的信號檢測的方法的流程圖。圖43-45是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的儀器的一部分的側(cè)視示意圖。圖46-48是分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的儀器的一部分的側(cè)視示意圖。圖49和50是分別處于第一配置和第二配置的根據(jù)實施例的儀器的檢測部分的側(cè)視橫截面示意圖。圖51顯示根據(jù)實施例的儀器的透視圖。圖52顯示圖51的儀器的傾斜前視圖，其中蓋已被打開。圖53顯示包括在圖51的儀器中的外殼的傾斜前視圖。圖54顯示圖53中所示的外殼的后視圖。圖55-57顯示圖51的儀器的內(nèi)部部件和子組件的一部分的透視圖，其中為了清楚起見而移除外殼。圖58顯示包括在圖51的儀器中的電源的透視圖。圖59顯示包括在圖51的儀器的處理器的透視圖。圖60顯示包括在圖51的儀器中的通信模塊的透視圖。圖61顯示處于第一配置的圖51的儀器的透視圖。圖62顯示包括在圖51的儀器中的盒的透視圖。圖63顯示包括在圖51的儀器中的盒接收器的透視圖。圖64是處于聯(lián)接配置的圖62的盒和圖63的盒接收器的側(cè)視圖。圖65顯示包括在圖51的儀器中的加熱器組件的透視圖。圖66是圖65的加熱器組件的部分分解圖。圖67顯示圖65的加熱器組件的后視圖。圖68是根據(jù)實施例的包括在圖51的儀器中的驅(qū)動組件的透視圖。圖69顯示圖68的驅(qū)動組件的前視圖。圖70和圖71示出了分別處于第一配置和第二配置的圖68中的驅(qū)動組件。圖72顯示用于控制包括在圖51的儀器中的驅(qū)動組件的電子電路系統(tǒng)的透視圖。圖73顯示包括在圖51的儀器中的根據(jù)實施例的操縱器組件的透視圖。圖74顯示圖73的操縱器組件的分解圖。圖75顯示處于第一(或“打開夾持”)配置的圖73的操縱器組件的側(cè)視圖。圖76顯示處于第二(或“閉合夾持”)配置的圖73的操縱器組件的側(cè)視圖。圖77顯示處于第二(“閉合夾持”)配置并且輸送容器的圖73的操縱器組件的透視圖。圖78和79示出處于第一(“打開夾持”)配置并且接合容器的圖73的操縱器組件的側(cè)視圖。圖80顯示處于打開配置并且在“第一頂入”操作中接合容器的圖78的操縱器組件的側(cè)視橫截面圖。圖81顯示處于第二(“閉合夾持”)配置的圖73的操縱器組件的側(cè)視橫截面圖。圖82和83分別是處于在“第二頂入”操作中接合容器的第三配置(“閉合夾持”)配置的圖73的操縱器組件的側(cè)視圖和透視圖。圖84顯示圖82的操縱器組件的側(cè)視橫截面圖。圖85顯示包括在圖51的儀器中的根據(jù)實施例的檢測器組件的透視圖。圖86顯示圖85的檢測器組件的一部分的俯視圖。圖87顯示圖85的檢測器組件的透視圖，其中外殼被去除。圖88顯示圖85的檢測器組件的分解圖，其中外殼被去除。圖89顯示根據(jù)實施例的包括在圖85的檢測器組件中的閘門的透視圖。圖90顯示圖89的閘門的側(cè)視橫截面圖。圖91-94是分別處于第一配置，第二配置、第三配置和第四配置的圖85的檢測器組件的側(cè)視橫截面圖。圖95顯示根據(jù)實施例的用于控制圖85的檢測器組件的、包括在圖51的儀器中的電路的透視圖。圖96示出根據(jù)實施例的用于接收信號的方法的流程圖。圖97示出根據(jù)實施例的用于操縱容器的方法的流程圖。具體實施方式本文中描述使用工程病毒載體和/或轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子檢測和/或識別靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的系統(tǒng)和方法。在一些實施例中，一種方法包括在樣本內(nèi)混合一定數(shù)量的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子配制成結(jié)合到并且將核酸分子遞送到靶細(xì)胞中。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子為非復(fù)制性的，并且被工程處理成包括配制為致使靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子的核酸分子。保持樣本和轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子以便在樣本中存在靶細(xì)胞時表達(dá)一系列報告分子。接收與報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號。在一些實施例中，信號的幅值與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的在預(yù)定數(shù)量以上的數(shù)量無關(guān)。在一些實施例中，一種用于檢測靶細(xì)胞的方法包括將與靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)的一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與樣本混合。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被工程處理成包括配制為致使靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子的核酸分子。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子缺乏能夠表現(xiàn)出與從中衍生出這一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的病毒相關(guān)聯(lián)的野生型病毒功能的野生型DNA。保持樣本和這一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，以使得當(dāng)樣本中存在靶細(xì)胞時僅表達(dá)這一系列的報告分子。然后接收與報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號。在一些實施例中，信號的幅值與這一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的在預(yù)定數(shù)量以上的數(shù)量無關(guān)。也就是說，在一些實施例中，信號的強(qiáng)度與這一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的數(shù)量基本無關(guān)。在一些實施例中，一種用于檢測靶細(xì)胞的方法包括在樣本內(nèi)混合與靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)的一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。這一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被工程處理成不能溶原復(fù)制并且包括配制成致使靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子的核酸分子。保持樣本和這一系列的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，以便在樣本包括靶細(xì)胞時表達(dá)這一系列的報告分子。所述方法也包括接收與這一系列報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號。在一些實施例中，一種容器包括外殼、第一致動器和第二致動器。外殼配置成可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室(例如，其中能夠包含包括靶細(xì)胞的樣本)。外殼限定第一試劑體積和第二試劑體積，并且包括限定第一試劑體積和反應(yīng)室之間的第一路徑以及第二試劑體積和反應(yīng)室之間的第二路徑的輸送部分。第一致動器具有布置在第一試劑體積內(nèi)的柱塞部分和配置成被操縱以在第一試劑體積內(nèi)移動柱塞部分的接合部分。第二致動器具有布置在第二試劑體積內(nèi)的柱塞部分，并且第二致動器的接合部分配置成被操縱以在第二試劑體積內(nèi)移動柱塞部分。第二致動器的接合部分至少部分地圍繞第一致動器的接合部分。在一些實施例中，一種容器包括外殼、輸送構(gòu)件和致動器。能夠可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室的外殼(例如，其包含靶細(xì)胞)限定試劑體積。當(dāng)外殼聯(lián)接到反應(yīng)室時，輸送構(gòu)件聯(lián)接到外殼并限定試劑體積和反應(yīng)室之間的路徑。輸送構(gòu)件的第一端部部分布置在試劑體積內(nèi)并且輸送構(gòu)件的第二端部部分布置在試劑體積的外部。致動器具有布置在試劑體積內(nèi)的柱塞部分，所述柱塞部分可以在試劑體積內(nèi)沿著外殼的縱向軸線移動以產(chǎn)生從試劑體積經(jīng)由所述路徑的試劑的流動。輸送構(gòu)件配置成在不平行于外殼的縱向軸線的出口方向上引導(dǎo)試劑離開輸送構(gòu)件的第二端部部分的流動。在一些實施例中，一種容器包括外殼、輸送構(gòu)件和致動器。外殼限定試劑體積并且能夠可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室。當(dāng)外殼聯(lián)接到反應(yīng)室時，輸送構(gòu)件聯(lián)接到外殼并且限定試劑體積和反應(yīng)室之間的路徑。輸送構(gòu)件的第一端部部分布置在試劑體積內(nèi)并限定路徑的第一部分。輸送構(gòu)件的第二端部部分布置在外殼的外部并限定路徑的第二部分。路徑的第二部分的中心線從路徑的第一部分的中心線成角度地偏移。致動器具有布置在試劑體積內(nèi)的柱塞部分并且配置成在試劑室內(nèi)沿著外殼的縱向軸線移動以產(chǎn)生從試劑體積經(jīng)由所述路徑的試劑的流動。在一些實施例中，一種用于檢測靶細(xì)胞的方法包括將包含樣本和一系列報告分子的反應(yīng)室安置成與檢測器可操作地連通。經(jīng)由輸送構(gòu)件將試劑傳送到反應(yīng)室中，以使得試劑沿著反應(yīng)室的表面流動到樣本中。以該方式，樣本和試劑的曝氣和/或樣本內(nèi)的氣泡的產(chǎn)生被最小化。試劑配制成與一系列報告分子反應(yīng)以實現(xiàn)和/或增強(qiáng)與一系列報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號的產(chǎn)生。由檢測器接收所述信號。在一些實施例中，一種儀器包括保持構(gòu)件、啟動構(gòu)件和致動器。保持構(gòu)件配置成接觸限定反應(yīng)體積和試劑體積的樣本容器的第一部分，從而限制樣本容器的移動。啟動構(gòu)件聯(lián)接到保持構(gòu)件，并且配置成接合樣本容器的第二部分，從而將來自試劑體積的試劑傳送到反應(yīng)體積中。致動器配置成相對于保持構(gòu)件在第一位置、第二位置和第三位置之間移動啟動構(gòu)件。在第一位置，保持構(gòu)件配置成與樣本容器的第一部分間隔開。在第二位置，啟動構(gòu)件配置成與樣本容器的第二部分間隔開并且保持構(gòu)件配置成接觸樣本容器的第一部分。在第三位置，啟動構(gòu)件配置成與樣本容器的第二部分接合以傳送試劑，從而使得保持構(gòu)件與樣本容器的第一部分相接觸。在一些實施例中，一種儀器包括保持組件、啟動組件和致動器。保持組件包括第一夾持器、第二夾持器和偏壓構(gòu)件。第一夾持器和第二夾持器配置成接觸樣本容器的第一部分以限制樣本容器的移動。樣本容器限定反應(yīng)體積和試劑體積。啟動構(gòu)件可移動地聯(lián)接到保持組件，并且配置成接合樣本容器的第二部分以將來自試劑體積的試劑傳送到反應(yīng)體積中。致動器配置成相對于保持組件在第一位置和第二位置之間移動啟動構(gòu)件。在第一位置，啟動構(gòu)件的表面與保持組件的表面相接觸以保持第一夾持器和第二夾持器處于打開配置。在第二位置，啟動構(gòu)件的表面與保持組件的表面間隔開，以使得偏壓構(gòu)件將第一夾持器和第二夾持器推壓成閉合配置。當(dāng)啟動構(gòu)件朝著第二位置移動時，啟動構(gòu)件的柱塞部分配置成在試劑體積內(nèi)移動。在一些實施例中，一種儀器包括外殼和閘門，所述閘門具有在外殼內(nèi)可移動地布置在第一閘門位置和第二閘門位置之間的部分。外殼限定配置成接收樣本容器的通道，并且還限定配置成將通道安置為與檢測器連通的檢測體積。外殼包括第一密封表面和第二密封表面。當(dāng)樣本容器的第二部分(例如，遠(yuǎn)端部分)布置在檢測體積內(nèi)時，樣本容器的第一部分和第一密封表面配置成將檢測體積與外殼外部的體積隔離。當(dāng)閘門處于第一閘門位置時，閘門的密封表面和外殼的第二密封表面配置成將檢測體積與外殼的通道隔離。當(dāng)閘門處于第二閘門位置時，外殼的通道與檢測體積連通。在一些實施例中，一種儀器包括外殼和閘門，所述閘門具有在外殼內(nèi)可移動地布置在第一閘門位置和第二閘門位置之間的部分。外殼限定配置成接收樣本容器的通道，并且也限定配置成將通道安置為與檢測器連通的檢測體積。當(dāng)容器的遠(yuǎn)端部分朝著檢測體積移動時，閘門的致動部分配置成接合樣本容器的遠(yuǎn)端部分以將閘門從第一閘門位置移動到第二閘門位置。當(dāng)閘門處于第一閘門位置時，閘門的密封表面和外殼的密封表面配置成將檢測體積與外殼的通道隔離。當(dāng)閘門處于第二閘門位置時，外殼的通道與檢測體積連通。在一些實施例中，一種儀器包括外殼和閘門，所述閘門在外殼內(nèi)布置在第一閘門位置和第二開閉位置之間。外殼限定配置成接收樣本容器的通道，并且也限定配置成將通道安置為與檢測器連通的檢測體積。閘門限定配置成接收校準(zhǔn)光源(例如，LED)的校準(zhǔn)端口。當(dāng)閘門處于第一閘門位置時，閘門的密封表面和外殼的相應(yīng)密封表面配置成將檢測體積與外殼的通道隔離。當(dāng)閘門處于第一閘門位置時，校準(zhǔn)端口與檢測體積連通。當(dāng)閘門處于第二閘門位置時，外殼的通道與檢測體積連通并且校準(zhǔn)端口與檢測體積隔離。在一些實施例中，一種用于接收信號的方法包括：在第一時間接收與檢測體積中的光發(fā)射的幅值相關(guān)聯(lián)的第一信號。檢測體積通過處于第一位置的可移動閘門與通道光學(xué)地隔離。所述方法還包括將力施加到至少部分地布置在通道內(nèi)的樣本容器，以使得樣本容器的遠(yuǎn)端部分將閘門從第一位置移動到第二位置，并且使得樣本容器的遠(yuǎn)端部分布置在檢測體積內(nèi)。在該配置中，通道與檢測體積光學(xué)連通。所述方法還包括：當(dāng)樣本容器的遠(yuǎn)端部分處于檢測體積中時，在第二時間接收與檢測體積中的光發(fā)射的幅值相關(guān)聯(lián)的第二信號。如本文中所述，術(shù)語“基因”、“DNA”和“核苷酸”表示靶細(xì)菌或載體的基因序列的整體或一部分。如本文中所述，術(shù)語“質(zhì)?！北硎景谳d體內(nèi)的工程基因、序列和/或分子，其包括調(diào)節(jié)元件、與靶基因同源的核酸序列、以及各種報告結(jié)構(gòu)，用于導(dǎo)致活細(xì)胞內(nèi)的報告分子的表達(dá)和/或此時在靶細(xì)胞內(nèi)存在細(xì)胞內(nèi)分子的表達(dá)。用于檢測和識別靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的系統(tǒng)、設(shè)備和方法可以包括能夠識別和結(jié)合到靶細(xì)胞并且將工程核苷酸遞送到靶細(xì)胞中的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。如圖1的框圖中所示，在一些實施例中，系統(tǒng)100包括遺傳工程轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110、容器120、報告體130和檢測儀器140。如本文中詳細(xì)地所述，系統(tǒng)100配置成操縱、操作和/或致動容器120和/或檢測儀器140，以使得當(dāng)與包含特定靶的樣本S混合時轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110能夠產(chǎn)生報告體130。以該方式，系統(tǒng)100以及與之相關(guān)聯(lián)的方法能夠被認(rèn)為是“可切換的”測定，這就意味著直到滿足產(chǎn)生報告體130的條件(例如，靶細(xì)胞的存在)之前，在樣本中都不存在報告體130。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110可以是能夠經(jīng)由轉(zhuǎn)導(dǎo)非病毒DNA和/或RNA遞送到靶細(xì)胞中的任何合適的粒子。例如，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以從細(xì)菌噬菌體衍生，或者可以是能夠?qū)⒑怂岱肿訉?dǎo)入樣本S中的靶細(xì)菌中的、非生物衍生的載體。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110被進(jìn)一步工程處理和/或配置成攜帶工程分子，例如，重組DNA、RNA、核苷酸、質(zhì)粒、核酶、適體和/或蛋白質(zhì)。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110不包含任何來自于曾衍生出它的病毒載體(例如細(xì)菌噬菌體)的DNA。也就是說，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子是缺乏野生型DNA的病毒載體，所述野生型DNA能夠表現(xiàn)出與從中衍生出病毒載體的病毒相關(guān)聯(lián)的野生型病毒功能。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子包括本文中所述的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110不能夠經(jīng)由裂解或溶原周期復(fù)制。通過消除從轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子復(fù)制的所有形式，靶細(xì)胞將在報告分子的產(chǎn)生期間被保持(即，不被破壞、殺死或裂解)，由此改善與之一起使用的方法的準(zhǔn)確性和可靠性。以該方式，本文中所述的測定降低和/或消除了假陰性的可能性，使方法適用于臨床環(huán)境。特別地，由于病毒粒子的野生型病毒功能能夠表現(xiàn)為溶原復(fù)制并且需要裂解復(fù)制的能力，因此試圖抑制復(fù)制功能(例如，裂解周期)可能無法提供在測定的一些群體中不導(dǎo)致裂解周期的足夠確定性。為了說明使用復(fù)制能力被消除的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的優(yōu)點，經(jīng)由噬斑測定檢查十個MRSA臨床分離菌上的兩種溫和金黃色葡萄球菌噬菌體的裂解活性。如表1所示，噬菌體phil1在十個臨床MRSA分離菌的每一個上表現(xiàn)裂解活性，并且噬菌體phi80alpha在十個臨床MRSA分離菌中的六個上表現(xiàn)裂解活性。如表所示，依賴于噬菌體(例如，測試的溫和噬菌體)的自然溶原周期的測定可以預(yù)期為偶發(fā)地表現(xiàn)裂解活性。因此，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110和本文中所述的其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被工程處理成非復(fù)制性的或復(fù)制缺陷的(即，不能復(fù)制)。表1轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110的特征在于與一個或多個靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)和/或是特異性的。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110配制成結(jié)合到并且將核酸分子遞送到靶細(xì)胞中。例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被選擇、工程處理和/或產(chǎn)生以結(jié)合到任何細(xì)菌，例如埃希氏菌，分支桿菌，葡萄球菌，李斯特菌，梭菌，腸球菌，鏈球菌，螺桿菌，立克次氏菌，嗜血桿菌，致病桿菌，不動桿菌，博德特氏菌，假單胞菌，氣單胞菌，放線桿菌，巴氏桿菌，弧菌，軍團(tuán)菌，芽孢桿菌，眉藍(lán)菌，甲烷球菌，寡養(yǎng)單胞菌，披衣菌，奈瑟氏菌，沙門氏菌，志賀氏菌，彎曲桿菌和耶爾森氏菌。在一些實施例中，非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110以及本文中所述的任何非復(fù)制性的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子均可通過將核酸包裝到病毒和/或細(xì)菌噬菌體的結(jié)構(gòu)部分中而形成，其中包裝的核酸不表現(xiàn)自然病毒和/或細(xì)菌噬菌體功能，所述功能允許病毒和/或細(xì)菌噬菌體進(jìn)行復(fù)制(經(jīng)由裂解或溶原途徑的復(fù)制)。在一個實施例中，可以形成質(zhì)粒包裝系統(tǒng)，其中包含pac型原噬菌體的pac位點的小末端酶基因被刪除并且隨后經(jīng)由質(zhì)粒補(bǔ)充。當(dāng)引起溶原噬菌體的裂解周期時，細(xì)菌噬菌體包裝系統(tǒng)將質(zhì)粒DNA包裝到子代細(xì)菌噬菌體的結(jié)構(gòu)部分中，而不是包裝天然細(xì)菌噬菌體DNA。包裝系統(tǒng)因此產(chǎn)生攜帶質(zhì)粒DNA的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在另一個實施例中，可以采用基因組島(GI)包裝系統(tǒng)使得外源核酸序列是由細(xì)菌噬菌體包裝。這可以通過將這樣的外源核酸序列包含到GI中而實現(xiàn)。天然GI包裝系統(tǒng)導(dǎo)致非復(fù)制性含GI轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子以及天然復(fù)制噬菌體，因此為了消除來自該過程的天然噬菌體，原噬菌體的小末端酶基因被刪除。小末端酶基因序列包含天然噬菌體的pac位點序列并且因此該刪除具有防止包裝天然噬菌體DNA的效果。如果與此同時待包裝的GI包括其自身的pac位點和表達(dá)合適的小末端酶蛋白的小末端酶基因，則僅GIDNA適合用于包裝在該系統(tǒng)中。通過將外源DNA包含到該系統(tǒng)中，可以產(chǎn)生包含GIDNA和外源DNA的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110可以進(jìn)一步產(chǎn)生和/或進(jìn)行工程處理以包含基因和/或核酸分子以便表達(dá)能被檢測(例如，經(jīng)由儀器140檢測)的報告體130。報告體130可以是以下的任何一種：細(xì)菌熒光素酶，真核熒光素酶，熒光蛋白(例如GFP等)，適用于比色檢測的酶(例如，辣根過氧化物酶)，適用于免疫檢測的蛋白質(zhì)(例如，蛋白質(zhì)A等)，適用于免疫檢測的肽或肽標(biāo)簽(例如，3XFLAG等)，和/或用作適體或表現(xiàn)酶活性的核酸。更特別地，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110不自主地產(chǎn)生報告體130和/或不包括報告體130。而是，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110配置成將包含在其中的工程核酸分子傳到靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)中，使得工程核酸分子使用細(xì)菌DNA的天然轉(zhuǎn)錄和翻譯功能來產(chǎn)生報告體130。因此，報告體130能夠被認(rèn)為是“可切換”報告體，這就意味著直到滿足產(chǎn)生報告體130的條件(例如，靶細(xì)胞的存在)之前，在樣本中都不存在報告體130。以該方式，本文中所述的方法不包括洗滌未結(jié)合報告體130，不包括信號減法以解釋報告體的初始量等。因此，系統(tǒng)100和與之相關(guān)聯(lián)的方法允許同源測定的形成。此外，不需要溫度循環(huán)，并且在低溫(例如37攝氏度)下短時間加熱就已經(jīng)足夠。配制成導(dǎo)致報告體130的表達(dá)的報告系統(tǒng)和本文中公開的任何報告系統(tǒng)可以被形成為用于通過在啟動子的控制下將報告分子包含到非復(fù)制性的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110(或本文所公開的任何其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)中報告活細(xì)菌和/或靶細(xì)胞的存在。當(dāng)該轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110將報告系統(tǒng)導(dǎo)入轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110的宿主范圍內(nèi)的細(xì)胞中時，啟動子能夠驅(qū)動報告分子的表達(dá)。在一個實施例中，可以使用如本文中所述的任何合適的系統(tǒng)(例如，系統(tǒng)1000)形成和/或執(zhí)行MSSA/MRSA報告測定。在這樣的實施例中，非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160等)由金黃色葡萄球菌特異性細(xì)菌噬菌體形成并且包含在組成型啟動子控制下的細(xì)菌熒光素酶基因luxAB。當(dāng)該轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將報告系統(tǒng)導(dǎo)入金黃色葡萄球菌中時，組成型啟動子能夠表達(dá)適用于報告活的金黃色葡萄球菌存在的luxAB。另外，如果在將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與金黃色葡萄球菌細(xì)胞混合之前或同時也加入抗生素頭孢西丁或類似的抗生素，則在細(xì)胞不包含和表達(dá)mecA基因的情況下，在測定中就不表達(dá)luxAB，因此指示細(xì)胞是MSSA(即，對頭孢西丁產(chǎn)生的抑制敏感)。然而，如果細(xì)胞包含和表達(dá)mecA基因，則將在測定中表達(dá)luxAB，因此指示細(xì)胞是MRSA(即，對頭孢西丁產(chǎn)生的抑制有抵抗)。盡管描述為被形成用于報告活細(xì)菌的存在，但是在其它實施例中，報告體130和任何適用的報告系統(tǒng)(例如，報告體630)可以被形成用于報告靶細(xì)菌內(nèi)的靶基因的存在。在該系統(tǒng)中無啟動子報告基因放置在與靶基因序列同源的核酸序列的下游并且該報告結(jié)構(gòu)包含到非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子中。當(dāng)轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將報告結(jié)構(gòu)導(dǎo)入靶細(xì)胞中時，將不表達(dá)報告基因，除非靶細(xì)胞包含靶基因并且同源重組事件將報告基因整合在靶細(xì)胞中的靶基因位點內(nèi)使得報告基因變?yōu)榭刹僮鞯剡B接到靶細(xì)胞內(nèi)的靶基因啟動子。在一個這樣的實施例中，可以通過將由核酸序列組成的報告結(jié)構(gòu)包含到金黃色葡萄球菌特異性非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160等)中形成MRSA報告系統(tǒng)，所述核酸序列與在無啟動子細(xì)菌熒光素酶基因luxAB的上游的mecA基因同源。當(dāng)轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將報告結(jié)構(gòu)導(dǎo)入金黃色葡萄球菌靶細(xì)胞中時，將不表達(dá)報告基因，除非靶細(xì)胞包含mecA靶基因并且同源重組事件將luxAB基因整合在靶細(xì)胞中的mecA基因位點內(nèi)使得報告基因變?yōu)榭刹僮鞯剡B接到靶細(xì)胞內(nèi)的mecA基因啟動子。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110、包含在轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110內(nèi)的核酸分子和/或與之相關(guān)聯(lián)的報告系統(tǒng)可以包括在2008年4月18日作為國際專利申請?zhí)峤坏?、名稱為“微生物檢測方法和裝置”的美國專利公告No.2010/0112549中顯示和描述的重組細(xì)菌噬菌體的部分的任何一個，上述專利通過引用完整地合并于本文中。樣本S可以是可能包含靶細(xì)菌的任何樣本，例如，人鼻拭物、血液、尿液、動物樣本、食物樣本和/或環(huán)境樣本。在一些實施例中，樣本S可以是從不需要任何制備(例如，不需要任何分離或洗滌步驟)的來源獲得的原始樣本。因此，系統(tǒng)100和與之相關(guān)聯(lián)的方法是同源的。在一些實施例中，樣本S可以包括靶細(xì)胞的低負(fù)荷(例如，用于MRSA檢測的鼻拭物)。當(dāng)與這樣的樣本一起使用時，系統(tǒng)100和與之相關(guān)聯(lián)的方法可以包括加熱和/或培育期以促進(jìn)細(xì)胞復(fù)制，這導(dǎo)致例如報告分子130的更高產(chǎn)生以生成大于最小信號閾值的信號。在其它實施例中，樣本S可以具有靶細(xì)胞的更高負(fù)荷(例如，陽性細(xì)菌血液培養(yǎng))。在這樣的情況下，不需要細(xì)胞復(fù)制以產(chǎn)生足以識別靶細(xì)胞的正信號。在一些這樣的實施例中，樣本可以保持在特定條件下，例如，保持在大于或等于大約室溫、25攝氏度或37攝氏度的溫度下持續(xù)預(yù)定時期(例如，小于約4小時)。在這樣的實施例中，樣本S被保持的溫度和時期使得產(chǎn)生的報告分子130的量足以生成可測量信號，與細(xì)胞復(fù)制無關(guān)。在這樣的實施例中，樣本可以保持在預(yù)定溫度下持續(xù)較長時期，例如，6小時，8小時，長達(dá)18小時，甚至更長的時間。在一些實施例中，容器120可以包含第一試劑，例如細(xì)菌營養(yǎng)物或生長培養(yǎng)基(例如，基本必需培養(yǎng)基)和/或合適的緩沖液(例如，Amies，PBS，TRIS，HEPES等)以便將靶細(xì)胞保持在活的狀態(tài)、促進(jìn)細(xì)菌細(xì)胞生長等。在一些實施例中，例如當(dāng)打算進(jìn)行活細(xì)胞測定時，抗生素(例如，頭孢西丁)也可以包括在第一試劑中。包含靶細(xì)胞的樣本S可以被加入樣本容器120，隨后根據(jù)任何方法并且使用本文中所述的任何儀器將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110加入到樣本容器120。如果靶細(xì)胞存在，則轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110將包含在其中的核酸序列轉(zhuǎn)移到靶細(xì)胞中，使得包含在轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110中的核苷酸與靶細(xì)胞(例如，宿主細(xì)菌)的基因整合。在一些實施例中，容器120配置成將樣本S與容器120的外部的區(qū)域流體隔離。在這樣的實施例中，在轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110在其中混合之前轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110保持與樣本S流體隔離。在一些實施例中，保持可以包括保持樣本S持續(xù)一定時期使得足以產(chǎn)生信號的多個報告分子130的量與靶細(xì)胞復(fù)制無關(guān)地產(chǎn)生。如本文中所述，混合包括將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110布置到樣本S中，同時保持該區(qū)域和容器120之間的隔離。在一些實施例中，容器120可以配置成包括任何附加試劑，其配制成與報告分子130反應(yīng)以產(chǎn)生、催化和/或增強(qiáng)信號的產(chǎn)生。例如，報告分子130可以是熒光素酶并且容器120可以配置成包含醛試劑，其配制成觸發(fā)、啟動和/或催化可以由信號的產(chǎn)生檢測的發(fā)光反應(yīng)。在一些實施例中，試劑可以包括6-碳醛(己醛)，13-碳醛(十三醛)和/或14-碳醛(十四醛)，包括在其間的所有變化碳鏈長度醛。在一些實施例中，容器120可以配置成在布置到樣本S中之前保持附加試劑與樣本S流體隔離。以該方式，可以控制附加試劑輸送到樣本S中的定時。在一些實施例中，系統(tǒng)100可以包括用于在任何合適的時間和/或以任何合適的方式加入附加試劑以引起可檢測信號的機(jī)構(gòu)。例如，如本文中更詳細(xì)地所述，在一些實施例中，系統(tǒng)100和/或容器120可以包括用于以預(yù)定速度(或流速)將附加試劑傳送到樣本S中以促進(jìn)期望的混合水平的機(jī)構(gòu)。儀器140可以是任何適當(dāng)?shù)膬x器以檢測報告分子130和/或由報告分子130催化的反應(yīng)。例如，儀器140可以包括光學(xué)檢測裝置(例如，光電倍增管，熒光計，光譜儀，側(cè)流測定比色檢測，基于成像的檢測，CCD，用于檢測生物發(fā)光的發(fā)光檢測器，比色或熒光微陣列)和/或電檢測裝置(例如，電化學(xué)電流測量、電位測量、電導(dǎo)率測量、阻抗測量和/或任何其它電化學(xué)傳感器)。在一些實施例中，系統(tǒng)100和/或與之相關(guān)聯(lián)的方法可以配置為不需要靶細(xì)胞的任何擴(kuò)增的快速測試。使用本文中所述的系統(tǒng)100和方法，包含來自轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110的核酸序列的靶細(xì)胞可以需要相對較小的時間(例如，1小時，2小時，3小時或4小時，長達(dá)18小時)以產(chǎn)生可以被檢測的報告分子130的足夠量。在一些實施例中，系統(tǒng)100可以在收集樣本S和/或加入轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110之后配置為封閉系統(tǒng)。換句話說，在一些實施例中，在加入樣本S之后容器保持與外部環(huán)境流體隔離。例如，這可以減小污染的機(jī)會。如上所述，由于系統(tǒng)100可以容納原始樣本，因此系統(tǒng)100和與之相關(guān)聯(lián)的方法不需要遠(yuǎn)離樣本S的任何洗滌或流體轉(zhuǎn)移步驟。因此系統(tǒng)100可以易于操作、快速、廉價并且容易自動化。在一些實施例中，系統(tǒng)100可以是平臺系統(tǒng)，其可以配置成以各種方式操作，例如，活細(xì)胞報告，基因報告，測量細(xì)菌對抗生素的耐藥性和/或敏感性，和/或細(xì)菌毒素檢測等。進(jìn)一步描述與系統(tǒng)100相關(guān)聯(lián)和/或互補(bǔ)的部件和方法的附加例子。圖2和圖3是根據(jù)實施例的系統(tǒng)1000的示意圖。系統(tǒng)1000配置成通信地聯(lián)接到任何合適的實驗室信息系統(tǒng)(LIS)1900，并且包括配置成操作和/或接收容器1700的儀器1100。系統(tǒng)1000可以用于根據(jù)任何合適的方法(例如本文中所述的任何方法)在臨床環(huán)境中識別靶細(xì)胞。容器1700可以是任何合適的容器，其可以由儀器1100或本文中所述的任何其它儀器操縱和/或致動。容器1700限定樣本S可以布置在其中的內(nèi)部體積，如箭頭AA所示。在一些實施例中，容器1700可以包括布置在容器1700的內(nèi)部體積中以便與樣本S相互作用的溶液1702。溶液1702可以預(yù)先布置在由容器1700限定的內(nèi)部體積中或者在樣本S傳送到容器1700中之后被加入。例如，溶液1702可以包括使細(xì)菌能夠生長和繁殖的細(xì)菌營養(yǎng)物和/或生長培養(yǎng)基(例如，不確定成分培養(yǎng)基，確定成分培養(yǎng)基，鑒別培養(yǎng)基，基本培養(yǎng)基，選擇培養(yǎng)基等)，保持pH的緩沖液(例如，Amies，PBS，HEPES，TRIS，TAPSO，Bicine，MES，MOPS，Tricine，PIPES，SSC，琥珀酸等)，和/或表面活性劑(例如，Tween20，Tween80，TritonX，X-114，CHAPS，DOC，NP-40，CTAB，SDS等)。在一些實施例中，溶液1702也可以包括抗生素(例如，頭孢西丁，苯唑西林，頭孢替坦，阿莫西林，青霉素，紅霉素，阿奇霉素，頭孢菌素類，碳青霉烯類，氨基糖甙類，磺胺類，喹諾酮類，惡唑烷酮類等)。例如，在本文中所示和所述類型的細(xì)菌細(xì)胞活性和/或敏感性測定中，抗生素的包括可以殺死或以其它方式防止來自所有藥物敏感細(xì)菌的報告分子的信號的表達(dá)和/或生成。在一些實施例中，溶液1702可以專用于增強(qiáng)生長、縮短遲緩期、維持和/或攻擊特定靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)。在一些實施例中，溶液1702的特定型式可以用于特定靶細(xì)胞和/或樣本。例如，溶液1702的第一制備可以專用于包含MRSA的鼻拭物樣本，溶液1702的第二制備可以專用于包含大腸桿菌的尿液樣本，溶液1702的第三制備可以專用于包含梭狀芽胞桿菌的糞便樣本，等等。容器1700可以配置成接收包含轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體的第一試劑1710，如箭頭BB(圖2)所示。在一些實施例中，容器1700還可以接收與本文中所述的任何方法的實施有關(guān)的任何其它試劑。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710和/或任何其它試劑可以預(yù)先布置在容器1700中，使得樣本S放置在其中之后例如載體1710或任何其它試劑不需要單獨加入容器1700。例如，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以布置在容器1700的蓋或獨立部分(未顯示)中，使得相應(yīng)的溶液(例如，溶液1702、樣本S和轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710)可以在運輸、初始處理等期間保持隔離。容器1700還可以配置成在合適的時間將相應(yīng)的溶液傳送到容器1700的內(nèi)部體積中。例如，在一些實施例中，蓋可以具有易碎部分，所述易碎部分可以由儀器1100和/或用戶在期望時間被打破。例如，易碎部分可以使用柱塞、手動壓碎或任何其它合適的機(jī)構(gòu)打破。在一些實施例中，容器1700可以是多部分容器，使得例如容器1700可以具有多個易碎部分，每個部分包含分離流體。容器1700可以配置成使得當(dāng)流體預(yù)先布置在容器1700中并且在特定時間被促使混合時，容器1700不包含任何流體轉(zhuǎn)移路徑、流體轉(zhuǎn)移機(jī)制(例如，電泳轉(zhuǎn)移、動電轉(zhuǎn)移、泵等)、閥門和/或任何復(fù)雜的流體輸送方案。容器1700可以是任何合適的容器，其用于以允許監(jiān)測、識別和/或檢測樣本S內(nèi)的靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的方式包含樣本。在一些實施例中，容器1700的至少一部分可以是基本上透明的，從而例如允許包含在其中的內(nèi)容的查看和/或光學(xué)監(jiān)測。容器1700可以是任何合適的尺寸或形狀，例如，正方圓柱形、矩形、橢圓形、圓錐形等。容器1700可以由任何合適的材料構(gòu)造，例如，玻璃、塑料、丙烯酸等。在一些實施例中，容器1700可以是商業(yè)上可獲得的容器，例如離心管，管，玻璃小瓶，平底小瓶/管，圓底小瓶/管或任何其它合適的容器。在一些實施例中，容器1700也可以包括附加組件，例如，用于收集患者樣本的拭子，保護(hù)容器1700免于大氣和/或包含測定試劑的蓋，用于識別的標(biāo)簽，條形碼，RFID標(biāo)簽等。樣本S和本文中所述的任何其它樣本可以是可能包含靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的任何合適的樣本S。例如樣本S可以是人體樣本(例如，鼻拭物，粘膜拭子，唾液樣本，血液樣本，尿液樣本，糞便樣本，組織活檢，骨髓和/或腦脊液)，動物樣本，食物樣本，植物樣本，和/或環(huán)境樣本。在一些實施例中，樣本S可以是原始的和基本上未處理的樣本。在這樣的實施例中，系統(tǒng)1000(包括容器1700和/或儀器1100)配置成使得不需要修改樣本以運行結(jié)合系統(tǒng)1000所述的相關(guān)聯(lián)方法。然而在其它實施例中，樣本S可以受到輕微的處理，例如，過濾、沉淀或需要產(chǎn)生合適樣本的任何其它過程。這樣的處理可以由儀器1100的任何合適的機(jī)構(gòu)執(zhí)行。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體1710和本文中公開的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或載體可以是可以特定地識別和結(jié)合到靶細(xì)胞并且執(zhí)行本文中所述的功能的任何合適的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以從細(xì)菌噬菌體衍生。合適的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710的例子可以包括從以下生物衍生的載體，例如，T2，T4，T7，T12，R17，M13，MS2，G4，p1，腸桿菌噬菌體P4，PhiX174，N4，假單胞菌噬菌體，λ噬菌體，和/或任何其它載體。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710包括來自載體1710從其衍生的噬菌體的改性DNA。在一些實施例中，生物衍生轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710不包括與它從其衍生的噬菌體相關(guān)聯(lián)的任何DNA。換句話說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710(例如，載體)缺乏野生型DNA，其能夠表現(xiàn)與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710從其衍生的病毒相關(guān)聯(lián)的野生型病毒功能。在一些實施例中，任何噬菌體DNA的缺乏消除轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710繁殖、復(fù)制或增殖的能力。換句話說，在感染細(xì)菌之后，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710和/或靶細(xì)菌的裂解周期和溶原周期都不會導(dǎo)致轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710增殖或擴(kuò)增。也就是說，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體1710為非復(fù)制性的，即，不能經(jīng)歷裂解或溶原復(fù)制。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體1710可以被配制、選擇和/或工程處理以包括和/或攜帶工程分子，例如，重組DNA，RNA，核酸序列，核苷酸，質(zhì)粒，核酶，適體和/或蛋白質(zhì)。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以配置成特定地識別和檢測活靶細(xì)菌的存在，例如，埃希氏菌，分支桿菌，葡萄球菌，李斯特菌，梭菌，腸球菌，鏈球菌，螺桿菌，立克次氏菌，嗜血桿菌，致病桿菌，不動桿菌，博德特氏菌，假單胞菌，氣單胞菌，放線桿菌，巴氏桿菌，弧菌，軍團(tuán)菌，芽孢桿菌，眉藍(lán)菌，甲烷球菌，寡養(yǎng)單胞菌，披衣菌，奈瑟氏菌，沙門氏菌，志賀氏菌，彎曲桿菌和耶爾森氏菌。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以配置成特定地識別細(xì)菌表型，所述細(xì)菌表型包括指示細(xì)菌的基因型和/或表型的特定基因靶和其它分子靶，例如，耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)，大腸桿菌，沙門氏菌，梭狀芽胞桿菌，耐萬古霉素腸球菌(VRE)，或任何其它細(xì)菌。在一個這樣的實施例中，質(zhì)?？梢园ê怂岱肿?，其對于與靶細(xì)菌的DNA相關(guān)聯(lián)的特定基因序列是同源的。例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以被工程處理和/或配置成包括質(zhì)粒，所述質(zhì)粒包含與在MRSA中發(fā)現(xiàn)的mecA基因同源的核酸序列，例如在用于檢測MRSA的測定中(如上所述)。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710還可以配置成包含用于表達(dá)可檢測的報告分子1730的基因和/或核酸分子。報告分子1730可以是以下的任何一種：細(xì)菌熒光素酶，真核熒光素酶，熒光蛋白，適用于比色檢測的酶，適用于免疫檢測的蛋白質(zhì)，適于免疫檢測的肽，或用作適體或表現(xiàn)酶活性的核酸。在一些實施例中，試劑(或底物，未在圖2和3中顯示)可以加入溶液1702以促使報告分子1730產(chǎn)生可檢測信號。例如，在一些實施例中，十三醛可以被加入以允許熒光素酶催化可以被檢測的發(fā)光反應(yīng)。在一些實施例中，特定朝向兩個獨立靶細(xì)胞的兩個或更多個轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710可以在相同試劑中一起使用，從而例如同時檢測多種細(xì)菌。儀器1100包括檢測器1200，并且配置成接收、操縱和/或操作容器1700以傳送、混合和/或加入樣本S、溶液1702和/或轉(zhuǎn)導(dǎo)的粒子1710，并且檢測和/或識別樣本S內(nèi)的組成。特別地，儀器1100可以包括用于操作/操縱容器1700的任何合適的系統(tǒng)/機(jī)構(gòu)(未在圖2和3中顯示)。例如，儀器1100可以包括插口，機(jī)架，虎鉗，夾爪，夾持器或用于可移除地接收容器1700的任何其它合適的機(jī)構(gòu)。在一些實施例中，儀器1100可以包括用于操縱和/或改變在容器1700的配置的機(jī)構(gòu)。例如，儀器1100可以包括柱塞，傳送帶，步進(jìn)馬達(dá)(例如，在X/Y/Z平面中移動和定位容器1700)，輥，搖動器，夾具，X/Y可移動臺，編碼器，用于定位或操縱容器1700的任何其它儀器，或它們的組合。例如，容器1700可以布置在包括在儀器1100中的插口中，其可以經(jīng)由傳送帶將容器1700輸送到儀器1100中的位置(例如，參見圖3)，在該處檢測器1200可以與容器1700接口并且檢測由報告分子1730產(chǎn)生的信號，所述信號指示靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的存在。在一些實施例中，儀器1100可以包括夾持器和致動器機(jī)構(gòu)，其配置成使得當(dāng)信號正由檢測器1200檢測時夾持器防止和/或限制容器1700的移動。以該方式，儀器1100可以通過將容器1700保持和維持在離檢測器1200預(yù)定距離處最小化信號噪聲。而且，當(dāng)致動器致動容器1700從而例如將流體從容器1700的一部分傳送到另一部分時這樣的機(jī)構(gòu)可以保證保持容器1700的位置。在一些實施例中，容器1700和/或儀器1100也可以包括光密封機(jī)構(gòu)(例如，閘門)以光密封容器1700。以該方式，儀器可以限制和/或防止環(huán)境光干擾由報告體1730產(chǎn)生的信號。這樣的系統(tǒng)也可以限制和/或防止信號檢測期間的容器1700的任何非期望移動。在一些實施例中，容器1700和儀器1100配置成使得包括容器1700的裝載、由儀器1100進(jìn)行的容器1700的操作/操縱和由檢測器1200進(jìn)行的信號檢測的整個過程在封閉過程中發(fā)生。換句話說，可以在不打開容器1700的情況下執(zhí)行由儀器1100進(jìn)行的容器1700中的細(xì)菌的檢測，不需要儀器中的流體操作器或任何試劑，并且不需要任何樣本操縱。盡管在圖2和圖3中僅僅顯示一個容器1700，但是在其它實施例中儀器1100可以被配置成接收一系列容器1700。例如，該儀器1100可以包括一個容器架或盒，用戶可以將可以包含用于分析的多個樣本S的多個容器1700可移除地布置在其內(nèi)。在一些實施例中，容器1700可以在分批過程中裝載在儀器1100上。在其它實施例中，容器1700可以在“流過”過程中輸送到儀器1100。例如，容器1700可以布置在傳送帶上，所述傳送帶可以將多個容器1700順序地輸送到儀器1100的讀取器。在一些實施例中，儀器1100可以自動化并且配置成用于“無人值守”分析。例如，用戶可以將用于分析的多個容器1700裝載在在儀器1100上并且走開。儀器1100可以對所有容器1700自動地執(zhí)行容器1700操縱和檢測。檢測器1200可以是能檢測由報告分子1730產(chǎn)生的信號的任何合適的檢測器。例如，檢測器1200可以是光學(xué)檢測器，例如，熒光檢測器(例如，檢測諸如GFP的熒光報告分子等)，發(fā)光檢測器(例如，檢測由諸如熒光素酶的報告分子產(chǎn)生生物發(fā)光)，顏色檢測器(例如，檢測由諸如HRP的報告酶產(chǎn)生的有色沉淀劑)，分光計，和/或圖像捕獲裝置。在一些實施例中，檢測器1200還可以包括與用于檢測的機(jī)構(gòu)相關(guān)聯(lián)的光源。盡管描述為主要基于光學(xué)檢測，但是在一些實施例中，檢測器1200可以是電化學(xué)檢測器。例如，檢測器1200可以包括電流檢測器，電位檢測器，電導(dǎo)率檢測器，和/或阻抗檢測器，其配置成檢測由報告分子1730產(chǎn)生的電流、電壓或電導(dǎo)率、電阻/阻抗變化。在使用電化學(xué)檢測的一些實施例中，檢測器1200可以配置成與包含樣本S、溶液1702、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子1710、報告分子1730和/或從報告分子引起信號所必需的任何其它底物的樣本溶液1706(圖3)物理接觸。在一些實施例中，檢測器1200可以使用其它檢測方法，例如，表面聲波，表面等離子體共振，拉曼光譜，磁傳感器，和/或本領(lǐng)域中已知的任何其它合適的檢測方法。在一些實施例中，檢測器1200可以僅僅提供定性回答，例如，對靶細(xì)胞的存在的是/否回答。然而在其它實施例中，檢測器1200可以量化靶細(xì)胞，例如，根據(jù)本文中所述的任何方法確定樣本S中的靶細(xì)菌的cfu/ml。在一些實施例中，檢測器1200可以包括端部讀取系統(tǒng)，從而例如允許標(biāo)簽靈活放置在容器1700上。在一些實施例中，端部讀取系統(tǒng)包括容器1700的透明端部與檢測器的直接接觸，從而例如最小化光學(xué)儀器和/或背景信號干擾。在一些實施例中，檢測器1200缺乏入射光源。換句話說，不需要外部光用于來自由布置在容器1700中的靶細(xì)胞產(chǎn)生的報告分子1730的信號檢測。在一些實施例中，系統(tǒng)100、1000或本文中描述的任何其它系統(tǒng)可以用于識別和/或檢測靶細(xì)胞，例如細(xì)菌。特別地，在一些實施例中，系統(tǒng)1000可以用于與復(fù)制缺陷型轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子一起使用以識別和/或檢測靶細(xì)胞。通過使用復(fù)制型缺陷型轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，假陰性(例如，由來自裂解周期的細(xì)胞破壞導(dǎo)致)的可能性被最小化和/或消除，由此產(chǎn)生在臨床環(huán)境中合適的結(jié)果。這樣的方法例如可以用作醫(yī)院中的篩查工具。特別地，圖4是根據(jù)實施例的方法150的流程圖。如圖4中所示，方法150包括將包括與靶細(xì)胞相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的物質(zhì)與樣本混合的步驟152。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子配制成結(jié)合到并且將核酸分子遞送到靶細(xì)胞中。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被工程處理成包括配制為致使靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子的核酸分子。一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子為非復(fù)制性的。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被配制和/或工程處理成不能溶原或裂解復(fù)制。以該方式，靶細(xì)胞將在報告分子的產(chǎn)生期間被保持(即，不被破壞、殺死或裂解)。因此，方法150減少和/或消除當(dāng)靶細(xì)胞裂解時可以導(dǎo)致的假陰性的可能性，從而防止和/或減小報告分子的產(chǎn)生。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以是本文中所示和所述的類型的任何合適的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。例如，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以是缺乏野生型DNA的工程病毒載體，所述野生型DNA能夠表現(xiàn)與病毒載體從其衍生的病毒相關(guān)聯(lián)的野生型病毒功能。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被工程處理以從細(xì)菌噬菌體衍生。例如，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以通過將核酸包裝到病毒和/或細(xì)菌噬菌體的結(jié)構(gòu)部分中而形成，其中包裝的核酸不表現(xiàn)自然病毒和/或細(xì)菌噬菌體功能，所述功能允許病毒和/或細(xì)菌噬菌體復(fù)制，無論復(fù)制經(jīng)由裂解還是溶原途徑。在一個實施例中，可以形成質(zhì)粒包裝系統(tǒng)，其中包含pac型原噬菌體的pac位點的小末端酶基因被刪除并且然后經(jīng)由質(zhì)粒補(bǔ)充。當(dāng)引起溶原噬菌體的裂解周期時，細(xì)菌噬菌體包裝系統(tǒng)將質(zhì)粒DNA包裝到子代細(xì)菌噬菌體的結(jié)構(gòu)部分中，而不是包裝天然細(xì)菌噬菌體DNA。包裝系統(tǒng)因此產(chǎn)生攜帶質(zhì)粒DNA的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在另一實施例中，可以采用基因組島(GI)包裝系統(tǒng)使得外源核酸序列是由細(xì)菌噬菌體包裝。這可以通過將這樣的外源核酸序列包含到GI中而實現(xiàn)。天然GI包裝系統(tǒng)導(dǎo)致非復(fù)制性含GI轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子以及天然復(fù)制噬菌體，因此為了消除來自該過程的天然噬菌體，原噬菌體的小末端酶基因被刪除。小末端酶基因序列包含天然噬菌體的pac位點序列并且因此該刪除具有防止天然噬菌體DNA包裝的效果。如果同時待包裝的GI包括其自身的pac位點和表達(dá)合適的小末端酶蛋白的小末端酶基因，則僅僅GIDNA將適合用于在該系統(tǒng)中包裝。通過將外源DNA包含到該系統(tǒng)中，可以產(chǎn)生包含GIDNA和外源DNA的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被選擇、工程處理和/或配制以特異性地結(jié)合到并且將包含在其中的核酸分子轉(zhuǎn)移到活細(xì)胞中。例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被選擇、工程處理和/或產(chǎn)生以結(jié)合到并且將核酸分子遞送到任何細(xì)菌中，例如埃希氏菌，分支桿菌，葡萄球菌，李斯特菌，梭菌，腸球菌，鏈球菌，螺桿菌，立克次氏菌，嗜血桿菌，致病桿菌，不動桿菌，博德特氏菌，假單胞菌，氣單胞菌，放線桿菌，巴氏桿菌，弧菌，軍團(tuán)菌，芽孢桿菌，眉藍(lán)菌，甲烷球菌，寡養(yǎng)單胞菌，披衣菌，奈瑟氏菌，沙門氏菌，志賀氏菌，彎曲桿菌和耶爾森氏菌。保持樣本和一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，以使得當(dāng)樣本包括靶細(xì)胞時產(chǎn)生一系列報告分子的步驟154。也就是說，樣本和一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被保持從而當(dāng)樣本中存在靶細(xì)胞時表達(dá)多個報告分子。以該方式，報告分子的產(chǎn)生及其檢測指示樣本中存在靶細(xì)胞。更特別地，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子不自主地產(chǎn)生報告分子和/或不包括報告分子。而是，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子被工程處理、配置和/或配制成將包含在其中的核酸分子(即，工程質(zhì)粒)傳到靶細(xì)胞中。當(dāng)遞送到靶細(xì)胞中時，使用靶細(xì)胞的天然轉(zhuǎn)錄和翻譯功能并且經(jīng)由可操作地連接到包括在核酸分子中的啟動子的報告基因的表達(dá)產(chǎn)生報告分子。因此，方法150使用“可切換”報告體，這就意味著直到滿足產(chǎn)生報告體分子的條件(例如，靶細(xì)胞的存在)之前，在樣本中都不存在報告體分子。值得注意的是，由于方法150使用“可切換”報告分子，因此轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或樣本內(nèi)的其它組分的洗滌和/或去除內(nèi)不是必要的。報告分子可以是以下的任何一種：細(xì)菌熒光素酶，真核熒光素酶，熒光蛋白，適用于比色檢測的酶，適用于免疫檢測的蛋白質(zhì)，適于免疫檢測的肽，或用作適體或表現(xiàn)酶活性的核酸。在一些實施例中，方法150可以用作活細(xì)胞報告測定。當(dāng)方法150用作活細(xì)胞報告測定時，在一些實施例中，抗生素(例如，頭孢西丁)可以加入和/或與樣本混合以殺死和/或消除所有藥物敏感靶細(xì)胞(例如，在細(xì)菌中)，由此允許方法150用于識別樣本內(nèi)的特定靶細(xì)胞耐藥表型(例如，耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)，耐沙門氏菌萬古霉素腸球菌(VRE))。例如，在一些實施例中，可以根據(jù)方法150形成MSSA/MRSA報告測定。在這樣的實施例中，非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160等)由金黃色葡萄球菌特異性細(xì)菌噬菌體形成并且包含在組成型啟動子的控制下的細(xì)菌熒光素酶基因luxAB。當(dāng)該轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與樣本混合(操作152)因此將報告系統(tǒng)導(dǎo)入金黃色葡萄球菌中時，組成型啟動子可以表達(dá)適用于報告活金黃色葡萄球菌的存在的luxAB，如下面參考操作154和158所述。如果另外在將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與金黃色葡萄球菌細(xì)胞混合之前或同時也加入抗生素頭孢西丁，如果細(xì)胞不包含和表達(dá)mecA基因，則將在測定中不表達(dá)luxAB，因此指示細(xì)胞是MSSA。然而，如果細(xì)胞包含和表達(dá)mecA基因，則將在測定中表達(dá)luxAB，因此指示細(xì)胞是MRSA。在其它實施例中，核酸分子可以配制成導(dǎo)致靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子僅僅當(dāng)靶細(xì)胞包括特定靶基因(例如，耐藥基因，藥物敏感基因，毒素，或種屬特異性基因)。例如，在一些實施例中，方法150可以與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或報告系統(tǒng)結(jié)合被執(zhí)行，其中無啟動子報告基因放置在與靶基因序列同源的核酸序列的下游并且該報告結(jié)構(gòu)包含到非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子中。當(dāng)轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將報告結(jié)構(gòu)導(dǎo)入靶細(xì)胞中時，將不表達(dá)報告基因，除非靶細(xì)胞包含靶基因并且同源重組事件將報告基因整合在靶細(xì)胞中的靶基因位點內(nèi)使得報告基因變?yōu)榭刹僮鞯剡B接到靶細(xì)胞內(nèi)的靶基因啟動子，允許由靶基因啟動子驅(qū)動的報告基因的表達(dá)。在一個這樣的實施例中，可以通過將由核酸序列組成的報告結(jié)構(gòu)包含到金黃色葡萄球菌特異性非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160等)中形成MRSA報告系統(tǒng)，所述核酸序列與在無啟動子細(xì)菌熒光素酶基因luxAB的上游的mecA基因同源。當(dāng)轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將報告結(jié)構(gòu)導(dǎo)入金黃色葡萄球菌靶細(xì)胞中時，將不表達(dá)報告基因，除非靶細(xì)胞包含mecA靶基因并且同源重組事件將luxAB基因整合在靶細(xì)胞中的mecA基因位點內(nèi)使得報告基因變?yōu)榭刹僮鞯剡B接到靶細(xì)胞內(nèi)的mecA基因啟動子，允許由mecA基因啟動子驅(qū)動的luxAB的表達(dá)。具有混合在其中的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的樣本可以保持在任何合適的溫度下并且持續(xù)任何合適的時間以促進(jìn)報告分子的產(chǎn)生和/或樣本內(nèi)的靶細(xì)胞的生長。例如，在一些實施例中樣本和轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子保持在大于或等于室溫、25攝氏度或37攝氏度的溫度下并且持續(xù)小于2小時、2小時、3小時、4小時、6小時，長達(dá)18小時乃至更長時間的預(yù)定時期(包括其間的任何范圍)。以該方式，樣本保持在預(yù)定溫度下持續(xù)預(yù)定時期足以生成足以產(chǎn)生可測量信號的一系列報告分子的數(shù)量。在一些實施例中，保持僅僅需要足以促進(jìn)初始存在于樣本中的靶細(xì)胞中的報告分子的產(chǎn)生。換句話說，在一些實施例中，在檢測操作之前保持樣本的條件(例如，溫度和/或持續(xù)時間)不需要足以促進(jìn)可重復(fù)靶細(xì)胞復(fù)制。在一些實施例中，該方法可選地包括將第二物質(zhì)布置到樣本中156。第二物質(zhì)可以配制成與一系列報告分子反應(yīng)以催化、增強(qiáng)可測量信號的產(chǎn)生和/或產(chǎn)生可測量的信號，例如，發(fā)光信號，熒光信號，基于顏色的信號，化學(xué)信號或電化學(xué)信號。例如，在一些實施例中，核酸分子可以包括luxA/luxB序列使得產(chǎn)生的報告分子可以是熒光素酶。在這樣的實施例中，第二物質(zhì)(或試劑)可以是醛試劑(例如，十三醛)。十三醛促使熒光素酶產(chǎn)生可以被測量的發(fā)光。在一些實施例中，試劑可以包括6-碳醛(己醛)，13-碳醛(十三醛)和/或14-碳醛(十四醛)，包括在其間的所有變化碳鏈長度醛。在一些實施例中，試劑制劑也可以包括保持培養(yǎng)基和/或緩沖液，例如，TSB肉湯，檸檬酸鹽緩沖液等，表面活性劑，例如Tween20，并且調(diào)節(jié)到預(yù)定pH，例如pH3。通過接收與一系列報告分子的數(shù)量相關(guān)聯(lián)的信號執(zhí)行靶細(xì)胞的識別158?？梢允褂萌绫疚闹兴龅娜魏魏线m的檢測器(例如，上述的儀器1100的檢測器1200，下述的儀器11000的檢測器11200等)測量信號。在一些實施例中，信號的幅值和與樣本混合的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的量無關(guān)。更特別地，由于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子未“標(biāo)記”有報告分子(即，它們不包括報告分子)，因此信號的強(qiáng)度不取決于轉(zhuǎn)導(dǎo)報告體的初始量，而是取決于由靶細(xì)胞產(chǎn)生報告分子。因此，信號與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的量無關(guān)(當(dāng)該量高于某個最低量或下限閾值)?？梢允褂帽疚闹兴龅娜魏稳萜骱?或儀器執(zhí)行方法150的任何步驟。例如，可以使用容器1700、2700、3700、4700等和儀器1100、11000等執(zhí)行方法150。例如，在一些實施例中，樣本可以布置在與容器外部的區(qū)域流體隔離的容器的一部分內(nèi)。例如，樣本可以布置或保持在經(jīng)由試劑模塊(例如，試劑模塊3740或4740)密封和/或閉合的反應(yīng)室(例如，容器組件3700和4700的相應(yīng)反應(yīng)室3732或4732)中。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子也可以在例如在容器組件(例如，如試劑模塊3740或4740)的內(nèi)部體積中混合之前保持與樣本流體隔離。在一些實施例中，混合包括將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子布置到樣本中，同時保持容器和外部區(qū)域之間的流體隔離。以該方式，可以在封閉系統(tǒng)和/或同源測定中執(zhí)行該方法。在一些實施例中，試劑也可以在布置、例如儲存在容器的內(nèi)部體積中之前保持與樣本流體隔離。在一些實施例中，試劑也可以布置到樣本中，同時保持容器和外部區(qū)域之間的流體隔離。在一些實施例中，系統(tǒng)1000和/或方法150(或本文中描述的任何其它系統(tǒng)和方法)可以用于識別和/或檢測細(xì)菌的耐藥菌株。在一些實施例中，根據(jù)實施例的方法可以使用與特定靶細(xì)菌相關(guān)聯(lián)的病毒載體和/或轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子使用細(xì)菌活性作為識別的方法。更特別地，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以是工程處理、選擇和/或配制成執(zhí)行檢測功能的生物衍生病毒載體。例如，如圖5中所示，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以根據(jù)本文中所述的任何方法和描述從細(xì)菌噬菌體衍生。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以包括來自細(xì)菌噬菌體的結(jié)構(gòu)蛋白和/或被膜。特別地，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以被工程處理成包括噬菌體的衣殼162，所述衣殼被工程處理成保持結(jié)合到靶細(xì)菌的能力，例如經(jīng)由鞘164、尾絲166和/或基板168。以該方式，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以選擇性地識別、結(jié)合到并且將核酸分子170遞送到期望靶細(xì)菌中。如圖5中所示，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160包含配制成導(dǎo)致靶細(xì)胞產(chǎn)生多個報告分子的核酸分子170。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160和/或核酸分子170是基本上缺乏從轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160從其衍生的噬菌體的天然DNA。也就是說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160從其衍生的噬菌體的DNA由工程質(zhì)?；蚝怂岱肿?70替換。換句話說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160基本上缺乏能夠表現(xiàn)與轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160從其衍生的噬菌體相關(guān)聯(lián)的野生型病毒功能(例如復(fù)制功能)的野生型DNA。因此，在這樣的實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160是“復(fù)制缺陷的”或不能通過任何手段(例如，通過溶原和/或裂解復(fù)制)繁殖或復(fù)制。如圖5所示，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160中的工程核酸分子170包含報告序列174，所述報告序列為靶細(xì)菌提供指令以表達(dá)報告分子。例如，報告序列174可以包括用于表達(dá)熒光素酶的無啟動子序列l(wèi)uxA/luxB，其不能由轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160自主表達(dá)。而在luxA/luxB序列通過轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160插入靶細(xì)菌中并且與靶細(xì)菌DNA可操作地耦聯(lián)之后，靶細(xì)菌的天然轉(zhuǎn)錄機(jī)制用于表達(dá)報告分子，即熒光素酶。在其它實施例中，報告序列174也可以包括含啟動子luxA/luxB序列。在這樣的實施例中，在啟動子耦聯(lián)luxA/luxB序列通過轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160插入靶細(xì)菌中之后，啟動子耦聯(lián)luxA/luxB序列可以表達(dá)熒光素酶而不與靶細(xì)菌DNA耦聯(lián)。如本文中所述，在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以被工程處理成用于報告活細(xì)菌的存在。在這樣的實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160被工程處理成識別和/或鑒別靶細(xì)菌，附連到其上并且將工程核酸170傳到靶細(xì)菌中。當(dāng)被輸送到靶細(xì)菌中時，由于可操作地連接到報告基因(例如，如前面在本文中所述的報告序列l(wèi)uxA/luxB)的啟動子包含到工程核酸內(nèi)，工程核酸170可以產(chǎn)生報告分子。工程核酸170然后導(dǎo)致靶細(xì)菌使用靶細(xì)菌的天然轉(zhuǎn)錄和翻譯系統(tǒng)產(chǎn)生報告分子。在這樣的活細(xì)胞報告實施例中，進(jìn)一步的特異性可以通過消除所有其它表型來實現(xiàn)。例如，在一些實施例中，可以在細(xì)胞活性測定中通過使用抗生素切斷或者以其它方式抑制從樣本內(nèi)的所有非耐藥表型的信號生成來識別MRSA。如圖6中示意性地所示，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以用于檢測任何樣本S中的靶細(xì)菌180。在第一操作(由示意圖192指示)，使轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160與包含靶細(xì)菌180的樣本S接觸和/或混合。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160可以使用如本文中所述的任何合適的方法或機(jī)制與樣本S混合和/或?qū)霕颖維中。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160被選擇、配制和/或工程處理以特異性地識別和結(jié)合到靶細(xì)菌180的細(xì)胞壁，如箭頭A所示。在操作194中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160將包含在其中的工程核酸170傳到靶細(xì)菌180的細(xì)胞質(zhì)中，如箭頭B所示。在一些實施例中，當(dāng)執(zhí)行活細(xì)胞報告時，工程核酸170可以包括報告序列174(例如，luxA/luxB)，其耦聯(lián)到啟動子并且配置成導(dǎo)致靶細(xì)胞180中的報告分子的產(chǎn)生，如操作196中所示。報告分子130的存在指示靶細(xì)菌180存在于樣本S中。因此，報告分子130是“可切換的”(即，僅僅在某些條件下存在)。而且，由于在一些實施例中轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160為非復(fù)制性的(即，不能裂解或溶原復(fù)制)，因此靶細(xì)菌180在測定期間保持存活或以另外方式未受抑制。所以，本文中所述的系統(tǒng)和方法可以用于檢測活細(xì)菌。此外，盡管未在圖6中顯示，抗生素(例如，頭孢西丁)可以加入到樣本S，例如，在加入轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160之前?？股乜梢韵蛞粤硗夥绞揭种扑蟹悄涂股丶?xì)菌(例如，MSSA)使得僅僅耐抗生素菌株(例如，MRSA)在樣本中S中保持存活。以該方式，僅僅耐抗生素細(xì)菌(例如，靶細(xì)菌180)能夠產(chǎn)生可檢測信號。在一些實施例中，由報告分子130產(chǎn)生的信號和與樣本混合的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160的量無關(guān)(當(dāng)該量高于某個最低值或預(yù)定量)。這由圖7A和7B示出。圖7A顯示包含靶細(xì)菌180的樣本S的示意圖，其已與一系列轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160混合。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160的一部分結(jié)合到樣本S中的靶菌體180，使得工程核酸170輸送到靶細(xì)菌細(xì)胞180中，如上所述。工程核酸170然后可以報告報告分子的產(chǎn)生(例如，經(jīng)由活細(xì)胞報告方法或基因報告方法)。在第一時期T1之后，報告分子130的第一量由靶細(xì)菌180產(chǎn)生。如圖7B中所示，在大于第一時期的第二時期T2之后，報告分子130的數(shù)量增到大于第一量的第二量。由于報告分子130不標(biāo)記和/或包含在轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160內(nèi)，因此報告分子的數(shù)量與初始與樣本S混合的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160的量基本上無關(guān)。而且，如圖7B中所示，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160為非復(fù)制性的，并且在第一時期T1和第二時期T2之間沒有轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160的量的增加。由于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160不能裂解復(fù)制，因此沒有靶細(xì)菌的量的減少。圖8是根據(jù)實施例的識別生物樣本中的活細(xì)菌的方法200的流程圖。可以使用本文中所述的任何容器(例如，容器1700、2700、3700、4700等)以及本文中所示和所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或任何部件執(zhí)行方法200。也可以使用本文中所述的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或病毒載體(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160)執(zhí)行方法200。更特別地，下面描述的方法200的操作可以在容器中執(zhí)行而不將樣本和/或試劑暴露于外部條件。為了描述的目的，方法200被描述為與上面參考圖2-3所示和所述的容器1700和儀器1100一起執(zhí)行。方法200包括將可以包含靶細(xì)菌的收集樣本(例如患者鼻拭物)傳到容器202。在一些實施例中，該操作能是可選的。例如，在一些實施例中，能在樣本預(yù)先布置于其中的情況下由用戶接收容器。容器可以是任何合適的容器，例如，容器1700或本文中所述的任何其它容器。容器可以具有布置在容器的內(nèi)部區(qū)域中的溶液。溶液例如可以包括細(xì)菌營養(yǎng)培養(yǎng)基、緩沖液、表面活性劑或任何其它成分以促進(jìn)靶細(xì)菌的生長、靶細(xì)菌內(nèi)的報告分子的產(chǎn)生、細(xì)菌的檢測等。在一些實施例中，可以在樣本輸送到容器中之后加入溶液。在一些實施例中，溶液可以預(yù)先布置在容器中，與樣本隔離，例如在容器中的獨立隔室或容器的蓋中，使得它可以在需要時和/或在封閉系統(tǒng)環(huán)境中傳到樣本。然后例如用蓋、試劑模塊等密封容器204。在一些實施例中，密封可以由試劑模塊(例如參見下面所述的試劑模塊3740和4740)形成，所述試劑模塊可以包括隔室、易碎部分、試劑、致動器和/或噴嘴。在一些實施例中，一種抗生素或一系列抗生素可選地加入布置在容器中的樣本206?？股乜梢赃x擇和/或配制成殺死其它非靶細(xì)菌菌株，例如，非耐藥菌株，使得僅僅耐藥菌株存活。以該方式，所產(chǎn)生的報告分子必然由剩余、靶細(xì)菌菌株產(chǎn)生。在一些實施例中，抗生素/抗生素系列可以預(yù)先布置在容器中(例如，在溶液中)。在其它實施例中，抗生素/抗生素系列可以布置在獨立隔室中(例如，在容器組件的主體或蓋中)，并且可以在需要時或在預(yù)定時間傳到樣本溶液中。包含轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的第一試劑或物質(zhì)傳到樣本208中和/或與其混合。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以是本文中所述的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160。特別地，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子包括包含報告序列的核酸分子，所述報告序列為靶細(xì)菌提供指令以表達(dá)報告分子。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子不需要加入到溶液，而是預(yù)先布置在溶液中。在這樣的實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與樣本混合以允許通過轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子識別靶細(xì)菌。在一些實施例中，例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子布置在容器的蓋的獨立隔室中，并且在需要時或在預(yù)定時間被釋放和/或與樣本混合。在一些實施例中，可以可選地攪動容器溶液210，從而有效地混合轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和溶液以便于相互作用。混合的方法可以包括渦動，手動搖動，攪拌等，自動攪動(例如，經(jīng)由振動臺)，或任何其它合適的攪動方法。然后將容器放置在儀器或儀器的一部分中212，并且保持持續(xù)預(yù)定時間和/或在預(yù)定溫度下214。這樣的條件可以包括在例如小于或等于大約37攝氏度的溫度下，保持樣本例如持續(xù)小于2小時，大約2小時，4小時，6小時，8小時，長達(dá)18小時，甚至更長的時間。保持樣本的條件被限定為允許轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子結(jié)合到靶細(xì)菌并且將工程核酸傳到靶細(xì)菌，并且促進(jìn)報告分子(例如，熒光素酶)的表達(dá)。在活菌報告實施例中，工程核酸可以導(dǎo)入到所有靶細(xì)菌，與例如細(xì)菌中賦予耐藥性的基因的存在無關(guān)。例如通過消除由特定基因型賦予所有其它表型，例如通過如上面參考操作206所述將抗生物加入到樣本，并且由此而消除或以另外方式防止從缺乏耐藥基因和/或表達(dá)耐藥基因型的細(xì)胞生成信號，可以獲得進(jìn)一步的特異性。在一些實施例中，試劑然后傳到樣本中以增強(qiáng)、催化和/或促進(jìn)從報告分子產(chǎn)生信號216。例如，試劑可以是配制成由報告分子催化光信號的產(chǎn)生的底物。這樣的底物可以包括活性成分(例如，十三醛)，其可以與報告分子相互作用以產(chǎn)生可檢測信號(例如，發(fā)光)。在一些實施例中，底物可以包括6-碳醛(己醛)，13-碳醛(十三醛)和/或14-碳醛(十四醛)，包括在其間的所有變化碳鏈長度醛。在一些實施例中，試劑可以配制成包括Tween20或其它表面活性劑，十三醛或其它醛，并且調(diào)節(jié)到特定pH。在一些實施例中，底物可以儲存在容器中，例如，在容器蓋中的隔離隔室中，并且可以在需要時或在預(yù)定時間輸送到樣本。使用任何合適的檢測器檢測信號218。檢測器可以是例如布置在儀器1100中的檢測器1200或下面所示和所述的檢測器(PMT)11200。如果檢測到可測量信號，則靶細(xì)菌存在于樣本中220。如果未檢測到信號，則樣本沒有靶細(xì)菌222。盡管上面所示和所述的方法200可以用于檢測活細(xì)菌和識別(例如，通過可選地包括抗生素以消除非靶菌株)，但是在其它實施例中，方法可以包括可以通過基因型選擇性地識別和/或鑒別細(xì)菌的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體。換句話說，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子只能在鑒別和/或識別靶細(xì)菌中的基因序列之后有條件地產(chǎn)生報告分子，如下所述。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以被工程處理成將工程核酸分子(例如核酸分子170)包封和遞送到靶細(xì)菌中。在一些實施例中，核酸分子被工程處理和/或配制成包括與靶基因、報告基因和任何其它合適的調(diào)節(jié)基因同源的核酸序列。識別基因可以例如與靶細(xì)菌基因的一部分同源，并且配置成探測和識別細(xì)菌基因的部分，并且將自身可操作地耦聯(lián)到細(xì)菌基因并導(dǎo)致報告基因整合到靶基因位點內(nèi)，例如，使用同源重組。在一些實施例中，報告基因可以是無啟動子的基因，并且因此只有在將報告基因插入靶基因位點中之后它變成可操作地連接到靶基因啟動子時才表達(dá)它。在一些實施例中，工程核酸分子可以配制和/或配置成在存在于和/或特定于特定耐藥細(xì)菌基因型的靶基因存在的情況下有條件地重組。例如，圖9是根據(jù)實施例的工程核酸分子570和/或特定于MRSA的質(zhì)粒的制劑的示意圖。工程核酸序列500包括質(zhì)粒調(diào)節(jié)元件576(例如，復(fù)制的起點等)，mecA基因片段572，luxA基因574a，luxB基因574b，和可選擇標(biāo)記(例如抗四環(huán)素基因等)(未顯示)。質(zhì)粒調(diào)節(jié)元件576可以是本領(lǐng)域中已知的任何質(zhì)粒調(diào)節(jié)元件。mecA基因片段572與mecA基因的片段同源。一旦在細(xì)菌內(nèi)部，mecA基因片段572可以探測和/或識別MRSA基因上的mecA基因序列，并且經(jīng)由同源重組以將mecA基因啟動子可操作地連接到luxAB基因的方式報告報告基因整合到mecA基因位點中。在一些實施例中，工程核酸500可以包括任何其它識別序列，例如，tcdB，vanA等，其特定用于任何其它細(xì)菌上的任何基因序列，例如，大腸桿菌，沙門氏菌，梭狀芽胞桿菌，VRE等。luxA574a和luxB574b基因一起用作報告基因，其可以由天然細(xì)菌轉(zhuǎn)錄和翻譯周期控制以表達(dá)該報告分子熒光素酶。在一些實施例中，任何其它報告基因可以用于例如用于表達(dá)的酶(例如，葡萄糖氧化酶，辣根過氧化物酶)或熒光蛋白(例如，綠色熒光蛋白等)的基因。圖10是使用包含工程核酸分子(例如，核酸分子570)的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160)基因型識別細(xì)菌的方法300的流程圖。可以使用本文中所述的任何容器(例如，容器1700、2700、3700、4700等)以及本文中所述的任何儀器及其部件(例如儀器1100和11000)執(zhí)行方法300。方法300包括將轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子加入到可以包含靶細(xì)菌基因型的樣本(例如患者鼻拭物)的步驟302。樣本可以布置在容器(例如，容器1700)中，并且還可以包括溶液，例如，細(xì)菌營養(yǎng)培養(yǎng)基、緩沖液和/或表面活性劑。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以在加入樣本前包括在溶液中并且布置在容器中。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和溶液保持在條件下使得轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子識別和結(jié)合于到存在于樣本中的靶細(xì)菌的步驟304。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子然后將工程質(zhì)粒或工程核酸分子插入靶細(xì)菌中的步驟306。如本文中所述，工程核酸分子的基因識別部分(例如，mecA基因片段)然后針對同源序列探測細(xì)菌DNA的步驟308。如果同源序列存在，則工程核酸分子插入并且將報告基因序列與靶基因的內(nèi)源啟動子可操作地耦聯(lián)的步驟310。以該方式，靶細(xì)菌通過它的天然轉(zhuǎn)錄/翻譯過程表達(dá)報告分子(例如熒光素酶)的步驟312。然后是將樣本保持持續(xù)預(yù)定時間和/或保持在預(yù)定溫度下的步驟314。這樣的條件可以包括在例如小于或等于大約37攝氏度的溫度下，例如保持樣本持續(xù)小于2小時，大約2小時，4小時，6小時，8小時，長達(dá)18小時，甚至更長的時間。保持樣本的條件被限定為允許轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子結(jié)合到靶細(xì)菌并且將工程核酸傳到靶細(xì)菌，并且促進(jìn)報告分子(例如，熒光素酶)的表達(dá)。在一些實施例中，試劑然后傳到樣本中以增強(qiáng)、催化和/或促進(jìn)從報告分子產(chǎn)生信號316。例如，試劑可以是配制成由報告分子觸發(fā)光信號的產(chǎn)生的底物。這樣的底物可以是本文中所示和所述的類型的任何合適的底物。用任何合適的儀器檢測信號318。如果樣本包含任何其它細(xì)菌基因型，則與識別基因同源的基因序列將不存在于細(xì)菌DNA中。因此，將沒有轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子DNA與細(xì)菌DNA的同源重組并且將不產(chǎn)生報告分子。因此將底物加入到樣本溶液316將不產(chǎn)生指示樣本不包含靶細(xì)菌基因型的任何可檢測信號。圖11顯示用于靶細(xì)菌的基因型識別和檢測的方法300的部分的示意圖。如圖11中所示，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子660加入到樣本S和/或與其混合以檢測可能存在于樣本S中的靶細(xì)菌680的特定基因型。在第一操作(由示意圖692指示)，使轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子660與包含靶細(xì)菌680的樣本S接觸。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子660可以特定地識別并且結(jié)合到靶細(xì)菌680的細(xì)胞壁，如箭頭C所示。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子660然后將包含在其中的工程核酸或質(zhì)粒670傳到靶細(xì)菌680的細(xì)胞質(zhì)中，如箭頭D所示(參見操作694)。工程核酸670可以是本文所述的任何工程核酸分子例如核酸分子570。特別地，工程核酸分子670包括工程處理和/或配制成識別靶細(xì)菌680的DNA682中的靶基因684的識別序列672。工程核酸也包括報告基因序列674(例如，報告序列l(wèi)uxA/luxB)。如果靶細(xì)菌680包含靶基因684，則工程核酸670將識別該靶基因684并且以將報告基因序列674與靶基因682的啟動子可操作地連接的方式將報告基因序列674插入靶基因位點中(參見操作696)。例如，工程核酸670可以包括特定用于MRSADNA上的mecA序列的識別序列672。在最后操作中(參見示意圖698)，靶細(xì)菌680的轉(zhuǎn)錄和翻譯機(jī)制讀取編碼報告序列674的基因并且產(chǎn)生報告分子630。如果靶基因684不存在，則重組不會發(fā)生并且不表達(dá)報告分子630。所以，報告分子630的存在指示靶基因存在于樣本S中的活細(xì)菌680中。由于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子660為非復(fù)制性的并且不能裂解或溶原復(fù)制，因此靶細(xì)菌680在測定期間保持存活。所以，本文中所述的系統(tǒng)和方法可以用于檢測活細(xì)菌內(nèi)的基因。在一些實施例中，系統(tǒng)1000和/或本文中公開的任何方法可以包括容器和/或用容器執(zhí)行，所述容器配置成便于將溶液(例如，營養(yǎng)培養(yǎng)基，緩沖液，表面活性劑)、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子、生物載體(例如，工程病毒載體，由聚合物、脂質(zhì)體或病毒樣粒子組成的非生物載體)和/或試劑(例如，底物，抗生素等)傳入樣本中。例如，圖12-14顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的容器組件1700。一個或多個容器組件1700可以布置在本文中公開的類型的任何合適的儀器(例如參見下面所述的儀器11000)中，所述儀器配置成操縱、致動和/或與容器組件1700相互作用以執(zhí)行本文中所述的與靶細(xì)胞的識別相關(guān)聯(lián)的方法。容器組件1700通過限制測定期間樣本操作的量允許樣本的有效和精確診斷測試。而且，容器部件(例如，反應(yīng)室1732和試劑模塊1740)的模塊化布置允許任何數(shù)量的不同試劑模塊1740，每個包含可互換地用于檢測不同類型的靶細(xì)胞的不同試劑和/或制劑。該布置也允許轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和試劑獨立地儲存并且在需要時傳到樣本，如下所述。例如，如果包括在試劑模塊1740內(nèi)的試劑具有不同于包括在反應(yīng)室1732內(nèi)的試劑、溶液和/或樣本的儲存要求(例如，有效日期，凍干要求，儲存溫度限制等)，獨立儲存會是有用的。如圖所示，容器組件包括反應(yīng)室1732和試劑模塊1740。反應(yīng)室1732可以聯(lián)接到試劑模塊1740以形成整合組件。反應(yīng)室1732可以由任何合適的材料形成，例如，重量輕、剛性和惰性材料(例如，塑料)。反應(yīng)室1732的至少一部分可以是至少部分透明的以允許查看和/或檢測反應(yīng)室1732的內(nèi)部體積(例如，以便查看反應(yīng)室1732中的發(fā)光)。在一些實施例中，反應(yīng)室1732可以成形為具有圓形底部或平坦底部的圓筒。在其它實施例中，反應(yīng)室1732可以具有任何其它合適的形狀，例如，方形，矩形，卵形，多邊形等。在一些實施例中，反應(yīng)室1732可以具有12mm的直徑和75mm的高度。在一些實施例中，反應(yīng)室1732的直徑可以尺寸確定成最佳地匹配的檢測器(例如，檢測器1200，或包括在儀器11000的11212，或任何其它檢測器)的橫截面。在一些實施例中，容器組件1700可以帶有預(yù)先布置在反應(yīng)室1732的、如本文中所示和所述的類型的一種或多種溶液和/或試劑(例如，細(xì)菌營養(yǎng)溶液，緩沖液，表面活性劑，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，和/或抗生素)。容器1700的試劑模塊1740包括外殼1741，第一致動器1750和第二致動器1760。外殼1741配置成通過任何合適的機(jī)構(gòu)可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室1732。例如，在一些實施例中，外殼1741可以通過螺紋聯(lián)接、干涉配合、卡扣配合等聯(lián)接到反應(yīng)室1732。在一些實施例中，外殼1741和反應(yīng)室1732限定基本不透流體的密封。外殼1741限定第一試劑體積1742和第二試劑體積1744。第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744可以由側(cè)壁1746分離。在一些實施例中，第一試劑體積1742包含生物或非生物載體，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或病毒載體(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110、160或本文中所述的任何其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)，其包括配制成導(dǎo)致靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)產(chǎn)生一系列報告分子(例如，熒光素酶)的工程核酸分子(例如，工程核酸170)。在一些實施例中轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子配制成為非復(fù)制性的(即，不能復(fù)制)，如本文中所述。在一些實施例中，第二試劑體積1744可以包含試劑，所述試劑配制成與報告分子相互作用以催化、增強(qiáng)產(chǎn)生和/或產(chǎn)生可測量信號，例如光信號。在一些實施例中，試劑是本文中所示和所述類型的熒光素酶底物，例如，包括十三醛的組合物。盡管轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和試劑顯示為分別直接布置在第一試劑體積1742和第二試劑體積1744內(nèi)，但是在其它實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或試劑可以布置在試劑容器(未示出)的內(nèi)部，所述試劑容器成形為并且尺寸確定成基本上布置在第一試劑體積1742和/或第二試劑體積1744的內(nèi)部。在一些實施例中，外殼1741和/或其中的任何試劑容器(未顯示)可以包括配置成當(dāng)致動或壓縮(例如，通過第一致動器1750和/或第二致動器1760)時破裂的易碎部分。以該方式，試劑和組分可以隔離儲存并且在致動時釋放。在一些實施例中，外殼1741、第一致動器1750、第二致動器1760和/或這樣的試劑容器可以包括特征以便于可重復(fù)輸送，例如，彎曲邊緣，平坦底部，波紋狀壁，或任何其它合適的特征。在一些實施例中，例如，外殼1741可以包括一個穿刺器或一系列穿刺器(未顯示)，其布置在第一試劑體積1742內(nèi)，當(dāng)?shù)谝恢聞悠?750的柱塞部分1754在第一試劑體積1742內(nèi)移動時配置成穿刺試劑容器的一部分。在一些實施例中，穿刺器也可以布置在第二試劑體積1744內(nèi)。第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744可以具有任何合適的形狀、取向和/或尺寸。在一些實施例中，如圖12-14中所示，第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744可以是同心的。在其它實施例中，第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744可以彼此平行地定位。盡管顯示為具有基本恒定的橫截面面積，但是在一些實施例中，外殼1741和/或第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744的橫截面尺寸(例如，直徑或面積)可以改變以增加/減少包含在其中的試劑的體積。以該方式，外殼1741可以配置成提供將輸送到反應(yīng)室1732中的試劑的期望量和/或流速。外殼1741包括輸送部分1770，當(dāng)外殼1741聯(lián)接到反應(yīng)室1732時，所述輸送部分限定第一試劑體積1742和反應(yīng)室1732之間的第一流體路徑1772a，以及第二試劑體積1744和反應(yīng)室1732之間的第二流體路徑1772b。如圖所示，第一流體路徑1772a和第二流體路徑1772b彼此獨立。第一流體路徑1772a和第二流體路徑1772b分別包括均通向反應(yīng)室1732的第一出口1774a和第二出口1774b。第一流體路徑1772a和第二流體路徑1772b提供分別布置在第一試劑體積1742和/或第二試劑體積1744中的、用于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和試劑的、連通到反應(yīng)室1732中的路徑。輸送部分1770可以配置成提供任何合適的路徑和/或機(jī)構(gòu)以便將布置在第一試劑體積1742和/或第二試劑體積1744中的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和試劑輸送到反應(yīng)室1732中。例如，在一些實施例中，輸送部分1770可以包括單個流體路徑以便將來自第一試劑體積1742和第二試劑的體積1744的流體傳到反應(yīng)室1732中。在一些實施例中，輸送部分1770可以配置成以促進(jìn)混合和/或最小化曝氣、過噴和/或非期望湍流的方式將來自第一試劑體積1742和/或第二試劑體積1744的試劑輸送到反應(yīng)室1732中。在一些實施例中，第一流體路徑1772a和/或第二流體路徑1772b可以具有變化的橫截面(或流動)面積(例如，路徑可以類似噴嘴)以產(chǎn)生流動通過其中的物質(zhì)的控制流速。在一些實施例中，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或試劑的流速可以為1ml/sec(毫升/秒)，2ml/sec，3ml/sec，4ml/sec，5ml/sec，或任何合適的流速，從而充分混合物質(zhì)和/或最小化曝氣。試劑模塊1740包括至少部分地布置在外殼1741中的第一致動器1750。第一致動器1750包括接合部分1752和布置在第一試劑體積1742內(nèi)的柱塞部分1754。第一致動器1750的接合部分1752配置成被操縱(例如，通過本文中所示和所述的任何儀器，例如儀器11000)以在第一試劑體積1742內(nèi)移動柱塞部分1754。在一些實施例中，第一致動器1750的柱塞部分1754和外殼1741的一部分限定和/或包括密封件以將第一試劑體積1742與在外殼1741外部的體積流體隔離。在一些實施例中，密封件可以是例如墊圈，O形環(huán)，橡膠密封件，或任何合適的密封件。如圖所示，第一致動器1750的接合部分1752和柱塞部分1754可以有不同的橫截面尺寸(例如，直徑)。然而在其它實施例中，接合部分1752和第一致動器1750的柱塞部分1754可以具有相同的橫截面尺寸(例如，直徑)。在一些實施例中，接合部分1752可以從柱塞部分1754偏移(例如，非同軸)。試劑模塊1740包括至少部分地布置在外殼1741中的第二致動器1760。第二致動器1760包括接合部分1762和可移動地布置在第二試劑體積1744內(nèi)的柱塞部分1764。第二致動器1760的接合部分1762配置成被操縱(例如，通過本文中所示和所述的任何儀器，例如儀器11000)以在第二試劑體積1744內(nèi)移動的第二致動器1760的柱塞部分1764。在一些實施例中，第二致動器1760的柱塞部分1764和外殼1741的一部分限定和/或包括密封件以將第二試劑體積1742與在外殼1741外部的體積流體隔離。在一些實施例中，密封件可以是例如，墊圈，O形環(huán)，橡膠密封件，或任何合適的密封件，并且可以基本上類似于第一致動器1750的密封件。如圖所示，第二致動器1760的接合部分1762和柱塞部分1764可以具有不同的橫截面尺寸(例如，直徑)。然而在其它實施例中，第二致動器1760的接合部分1762和柱塞部分1764可以具有相同的橫截面尺寸(例如，直徑)。在一些實施例中，接合部分1762可以從柱塞部分1764偏移(例如，非同軸)。如圖所示，第二致動器1760的接合部分1762至少部分地圍繞第一致動器1750的接合部分1752。也就是說，第一致動器1750的至少一部分和第二致動器1760的一部分同心地布置在外殼1741中。以該方式，試劑模塊1740能夠以圍繞容器組件1700的縱向軸線的任何角取向聯(lián)接到反應(yīng)室1732和/或布置在儀器中。該布置允許單個致動器組件操縱第一致動器1750和第二致動器1760兩者。更特別地，第二致動器1760限定通道1766，當(dāng)?shù)谝恢聞悠?750被操縱以移動柱塞部分1754時第一致動器1750的接合部分1752可以在所述通道內(nèi)移動。在一些實施例中第二致動器1760的接合部分1762可以限定開口，第一致動器1750的接合部分1752可以基本上布置在所述開口內(nèi)。盡管第一致動器1750的柱塞部分1754的縱向軸線顯示為與第二致動器1760的柱塞部分1764的縱向軸線同心，但是在其它實施例中，柱塞部分1754的縱向軸線可以從柱塞部分1764的縱向軸線偏移和/或非同心。在一些實施例中，例如，第一致動器1750和第二致動器1760可以相鄰地布置，但是不彼此同心。在一些實施例中，第一致動器1750和第二致動器1760可以彼此平行地布置。在一些實施例中接合部分1752和/或接合部分1762可以在外殼1741中凹陷，從而例如防止意外致動。第一致動器1750和第二致動器1760能夠以任何合適的方式移動以執(zhí)行本文中所述的功能。例如，在一些實施例中，第一致動器1750的柱塞部分1754可以獨立于第二致動器1760的柱塞部分1764的移動而移動。在一些實施例中，第一致動器1750和第二致動器1760可以具有相同的沖程長度。在其它實施例中，第一致動器1750和第二致動器1760可以具有不同的沖程長度。以該方式，能夠?qū)⒉煌w積(和/或不同流速)的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子或試劑輸送到反應(yīng)室1732中。在使用中，容器組件1700配置成被操縱以執(zhí)行本文中所描述的方法和/或測定，同時保持反應(yīng)室1732的流體隔離。也就是說，容器組件1700的反應(yīng)室1732和試劑模塊1740可以共同限定可以在其中執(zhí)行靶細(xì)胞識別的封閉系統(tǒng)(即，不從反應(yīng)室1732斷開試劑模塊1740)。特別地，容器組件1700可以在第一配置(圖12)輸送到用戶，其中第一致動器1750和第二致動器1760均處于它們相應(yīng)的第一位置。盡管試劑模塊1740在圖12中顯示為聯(lián)接到反應(yīng)室1732，但是試劑模塊1740初始可以從反應(yīng)室1732斷開以允許包含靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的樣本布置在由反應(yīng)室1732限定的內(nèi)部體積中。試劑模塊1740可以聯(lián)接到反應(yīng)室1732以限定不透流體密封。為了將容器組件1700和/或試劑模塊1740移動到第二配置(圖13)，第一致動器的接合部分1752被操縱以在通道1766內(nèi)移動。以該方式，第一致動器1750的柱塞部分1754在第一試劑體積1742內(nèi)移動以將試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)從第一試劑體積1742通過第一流體路徑1742a和第一出口1744a傳送和/或排出到反應(yīng)室1732中，如箭頭EE所示。在一些實施例中，試劑包括轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，所述轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子根據(jù)本文中所述的任何方法與包含在樣本中的靶細(xì)胞相互作用使得靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子。容器組件1700(和包含在其中的樣本)的操縱和/或保持可以由如本文中所述的儀器1100和/或11000和/或本文中所述的任何其它儀器或部件執(zhí)行。為了將容器組件1700和/或試劑模塊1740移動到第三配置(圖14)，第二致動器1760的接合部分1762被操縱以至少部分地圍繞第一致動器1750移動。接合部分1762的移動將第二致動器1760的柱塞部分1764從第一位置移動到第二試劑體積1744內(nèi)的第二位置。柱塞部分1764的位移將試劑(例如，諸如十三醛的底物)從第二試劑體積1744通過第二流體路徑1772b和第二出口1774b傳送和/或排出到反應(yīng)室1732中，如箭頭FF所示。在一些實施例中，試劑是底物，其可以與產(chǎn)生的報告分子相互作用以促進(jìn)、催化和/或增強(qiáng)報告分子例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生信號。在一些實施例中，容器組件可以包括用于將樣本收集和/或布置到容器組件中的機(jī)構(gòu)。例如，在一些實施例中，可以使用拭子收集樣本，然后將所述拭子布置到容器的反應(yīng)室中。圖15-17顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的容器組件2700。容器組件2700包括反應(yīng)室2732和臨時蓋2739。容器組件2700的反應(yīng)室2732可以可聯(lián)接到任何試劑模塊，例如，如上所述的試劑模塊1740，或本文中所述的任何其它試劑模塊。包含靶細(xì)胞的樣本S可以收集在拭子2734中，所述拭子可以是鼻拭物，唾液拭子，環(huán)境拭子等。在一些實施例中，在收集樣本S之后，鼻拭物2734在拭子2734的預(yù)定位置和/或長度處被破壞，如線GG(圖15)所示。反應(yīng)室2732可以包含溶液2702，例如，營養(yǎng)培養(yǎng)基，緩沖液，表面活性劑，和/或配制成保持靶細(xì)胞、促進(jìn)報告分子的產(chǎn)生等的任何其它試劑。拭子2734插入反應(yīng)室2732中，如箭頭HH所示，直到它浸沒在溶液2702中。臨時蓋2736然后可以聯(lián)接到反應(yīng)室2732以將容器組件2700安置成第二配置(圖16)。在一些實施例中，臨時蓋2736在聯(lián)接到反應(yīng)室2732時可以限定基本上不透流體的密封。以該方式，容器組件2700可以被攪動(例如，渦動或搖動)以允許包含靶細(xì)胞的樣本S的相當(dāng)大部分從拭子2734傳到溶液2702中。在一些實施例中，拭子2734和樣本收集指南可以被限定成使得收集靶細(xì)胞的多達(dá)50％、60％和高達(dá)70％以及其間的任何量乃至更高轉(zhuǎn)移到溶液2702中。在一些實施例中，拭子2734可以被去除以便測試。在某些情況下，拭子的去除可以限制干擾樣本測量。因此，在一些實施例中，臨時蓋2736可以包括夾持機(jī)構(gòu)，例如，凹口，凹槽，套筒，或用于夾持拭子2734的任何其它特征。在這樣的實施例中，當(dāng)臨時蓋2736從反應(yīng)室2732去除時，如在第三配置中由箭頭II(圖17)所示，拭子2734也隨著它被去除。在一些實施例中，反應(yīng)室2732可以包括布置在反應(yīng)室2732的外表面上的一個或多個標(biāo)簽2738。標(biāo)簽2738可以包括與容器組件2700相關(guān)聯(lián)的信息，例如，靶細(xì)胞，序列號，批號，有效日期和/或警告信息。在一些實施例中，容器2700也可以包括跟蹤機(jī)構(gòu)2739，例如，標(biāo)簽上的條形碼和/或RFID標(biāo)簽。圖18-25顯示根據(jù)實施例的容器組件3700，其包括反應(yīng)室3732和可聯(lián)接到反應(yīng)室的試劑模塊3740。容器組件3700可以與本文中所述的任何儀器(例如，儀器11000)和/或本文中所述的任何部件一起使用并且由其操縱。容器組件3700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，上述的方法150、200和300。反應(yīng)室3732配置成包含樣本和/或其它試劑，并且可以由重量輕、剛性和惰性材料形成。反應(yīng)室3732的至少一部分(例如，前端部)可以是至少部分透明的，從而允許查看、光進(jìn)入和/或檢測反應(yīng)室3732的內(nèi)部體積。盡管顯示為成形為具有圓形底部的圓筒，但是在其它實施例中，反應(yīng)室3732可以具有任何其它合適的形狀，例如，方形，矩形，卵形，多邊形等。在一些實施例中，反應(yīng)室3732可以具有12mm的直徑和75mm的高度。在一些實施例中，容器組件3700可以帶有預(yù)先布置在反應(yīng)室3732內(nèi)的一種或多種溶液/試劑(例如，細(xì)菌營養(yǎng)溶液，緩沖液，表面活性劑，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，和/或抗生素)。試劑模塊3740包括外殼3741，第一致動器3750，第二致動器3760，輸送部分3770，第一試劑容器3780a和第二試劑容器3780b。如圖18中所示，外殼3741配置成通過任何合適的機(jī)構(gòu)可移除地聯(lián)接到反應(yīng)室3732。例如，在一些實施例中，外殼3741可以通過螺紋聯(lián)接、干涉配合等聯(lián)接到反應(yīng)室3732。在一些實施例中，外殼3741和反應(yīng)室3732限定基本上不透流體的密封。圖20顯示外殼3741的俯視圖。外殼3740限定可以由側(cè)壁3746分離的第一試劑體積3742和第二試劑體積3744。外殼3741可以由重量輕和剛性的材料(例如，注射模制塑料)形成。在一些實施例中，外殼3741可以具有大約24mm的直徑。在一些實施例中，外殼3741的直徑可以變化以增加或減小第一試劑體積3742和第二試劑體積3744的容量。在一些實施例中，第一試劑體積3742和/或第二試劑體積3744的直徑可以變化(即，不彼此相等)。如圖20中的外殼3741的俯視圖和圖21中所示的外殼3741的傾斜仰視圖中所示，外殼3741包括輸送部分3770，當(dāng)外殼3741聯(lián)接到反應(yīng)室3732時，所述輸送部分限定第一試劑體積3742和反應(yīng)室3732之間的第一流體路徑3772a以及第二試劑體積3744和反應(yīng)室3732之間的第二流體路徑3772b。第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b分別包括當(dāng)反應(yīng)室3732聯(lián)接到外殼3741時通向反應(yīng)室3732的第一出口3774a和第二出口3774b。第一流體路徑3772a(和出口3774a)和第二流體路徑3772b(和出口3774b)提供布置在第一試劑體積3742和第二試劑體積3744中的試劑將傳到反應(yīng)室3732中的路徑。盡管第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b顯示為彼此分離，但是在其它實施例中，第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b可以包括共同邊界和/或彼此流體連通。輸送部分3770配置成提供任何合適的路徑和/或機(jī)構(gòu)以便將布置在第一試劑體積3742和/或第二試劑體積3744中的轉(zhuǎn)導(dǎo)的粒子和試劑輸送到反應(yīng)室3732中。例如，在一些實施例中，第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b可以配置成以促進(jìn)混合和/或最小化曝氣、過噴和/或非期望湍流的方式將來自第一試劑體積3742和第二試劑體積3744的試劑輸送到反應(yīng)室3732中。第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b可以適應(yīng)任何合適的流速，例如，1ml/sec，2ml/sec，3ml/sec，4ml/sec，5ml/sec。在一些實施例中，當(dāng)外殼3741聯(lián)接到反應(yīng)室3732時輸送部分3770的至少一部分可以布置在反應(yīng)室3732內(nèi)。如圖19和圖23中所示的容器的側(cè)橫截面中所示，試劑模塊3740包括布置在外殼3741中的第一致動器3750。第一致動器3740包括接合部分3752和可移動地布置在第一試劑體積3742內(nèi)的柱塞部分3754。當(dāng)致動時，第一致動器3750的接合部分3752在第一試劑體積3742內(nèi)移動柱塞部分3754。如圖所示，第一致動器3750的柱塞部分3754包括密封件3769a以將第一試劑體積3742與在外殼3741外部的體積流體隔離。在一些實施例中，密封件3769a可以是例如墊圈，O形環(huán)，橡膠密封件，或任何合適的密封件。試劑模塊3740包括第二致動器3760。第二致動器3760包括接合部分3762和可移動地布置的第二試劑體積3744內(nèi)的柱塞部分3764。當(dāng)致動時，第二致動器3760的接合部分3762在第二試劑體積3744內(nèi)移動第二致動器3760的柱塞部分3764。第二致動器3760的柱塞部分3764包括密封件3769b以流體隔離和/或防止包含在第二試劑體積3744中的任何試劑的泄漏。第一致動器3750和第二致動器3760能夠以嵌套配置布置在外殼3741中。換句話說，第一致動器3750和第二致動器3760可以同心地布置成使得第一致動器3750嵌套在第二致動器3760內(nèi)。以該方式，試劑模塊3740可以聯(lián)接到反應(yīng)室3732和/或以圍繞容器組件3700的縱向軸線的任何角取向布置在儀器中。更特別地，第二致動器3760限定通道3766，當(dāng)?shù)谝恢聞悠?750被操縱以移動柱塞部分3754時第一致動器3750的接合部分3752可以在所述通道內(nèi)移動。此外，第二致動器3760的接合部分3762限定開口3767，第一致動器3750的接合部分3752基本上布置在所述開口內(nèi)(當(dāng)試劑模塊3740處于第一配置或第三配置時)。第一致動器3750的柱塞部分3754的縱向軸線從第二致動器3760的柱塞部分3764的縱向軸線偏移(即，非同軸)。第一致動器3750的柱塞部3754可以獨立于第二致動器3760的柱塞部分3764的移動而移動。此外，第一致動器3750和第二致動器3760可以在外殼的內(nèi)部凹陷，從而例如防止第一致動器3750和第二致動器3760的意外致動。第一試劑體積3742可以包括第一試劑容器3780a并且第二試劑體積3744可以包含第二試劑容器3780b。如圖22(為了清楚起見其僅僅第一試劑容器3780a)中所示，第一試劑容器3780a(和第二試劑容器3780b)包括一起限定內(nèi)部體積3786a的側(cè)壁3782a和易碎構(gòu)件3784a。在一些實施例中，側(cè)壁3782a也可以是易碎的。內(nèi)部體積3786a可以完全或部分地填充有試劑。例如，在一些實施例中，第一試劑容器3780a可以包含轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子110、160或本文中所述的任何其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)，其包括配制成導(dǎo)致靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)產(chǎn)生多個報告分子的工程核酸(例如，工程核酸170)。第二試劑容器3780b可以包含配制成與報告分子反應(yīng)以增強(qiáng)信號的產(chǎn)生的第二試劑。例如，在一些實施例中，試劑是底物(例如，十三醛)，其可以與報告分子(例如，熒光素酶)相互作用以例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生可測量信號。試劑容器可以成形為并且尺寸確定成基本上布置在第一試劑體積3742和第二試劑的體積3744內(nèi)。外殼3741包括分別布置在第一試劑體積3742和第二試劑的體積3744內(nèi)的第一穿刺器3792a和第二穿刺器3792b。當(dāng)柱塞部分3754和柱塞部分3764分別布置在第一試劑體積3742和第二試劑的體積3744內(nèi)時穿刺器配置成刺破第一試劑容器3780a和第二試劑容器3780b的相應(yīng)易碎部分。在一些實施例中，試劑容器可以包括彎曲邊緣(例如參見彎曲邊緣3789a)和可以是大致平坦的底部分(例如參見底部分3788a)。平坦底部分和彎曲邊緣可以允許分散由第一致動器3750和第二致動器3760分別施加在第一試劑容器3780a和第二試劑容器3780b上的壓縮力以保證可重復(fù)輸送。試劑容器可以由對于包含在其中的物質(zhì)(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，底物，抗生素，緩沖液，表面活性劑，或可以需要檢測測定的任何其它試劑)基本上不可滲透和/或基本上化學(xué)惰性的材料構(gòu)造。以該方式，試劑可以長時間儲存在試劑容器中。例如，試劑容器3780a的側(cè)壁3782a可以由撓性和惰性材料形成，例如，泡罩塑料，鋁箔，鋁層壓件或任何其它合適的材料。而且，在一些實施例中，易碎構(gòu)件3784a可以由具有某些溫度特性的材料構(gòu)造使得在某個溫度之上保持易碎部件3784a的期望性質(zhì)和完整性。例如，在一些實施例中，在冷藏條件下儲存包含試劑或底物的試劑容器3780a會是期望的。在一些實施例中，易碎構(gòu)件3784a可以由聚合物膜(例如，任何形式的聚丙烯)構(gòu)造。在一些實施例中，易碎構(gòu)件3784a可以由雙向拉伸聚丙烯(BOP)構(gòu)造。在一些實施例中，易碎構(gòu)件3784a可以由鋁構(gòu)造。容器組件3700的反應(yīng)室3732和試劑模塊3740可以共同限定可以在其中執(zhí)行靶細(xì)胞識別的封閉系統(tǒng)(即，不從反應(yīng)室3732斷開試劑模塊3740)。容器組件3700和/或試劑模塊3740可以在多個不同的配置之間移動以轉(zhuǎn)移來自第一試劑室3742和第二試劑室3744的試劑和/或物質(zhì)。特別地，圖23-25顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的試劑模塊3740。為了清楚起見未顯示反應(yīng)室3732。容器組件3700可以在第一配置(圖23)中交付給用戶，其中第一致動器3750處于第一位置并且第二致動器3760處于第一位置。第一試劑體積3742包括包含試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)的試劑容器3780a，并且第二試劑體積3744包含第二試劑容器3780b，其包括試劑(例如，配制成與報告分子反應(yīng)的十三醛)。為了將容器組件3700移動到第二配置(圖24)，第一致動器3750的接合部分3752被操縱以將第一試劑體積3742內(nèi)的第一致動器3750的柱塞部分3754從第一位置移動到第二位置。也就是說，接合部分3752在第二致動器3760的通道3766和/或開口3767內(nèi)朝遠(yuǎn)側(cè)移動。以該方式，第一致動器3750的柱塞部分3754將力施加到第一試劑容器3780a的底部分3788a。這抵靠穿刺器3769a推壓第一試劑容器3780a的易碎部分3784a，直到易碎部分3784a破裂，將包含在其中的試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)釋放到第一試劑體積3742中。第一致動器3750的柱塞部分3754朝著第二位置的進(jìn)一步位移減小試劑容器3780a的內(nèi)部體積3786a和第一試劑體積3742。這將試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)從第一試劑體積3742通過輸送部分3770的第一流體路徑3772a和第一出口3774a傳到反應(yīng)室3732中。如圖所示，第一致動器3750包括配置成接收穿刺器3792a的一部分的凹陷3758以防止穿刺器損壞第一致動器3750和/或限制第一致動器3750朝著第二位置的行程。在一些實施例中，試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)可以與包含在樣本中的靶細(xì)胞相互作用并且促使靶細(xì)胞產(chǎn)生報告分子，如本文中所述。為了將容器組件3700移動到第三配置(圖25)，第二致動器3760的接合部分3762被操縱以將第二致動器3760的柱塞部分3764從第一位置移動到第二試劑體積3744內(nèi)的第二位置。類似于第二配置，第二致動器3760的位移導(dǎo)致穿刺器3792b刺破第二試劑容器3780b的易碎部分3784b并且將包含在其中的底物(例如，十三醛)通過第二流體路徑3772b和第二出口3774b傳到反應(yīng)室3732中。底物可以與報告分子相互作用并且促進(jìn)、增強(qiáng)和/或催化報告分子例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生信號。如圖所示，第二致動器3760包括配置成接收穿刺器3792b的一部分的凹陷3768以防止穿刺器損壞第二致動器3760和/或限制第二致動器3760朝著第二位置的行程。在一些實施例中，試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)可以與包含在樣本中的靶細(xì)胞相互作用并且促使靶細(xì)胞產(chǎn)生報告分子，如本文中所述。盡管第一流體路徑3772a和第二流體路徑3772b的出口部分顯示為大致線性的，并且具有一個基本上恒定的流動面積，但是在其它實施例中，輸送部分可以限定試劑、物質(zhì)、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子等可以輸送通過其中的任何合適的流動路徑。例如，在一些實施例中，輸送部分可以配置成以促進(jìn)混合、最小化曝氣、過噴和/或非期望湍流的方式將一種或多種試劑輸送到反應(yīng)室中。例如，在一些實施例中，試劑模塊可以配置成以有效地混合轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和樣本的方式將包含本文中所示和所述的類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的物質(zhì)輸送到反應(yīng)室中。例如，在拭子(例如拭子2734)保持在反應(yīng)室內(nèi)的那些實施例中，試劑模塊可以包括輸送噴嘴或用于輸送轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的其它機(jī)構(gòu)，其增強(qiáng)從拭子去除樣本的部分。以該方式，輸送的機(jī)構(gòu)可以通過改善樣本和轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的混合增強(qiáng)測定的表現(xiàn)。這樣的機(jī)構(gòu)可以包括例如高壓噴射噴嘴，成角噴嘴，從單個試劑室進(jìn)入反應(yīng)室的多條流動路徑等。在其它實施例中，試劑模塊可以配置成以增強(qiáng)光信號的測量的方式將配制成增強(qiáng)、催化或觸發(fā)光信號的產(chǎn)生的試劑(例如，本文中所示和所述類型的底物)輸送到反應(yīng)室中。例如，在一些實施例中，檢測報告分子的方法包括檢測通過將底物加入已表達(dá)報告分子的樣本中觸發(fā)的發(fā)光反應(yīng)的烈度(或強(qiáng)度)。更特別地，在一些實施例中，表達(dá)的報告分子和底物共同配制成響應(yīng)將底物加入樣本而產(chǎn)生閃光反應(yīng)。閃光反應(yīng)是發(fā)光反應(yīng)，其中在加入底物之后很快地(例如，基本上瞬間，幾秒和/或小于一分鐘內(nèi))發(fā)生明顯的峰強(qiáng)度。盡管閃光反應(yīng)會產(chǎn)生很靈敏的結(jié)果(這有利于小量的檢測等)，但是這樣的瞬時反應(yīng)的精確測量可能是具有挑戰(zhàn)性的。與此相反，輝光反應(yīng)是更持久的發(fā)光反應(yīng)，其特征在于穩(wěn)定信號可以保持長達(dá)一小時或更長時間。盡管沒有閃光反應(yīng)靈敏，但是輝光反應(yīng)可以允許在檢測到信號之前完成額外樣本操作(例如，混合、輸送等)的時間。在一些實施例中，試劑模塊可以配置成以增強(qiáng)光信號的測量的方式將底物輸送到反應(yīng)室中。更特別地，在一些實施例中，試劑模塊可以配置成以允許底物與樣本充分混合的方式輸送底物，同時也最小化樣本的曝氣、氣泡的產(chǎn)生、過度飛濺等，所有這些都不利于在輸送底物之后數(shù)秒內(nèi)完成光檢測。例如，在一些實施例中，試劑模塊可以限定流體路徑，所述流體路徑相對于反應(yīng)室的縱向軸線成角，使得試劑和/或底物輸送到反應(yīng)室的側(cè)壁并且然后進(jìn)入樣本溶液。在其它實施例中，試劑模塊可以限定流體路徑，所述流體路徑相對于反應(yīng)室的縱向軸線基本上平行，但是包括出口開口，所述出口開口定位成使得試劑和/或底物輸送到反應(yīng)室的側(cè)壁。在另外的其它實施例中，試劑模塊可以限定具有彎曲、弧形和/或螺旋形的形狀的流體路徑。在另外的其它實施例中，試劑模塊可以限定流體路徑，所述流體路徑包括凹槽，肋，狹槽，或任何其它流動調(diào)節(jié)特征，從而最大化混合和/或最小化曝氣。作為另一例子，圖26-28顯示包括反應(yīng)室4732和試劑模塊4740的容器組件4700。容器組件4700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件4700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法200和/或300。試劑模塊4740包括外殼4741，第一致動器4750，第二致動器4760，第一輸送構(gòu)件4772a和第二輸送構(gòu)件4772b。如圖28的側(cè)視橫截面圖中所示，外殼4741限定第一試劑體積4742和第二試劑體積4744。外殼4741也可以包括輸送部分4770。第一試劑體積4742可以包括包含第一試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)的第一試劑容器4780a。第二試劑體積4744可以包括包含第二試劑(例如，底物)的第二試劑容器4780b。容器組件4700的外殼4741可以基本上類似于前面所述的容器組件3700的外殼3741，并因此不在本文中進(jìn)一步詳細(xì)描述。第一試劑容器4780a和第二試劑容器4780b也基本上分別類似于容器組件3700的第一試劑容器3780a和第二試劑容器3780b并且因此不在本文中詳細(xì)地描述。第一致動器4750包括接合部分4752和柱塞部分4754。第二致動器4760包括接合部分4762和柱塞部分4764。第一致動器4750和第二致動器4760在結(jié)構(gòu)和功能上基本上分別類似于如前面所述的容器組件3700的第一致動器3750和第二致動器3760，并且因此不在本文中進(jìn)一步描述。如圖27中的試劑模塊4740的仰視圖和圖28中的容器組件4700的側(cè)橫截面圖中所示，外殼4741的輸送部分4770包括第一輸送構(gòu)件4772a，其提供試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)從第一試劑體積4742通過第一出口4774a到達(dá)反應(yīng)室4732的流體連通的管路。外殼4741的輸送部分4770包括第二輸送構(gòu)件4772b，其提供試劑(例如，底物)從第二試劑體積4742通過第二出口4774a到達(dá)反應(yīng)室4732的流體連通的管路。如圖28中所示，第一輸送構(gòu)件4772a包括第一部分4775a和第二部分4776a。第一部分4775a至少部分地布置在第一試劑體積4742的內(nèi)部。第二部分4776a至少部分地布置在反應(yīng)室4732的內(nèi)部。第一部分4775a限定的縱向軸線基本上平行于由試劑模塊4740和/或反應(yīng)室4732限定的縱向軸線。第二部分4776a從第一部分4775a的中心線成角度地偏移，使得出口4774a指向反應(yīng)室4732的側(cè)壁。也就是說，第二部分4776a不平行于由試劑模塊4740和/或該反應(yīng)室4732限定的縱向軸線。在一些實施例中，該角可以在縱向軸線和第二部分4776a之間，可以為大約15-45度，包括其間的所有角。在這樣的實施例中，從第一試劑體積4742傳送到反應(yīng)室4732中的試劑和/或轉(zhuǎn)導(dǎo)的粒子不直接撞擊樣本的表面，而是被推壓到反應(yīng)室的側(cè)壁上或沿著該側(cè)壁，使得它能夠以受控的速度流動到樣本溶液中。如圖28中所示，第二輸送構(gòu)件4772b包括第一部分4775b和第二部分4776b。第一部分4775b至少部分地布置在第二試劑體積4744的內(nèi)部。第二部分4776b至少部分地布置在反應(yīng)室4732的內(nèi)部。第一部分4775b限定的縱向軸線基本上平行于由試劑模塊4740和/或反應(yīng)室4732限定的縱向軸線。第二部分4776b從第一部分4775b的中心線成角度地偏移，使得出口4774b指向反應(yīng)室4732的側(cè)壁。也就是說，第二部分4776b不平行于由試劑模塊4740和/或該反應(yīng)室4732限定的縱向軸線。在一些實施例中，該角可以在縱向軸線和第二部分4776b之間，可以為大約15-45度，包括其間的所有角。在這樣的實施例中，從第二試劑體積4744輸送到反應(yīng)室4732中的試劑和/或底物不直接撞擊樣本的表面，而是被推壓到反應(yīng)室的側(cè)壁上或沿著該側(cè)壁，其中它能夠以受控的速度流動到樣本溶液中。輸送構(gòu)件4772a、4772b的每一個的第一部分4775a、4775b包括在其端部部分處的穿刺器4792a、4792b(相應(yīng)地)。以該方式，穿刺器4792a突出到第一試劑體積4742中，并且穿刺器4792b突出到第二試劑體積4744中。特別地，輸送構(gòu)件的流體路徑的端部可以為錐形或倒角以產(chǎn)生用作穿刺器的尖銳邊緣。穿刺器4792a和穿刺器4792b可以分別用于穿刺試劑容器的易碎部分4784a和易碎部分4784b以釋放包含在其中的試劑、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子或其它物質(zhì)。盡管輸送構(gòu)件4772a和輸送構(gòu)件4772b顯示為從外殼4741獨立地構(gòu)造，但是在一些實施例中，輸送構(gòu)件可以與輸送部分4770一體地形成，例如，在單個制造步驟中制造。在一些實施例中，輸送構(gòu)件4772a和/或輸送構(gòu)件4772b可以獨立地制造，然后分別布置在輸送部分4770的腔4778a和腔4778b中。在一些實施例中，容器的試劑模塊可以包括或限定流體路徑，所述流體路徑配置成將試劑直接傳到樣本溶液中，并且具有在容器內(nèi)的任何合適的距離處的出口點。例如，圖29顯示根據(jù)實施例的容器組件5700的側(cè)視橫截面圖。容器組件5700包括反應(yīng)室5732和試劑模塊5740。試劑模塊包括外殼5741，所述外殼限定第一試劑體積5742和第二試劑體積5744。外殼5741包含第一致動器5750和第二致動器5760。外殼5741也包括輸送部分5770。容器組件5700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件5700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法200和/或300。第一試劑體積5742包括第一試劑容器5780a，其可以包含第一試劑(例如，本文中所示和所述的類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)。第二試劑體積5744包括第二試劑容器5780b，其可以包含第二試劑(例如，本文中所示和所述的類型的底物)。容器組件5700的外殼5741可以基本上類似于容器組件3700的外殼3741，并且因此不進(jìn)一步詳細(xì)地描述。試劑容器5780a、5780b基本上類似于容器組件3700的試劑容器3780、3780b并且因此不在本文中詳細(xì)地描述。第一致動器5750包括接合部分和柱塞部分。第二致動器5760包括接合部分和柱塞部分。第一致動器5750和第二致動器5760基本上類似于容器組件3700的第一致動器3750和第二致動器3760，并且因此不在本文中進(jìn)一步描述。外殼5741的輸送部分5770限定第一流體路徑5772a，其提供第一試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)從第一試劑體積5742通過第一出口5774a到達(dá)反應(yīng)室5732的流體連通的管路。外殼5741的輸送部分5770也包括第二流體路徑5772b，其提供第二試劑(例如，底物)從第二試劑體積5744通過第二出口5774b到達(dá)反應(yīng)室5732的流體連通的管路。如圖所示，流體路徑5772a、5772b限定的縱向軸線平行于由反應(yīng)室5732限定的縱向軸線。該布置可以允許試劑從第一試劑體積5742和第二試劑的體積5744分別通過出口5774a和出口577b直接流動到布置在反應(yīng)室5732中的樣本溶液中。在一些實施例中，流體路徑5772a和/或流體路徑5772b在相應(yīng)的出口5774a和5774b處的直徑可以小于流體路徑5772a和/或流體路徑5772b與第一試劑體積5742和第二試劑體積5744的相應(yīng)界面處的直徑。以該方式，流體路徑5772a、5772b基本上用作噴嘴以加速轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子、試劑等的流動。在一些實施例中，橫截面可以配置成使得試劑以預(yù)定流速從出口5774a和/或出口5774b排出，例如，1ml/sec，2ml/sec，3ml/sec，4ml/sec，5ml/sec，或任何其它合適的流速，從而例如保證快速和完全混合和/或最小化曝氣。在一些實施例中，流體路徑5772a和/或流體路徑5772b可以配置成使得出口5774a和/或出口5774b布置在反應(yīng)室5732內(nèi)的樣本的表面之下。在一些實施例中，外殼5741可以包括分別位于第一試劑體積5742和第二試劑體積5744的基部的一系列穿刺器5792a、5792b。一系列穿刺器可以配置成在多個位置刺破試劑容器5780a、5780b的相應(yīng)易碎部分5784a、5784b，從而例如保證包含在其中的試劑的有效排出。在一些實施例中，容器的試劑模塊可以包括單個致動器和單個試劑體積。圖30-32顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的根據(jù)實施例的容器組件6700的側(cè)視橫截面圖。容器組件6700包括可逆地可聯(lián)接到試劑模塊6740的反應(yīng)室6732。試劑模塊6740包括外殼6741，所述外殼限定包含第一試劑容器6780a和第二試劑容器6780b的試劑體積6742。外殼也包括布置在試劑體積6742中的致動器6750，和輸送部分6770。容器組件6700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件6700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法200和/或300。在一些實施例中，致動器6750可以包括接合部分6752和柱塞部分6754。致動器6750的接合部分6752可以配置成在試劑體積6742內(nèi)移動柱塞部分6754。在一些實施例中，致動器6750的柱塞部分6754包括不透流體密封件6769以將試劑體積6742與在外殼6741外部的體積流體隔離。在一些實施例中，密封件6769可以是例如墊圈，O形環(huán)，橡膠密封件，或任何合適的密封件。在一些實施例中，試劑容器6780a、6780b可以布置在試劑體積6742中，使得第一試劑容器6780a鄰近外殼6741的輸送部分6770。特別地，第一試劑容器6780a布置在輸送部分6770和第二試劑容器6780b之間。第一試劑容器可以包含第一試劑，例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。第二試劑容器6780b可以布置在第一試劑容器6780a的頂部上，使得第二試劑容器6780b的易碎部分6784b鄰接第一試劑容器6780a的底部分6788a，并且第二試劑容器6780b的底部分6788b鄰接致動器6750的柱塞部分6754。第二試劑容器6780b可以包含第二試劑，例如，諸如十三醛的底物。試劑體積6742也可以包括布置在試劑體積6742中的一系列穿刺器6792，所述穿刺器配置成穿刺試劑容器6780a的易碎部分6784a，以及試劑容器6780b的易碎部分6784b。輸送部分6770限定流體路徑6772，其限定的縱向軸線可以平行于由反應(yīng)室6732限定的縱向軸線。在一些實施例中，流體路徑6772在出口6774處的可以直徑小于流體路徑6772在試劑體積6742的界面處的直徑，使得流體路徑6772基本上類似和/或用作噴嘴。在一些實施例中，流體路徑可以配置成使得試劑以預(yù)定流速從出口6774排出，例如，1ml/sec，2ml/sec，3ml/sec，4ml/sec，5ml/sec，或任何其它合適的流速，從而例如保證快速和完全混合和/或最小化曝氣。在操作中，任何合適的儀器可以操縱致動器6750的接合部分6752，使得柱塞部分6754從如第一配置(圖30)中所示的第一位置移動到試劑體積6742內(nèi)的如第二配置(圖31)中所示的第二位置。柱塞部分6754將力施加到第二試劑容器6780b的底部分6788b，將第二試劑容器6780b從第一位置移動到第二位置。第二試劑容器6780b將由柱塞部分6754施加的壓力通過易碎部分6784b傳到第一試劑容器6780a的底部分6788a。力導(dǎo)致第一試劑容器6780a的易碎部分6784a壓靠在一系列穿刺器6792上，使得易碎部分6784a破裂并且包含在其中的試劑通過流體路徑6772的出口6774傳到反應(yīng)室6732中。在第三配置(圖31)中，致動器的接合部分6752進(jìn)一步被操縱使得柱塞部分6754從第二位置移動到試劑體積6742內(nèi)的第三位置。柱塞部分6754到第三位置的位移也將第二試劑容器6780b從第二位置移動到第三位置。在該配置中，第一試劑容器6780a被清空包含在其中的內(nèi)容物并且處于塌縮狀態(tài)，使得穿刺器6792穿刺通過所述第一試劑容器6780a的底部分6788a并且刺破所述第二試劑容器6780b的易碎部分6784b。因此第二試劑容器6780b被安置成與流體路徑6772流體連通并且將包含在其中的試劑(例如，底物)通過出口6774傳到反應(yīng)室6732中。在一些實施例中，容器可以包括具有分段致動的單個致動器以便在不同的致動階段輸送第一試劑(例如，生物或非生物載體，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體)和第二試劑(例如，底物)。圖33顯示包括反應(yīng)室7732和試劑模塊7740的容器組件7700的分解圖。圖34-36顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的容器組件7700。反應(yīng)室7732可以能夠可移除地聯(lián)接到試劑模塊7740。容器組件7700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件7700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法200和300。反應(yīng)室7732可以由重量輕、剛性和惰性的材料(例如，塑料)形成。反應(yīng)室7732的至少一部分可以是部分透明的，從而例如允許檢測和/或查看反應(yīng)室7732的內(nèi)部體積，從而例如檢測在其中發(fā)生的發(fā)光反應(yīng)。在一些實施例中，反應(yīng)室7732可以成形為具有圓形底部或平坦底部的圓筒。在一些實施例中，反應(yīng)室7732可以具有任何其它合適的形狀，例如，方形，矩形，卵形，多邊形等。在一些實施例中，反應(yīng)室7732可以具有12mm的直徑和75mm的高度。在一些實施例中，容器組件7700可以包括預(yù)先布置在反應(yīng)室7732內(nèi)的一種或多種溶液/試劑(例如，細(xì)菌營養(yǎng)溶液，緩沖液，表面活性劑，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，和/或抗生素)。反應(yīng)室7732可以包括用于與試劑模塊7740可移除地聯(lián)接的螺紋7745。在一些實施例中，反應(yīng)室7732可以通過卡扣配合、摩擦配合或任何其它合適的機(jī)構(gòu)可移除地連接到試劑模塊7740。如圖33中所示，試劑模塊7740可以包括外殼7741。外殼7741可以由重量輕和剛性材料(例如，注射模制塑料)形成。外殼7741包括第一壓縮支撐件7748a和第二壓縮支撐件7748b。壓縮支撐件7748a、7748b配置成固定地或可移除地分別安裝第一試劑容器7780a和第二試劑容器7780b，在壓縮期間為第一試劑容器7780a和第二試劑容器7780b提供剛性支撐，如下面進(jìn)一步所述。壓縮支撐件7748a、7748b可以包括用于將試劑容器7780a、7780b安裝于此的特征。這樣的安裝特征可包括例如凹口，凹槽，棘爪，凹痕，狹槽，和/或粘合劑表面。相應(yīng)的試劑容器7780a、7780b安裝在其上的壓縮支撐件7748a、7748b的每一個的表面相對于由外殼7741和/或反應(yīng)室7732限定的縱向軸線成角。成角表面可以是有益的，例如允許試劑和/或底物從試劑容器7780a、7780b進(jìn)入反應(yīng)室7732的平滑(例如，均勻和/或控制)流動并且具有小的死區(qū)體積。試劑模塊7740包括致動器7750，其配置成在由外殼7741限定的內(nèi)部體積內(nèi)滑動。致動器7750配置成使得致動器7750的側(cè)壁和外殼7741的側(cè)壁形成不透流體密封。因此，在使用中，致動器7750可以在外殼7741內(nèi)移位，同時保持基本不透流體密封。如圖34中所示，外殼7741和致動器7750可以配置成限定第一試劑體積7742和第二試劑體積7744，其至少部分地由側(cè)壁7746(圖34-36)并且至少部分地由壓縮支撐件7748a、7748b的側(cè)壁分離。致動器包括配置成由儀器(例如，儀器1100或本文中所示和所述的任何其它儀器)操縱的接合部分7752。致動器7750包括第一壓縮構(gòu)件7754，其可以成形為類似于例如成角的夾子。第一壓縮構(gòu)件7754可以是可以由剛性材料(例如，鋁，鋼，不銹鋼，或塑料)形成的獨立部件。第一壓縮構(gòu)件7754具有接合部分7755和壓縮部分7756，所述壓縮部分成一定的角遠(yuǎn)離由外殼7741限定的縱向軸線傾斜。特別地，該角基本上類似于由第一壓縮支撐件7748a的成角表面限定的角。第一壓縮構(gòu)件7754也包括滑動部分7757，所述滑動部分鄰接致動器7750的側(cè)壁7746并且配置成在側(cè)壁7746和第一壓縮支撐件7748a之間的空間7747中滑動，如下面進(jìn)一步所述。第一壓縮構(gòu)件7754的接合部分7755可以包括聯(lián)接到接合部分7755的接合彈簧7758。接合彈簧7758可以是壓縮彈簧，例如螺旋彈簧，盤簧，碟形彈簧，或錐形彈簧，并且可以包括用于安裝在接合部分7755上的墊圈(未顯示)。遠(yuǎn)離第一壓縮構(gòu)件7754的接合彈簧7758的端部可以連接到致動器7750，例如，安裝在銷、心軸等上，進(jìn)一步配置成使得接合致動器7750，接合接合彈簧7758和第一壓縮構(gòu)件7754。致動器7750也可以包括第二壓縮構(gòu)件7760，其可以是例如在相同注射模制過程中形成的致動器7750的一體部分。第二壓縮構(gòu)件7760可以成形為類似于遠(yuǎn)離由外殼7741限定的縱向軸線成角的傾斜平面。該角可以基本上類似于由第二壓縮支撐件7748b的傾斜表面限定的角。在一些實施例中，第一壓縮構(gòu)件7754和/或第二壓縮構(gòu)件7760可包括一個或一系列穿刺器，例如，刺，倒鉤，銷，或任何其它合適的穿刺構(gòu)件，從而穿刺試劑容器7780a、7780b的易碎部分，如本文所述。外殼7741也可以包括第一流體出口7774a和第二流體出口7774b以便將來自第一試劑體積7742的試劑(例如，生物或非生物載體，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或工程病毒載體)和來自第二試劑的體積7744的試劑(例如，底物)傳到反應(yīng)室7732中。流體出口7774a、7774b可以是壓縮支撐件7748a、7748b和外殼7741的側(cè)壁之間的開口和/或空間。在一些實施例中，外殼7741可以包括流體路徑，例如，噴嘴，成角噴嘴，管，和/或任何其它合適的流體管路，從而例如促進(jìn)快速混合和/或最小化曝氣，如本文中所述。第一試劑容器7780a和第二試劑容器7780b可以分別布置在第一壓縮支撐件7748a和第二壓縮支撐7748b上，如前面所述。試劑容器7780a、7780b均可以包括共同限定內(nèi)部體積的側(cè)壁7782a、7782b和易碎構(gòu)件7784a、7784b。試劑容器的內(nèi)部體積可以完全或部分地填充有試劑，例如，第一試劑容器7780a可以包含轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160或本文中所述的任何其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)，其可以包括配制成導(dǎo)致靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)產(chǎn)生多個報告分子(例如，熒光素酶)的工程核酸(例如，工程核酸170)。第二試劑容器7780b可以包含底物(例如，十三醛)，其可以例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)與報告分子(例如，熒光素酶)相互作用以觸發(fā)、催化、產(chǎn)生和/或增強(qiáng)產(chǎn)生可測量信號。試劑容器7780a/b可以由對于包含在其中的物質(zhì)(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，底物，抗生素，緩沖液，表面活性劑，或可以需要檢測測定的任何其它試劑)基本上不可滲透和/或基本上化學(xué)惰性的材料構(gòu)造。以該方式，試劑可以長時間儲存在試劑容器7780a/b中。例如，試劑容器7780a/b的側(cè)壁7782a/b可以由撓性和惰性材料形成，例如，泡罩塑料，鋁箔，鋁層壓件或任何其它合適的材料。而且，在一些實施例中，易碎構(gòu)件7784a/b可以由具有某些溫度特性的材料構(gòu)造使得在某個溫度之上保持易碎部件7784a/b的期望性質(zhì)和完整性。例如，在一些實施例中，在冷藏條件下儲存包含試劑或底物的試劑容器7780a/b會是期望的，或者通過熱層壓易碎構(gòu)件7784a/b制造試劑容器7780a/b會是期望的。在這樣的實施例中，可以選擇易碎構(gòu)件7784a/b使得冷藏條件和/或熱層壓條件基本上不降低用于預(yù)期應(yīng)用的易碎構(gòu)件7784a/b的期望性質(zhì)和完整性。在一些實施例中，易碎構(gòu)件7784a/b可以由聚合物膜(例如，任何形式的聚丙烯)構(gòu)造。在一些實施例中，易碎構(gòu)件7784a/b可以由雙向拉伸聚丙烯(BOP)構(gòu)造。在一些實施例中，易碎構(gòu)件7784a/b可以由鋁構(gòu)造。試劑容器的易碎部分7784a/b可以配置成當(dāng)例如由致動器7750的壓縮構(gòu)件7754/7760壓縮時破裂，如下面進(jìn)一步所述，并且釋放包含在其中的試劑。如圖34中所示，容器組件7700可以初始保持在第一配置，其中試劑模塊7740聯(lián)接到反應(yīng)室7732，并且致動器7750處于第一位置。第一壓縮構(gòu)件7754處于第一位置，其中接合部分7756與第一試劑容器7780a的易碎部分7784a相接觸，但是不施加任何壓縮力，并且接合彈簧7758完全解壓縮。第二壓縮構(gòu)件7760也處于第一位置，其中第二壓縮構(gòu)件不接觸第二試劑容器7780b的易碎部分7784b。在第二配置(圖35)中，第一致動器7750的接合部分7752被操縱以將外殼7741內(nèi)的致動器7750從第一位置移動到第二位置。致動器7750的位移促使接合彈簧7758壓縮并將力施加到第一壓縮構(gòu)件7754。力將第一壓縮構(gòu)件7754從第一位置移動到第二位置，如圖35所示，其中第一壓縮構(gòu)件7754的滑動部分7757與側(cè)壁7746滑動到第一和第二壓縮支撐件7748a、7748b之間的開口7747中。第一壓縮構(gòu)件7754的接合部分7756將壓縮力施加到第一試劑容器7780a的易碎部分7784a，使易碎部分7784a破裂，將其內(nèi)容物(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)釋放到第一試劑體積7742中。試劑然后流動通過第一出口7774a并且進(jìn)入反應(yīng)室7732中的溶液(例如，包含靶細(xì)胞的患者樣本)中。第二壓縮構(gòu)件7760也從第一位置移動到第二位置，其中它靠近第二試劑容器7780b的易碎部分7784b和/或接觸易碎部分7784b而不刺破它。在第三配置(圖36)中，致動器7750的接合部分7752被操縱以在外殼7741內(nèi)從第二位置移動到第三位置。致動器7750的位移進(jìn)一步促使接合彈簧7758壓縮并且將力施加到第一壓縮構(gòu)件7754。在該位置第一壓縮構(gòu)件7754的進(jìn)一步位移由第一壓縮支撐件7748a防止，并且接合彈簧7758基本上被壓縮。第二壓縮構(gòu)件7760也從第二位置移動到第三位置，其中第二壓縮構(gòu)件7760將壓縮力施加到第二試劑容器7780b的易碎部分7784b。這導(dǎo)致易碎部分7784b破裂并且將其內(nèi)容物(例如，底物)釋放到第二試劑體積7744中。試劑然后流動通過第二出口7774b并且進(jìn)入反應(yīng)室7732中的溶液(例如，包含靶細(xì)胞和由靶細(xì)胞產(chǎn)生的報告分子的樣本)中。如上所述，在一些實施例中，輸送部分可以配置成以促進(jìn)混合、最小化曝氣、過噴和/或非期望湍流的方式將一種或多種試劑輸送到反應(yīng)室中。例如，在一些實施例中，容器的試劑模塊可以包括相對于試劑模塊和/或反應(yīng)室的縱向軸線傾斜和/或成角偏移的輸送部分。這樣的布置能夠以改善混合、檢測等的方式引導(dǎo)試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，底物等)的流動。特別地，圖37-38顯示分別處于第一配置和第二配置的根據(jù)實施例的容器組件8700的側(cè)視橫截面示意圖。容器組件8700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件8700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200和300。容器組件8700包括能夠可逆地聯(lián)接到試劑模塊8740的反應(yīng)室8732。反應(yīng)室8732可以具有布置在其中的樣本S，例如，包括患者樣本、靶細(xì)胞、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或報告分子的樣本溶液。在使用中，容器組件8700可以操作地聯(lián)接到檢測器1200使得反應(yīng)室8732與檢測器1200連通(例如，光連通)。盡管本文所述的實施例已顯示為光耦合到檢測器1200，但是可以使用本文中所述的任何其它檢測器。試劑模塊8740包括外殼8741，輸送構(gòu)件8770和致動器8750。外殼8741限定可以包含布置在其中的試劑的試劑體積8742。試劑可以是任何合適的試劑，如本文中所述的任何底物。致動器8750包括配置成與布置在試劑體積8742中的試劑流體連通的柱塞部分8754。致動器8750可以配置成將來自試劑體積8742的試劑通過輸送構(gòu)件8770傳送到反應(yīng)室8732中(例如，經(jīng)由流體路徑8772)。輸送構(gòu)件8770包括基本上布置在試劑體積8742的內(nèi)部并且鄰近柱塞的第一部分8774。當(dāng)反應(yīng)室8732聯(lián)接到試劑模塊8740時，輸送構(gòu)件8770也包括基本上布置在反應(yīng)室8732的內(nèi)部的第二部分8776。輸送構(gòu)件8770相對于試劑模塊8740和/或該反應(yīng)室8732的縱向軸線成角度地偏移。更特別地，如圖37中所示，限定輸送構(gòu)件8770的軸線的流體路徑的中心線遠(yuǎn)離縱向軸線成角θ定向。在一些實施例中，角θ可以為大約30度。在一些實施例中，角θ可以在大約15-45度之間。在操作中，可以通過例如使用儀器1100的操縱機(jī)構(gòu)如圖38中的箭頭AA所示將力施加到致動器8750而操縱致動器8750。這促使柱塞部分8754在試劑體積8742內(nèi)從如第一配置(圖37)中所示的第一位置移動到如第二配置(圖38)中所示的第二位置。柱塞部分8754通過流體路徑8772傳送和/或排出包含在試劑體積8742中的試劑(例如，底物)。也就是說，柱塞部分8754在試劑體積沿著縱向軸線移動以產(chǎn)生從試劑體積經(jīng)由流體路徑8772的試劑的流動。如圖38中所示，輸送部分8770的傾斜取向?qū)е屡懦鲈噭┭刂鴥A斜路徑，如箭頭BB(圖38)所示，使得試劑流撞擊在反應(yīng)室8732上。試劑流然后沿反應(yīng)室8732的側(cè)壁向下流動，如箭頭CC(圖38)所示，并且以較低的流體速度與樣本S混合，由此最小化和/或消除曝氣和/或樣本內(nèi)的氣泡的產(chǎn)生。最小化曝氣可以使試劑能夠與樣本S混合，并且增加由檢測器1200檢測的信號的質(zhì)量。例如，在一些實施例中，容器組件8700可以與報告系統(tǒng)和試劑(例如，底物)結(jié)合使用，其共同配制成響應(yīng)將底物加入在其中已表達(dá)報告分子的樣本而產(chǎn)生閃光反應(yīng)。在這樣的實施例中，輸送構(gòu)件8770的布置可以允許底物與樣本充分地混合，同時也最小化樣本的曝氣、氣泡的產(chǎn)生、過度飛濺等，所有這些都會對在輸送底物之后短時期(例如，在數(shù)秒內(nèi))完成光檢測有害。盡管試劑模塊8740在上面顯示和描述為包括沿著反應(yīng)室8732的側(cè)壁的一部分引導(dǎo)試劑的流動的單個輸送構(gòu)件，但是在其它實施例中，試劑模塊8740可以包括多個不同的輸送構(gòu)件和/或具有多個出口點的輸送構(gòu)件以便于其中的試劑的快速輸送，同時也最小化曝氣、氣泡的產(chǎn)生等。在一些實施例中，容器的試劑模塊可以包括配置成產(chǎn)生布置在試劑模塊中的試劑的環(huán)形流動的輸送構(gòu)件，使得試劑基本上圓周地圍繞反應(yīng)室的側(cè)壁流動。例如，圖39-40顯示處于第一配置和第二配置的根據(jù)實施例的容器組件9700的側(cè)視橫截面圖。容器組件9700包括可逆地可聯(lián)接到試劑模塊9740的反應(yīng)室9732。容器組件9700聯(lián)接到檢測器1200使得反應(yīng)室9732與檢測器1200光連通。容器組件9700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件9700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200和/或300。在一些實施例中，容器組件9700可以用于檢測由閃光發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生的信號。盡管本文所述的實施例已顯示為光耦合到檢測器1200，但是可以使用本文中所述的任何其它檢測器。反應(yīng)室9732可以具有布置在其中的樣本S，例如，包括患者樣本、靶細(xì)胞、轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子和/或報告分子的樣本溶液。反應(yīng)室9732可以類似于本文中所述的任何反應(yīng)室，并且因此不詳細(xì)地進(jìn)行描述。試劑模塊9740包括限定試劑體積9742的外殼9741，所述試劑體積可以具有布置在其中的試劑(例如，底物)。外殼9741也包括布置在試劑體積9742中的致動器9750。試劑模塊9740包括易碎部分9784和輸送構(gòu)件9770。致動器9750包括與布置在試劑體積9742中的試劑流體連通的柱塞部分9754。柱塞部分9754配置成在外殼9741內(nèi)移動以將來自試劑體積9742的試劑通過易碎部分9784傳送到反應(yīng)室9732。輸送構(gòu)件9770配置成限定穿刺部分9772和圓形和/或彎曲側(cè)壁9774。在一些實施例中，側(cè)壁9774可以為錐形、異形和/或包括漸變。盡管輸送部分9770顯示為基本上位于反應(yīng)室9732的內(nèi)部，但是在其它實施例中，輸送構(gòu)件9770的相當(dāng)大部分可以布置在試劑模塊9740內(nèi)和/或聯(lián)接到試劑模塊。輸送構(gòu)件9770可以是反應(yīng)室9732或試劑模塊9740的一體部分。如圖所示，當(dāng)試劑模塊9740處于第一配置(圖39)時，穿刺部分9772與易碎部分9784相接觸，但是不將任何穿刺力施加到易碎構(gòu)件9784。因此，試劑體積9742內(nèi)的試劑保持與反應(yīng)室9732流體隔離。當(dāng)試劑模塊9740移動到第二配置(圖40)時，力在由箭頭DD指示的方向上施加到致動器9750。這導(dǎo)致柱塞部分9754從第一位置移動到第二位置。柱塞部分9754的位移將力施加到易碎構(gòu)件9784(經(jīng)由試劑)。這導(dǎo)致易碎構(gòu)件壓靠在輸送部分的穿刺部分9772上并且穿刺(圖40)，由此穿刺易碎部分9784。輸送構(gòu)件9770的輪廓和/或形狀產(chǎn)生圍繞反應(yīng)室9732的整個側(cè)壁9774的試劑的環(huán)形流動，如箭頭EE所示。然后試劑流可以沿著反應(yīng)室9732的側(cè)壁向下流動，由此最小化和/或消除曝氣、氣泡的產(chǎn)生等。在一些實施例中，容器的試劑模塊可以包括彎曲的輸送部分或輸送構(gòu)件。圖41顯示根據(jù)實施例的容器組件10700的側(cè)橫截面。容器組件10700包括可逆地可聯(lián)接到試劑模塊10740的反應(yīng)室10732。試劑模塊10740包括限定試劑體積10742的外殼10741，所述試劑體積可以具有布置在其中的試劑(例如，底物)。外殼也包括布置在試劑體積10742中的致動器10750。容器組件10700包括輸送構(gòu)件10770。容器組件10700可以由本文中所述的任何儀器(例如，儀器1100、11000)和/或本文中所述的任何部件使用和/或操縱。容器組件10700也可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200和/或300。在一些實施例中，容器組件10700可以用于檢測由閃光發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生的信號。致動器10750包括與布置在試劑體積10742中的試劑(例如，底物)流體連通的柱塞部分。柱塞部分10754配置成在試劑體積10742內(nèi)移位以將來自試劑體積10742的試劑通過輸送部分10770傳送到反應(yīng)室10732。輸送構(gòu)件10770成形為使得其限定彎曲流體路徑10772。彎曲流體路徑10772配置成使得試劑在渦旋移動中從流體路徑分配。渦旋移動可以例如在試劑流中產(chǎn)生湍流，這可以例如增強(qiáng)試劑與包含在反應(yīng)室10732中的樣本的混合。在一些實施例中，彎曲流體路徑10772可以導(dǎo)致試劑撞擊在反應(yīng)室的側(cè)壁上。試劑然后能夠以較低的速度沿著容器的側(cè)壁流動以到達(dá)樣本，從而例如最小化曝氣。容器組件4700或本文中所述的任何容器組件能夠可操作地聯(lián)接到任何合適類型的檢測器以檢測由報告分子(例如，熒光素酶)與底物(例如，十三醛)的相互作用產(chǎn)生和/或增強(qiáng)的信號。如上所述，在一些實施例中，檢測的方法可以包括檢測由閃光發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生的信號。這樣的方法可以包括例如以增強(qiáng)讀取信號的精度的方式引導(dǎo)試劑(例如，底物)的流動。也就是說，這樣的方法可以包括例如以最小化非期望湍流、曝氣、氣泡的產(chǎn)生等的方式引導(dǎo)試劑(例如，底物)的流動。例如，圖42顯示使用容器組件和檢測器檢測靶細(xì)胞的方法400。方法400可以與本文中所述的任何容器組件一起使用。檢測器可以是檢測器1200，檢測器組件11200，或本文中所述的任何其它檢測器。容器組件的反應(yīng)室可以包括布置在其中的樣本。樣本可以是例如樣本溶液，其包含患者樣本靶細(xì)胞(例如，可能包含MRSA的鼻拭物)，生物或非生物載體，例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，本文中所述的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)，和根據(jù)本文中公開的任何報告系統(tǒng)產(chǎn)生的一系列報告分子。所述方法包括將容器的反應(yīng)室可操作地聯(lián)接到檢測器402。然后使用輸送構(gòu)件將試劑傳到反應(yīng)室中404。在一些實施例中，試劑可以是任何合適的底物。在一些實施例中，試劑可以包括6-碳醛(己醛)，13-碳醛(十三醛)和/或14-碳醛(十四醛)，包括在其間的所有變化碳鏈長度醛。在一些實施例中，試劑可以配制成包括Tween20或任何其它表面活性劑、十三醛或其它醛，并且調(diào)節(jié)到特定pH。試劑可以布置在容器的試劑模塊(例如，容器組件4700的試劑模塊4740，或如本文中所述的任何其它試劑模塊)中。輸送構(gòu)件可以是例如輸送部分3770、輸送構(gòu)件4770、或者限定試劑能被傳送通過的流動路徑的任何其它結(jié)構(gòu)和/或機(jī)構(gòu)。以沿著反應(yīng)室的表面流動到樣本中的方式傳送試劑406。以該方式，如本文中所述，能夠以增強(qiáng)讀取信號的精度的方式執(zhí)行將試劑輸送到樣本中。在一些實施例中，傳送可以包括在不垂直于樣本的表面的方向上傳送試劑。在一些實施例中，以至少一毫升每秒的流速傳送試劑。在一些實施例中，傳送包括移動試劑體積內(nèi)的某個方向上的柱塞，布置在試劑體積內(nèi)的輸送構(gòu)件的第一端部部分和布置在反應(yīng)室內(nèi)的輸送構(gòu)件的第二端部部分。在一些實施例中，輸送構(gòu)件的移動在不平行于該方向的出口方向上傳送構(gòu)件，例如，輸送部分4770。在到達(dá)樣本時，試劑與一系列報告分子反應(yīng)并且產(chǎn)生信號408。報告分子的生產(chǎn)可以根據(jù)本文中所述的任何系統(tǒng)、組合物和方法。經(jīng)由檢測器接收信號410。信號可以用于例如確定活細(xì)胞和/或報告存在于樣本中的靶細(xì)胞內(nèi)的基因。在一些實施例中，在試劑的輸送之后執(zhí)行信號的接收小于60秒。本文中所述的任何容器組件可以由任何合適的儀器操縱、操作和/或致動以根據(jù)本文中公開的任何方法執(zhí)行包含在容器組件內(nèi)的樣本的識別和/或檢測過程。例如，在一些實施例中，本文中所述的任何容器組件可以由儀器操縱和/或致動以使用本文中所示和所述的類型的生物或非生物載體(例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)方法和/或報告系統(tǒng)執(zhí)行樣本內(nèi)的靶細(xì)胞的活細(xì)胞報告和/或基因報告。以該方式，系統(tǒng)(例如，一個容器或一系列容器，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子，試劑和其它組合物，和儀器)可以用于許多不同的測定，例如，MRSA、梭狀芽胞桿菌、耐萬古霉素腸球菌等的快速和/或自動檢測。在一些實施例中儀器也可以配置成便于、產(chǎn)生、支持和/或促進(jìn)包含在本文中所示和所述類型的一個容器和或一系列容器中的樣本中的反應(yīng)。這樣的反應(yīng)可以包括例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，本文中所述的任何轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)與樣本的相互作用和/或混合，報告分子(例如，熒光素酶)與底物(例如，十三醛)的相互作用和/或混合。這樣的反應(yīng)可以根據(jù)本文中所述的方法例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生信號，所述信號可以由包括在本文中所述的儀器中的部件檢測。在一些實施例中，系統(tǒng)可以包括儀器，所述儀器包括各種子組件并且配置成操縱容器，致動容器的致動機(jī)構(gòu)，保持容器和/或檢測在容器中產(chǎn)生的信號。例如圖43-45顯示分別處于第一配置、第二配置和第三配置的儀器1100的一部分。儀器1100配置成接收可以包括布置在其中的樣本的容器(例如，容器11700)，并且還可以配置成操縱容器11700檢測例如經(jīng)由發(fā)光反應(yīng)在其中產(chǎn)生的信號。容器11732限定試劑體積11742和反應(yīng)體積11732。儀器1100包括外殼1110，所述外殼限定包含和/或支撐檢測器1212、保持構(gòu)件1610、啟動構(gòu)件1636和致動器1652的內(nèi)部體積。盡管顯示為接收容器11700，但是儀器1100可以配置成接收本文中所述的任何容器組件，并且可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200、300或400。如圖所示，保持構(gòu)件1610配置成接觸布置在儀器1100中的樣本容器11700的第一部分11733以限制容器11700的移動。也就是說，保持構(gòu)件1610配置成接觸樣本容器11700以限制樣本容器11700相對于儀器1100的部分(例如，檢測器1212)的橫向移動和/或旋轉(zhuǎn)。在一些實施例中，保持構(gòu)件1610可以配置成限制樣本容器11700的周期性移動(例如，振動)。啟動構(gòu)件1636聯(lián)接到致動器1652并且也可移動地聯(lián)接到保持構(gòu)件1610。啟動構(gòu)件1636配置成接合容器11700的第二部分11752，以便將來自試劑體積11742的試劑、例如底物(例如，十三醛)傳送到反應(yīng)體積11732中。致動器1652配置成在第一位置(圖43)、第二位置(圖44)和第三位置(圖45)之間移動啟動構(gòu)件1636。也就是說，致動器1652配置成相對于儀器1100和/或保持構(gòu)件1610來移動啟動構(gòu)件1636。當(dāng)啟動構(gòu)件1636處于第一位置時，保持構(gòu)件1610與容器11700的第一部分11733間隔開并且啟動構(gòu)件1636與容器11700的第二部分11752間隔開。以該方式，容器11700可以相對于檢測器1212移動(例如，定位容器等)。當(dāng)啟動構(gòu)件1636處于第二位置(圖44)時保持構(gòu)件1610配置成接觸容器11700的第一部分11733。以該方式，樣本容器11700相對于儀器1100的部分(例如，檢測器)的移動被限制。此外，啟動構(gòu)件1636在第二配置中保持與容器11700中的第二部分11752間隔開。如圖45中所示，當(dāng)組件移動到第二配置時，保持構(gòu)件1610的接合表面1620與包括在啟動構(gòu)件1636中的相應(yīng)表面1644相接觸。表面1644成形/或配置成促使保持構(gòu)件1610的接合表面1612接觸容器11700的第一部分11733。更特別地，如圖44中所示，當(dāng)組件移動到第二配置時，致動器1652在由容器11700的縱向軸線AL限定的第一方向(由箭頭AA顯示)上移動啟動構(gòu)件1636。保持構(gòu)件1610的接合表面1620和啟動構(gòu)件1636的相應(yīng)表面1644的接合導(dǎo)致保持構(gòu)件1610在第二方向上移動，如圖44中的箭頭BB所示。也就是說，啟動構(gòu)件1636接合保持構(gòu)件1610以在垂直于縱向軸線AL并且朝著容器11700的方向上移動保持構(gòu)件1610。如圖44中所示，在第二配置(當(dāng)啟動構(gòu)件1636處于第二位置時)，容器11700布置在外殼1110中和/或與外殼1110的一部分相接觸使得容器11700與檢測器1212分離距離d。距離d限定將在檢測期間保持的信號路徑長度(例如，光路長度)。而且，保持構(gòu)件1610保持容器11700與外殼1110的一部分相接觸，使得容器11700的橫向移動、側(cè)向搖擺或豎直移動被限制和/或消除(例如參見箭頭CC)。保持一致的和可重復(fù)的信號路徑長度可以導(dǎo)致在容器11700的反應(yīng)體積中產(chǎn)生的信號的可重復(fù)和高品質(zhì)的測量。在一些實施例中，儀器1100可以與本文中所述的任何方法結(jié)合使用以檢測由閃光發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生的信號。當(dāng)啟動構(gòu)件1636處于第三位置(對應(yīng)于第三配置)時，啟動構(gòu)件1636與容器11700的第二部分11752接合以將來自試劑體積11742的試劑傳送到反應(yīng)體積11732，如圖45中的箭頭DD所示。在一些實施例中，啟動構(gòu)件1636可以柱塞部分，當(dāng)啟動構(gòu)件1636從第一位置移動到第二位置時，所述柱塞部分配置成接合容器11700并且在容器11700的試劑體積11742內(nèi)移動。更特別地，當(dāng)移動到第三配置(圖45)時，致動器1652進(jìn)一步沿著由箭頭AA顯示的方向移動啟動構(gòu)件1636，使得啟動構(gòu)件1636的柱塞部分接觸容器11700的接合部分11752并且然后移動到試劑體積11743中。當(dāng)啟動構(gòu)件1636從其第二位置移動到其第三位置(即，在試劑體積11742內(nèi))時，它將包含在其中的試劑、例如底物(例如，十三醛)傳送到反應(yīng)體積11732中。試劑流動到樣本S中并且與樣本S相互作用以產(chǎn)生可以由檢測器1212檢測的信號。例如，試劑可以是與存在于樣本溶液中的報告分子熒光素酶相互作用的十三醛。相互作用產(chǎn)生發(fā)光，所述發(fā)光可以由檢測器1212(例如，光電檢測器)檢測。當(dāng)組件從第二配置移動到第三配置時，保持構(gòu)件1610在第三配置中保持與容器11700的第一部分11733接觸。以該方式，當(dāng)容器相對于檢測器1212處于固定位置時，可以是例如底物的試劑可以加入到樣本。如上所述，該布置便于信號的可重復(fù)測量。在一些實施例中，儀器1100也可以包括第二啟動構(gòu)件(未顯示)，其可以配置成接合樣本容器11700的第三部分，從而例如將來自第二試劑體積的第二試劑(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)傳送到反應(yīng)體積中。當(dāng)啟動構(gòu)件1636處于第一位置(即，組件處于第一配置)時，第二啟動構(gòu)件能夠可移動地聯(lián)接到第一啟動構(gòu)件1636，并且可以配置成接觸容器11700的第三部分。因此，在這樣的實施例中，當(dāng)組件處于第一配置時第二啟動構(gòu)件可以移動(例如，通過第二致動器)以傳送第二試劑。在一些實施例中，第二啟動構(gòu)件的至少一部分能夠可移動地布置在第一啟動構(gòu)件1636內(nèi)。在一些實施例中，當(dāng)啟動構(gòu)件1636從第一位置移動到第二位置時保持構(gòu)件1610也可以配置成旋轉(zhuǎn)。在一些實施例中，儀器2100的一部分可以包括保持組件，所述保持組件可以包括一系列夾持器以操縱和/或致動本文中所示和所述類型的容器。例如，現(xiàn)在參考圖46-48，儀器2100包括檢測器2212，保持組件2610，儀器2100，啟動構(gòu)件2636和致動器2652。儀器2100包括在本文中參考圖43-45描述的容器組件11700。然而儀器2100可以用于接收和/或操縱本文中所述的任何其它容器，并且可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200、300或400。如圖43-45中所示，保持組件2610包括第一夾持器2612a和第二夾持器2612b，均配置成接觸容器11700的第一部分11733以限制容器11700的移動。以該方式，保持組件除了其它功能以外可以便于可重復(fù)檢測，如前面參考圖43-45所述。每個夾持器聯(lián)接到偏壓構(gòu)件2622(例如，彈簧)，所述偏壓構(gòu)件配置成將力施加到相應(yīng)的夾持器2612a、2612b以朝著閉合配置推壓夾持器。啟動構(gòu)件2636可移動地聯(lián)接到保持組件2610，并且可操作地聯(lián)接到致動器2652。致動器2652配置成相對于保持組件2610和/或容器11700在第一位置和第二位置之間移動啟動構(gòu)件2636。啟動構(gòu)件包括第一表面2642，當(dāng)啟動構(gòu)件2636處于第一位置時，所述第一表面配置成與保持組件2610的表面接觸以保持第一夾持器2612a和第二夾持器2612b處于打開配置。例如，圖46顯示儀器2100處于第一配置使得啟動構(gòu)件2636處于第一位置并且啟動構(gòu)件2636的表面2642與保持組件2610相接觸，由此保持夾持器2612a、2612b處于打開配置。在第二位置，啟動構(gòu)件2636的第二表面2644配置成接觸保持組件2610的表面，使得偏壓構(gòu)件2622將第一夾持器2612a和第二夾持器2612b推壓成閉合配置。更特別地，當(dāng)朝著第二配置(圖47)移動時，致動器2652將啟動構(gòu)件2636沿著容器11700的縱向軸線的BL在由箭頭FF顯示的方向上從其第一位置移動到其第二位置。啟動構(gòu)件2636的該移動導(dǎo)致保持組件2610與啟動構(gòu)件2636的第二表面2644接觸。在該位置，偏壓構(gòu)件2622推壓夾持器2612a、2612b在如箭頭EE所示的第二方向上移動使得夾持器2612a、2612b接觸容器11700的第一部分11733。在一些實施例中，啟動構(gòu)件2636從第一位置到第二位置的移動也會導(dǎo)致夾持器朝著容器11700旋轉(zhuǎn)。啟動構(gòu)件2636配置成接合容器11700的第二部分11752并且將來自試劑體積11742的試劑、例如底物(例如，十三醛)傳送到反應(yīng)室11732中。更特別地，當(dāng)朝著第三配置移動時，如圖48中所示，致動器2652可以繼續(xù)在由箭頭FF顯示的方向上移動啟動構(gòu)件2636，直到啟動構(gòu)件2636的柱塞部分2638接觸容器11700的第二部分11752，并且從第一位置移動到容器11700的試劑體積11742內(nèi)的第二位置。柱塞部分2638因此可以將布置在試劑體積中的試劑、例如底物(例如，十三醛)傳到反應(yīng)體積11732中。底物可以與包括在布置在反應(yīng)體積11732中的樣本S中的報告分子(例如，熒光素酶)反應(yīng)以產(chǎn)生信號，例如，可以由檢測器2212檢測的發(fā)光。如圖所示，夾持器2612a、2612b在第三配置中保持接觸或以另外方式接合、抓握、夾緊或固定容器11700。這防止容器11700的橫向移動、側(cè)向搖擺或豎直移動，如箭頭GG所示，并且保持離檢測器2212的一致的信號路徑長度d，如上所述。如圖所示，容器組件11700的保持和致動(例如，頂入)使用單個致動器實現(xiàn)，并且保持組件2610和啟動構(gòu)件2636協(xié)同地配置成使得試劑不能傳送到樣本容器11700中，除非樣本容器11700處于用于檢測操作的期望位置。在一些實施例中，器械可以包括檢測器組件，所述檢測器組件可以包括用于接收樣本容器的外殼和配置成最小化背景光、便于信號檢測的校準(zhǔn)等的閘門。例如，如圖49-50中所示，儀器可以包括檢測器組件3200。檢測器組件3200包括外殼3202，檢測器3212和閘門3230。檢測器組件3200配置成接收容器12700以分析在其中產(chǎn)生的信號。這樣的信號可以由本文中所述的任何方法產(chǎn)生，例如，由底物和報告分子的相互作用產(chǎn)生。在一些實施例中，信號可以由閃光發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生。檢測器組件3200可以配置成接收任何其它容器，例如，容器1700或本文中所述的任何其它容器，并且可以用于執(zhí)行本文中所述的任何方法，例如，方法150、200、300或400。如圖所示，外殼3202限定通道3209和檢測體積3234。通道3209配置成接收容器12700或任何其它容器。檢測體積3234配置成將通道3209安置成與檢測器3212連通。外殼3202還包括第一密封表面3206和第二密封表面3207。在使用中，當(dāng)容器12700的第二部分12732布置在檢測體積3234內(nèi)時容器12700的第一部分12733和第一密封面12733將檢測體積3234與在外殼3202外部的體積隔離(例如參見圖50)。以該方式，當(dāng)容器12700定位在通道3209內(nèi)以便檢測包含在其中的樣本時，容器12700的第一部分12733和第一密封表面12733可以消除和/或限制檢測體積3234內(nèi)的背景噪聲(例如，環(huán)境光)的量。閘門3230布置在外殼3209內(nèi)。閘門3230可以在第一閘門位置(圖49)和第二閘門位置(圖50)之間可移動。當(dāng)閘門處于第一閘門位置(即，組件的第一配置)時，閘門3230處于第一位置使得外殼3202的第二密封表面3207和閘門的密封表面3231相接觸并且將檢測體積3234與通道3209隔離。在一些實施例中，第一密封表面3206可以是墊圈。以該方式，當(dāng)處于第一配置時，沒有背景信號(例如，光)可以進(jìn)入檢測體積3232。因此，當(dāng)處于第一配置時，檢測器3212可以被校準(zhǔn)和/或背景信號可以被檢測以便隨后用于處理信號數(shù)據(jù)。如圖50中所示，閘門3230可以移動到第二閘門位置使得外殼3202的通道3209與檢測體積3234連通。當(dāng)閘門處于第二閘門位置時，外殼3202的通道3209與檢測體積3234連通。更特別地，在一些實施例中，閘門3230包括啟動表面，所述啟動表面配置成由容器12700的第二部分12735接合使得當(dāng)容器12700在通道3209內(nèi)移動時閘門3230可從第一位置移動到第二位置(圖50)。以該方式，當(dāng)容器12700的第二部分12735被安置成與檢測體積3234連通時，閘門3230移動。換句話說，在一些實施例中，當(dāng)容器12700的第二端部部分12735在檢測體積3234的外部的通道3209內(nèi)時，閘門3230可以處于第一閘門位置，并且當(dāng)容器12700的第二端部部分12735布置在檢測體積3234內(nèi)時，閘門3230可以處于第二閘門位置。如圖49中所示，容器12700可以從第一位置向下(或朝遠(yuǎn)側(cè))移動到通道3209中使得容器12700的第二端部部分12735接觸閘門3230以將閘門3230從第一閘門位置推壓到第二閘門位置，如箭頭GG所示。在一些實施例中，閘門3230可以斜坡，當(dāng)容器12700的第二部分12735在通道3209內(nèi)朝著檢測體積3234移動以朝著第二閘門位置移動閘門3230時所述斜坡配置成接合容器12700的第二部分12735。在一些實施例中，閘門3230可以配置成在外殼3202內(nèi)在偏離通道3209的縱向軸線的方向上平移。在一些實施例中，檢測器組件2200也可以包括配置成朝著第一閘門位置推壓閘門3230的偏壓構(gòu)件。在一些實施例中，閘門3230可以限定校準(zhǔn)端口(未顯示)。當(dāng)閘門3230處于第一位置時，校準(zhǔn)端口可以對準(zhǔn)和/或配置成將校準(zhǔn)光源安置成與檢測體積3234連通從而例如校準(zhǔn)檢測器3212。當(dāng)閘門3230處于第二位置時，校準(zhǔn)端口可以與檢測體積3234隔離，由此防止從檢測體積的任何信號泄漏和/或防止環(huán)境光進(jìn)入檢測體積。在一些實施例中，檢測器組件(例如，檢測器組件3200或本文中所述的任何其它檢測器組件)可以包括外殼，所述外殼限定配置成接收樣本容器的通道。外殼也可以限定密封表面和配置成將通道安置為與檢測器連通的檢測體積。檢測器組件還可以包括閘門(例如，閘門3230或本文中所述的任何其它閘門)，所述閘門具有在第一閘門位置和第二閘門位置之間可移動地布置在外殼內(nèi)的一部分。閘門可以包括密封表面和致動部分，當(dāng)容器的遠(yuǎn)端部分朝著檢測體積移動時所述致動部分配置成接合樣本容器的遠(yuǎn)端部分以將閘門從第一閘門位置移動到第二閘門位置。當(dāng)閘門處于第一閘門位置時閘門的密封表面和外殼的密封表面可以配置成將檢測體積與外殼的通道隔離，而當(dāng)閘門處于第二閘門位置時外殼的通道可以與檢測體積連通。在一些實施例中，檢測器組件(例如，檢測器組件3200或本文中所述的任何其它檢測器組件)可以包括外殼，所述外殼限定配置成接收樣本容器的通道。外殼也限定配置成將通道安置為與檢測器連通的檢測體積，并且還包括密封表面。檢測器組件也可以包括閘門(例如，閘門3230或本文中所述的任何其它閘門)，閘門限定配置成接收校準(zhǔn)光源的校準(zhǔn)端口。閘門可以在第一閘門位置和第二閘門位置之間可移動地布置在外殼內(nèi)，使得當(dāng)閘門處于第一閘門位置時閘門的密封表面和外殼的密封表面配置成將檢測體積與外殼的通道隔離。此外，在第一閘門位置，校準(zhǔn)端口可以與檢測體積連通。閘門可以配置成使得當(dāng)閘門處于第二閘門位置時外殼的通道可以與檢測體積連通并且校準(zhǔn)端口可以與檢測體積隔離?，F(xiàn)在參考圖51-95，儀器11000可以包括外殼11100，加熱器組件11400，驅(qū)動組件11500，操縱器組件11600，和檢測器組件11200。外殼11100配置成容納、包含和/或提供安裝如本文中所述的儀器11000的部件和/或組件的每一個。加熱器組件11400配置成接收容器(例如，容器組件3700，如本文中所述)，并且加熱包含在其中的樣本。也就是說，加熱器組件11400配置成將包含靶細(xì)胞的樣本保持在預(yù)定溫度下并且持續(xù)期望時期(例如，處于或高于室溫、25攝氏度或37攝氏度，持續(xù)大約2小時或4小時，如本文中所述)。驅(qū)動組件11500配置成在外殼11100內(nèi)的3維空間中驅(qū)動、轉(zhuǎn)移和/或移動操縱器組件11600(和與其聯(lián)接的容器組件3700)。換句話說，驅(qū)動組件11500可以在外殼11100內(nèi)在X、Y和/或Z方向上移動操縱器組件11600。操縱器組件11600配置成操縱、夾持和/或致動外殼11100內(nèi)的容器(例如，容器組件3700)。例如，操縱器組件11600配置成可釋放地聯(lián)接、接合、保持、鎖定和/或固定容器組件3700以將容器從外殼11100內(nèi)的第一位置轉(zhuǎn)移到第二位置。也就是說，操縱器組件11600和操縱器組件11600共同配置成在第一子組件和另一組件之間轉(zhuǎn)移容器組件3700，和/或致動容器組件3700的致動機(jī)構(gòu)以將試劑和/或溶液從容器組件3700的一個部分轉(zhuǎn)移到另一部分。檢測器組件11200配置成檢測來自容器組件3700的至少一部分內(nèi)的信號(例如，發(fā)光)。被檢測信號可以由在容器的反應(yīng)室內(nèi)發(fā)生的化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生，例如，報告分子(例如，熒光素酶)和底物(例如，十三醛)的相互作用。下面進(jìn)一步詳細(xì)地描述這些組件的每一個，接著描述可以由儀器11000執(zhí)行的各種方法。盡管儀器11000顯示和描述為操縱和/或致動容器組件3700，但是儀器11000可以接收、操縱和/或致動本文中所述的任何容器組件。如圖51-54中所示，外殼11100限定內(nèi)部體積以容納、包含和/或安裝儀器11000的子組件。外殼11100可以由任何合適的剛性、重量輕和結(jié)實的材料形成。示例性材料包括聚四氟乙烯，高密度聚乙烯，聚碳酸酯，其它塑料，丙烯酸樹脂，諸如鋁的金屬板，任何其它合適的材料，或它們的組合。外殼可以是相對平滑的并且無銳緣。外殼包括側(cè)壁11102，蓋11104和前面板11106。蓋11104可樞轉(zhuǎn)地安裝在側(cè)壁11102上，并且可以圍繞其樞軸安裝件從外殼11100閉合的第一位置旋轉(zhuǎn)到外殼11100打開的第二位置，從而例如允許接近布置在外殼11100內(nèi)的子組件。前面板11106限定第一開口11108和第二開口11110。第一開口11108和第二開口11110配置成可移除地接收一系列盒11300(例如，1、2、3、4乃至更多；參見圖52)，如本文所述。每個盒11300可以包含和/或保持一系列容器組件，例如，容器組件3700。第一開口11108可以配置成裝載區(qū)域，即配置成可移除地接收具有布置在其中的一系列容器組件3700的一系列盒11300。一系列容器可以包括用于根據(jù)本文中所示和所述的方法分析的樣本。特別地，容器可以包括篩查靶細(xì)胞(例如，MRSA)的存在的樣本。第二開口11110配置成卸載區(qū)域，即配置成可去除接收具有布置在其中的容器的一系列盒11300，容器容納已經(jīng)由儀器分析的樣本，例如，使用儀器11000的任何子組件和本文中所述的方法(例如，方法400)分析細(xì)菌的存在。外殼11100包括位于外殼11100的后側(cè)的接口11112。接口11112包括例如用于將電力傳到儀器11000的電插頭11122。接口11112也包括通信接口11124，從而例如允許經(jīng)由局域網(wǎng)(LAN)、廣域網(wǎng)(WAN)和/或互聯(lián)網(wǎng)與外部設(shè)備(例如，本地計算機(jī)、遠(yuǎn)程計算機(jī)和/或?qū)嶒炇倚畔⑾到y(tǒng)1900)通信。通信接口11124可以是硬線接口，例如，DSL和/或RJ45。外殼11110也包括后壁上的通氣口11114，其配置成允許排出空氣，例如，由于通過儀器11000的子組件的操作生成的熱加熱的空氣。在一些實施例中，通氣口11114可以包括風(fēng)扇以產(chǎn)生具有增加速度的廢氣從儀器11000的流動，從而例如允許儀器的快速冷卻。外殼11100還包括在底表面上的一系列緩沖器(例如，四、五或六)，其配置成提供儀器11000緩沖就座在表面上。緩沖器可以由振動吸收和高摩擦材料(例如，橡膠)制造，并且可以配置成吸收儀器11000的任何振動(例如，由驅(qū)動組件11500的移動導(dǎo)致)，和/或防止儀器11000從在其所放置的表面上滑動。圖55-57從各種角度顯示儀器11000的透視圖，其中外殼11100被去除，從而更清楚地顯示內(nèi)部組件和子組件。儀器11000包括基板11118，所述基板配置成提供安裝件以便聯(lián)接儀器11000的部件和子組件?，F(xiàn)在也參考圖58，儀器包括安裝在基板11118上的電源11120。電源11120可以是本領(lǐng)域中公知的任何商業(yè)上可獲得的電源。電源11120配置成接收來自電插頭11122的電力，例如，在60Hz下的110V或在50Hz下的220V，并且將其轉(zhuǎn)換成儀器的子組件可使用的電力，例如，使電壓降壓，使電壓升壓，控制電流等。現(xiàn)在也參考圖59，儀器11000包括處理器11126，所述處理器例如經(jīng)由拉鏈帶聯(lián)接到框架11127，并且經(jīng)由框架11127布置在基板11118上。處理器11126可以配置成控制包括在儀器11000中的各種子組件的操作。例如，處理器11126可以是計算機(jī)，可編程邏輯芯片(PLC)，微處理器，ASIC芯片，ARM芯片，和/或它們的組合。在一些實施例中，處理器11126可以包括算法或軟件，其可以包括用于操作儀器11000的子組件(例如，加熱器組件11400，驅(qū)動組件11500，操縱器組件11600，檢測器組件11200，和/或包括在儀器11000中的任何其它部件)的指令。在一些實施例中，處理器11126也可以是可編程的，例如，配置成接受來自用戶的指令，例如儀器11000的操作參數(shù)。在一些實施例中，處理器11126也可以包括存儲器，從而例如存儲狀態(tài)和/或任何其它信息(例如，被分析的容器，陽性樣本，陰性樣本)或指令?，F(xiàn)在也參考圖60，儀器11000也包括通信模塊11128，所述通信模塊例如經(jīng)由拉鏈帶聯(lián)接到安裝件11129并且布置在基板11118上。通信模塊11128配置成將信息從處理器11126傳到外部設(shè)備，例如，實驗室信息系統(tǒng)(LIS)，遠(yuǎn)程計算機(jī)，智能手機(jī)應(yīng)用程序和/或遠(yuǎn)程服務(wù)器。在一些實施例中，通信模塊11128也可以配置成接收指令以便于執(zhí)行本文中所述的方法。通信模塊11128可以使用標(biāo)準(zhǔn)通信協(xié)議和/或與其兼容，例如，USB，火線，ZigBee，低功率和/或任何其它通信設(shè)備。如圖61-63中所示，儀器11000包括安裝在基板11118上的一系列盒接收器11350。每個盒接收器11350配置成可移除地接收盒11300。圖55-57顯示一系列盒11300處于第一配置，使得一系列盒11300聯(lián)接到一系列盒接收器11350，并且基本上布置在儀器11000的外殼11100的內(nèi)部。圖61顯示處于第二配置的一系列盒11300，其中一系列盒11300從相應(yīng)的盒接收器11350斷開，并且基本上布置在儀器11000的外殼11100的外部。盡管一系列盒11300可以包括“裝載”和“卸載”盒11300，如圖所示，但是盒11300基本上彼此類似并且可以可互換使用。在其它實施例中，儀器可以包括用于裝載(例如，輸入)容器組件和卸載(例如，輸出)容器組件的不同盒。每個盒11300包括近端11302和遠(yuǎn)端11301。遠(yuǎn)端11301配置成接合并且可逆地聯(lián)接到盒接收器11350。近端11302配置成允許用戶操縱盒11300(例如，裝載或卸載盒11300)，如本文中所述。圖62顯示盒11300的透視圖。盒11300可以由重量輕和剛性材料(例如，塑料)形成，并且可以具有平滑的和相對沒有銳緣的表面。盒11300限定一系列的配置成可移除地接收容器的至少一部分(例如，容器組件3700的反應(yīng)室3732，或本文中所述的任何其它容器)的接受器11304。如本文中所示，盒11300包括十二個接受器11304。然而在其它實施例中，盒11300可以包括1，2，4，6，8，10，14，16或更高數(shù)量的接受器11304。一系列接受器11304的每一個可以成形為和尺寸確定成以緊公差接收容器的反應(yīng)室(例如，容器組件3700的反應(yīng)室3732，或本文中所述的任何其它容器)。以該方式，盒11300和接受器11304可以限制容器的橫向移動。此外，一系列接受器中的接受器11304可具有一定深度使得這樣的試劑模塊(例如，容器組件3700的試劑模塊3740，或本文中所述的任何其它容器)基本上布置在接受器11304的外部。以該方式容器組件的至少一部分可以暴露和/或可接近以由操縱器組件11600操縱。一系列接受器11304的每一個也包括沿著接受器11306的側(cè)壁的至少一部分的狹槽11306。在一些實施例中，狹槽11306可以配置成允許用戶接近布置在接受器11304內(nèi)的容器的反應(yīng)室(例如，反應(yīng)腔室3732)的側(cè)壁，從而例如便于從接受器11304去除容器。在其它實施例中，狹槽11306可以配置成允許接受器11304內(nèi)的容器組件的光學(xué)監(jiān)測和/或識別(例如，經(jīng)由標(biāo)簽)。盒11300的近端11302包括臂11308，所述臂配置成由使用者接合，從而例如便于從儀器11000裝載/卸載盒11300。臂11308可以具有人體工學(xué)形狀，從而例如最小化對操縱盒11300的用戶的物理應(yīng)力。盒11300包括凹陷11310，所述凹陷沿著盒的整個長度從近端11302延伸到遠(yuǎn)端11301。凹陷可以成形為和尺寸確定成由盒接收器11350的導(dǎo)軌11352可滑動地接收，如本文中所述。盒11300的遠(yuǎn)端11301也包括突出部11312。突出部11312配置成從近端11312突出并且與盒接收器11350的傳感器11362接口，如本文中所述。圖63顯示包括在儀器11000中的盒接收器11350的透視圖。盒接收器11350可以例如經(jīng)由螺釘、螺栓、鉚釘?shù)壤喂痰匕惭b在基板11118上。盒接收器可以由重量輕、剛性和耐磨材料(例如，諸如鋁的金屬)形成。盒接收器11350包括導(dǎo)軌11352，所述導(dǎo)軌配置成滑動到盒11300的凹陷11310中，使得盒11300可以由盒接收器11350可滑動地接收和/或聯(lián)接到盒接收器。盒接收器11350包括閂鎖11354，所述閂鎖可以至少部分地布置在導(dǎo)軌11352中的開口中。閂鎖11354包括第一部分11355，所述第一部分配置成接合包括在盒11300的凹陷11310中的槽口11314(圖64)以將盒11300鎖定、保持和/或固定到盒接收器11350。閂鎖11354包括第二部分11356，所述第二部分安裝在包括在盒接收器11350中的致動器11360的軸11361上。彈簧11358也安裝在軸11361上。彈簧11358聯(lián)接到閂鎖11354并且可操作以推壓閂鎖11354以鎖定和/或接合盒11300，如本文中所述。彈簧11358可以是例如張力彈簧，例如，螺旋張力彈簧。盒接收器11350包括傳感器11362。傳感器11362可以是任何合適的傳感器，例如移動傳感器，位置傳感器，光學(xué)傳感器，壓電傳感器，或任何其它合適的傳感器。如上所述，傳感器11362配置成與盒11300的突出部11312接口以確定和/或驗證盒11300的位置，從而例如保證盒11300完全處于第二配置，并且完全聯(lián)接到盒接收器11350。圖64顯示處于第二配置的盒11300的側(cè)橫截面，使得盒11300與盒接收器11350完全聯(lián)接。在第二配置中，盒接收器11350的導(dǎo)軌11352基本上布置到凹陷11310中，并且閂鎖11354的第一部分11355插入包括在盒11300的凹陷11310中的槽口11314中。閂鎖11354可樞轉(zhuǎn)地安裝在銷11364上，使得閂鎖11354可以圍繞銷11364從第一位置樞轉(zhuǎn)到第二位置。在第一位置，閂鎖11354的第一部分11355的至少一部分在槽口11314的內(nèi)部。在第二位置第一部分11355在槽口11355的外部。彈簧11358聯(lián)接到閂鎖11354的第二部分11356，并且可操作以將閂鎖11354推壓到第一位置。在使用中，通過沿著導(dǎo)軌11352滑動盒直到盒11300的近端11301接觸閂鎖11354的第一部分11355，盒11300可以裝載到儀器11000中。閂鎖11354的第一部分11355具有錐形表面，使得盒11300的近側(cè)部分11301的邊緣(例如，倒角或錐形邊緣)沿著閂鎖11354的第一部分11355的錐形表面滑動，推壓閂鎖11354從第一位置樞轉(zhuǎn)到第二位置。當(dāng)盒11300沿著導(dǎo)軌11352朝著第二配置進(jìn)一步移動時，閂鎖11354的第一部分11355遇到槽口11314。彈簧11358現(xiàn)在推壓閂鎖11354圍繞銷11364樞轉(zhuǎn)并且向后移動到第一位置使得閂鎖11354的第一部分11355在槽口11314的內(nèi)部并且盒11300被鎖定在第二配置。在第二配置中，突出部11312接合傳感器11362，如上所述。在一些實施例中，傳感器11362產(chǎn)生指示盒11300完全聯(lián)接到盒接收器11350的信號。傳感器11362可以將驗證盒11300的位置的信息傳到處理器11126和/或用戶，例如，使用音頻(例如，嗶嗶聲)、視覺(例如，指示燈)和/或觸覺警報。致動器11360配置成將閂鎖11354從第一位置推壓到第二位置以釋放盒11300以便從儀器去除。例如，用戶可以致動致動器11360和/或致動器11360可以配置成在指定時期之后致動，使得軸11361朝著盒11300的近端11302延伸。這導(dǎo)致閂鎖11354圍繞銷11364從第一位置樞轉(zhuǎn)到第二位置，使盒11300不再由閂鎖11354固定并且可以從盒接收器11350可滑動地去除。如圖55-57中所示，儀器11000包括加熱器組件11400，其配置成接收一系列容器，例如，容器組件3700和/或本文中所述的任何其它容器。加熱器組件11400配置成根據(jù)本文中所述的任何方法加熱和/或保持其中的容器組件的溫度?，F(xiàn)在也參考圖65-67，加熱器組件11400包括配置成容納一系列加熱塊11420的外殼11410。外殼11410由剛性和隔熱材料(例如，厚不銹鋼，其它金屬，聚合物)形成。外殼11410可以包括耐熱材料(例如，云母)的襯墊或任何其它隔熱裝置。外殼11410限定一系列腔11412，每個腔尺寸確定成和成形為以緊公差接收加熱塊11420。加熱塊11420可以由導(dǎo)熱、剛性和耐磨材料(例如，陽極氧化鋁)形成。加熱塊11420限定一系列接受器11422，每個接受器成形為和尺寸確定成接收容器的至少一部分(例如，容器組件3700的反應(yīng)室3732，或本文中所述的任何其它容器)。例如，容器可以由操縱器組件11600布置在一系列加熱塊11420中的任何一個的一系列接受器11422中的任何一個上，所述操縱器組件由驅(qū)動組件11500驅(qū)動和/或定位，如本文中所述。每個加熱塊11420包括布置在加熱塊11420的底表面上的加熱元件11424。在一些實施例中，加熱元件11424可以是微型加熱器，例如，陶瓷板加熱器。在一些實施例中，加熱元件11424可以是電線，其使電流通過加熱塊11420以使用電能加熱(即，電阻加熱)加熱塊11420。每個加熱塊11420也包括布置在加熱塊11420的主體內(nèi)的溫度傳感器11426(例如，熱電偶)。溫度傳感器11426直接地或通過儀器11000的處理單元(未顯示)與加熱元件11420電連通。以該方式，可以停用和/或控制加熱元件11424以限制對加熱塊11420的加熱，例如，當(dāng)傳感器的溫度超過預(yù)定溫度水平時。以該方式，可以根據(jù)本文中公開的方法控制加熱塊11424和布置在其中的樣本的溫度。如圖55-57中所示，儀器11000包括驅(qū)動組件11500，其配置成例如通過操縱器組件11600輸送容器或與其聯(lián)接的組件，如本文中所述。例如，操縱器組件11600可以聯(lián)接到容器，并且驅(qū)動組件11500可以配置成允許容器從外殼11100內(nèi)的第一位置輸送到第二位置，例如，從裝載盒11300輸送到加熱器組件11400，從加熱器組件11400輸送到檢測器11200，從檢測器11200輸送到卸載盒11300，和/或其內(nèi)的任何其它位置。現(xiàn)在也參考圖68-71，驅(qū)動組件11500包括驅(qū)動組件11500的部件安裝在其上的支撐件11502，例如，框架或底盤。支撐件11502牢固地安裝在基板11118，上并且可以配置成吸收由驅(qū)動組件11500的移動導(dǎo)致的任何振動。支撐件包括相對于儀器11000的X軸沿著X軸定向的第一部段11503a，如箭頭XX所示，和相對于儀器11000沿著Y軸定向的第二部段11503b，如箭頭YY所示。第二部段11503b可移動地布置在第一部段11503a上和/或經(jīng)由第二引導(dǎo)塊11520聯(lián)接到第一部段。驅(qū)動組件11500包括布置在第一部段11503a上的第一致動器11504a，布置在第二部段11503b上的第二致動器11504b，和安裝在框架11512上的第三致動器11504c。第一致動器11504a和第二致動器11504b配置成分別在X和Y方向上驅(qū)動框架11512和布置在安裝件11514上的任何子組件(例如，操縱器組件11600)，如本文中所述。第三致動器11504c配置成相對于儀器11000在Z方向上驅(qū)動安裝件11514和安裝在其上的任何子組件(例如，操縱器組件11600)，如箭頭ZZ所示。致動器可以基本上彼此類似，并且可以包括例如步進(jìn)馬達(dá)，其配置成每步(例如，致動器11504a、11504b和/或11504c的旋轉(zhuǎn)的每個部分)驅(qū)動框架11512和/或安裝件11514固定距離。第一個致動器11504a和第二致動器11504b包括安裝在致動器11504a、11504b的每一個上的第一圓盤11506。第二圓盤11508(圖70)布置在支撐件11502的第一部段11503a和第二部段11503b的每一個上。皮帶11510以拉緊方式環(huán)繞第一圓盤11506和第二圓盤11508，使得由致動器11504a/b導(dǎo)致的圓盤11506的旋轉(zhuǎn)促使皮帶11510沿其長度在第二圓盤11508上被驅(qū)動(或旋轉(zhuǎn))。皮帶11510可以是例如橡膠皮帶、塑料皮帶或聚合物皮帶，并且可以包括在接觸圓盤11506和11508的表面上的凹槽，從而例如提供皮帶的摩擦和/或無滑動平移。聯(lián)接到第一致動器11504a的皮帶11510可操作地聯(lián)接到安裝在第一導(dǎo)軌11518上的第一引導(dǎo)塊11516。皮帶11510配置成使得由第一致動器11504a導(dǎo)致的皮帶11510的平移推壓第一引導(dǎo)塊11516和安裝在其上的支撐件11502的第二部部段11503b沿著導(dǎo)軌11518在X方向上可滑動地平移。類似地，第二致動器11504b也包括布置在圓盤11506上的皮帶11510，所述皮帶聯(lián)接到布置在框架11512上的第二圓盤11508?？蚣?1512聯(lián)接到第二引導(dǎo)塊11520。第二引導(dǎo)塊11520安裝在第二導(dǎo)軌11522上。通過第二致動器11504b驅(qū)動皮帶11510沿著第二導(dǎo)軌11522可滑動地驅(qū)動框架11512和第二引導(dǎo)塊11520。以該方式，由第一致動器11504a的致動導(dǎo)致的沿著X軸的支撐件11502的第二部段11503的平移與由致動器11504b導(dǎo)致的沿著Y軸的框架11512的平移的組合可以將框架驅(qū)動到儀器11000內(nèi)的X-Y平面中的任何位置。框架11512聯(lián)接到可滑動地布置在第一鏈條引導(dǎo)件11526a中的第一鏈條11524a，所述第一鏈條引導(dǎo)件布置在第一部段11503a上或者聯(lián)接到第一部段。第二鏈條11524b也聯(lián)接到框架11512，并且可滑動地布置在第二鏈條引導(dǎo)件11526b中，所述第二鏈條引導(dǎo)件布置在第二部段11503b上或者聯(lián)接到第二部段。鏈條11524a/b配置成以對應(yīng)于框架11512的X-Y位移的緊公差沿著鏈條引導(dǎo)件11526a/b滑動，使得鏈條防止框架11512的任何橫向移動，從而例如保證框架11512的精確位移。如本文中所述，第三致動器11504c布置在框架11512上并且包括聯(lián)接到致動器11504c的第一圓盤11528a。皮帶11530聯(lián)接到第一圓盤11528，使得皮帶11530環(huán)繞在第一圓盤11528a和第二圓盤11528b上。第二圓盤11528b聯(lián)接到包括在框架11512中的導(dǎo)螺桿11532。皮帶11530可以基本上類似于11510。導(dǎo)螺桿11532具有安裝在導(dǎo)螺桿11532的螺紋上的螺母11534。螺母聯(lián)接到安裝件11514。第三致動器11504c配置成旋轉(zhuǎn)第一圓盤11528a，所述第一圓盤推壓皮帶11530平移，因此旋轉(zhuǎn)第二圓盤11528b。第二圓盤11528b的旋轉(zhuǎn)使導(dǎo)螺桿11532旋轉(zhuǎn)，所述導(dǎo)螺桿推壓螺母11534沿著導(dǎo)螺桿11532的長度在Z方向上從第一位置(圖70)移動到第二位置(圖71)。螺母11534的位移也導(dǎo)致聯(lián)接到螺母11534的安裝件11514和安裝在其上任何子組件(例如，操縱器組件11600)在Z方向上從第一位置移動到第二位置。安裝件11514也聯(lián)接到可滑動地安裝在第三導(dǎo)軌11538上的第三引導(dǎo)塊11536，使得安裝件11514在Z方向上的位移由第三引導(dǎo)塊11536和第三導(dǎo)軌11538引導(dǎo)，從而例如防止安裝件11514圍繞由導(dǎo)螺桿11512限定的縱向軸線的任何徑向移動。驅(qū)動組件11500包括安裝在第一部段11503a、第二部段11503b和框架11512的每一個上的傳感器11540。傳感器11540可以是位置傳感器，例如，光學(xué)傳感器，移動傳感器，壓電傳感器，或任何合適的傳感器。傳感器11540可以配置成檢測第二部段11503b和框架11512的位置，從而例如防止會損壞驅(qū)動組件和/或?qū)е略黾幽p的超程。如圖57和圖72中所示，儀器11000也包括用于控制致動器11504a/b/c的電路11500。電路11500可以是用于控制致動器11504a/b/c的任何商業(yè)上可獲得的電路，例如，步進(jìn)馬達(dá)控制器電路控制。如圖55-57中所示，儀器包括布置在包括在驅(qū)動組件11500中的安裝件11514上的操縱器組件11600。操縱器組件11600配置成抓握、保持、夾緊、接觸、接合和/或以另外方式固定容器(例如，容器組件3700)，如本文中所述。例如，操縱器組件11600可以配置成可釋放地接合和/或夾持容器和/或接合包括在容器(例如，容器組件3700)中的一個或多個致動器。現(xiàn)在參考圖73-84，操縱器組件11600包括鉸接子組件11610，柱塞子組件11630和致動器子組件11650。鉸接子組件11610配置成可釋放地接觸、抓握或以另外方式固定容器(例如，容器組件3700)。例如，鉸接子組件11610可以配置成固定或抓握布置在第一位置的容器(例如，裝載盒11300)。鉸接子組件11601可以在通過驅(qū)動組件11500從第一位置輸送到儀器11000內(nèi)的第二位置期間連續(xù)地固定容器。位置的這樣的變化可以包括將容器組件從裝載盒11300移動到加熱器組件11400，從加熱器組件11400移動到檢測器組件11200和/或從檢測器組件11200移動到卸載盒11300。柱塞子組件11630配置成接觸、接合或以另外方式操縱容器中的一個或多個致動器(例如，包括在容器組件3700中的致動器3750和/或3760)促使一個致動器和/或多個致動器將來自試劑體積的試劑(例如，生物或非生物載體，例如本文中所示和所述類型的轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)和/或底物(例如，十三醛)傳到容器的反應(yīng)室中，如本文中所述。致動器子組件11650配置成接合或操縱柱塞子組件11630，例如，操縱柱塞組件11630的內(nèi)柱塞11632和/或外柱塞11636，如本文中所述。致動器子組件11650也可以配置成接合或操縱鉸接子組件11610，從而例如操縱或以另外方式促使鉸接子組件11610固定或釋放容器(例如，容器組件3700)，如本文中所述。也就是說，致動器子組件11650可以用單個致動器導(dǎo)致操縱器組件11600夾持和/或固定容器，并且致動容器。如圖74-75中所示，鉸接子組件11600包括聯(lián)接或安裝在一組夾持器基座11614上的一組夾持器11612。如圖所示兩個夾持器11612聯(lián)接到單個夾持器基座11614。在一些實施例中，每個夾持器基座11614可以包括兩個以上的夾持器11612，例如，三個或四個。夾持器11612配置為長形、銷狀構(gòu)件，其可以由結(jié)實的和剛性的材料(例如，諸如不銹鋼的金屬)形成。在一些實施例中，夾持器11612可以包括表面，所述表面可以具有高摩擦以便接觸、抓握或以另外方式固定容器(例如，容器組件3700)。例如，夾持器11612的表面可以包括凹槽，磨損，橡膠涂層，軟塑料和/或橡膠化碳。每個夾持器基座11614限定凹槽(或通道)11615，其配置成允許包括在柱塞組件11630中的外柱塞11636的柱塞部分11637在凹槽11615之間的區(qū)域內(nèi)移動，而不接觸限定凹槽11615的側(cè)壁。每個夾持器基座11614通過任何合適的機(jī)構(gòu)聯(lián)接到側(cè)板11616。側(cè)板11616可樞轉(zhuǎn)地聯(lián)接到包括在致動器組件11650中的致動器安裝件11654，如本文中所述。側(cè)板配置成圍繞它們的安裝件相對于柱塞組件11630樞轉(zhuǎn)或鉸接以將鉸接組件11610從第一配置推壓到第二配置。在第一(或閉合)配置中一組夾持器11612處于閉合位置以選擇性地接合、夾持、抓握或以另外方式固定容器(例如，容器組件3700)。在第二(或打開)配置中該組夾持器11612遠(yuǎn)離彼此，從而例如斷開或釋放容器。一組引導(dǎo)輪11620布置在該組側(cè)板11616的每一個的側(cè)壁上，例如安裝在銷、螺栓、螺釘?shù)壬?。在某些條件下，該組引導(dǎo)輪11620配置成鄰近但不接觸或相接觸包括在柱塞組件11630中的一組引導(dǎo)構(gòu)件11640的側(cè)壁的一部分，如本文中所述。引導(dǎo)構(gòu)件11640配置成將側(cè)板11616并且因此將鉸接組件11610從第一配置推壓到第二配置，如本文中所述。側(cè)板11616聯(lián)接到一組壓縮板11618。壓縮板11618與經(jīng)由銷安裝到致動器安裝件11654的一組彈簧11622壓力接觸。該組壓縮板11618配置成隨著該組側(cè)板11616的樞轉(zhuǎn)移動成角度地移位，使得當(dāng)鉸接組件11610處于第二配置時該組壓縮板11618接合該組彈簧11622，從而例如壓縮彈簧11622。因此壓縮板11618配置成將鉸接組件11610從第二配置推壓到第一配置，從而例如抓握或固定容器(例如，容器組件3700或本文中所述的任何其它容器)。彈簧11622配置成控制由夾持器11612施加到容器的力的大小，從而例如防止容器的破碎。該組側(cè)板11616中的至少一個可以配置成接合位置傳感器11662a，例如，光學(xué)傳感器，移動傳感器，壓電傳感器，或任何其它合適的傳感器。傳感器11662a聯(lián)接到安裝在致動器安裝件11654的表面上的傳感器安裝件11664。傳感器11662a可以配置成通知控制系統(tǒng)和/或用戶關(guān)于鉸接組件11610的位置，例如，鉸接組件處于第一個配置(例如，固定、接合或抓握容器)或第二配置(即，斷開或釋放容器)。在一些實施例中，傳感器11662a可以是自導(dǎo)傳感器，其配置成識別鉸接組件11610的原位置。柱塞子組件11630包括內(nèi)柱塞11632和外柱塞11636。如圖所示，內(nèi)柱塞11632也是致動器11652的導(dǎo)螺桿。因此，內(nèi)柱塞11632可以圍繞柱塞組件11630的縱向軸線旋轉(zhuǎn)。內(nèi)柱塞11632可以配置成接合或操縱容器的第一致動器，例如，如本文中所述的容器組件3700的致動器3750。內(nèi)柱塞11632的外表面有螺紋，并且可以螺紋地布置在軸環(huán)11634內(nèi)。軸環(huán)11634配置成在內(nèi)柱塞11632的旋轉(zhuǎn)期間沿著內(nèi)柱塞11632的螺紋移動。軸環(huán)11634還聯(lián)接到外柱塞11636的接合部分11637，使得內(nèi)柱塞11632的旋轉(zhuǎn)導(dǎo)致外柱塞11636的縱向位移。這可以例如允許控制外柱塞11636的速度，其可以用于控制底物輸送到容器的反應(yīng)室中，如本文中所述。外柱塞11636包括接合部分11638，所述接合部分可以配置成接合或操縱容器中的第二致動器(例如，容器組件3700的致動器3760)，如本文中所述。外柱塞11636也包括沿著外柱塞11636的縱向軸線通過其中限定的通道11639。內(nèi)柱塞11632的至少一部分可以布置在通道11639中。一組引導(dǎo)構(gòu)件11640布置在外柱塞11636的側(cè)壁上。該組引導(dǎo)構(gòu)件11640的每一個包括具有第一寬度的第一部段11642，具有大于第一寬度的第二寬度的第二部段11644，以及相對于引導(dǎo)構(gòu)件11640的縱向軸線成角并且將第一部段11642連接到第二部段11644的第三部段11643。柱塞組件11630的至少一部分(例如，軸環(huán)11634，外柱塞11636和引導(dǎo)構(gòu)件11640)配置成沿著由內(nèi)柱塞11632限定的縱向軸線移動。此外，柱塞組件11630配置成接合和或操縱容器(例如，容器組件3700)，所述容器由鉸接組件11610接合、固定或以另外方式抓握，如本文中所述。柱塞組件11630也配置成操縱鉸接組件11610，從而例如將鉸接組件11610從第一配置推壓到第二配置，在所述第一配置中鉸接組件11610正接合、抓握或以另外方式固定容器，在所述第二配置中鉸接組件斷開或釋放容器，如下所述。夾子11646也布置在引導(dǎo)構(gòu)件11640中的一個上(圖75)。夾子11646配置成選擇性地接合傳感器11662b以驗證和/或確定柱塞組件11630的位置。傳感器11662b可以是布置在致動器安裝件11654上的任何合適的傳感器，例如，位置傳感器，移動傳感器，光學(xué)傳感器，壓電傳感器或任何其它合適的傳感器。傳感器11662b可以用于確定柱塞組件11630的位置，從而例如防止柱塞組件11630的超程。致動器子組件11650包括布置在致動器安裝件11654上的致動器11652，例如，步進(jìn)馬達(dá)。致動器安裝件11652限定相應(yīng)的凹陷11656a和11656b。凹陷11656a提供用于致動器11652的至少一部分的安裝座。凹槽11656b限定開口，柱塞組件11630的至少一部分(例如，內(nèi)柱塞11632，軸環(huán)11634和外柱塞)可以移動通過所述開口。致動器安裝件11654還包括布置在致動器安裝件11654的底表面上的一組對準(zhǔn)銷11658。對準(zhǔn)銷11658基本上平行于由柱塞組件11630限定的縱向軸線。每個對準(zhǔn)銷11658的至少一部分布置在包括在軸環(huán)11634中的相應(yīng)通道11659和外柱塞11636的接合部分11637中。以該方式，例如由內(nèi)柱塞11632的旋轉(zhuǎn)導(dǎo)致的柱塞組件11630沿著由柱塞組件11630限定的縱向軸線的位移由對準(zhǔn)銷11658引導(dǎo)，從而例如防止柱塞組件11630的任何旋轉(zhuǎn)或側(cè)向移動。如本文中所述，操縱器組件11600配置成可釋放地接觸、接合或以另外方式固定容器。圖75顯示處于第一配置的操縱器組件11600的側(cè)視圖，其中容器組件3700的外殼3741不由操縱器組件11600接觸、抓握或以另外方式固定。圖75顯示處于第二配置的操縱器組件11600的側(cè)視圖，其中操縱器組件11600正固定或夾持容器組件3700。操縱器組件11600配置成使得夾持器11612僅僅從頂部分(即，試劑模塊3740)固定容器組件3700。這可以允許由檢測器11200或本文中所述的任何其它檢測器進(jìn)行的容器組件3700的底部讀取。如圖75中所示，當(dāng)處于第一配置時，致動器11652已旋轉(zhuǎn)內(nèi)柱塞11632以沿著內(nèi)柱塞11632的長度在朝著致動器11652的方向上移動聯(lián)接到內(nèi)柱塞11632的軸環(huán)11634。以該方式，當(dāng)處于第一配置時軸環(huán)11634、軸環(huán)11634的至少一部分和/或聯(lián)接到軸環(huán)11634的外柱塞11636在由致動器安裝件11654的凹陷11656b限定的開口內(nèi)。而且，柱塞組件11630相對于致動器組件11650的位置(即，處于向上位置)使得引導(dǎo)構(gòu)件11640接合鉸接組件11610。如圖75中所示的第一配置中所示，引導(dǎo)構(gòu)件11640朝著致動器11652的位移將引導(dǎo)輪11620安置成與第二部段11644接觸。在該配置中，該組側(cè)板11616圍繞它們的樞軸安裝件相對于柱塞組件11630的縱向軸線樞轉(zhuǎn)或鉸接，使得夾持器基座11614和該組夾持器11612相對于柱塞組件11630的縱向軸線成角。相應(yīng)夾持器11612的端部部分開第一距離，使得第一距離大于容器組件3700的外殼3741的直徑。在第一(或“打開夾持”)配置中，操縱器組件11600配置成斷開或釋放容器組件3700和/或準(zhǔn)備好接收容器組件3700。例如，在一些實施例中，容器組件3700可以布置在盒11300中。操縱器組件11600可以由驅(qū)動組件11500驅(qū)動到容器組件3700所布置的位置，并且然后被推壓到第一配置。操縱器組件11600然后可以沿著由操縱器組件11600限定的縱向軸線朝著容器組件3700移位，直到夾持器11612鄰近外殼3741，并且內(nèi)柱塞11632的底部分緊鄰但不接觸布置在容器組件3700的外殼3741中的內(nèi)柱塞6750的接合部分6752(未在圖75-76中顯示)。如圖76中所示，鉸接組件11610可以移動到第二配置以接合、夾持、抓握或以另外方式固定容器組件3700。例如，為了將鉸接組件移動到第二配置，內(nèi)柱塞11632由致動器11652旋轉(zhuǎn)。這推壓軸環(huán)11634沿著內(nèi)柱塞11632的長度在遠(yuǎn)離致動器11652的方向上(例如，如圖76中所示向下)移動。軸環(huán)11634的位移也推壓外柱塞11636和與其聯(lián)接的該組導(dǎo)引構(gòu)件11640沿著由柱塞組件11630限定的縱向軸線遠(yuǎn)離致動器11650移動。這導(dǎo)致引導(dǎo)輪11620沿著引導(dǎo)構(gòu)件11640的第二部段11644的側(cè)壁騎跨到更窄的傾斜部段11643上。在該配置中，與該組壓縮板11618壓力接觸的該組彈簧11622推壓該組壓縮板并且因此推壓該組側(cè)板11616相對于由柱塞組件11630限定的縱向軸線樞轉(zhuǎn)。這也導(dǎo)致夾持器基座11614和與其聯(lián)接的該組夾持器11612朝著容器組件3700的外殼3741移位，使得在第二配置中，該組夾持器11612正接觸、接合或以另外方式固定容器組件3700。操縱器組件11600可以保持在第二配置以經(jīng)由驅(qū)動組件11500將容器組件3700從儀器11000的外殼11100內(nèi)的第一位置輸送到第二位置，如圖77中所示。如本文中所述，操縱器組件也可以用于接合和或操縱容器組件3700，例如，布置在容器組件3700的外殼3741中的致動器3750和3760。圖78和79顯示處于第一配置(也稱為“打開夾持”)的操縱器組件11600的側(cè)視圖并且圖80顯示圖78中所示的操縱器組件11600的側(cè)橫截面。在該配置中，柱塞組件11630、鉸接組件11610和致動器組件11650處于相同的相對位置，如上面關(guān)于圖75所述。然而，操縱器組件11600相對于容器組件3700的定位是不同的。特別地，內(nèi)柱塞11612接合致動器3750的接合部分3752，如下文中所述。在該配置(即“內(nèi)頂入”配置)中，容器組件3700可以布置在例如包括在加熱器組件11400中的加熱塊11420的凹陷11412中，如本文中所述，使得該容器組件3700不能相對于操縱器組件11600的縱向軸線橫向地移位。當(dāng)鉸接組件11610處于第一配置(“打開夾持”和“內(nèi)頂入”)時，軸環(huán)11634和外柱塞11636的至少一部分位于由凹陷11656b限定的開口內(nèi)，使得內(nèi)柱塞11632的底部分正從外柱塞11636的通道11639的底部突出。而且，如上所述，該組引導(dǎo)輪11620正接觸該組引導(dǎo)構(gòu)件11640的表面11644并且該組壓縮板11618正壓縮該組彈簧11622以將夾持器保持就位。為了執(zhí)行“內(nèi)頂入”操作，如圖78-80中所示，驅(qū)動組件11500被致動以在由柱塞組件11630的縱向軸線限定的向下方向上移位操縱器組件11600，如箭頭ZZ所示。操縱器組件11600的向下移動導(dǎo)致內(nèi)柱塞11632向下移動，使得該內(nèi)柱塞11632的底部分接觸致動器3750的接合部分3752，在由外殼3741限定的內(nèi)部體積3742內(nèi)推壓致動器3750的柱塞部分3754。柱塞部分3754可以從第一位置移動到第二位置，使得柱塞部分3754將布置在內(nèi)部體積3742中的試劑傳到容器組件3700中，如上所述。試劑可以是本文中所述的任何試劑或物質(zhì)，例如本文中所述類型的生物或非生物載體或轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子。在第一致動器3750由操縱器組件11600致動之后，容器組件3700可以保持布置在加熱器組件11400中持續(xù)預(yù)定時期并且處于預(yù)定溫度。如上所述，在一些實施例中，保持容器組件將允許樣本內(nèi)的靶細(xì)胞表達(dá)足夠量的報告分子，例如，熒光素酶或本文中所述的任何其它報告分子。圖81顯示處于第二配置(也被稱為“夾持器閉合”)的操縱器組件11600的側(cè)橫截面。在第二配置中，操縱器組件11600接觸、接合、抓握的或以另外方式固定到容器組件3700，如本文中參考圖76和77所述。在夾持器閉合配置中，內(nèi)柱塞11632基本上布置在外柱塞11636內(nèi)，使得內(nèi)柱塞11632的底部分鄰近但不接觸布置在容器組件3700的外殼3741中的第一致動器3750的接合部分3752，如本文中所述。此外，該組引導(dǎo)輪11620接觸該組引導(dǎo)構(gòu)件11640的第三部段11643。夾持器閉合配置可以用于將容器組件3700例如從加熱器組件11400輸送到檢測器組件11200。鉸接組件116500也配置成防止超程。例如，如果處于閉合夾持配置，則該組引導(dǎo)輪接觸該組引導(dǎo)構(gòu)件11640的第二表面11644，這指示外柱塞11636已超程。在該情況下，安裝在該組側(cè)板11616中的一個上的銷(未顯示)觸發(fā)位置傳感器11662a，所述位置傳感器能將超程信號(例如警報)發(fā)送到處理器11126或用戶?，F(xiàn)在參考圖82-84，圖82和83顯示處于第三配置(也稱為“底物頂入”)的操縱器組件11600的側(cè)視圖并且圖84顯示圖82中所示的視圖的側(cè)橫截面。在底物頂入配置中，外柱塞接合致動器3760的接合部分3762，如下所述。在該配置中，容器組件3700可以布置在例如檢測器組件11200中，如本文中所述，使得容器組件3700不能相對于操縱器組件11600的縱向軸線橫向地移位。例如，在該配置中，容器組件3700的反應(yīng)室3732可以布置在包括在檢測器組件11200中的閘門11230的狹槽11234中，如下文中進(jìn)一步所述。此外，當(dāng)移動到第三配置時，鉸接組件11610可以保持在接合、夾緊、抓握或以另外方式固定的配置。以該方式，容器組件3700可以在底物頂入期間保持由鉸接組件11610固定。這可以例如保證外頂入的所有力僅僅傳遞到容器組件3700的第二致動器3760和/或保持容器組件3700與包括在檢測器組件11200中的墊圈11206齊平以防止任何環(huán)境噪聲(例如，光)進(jìn)入檢測器組件11200，如本文中所述。為了從第二配置移動到第三(“底物頂入”)配置，內(nèi)柱塞11632在與打開夾持配置相反的方向上旋轉(zhuǎn)，例如，如圖82中的箭頭RR所示，使得軸環(huán)11634沿著由內(nèi)柱塞11632限定的縱向軸線在遠(yuǎn)離致動器11652的方向上移位。柱塞的位移也在相同方向上移位外柱塞11636和與其附連的該組導(dǎo)引構(gòu)件11640。由內(nèi)柱塞11632的旋轉(zhuǎn)實現(xiàn)的外柱塞11636的位移繼續(xù)使得外柱塞11636的底部分接合第二致動器3760的接合部分3762，推壓致動器3760的柱塞部分3764在由容器組件3700的外殼3741限定的內(nèi)部體積3744內(nèi)移位。柱塞部分3764可以從第一位置移動到第二位置，使得柱塞部分3764將布置在內(nèi)部體積3742中的試劑通過輸送部分3770傳到包括在容器組件3700中的反應(yīng)室3732中。例如，試劑可以是底物，例如，十三醛或本文中所述的任何其它底物，其可以配制成與存在于反應(yīng)室3732中的報告分子(例如，熒光素酶或任何其它報告分子)反應(yīng)，如上所述。底物與報告分子的反應(yīng)可以產(chǎn)生信號，例如，發(fā)光或本文中所述的任何其它信號，其可以由檢測器組件11200檢測，如下文中進(jìn)一步所述。由內(nèi)柱塞11632的旋轉(zhuǎn)移動實現(xiàn)的外柱塞11636的縱向位移可以允許例如更好地控制外柱塞11636的位移，并且因此更好地控制將來自內(nèi)部體積3744的底物傳到容器組件3700的反應(yīng)室3732。應(yīng)當(dāng)注意的是單個致動器11652由操縱器組件11600使用以執(zhí)行一系列功能，包括：i)通過致動內(nèi)柱塞11632操縱外柱塞11636以導(dǎo)致底物頂入和；ii)操縱聯(lián)接到外柱塞11636的引導(dǎo)構(gòu)件11640以將鉸接組件11610從打開夾持推壓到夾持器閉合配置。第二致動器(例如，包括在驅(qū)動子組件11500中的致動器11504c，如本文所述)可以用于在Z方向上移位操縱器組件11600。在一些實施例中，試劑頂入功能可以包括在致動器11652中，例如，致動器11652也可以是能夠線性地移位內(nèi)柱塞11632。如圖55-57中所示，儀器包括檢測器組件11200。檢測器組件11200配置成根據(jù)本文中所述的任何方法檢測通過化學(xué)反應(yīng)、例如報告分子(例如，熒光素酶)與底物(例如，十三醛)的相互作用產(chǎn)生的信號(例如，發(fā)光)。檢測器組件11200配置成接收容器組件3700，并且檢測在其中產(chǎn)生的信號。檢測器組件11200可以包括可以檢測由報告分子(例如，熒光素酶)產(chǎn)生的信號的任何合適的檢測器。例如，如圖所示，檢測器是光學(xué)檢測器。在一些實施例中檢測器可以是熒光檢測器(例如，檢測諸如GFP的熒光報告分子等)，發(fā)光檢測器(例如，檢測由諸如熒光素酶的報告分子產(chǎn)生的生物發(fā)光)，顏色檢測器(例如，檢測由諸如HRP的報告酶產(chǎn)生的有色沉淀劑)，分光計，和/或圖像捕獲裝置。在一些實施例中，檢測器還可以包括光源。盡管描述為主要基于光檢測，但是在一些實施例中，檢測器可以是電化學(xué)檢測器。例如，檢測器可以包括電流檢測器，電位檢測器，電導(dǎo)率檢測器和/或阻抗檢測器，其配置成檢測由報告體(例如，熒光素酶)產(chǎn)生的電流、電壓、或電導(dǎo)率、電阻/阻抗變化。在使用電化學(xué)檢測的一些實施例中，檢測器可以配置成與可以包含樣本的樣本溶液物理接觸。在一些實施例中，檢測器11200可以使用其它檢測方法，例如，表面聲波，表面等離子體共振，拉曼光譜，磁傳感器，和/或本領(lǐng)域中已知的任何其它合適的檢測方法。在一些實施例中，檢測器組件11200只能提供定性答案，例如，對靶細(xì)胞的存在的是/否的答案。在一些實施例中，檢測器11200可以量化靶細(xì)胞，例如，根據(jù)本文中所述的任何方法(例如，方法400)確定樣本中的靶細(xì)菌的cfu/ml。在一些實施例中，檢測器組件11200可以包括端部讀取系統(tǒng)，從而例如允許標(biāo)簽靈活放置在容器(例如，容器組件3700)上。在一些實施例中，端讀取系統(tǒng)包括容器(例如，容器組件3700)的透明端部與檢測器11200的直接接觸和/或近側(cè)布置，從而例如最小化光學(xué)儀器和/或背景信號干擾。在一些實施例中，檢測器組件11200缺乏入射光源。換句話說，根據(jù)由布置在容器(例如，容器組件3700)中的靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)產(chǎn)生的報告分子(例如，熒光素酶)而進(jìn)行的信號檢測不需要外部光?，F(xiàn)在也參考圖85-94，檢測器組件11200包括布置在外殼11202中的檢測器11212和閘門11230。檢測器組件11200配置成可移除地接收容器(例如，容器組件3700)，并且檢測在其中產(chǎn)生的信號，例如，由報告分子(例如，熒光素酶)與底物(例如，十三醛)的化學(xué)相互作用產(chǎn)生的發(fā)光信號。外殼11202可以由結(jié)實的、剛性的和基本上不透明的材料(例如，金屬)形成。在一些實施例中，外殼可以涂暗色(例如，黑色)以最小化由于在布置在檢測器組件中的容器(例如，容器組件3700)中產(chǎn)生的發(fā)光反應(yīng)引起的內(nèi)部反射和/或折射。外殼11202配置成防止外部光進(jìn)入檢測器組件11200，從而例如減少背景噪聲和/或信號質(zhì)量。外殼11202包括凹槽11203。接受器11204布置在凹槽11203中，其限定尺寸確定成和成形為可移除地接收容器(例如，容器組件3700)的開口11207。接受器11204可以例如經(jīng)由螺釘、螺栓、鉚釘、膠水、熱焊接或卡扣配合到外殼11212的凹槽11203中固定地或可移除地聯(lián)接到外殼11202。如圖86中所示，接受器11204包括固定地布置在接受器11204中的墊圈11206。墊圈11206可以由剛性和抗壓和/或耐磨材料(例如，高密度氯丁橡膠)形成。墊圈11206配置成使得當(dāng)容器組件3700布置在接受器11204中時，墊圈11206和試劑模塊3740的一部分形成不透光密封以防止任何外部光進(jìn)入外殼11202的內(nèi)部。在一些實施例中，接受器11204的高度可以變化，從而例如容納各種長度的容器。這可以保證例如由于制造過程和/或用戶偏好的變化引起的容器的長度的任何變化不改變?nèi)萜鞯牡锥?例如，容器基部)離檢測器11212的距離，從而例如增強(qiáng)信號質(zhì)量和/或可重復(fù)性。外殼11202還限定通道11209，所述通道配置成接收容器的至少一部分(例如，容器組件3700的反應(yīng)室3732)。外殼11202也包括配置成容納閘門11230的內(nèi)部體積11210，使得閘門11230自由被操縱和/或從第一位置移動到內(nèi)部體積11210內(nèi)的第二位置。外殼11202還包括布置在外殼11202的側(cè)壁上的電路11208。電路配置成控制光源11246的操作，如下文中所述。圖87顯示外殼11202被去除的檢測器組件11200的內(nèi)部組件并且圖88顯示檢測器組件11200的部件的分解圖。如本文中所示，檢測器組件11200包括基板11211，所述基板配置成將檢測器組件11200安裝在儀器11000的基板11118上?；?1211也配置成提供用于安裝檢測器組件11200和外殼11202的組件的基座。檢測器組件11200包括布置在檢測器殼體11214中的檢測器11212。檢測器11212可以是光學(xué)檢測器，例如，光電倍增管(PMT)，光度計，分光光度計，熒光檢測器，和或任何其他合適的光學(xué)檢測器。檢測器11212配置成檢測由于容器(例如，容器組件3700)中的化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生的光信號(例如，發(fā)光)，如本文中所述。在一些實施例中，檢測器11212可以包括電流檢測器，電位檢測器，電導(dǎo)率檢測器，和/或阻抗檢測器，其配置成檢測由報告體(例如，熒光素酶)產(chǎn)生的電流、電壓、或電導(dǎo)率、電阻和/或阻抗變化。檢測器殼體11214的底表面聯(lián)接到布置在基板11211上的安裝件11216。安裝件11216可以由剛性但柔軟的材料(例如，橡膠或泡沫墊)制造以為檢測器殼體11214提供緩沖支撐。檢測器殼體11214的頂表面聯(lián)接到分離器11218，例如，螺釘連接、螺栓連接和/或鉚接到分離器11218。分離器11218可以由結(jié)實、剛性和低摩擦材料、例如拋光金屬板(例如，鋁、不銹鋼等)制造。分離器11218配置成提供檢測器殼體11214和閘門11230之間的分離層，從而例如防止由于閘門11230的位移引起的檢測器殼體11214的磨損，如本文中所述。分離器11218包括孔口11219，所述孔配置成使得當(dāng)分離器11218聯(lián)接到檢測器11212時，孔口11219位于檢測器11212的正上方并且提供無阻礙光接入檢測器11212。孔口11219也包括布置在其中的窗口11220，例如，圓形玻璃或透明塑料片。窗口11220配置成保護(hù)檢測器11212例如免于塵粒和/或由于由容器(例如，容器組件3700)的端部意外接觸引起的物理損壞。容座11222也布置在孔口11219中，配置成固定地就座孔口11219中的窗口11220。容座11222也可以配置成接觸檢測器殼體11214的頂表面并且包圍檢測器11212，從而例如光密封檢測器11212免于環(huán)境光。在一些實施例中，密封件11214可以由橡膠、塑料和/或聚合物形成，并且可以是O形環(huán)。密封11224(例如，橡膠密封件)也布置在分離器11224上。密封件11224可以配置成光密封外殼11202的內(nèi)部體積11210(例如，容納閘門11230的內(nèi)部體積11210)免于環(huán)境光，從而例如減小背景噪聲、增加信號質(zhì)量和/或可重復(fù)性。檢測器組件11200也包括閘門11230，所述閘門可滑動地布置在分離器11218上并且配置成從第一閘門位置移動到第二閘門位置，在所述第一閘門位置閘門11230閉合和檢測器11212與布置在檢測器組件11200中的容器(例如，容器組件3700)光學(xué)地解耦，在所述第二閘門位置閘門11230打開并且檢測器11212光學(xué)地耦合到容器。如圖89-90中所示，閘門11230包括凹陷11232，所述凹陷包括狹槽11234和表面11236。狹槽11234成形為和尺寸確定成接收容器(例如，容器組件3700)的端部部分。表面11236構(gòu)型(例如，彎曲)成與容器的底端的輪廓一致。表面11236成角度傾斜，從閘門11230的頂表面11236通向狹槽11234的頂部邊緣。在一些實施例中，表面11236可以從閘門11230的頂部水平表面成30度、40度、45度、50度或60度的角傾斜。表面11230配置成由容器(例如，容器組件3700)的底端接合以將閘門11230從第一位置操縱到第二位置，如本文中所述。閘門11230包括具有布置在其中的彈簧11240的套筒11238。彈簧11240的第二端部布置在安裝在銷11242上的外殼11202(圖85)中的槽口11241中。彈簧11240配置成將閘門11230從第二閘門位置推壓到第一閘門位置，和/或固定、保持和/或防止容器(例如，布置在狹槽11234中的容器組件3700)的橫向移動，如本文中所述。閘門11230還包括通道11244，所述通道配置成限定用于電磁輻射(例如，由光源11246發(fā)射的發(fā)光)的光路。通道11244配置成使得僅僅當(dāng)閘門處于第一位置時通道11244將光源11246光耦合到檢測器11212。在一些實施例中，光源11246可以包括發(fā)光二極管(LED)或激光器，并且還可以包括光導(dǎo)(例如，光纖電纜)。光源11246可以配置成發(fā)射參考發(fā)光信號，例如，用于校準(zhǔn)檢測器11212的校準(zhǔn)信號。如本文中所述，閘門11230配置成從內(nèi)部體積11210內(nèi)的第一位置(其中閘門11230閉合)移動到第二位置(其中閘門11230打開)。圖。圖91-94顯示處于第一配置、第二配置、第三配置和第四配置的檢測器組件11200的側(cè)橫截面。在第一配置(圖72)中，沒有容器布置在檢測器組件11200中。彈簧11240沿著閘門的水平軸線HA在由箭頭AA顯示的方向上將力施加到閘門11230以操縱和保持閘門11230處于第一閘門位置，使得閘門11230的狹槽11234不與孔口11219和檢測器11212對準(zhǔn)，使得沒有環(huán)境光入射在檢測器11212上。通道11244與檢測器11212對準(zhǔn)，使得光源11246光耦合到檢測器11212。所以，在第一配置中，光源11246可以用于將參考信號發(fā)送到檢測器11212，從而例如校準(zhǔn)檢測器11212。在第二配置(圖92)中，如前文中所述，容器組件3700布置在檢測器組件11200中處于第一位置。容器組件3700包括反應(yīng)室3732和試劑模塊3740，如前文中所述。容器組件3700可以例如由操縱器組件11600布置在檢測器組件11200。容器組件3700的反應(yīng)室3732基本上布置在通道11209中，同時試劑模塊3740的至少一部分布置在接受器11204中。反應(yīng)室3732的端部部分3733與表面11236相接觸。向下力例如由如本文中所述中的操縱器組件11600沿著如箭頭F所示的檢測器組件11200的豎直軸線VA施加到容器組件3700，所述檢測器組件通過包括在容器組件3700中的反應(yīng)室3732的端部部分3733連通到閘門11230的表面11236。由于表面11236是傾斜的，例如，相對于閘門11230的水平軸線成45度，因此容器組件3700的端部部分3733將角向力Fxy施加到表面11236，如圖所示。力Fxy具有水平分量Fx和豎直分量Fy，如圖92中所示。水平分量Fx推壓閘門11230組件沿著水平軸線HA在由箭頭Fx指示的方向上水平地移位，使得閘門11230的狹槽11234朝著檢測器11212移位，如第三配置(圖93)中所示。彈簧11240可以配置成將反作用力施加到反應(yīng)室3732，但是不足夠大以防止反應(yīng)室3732操縱閘門11230。外殼11202的通道11209可以處于緊公差或僅僅稍大于反應(yīng)室3732的直徑，從而例如防止由彈簧11240施加的反作用力產(chǎn)生的容器組件3700的任何橫向移動?？梢员３肿饔糜谌萜鹘M件3700的向下的力F，直到在第四配置中，閘門11230移位到第二位置使得狹槽11234與檢測器11232對準(zhǔn)并且反應(yīng)室3732的端部部分3733布置在狹槽11234中，如圖94中所示。反應(yīng)室3732的端部部分3733可以鄰近但不接觸窗口11220，從而例如防止窗口的擦傷和/或磨損。在該配置中，彈簧11240將力施加到閘門11230，朝著第一閘門位置推壓閘門11230。該力通過包括在閘門11230中的狹槽11234的側(cè)壁傳到反應(yīng)室3732的端部部分3733的側(cè)壁，這防止閘門11230滑動到第一閘門位置。在一些實施例中，狹槽11234可以限定檢測體積，所述檢測體積配置成限制在反應(yīng)室3732中產(chǎn)生的任何信號，例如，由報告分子(例如，熒光素酶)與底物(例如，十三醛)的相互作用產(chǎn)生的發(fā)光，從而例如增加信號質(zhì)量、靈敏度、可重復(fù)性和/或減小背景噪聲。此外，包括在容器組件3700中的試劑模塊3740的底表面3735靠置在墊圈11206上并且與墊圈齊平，使得沒有環(huán)境光可以進(jìn)入檢測器組件11200的外殼11202。在一些實施例中，操縱器組件11600可以在第四配置中保持作用于容器組件3700的向下力F，從而例如保持包括在容器組件3700中的試劑模塊3740的底表面3735和墊圈11206之間的強(qiáng)接觸。圖95顯示根據(jù)實施例的可以用于控制檢測器組件11200的檢測器電路11270。電路11270布置在安裝在基板11118上的儀器11200的外殼11202中。在一些實施例中，電路11270可以包括光子檢測器和/或用于處理光電信號的任何其它電路，這在本領(lǐng)域中是公知的。在一些實施例中，試劑(例如，底物)可以在第四配置中傳到反應(yīng)室3732中使得化學(xué)反應(yīng)在反應(yīng)室3732中產(chǎn)生信號，所述信號可以由檢測器11212檢測。例如，包括在操縱器組件11600中的第二柱塞11636可以接合包括在容器組件3700的試劑模塊3740中的致動器3760以將底物(例如，十三醛或本文中所述的任何其它底物)傳到反應(yīng)室3732中。底物可以與存在于布置在容器中的樣本溶液中的報告分子相互作用，所述報告分子例如是報告分子熒光素酶或本文中所述的任何其它報告分子，其通過生物或非生物載體、例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子(例如，轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子160或本文中所述的任何其它轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)與靶細(xì)胞(例如，諸如MRSA的細(xì)菌)的相互作用產(chǎn)生。底物和報告分子的相互作用可以產(chǎn)生信號，例如，由檢測器11212檢測的發(fā)光。在一些實施例中，底物和報告分子之間的反應(yīng)可以是瞬時的(例如，閃光反應(yīng))，使得在將底物傳到包括報告分子的樣本溶液中之后立即產(chǎn)生信號。信號的檢測指示布置在反應(yīng)室3732中的樣本包含靶細(xì)胞。如本文中所述，檢測器11212或本文中所述的任何其它檢測器可以在進(jìn)行信號測量之前進(jìn)行校準(zhǔn)。圖96示出用于校準(zhǔn)和用包括在儀器(例如，儀器11000)中的檢測器(例如，檢測器11212)進(jìn)行信號測量的流程圖。方法包括在第一時間接收與檢測體積中的光發(fā)射的幅值相關(guān)聯(lián)的第一信號702，使得檢測體積通過布置在第一閘門位置的可移動閘門(例如，閘門11230)與通道光學(xué)地隔離。在一些實施例中，當(dāng)閘門處于第一位置時光發(fā)射(例如，校準(zhǔn)信號)可以經(jīng)由由閘門限定的光通道傳輸?shù)綑z測體積中。力施加到樣本容器以將閘門移動到第二位置704。容器可以初始至少部分地布置在通道內(nèi)使得將力施加到容器允許容器的遠(yuǎn)端部分將閘門從第一閘門位置移動到第二閘門位置。這允許容器的遠(yuǎn)端部分移動到檢測體積中706，使得通道現(xiàn)在與檢測體積光連通。在該位置與檢測體積中的光發(fā)射相關(guān)聯(lián)的第二信號可以被接收708。在一些實施例中，在接收第二信號之前，試劑(例如，底物)可傳送到容器的前端部部分中。底物(例如，十三醛)可以配置成與例如存在于樣本中的報告分子反應(yīng)以產(chǎn)生光發(fā)射。在一些實施例中，檢測器11212或本文中所述的任何其它檢測器可以包括內(nèi)部校準(zhǔn)控制(例如，軟件算法)，以使得不需要外部校準(zhǔn)光源。如本文中所述，儀器11000或本文中所述的任何其它儀器可以用于操縱容器(例如，容器組件3700或本文中所述的任何其它容器)，從而例如輸送容器、將試劑傳到容器的反應(yīng)體積中和/或檢測信號(例如，在容器內(nèi)產(chǎn)生的發(fā)光)。圖97示出用于操縱儀器內(nèi)的容器的方法的流程圖?？梢跃哂胁贾迷谄渲械?、包含靶細(xì)胞(例如，細(xì)菌)的樣本的容器可以裝載到儀器的裝載區(qū)域(例如，裝載盒11300)中802。將容器輸送到包括在儀器中的加熱器804，例如通過操縱器組件11600經(jīng)由驅(qū)動組件11500輸送到加熱器組件11400。將生物或非生物載體(例如轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子)傳到到容器的反應(yīng)體積中806，例如通過操縱器組件11600的內(nèi)柱塞11632的操縱。通過加熱器組件11400將容器保持在預(yù)定溫度持續(xù)預(yù)定時間808，例如，在37攝氏度下持續(xù)4小時。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子與包括在樣本中的靶細(xì)胞相互作用，使得靶細(xì)胞產(chǎn)生一系列報告分子810。在一些實施例中，加熱器組件11400可配置成將容器(例如，容器組件3700或本文中所述的任何其它容器)保持在一系列溫度下持續(xù)預(yù)定時間。例如，容器和布置在其中的樣本可以保持在37攝氏度下持續(xù)第一時間(例如，4小時)。例如通過轉(zhuǎn)移到在第二溫度下的加熱塊11422，然后可以將容器的溫度降低到低于第一溫度的第二溫度(例如，30攝氏度)。容器可以例如保持在第二溫度下直到檢測。然后將容器輸送到包括在儀器中的檢測器(例如，檢測器組件11200)812。例如，操縱器組件11600可以用于經(jīng)由驅(qū)動組件11500輸送容器。然后例如經(jīng)由操縱操組件11600的外柱塞11636的操縱將底物傳到容器中814。底物與報告分子相互作用以產(chǎn)生信號816，使用檢測器檢測信號818。然后將被分析容器輸送到儀器820的卸載區(qū)域(例如，卸載盒11300)，并且可以從容器去除822。在一些實施例中，儀器(例如，儀器11000或本文中所述的任何其它儀器)可以與實驗室信息系統(tǒng)(LIS)(例如，如圖2-3中所示的LIS1900)通信。盡管已在上面描述各種實施例，但是應(yīng)當(dāng)理解它們僅僅作為例子而非限制被提出。在上述的方法和/或示意圖指示按照一定順序發(fā)生的某些事件和/或流型的情況下，某些事件和/或流型的順序可以被修改。另外某些事件可以在可能的情況下在并行過程中同時被執(zhí)行，以及順序地被執(zhí)行。盡管已特別地顯示和描述實施例，但是將理解可以在形式和細(xì)節(jié)上進(jìn)行各種變化。在一些實施例中，由任何試劑模塊(例如，1740)限定的流體路徑可以包括閥或任何其它流動控制機(jī)構(gòu)。這樣的機(jī)構(gòu)包括瓣閥，膜閥，鴨嘴閥，傘閥，隔膜，或任何其它合適的閥機(jī)構(gòu)，從而允許試劑在一個方向上流動。在一些實施例中，閥可以是壓敏的，使得它們僅僅允許高于預(yù)定壓力閾值的流體連通，從而例如防止試劑的意外連通。在一些實施例中，本文中所述的任何系統(tǒng)和方法包括報告系統(tǒng)，其報告可以通過將可操作地連接到誘導(dǎo)型啟動子(其控制靶細(xì)胞內(nèi)的靶基因的表達(dá))的報告基因包含到本文中所示和所述類型的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子中形成的靶細(xì)胞內(nèi)的誘導(dǎo)分子的存在。當(dāng)報告載體導(dǎo)入表達(dá)靶基因啟動子的誘導(dǎo)物的靶細(xì)胞中時，經(jīng)由報告載體中的靶基因啟動子的誘導(dǎo)，報告基因的表達(dá)是可能的。在一個實施例中，可以為了檢測耐萬古霉素腸球菌(VRE)而形成VanR報告系統(tǒng)?？梢源嬖谟谑耗c球菌中的Tn1546轉(zhuǎn)座子可以包含vanR誘導(dǎo)基因和vanA靶基因?？梢酝ㄟ^形成包含可操作地連接到啟動子PH的報告基因的屎腸球菌靶向非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子而形成VRE報告系統(tǒng)，所述啟動子控制包括vanA基因的vanHAX操縱子的表達(dá)。當(dāng)轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子將PH控制報告基因遞送到屎腸球菌細(xì)胞中時，將經(jīng)由vanR的產(chǎn)物產(chǎn)生的PH啟動子的誘導(dǎo)表達(dá)報告基因。在另一實施例中，可以通過形成包含可操作地連接到tcdA基因啟動子的報告基因的靶向梭狀芽胞桿菌的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子而形成用于檢測TcdD(梭狀芽胞桿菌的毒素A和B基因(相應(yīng)地，tcdA和tcdB)的啟動子的誘導(dǎo)物)的報告系統(tǒng)。梭狀芽胞桿菌中的PaLoc轉(zhuǎn)座子可以包含tcdD基因和tcdA靶基因。在天然細(xì)胞中，當(dāng)tcdD基因被表達(dá)并且產(chǎn)生TcdD蛋白時，TcdD能夠誘導(dǎo)PaLoc轉(zhuǎn)座子中的PtcdA，因此導(dǎo)致tcdA基因的表達(dá)并且因此產(chǎn)生毒素A蛋白。通過將可操作地連接到tcdA基因啟動子(PtcdA)的報告基因?qū)氚屑?xì)胞中，TcdD然后也能夠誘導(dǎo)控制報告基因的PtcdA，因此導(dǎo)致報告分子的表達(dá)。通過形成使用需要用于信號生成的底物的報告體的、基于非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子的活細(xì)胞報告體并且通過鎖定底物以使其不能經(jīng)由報告體觸發(fā)信號(除非底物經(jīng)由與靶酶的相互作用被解鎖)，可以形成用于報告靶細(xì)胞內(nèi)酶的存在的報告系統(tǒng)。靶細(xì)胞暴露于轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子使得在靶細(xì)胞內(nèi)表達(dá)報告體并且應(yīng)用鎖定底物。如果靶細(xì)胞包含靶酶，則靶酶和鎖定底物之間的相互作用解鎖底物，因此允許解鎖底物從被表達(dá)報告分子觸發(fā)信號。在一個實施例中，待表達(dá)的報告分子可以是海腎熒光素酶并且鎖定底物可以是海腎熒光素，其被鎖定使得靶細(xì)胞的內(nèi)源的β內(nèi)酰胺酶能夠從鎖定熒光素分裂鎖定化合物并且釋放解鎖熒光素。通過將這些組分包含到靶向可以包含β內(nèi)酰胺酶的細(xì)胞的非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子中，可以形成靶細(xì)胞特異性β內(nèi)酰胺酶報告系統(tǒng)?？梢酝ㄟ^將不發(fā)射信號除非它與細(xì)胞內(nèi)靶分子接觸的可切換報告分子包含到非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子中形成細(xì)胞內(nèi)分子報告系統(tǒng)。在一個實施例中，非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子可以設(shè)計成包含表達(dá)可切換適體的基因，其設(shè)計成當(dāng)其結(jié)合到細(xì)胞內(nèi)靶分子時經(jīng)歷構(gòu)象變化。構(gòu)象變化允許適體然后結(jié)合熒光團(tuán)，當(dāng)由適體結(jié)合時所述熒光團(tuán)表現(xiàn)增強(qiáng)熒光。通過如果靶轉(zhuǎn)錄物存在于細(xì)胞內(nèi)則導(dǎo)致報告分子的表達(dá)，可以形成用于檢測活細(xì)胞內(nèi)的靶轉(zhuǎn)錄物的基于反義RNA的報告系統(tǒng)。在一般實施例中非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子包含編碼與靶轉(zhuǎn)錄物(target)的區(qū)域互補(bǔ)的反義消息的DNA序列，并且使用編碼融合到報告基因(reporter)的靶轉(zhuǎn)錄物(target*)的突變型式的序列。靶轉(zhuǎn)錄物的突變使得反義轉(zhuǎn)錄物比它結(jié)合到天然靶轉(zhuǎn)錄物更低的親和力結(jié)合到突變靶轉(zhuǎn)錄物。反義序列由啟動子序列(P)控制，并且連接到報告基因的突變靶序列由相同的啟動子序列(P)控制。當(dāng)報告系統(tǒng)被導(dǎo)入不包含內(nèi)源靶轉(zhuǎn)錄物的細(xì)胞中時，被表達(dá)反義轉(zhuǎn)錄物抑制報告基因的翻譯并且反義轉(zhuǎn)錄物和報告轉(zhuǎn)錄物在該過程中被消耗。然而，當(dāng)載體插入包含內(nèi)源靶轉(zhuǎn)錄物的細(xì)胞中時，被表達(dá)反義轉(zhuǎn)錄物優(yōu)選地結(jié)合到天然靶轉(zhuǎn)錄物并且反義轉(zhuǎn)錄物和靶轉(zhuǎn)錄物在該過程中被消耗，使報告基因被翻譯，因此產(chǎn)生可以被檢測的報告蛋白。以該方式，當(dāng)載體被導(dǎo)入包含靶轉(zhuǎn)錄物的靶細(xì)胞中時，該載體導(dǎo)致可檢測信號的表達(dá)。在一些實施例中，靶向金黃色葡萄球菌細(xì)胞非復(fù)制性轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子設(shè)計成報告mecA轉(zhuǎn)錄物的存在，因此導(dǎo)致MRSA檢測系統(tǒng)。轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子遞送編碼與mecA轉(zhuǎn)錄物(mecA)的區(qū)域互補(bǔ)的反義消息的DNA序列，和編碼融合到細(xì)菌熒光素酶基因luxA和luxB(luxAB)的mecA轉(zhuǎn)錄物(mecA*)的突變型式的序列。mecA*轉(zhuǎn)錄物的突變使得反義轉(zhuǎn)錄物以與比其結(jié)合到天然mecA轉(zhuǎn)錄物更低的親和力結(jié)合到其轉(zhuǎn)錄物。mecA*-luxAB融合和反義mecA基因片段均可操作地連接到組成型表達(dá)啟動子。當(dāng)報告結(jié)構(gòu)由轉(zhuǎn)導(dǎo)粒子導(dǎo)入MRSA細(xì)胞中時，如果細(xì)胞不產(chǎn)生內(nèi)源mecA基因轉(zhuǎn)錄物，則mecA基因的反義序列片段會僅僅結(jié)合到融合到luxAB基因的mecA基因的修飾片段的轉(zhuǎn)錄物的mecA序列。該結(jié)合事件然后防止luxAB基因的翻譯，因此防止該細(xì)胞內(nèi)的熒光素酶的產(chǎn)生。如果，在另一方面，細(xì)胞包含內(nèi)源mecA轉(zhuǎn)錄物，則mecA基因的反義序列片段的轉(zhuǎn)錄物將在融合到luxAB基因的mecA基因的修飾片段的轉(zhuǎn)錄物上優(yōu)先結(jié)合到內(nèi)源mecA轉(zhuǎn)錄物，因此使該轉(zhuǎn)錄物可用于luxAB基因的翻譯，由此產(chǎn)生熒光素酶。以該方式，mecA轉(zhuǎn)錄物報告載體可以報告細(xì)胞內(nèi)的內(nèi)源mecA轉(zhuǎn)錄物的存在。盡管各種實施例已被描述為具有特定特征和/或部件的組合，但是具有來自如上所述的任何實施例的任意特征和/或部件的組合的其它實施例也是可行的。