1.一種計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法，用于確定移植材料的一個(gè)或多個(gè)受體與一個(gè)或多個(gè)供體之間預(yù)測的間接識(shí)別HLA表位(PIRCHES)的數(shù)量，其中所述PIRCHES是來自錯(cuò)配的受體HLA等位基因的受體或供體特定的HLA衍生肽，并且被預(yù)測將由共享的(匹配的)HLA分子進(jìn)行呈遞，其中所述方法包括：
a)從受體的錯(cuò)配HLA分子中識(shí)別肽；
b)確定a)中所識(shí)別出的被預(yù)測將由一個(gè)或多個(gè)已選擇的共享的(匹配的)HLA分子進(jìn)行呈遞的肽；
c)從供體的所有已選擇的HLA分子來識(shí)別肽；
d)確定c)中所識(shí)別出的被預(yù)測將由一個(gè)或多個(gè)已選擇的共享的(匹配的)HLA分子進(jìn)行呈遞的肽；
其中
e)對于每個(gè)共享的MHC I類HLA分子，在b)中所確定而不包括在d)的肽組中的任何肽被表征為PIRCHE I，或者
對于每個(gè)共享的MHC II類HLA分子，在b)中所確定而不包括在d)的肽組中的任何肽被表征為PIRCHE II；
其特征在于
f)對于圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中所存儲(chǔ)的信息來執(zhí)行步驟a)到d)。
2.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的方法，其特征在于，通過軟件，例如一個(gè)或多個(gè)軟件模塊，來執(zhí)行步驟f)。
3.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，供體和受體之間的HLA配型已經(jīng)在實(shí)現(xiàn)權(quán)利要求1的方法之前執(zhí)行。
4.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中所存儲(chǔ)的信息是生物數(shù)據(jù)的電子存儲(chǔ)表現(xiàn)和/或?qū)?yīng)于一個(gè)或多個(gè)生物實(shí)體。
5.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，通過用于在所述HLA分子內(nèi)預(yù)測人類蛋白酶體的切割位點(diǎn)的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)方法，識(shí)別來自所述受體的錯(cuò)配HLA分子的肽和來自所述供體的HLA分子的肽。
6.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，利用用于預(yù)測所述肽與任何給定HLA分子的結(jié)合的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)方法，來執(zhí)行權(quán)利要求1的步驟b)和步驟d)。
7.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)包括：
-一個(gè)或多個(gè)HLA值實(shí)體，
-一個(gè)或多個(gè)肽實(shí)體，以及
-所述HLA值與肽實(shí)體之間的一個(gè)或多個(gè)關(guān)系，其中每個(gè)實(shí)體存在于圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中的單個(gè)實(shí)例中，并且可以顯示與另一個(gè)實(shí)體的一個(gè)或多個(gè)關(guān)系。
8.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，HLA值實(shí)體與肽具有關(guān)系，但是與其他HLA實(shí)體沒有關(guān)系，而肽與HLA值具有關(guān)系，但是與其他肽沒有關(guān)系。
9.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，任何給定的HLA值實(shí)體“具有”許多個(gè)肽(從1到n)，其中任何給定的HLA值實(shí)體的每個(gè)肽(源于任何給定的HLA值實(shí)體的每個(gè)肽)與所述HLA值實(shí)體具有關(guān)系。
10.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，每個(gè)HLA值實(shí)體的所述肽通過對應(yīng)的HLA分子的氨基酸序列的預(yù)測蛋白酶體切割來確定。
11.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，通過從0到1(優(yōu)選地，0到1之間)的切割評(píng)分來表示蛋白酶體切割的可能性，其中所述評(píng)分體現(xiàn)任何給定的HLA值實(shí)體與肽實(shí)體之間的關(guān)系屬性。
12.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，執(zhí)行權(quán)利要求1中的步驟a)和步驟c)，以便根據(jù)切割評(píng)分來確定所述肽的識(shí)別。
13.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，對于任何給定肽，優(yōu)選地＞0.5的切割評(píng)分足夠進(jìn)行針對所述HLA分子的肽識(shí)別。
14.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，任何給定的HLA值實(shí)體“呈遞”許多個(gè)肽(從0到n)，其中由任何給定的HLA值實(shí)體所呈遞的每個(gè)肽與所述HLA值實(shí)體具有關(guān)系。
15.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，HLA值實(shí)體對于肽的呈遞通過所述HLA分子對于所述肽的預(yù)測結(jié)合和呈遞來確定。
16.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，肽呈遞的可能性通過IC 50評(píng)分來表示，該IC 50評(píng)分體現(xiàn)任何給定的HLA值實(shí)體與肽實(shí)體之間的關(guān)系屬性。
17.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，對于權(quán)利要求1的步驟b)和步驟d)，所述肽的確定利用IC 50評(píng)分閾值來實(shí)現(xiàn)。
18.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述閾值對于PIRCHE I優(yōu)選是IC 50評(píng)分≤500，和/或?qū)τ赑IRCHE II優(yōu)選是IC 50評(píng)分≤1000，其中這樣的評(píng)分足夠用于確定所述肽的預(yù)測呈遞。
19.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所選擇的HLA分子是HLA基因座A*、B*、C*、DRB1*以及DQB1*，并且可選地是DPB1*和DRB3/4/5*。
20.一種用于選擇和/或篩選用于移植的供體材料的系統(tǒng)，例如用于從錯(cuò)配的不相關(guān)供體來選擇具有可允許錯(cuò)配的供體材料，所述系統(tǒng)包括根據(jù)前述權(quán)利要求的方法的用于PIRCHE配型以及HLA配型的軟件模塊，其中所述系統(tǒng)包括圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，優(yōu)選地根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)。
21.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的用于選擇和/或篩選用于移植的供體材料的系統(tǒng)，其中所述HLA軟件模塊基于高分辨率等位基因編碼來實(shí)現(xiàn)供體與受體的HLA分型數(shù)據(jù)之間的HLA配型，優(yōu)選地針對HLA基因座A*、B*、C*、DRB1*以及DQB1*，可選地的是DPB1*和DRB3/4/5*，并且其中所述PIRCHE配型并入通過所述HLA配型軟件模塊所生成的HLA配型信息，使得PIRCHE配型模塊接受患者、配型配置以及HLA匹配的供體列表，優(yōu)選地是樣品(諸如臍帶血單元(CBU))，并且返回含有豐富PIRCHE信息的輸入供體列表作為輸出。
22.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的系統(tǒng)，其特征在于，經(jīng)由共享的服務(wù)整合管理軟件模塊來提供患者信息和搜索配置，其中所述共享的服務(wù)整合管理軟件模塊連接到HLA配型模塊和PIRCHE配型模塊，使得患者信息和搜索配置最初由所述HLA配型軟件模塊來進(jìn)行處理，所述HLA配型軟件模塊隨后經(jīng)由用于分析PIRCHE數(shù)量的共享的管理模塊，向所述PIRCHE配型模塊提供患者、配型配置以及HLA匹配的供體列表，優(yōu)選地是樣品(諸如，臍帶血單元(CBU))。
23.根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，與供體HLA值實(shí)體對應(yīng)的信息從一個(gè)或多個(gè)供體配置來獲得。
24.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的系統(tǒng)，其中所述供體配置存儲(chǔ)于另外的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)庫、資料庫和/或任何給定的一個(gè)或多個(gè)理論或者虛擬的供體的HLA值實(shí)體和/或肽的模擬。
25.根據(jù)權(quán)利要求23至24中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中多個(gè)供體配置或供體類型被存儲(chǔ)于供體數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)庫、資料庫和/或模擬，基本上包括對于基本所有可能的基因型或者HLA等位基因和/或單體型的可能組合的所有可能的供體。
26.根據(jù)權(quán)利要求23到25中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中所述系統(tǒng)使得能夠針對一個(gè)或多個(gè)供體配置，利用與需要移植的生物受體對應(yīng)的受體信息進(jìn)行搜索，其中所述系統(tǒng)的結(jié)果(效果)提供關(guān)于一個(gè)或多個(gè)(優(yōu)選地是多個(gè))最佳匹配的錯(cuò)配供體配置的信息。
27.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的系統(tǒng)，其中一個(gè)或多個(gè)最佳匹配的錯(cuò)配供體配置是與其他的錯(cuò)配供體相比具有最低可能的PIRCHES數(shù)量的9/10錯(cuò)配供體。
28.根據(jù)權(quán)利要求23到27中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)與供體材料的電子寄存器進(jìn)行功能連接，其中根據(jù)前述權(quán)利要求26或27所述的系統(tǒng)的結(jié)果使得對于與所述結(jié)果對應(yīng)的任何給定的一個(gè)或多個(gè)最佳匹配的錯(cuò)配供體材料，能夠?qū)⒉樵儚乃鱿到y(tǒng)的用戶端發(fā)送到所述寄存器。
29.根據(jù)權(quán)利要求23到28中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其中在供體配置中并入信息，該信息體現(xiàn)HLA等位基因(單體型或基因型)的任何給定組合在任何一個(gè)或多個(gè)人類群體中的頻率。
30.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的系統(tǒng)，其特征在于，基于利用“低”或“中”分辨率的HLA分型所確定的HLA等位基因的任何給定組合的已知群體頻率，經(jīng)由計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法，將利用“低”或“中”分辨率的HLA分型進(jìn)行分型的供體材料的電子存儲(chǔ)HLA分型數(shù)據(jù)，轉(zhuǎn)換為“高”分辨率相似或類似的HLA分型狀態(tài)，由此使得能夠利用本文中所述的系統(tǒng)和/或方法，來查詢經(jīng)由“低”或“中”分辨率技術(shù)先前所獲得的HLA分型數(shù)據(jù)。
31.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的系統(tǒng)，包括：a)HLA分型數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換，優(yōu)選地是潛在的供體，從“低”或“中”分辨率HLA分型轉(zhuǎn)換為“高”分辨率數(shù)據(jù)，b)所述供體信息與受體HL信息的HLA配型，以及c)根據(jù)前述權(quán)利要求中的任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)和/或方法的PIRCHE配型。
32.一種用于識(shí)別用于移植的可允許HLA錯(cuò)配的方法，包括使用根據(jù)權(quán)利要求20至31中的任何一項(xiàng)所述的系統(tǒng)。
33.一種圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，包括一個(gè)或多個(gè)HLA值實(shí)體、一個(gè)或多個(gè)肽實(shí)體、以及所述HLA值與所述肽實(shí)體之間的一個(gè)或多個(gè)關(guān)系，其中每個(gè)實(shí)體在圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中以單個(gè)實(shí)例的形式進(jìn)行呈遞，并且展示與另一個(gè)實(shí)體的一個(gè)或多個(gè)關(guān)系。
34.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的圖形數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，其特征在于權(quán)利要求7至19中的任一項(xiàng)所述的特征。