相關(guān)申請的交叉引用

根據(jù)35u.s.c.§119(e)，本申請要求2015年4月30日提交的美國臨時專利申請序列號62/154,996；2015年2月13日提交的美國臨時申請?zhí)?2/115,958；2014年11月26日提交的美國臨時申請?zhí)?2/085,032，以及2014年8月29日提交的美國臨時申請?zhí)?2/044,045的提交日的優(yōu)先權(quán)；將這些申請的披露通過引用結(jié)合入本文。

引言

tb疾病是由稱作結(jié)核分支桿菌的細菌引起。該細菌通常感染肺部，但tb細菌還可以感染身體的任何其他部分，包括例如腎臟、脾臟和腦。如果不進行合適的治療，tb疾病可以是致命的。tb通常是通過空氣從一個感染人傳播到第二人，例如當(dāng)患有肺部或喉嚨tb感染或tb疾病的人咳嗽、打噴嚏、講話或唱歌時，氣載細菌被第二人吸入。

大約世界人口的三分之一具有潛伏性tb，這意味著人們已經(jīng)被tb細菌感染，但為無癥狀并且不會傳播疾病。

根據(jù)世界衛(wèi)生組織(who)，tb因單一感染因子是僅次于hiv/aids的世界最大殺手。例如，在2012年，860萬人患有tb疾病并且130萬人死于tb。另外，tb在發(fā)展中國家是高度普遍的，在低收入和中收入國家中具有超過95％的tb死亡發(fā)生率。tb是年齡為15至44的女性的死亡的前三致因之一。tb在兒童中也是高度普遍的。例如，在2012年，估計有530,000個兒童患有tb疾病，并且74,000個hiv-陰性兒童死于tb。tb和hiv的共感染仍然是顯著的健康負(fù)擔(dān)，因為tb是還患有hiv的人們的首要殺手，導(dǎo)致所有死亡中的五分之一。多重耐藥性tb存在于由who調(diào)查的幾乎所有的國家中。

概述

提供了用于在受試者中獲得結(jié)核病評價的方法。這些方法的多方面包括鑒定該受試者的細胞樣品的亞群具有的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，以產(chǎn)生生物標(biāo)記標(biāo)志；并且從該生物標(biāo)記標(biāo)志獲得對該受試者的結(jié)核病評價。本發(fā)明的多方面進一步包括發(fā)現(xiàn)可用于實踐這些主題方法的試劑、裝置、系統(tǒng)、和其試劑盒。這些方法和組合物發(fā)現(xiàn)可用于各種應(yīng)用中，包括對tb的診斷和監(jiān)測。

附圖簡述

當(dāng)結(jié)合附圖閱讀時，本發(fā)明從以下詳細說明被最好地理解。應(yīng)當(dāng)強調(diào)的是，根據(jù)慣例，附圖的不同特征不是按比例的。相反，為了清楚起見，不同特征的尺寸被任意地擴大或縮小。在附圖中包括以下圖。

圖1提供了表1，該表示出在tb療法之前和期間測量的生物標(biāo)記的選擇的表達

圖2提供了密度曲線，這些曲線展示了在tb療法之前和期間測量的cd126的表達分布。

圖3提供了密度曲線，這些曲線展示了在tb療法之前和期間測量的cd62l的表達分布。

圖4提供了密度曲線，這些曲線展示了在不同的患者組中測量的cd126的表達分布。

圖5提供了密度曲線，這些曲線展示了在不同的患者組中測量的cd62l的表達分布。

圖6提供了在不同的患者組中以及在具有相關(guān)顯著性值的tb療法之前和期間的時間中，cd120b、cd126、和cd62l標(biāo)記水平的表達。

圖7提供了在tb療法之前和期間的不同時間處關(guān)于cd126標(biāo)記水平的單獨的患者數(shù)據(jù)。

圖8a至8c提供了在tb療法之前和期間的不同時間處關(guān)于cd4和cd126在示例患者細胞上的共表達的流式細胞術(shù)圖。

圖9提供了表2，該表提供了在tb療法之前和期間的不同時間處用于選擇生物標(biāo)記的配對t-檢驗分析結(jié)果。

圖10提供了表3，該表提供了用于在不同的患者組中選擇生物標(biāo)記的獨立二樣品t-檢驗分析結(jié)果。

圖11提供了在不同的患者組中以及在具有相關(guān)顯著性值的tb療法之前和期間的時間中，cd19、cd3、cd4、cd4.1、cd56、cd57和cd8標(biāo)記水平的表達。

圖12提供了在不同的患者組中以及在具有相關(guān)顯著性值的tb療法之前和期間的時間中，ccr7、cd127、cd27、cd28、和hla-dr標(biāo)記水平的表達。

詳細說明

提供了用于在受試者中獲得結(jié)核病評價的方法。這些方法的多方面包括鑒定該受試者的細胞樣品的亞群具有的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，以產(chǎn)生生物標(biāo)記標(biāo)志；并且從該生物標(biāo)記標(biāo)志獲得對該受試者的結(jié)核病評價。本發(fā)明的多方面進一步包括發(fā)現(xiàn)可用于實踐這些主題方法的試劑、裝置、系統(tǒng)、和其試劑盒。這些方法和組合物發(fā)現(xiàn)可用于各種應(yīng)用中，包括對tb的診斷和監(jiān)測。

在描述本文的方法和組合物之前，應(yīng)理解的是本發(fā)明不限于描述的具體方法或組合物，因為這些當(dāng)然可以改變。還應(yīng)當(dāng)理解，本文使用的術(shù)語僅是出于描述具體實施例的目的，并且不旨在限制，因為本發(fā)明的范圍將僅由所附權(quán)利要求書限制。

在提供了一系列值時，應(yīng)當(dāng)理解的是每個中間值，到下限的十分之一個單位(除非上下文清晰地另外指示)，在該范圍的上限與下限之間的，也被確切披露。在所述范圍中的任何所述值或中間值與在該所述范圍中的任何其他所述值或中間值之間的每個更小范圍都涵蓋在本發(fā)明內(nèi)。這些更小范圍的上限和下限可以獨立地被該范圍包括或排除，并且其中均被包括或都不被包括在這些較小范圍中的限值的每個范圍也被涵蓋在本發(fā)明內(nèi)，服從于所述范圍中任何確切排除的限值。在所陳述的范圍包括一個或兩個限制時，排除了那些被包括的限制的任一個或兩者的范圍也被包括在本發(fā)明之內(nèi)。

除非另外定義，在此使用的所有技術(shù)性和科學(xué)性術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員通常所理解的相同的含義。雖然類似于或等同于在此描述的那些的任何方法和材料可以用于本發(fā)明的實踐或測試中，現(xiàn)在將對一些潛在的且優(yōu)選的方法和材料進行描述。本文的所有出版物通過引用并入本文，以公開和描述與被引用的出版物相關(guān)的方法和/或材料。應(yīng)理解本披露替代所結(jié)合的出版物的任何披露，到存在矛盾的程度。

如將對于本領(lǐng)域技術(shù)人員清楚的是，在閱讀本披露時，在此描述和說明的單獨實施例中的每一個具有離散的組成部分和特征，這些組成部分和特征可以在不偏離本發(fā)明的范圍或精神的情況下易于與任何其他若干實施例的特征分離或組合?？梢园凑账鶖⑹龅氖录捻樞蚧虬凑者壿嬌峡尚械娜魏纹渌樞蜻M行任何敘述的方法。

應(yīng)指出，如在此使用的，并且在所附權(quán)利要求書中，單數(shù)形式“一個”、“一種”、以及“該”包括復(fù)數(shù)指代物，除非上下文另外清晰地指示。因此，例如提及“一個細胞”包括多個這樣的細胞，并且提及“該肽”包括對一個或多個肽及其等效物(例如本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多肽)的提及，等等。

只提供在本申請的申請日之前的本文所討論的出版物的公開內(nèi)容。本文不應(yīng)被解釋為承認(rèn)由于先前發(fā)明而本發(fā)明不能獲得比此種出版物更早的申請日。另外，所提供的出版物的日期可以不同于實際公開日期，實際公開日期可能需要被獨立確認(rèn)。

方法

本披露提供了用于作出受試者的tb評價的方法。作出“tb評價”或“受試者的tb評價”，意為關(guān)于tb評估受試者，該評估可以是多種形式，包括但不限于診斷受試者中tb的存在，臨床檢測受試者中的tb(例如受試者中tb的進展)等。診斷tb包括例如診斷tb疾病，并且在一些情況下例如在潛伏性tb感染、進展性tb疾病、耐藥性tb疾病等之間辨別。包括tb診斷的評價還可以包括對于疑似患有tb感染或tb疾病的受試者確定治療或治療歷程。臨床監(jiān)測tb包括例如評估受試者中tb的臨床進展，包括例如評估治療效果和患者對治療的反應(yīng)，評估治療終點，治療后隨訪，等。

tb評價可以通過產(chǎn)生和分析生物標(biāo)記標(biāo)志來獲得。在一些情況下，tb評價例如tb診斷是通過檢測針對受試者例如疑似患有tb的受試者獲得的特定生物標(biāo)記標(biāo)志來獲得。在其他情況下，tb評價例如臨床評價，包括但不限于例如tb疾病狀態(tài)的臨床評價、tb疾病進展的臨床評價、tb治療進展的臨床評價或tb治療結(jié)果的臨床評價，是通過檢測針對已知患有tb的受試者獲得的特定生物標(biāo)記標(biāo)志來獲得。

在某些實施例中，包括產(chǎn)生或分析生物標(biāo)記標(biāo)志的tb評價還包括進一步的評價或測試，使得該生物標(biāo)記標(biāo)志的產(chǎn)生或分析是更廣泛評估方案的一個成分，該廣泛評估方案可以包括例如多個測試。在一些情況下，tb評價可以包括在一個或多個另外的臨床評估或測試之前、與其同時、或在其后，產(chǎn)生或分析生物標(biāo)記標(biāo)志。例如，包括產(chǎn)生或分析生物標(biāo)記標(biāo)志的tb評價可以在常規(guī)臨床評估之后進行，該常規(guī)臨床評估包括但不限于例如常規(guī)身體檢查、常規(guī)血液檢查、常規(guī)肺功能測試、常規(guī)tb測試等。在其他實施例中，tb評價基本上由一種或多種生物標(biāo)記標(biāo)志的產(chǎn)生或分析組成。

可以貢獻于tb評價的另外的臨床評估或測試，在本文還稱作“其他臨床測試”，可以變化并包括可用于評價tb感染、tb疾病、其他肺部疾病(例如本文描述的那些)或一般肺功能的那些測試。例如，在一些情況下，評價包括一種或多種肺功能測試，包括但不限于：用力肺活量(fvc)、fvc％p、1秒用力呼氣量(fev1)、fev1％(fev1/fvc)、呼氣峰流量(pef)、用力呼氣流量25％-75％或25％-50％(fef25％-75％或25％-50％)、用力吸氣流量25％-75％或25％-50％(fif25％-75％或25％-50％)、用力呼氣時間(fet)、潮氣量(tv)、最大通氣量(mw)、功能殘氣量(frc)、肺一氧化碳彌散量(dlco)等?？梢杂米魅绫疚拿枋龅膖b評價的一部分或與tb評價組合的其他臨床測試包括但不限于計算機斷層成像(ct)掃描、正電子發(fā)射斷層成像(pet)掃描、組合pet-ct掃描、磁共振成像(mri)、痰涂片、培養(yǎng)、基因檢測、蛋白質(zhì)組學(xué)檢測等。例如，在一些情況下，tb評價可以包括一種或多種ct、pet、組合pet/ct或mri掃描以及此類掃描的分析，例如如在以下中描述的：斯庫拉(skoura)等人，國際感染疾病雜志(intjinfectdis.)2015，32:87-93；福斯特(vorster)等人，分子成像和放射性核素療法(molimagingradionuclther.)2015，5；24(1):42；科爾曼(coleman)等人，科學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)(scitranslmed.)2014,6(265):265ra167；陳(chen)等人，科學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)2014年12月3日；6(265):265ra166以及福斯特等人，當(dāng)前肺科觀點(curropinpulmmed.)2014，20(3):287-93，將這些文獻披露通過引用以其全文并入本文。

在某些實施例中，在作出tb評價中，可以除了本文描述的tb評價外進行一種或多種常規(guī)tb測試，例如以確證或否證先前常規(guī)tb測試的結(jié)果。常規(guī)tb測試包括例如tb篩選測試。在某些情況下，常規(guī)tb評價可以用作綜合tb評價的一個組分，例如與包括確定如本文描述的生物標(biāo)記標(biāo)志的評價結(jié)合使用，這可以導(dǎo)致對tb治療或tb診斷的評估。常規(guī)tb測試可以用于檢測潛伏性tb和tb疾病?？梢圆捎萌魏伪憷膖b測試方法，包括但不限于例如tb皮膚測試(tst)、tb血液測試等。常規(guī)tb測試通常是由保健提供者或當(dāng)?shù)亟】挡糠纸o出，并且可以被認(rèn)為是篩選測試。對常規(guī)tb測試的陽性反應(yīng)通常指示對另外的測試的需要，例如以確證tb感染或以確定受試者是否患有tb疾病。在一些情況下，使用本文描述的tb評價，進行由對常規(guī)tb測試的陽性反應(yīng)所指示的另外的測試。

在某些實施例中，tb評價可以包括確定、評價、或測量除了本文描述為“tb宿主生物標(biāo)記”的那些外的生物標(biāo)記。此類另外的生物標(biāo)記包括除了本文描述的“tb宿主生物標(biāo)記”之外的可以用于診斷tb、評價tb疾病狀態(tài)、監(jiān)測tb疾病進展、評估tb治療效力、或評價總體健康的那些生物標(biāo)記。

在一些情況下，可以進行包括臨床監(jiān)測(包括例如治療評價的結(jié)束和隨訪評價)的tb評價以檢測耐藥性或多重耐藥性tb感染的發(fā)生，例如以指示耐藥性tb治療方案的啟動的必要性。耐藥性tb是由對至少一種一線抗tb藥物有耐藥性的tb細菌引起。多重耐藥性tb(mdrtb)對多于一種抗tb藥物例如異煙肼(inh)和利福平(rif)至少具有耐藥性。在一些情況下，通過藥物敏感性測試來進行耐藥性和多重耐藥性tb的確認(rèn)。在一些情況下，包括tb治療的監(jiān)測(例如使用本文描述的tb評價)的tb評價可以用于在藥物敏感性測試之前或與其同時檢測耐藥性和多重耐藥性tb。

如本文描述的tb評價是單獨地或與其他評估或因子相組合基于生物標(biāo)記標(biāo)志來作出的?！吧飿?biāo)記標(biāo)志”意為如本文描述的一種或多種生物標(biāo)記的存在、不存在、或相對水平如表達水平。構(gòu)成生物標(biāo)記標(biāo)志的生物標(biāo)記的數(shù)目會改變，并且在一些情況下范圍可以是從1至200，包括例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20，從1至3、從2至5、從1至5、從5至10、從2至8、從1至10、從5至15、從10至20、從20至40、從30至50、從40至60、從50至70、從60至80、從70至90、從80至100、從50至150、從100至200、從150至200等。在某些情況下，生物標(biāo)記標(biāo)志包括生物標(biāo)記的定性評估，包括例如對生物標(biāo)記的水平或表達或者水平或表達中的變化的定性評估。在一些情況下，生物標(biāo)記標(biāo)志包括生物標(biāo)記的一種或多種定量測量，包括例如生物標(biāo)記的水平或生物標(biāo)記的表達水平的測量，包括例如生物標(biāo)記的絕對表達水平的測量、生物標(biāo)記的相對表達水平的測量(例如相對于第二生物標(biāo)記或參考生物標(biāo)記或參考生物標(biāo)記水平等)、生物標(biāo)記的表達中的變化的測量(例如，生物標(biāo)記表達響應(yīng)于刺激的變化或者生物標(biāo)記表達隨著時間的變化等)等。

在一些情況下，生物標(biāo)記標(biāo)志可以包括一種或多種生物標(biāo)記的分類測量。生物標(biāo)記標(biāo)志的生物標(biāo)記的分類測量可以是定性或定量的。在一些情況下，被包括在生物標(biāo)記標(biāo)志中的生物標(biāo)記的定性分類測量是基于歸入基于分箱標(biāo)準(zhǔn)的類別內(nèi)的生物標(biāo)記的定性評估(例如，存在或不存在；陽性或陰性；高或低；高、中或低；正常或異常；充足或不足；可檢測或不可檢測；顯著或不顯著；不顯著、顯著、或非常顯著；等)。在一些情況下，被包括在生物標(biāo)記標(biāo)志中的生物標(biāo)記的定量分類測量是基于歸入基于分箱標(biāo)準(zhǔn)的類別內(nèi)的生物標(biāo)記的定量測量(例如，存在或不存在；陽性或陰性；高或低；高、中或低；正?；虍惓?；充足或不足；可檢測或不可檢測；顯著或不顯著；不顯著、顯著、或非常顯著；等)。對于生物標(biāo)記標(biāo)志的生物標(biāo)記進行分類的分箱標(biāo)準(zhǔn)可以變化，并且可以通過任何便利手段確定，這些手段包括例如生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的視覺評價、生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的統(tǒng)計評價、生物標(biāo)記的經(jīng)驗測試、生物標(biāo)記或生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的基于假設(shè)的測試、生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的計算機建模等。在一些情況下，在本文其他地方更詳細描述的分箱還稱作閾值設(shè)置并用于將生物標(biāo)記分類為存在或不存在、高或低、或者高于或低于閾值。

在一些實施例中，生物標(biāo)記標(biāo)志包括對具體樣品而言對生物標(biāo)記的單一評估或測量，例如包括存在于樣品中的生物標(biāo)記的量的測量。例如，生物標(biāo)記標(biāo)志可以包括存在于流體樣品(例如受試者的血液樣品)中的特定蛋白生物標(biāo)記的量的測量。在一些實施例中，生物標(biāo)記標(biāo)志包括針對具體樣品而言對生物標(biāo)記的多個評估或測量，例如包括在樣品具體方面內(nèi)的生物標(biāo)記的水平的多個測量。例如，生物標(biāo)記標(biāo)志可以包括存在于細胞樣品(例如血液樣品)的多個細胞表面之中或之上的生物標(biāo)記的水平的多個測量。

在一些情況下，生物標(biāo)記標(biāo)志可以包括基于多個初級測量的次級測量。初級測量可以變化，并且包括本文描述的任何和全部單獨的生物標(biāo)記測量。在一些情況下，初級測量可以包括生物標(biāo)記的單獨評估或測量，例如在樣品的某方面內(nèi)的生物標(biāo)記的測量，包括例如細胞樣品的細胞的生物標(biāo)記的水平的測量。次級測量可以變化，并且將取決于初級測量或多個初級測量，并且在一些情況下包括但不限于亞組、亞類、亞群等的測量。在一些情況下，當(dāng)多個初級測量代表存在于樣品的某方面之中或之上的生物標(biāo)記的水平時，次級測量可以包括對多個初級測量的定量或分類。例如，當(dāng)多個初級測量代表單獨細胞的特定生物標(biāo)記水平的單獨測量時，次級測量可以代表對單獨細胞的生物標(biāo)記水平的進一步定量或例如基于它們單獨生物標(biāo)記水平對細胞的分類。生物標(biāo)記標(biāo)志，雖然不限于初級和次級測量或其組合，但可以基本上僅包括初級測量，基本上僅包括次級測量，或包括初級和次級測量的任何組合。

在某些實施例中，包括多于一種生物標(biāo)記的測量的生物標(biāo)記標(biāo)志允許與可以通過獨立分析生物標(biāo)記作出的評價或確定相比更高可信度的評價或確定。在一些情況下，包括多于一種生物標(biāo)記的測量的生物標(biāo)記標(biāo)志允許通過分析任何單獨生物標(biāo)記或生物標(biāo)記標(biāo)志的生物標(biāo)記的任何子組合不可作出的評價或確定。此類生物標(biāo)記標(biāo)志在一些情況下可以涉及或衍生自多維分析。在一些情況下，多維分析是使用已經(jīng)或尚未示出在區(qū)分兩個或更多個不同組(例如治療組或患者組)中具有統(tǒng)計學(xué)顯著性的生物標(biāo)記的組合來進行。例如，在一些情況下，第一生物標(biāo)記可以與第二生物標(biāo)記組合使用，其中該第一生物標(biāo)記尚未示出可在統(tǒng)計學(xué)上獨立地區(qū)分兩個不同組，并且該第二生物標(biāo)記已經(jīng)示出可在統(tǒng)計學(xué)上獨立地區(qū)分兩個不同的治療組或患者組，或者反之亦然。在一些情況下，在并不可獨立地在統(tǒng)計學(xué)上區(qū)分兩個不同組的兩種生物標(biāo)記組合使用時，標(biāo)記的組合可以在統(tǒng)計學(xué)上區(qū)分兩個不同的組。在其他情況下，在可獨立地區(qū)分例如在統(tǒng)計學(xué)上區(qū)分不同組的兩種生物標(biāo)記組合使用時，標(biāo)記的組合可以更顯著地區(qū)分不同的組。

在某些情況下，生物標(biāo)記標(biāo)志可以包括具體樣品的一個或多個經(jīng)鑒定或評估或測量的具有在樣品內(nèi)可變化的共享特征或共享具體方面的亞組或亞群或群體部分。本文可互換使用的“亞組”或“亞群”或“部分”意指樣品的較大組或較大群體的一部分，這一部分與較大組或較大群體的差別在于一種或多種共同特征或共同方面。例如，亞群可以共享共同生物標(biāo)記或特征或分類生物標(biāo)記水平，包括例如生物標(biāo)記表達水平。在一些情況下，亞組或亞群的共同特征或共同方面可以與共享的生物標(biāo)記相關(guān)，包括但不限于例如共享的特定生物標(biāo)記的存在或不存在，共享的特定生物標(biāo)記的水平，共享的特定生物標(biāo)記的表達，共享的特定生物標(biāo)記的水平變化，共享的特定生物標(biāo)記的表達變化等。在一些實施例中，亞組或亞群的共同特征或共同方面可以與生物標(biāo)記不相關(guān)，并且可以是該亞組或亞群的單獨單位的一些其他方面。亞組或亞群的單獨單位的其他方面即非tb生物標(biāo)記方面可以變化，并且可以是可確定、可視化、檢測、測量、分類等的單獨單位的任何便利方面。

在某些情況下，一個或多個亞群是其一部分的群體可以是細胞群體，例如細胞樣品的細胞或細胞樣品的細胞的一部分。在群體內(nèi)的細胞的細胞亞群可以是或可以不是互相排斥的，即此類亞群可以重疊或可以不重疊并且在一些情況下可以重疊1％至100％，包括例如從1％至10％、從10％至20％、從20％至30％、從30％至40％、從40％至50％、從50％至60％、從60％至70％、從70％至80％、從80％至90％、從90％至100％、從1％至50％、從50％至100％、90％、95％、100％等。

細胞的細胞亞群將在限定特定亞群的共同或共享的方面或特征中是不同的。在一些情況下，可以限定細胞亞群的方面包括但不限于例如細胞大小、細胞形狀、細胞顆粒度、細胞不透明度、細胞核與胞質(zhì)比率、細胞內(nèi)容物(例如，特定細胞器或細胞間生物分子或化合物(例如核酸含量、脂質(zhì)含量、碳水化合物含量等)的存在或不存在或量)、細胞間化學(xué)(例如細胞間ph)、細胞表面內(nèi)容物(例如特定細胞膜組分(例如細胞表面蛋白、細胞表面脂質(zhì)、細胞表面碳水化合物等)的存在或不存在或量)。在一些情況下，細胞亞群可以通過一種或多種特定生物標(biāo)記的存在或不存在或水平(包括表達水平)或變化來限定。在一些實施例中，具有一定的生物標(biāo)記表達水平的亞群的細胞可以基于如本文其他地方描述的一組生物標(biāo)記表達閾值來分類。

在屬于兩個不同細胞亞群(通過生物標(biāo)記閾值分開，如下所述)的兩個細胞之間的生物標(biāo)記表達的差別或者在兩個細胞亞群之間生物標(biāo)記表達的平均差會變化。在一些情況下，例如如就特定生物標(biāo)記的相對熒光(如通過流式細胞術(shù)分析的)而言測量的，在屬于不同亞群的兩個細胞之間的生物標(biāo)記表達的范圍可以為超過7log。例如，在一些情況下，第一亞群的細胞可以具有不同于第二亞群細胞的生物標(biāo)記表達的生物標(biāo)記表達水平(例如如通使用本文描述的熒光報告物檢測的)，兩者相差從0.1至10⁷倍的任何數(shù)字，包括但不限于例如從從0.1至1倍、從0.1至10倍、從0.1至10²倍、從0.1至10³倍、從0.1至10⁴倍、從0.1至10⁵倍、從0.1至10⁶倍、從1至10倍、從1至10²倍、從1至10³倍、從1至10⁴倍、從1至10⁵倍、從1至10⁶倍、從1至10⁷倍、從10至10²倍、從10至10³倍、從10至10⁴倍、從10至10⁵倍、從10至10⁶倍、從10至10⁷倍、從10²至10³倍、從10²至10⁴倍、從10²至10⁵倍、從10²至10⁶倍、從10²至10⁷倍、從10³至10⁴倍、從10³至10⁵倍、從10³至10⁶倍、從10³至10⁷倍、從10⁴至10⁵倍、從10⁴至10⁶倍、從10⁴至10⁷倍、從10⁵至10⁶倍、從10⁵至10⁷倍、以及從10⁶至10⁷倍。

在一些情況下，可以確定具有高于或低于具體生物標(biāo)記閾值水平的生物標(biāo)記水平的細胞數(shù)目，例如以進一步確定具有高于或低于具體樣品群體的具體閾值的生物標(biāo)記水平的細胞部分。在某些情況下，具體樣品群體的細胞亞群或細胞部分的大小可以用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志和作出tb評價。在一些實施例中，具有高于或低于具體閾值的生物標(biāo)記水平的具體樣品群體的單一細胞亞群或單一細胞部分的大小可以構(gòu)成生物標(biāo)記標(biāo)志。在其他實施例中，具有高于或低于具體閾值的生物標(biāo)記水平的具體樣品群體的多個細胞亞群或多個細胞部分的大小可以構(gòu)成生物標(biāo)記標(biāo)志。測量的和/或鑒定的用于產(chǎn)生生物標(biāo)記標(biāo)志的具體樣品群體的細胞亞群或細胞部分的數(shù)目可以變化，并且在一些情況下范圍可以為從1至200，包括例如1至100、1至50、1至20、1至15、1至10、5至15、2至10、5至10、7至10、3至10、3至7、3至5等。

在一些情況下，在確定生物標(biāo)記標(biāo)志中，可以確定一個或多個第一亞群的一個或多個第二亞群。例如，在一些情況下，確定表達高于或低于具體閾值的第一生物標(biāo)記的第一亞群，并且確定表達高于或低于具體閾值的第二生物標(biāo)記的第一亞群內(nèi)的第二亞群?？梢栽谀承┣闆r下將這種分析描述為生物標(biāo)記共表達，并且可以用于確定表達共表達高于或低于某些閾值水平的兩種或更多種標(biāo)記的細胞亞群。在一些情況下，可以確定表達高于某個閾值的第一生物標(biāo)記和低于某個閾值的第二標(biāo)記的亞群，并且可以描述為例如對于第一標(biāo)記為“陽性”且對于第二標(biāo)記為“陰性”的細胞亞群。還相應(yīng)地考慮了“雙陽性”或“雙陰性”的亞群。這種分析不限于兩個亞群水平，即兩個亞群或兩種生物標(biāo)記，并且在一些情況下可以由許多亞群水平(包括一系列生物標(biāo)記)組成。在此類分析中使用的亞群和生物標(biāo)記的數(shù)目會變化，并且在一些情況下可以是但不限于從3至20的任何數(shù)目，包括例如3至19、3至18、3至17、3至16、3至15、3至14、3至13、3至12、3至11、3至10、3至9、3至8、3至7、3至6、3至5、和3至4。相應(yīng)地，亞群可以具有高于或低于具體閾值水平的生物標(biāo)記的存在或不存在的任何組合，包括例如對于第一生物標(biāo)記為“陽性”、對于第二生物標(biāo)記為“陰性”、以及對于第三生物標(biāo)記為“陽性”、或“三陽性”或“三陰性”等。這種分析不限于有區(qū)別的亞群，并且在一些情況下亞群可以重疊或亞群可以不是完整地被包含在一個或多個更高水平亞群內(nèi)。

可以從中鑒定或評估或測量細胞亞群的細胞樣品可以變化，并且包括從包含細胞的受試者獲得的任何樣品。細胞樣品可以按任何便利方式獲得，這些方式包括但不限于例如組織活檢(包括沖孔活檢、骨髓活檢以及通過取血)、支氣管抽出物、腦脊液、痰或其他體液。在一些情況下，用于鑒定亞群或產(chǎn)生生物標(biāo)記標(biāo)志或作出tb評價的細胞樣品可以不進行處理，或直接取自受試者并用于分析中，包括例如全血樣品。在其他情況下，細胞樣品可以通過對獲得自患者的樣品進行處理來獲得，包括例如從樣品分離細胞、濃縮樣品的細胞、解離樣品的細胞。在一些情況下，細胞樣品是血液樣品或經(jīng)處理的血液樣品，包括例如外周血單核細胞(pbmc)制品、血清制品、免疫細胞制品等。

在一些實施例中，細胞樣品可以獲得自初試受試者，或尚未具有任何先前醫(yī)學(xué)或藥理學(xué)介入例如尚未具有任何與疾病評價或診斷或治療(包括例如tb評價或tb治療)相關(guān)的醫(yī)學(xué)或藥理學(xué)介入的受試者。在一些實施例中，受試者可以是受治療的患者或已經(jīng)具有一定量的先前醫(yī)學(xué)或藥理學(xué)介入的患者，該介入包括例如針對障礙(如肺部障礙)或感染(如tb感染)的治療或tb治療(包括例如本文描述的那些tb治療)。

在一些情況下，tb的生物標(biāo)記標(biāo)志或評價(包括如本文描述的監(jiān)測和診斷)可以使用抗原刺激的樣品進行。可以在樣品收集之前進行抗原刺激，例如可以通過使受試者與抗原接觸在受試者中進行抗原刺激，隨后在抗原刺激后收集樣品，例如可以在已經(jīng)將樣品的細胞從受試者分離之后在培養(yǎng)物中進行抗原刺激。使用已知可激發(fā)抗原應(yīng)答的任何有用的抗原(包括結(jié)核分支桿菌(mtb)抗原)進行抗原刺激。在一些情況下，可以通過使用樣品的抗原刺激和對于刺激的存在的分析，針對抗原應(yīng)答來測試潛在的mtb抗原即衍生自結(jié)核分支桿菌但無需已知有抗原性的抗原?？捎糜跈z測抗原刺激的方法包括本文呈現(xiàn)的用于檢測生物標(biāo)記標(biāo)志中的差別的那些方法以及本領(lǐng)域中常規(guī)使用的那些方法。在其他情況下，同時使用常規(guī)的抗原刺激分析與如本文描述的宿主tb生物標(biāo)記分析的方法。例如，在一個實施例中，對抗原刺激的樣品進行處理，并且與針對非細胞相關(guān)生物標(biāo)記(例如可溶性宿主生物標(biāo)記，包括例如細胞因子和趨化因子)的水平分析樣品上清液相平行，如在此描述的對表面宿主tb生物標(biāo)記表達進行分析。在一些情況下，細胞宿主tb生物標(biāo)記和非細胞相關(guān)生物標(biāo)記的平行分析允許使兩個或更多個tb分析相關(guān)，以例如增加后續(xù)tb評價的準(zhǔn)確性或可信度。

在一些情況下，使用經(jīng)抗原刺激的樣品的如本文描述的tb評價可以包括一種或多種tb宿主生物標(biāo)記的評價或相關(guān)，這些tb宿主生物標(biāo)記顯示如與未刺激的樣品相比而言在經(jīng)抗原刺激的樣品中的差異表達。例如，在一些情況下，經(jīng)抗原刺激的樣品的tb評價可以包括一種或多種tb宿主生物標(biāo)記的評價，包括例如鑒定細胞亞群具有的tb宿主生物標(biāo)記的表達高于或低于閾值水平，該tb宿主生物標(biāo)記已經(jīng)示出在抗原刺激的樣品中的差異表達，包括但不限于例如cd41a、cd45ra、cd61、cd4v4、cd49a、cd62l等。

在多種情況下，在配置用于未刺激樣品的tb評價包括對差異表達于抗原刺激樣品中的tb宿主生物標(biāo)記的檢測時，差異表達的tb宿主生物標(biāo)記的檢測可以基于如與未刺激樣品相比在刺激樣品中的差異表達來調(diào)整(例如校正)。在一些情況下，在進行tb宿主生物標(biāo)記檢測的調(diào)整時，此類調(diào)整可以基于參考測量，包括但不限于例如抗原刺激的參考、未刺激的參考、或其組合。在多種情況下，在tb宿主生物標(biāo)記的差異表達顯示不顯著(例如統(tǒng)計學(xué)上顯著)時，這樣的顯著性缺乏可以指示對于經(jīng)抗原刺激的樣品的一個或多個調(diào)整是不必要的，并且可以根據(jù)針對未經(jīng)刺激的樣品使用的方法來評價經(jīng)抗原刺激的樣品。

在一些情況下，在作出tb評價中使用的樣品是新鮮樣品，例如在1至5天內(nèi)，包括例如在5天內(nèi)、在4天內(nèi)、在3天內(nèi)、在2天內(nèi)和在1天內(nèi)，從受試者收集的樣品。在一些情況下，在作出tb評價中使用的樣品是先前收集的樣品。先前收集的樣品可以在分析前在適當(dāng)?shù)臈l件下儲存，并且可以在儲存前處理例如分隔，包括例如去除或分隔血液樣品的具體組分或部分，或不經(jīng)處理。在一些情況下，適當(dāng)?shù)膬Υ鏃l件包括冰箱儲存，包括例如儲存在低于室溫但高于冷凍溫度，包括例如儲存在21℃和1℃之間，在10℃和1℃之間，在10℃和4℃之間等。冷藏可以在一些情況下包括冰上樣品儲存。在一些情況下，適當(dāng)?shù)膬Υ鏃l件包括冷凍條件，包括例如在范圍從0℃至-200℃的溫度下冷凍，包括例如儲存在0℃至-10℃、0℃至-20℃、-20℃至-50℃、-20℃至-60℃、-20℃至-70℃、-60℃至-80℃、-60℃至-90℃、-60℃至-100℃、-60℃至-110℃、-60℃至-120℃、-120℃至-130℃、-120℃至-140℃、-120℃至-150℃、-120℃至-160℃、-120℃至-170℃、-120℃至-180℃、-120℃至-190℃、-120℃至-200℃等。

在某些情況下，生物標(biāo)記檢測涉及生物標(biāo)記的水平的評估或評價。生物標(biāo)記的水平在一些情況下可以指代生物標(biāo)記的表達水平?！吧飿?biāo)記的表達水平”或“生物標(biāo)記表達”意為特定生物標(biāo)記存在于樣品中的水平，并且可以包括但不限于例如體液中的可溶性生物標(biāo)記的水平、存在于樣品中的細胞生物標(biāo)記的水平、存在于細胞內(nèi)的細胞生物標(biāo)記的水平、存在于細胞上的細胞生物標(biāo)記的水平、存在于細胞表面上的細胞生物標(biāo)記的水平、存在于細胞膜上的細胞生物標(biāo)記的水平。在一些情況下，生物標(biāo)記的表達水平可以指代rna、dna的相對豐度或蛋白質(zhì)豐度或活性水平?？梢酝ㄟ^任何便利方法評估或確定或測量生物標(biāo)記的表達水平，該方法包括但不限于易于商購得到的基因芯片、基因陣列、珠粒、多重pcr、定量pcr、連綴分析、rna印跡分析、蛋白質(zhì)印跡分析、蛋白質(zhì)表達、熒光激活細胞分選術(shù)(facs)、酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)、化學(xué)發(fā)光研究、酶學(xué)測定、或任何其他方法、用于確定和/或分析表達的儀器和系統(tǒng)。

在某些實施例中，生物標(biāo)記檢測和/或生物標(biāo)記水平的測量是使用流式細胞術(shù)進行的。流式細胞術(shù)是用于對懸浮于流體流中的顯微粒子計數(shù)、檢查和分選的技術(shù)。它允許流過光學(xué)和/或電子檢測儀器的單細胞的物理和/或化學(xué)特征的同時多參數(shù)分析。熒光激活細胞分選術(shù)(facs)是流式細胞術(shù)的特化類型。facs提供了用于基于每個細胞的特異性光散射和熒光特征將生物細胞的異質(zhì)混合物分選到兩個或更多個容器中的方法，通常一次一個細胞。流式細胞儀和facs機器是有用的科學(xué)器械，因為它們提供了來自單獨細胞的信號(例如熒光信號)的快速、客觀和定量記錄和/或細胞特征(例如大小、顆粒度、活力等)的檢測，以及特別感興趣的細胞的物理分離。例如當(dāng)通過在細胞之上或之中存在的任何標(biāo)記定量和/或分選細胞時，在流式細胞術(shù)中使用的熒光信號典型地是熒光標(biāo)記的抗體制品或熒光標(biāo)記的用于結(jié)合至抗體或其他抗原-、表位-或配體-特異性試劑上的配體，例如用生物素/抗生物素蛋白結(jié)合系統(tǒng)或熒光標(biāo)記的且任選地可尋址的珠粒(例如微球或微珠粒)。通過流式細胞術(shù)的光學(xué)件和/或電子件檢測的標(biāo)記或標(biāo)記組合不同，并且在一些情況下包括但不限于：細胞表面標(biāo)記、細胞內(nèi)抗原和核抗原、dna、rna、細胞色素、細胞代謝物、蛋白質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)基因蛋白、酶學(xué)測定、細胞凋亡指示物、細胞活力、細胞氧化狀態(tài)等。

在某些情況下，使用檢測試劑進行流式細胞術(shù)，該檢測試劑例如具有針對細胞的感興趣生物標(biāo)記抗原(例如細胞表面上存在的生物標(biāo)記)的特異性親和力的經(jīng)熒光染料標(biāo)記的抗體，例如單克隆抗體。將細胞樣品與檢測試劑在足以允許檢測試劑結(jié)合生物標(biāo)記抗原的條件下接觸，并且將樣品的細胞加載到流式細胞儀中，例如通過將整個樣品或未修飾樣品的一部分加載到流式細胞儀中或通過先將細胞使用本領(lǐng)域中已知的或本文描述的細胞分離方法從細胞樣品分離并將分離的細胞重懸浮于適合的緩沖液例如運行緩沖液中。加載到流式細胞儀中的細胞運行通過流式細胞儀，例如通過使包含細胞的緩沖液或液體樣品流動通過流式細胞儀的流動池。流式細胞儀檢測細胞經(jīng)過流式細胞儀的一個或多個檢測區(qū)域時的事件。例如，流式細胞儀可以在將熒光染料用特定波長的光激發(fā)時檢測從檢測試劑的熒光染料發(fā)出的熒光。在一些情況下，流式細胞儀檢測特定細胞的特定信號(例如特定檢測試劑的熒光)的相對強度，例如對存在于細胞表面上的標(biāo)記水平定量和/或定性地對細胞分類，例如定性地分類為對于特定標(biāo)記為陽性的細胞或?qū)τ谔囟?biāo)記為陰性的細胞。通過流式細胞儀，在具有或不具有來自操作者的輸入的情況下對檢測的事件進行計數(shù)或以另外方式評估，并且將檢測的事件用于確定例如細胞總數(shù)、結(jié)合至特定檢測試劑上的細胞的數(shù)目或比例、細胞群體的特定特征的總體存在或量等?？捎糜诹魇郊毎g(shù)的檢測試劑例如包括但不限于抗體可以在實驗室中使用良好確立的方法創(chuàng)建并且是例如從bd(富蘭克林湖(franklinlakes)，新澤西州(nj))和bd生物科學(xué)(圣何塞(sanjose)，加利福尼亞州(ca))可商購的。

在一些情況下，生物標(biāo)記閾值是通過對已知在其受試生物標(biāo)記的表達方面不同的兩個單獨細胞群體中的生物標(biāo)記表達水平進行比較來確定。例如，已知表達高水平的生物標(biāo)記x的第一細胞群體是例如在流式細胞儀上測量，并且與已知表達低水平的生物標(biāo)記x的第二細胞群體進行比較，并且該比較用于確定可用于對具有低或高水平生物標(biāo)記x表達的細胞進行分類的閾值水平。

在一些情況下，生物標(biāo)記閾值時通過對細胞群體內(nèi)的生物標(biāo)記的水平的比較來確定，所述細胞群體例如具有未知生物標(biāo)記x表達水平的細胞群體或疑似包含具有不同生物標(biāo)記x表達水平的細胞亞群的細胞群體。例如，生物標(biāo)記x的表達水平是在具有至少充足數(shù)目細胞的流式細胞儀上測量以使得可以對測量繪圖，例如繪制直方圖，并且在兩個或更多個細胞亞群之間的分離是基于生物標(biāo)記x的單獨的細胞表達水平來揭示。相應(yīng)地，流式細胞儀操作者可以然后確定可以用于將細胞分類為屬于具體亞群的亞群之間閾值水平，所述具體亞群例如具有生物標(biāo)記x的低表達水平的亞群或具有生物標(biāo)記x的高表達水平的亞群。

在一些情況下，生物標(biāo)記閾值是基于流式細胞儀的檢測限值。例如，如果細胞群體的細胞具有任何可檢測水平的特定生物標(biāo)記，這些細胞可以被鑒定為表達特定生物標(biāo)記(即對于特定生物標(biāo)記為陽性)。同樣，如果細胞群體的細胞不具有可檢測水平的特定生物標(biāo)記，這些細胞可以被鑒定為不表達特定生物標(biāo)記(即對于特定生物標(biāo)記為陰性)。相應(yīng)地，流式細胞儀的檢測水平可以用于確定生物標(biāo)記閾值。

在一些情況下，生物標(biāo)記閾值是基于例如從先前進行的對照實驗或先前獲得的參考表達水平先前所確定的生物標(biāo)記表達水平(即參考生物標(biāo)記水平)。例如，在例如來自tb患者和健康患者(例如本文描述的那些)的先前分析的患者樣品中確定的生物標(biāo)記表達水平可以用于確定生物標(biāo)記閾值水平。在一些情況下，從健康受試者獲得的細胞的預(yù)期生物標(biāo)記表達水平可以用于確定正常的生物標(biāo)記表達水平，以使得可以確定代表正常生物標(biāo)記表達范圍的生物標(biāo)記閾值。在此類情況下，在正常生物標(biāo)記表達范圍之外即之上或之下的生物標(biāo)記表達被認(rèn)為高于或低于具體生物標(biāo)記閾值。在一些情況下，此類先前確定的生物標(biāo)記表達水平或先前確定的閾值水平的使用允許在不存在對照或參考細胞樣品的情況下進行細胞分析以及細胞亞群的鑒定。

在本披露的一些方面中，提供生物標(biāo)記以用于作出tb評價并且用于產(chǎn)生用以作出tb評價的生物標(biāo)記標(biāo)志。“生物標(biāo)記”或在一些情況下簡單地“標(biāo)記”意為其在樣品中的呈現(xiàn)與臨床表型或臨床結(jié)果相關(guān)的任何分子的、化學(xué)的、或生理的因子。例如，tb生物標(biāo)記可以相比于健康個體有差異地呈現(xiàn)于患有tb的受試者樣品中，或者相比于患有非tb肺病的受試者有差異地呈現(xiàn)于患有tb的受試者樣品中，或者相比于對tb療法沒反應(yīng)的受試者有差異地呈現(xiàn)于對tb療法有反應(yīng)的受試者樣品中，或者相比于不需要tb療法的受試者有差異地呈現(xiàn)于需要tb療法的受試者樣品中，或者相比于不需要另外的tb療法的受試者有差異地呈現(xiàn)于需要另外的tb療法的受試者樣品中。

可以作為生物標(biāo)記評估的具體試劑包括但不限于例如多肽(例如肽、蛋白、脂蛋白等)、碳水化合物、脂質(zhì)、代謝物、氨基酸、電解質(zhì)、核酸(例如dna、mrna、microrna等)等。可用于評價tb或補充tb評價的生物標(biāo)記可以與細胞相關(guān)即“細胞生物標(biāo)記”，或不與細胞相關(guān)即“非細胞相關(guān)的生物標(biāo)記”。在一些情況下，非細胞相關(guān)的生物標(biāo)記包括可溶性宿主生物標(biāo)記，例如宿主血清標(biāo)記?！八拗餮鍢?biāo)記”意為存在于受試者血清中的可以用于診斷疾病或感染、評價疾病狀態(tài)或監(jiān)測疾病進展或治療功效的那些標(biāo)記。在某些情況下，另外的生物標(biāo)記可以包括受試者或患者特征，包括例如生理特征(例如血容量、血壓、心率、血液ph、血氧、耗氧量、呼吸率、基礎(chǔ)代謝、體溫、水平衡、尿液密度、蛋白尿、氨基酸尿、肌氨酸尿等)或行為特征(例如語言功能、視覺功能、嗅覺功能、聽覺功能、觸覺功能、記憶功能、運動等)。特定另外的生物標(biāo)記的存在、不存在或水平(例如高水平或低水平)或特定生物標(biāo)記變化(包括例如生物標(biāo)記水平或生物標(biāo)記表達變化(即增加的水平或表達或者降低的水平或表達))，如tb評價中所包括的，可以與具體tb診斷或臨床評估相關(guān)。此類另外的生物標(biāo)記在下文更詳細地描述。

由宿主表達的那些生物標(biāo)記，例如由宿主細胞表達的或在宿主細胞上表達的生物標(biāo)記可以稱作宿主生物標(biāo)記。在一些情況下，與非感染受試者或不患有tb疾病的受試者相比，由感染有tb的宿主或患有tb疾病的受試者差異地表達的宿主生物標(biāo)記稱作tb宿主生物標(biāo)記?？梢酝ㄟ^任何便利的方法(包括先前針對生物標(biāo)記描述的那些方法)對tb宿主生物標(biāo)記進行檢測、測量、或評估。

可用于作出本披露的評價的受試者生物標(biāo)記包括例如細胞因子、細胞因子受體、以及炎癥標(biāo)記。細胞因子和細胞因子受體對于細胞信號傳導(dǎo)以影響其他細胞的行為是重要的，但通常不是激素或生長因子。在一些情況下，可用作生物標(biāo)記的細胞因子或其受體包括但不限于趨化因子、干擾素、白介素、淋巴因子、腫瘤壞死因子、等。此類細胞因子產(chǎn)生于寬范圍的不同細胞中，這些細胞包括但不限于免疫細胞、巨噬細胞、b淋巴細胞、t淋巴細胞、肥大細胞等。此類細胞因子還產(chǎn)生于非免疫細胞或并未必是免疫細胞的細胞中，例如內(nèi)皮細胞、成纖維細胞、基質(zhì)細胞等。

在某些實施例中，tb宿主生物標(biāo)記包括通過流式細胞儀的光學(xué)件和/或電子件檢測的標(biāo)記或標(biāo)記組合。在一些情況下，此類標(biāo)記是表達于或展示于細胞表面上的并且用于基于相同的一種或多種標(biāo)記的相似表達水平鑒定細胞亞群的表面抗原(例如蛋白)。在其他情況下，此類標(biāo)記是可以通過流式細胞儀的光學(xué)件和/或電子件檢測的細胞特征，如本文所述。感興趣的標(biāo)記包括但不限于列于表1-3中的那些。感興趣的標(biāo)記包括在邦費羅尼校正后在不同治療組(例如在啟動治療之后的不同時間點處的組)以及對照組(例如健康對照或患有其他肺病的對照)中示出顯著不同的表達水平的本文描述的那些標(biāo)記，通過任何本文使用的統(tǒng)計學(xué)方法在不同的治療組和對照組中示出顯著不同的表達水平的那些標(biāo)記，以及不論統(tǒng)計學(xué)顯著性在治療和/或?qū)φ战M中示出表達趨勢的那些標(biāo)記。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于診斷受試者中tb的生物標(biāo)記是在從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與健康對照參考進行比較。在一些實施例中，在疑似患有tb的受試者中，tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小小于參考標(biāo)準(zhǔn)的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于診斷受試者中tb的生物標(biāo)記是在從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與健康對照參考進行比較。在一些實施例中，在疑似患有tb的受試者中，tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小大于參考標(biāo)準(zhǔn)的大小，該tb宿主生物標(biāo)記例如包括但不限于cd126和fmlpr。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于診斷患有其他肺病的受試者中tb的生物標(biāo)記是在從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自患有其他肺病的非tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在疑似患有tb的受試者中，tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小小于參考標(biāo)準(zhǔn)的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于診斷患有其他肺病的受試者中tb的生物標(biāo)記是在從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從疑似患有tb的受試者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自患有其他肺病的非tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在疑似患有tb的受試者中，tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小大于參考標(biāo)準(zhǔn)的大小，該tb宿主生物標(biāo)記例如包括但不限于cd120b和cd126。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于評價或診斷在tb治療的早期中(例如在治療四周后)的患者中tb的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的早期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自健康對照參考的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于評價或診斷在tb治療的早期中(例如在治療四周后)并且患有其他肺病的患者中tb的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的早期中并且患有其他肺病的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自患有其他肺病的非tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于評價或診斷在tb治療的后期中(例如在治療24周后)的患者中tb的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自健康對照參考的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于評價或診斷在tb治療的后期中(例如在治療24周后)并且患有其他肺病的患者中tb的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中并且患有其他肺病的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自患有其他肺病的非tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療的早期中(例如在治療4周后)的患者中tb治療的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的早期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自未治療的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在tb治療的早期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小小于參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療的早期中(例如在治療4周后)的患者中tb治療的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的早期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自未治療的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在tb治療的早期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小大于參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)cd58的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療的后期中(例如在治療24周后)的患者中tb治療的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自未治療的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在tb治療的后期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小小于參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療的后期中(例如在治療24周后)的患者中tb治療的生物標(biāo)記是在從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自未治療的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較。在一些實施例中，在tb治療的后期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小大于參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)ccr6、cd107a、cd44、cd45rb、和cd58的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療期間患者中tb治療進展的生物標(biāo)記是在治療期間的不同時間點處從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自tb治療早期中的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較，或者反之亦然。在一些實施例中，在tb治療的后期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小小于針對在治療早期中的患者的參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)ccr7、cd120b、cd126、cd28、cd4、cd4v4和cd62l的大小。

在一些情況下，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以用于監(jiān)測在tb治療期間患者中tb治療進展的生物標(biāo)記是在治療期間的不同時間點處從tb治療患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中高于或低于閾值水平表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在tb治療的后期中的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自tb治療早期中的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較，或者反之亦然。在一些實施例中，在tb治療的后期中的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小大于針對在治療早期中的患者的參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)cd58的大小。

在一些情況下，可用于確定用以評價具體患者結(jié)果可能性或確定患者中tb治療歷程(例如在診斷時)的標(biāo)志的生物標(biāo)記是在具有不同治療后結(jié)果例如正面或負(fù)面結(jié)果的tb患者之間差異表達的那些tb宿主生物標(biāo)記。此類tb宿主生物標(biāo)記可以在疾病或治療的早期(例如在基線處)差異表達于從tb患者獲得的細胞樣品的細胞亞群中。例如，在一些情況下，tb宿主生物標(biāo)記的表達水平被測量并用以確定從在疾病或治療的早期的患者獲得的細胞樣品的細胞亞群的相對大小，并且將該亞群的大小與衍生自具有已知治療結(jié)果的tb受試者的參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較?？梢允褂萌魏伪憷椒ㄓ糜诖_定tb患者治療結(jié)果，這些方法包括但不限于本文描述的那些臨床評估和/或測試，包括例如臨床診斷、pet掃描、組合pet-ct掃描等。在一些實施例中，在疾病或tb治療的早期的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小顯著不同于衍生自具有負(fù)面治療結(jié)果(例如臨床上診斷為未治愈，pet掃描未改善，組合pet-ct掃描不良等)的tb患者的參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。在一些實施例中，在疾病或tb治療的早期的患者中，其中tb宿主生物標(biāo)記的表達高于具體閾值的細胞亞群的相對大小顯著不同于衍生自具有正面治療結(jié)果(例如臨床上診斷為治愈，pet掃描改善，組合pet-ct掃描良好等)的tb患者的參考標(biāo)準(zhǔn)例如(包括但不限于)cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

在某些實施例中，基于包括除了本文描述的tb宿主生物標(biāo)記之外的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記標(biāo)志作出評價。在某些情況下，此類另外的生物標(biāo)記可以稱作“非tb宿主生物標(biāo)記”或簡單地“另外的生物標(biāo)記”?？捎糜趯σ伤苹加衪b或已知患有tb的受試者作出評價的任何便利的非tb宿主生物標(biāo)記或另外的生物標(biāo)記，包括例如用于評價總體健康或非tb相關(guān)病癥或障礙的生物標(biāo)記，可以發(fā)現(xiàn)用于本文描述的評價。

在某些實施例中，在基于包括除了本文描述的tb宿主生物標(biāo)記之外的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記標(biāo)志作出評價時，此類另外的生物標(biāo)記可以包括通過測定在獲得自不同治療組或患者組的細胞中的具體基因的mrna相對量而鑒定的基因表達變化，例如宿主細胞(例如宿主血液細胞)內(nèi)的基因表達變化。例如，差異表達于肺tb患者中的在治療的不同點處(例如在診斷時和在治療期間)測定的基因包括但不限于克利夫(cliff)等人(2013)感染疾病雜志(j.infect.dis.)207(1):18-29中描述的那些，將該文獻披露通過引用結(jié)合在本文中。

在一些情況下，某些生物標(biāo)記具有證明將它們從特定生物標(biāo)記標(biāo)志或tb評價排除的特征?？梢宰C明從生物標(biāo)記標(biāo)志排除的生物標(biāo)記的特征包括但不限于例如對照樣品中生物標(biāo)記的高基線表達、生物標(biāo)記的低基線表達、生物標(biāo)記的可變表達等。例如，在一些情況下，在tb治療期間在患者中，可用于確定生物標(biāo)記標(biāo)志以監(jiān)測tb治療進展的生物標(biāo)記特定地排除以高水平表達的宿主tb生物標(biāo)記。例如，在一些情況下，在兩個治療組之間示出統(tǒng)計學(xué)顯著性差異的生物標(biāo)記可以從用以作出tb評價的生物標(biāo)記標(biāo)志排除，例如因為這種差異不是生物學(xué)上有意義的。以高水平表達的宿主tb生物標(biāo)記可以變化，并且在一些情況下包括但不限于存在于85％至100％包括例如86％至100％、87％至100％、88％至100％、89％至100％、90％至100％、91％至100％、92％至100％、93％至100％、94％至100％、95％至100％、96％至100％、97％至100％、98％至100％、99％至100％、85％至99％、90％至99％、和95％至99％的測量細胞群體中的那些標(biāo)記。

主題披露描述了用于提供可在作出tb評價中使用的生物標(biāo)記標(biāo)志的生物標(biāo)記評估和/或測量。生物標(biāo)記評估和/或測量以及產(chǎn)生的生物標(biāo)記標(biāo)志在作出tb評價中的用途將如本文描述的變化。在某些實施例中，對受試者的tb評價(例如用于在受試者中診斷tb或臨床監(jiān)測tb中使用)是通過檢測從受試者獲得的宿主tb生物標(biāo)記的水平來進行的，這些宿主tb生物標(biāo)記例如包括存在于細胞表面上的tb宿主生物標(biāo)記的tb宿主生物標(biāo)記。例如，用于作出受試者的評價的宿主生物標(biāo)記的水平可以被測量并與具體生物標(biāo)記閾值進行比較，例如以確定生物標(biāo)記是否高于具體閾值水平或低于具體閾值水平而存在。在某些情況下，對生物標(biāo)記水平高于或低于具體生物標(biāo)記閾值水平的樣品的細胞數(shù)目或比例進行確定例如以鑒定具體亞群或多個亞群或者以產(chǎn)生生物標(biāo)記標(biāo)志，并且用于作出評價。

生物標(biāo)記標(biāo)志在作出tb評價中的用途將變化，并且可以取決于具體受試者或患者群體以及具體tb評價的目的。生物標(biāo)記標(biāo)志可以與參考生物標(biāo)記標(biāo)志進行比較，以指導(dǎo)診斷或治療或監(jiān)測治療或監(jiān)測疾病進展，并且tb評價的具體方面可以取決于具體受試者的病史或治療環(huán)境。

在某些實施例中，具有潛伏性tb感染的人可以仍然不進行治療，而可以使用本文描述的評價來監(jiān)測tb感染，例如可以監(jiān)測未治療的tb感染受試者以便檢測或預(yù)測tb疾病的發(fā)展。在其他情況下，可以治療具有潛伏性tb感染的人例如以防止tb疾病的發(fā)展，并且可以使用本文描述的評價來監(jiān)測tb感染，例如可以監(jiān)測經(jīng)歷治療的tb感染受試者以便檢測或預(yù)測tb疾病的發(fā)展。當(dāng)用于監(jiān)測例如監(jiān)測tb感染或tb疾病時，tb評價的頻率可以變化并且范圍可以為例如每日到每年的頻率，包括但不限于每日、每隔一天、每兩天、每周兩次、每周、隔周一次、每三周一次、每月、每兩月一次、季度、每四月一次、每五月一次、每六月一次、每七月一次、每八月一次、每九月一次、每十月一次、每十一月一次、每年等。在一些情況下，監(jiān)測頻率可以基于受試者發(fā)展tb疾病的風(fēng)險，例如具有發(fā)展tb疾病的較高風(fēng)險的受試者，例如免疫受損的受試者，可以經(jīng)歷以高評價頻率監(jiān)測，并且具有正常免疫功能的受試者例如未免疫受損的受試者可以經(jīng)歷以低評價頻率監(jiān)測。

在某些情況下，如本文描述的tb評價可以用于監(jiān)測tb治療，例如具有潛伏性tb感染的受試者或患有tb疾病的受試者的tb治療。tb治療如本文描述的變化，在tb治療期間可以按一定的規(guī)律頻率或可變頻率進行監(jiān)測，并且在一些情況下tb治療可以包括服用一種或多種tb影響性藥物持續(xù)一個時間段，例如時間段范圍為從一個月至許多年，包括但不限于例如1至12個月、2至12個月、3至12個月、4至12個月、5至12個月、6至12個月、1至9個月、2至9個月、3至9個月、4至9個月、5至9個月、6至9個月、9個月至12個月、1年至2年、1年至3年等。在一些情況下，一次或多次tb評價是在治療的計劃結(jié)束處或附近進行，包括但不限于在治療的計劃最后一天或治療的計劃最后一天的1天至1個月內(nèi)，包括例如在1至2天內(nèi)、在2至3天內(nèi)、在3至5天內(nèi)、在一周內(nèi)、在2周內(nèi)、在3周內(nèi)、在一個月內(nèi)、等，以便確定治療是否應(yīng)按計劃停止。例如，在一些情況下，在治療的計劃結(jié)束處或其附近進行的tb評價(即治療結(jié)束評價)可以指示不應(yīng)按計劃停止治療，例如tb評價可以指示例如比tb感染或tb疾病的預(yù)期狀態(tài)更高的狀態(tài)以使得醫(yī)學(xué)專業(yè)人員會確定應(yīng)繼續(xù)治療。在其他情況下，例如治療結(jié)束評價可以指示應(yīng)早于計劃停止治療，例如tb評價可以指示例如比tb感染或tb疾病的預(yù)期狀態(tài)更低的狀態(tài)以使得醫(yī)學(xué)專業(yè)人員會確定應(yīng)停止治療。

tb的當(dāng)前治療可變化，并且具體的tb治療方案是通過醫(yī)師取決于多個臨床因素來選擇，這些因素包括但不限于例如經(jīng)受療法的具體受試者的特征，被治療的具體tb的特征例如tb疾病、潛伏性tb、耐藥性tb，等。例如，由疾病控制中心(cdc)建議的對于潛伏性tb和tb疾病的那些當(dāng)前治療包括下文表5和表6中描述的那些：

表5.潛伏性tb感染治療方案

*使用直接觀察療法(dot)

表6.基本tb疾病治療方案

縮寫：異煙肼(inh)、利福平(rif)、吡嗪酰胺(pza)、乙胺丁醇(emb)。

^*如果藥物敏感性研究證明對一線藥物的敏感性，可以停止emb。注：每周一次inh/利福噴汀的持續(xù)期可以用于胸片上不具有空腔并且在治療的起始期完成時具有陰性抗酸桿菌(afb)涂片的hiv陰性患者。

如上所指示，在一些情況下，tb治療可以包括持續(xù)期。在某些情況下，在治療的起始期之后，給予治療的持續(xù)期持續(xù)一個時間段，例如持續(xù)4或7個月。持續(xù)期的長度可以變化，并且可以取決于具體的患者特征。例如，7個月持續(xù)期被推薦用于具體患者組，包括例如患有由藥物敏感性有機物引起的空洞性肺結(jié)核并且在治療完成2個月時間處獲得的其痰液培養(yǎng)物呈陽性的患者；其治療起始期不包括pza的患者；以及用每周一次inh和利福噴汀治療且在起始期完成時獲得的其痰液培養(yǎng)物呈陽性的患者。在某些實施例中，通過使用本文描述的tb評價監(jiān)測治療可以在這種持續(xù)期期間進行。在其他情況下，通過使用本文描述的tb評價監(jiān)測治療可以在持續(xù)期之前或期間停止。

tb治療的結(jié)束通常是通過具體治療方案的完成來確定，具體治療方案例如包括例如經(jīng)給定時間段攝入多個藥物劑量的具體藥物方案。在某些情況下，包括確定的tb治療結(jié)束的tb治療方案是根據(jù)具體患者特征來修改，這些患者特征包括例如hiv感染、耐藥性、妊娠、患者年齡等。在某些情況下，tb治療的結(jié)束可以基于本文描述的tb評價結(jié)合具體治療方案的結(jié)束來確定，例如通過具體治療方案確定的tb治療結(jié)束可以基于具體tb評價結(jié)果來改變。在某些情況下，tb治療的結(jié)束可以基于本文描述的tb評價獨立于任何具體治療方案來確定，例如tb治療的結(jié)束可以基本上通過本文描述的一種或多種tb評價來確定。在一些情況下，可用于確定和/或確證tb治療結(jié)束的此類tb評價包括但不限于本文描述的那些評價，治療結(jié)束評價和治療后評價。

在一些情況下，tb治療的監(jiān)測包括在治療已經(jīng)停止后進行的一次或多次治療后評價或隨訪評價，例如以檢測tb疾病或tb感染的復(fù)發(fā)。隨訪評價的時間設(shè)定和頻率將變化，并且將取決于tb感染的特征(例如，患者是否具有潛伏性感染或tb疾病)，治療方案的特征(例如治療的持續(xù)時間)，受試者病史的特征(例如受試者是否患有或已經(jīng)患有其他肺病或治療)，受試者的復(fù)發(fā)的相對風(fēng)險(例如受試者是否免疫受損，處于變得免疫受損的增加的風(fēng)險，或未免疫受損)，以及其他考慮(例如受試者進一步隨訪測試的可得性、受試者年齡、生活質(zhì)量考慮等)。在一些情況下，可以在最后一次治療后一個時間段進行一次或多次隨訪評價，該時間段范圍為從數(shù)天到數(shù)年，包括但不限于例如從2天至10年、從2天至5年、從2天至2年、從2天至1年、從2天至9個月、從2天至6個月、從2天至3個月、從2天至2個月、從2天至1個月、從2天至3周、從2天至2周、從2天至1周、從1至2周、從1至3周、從1周至1個月、從1周至2個月、從1至6個月、從1至5個月、從1至4個月、從1至2年、從1至3年、從1至4年、從1至5年、從1至6年、從1至7年、從1至8年、從1至9年、從1至10年等。如上所討論，隨訪評價的頻率可以變化并且在一些情況下范圍可以為例如從每日到每年的頻率，包括但不限于每日、每隔一天、每兩天、每周兩次、每周、隔周一次、每三周一次、每月、每兩月一次、季度、每四月一次、每五月一次、每六月一次、每七月一次、每八月一次、每九月一次、每十月一次、每十一月一次、每年等。在一些情況下，隨訪評價是無限期地進行，例如持續(xù)受試者生命的剩余時期，并且這種無限期隨訪的需要可以取決于不同臨床因素并且可以是必要的，例如由于例如因年齡相關(guān)性免疫系統(tǒng)衰退造成的衰退的免疫功能。

本披露提供了用于對受試者作出tb評價的方法，例如通過檢測一種或多種生物標(biāo)記(包括例如tb生物標(biāo)記，例如在獲得自受試者的細胞的表面上存在的tb宿主生物標(biāo)記)的水平在受試者中診斷和臨床上監(jiān)測tb。

在一些情況下，需要tb評價的受試者可以是疑似最近例如在tb暴露(例如與tb感染的人或動物關(guān)聯(lián)或接觸)之后或在與疑似或已知包含tb細菌的材料(包括例如tb患者樣品或已知已經(jīng)與tb患者接觸過的材料)接觸之后已經(jīng)被tb細菌感染的哺乳動物，例如人類。在一些情況下，tb暴露還可以包括與tb感染人的間接關(guān)聯(lián)，包括例如占據(jù)已知已經(jīng)先前被tb感染人占據(jù)的地方，或者與已知已經(jīng)與tb感染人接觸或關(guān)聯(lián)的人的接觸或關(guān)聯(lián)。在某些情況下，當(dāng)感染或暴露發(fā)生于自從已知或疑似感染或暴露起少于1年的一個時間段內(nèi)，包括但不限于例如少于6個月、少于5個月、少于4個月、少于3個月、少于2個月、少于1個月、少于3周、少于2周、少于1周、1周、6天、5天、4天、或3天，感染或暴露可以被認(rèn)為是近期的。

在一些情況下，需要tb評價的受試者可以是疑似或已知具有潛伏性tb感染的人或者疑似或已知患有tb疾病的人。感染有tb細菌的受試者可以發(fā)展或可以不發(fā)展tb疾病，即tb感染的個體可以變得有癥狀、發(fā)展tb疾病，或保持無癥狀持續(xù)一定時間因此具有潛伏性tb感染。在tb疾病中，個體免疫系統(tǒng)不能抑制tb細菌生長，tb細菌變得有活性，無論是在新感染的個體中還是在具有潛伏性tb感染的個體中。tb疾病可以被定義為其中tb細菌在宿主體內(nèi)的活性倍增的tb感染。患有tb疾病的受試者通常是有癥狀且傳染性的。

在本文中疑似或已知具有潛伏性tb感染的人可以被描述為潛伏性tb患者或潛伏性tb感染受試者。潛伏性tb患者可以具有潛伏性tb感染持續(xù)任何時間段，并且tb疾病從潛伏性tb的發(fā)展取決于不同風(fēng)險因素的存在或不存在。許多具有潛伏性tb感染的人從未發(fā)展tb疾病。一些人在受感染后數(shù)周內(nèi)發(fā)展tb疾病，并且其他人在潛伏性感染后數(shù)年例如在例如因次級感染(例如來自次級hiv感染)變得免疫受損后發(fā)展tb疾病。在免疫受損的人中，發(fā)展tb疾病的風(fēng)險非常高于未免疫受損的人，即具有正常免疫系統(tǒng)的那些人。這樣，在一些情況下，需要tb評價的受試者可以是近來已經(jīng)具有免疫受損事件例如最近被免疫受損因子感染的受試者(該免疫受損因子包括例如引起免疫受損疾病如hiv的因子)，或最近發(fā)現(xiàn)被免疫受損因子感染的受試者。

基于具體風(fēng)險因素的累積性存在或不存在，受試者可以具有高的、正常的或低的發(fā)展tb疾病的風(fēng)險。增加受試者發(fā)展tb疾病的機會的風(fēng)險因素，即會指示高風(fēng)險的風(fēng)險因素包括但不限于最近被tb細菌感染、年齡相關(guān)的弱免疫系統(tǒng)(例如嬰兒、幼兒和老年個體)、其他削弱免疫系統(tǒng)的醫(yī)學(xué)病癥(例如hiv感染、藥物濫用、矽肺、糖尿病、嚴(yán)重腎病、低體重、器官移植、頭頸癌等)、削弱免疫系統(tǒng)的并行醫(yī)學(xué)治療(例如免疫抑制藥物、皮質(zhì)類固醇、器官移植后的抗排斥藥物、放射療法、化學(xué)療法、用于類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的治療、對于克羅恩氏病的治療等)。

在一些情況下，其中作出tb評價的受試者可以患有或不患有其他肺病，例如除tb之外的另一種肺病，或者取代tb的另一種肺病，例如可以被誤認(rèn)為是tb的另一種肺病。此類其他肺病包括但不限于：急性支氣管炎、急性呼吸窘迫綜合征(ards)、石棉肺、哮喘、支氣管擴張、細支氣管炎、閉塞性細支氣管炎機化性肺炎(boop)、支氣管肺發(fā)育異常、棉塵肺、慢性支氣管炎、球孢子菌病(cocci)、copd、隱源性機化性肺炎(cop)、囊性纖維化、肺氣腫、漢坦病毒肺綜合征、組織胞漿菌病、人偏肺病毒、過敏性肺炎、流行性感冒、肺癌、淋巴管瘤病、間皮瘤、中東呼吸綜合征、非結(jié)核分支桿菌、百日咳、塵肺病(黑肺病)、肺炎、原發(fā)性纖毛運動障礙、原發(fā)性肺動脈高壓、肺動脈高壓、肺纖維化、肺血管疾病、呼吸道合胞病毒、結(jié)節(jié)病、嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合癥、矽肺、睡眠呼吸暫停、等。

在感興趣的一個實施例中，測量來自治療前的以及在標(biāo)準(zhǔn)抗結(jié)核病化學(xué)療法期間的tb患者的外周血單核細胞(pbmc)上的表面標(biāo)記的表達，以針對診斷、早期治療反應(yīng)、以及在治療結(jié)束時治愈或治愈不存在來鑒定臨床上有價值的生物標(biāo)記。在具體情況下，使用先進的流式細胞術(shù)技術(shù)例如來自bd公司(bd或bdt)的那些來評估來自參與臨床研究(例如比爾與美琳達·蓋茨基金會(bmgf)資助的研究)的極其良好表征的tb患者的樣品。在某些情況下，本文提供的方法用于發(fā)現(xiàn)針對tb治療反應(yīng)和診斷的宿主候選生物標(biāo)記，或者用于評估先前通過facs^tmcap(cap：組合抗體譜)鑒定的針對tb治療反應(yīng)和診斷的生物標(biāo)記。在一些情況下，宿主生物標(biāo)記是基于pbmc表面分子表達，并且與人類tb疾病狀態(tài)、疾病程度、和治療結(jié)果(包括例如早期治療反應(yīng)和在標(biāo)準(zhǔn)抗tb療法結(jié)束時的治愈)相關(guān)。本文提供了此類實施例的具體實例，包括例如使用bdt開發(fā)的facs^tmcap技術(shù)以發(fā)現(xiàn)充當(dāng)tb疾病狀態(tài)的指示物的外周血細胞表面標(biāo)記。

bdfacs^tmcap是細胞表面蛋白的多維分析，以用于使用半自動高通量流式細胞術(shù)快速表征人類細胞表面蛋白表達譜。該技術(shù)允許使用抗體的寬泛選擇來對人類細胞表面標(biāo)記的表達進行表征和定量。96孔板配置允許使用多于200種針對關(guān)鍵細胞表面標(biāo)記的抗體進行細胞測試?？贵w檢測呈現(xiàn)細胞間通路、細胞凋亡、細胞增殖、細胞間信號傳導(dǎo)、趨化性、細胞粘附和細胞運動的細胞表面蛋白。在其他情況下，facscap被配置有抗體以監(jiān)測特異性免疫功能和炎癥反應(yīng)。96孔板的一些孔包含適當(dāng)?shù)耐N型對照或未染色的細胞。在每個孔中隨機地將抗體排成3×3陣列。

facscap的一種配置由229種直接綴合的在96孔板中排列為三色混合物的抗體組成，這使得能夠?qū)?29個單獨的表面標(biāo)記的每一種進行表征。在96孔篩選板上對每個單獨的感興趣細胞類型進行分析，并且在配備有高通量采樣器的流式細胞儀上采集數(shù)據(jù)。然后使用半自動定制流式細胞術(shù)軟件對每個細胞類型的每個標(biāo)記的表達水平進行計算。在某些情況下，以高效方式表征表面標(biāo)記譜的facscap過程被適配為并入用于染色的自動化液體處理、用于數(shù)據(jù)采集的自動化流式細胞術(shù)、以及用于自動化數(shù)據(jù)分析的標(biāo)準(zhǔn)化算法。

組合物

本披露提供了可用于實踐本文披露的用以對受試者作出tb評價的方法的組合物，所述作出tb評價例如通過檢測獲得自受試者的細胞的表面上存在的宿主tb生物標(biāo)記的水平在受試者中診斷和臨床上監(jiān)測tb。

在一些情況下，本披露的組合物包括評價組合物，包括例如tb監(jiān)測組合物和tb診斷組合物。此類組合物包括檢測前述宿主tb生物標(biāo)記的一種或多種檢測試劑，并且在一些情況下此類檢測試劑可以在本文中稱作結(jié)合成員或宿主tb生物標(biāo)記結(jié)合成員。此類結(jié)合成員可以包含可通過裝置如流式細胞儀檢測的標(biāo)簽結(jié)構(gòu)域，由此允許對存在于該裝置檢測的具體事件(例如由流式細胞儀檢測的細胞)上的宿主tb生物標(biāo)記的定性鑒定或其水平的定量。在一些情況下，此類結(jié)合成員可以包含標(biāo)簽結(jié)合結(jié)構(gòu)域，以使得結(jié)合成員可以通過使包含結(jié)合成員的溶液與結(jié)合標(biāo)簽結(jié)合結(jié)構(gòu)域的可檢測標(biāo)簽接觸(例如使包含結(jié)合成員的溶液與被可檢測標(biāo)記的二級抗體接觸)來可檢測地標(biāo)記?？梢詫⑷魏慰蓹z測標(biāo)簽用于直接或間接地將本披露的結(jié)合成員進行可檢測地標(biāo)記，包括本領(lǐng)域中已知的那些以及本文其他地方描述的那些。

在一些情況下，本披露的組合物可以包括兩種或更多種結(jié)合成員或宿主tb生物標(biāo)記結(jié)合成員。在兩種或更多種結(jié)合成員的組合物中包含的此類結(jié)合成員可以被可檢測地標(biāo)記，以使得每一類結(jié)合成員，例如結(jié)合特定宿主tb生物標(biāo)記的每個結(jié)合成員，是特定可檢測的，即每個宿主tb生物標(biāo)記檢測事件關(guān)于由特定結(jié)合成員結(jié)合的宿主tb生物標(biāo)記而言是可識別的。例如，在包括檢測兩種不同宿主tb生物標(biāo)記的兩種結(jié)合成員的組合物中，結(jié)合成員是被可由檢測裝置區(qū)分的標(biāo)簽可檢測地標(biāo)記。在一些情況下，在兩種或更多種結(jié)合成員的組合物中包含的結(jié)合成員可以可檢測地標(biāo)記，以使得兩種或更多種結(jié)合成員共享基本上相同的可檢測標(biāo)簽，例如兩種或更多種結(jié)合成員被不能由檢測裝置區(qū)分的標(biāo)簽可檢測地標(biāo)記。

此外，組合物可以包括一種或多種另外的特異性地結(jié)合其他細胞標(biāo)記(例如鑒定另外的細胞特征比如除細胞表面上的特定tb生物標(biāo)記的表達外的特征的細胞標(biāo)記)的可檢測標(biāo)簽?？蓹z測標(biāo)簽可以直接地或間接地即通過標(biāo)簽結(jié)合介導(dǎo)物的共同結(jié)合來結(jié)合細胞標(biāo)記。

裝置和系統(tǒng)

本發(fā)明的方面包括用于實踐主題方法的系統(tǒng)。本發(fā)明的系統(tǒng)可以包括流式細胞術(shù)系統(tǒng)，該流式細胞術(shù)系統(tǒng)被配置為通過測量信號例如fsc、ssc、all、熒光發(fā)射(例如作為發(fā)射最大值)、質(zhì)量、分子質(zhì)量等來測定細胞樣品(例如全血、pbmc等)。先前部分中描述的方法的步驟可以通過流式細胞術(shù)系統(tǒng)進行。感興趣的流式細胞儀包括但不限于美國專利號4,704,891；4,727,029；4,745,285；4,867,908；5,342,790；5,620,842；5,627,037；5,701,012；5,895,922；6,287,791；7,787,197；8,140,300；和8,528,427中描述的那些裝置，將這些專利的披露通過引用并入本文。

在一些情況下，流式細胞儀包括：流動通道；檢測器模塊，該檢測器模塊包括配置為從該流動通道的測定區(qū)域接收第一信號的第一檢測器和配置為從該流動通道的測定區(qū)域接收第二信號的第二檢測器。該流式細胞儀可以任選地進一步包括配置為將光導(dǎo)向該流動通道的測定區(qū)域的至少一個第一光源(其中在一些實例中，該細胞儀包括兩個或更多個光源)。任選地進一步，流式細胞儀可以包括一個或多個另外的檢測器和/或用于檢測一種或多種另外的信號的光源。該一種或多種另外的信號可以由一個或多個另外的可檢測標(biāo)簽來產(chǎn)生。

流式細胞儀可以被配置為產(chǎn)生數(shù)據(jù)集。數(shù)據(jù)集可以包括數(shù)據(jù)集中的每個事件的信號數(shù)據(jù)(例如熒光激發(fā)和/或發(fā)射光譜、熒光強度、熒光發(fā)射最大值、fsc、ssc、all或其組合)。

流式細胞術(shù)系統(tǒng)還可以包括“數(shù)據(jù)處理單元”，例如將進行其所需功能的任何硬件和/或軟件組合。例如，本文的任何數(shù)據(jù)處理單元可以是可編程數(shù)字微處理器，例如，按以下形式可用：電子控制器、大型機、服務(wù)器或個人計算機(臺式機或便攜式計算機)。在數(shù)據(jù)處理單元是可編程的情況下，適合的編程可以從遠端位置傳遞至該數(shù)據(jù)處理單元，或預(yù)先保存在計算機程序產(chǎn)品中(例如便攜式或固定式計算機可讀存儲介質(zhì)，無論是基于磁性的、視覺的或固態(tài)的裝置)。

流式細胞術(shù)系統(tǒng)可以進一步包括能夠儲存信息以使得它在稍后日期可由計算機訪問并檢索的“存儲器”?；谟糜谠L問存儲的信息的器件，可以選擇任何方便的數(shù)據(jù)存儲結(jié)構(gòu)。在某些方面中，信息可以存儲在“”永久性存儲器”(即不能通過終止止計算機或處理器的電力供應(yīng)而擦除的存儲器)或“非永久性存儲器”中。計算機硬盤驅(qū)動器、cd-rom、軟盤、便攜式閃存驅(qū)動器和dvd都是永久性存儲器的實例。隨機存取存儲器(ram)是非永久性存儲器的實例。在永久性存儲器中的文件可以是可編輯并且可重寫的。

存儲器可以儲存用于由數(shù)據(jù)處理單元執(zhí)行的“模塊”，其中該模塊被配置為將數(shù)據(jù)集從信號集的數(shù)字(x)轉(zhuǎn)化為標(biāo)記密度集的數(shù)字(y)，其中y>x。標(biāo)記密度集可以包括數(shù)據(jù)集或其群體中的每個細胞事件的標(biāo)記表達數(shù)據(jù)(例如細胞標(biāo)記的水平和/或量，來自對應(yīng)于細胞標(biāo)記的可檢測標(biāo)簽的信號，等)模塊可以被配置為基于信號集之中的事件(例如細胞事件)的分類來轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)集。例如，從分類為單獨群體的兩個細胞事件獲得的相同熒光信號可以通過對于不同細胞標(biāo)記而言具有特異性的不同可檢測標(biāo)簽來提供。該模塊可以被配置為基于分類來區(qū)分可檢測標(biāo)簽(例如提供基本上相同的信號的可檢測標(biāo)簽)。

在某些方面中，該模塊可以被配置為在轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)集之前對細胞事件進行分類。另外，該模塊可以被配置為基于fsc、ssc、all、熒光發(fā)射或其組合的測量來對細胞事件分類。在其他方面中，這些細胞事件可以如先前所述通過操作者分類(即人工地)。

除了傳感器裝置和信號處理模塊，例如，如以上所述，本發(fā)明的系統(tǒng)可以包括多個另外的部件，例如數(shù)據(jù)輸出裝置(例如監(jiān)測器和/或揚聲器)，數(shù)據(jù)輸入裝置(例如接口端口、鍵盤、等)，流體處理部件，電源，等。

在一些實例中，該系統(tǒng)可以進一步包括如根據(jù)上述主題方法的方面中的任一個制備的細胞樣品(例如加載在流動通道上)。在某些方面中，流式細胞儀可以是熒光激活細胞分選(facs)器械、或者自動化或半自動化流式細胞儀，該流式細胞儀任選地包括半自動化定制流式細胞術(shù)軟件和/或用于染色的半自動化或全自動化液體處理、用于數(shù)據(jù)采集的半自動化或自動化流式細胞術(shù)、以及用于自動化數(shù)據(jù)分析的標(biāo)準(zhǔn)化算法。在某些情況下，該裝置可以是高通量系統(tǒng)或包括高通量部件。

實用性

本披露提供了用于鑒定從疑似患有tb的受試者、已知患有tb的受試者以及正治療tb的患者等收集的細胞亞群的方法。此類方法具有下文描述的多個有用的應(yīng)用。

本文描述的方法的多個方面包括鑒定細胞亞群以高于或低于具體閾值水平表達宿主tb生物標(biāo)記，可用于獲得可以在監(jiān)測受試者tb進展中使用的生物標(biāo)記標(biāo)志，監(jiān)測進展例如通過在第一時間點檢測獲得自受試者的血液樣品的第一生物標(biāo)記標(biāo)志并且在第二時間點檢測血液樣品的第二生物標(biāo)記標(biāo)志、并且將第一生物標(biāo)記標(biāo)志與第二生物標(biāo)記標(biāo)志進行比較以對tb進展作出評價，其中該評價提供用于監(jiān)測從第一時間點到第二時間點的tb進展。tb進展可以在經(jīng)歷治療的tb患者或者未經(jīng)歷tb的患者(例如已知被tb感染的那些患者如患有潛伏性tb但未經(jīng)歷治療的那些)中監(jiān)測。在某些情況下，可以使用多于兩個時間點監(jiān)測tb進展。

在某些實施例中，監(jiān)測受試者中tb進展的方法允許在多于兩個時間點例如三個或更多個、四個或更多個、五個或更多個、六個或更多個、七個或更多個、八個或更多個、九個或更多個、或十個或更多個時間點檢測在獲得自受試者的多個樣品例如血液樣品中存在的生物標(biāo)記標(biāo)志模式?？傮w上，用于檢測生物標(biāo)記標(biāo)志模式的時間點可以以任何希望的時間量分開。例如，第一時間點和第二時間點可以分開小于1周、約1周、約2周、約3周、約4周、約5周、約6周、約1個月、約2個月、約3個月、約6個月、或約1年或更長，例如約3年或更多年。

總體上，本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解的是在第一時間點和第二時間點之間的持續(xù)時間必須足以提供用于監(jiān)測tb疾病的進展，例如在tb治療期間監(jiān)測tb。

在某些實施例中，本文呈現(xiàn)的監(jiān)測tb的方法允許用于例如在tb的治療方案期間平行地監(jiān)測疾病進展和疾病治療。在此類實施例中，在治療期間監(jiān)測tb的方法將提供治療是否正在改善病癥、或?qū)Σ“Y沒有作用或具有反作用的信息。在此類實施例中，第一時間點可以是在治療方案起始剛好之前、同時、或剛好之后，并且第二時間點可以是在希望的治療時期之后的時間點。例如，在此類實施例中，第二時間點可以是在治療起始之后約1周或更長時間，包括約2周、約3周、約4周、約5周、約6周、約1年、約2年或更長時間。例如，在獲得自受試者的血液樣品中存在的生物標(biāo)記標(biāo)志的檢測可以大約每周一次或或更長時間一次來確定，包括每兩周一次、每三周一次、每四周一次、每五周一次、每六周一次、每2個月一次、每3個月一次、每4個月一次、每5個月一次、每6個月一次、每年一次、每2年一次、以及每3年一次，以監(jiān)測tb進展和治療方案的功效。

本文呈現(xiàn)的方法、裝置、系統(tǒng)和試劑盒的某些方面提供了治療監(jiān)測的更大功效，并且由此提供了治療的大的功效，因為治療可以針對具體患者對于治療的反應(yīng)來定制。例如，在一些情況下，可以基于在治療期間進行的指示需要更長治療的tb評價，將治療持續(xù)比在治療開始時預(yù)期的時間更長的時間。在某些情況下，可以基于在治療期間進行的指示不需要起初規(guī)定的治療長度的tb評價，將治療早于治療開始時預(yù)期的時間停止。

在本披露的某些方面中，tb評價是通過將生物標(biāo)記評估或測量或生物標(biāo)記標(biāo)志與參考標(biāo)準(zhǔn)進行比較來作出。在某些實施例中，本文描述的方法可用于衍生此類參考標(biāo)準(zhǔn)。在一些情況下，與具體受試者或患者樣品相比較的參考標(biāo)準(zhǔn)(如本文所述)是患者或受試者自身的樣品，例如在更早時間點處收集的患者或受試者自身的樣品。在一些實施例中，tb監(jiān)測可以通過比較在不同時間處和/或在不同條件下(例如在治療方案期間的不同時間處或在不同的治療條件下，例如在不同的治療方案下或在治療的不同階段期間)采集的樣品(例如患者血液樣品或患者細胞)作出tb評價(如本文所述)來進行。

試劑和試劑盒

還提供了用于實踐上述方法的一個或多個的試劑、裝置和其試劑盒。主題試劑、裝置和其試劑盒可以大不相同。感興趣的試劑和裝置包括上文關(guān)于生物標(biāo)記檢測方法和鑒定表達生物標(biāo)記的細胞亞群(例如通過流式細胞術(shù))所述的那些。主題試劑盒可以包括特異性地結(jié)合至第一細胞標(biāo)記的第一可檢測標(biāo)簽以及特異性地結(jié)合至第二生物標(biāo)記的第二可檢測標(biāo)簽。第一和第二可檢測標(biāo)簽可以提供基本上相同的信號或基本上不同的信號?？蓹z測標(biāo)簽可以包括標(biāo)簽結(jié)構(gòu)域和特異性針對生物標(biāo)記的結(jié)合成員，如前述部分中所述。

可用于實踐上述方法中的一個或多個的試劑盒可以包括一種或多種此類試劑和裝置，包括例如用于生物標(biāo)記檢測的試劑和裝置，用于鑒定表達一種或多種生物標(biāo)記的細胞亞群的試劑和裝置，用于在執(zhí)行本文描述的任一方法之前或期間收集、分選、制備、處理樣品的試劑和裝置，以及用于解釋、分選、轉(zhuǎn)化、顯示、或傳播關(guān)于根據(jù)本文描述方法作出的評價的數(shù)據(jù)。此外，試劑盒可以包括一種或多種校準(zhǔn)或參考試劑，例如用于在裝置包括如流式細胞儀的校準(zhǔn)中使用，或用于裝置的配置包括如流式細胞儀的配置(包括例如有待用于如本文描述的評價中使用的閾值如生物標(biāo)記閾值的配置)。此外，試劑盒可以包括被采用的一種或多種另外的組合物，包括但不限于可以用于給定測定中的緩沖液、稀釋劑、細胞裂解劑等。上述組分可以存在于單獨的容器中或一種或多種組分可以組合到單一容器如玻璃小瓶或塑料小瓶中。

此外，試劑盒可以包括一種或多種另外的特異性地結(jié)合其他細胞標(biāo)記(例如鑒定另外的細胞特征比如除細胞表面上的特定tb生物標(biāo)記的表達外的特征的細胞標(biāo)記)的可檢測標(biāo)簽?？蓹z測標(biāo)簽可以直接地或間接地即通過標(biāo)簽結(jié)合介導(dǎo)物的共同結(jié)合來結(jié)合細胞標(biāo)記?？梢詫⒖蓹z測標(biāo)簽提供在單獨容器中或混合在相同容器中。

該試劑盒還可以包括一種或多種細胞固定試劑，例如多聚甲醛、戊二醛、甲醇、丙酮、福爾馬林、或它們的任何組合或緩沖液。另外，該試劑盒可以包括細胞透化試劑，例如甲醇、丙酮或洗滌劑(例如曲通、np-40、皂苷、吐溫20、毛地黃皂苷、leucoperm)，或它們的任何組合或緩沖液。技術(shù)人員熟悉的其他蛋白轉(zhuǎn)運抑制劑、細胞固定試劑和細胞透化試劑在主題試劑盒的范圍內(nèi)。

該試劑盒可以進一步包括用于執(zhí)行流式細胞術(shù)測定的試劑。所述試劑的實例包括用于第一和第二可檢測分子的復(fù)水和稀釋中的至少一者的緩沖液、用于使細胞樣品與第一和第二可檢測分子中的一者或兩者接觸的緩沖液、洗滌緩沖液、對照細胞、對照珠粒、用于流式細胞儀校準(zhǔn)的熒光珠粒和它們的組合。

可以按液體的或干燥的(例如凍干的)形式提供以上描述的可檢測標(biāo)記和/或試劑。以上組分中的任一者(可檢測標(biāo)記和/或試劑)可以存在于分開的容器(例如分開的管、瓶、或在多孔條帶或板中的孔)中。此外，一種或多種組分可以被并入單個容器，例如玻璃的或塑料的小瓶、管或瓶中。

除了以上組成部分之外，主題試劑盒可以進一步包括用于實踐這些主題方法的說明書。這些說明書能以各種形式存在于本發(fā)明的試劑盒中，這些形式中的一種或多種可以存在于試劑盒中。這些說明書可以存在的一種形式是打印在適合的介質(zhì)或基底上(例如，在其上打印信息的一張或多張紙)、打印在試劑盒的包裝中、打印在包裝插入物等中的信息。又另一種手段是上面已經(jīng)記錄信息的計算機可讀介質(zhì)，例如磁盤、cd、可移動驅(qū)動器、閃存驅(qū)動器等?？梢源嬖诘挠至硗獾氖侄问强梢栽谶h離的地方經(jīng)由因特網(wǎng)來獲取信息的網(wǎng)址。任何便利的手段可以存在于這些試劑盒中。

實例

提出以下實例以便為本領(lǐng)域普通技術(shù)人員提供如何制造和使用本發(fā)明的完整披露和描述，并且不旨在限制諸位發(fā)明人考慮作為他們的發(fā)明的范圍，它們也不旨在表示以下實驗是進行的所有或僅有的實驗。已經(jīng)作出努力以確保關(guān)于使用數(shù)目的準(zhǔn)確性(例如，量，溫度，等)，但一些實驗誤差和偏差應(yīng)被考慮在內(nèi)。除非另外指明，份數(shù)是重量份，分子量是重量平均分子量，溫度是攝氏度，并且壓力是或接近大氣壓。

分子和細胞生物化學(xué)中的通用方法可以發(fā)現(xiàn)于此類標(biāo)準(zhǔn)教科書中，如分子克隆：實驗室手冊(molecularcloning:alaboratorymanual)第3版(薩姆布魯克(sambrook)等人，冷泉港出版社2001)；分子生物學(xué)短方案(shortprotocolsinmolecularbiology)，第4版(奧蘇伯爾(ausubel)等人編，約翰威利出版有限公司(johnwiley&sons)1999)；蛋白質(zhì)方法(proteinmethods)(博利格(bollag)等人，約翰威利出版有限公司1996)；用于基因療法的非病毒載體(nonviralvectorsforgenetherapy)(瓦格納(wagner)等人編，學(xué)術(shù)出版社(academicpress)1999)；病毒載體(viralvectors)(卡里夫(kaplift)和洛伊(loewy)編，學(xué)術(shù)出版社1995)；免疫學(xué)方法手冊(immunologymethodsmanual)(i.萊夫科維奇(i.lefkovits)編，學(xué)術(shù)出版社1997)；以及細胞與組織培養(yǎng)：生物技術(shù)中的實驗室程序(cellandtissueculture:laboratoryproceduresinbiotechnology)(道爾(doyle)和格里菲思(griffiths)，約翰威利出版有限公司1998)，將這些文獻的披露通過引用結(jié)合入本文。本披露中提及的用于遺傳操作的試劑、克隆載體和試劑盒可獲得自商業(yè)供應(yīng)商例如伯樂(biorad)、stratagene、英杰公司(invitrogen)、西格瑪-奧德里奇(sigma-aldrich)、和克羅泰克公司(clontech)。

實例1

材料與方法

在獲得知情同意后，將新診斷的tb患者、健康個體和患有其他肺病(old)的患者募集到研究中。tb的診斷是基于病史、體格檢查和通過涂片鏡檢檢測tb而作出。對參與者的hiv狀態(tài)或其他健康狀況(不是tb)進行記錄。在療法開始(t0)之前、在tb療法4周(w4)之后、以及在療法結(jié)束時(w24)，收集來自每個患者的血液。將來自對照受試者的血液大部分以一次收集，并且在第一次收集之后4周從少數(shù)受試者收集血液。將所有樣品運輸?shù)絫b免疫學(xué)實驗室，在實驗室對它們進行處理，并且通過聚蔗糖(ficoll)離心將pbmc從血液樣品制備并根據(jù)書面方案在facscap板中染色。對于每個患者，制備二重板來解釋在細胞染色或細胞計數(shù)器采集期間可發(fā)生于板中的問題。

在bdfacscalibur的高通量系統(tǒng)(板讀取器)上進行facscap板的數(shù)據(jù)采集。對于二重板而言，從每個孔收集30,000個事件。

facs分析

所有的facs分析是手工地通過使用flowjo軟件并且通過對淋巴細胞群體進行門控來進行。對于陽性群體的截斷是通過與同種型對照的比較來確定。在一些情況下，在同種型對照不顯現(xiàn)可靠時，使用逐二參數(shù)(fsc、ssc、fl1、fl2、fl3)通過依靠點圖中的表達譜作出調(diào)整。當(dāng)對給定標(biāo)記的表達的決策不清楚時，對標(biāo)記進行“旗標(biāo)”，并且對于那些標(biāo)記作出在后期進一步研究的決策。對所有患者進行分析，但從3個時間點(t0、w4和w24)可獲得樣品的僅33名患者被認(rèn)為用于最終的統(tǒng)計學(xué)分析。

統(tǒng)計學(xué)分析

重復(fù)測量anova

重復(fù)測量分析研究了在相同實驗單元上在不同時間或在不同條件下測量的響應(yīng)結(jié)果?？v向數(shù)據(jù)是重復(fù)測量的常見形式，其中對單獨的受試者經(jīng)一個時間段記錄測量。在此研究中，重復(fù)測量anova適于測試從相同的33個受試者但在不同時間點(基線、第4周和第24周)收集的生物標(biāo)記的表達平均差異。

單變量重復(fù)測量anova模型是如下定義：

yij^＝μ+πi+τj+eij,fori＝1,...,33；j＝1,2,3。

μ是總均值，πi是因受試者的個體差異成分而造成的隨機效應(yīng)(隨時間恒定)，τj是時間效應(yīng)，并且eij是受試者i和時間j的誤差。為了避免過參數(shù)化，我們設(shè)定τj＝0。

對這個模型的假定是：

其指示因被假定為具有零均值和常數(shù)方差的正態(tài)分布的受試者造成的隨機效應(yīng)。

其指示被假定為具有零均值和常數(shù)方差的正態(tài)分布的隨機誤差。

使用重復(fù)測量anova以檢驗零假設(shè)：η0:τ1＝τ2＝τ3＝0，其指示三個時間點(基線、第4周和第24周)的均值都是相等的，即μj＝μ+τj對于j＝1,2,3是都相等的?？商娲?，對于j＝1,2,3，任何τj≠0，換言之，來自兩個時間點的至少均值是不同的。

由于該研究同時比較252個生物標(biāo)記，應(yīng)考慮多重比較的影響。邦費羅尼校正是已經(jīng)廣泛用于多重比較的程序?；诎钯M羅尼校正，如果檢驗的大小α＝0.05，只有p-值≤的生物標(biāo)記應(yīng)被認(rèn)為是顯著的。

配對t-檢驗

一旦從先前重復(fù)測量anova檢驗檢測到差異，我們使用配對t-檢驗來評估在任何兩個給定的時間點的均值是否不同，例如基線(t0)對比第4周(w4)，基線(t0)對比第24周(w24)，或第4周(w4)對比第24周(w24)。配對t-檢驗是一種阻斷形式，并且因此當(dāng)在進行比較的兩個組中配對單元關(guān)于噪聲因子相似時具有比非配對t檢驗更大的能力。檢驗下的零假設(shè)將是：μ＝μ2，即來自任何配對組的相等均值。

獨立兩樣品t檢驗

由于健康對照、tb患者和患有其他肺病的患者是樣品大小不相等的具有不同獨立受試者的組，使用獨立兩樣品t檢驗來評估在任何兩個組之間的均值是否不同，例如在基線處(t0)的tb患者對比健康的，在第24周(w24)的tb患者對比健康的，在基線處(t0)的tb患者對比其他肺病，或健康的對比患有其他肺病的患者。韋爾奇t-檢驗被選擇用于此研究，其中韋爾奇(或薩特思韋特)近似值達到檢驗中的自由度。檢驗下的零假設(shè)將是：μ1＝μ2，即來自任兩個獨立組的相等均值。

結(jié)果

重復(fù)測量anova檢驗結(jié)果

零假設(shè)：μτ0^＝μw4^＝μw24

提供在圖1中的表1示出p-值<0.01(p-值閾值為0.01允許檢查具有變化或趨勢的大量標(biāo)記)的29個標(biāo)記的選擇。在應(yīng)用邦費羅尼校正(見上文)之后，少量標(biāo)記顯示p-值<0.0002(≤其中252是在研究中我們探詢的標(biāo)記數(shù)目)。在邦費羅尼校正之后，表1中p-值小于0.05的生物標(biāo)記以粗體表示。如表1所示，在療法歷程期間并且尤其在療法結(jié)束時標(biāo)記cd120b、cd126和cd62l的表達顯著降低。即使對于標(biāo)記例如cd29和cd48的p-值也是顯著的，因表達變化小并且大于95％的細胞在所有時間點是陽性的，所以不存在生物學(xué)上有意義的顯著性。

圖2-5中提供密度曲線，展示了在所有患者中以及在健康患者和患有old的患者中cd126和cd62l隨時間的表達分布。圖2-5顯示對于來自不同組的cd126和cd62l的kernel密度曲線，包括在tb患者中在療法前(t0)、第4周和第24周(圖2和圖3)cd126和cd62l的表達分布，以及在t0時的tb患者、健康受試者和患有其他肺病的患者中cd126和cd62l的表達分布(圖4和圖5)。圖表清晰顯示與t0或第4周(圖2和圖3)相比，cd126和cd62l的表達在第24周是低的。曲線還示出在第24周的表達分布與在健康對照中見到的分布相似，并且不同于tb患者或患有其他肺病的患者。

在33名tb患者中以及在對照組(健康的和患有old的患者)中，在t0、第4周和w24，cd126、cd120b和cd62l平均表達顯示于圖6中。清楚的是在tb患者中cd126、cd120b和cd62l(并且尤其是cd126和cd62l)的表達高于健康對照，并且在第24周降低到接近健康對照的水平。

單獨地在33名患者中檢查cd126的表達(圖7)，清楚的是對于所有患者，該標(biāo)記的表達水平在tb療法結(jié)束時(w24)一致較低(實心圓)。該分析進一步揭露患者分為兩個組。對于一個組(圖7，左)，與在t0的表達(空心圓)相比，cd126表達在第4周(三角形)上調(diào)，之后在第24周下降。對于第二組，與在t0時的表達(空心圓)相比，cd126的表達在第4周(三角形)下調(diào)，并且在第24周甚至更多下調(diào)(圖7，右)。

cd4和cd126在患者細胞上的共表達的檢查是通過在相同的樣品孔內(nèi)用抗cd4和抗cd126抗體進行標(biāo)記來進行。該分析是針對示例患者(s147)在三個時間點(t0、w4、和w24)呈現(xiàn)在圖8a-c中，x-軸上示出cd126的表達并且y-軸上示出cd4的表達。cd4陽性和cd4陰性群體兩者均表達cd126表面標(biāo)記；然而，如在圖8a-c中所展示的，cd126的下調(diào)主要發(fā)生在cd4陰性群體中。

配對t-檢驗結(jié)果

零假設(shè)：μt0＝μw4

零假設(shè)：μt0＝μw24

零假設(shè)：μw4＝μw24

應(yīng)用配對t-檢驗以確定在兩個時間點之間區(qū)分的標(biāo)記。將療法前(t0)時間點與第4周或第24周比較(t0對比w4，和t0對比w24)，并且將在第4周的患者與療法后第24周患者進行比較(w4對比w24)。p-值<0.01的一組標(biāo)記被選擇用于每個比較，并且應(yīng)用邦費羅尼校正。

提供于圖9中的表2提供了此分析的結(jié)果，以粗體顯示在邦費羅尼校正之后p-值小于0.01的生物標(biāo)記的選擇以及p-值小于0.05的標(biāo)記。如在表2中所示，cd120b、cd126和cd62l是針對此測試表達變化顯著的標(biāo)記。還清楚的是，與當(dāng)在t0和w4之間比較相比，當(dāng)在治療前(t0)和在治療結(jié)束(w24)時的患者之間比較時，表達中的差異更突出。

更高數(shù)目的標(biāo)記，在表2中斜體的p-值示出變化趨勢但在嚴(yán)格邦費羅尼校正之后不具有統(tǒng)計學(xué)顯著性。例如，在療法開始和療法結(jié)束時，標(biāo)記如cd58、cd11a和cd4在tb患者之間有區(qū)別。

獨立兩樣品t-檢驗結(jié)果

零假設(shè)：μt0＝μ健康

零假設(shè)：μt0＝μ其他肺病

零假設(shè)：μ健康^＝μ其他肺病

獨立兩樣品t-檢驗是對通過flowjo分析產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行，以便在療法前的tb患者和健康對照或患有其他肺病的患者之間以及健康對照與患有其他肺病的患者之間進行比較。提供于圖10中的表3提供了此分析的結(jié)果，以粗體顯示在邦費羅尼校正之后p-值小于0.01的生物標(biāo)記的選擇以及p-值小于0.05的標(biāo)記。

如在表3中所示，cd126是在tb患者與健康對照之間顯著不同的標(biāo)記。還在表3中所示，顯示fmlpr(fmlp受體)在tb患者和健康對照之間顯著不同。

即使在邦費羅尼校正之后不顯著，表3中的其他標(biāo)記的組的p-值在tb患者和患有其他肺病的患者之間或者在健康對照與患有其他肺病的患者之間不同。另外，如在數(shù)據(jù)中所見，在療法前的tb患者和健康對照之間的差異比在tb患者與患有old的患者之間或在健康對照與患有old的患者之間的差異更突出。

其他結(jié)果

另外的多組標(biāo)記顯示當(dāng)在組或時間點之間進行比較時的表達趨勢。在圖11中描繪示例趨勢，其顯示在療法期間表達發(fā)生變化并且p-值低但在應(yīng)用邦費羅尼校正之后不顯著的標(biāo)記代表。例如，圖11示出cd4陽性細胞的表達在療法前的tb患者中是更高的，并且趨向于在療法開始之后降低以達到可與健康對照相比的水平。圖11還示出cd8或cd57的群體表達在療法開始后增加。

相似地，具有生物學(xué)意義的其他標(biāo)記如ccr7、cd127、cd27和hla-dr示出標(biāo)記的表達變化隨療法時間和/或相比于對照組的一致趨勢(增加或降低)，但在邦費羅尼校正之后不具有統(tǒng)計學(xué)顯著性。在圖12中提供此類一致趨勢的實例，其顯示在療法歷程期間表達發(fā)生變化并且p-值低但在應(yīng)用邦費羅尼校正之后不顯著的生物學(xué)上顯著的標(biāo)記代表。

此外，募集五名tb患者以確定在抗原刺激之后表面標(biāo)記表達水平的變化。使用從五名活性感染的tb患者收集的樣品以確定在純化蛋白質(zhì)衍生物(ppd)刺激的pbmc的表面標(biāo)記的表達中是否存在變化。在接收血液時，進行pbmc分離。一旦方案達到第二洗滌步驟，則將樣品分為兩半。用一半的細胞繼續(xù)該方案，而將另一半以1x10⁶個細胞/ml的濃度重懸浮于介質(zhì)中。選擇的刺激物是濃度為10μg/ml的ppd。將細胞在37℃下5％co2中孵育過夜。在第二天早上，將細胞在pbs中洗滌兩次，并且繼續(xù)該方案，如所述的獲得數(shù)據(jù)并且進行統(tǒng)計學(xué)分析。

當(dāng)將刺激的和未刺激的pbmc進行比較時，標(biāo)記例如cd41a、cd45ra和cd61下調(diào)，并且與未刺激的pbmc相比在刺激的pbmc中標(biāo)記例如cd4v4、cd49a和cd62l的表達上調(diào)(表7，下方)，但注意這些變化未達到顯著性。

基于患者結(jié)果特征進一步對基線生物標(biāo)記水平的比較進行分層，并且進行統(tǒng)計學(xué)分析?；颊呓Y(jié)果在臨床上被定義為“明確治愈”、“可能治愈”和“未治愈”，或是基于pet掃描或組合pet-ct掃描。pet掃描結(jié)果被定義為“良”或“差”。在治療結(jié)束時進行的組合pet-ct掃描被定義為“改善”或“混合”。將通過結(jié)果分層的基線生物標(biāo)記表達水平通過anova進行比較，并且通過單獨t-檢驗(p<0.008)和非參數(shù)檢驗(曼-惠特尼(mann-whitney)-u檢驗)進行另外的統(tǒng)計學(xué)分析。cd18、cd11a、cd50、cd48和cd53均被發(fā)現(xiàn)在統(tǒng)計學(xué)上在具有“明確治愈”和“未治愈”結(jié)果的患者之間區(qū)分基線生物標(biāo)記水平。cd45ro和cd4v4均被發(fā)現(xiàn)在統(tǒng)計學(xué)上在具有如通過pet掃描確定的“混合”和“改善”結(jié)果的患者之間區(qū)分基線生物標(biāo)記水平。cd18、cd11a、cd62p和cd81均被發(fā)現(xiàn)在統(tǒng)計學(xué)上在具有如通過組合pet-ct掃描確定的“良”和“差”結(jié)果的患者之間區(qū)分基線生物標(biāo)記水平。

表7：

討論

在療法歷程期間，尤其在t0和療法結(jié)束之間進行比較時，cd126、cd62l和cd120b顯著下調(diào)。cd126在療法后第24周顯著下降，并且還在tb患者和健康對照之間顯著不同；這樣的標(biāo)記特征與針對療法功效和tb診斷學(xué)的標(biāo)記或標(biāo)記特征一致。其他標(biāo)記例如cd4、cd8、cd56和ccr7示出療法歷程期間降低或增加的趨勢。即使使用的高度保守的統(tǒng)計學(xué)方法例如邦費羅尼校正導(dǎo)致在統(tǒng)計學(xué)分析后不具有統(tǒng)計學(xué)顯著性的差異，示出療法歷程期間降低或增加的趨勢(例如對于cd4、cd8、cd56、ccr7所觀察到的那些)的標(biāo)記具有高的生物學(xué)意義。標(biāo)記例如cd58、cd11a和cd4具有診斷價值，因為它們例如在療法開始前和療法結(jié)束的tb患者之間是不同的。

盡管為附加條款，本文提出的披露也由以下條款限定：

1.一種獲得對受試者的結(jié)核病評價的方法，該方法包括：

鑒定該受試者的細胞樣品的亞群具有的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，以產(chǎn)生針對該細胞樣品的生物標(biāo)記標(biāo)志，其中該結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126和cd62l及其組合；并且

從該生物標(biāo)記標(biāo)志獲得對該受試者的結(jié)核病評價。

2.如條款1所述的方法，進一步包括鑒定該細胞樣品的亞群的一種或多種另外的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，該一種或多種另外的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自cd4、cd8、cd56、cd57和ccr7及其組合。

3.如條款1所述的方法，其中該結(jié)核病評價是治療評價。

4.如條款3所述的方法，進一步包括鑒定該細胞樣品的亞群具有的cd58的表達水平高于閾值表達水平。

5.如條款1所述的方法，其中該結(jié)核病評價是診斷。

6.如條款5所述的方法，進一步包括鑒定該細胞樣品的亞群的一種或多種結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，該一種或多種結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd8和cd57及其組合。

7.如條款5或6所述的方法，進一步包括鑒定該細胞樣品的亞群的fmlpr的表達水平低于閾值表達水平。

8.如條款5或6所述的方法，其中該診斷包括獲得非肺結(jié)核疾病的結(jié)核病診斷。

9.如條款1所述的方法，其中該結(jié)核病評價包括對正面治療結(jié)果或負(fù)面治療結(jié)果的可能性的預(yù)測。

10.如條款9所述的方法，進一步包括鑒定該細胞樣品的亞群的一種或多種結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，該一種或多種結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4及其組合。

11.如條款1至10中任一項所述的方法，其中該細胞樣品是血液樣品。

12.如條款11所述的方法，其中該細胞樣品的亞群包括外周血單核細胞。

13.如條款12所述的方法，其中該方法進一步包括使用基于cd4的外周血單核細胞鑒定方案鑒定該外周血單核細胞。

14.如條款11所述的方法，其中該方法進一步包括在收集血液樣品之前使受試者經(jīng)受抗原刺激。

15.如條款11所述的方法，其中該方法進一步包括在分析之前使該樣品經(jīng)受抗原刺激。

16.如條款14或15所述的方法，其中該抗原刺激包括結(jié)核分支桿菌抗原刺激。

17.如條款1至16中任一項所述的方法，其中該鑒定包括流式細胞術(shù)。

18.一種結(jié)核病評價組合物，該組合物包括：

兩種或更多種可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的集合，其中這些結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、cd62l、fmlpr及其組合。

19.如條款18所述的組合物，進一步包括另外的可檢測標(biāo)記的特異性結(jié)合成員，該結(jié)合成員特異性地結(jié)合至另外的選自下組的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記上，該組由以下各項組成：cd4、cd8和cd57。

20.如條款18所述的組合物，進一步包括另外的可檢測標(biāo)記的特異性結(jié)合成員，該結(jié)合成員特異性地結(jié)合至另外的選自下組的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記上，該組由以下各項組成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

21.一種試劑盒，包括：

兩種或更多種可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的集合，其中這些結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、cd62l、fmlpr及其組合。

22.如條款21所述的試劑盒，進一步包括另外的可檢測標(biāo)記的特異性結(jié)合成員，該結(jié)合成員特異性地結(jié)合至另外的選自下組的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記上，該組由以下各項組成：cd4、cd8和cd57。

23.如條款21所述的試劑盒，進一步包括另外的可檢測標(biāo)記的特異性結(jié)合成員，該結(jié)合成員特異性地結(jié)合至另外的選自下組的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記上，該組由以下各項組成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

24.一種流式細胞術(shù)系統(tǒng)，包括：

流式細胞儀，其包含流動池；

光源，其被配置為引導(dǎo)光到該流動池的測定區(qū)域；

第一檢測器，其被配置為接收由在該測定區(qū)域中的細胞樣品中存在的第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員發(fā)出的第一發(fā)射波長的光；以及

信號處理模塊，其被配置為接收來自該第一檢測器的信號，并輸出與該第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員結(jié)合的細胞亞群是否存在于該細胞樣品中的結(jié)果。

25.如條款24所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中流動池進一步包括細胞樣品，該細胞樣品包括第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員。

26.如條款24或25所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、和cd62l及其組合。

27.如條款24所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，進一步包括：

第二檢測器，該第二檢測器被配置為接收由第二可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員發(fā)出的第二發(fā)射波長的光，其中該信號處理模塊被配置為接收來自該第一和第二檢測器的信號并且輸出與該第一可檢測標(biāo)記、該第二可檢測標(biāo)記、或該第一和第二可檢測標(biāo)記二者的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員結(jié)合的細胞亞群是否存在于細胞樣品中的結(jié)果。

28.如條款27所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該流動池進一步包括受試者的細胞樣品；第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員；和第二可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員。

29.如條款27或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中這些結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、和cd62l及其組合。

30.如條款27或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、和cd62l，并且該第二可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd4、cd8、cd57、cd58、ccr7、和fmlpr。

31.如條款27或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中這些結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4及其組合。

32.如條款27或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該第一可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126、和cd62l，并且該第二可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd18、cd11a、cd50、cd48、cd53、cd62p、cd81、cd45ro、和cd4v4。

33.如條款27或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該信號處理模塊被配置為輸出與可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員結(jié)合的兩個或更多個細胞亞群是否存在于細胞樣品中的結(jié)果。

34.如條款24或27所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，進一步包括另外的被配置為接收由存在于細胞樣品中的細胞散射的光的檢測器。

35.如條款25或28所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該細胞樣品包含人類細胞。

36.根據(jù)條款24或27所述的流式細胞術(shù)系統(tǒng)，其中該系統(tǒng)被配置為：

從結(jié)果鑒定受試者的細胞樣品的亞群具有的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，以產(chǎn)生針對該細胞樣品的生物標(biāo)記標(biāo)志，其中該結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126和cd62l及其組合；并且

從該生物標(biāo)記標(biāo)志獲得對該受試者的結(jié)核病評價。

37.一種包含對計算機的執(zhí)行進行編程的計算機可讀介質(zhì)，該計算機可讀介質(zhì)包括：

用于分析由檢測器產(chǎn)生的信號的指令，該檢測器被配置為接收由可檢測標(biāo)記的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記特異性結(jié)合成員發(fā)出的發(fā)射波長的光以產(chǎn)生數(shù)據(jù)；

用于將這些數(shù)據(jù)存儲在計算機可讀介質(zhì)上的指令；以及

用于輸出這些數(shù)據(jù)的指令。

38.根據(jù)條款37所述的計算機可讀介質(zhì)，其中該編程進一步包括用于以下的指令：

從數(shù)據(jù)鑒定受試者的細胞樣品的亞群具有的結(jié)核病宿主生物標(biāo)記的表達水平低于閾值表達水平，以產(chǎn)生針對該細胞樣品的生物標(biāo)記標(biāo)志，其中該結(jié)核病宿主生物標(biāo)記選自下組，該組由以下各項組成：cd120b、cd126和cd62l及其組合；并且

從該生物標(biāo)記標(biāo)志獲得對該受試者的結(jié)核病評價。

先前僅說明本發(fā)明的原理。將理解的是本領(lǐng)域的技術(shù)人員將能夠設(shè)計不同的安排，這些不同的安排雖然沒有在此明確地描述或顯示，但體現(xiàn)本發(fā)明的原理并且被包括在其精神和范圍之內(nèi)。另外，在此敘述的所有實例和條件性語言主要打算幫助讀者理解諸位發(fā)明人所貢獻的本發(fā)明的原理和概念以推動本領(lǐng)域發(fā)展，并且將被視為而不限于這些特別敘述的實例和條件。并且，引用本發(fā)明的原理、方面、以及實施例的所有在此的陳述連同其具體實例旨在涵蓋其結(jié)構(gòu)和功能等效物兩者。另外，預(yù)期此類等效物包括當(dāng)前已知的等效物以及有朝一日發(fā)展的等效物兩者，即不論結(jié)構(gòu)而執(zhí)行相同功能的發(fā)展的任何要素。因此，本發(fā)明的范圍不是旨在受限于在此顯示和描述的示例性實施例。更確切地說，本發(fā)明的范圍和精神是通過所附權(quán)利要求書來體現(xiàn)。