技術(shù)領(lǐng)域及

背景技術(shù)：

在本發(fā)明的一些實施方案中，涉及與細菌及病毒感染相關(guān)的生物學特征及決定因素的鑒定以及在篩選診斷、治療及感染監(jiān)測中使用這些生物學特征的方法。

抗生素(abx)是世界上最大的處方等級的藥物，擁有250至300億美元的全球市場?？股匾彩鞘澜缟献顬E用的藥物，占藥物中有一大部分(40-70％)被錯誤處方(linder，j.a.及r.s.stafford2001；scott，j.g.及d.cohen等人2001；davey，p.及e.brown等人2006；cadieux，g.及r.tamblyn等人2007；pulcini，c.及e.caa等人2007)，(“疾病預防與控制中心-變聰明：關(guān)于抗生素抗藥性的事實”)。

抗生素濫用的一種類型是當一種非細菌性疾病，如一種病毒感染，給予藥物時，此時給予抗生素是無效的。例如，根據(jù)美國疾病控制及預防中心(cdc)，在美國每年給予超過6000萬個錯誤的抗生素處方來治療流感?？股氐倪^度處方的醫(yī)療保健及經(jīng)濟后果包含：(i)全球不必要地處方的抗生素成本，估計每年超過100億美元；(ii)由不必要的抗生素治療引起的副作用降低醫(yī)療保健的質(zhì)量，引起并發(fā)癥及長期住院(例如過敏反應、抗生素相關(guān)性腹瀉，腸道酵母等)及(iii)由于過度使用而導致細菌抗藥性菌株的出現(xiàn)(疾病預防與控制中心已宣布細菌抗生素抗藥性上升為“二十一世紀世界上最緊迫的健康問題之一“(arias，c.a.及b.e.murray2009；“疾病預防與控制中心-關(guān)于抗菌素抗藥性”2011))。

抗生素處方不足也不罕見。例如，在美國，高達15％的成人細菌性肺炎住院患者延遲或不使用抗生素治療，盡管在這些情況下，早期治療可以挽救生命并減少并發(fā)癥(houck，p.m.及d.w.bratzler，等人2002)。

感染性疾病診斷技術(shù)有可能減少與抗生素濫用相關(guān)的健康及經(jīng)濟負擔。在理想情況下，這一技術(shù)應：(i)準確區(qū)分細菌與病毒感染；(ii)快速(在幾分鐘內(nèi))；(iii)能夠區(qū)分身體天然菌群中的一部分的致病菌及非致病菌；(iv)區(qū)分混合的共同感染及純病毒感染，(v)適用于致病菌難以得到的情況(例如，鼻竇炎、肺炎、中耳炎、支氣管炎等)。

目前的解決方案(如培養(yǎng)、聚合酶聯(lián)鎖反應及免疫測定)不能滿足這些要求：(i)一些測定產(chǎn)生不好的診斷準確度(例如，低靈敏度或特異性)(uyeki等人2009)，及限于一批有限的細菌或病毒株；(ii)經(jīng)常需要數(shù)小時至數(shù)天；(iii)不能區(qū)分致病及非致病菌(delmar，c1992)，從而導致假陽性；(iv)往往不能區(qū)分混合及純粹的病毒感染，(v)需要直接取樣于感染部位尋找病原體的痕跡，從而在病原體存在于難以得到的組織的情況下限制診斷，這是通常的情況。

因此，仍然存在一診斷差距，又經(jīng)常導致醫(yī)生高于處方(over-prescribe)的抗生素(“以防萬一的方法(just-in-case-approach)”)或者低于處方(under-prescribe)的抗生素(“等待觀察的方法(wait-and-see-approach)”)(little，p.s.及i.williamson1994；little，p.2005；spiro，d.m.及k.y.tay等人2006)，這兩者都具有深遠的健康及財務(wù)后果。

因此，對于應對這些挑戰(zhàn)的細菌、病毒、混合及非感染性疾病患者的一種快速方法，需要一個準確的區(qū)別。

pct國際專利申請案公開第wo2013/117746號教示特征及決定因素以區(qū)分一細菌及病毒的感染。

另外的背景技術(shù)包含kfir等人，公共科學圖書館期刊1冊，3月18日，doi：10.1371/journal.pone.0120012，2015。

技術(shù)實現(xiàn)要素：

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種測定一對象的一感染類型的方法，其特征在于：所述方法包含：測量源自所述對象的一樣本中的一第一決定因素及一第二決定因素的濃度，其中所述第一決定因素被選自于由表1列出的多個決定因素組成的群組，所述第二決定因素被選自于由表2列出的多個決定因素的群組，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種測定一對象的一感染類型的方法，其特征在于：所述方法包含：測量源自于所述對象的一樣本中由表1列出的至少兩種決定因素的濃度，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種區(qū)分一對象的一細菌或混合感染及一病毒感染的方法，其特征在于：所述的方法包含以下步驟：

(a)測量源自所述對象的一樣本中的一第一決定因素及一第二決定因素的濃度，其中所述第一決定因素被選自于由表1列出的多個決定因素組成的群組，所述第二決定因素被選自于由表2列出的多個決定因素；

(b)對所述多個決定因素的多個濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)以計算一分數(shù)；以及

(c)將所述分數(shù)與一預定參考值進行比較。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種區(qū)分一對象的一細菌或混合感染及一病毒感染的方法，其特征在于：所述的方法包含以下步驟：

(a)測量源自所述對象的一樣本中被選自于由表1列出的至少兩個決定因素的濃度；

(b)對所述多個決定因素的多個濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)以計算一分數(shù)；以及

(c)將所述分數(shù)與一預定參考值進行比較。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種測定一兒童的一感染類型的方法，其特征在于：所述方法包含：測量源自所述兒童的一樣本中的決定因素新喋呤及/或決定因素ngal的濃度，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種測定一成人一感染類型的方法，其特征在于：所述方法包含：測量源自所述成人的一樣本中的決定因素骨橋蛋白以及表2列出的多個決定因素中的至少一個的濃度，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種套件，其特征在于：所述套件包含：多個決定因素檢測試劑，用以特異性地檢測源自所述對象的一樣本中的一第一決定因素及一第二決定因素，其中所述第一決定因素被選自于由表1列出的多個決定因素組成的群組，所述第二決定因素被選自于由表2列出的多個決定因素組成的群組。

根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種套件，其特征在于：所述套件包含：多個檢測試劑，用特異性地檢測表1所列的至少兩個決定因素。

根據(jù)一些實施方案，所述第一決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、a1酸糖蛋白、脂聯(lián)素、血管生成素、血管生成素1、血管生成素2、april、baff、bdnf(bdnf)、cd23、cd14、cd142、cd27、cd95、凝聚素、補體因子d、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、cxcl13、胱抑素c、dkk1、e鈣粘蛋白、e選擇素、內(nèi)皮抑制素、胎球蛋白a、gcp2、gdf15、icam1、igfbp3、il18、il19、瘦素、瘦素r、light、mbl、mif、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、髓過氧化物酶、新喋呤、骨橋蛋白、骨保護素、p選擇素、pcsk9、正五聚蛋白3、組織蛋白原b、顆粒蛋白前體抗原、mmp10酶原、前列腺素e2、rbp4、抵抗素、slpi、p物質(zhì)、tfpi、tgfb1、血小板反應蛋白2、tie2、upar、vcam1、vegfc及維生素d結(jié)合蛋白。

根據(jù)一些實施方案，所述第一決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、e選擇素、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑素c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14及mmp10酶原。

根據(jù)一些實施方案，所述第一決定因素為ngal、mmp8或新喋呤。

根據(jù)一些實施方案，所述第一決定因素為多肽。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩種決定因素中的至少一種被選自于由下述所組成的群組：a1酸糖蛋白、脂聯(lián)素、血管生成素、血管生成素1、血管生成素2、april、淋巴細胞活化因子、bdnf、cd23、cd14、cd142、cd27、cd95、凝聚素、補體因子d、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、cxcl13、胱抑素c、dkk1、e鈣粘蛋白、e選擇素、內(nèi)皮抑制素、胎球蛋白a、gcp2、gdf15、icam1、igfbp3、il18、il19、瘦素、瘦素r、light、mbl、mif、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、髓過氧化物酶、新喋呤、ngal、骨橋蛋白、骨保護素、p選擇素、pcsk9、正五聚蛋白3、組織蛋白原b、顆粒蛋白前體抗原、mmp10酶原、前列腺素e2、rbp4、抵抗素、slpi、p物質(zhì)、tfpi、tgfb1、血小板反應蛋白2、tie2、upar、vcam1、vegfc及維生素d結(jié)合蛋白。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩種決定因素中的至少一種被選自于由下述所組成的群組：ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、e選擇素、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑素c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14及mmp10酶原。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩種決定因素中的至少一種為ngal、mmp8或新喋呤。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩種決定因素中的至少一種為多肽。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩種決定因素皆為多肽。

根據(jù)一些實施方案，表一的所述決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、a1酸糖蛋白、脂聯(lián)素、血管生成素、血管生成素1、血管生成素2、april、baff、bdnf、cd23、cd14、cd142、cd27、cd95、凝聚素、補體因子d、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、cxcl13、胱抑素c、dkk1、e鈣粘蛋白、e選擇素、內(nèi)皮抑制素、胎球蛋白a、gcp2、gdf15、icam1、igfbp3、il18、il19、瘦素、瘦素r、light、mbl、mif、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、髓過氧化物酶、新喋呤、骨橋蛋白、骨保護素、p選擇素、pcsk9、正五聚蛋白3、組織蛋白原b、顆粒蛋白前體抗原、mmp10酶原、前列腺素e2、rbp4、抵抗素、slpi、p物質(zhì)、tfpi、tgfb1、血小板反應蛋白2、tie2、upar、vcam1、vegfc及維生素d結(jié)合蛋白。

根據(jù)一些實施方案，表一的所述決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、e選擇素、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑素c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14及mmp10酶原。

根據(jù)一些實施方案，表一的所述決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、mmp8及新喋呤。

根據(jù)一些實施方案，所述第二決定因素被選自于由下述組成的群組：trail、crp及ip10。

根據(jù)一些實施方案，所述多個決定因素包含：

(i)crp及ngal；

(ii)crp及mmp8；

(iii)crp及新喋呤；

(iv)trail及ngal；

(v)trail及mmp8；

(vi)trail及新喋呤；

(vii)ip10及ngal；

(viii)ip10及mmp8；

(ix)ip10及新喋呤；

(x)新喋呤及降鈣素原；或

(xi)ngal及降鈣素原。

根據(jù)一些實施方案，所述至少兩個決定因素為：

(i)ngal及mmp8；

(ii)ngal及新喋呤；或

(iii)新喋呤及mmp8。

根據(jù)一些實施方案，所述第二決定因素為trail。

根據(jù)一些實施方案，所述trail的濃度高于一預定的閾值時，對所述對象判斷排除一細菌感染。

根據(jù)一些實施方案，所述trail的濃度高于一預定的閾值時，對所述對象判斷為一病毒感染。

根據(jù)一些實施方案，所述更包含測量crp及/或ip10的濃度。

根據(jù)一些實施方案，所述方法更包含：測量表2列出的多個決定因素中的至少一個的濃度。

根據(jù)一些實施方案，不超過兩個的決定因素被測量。

根據(jù)一些實施方案，不超過三個的決定因素被測量。

根據(jù)一些實施方案，不超過四個的決定因素被測量。

根據(jù)一些實施方案，所述樣本為全血或血液分出物。

根據(jù)一些實施方案，所述血液分出物的樣本包含的多個細胞是選自于由多個淋巴細胞、多個單核細胞及多個粒細胞所組成的群組。

根據(jù)一些實施方案，所述血液分出物的樣本包含血清或血漿。

根據(jù)一些實施方案，所述決定因素的濃度以電泳或免疫化學進行測定。

根據(jù)一些實施方案，所述免疫化學的檢測是通過流細胞計數(shù)法、放射免疫分析法、免疫熒光測定法或通過酶聯(lián)免疫吸附測定法。

根據(jù)一些實施方案，在所述樣本獲得后約24小時內(nèi)測量所述決定因素的所述濃度。

根據(jù)一些實施方案，在儲存于12℃或更低溫度的一樣本中測量trail的所述濃度，其中所述儲存在所述樣本被獲得后不到24小時內(nèi)開始。

根據(jù)一些實施方案，表1的所述決定因素列于表5內(nèi)。

根據(jù)一些實施方案，表五所列的所述決定因素被選自于由下述組成的群組：ngal、新喋呤及骨橋蛋白。

根據(jù)一些實施方案，所述方法更包含所述決定因素的濃度的年齡歸一化。

根據(jù)一些實施方案，所述方法更包含根據(jù)年齡對所述對象進行分層化，其中所述閾值是一適當?shù)哪挲g依賴閾值。

根據(jù)一些實施方案，所述多個決定因素中的至少一個決定因素為一多肽。

根據(jù)一些實施方案，所述檢測試劑為抗體或抗體片段。

根據(jù)一些實施方案，所述套件包含用以檢測不超過10個決定因素的多個抗體。

除非另有定義，本文使用的技術(shù)及/或科學術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常理解的相同的含義。雖然與本文所述類似或等同的方法及材料可以用于本發(fā)明實施方案的實踐或測試中，但是下面描述了示例性方法及/或材料。在發(fā)生抵觸的情況下，專利說明書，包含定義，將受到核實。此外，材料、方法及實施方案僅是說明性的，并不意圖是作為必要限制。

附圖簡要說明

僅通過示例的方式參照附圖來描述本發(fā)明的一些實施方案。現(xiàn)在具體參考附圖，應該強調(diào)的是，所示的細節(jié)是作為示例并且為了說明性地討論本發(fā)明的實施方案的目的。在這方面，使用附圖進行的描述對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是明白易懂的，可以如何實施本發(fā)明的實施方案。

在圖中：

圖1：臨床研究工作流程。

圖2：招收的臨床研究的患者的年齡及性別分布(n＝122)。

圖3：招收的臨床研究的患者的生理系統(tǒng)分布。

圖4：招收的臨床研究的患者的主要臨床綜合征分布情況。

圖5：招收的臨床研究的患者的最大體溫分布。

圖6：招收的臨床研究的患者的癥狀開始時間分布。

圖7：感染對象區(qū)分細菌與病毒的決定因素的示例。

圖8a-8c：細菌及病毒的患者的表達模式在兒童及成人之間不同的決定因素的示例(a)骨橋蛋白；(b)中性粒細胞相關(guān)載脂蛋白(ngal)；(c)新喋呤。中位數(shù)(med)＝細菌及病毒感染患者的中位數(shù)；平均值(mean)＝指細菌及病毒感染患者的±標準偏差；rsp＝威爾克科遜等級和(wilcoxonranksum)p值。

圖9：細菌(紅色)及病毒(藍色)感染對象中成對的決定因素的表達模式的多個示例。

圖10：使用一邏輯回歸模型，病毒與細菌感染患者的曲線下面積(auc)的分類準確度取決于成對的決定因素。冷熱色表示成對的決定因素其組合分類準確度分別為高或低，如圖例所示。

圖11：使用一邏輯回歸模型，病毒與細菌感染患者的馬修斯相關(guān)性系數(shù)(mcc)的分類準確度取決于成對的決定因素。冷熱色表示成對的決定因素其組合分類準確度分別為高或低，如圖例所示。

圖12：與單獨的決定因素相比的一些決定因素組合顯示出一改進的診斷準確度(在auc方面)，而其他組合顯示準確度降低。表4(根據(jù)序列號)中描述的決定因素的分類準確度(dauc)的變化計算如下：auci，j－max(auci，aucj)其中auci及aucj分別對應于對于行列式i及j而獲得的auc，并且auci，j由所述對獲得。冷熱顏色指示對決定其組合的分類準確度相比，多個決定因素對組合分類準確度與個體決定因素的準確度比較分別是較高及較低的。

圖13：與決定因素相對應的一些決定因素組合表現(xiàn)出一種改進的診斷準確度(以mcc為單位)，而其他組合顯示出一種降低的準確度。表4中描述的決定因素(根據(jù)序列號)的分類準確度(dmcc)的變化是計算如下：mcci，j-max(mcci，mccj)，其中mcci及mccj對應于各自決定因素i及j從auc獲得及mcci，j由所述對獲得。冷熱色表示決定因素的組合，多個決定因素對組合分類準確度與個體決定因素的準確度比較分別是較高及較低的。

圖14a-14b：另外的生物標志物的水平可以與crp結(jié)合，以提高總體診斷表現(xiàn)。常規(guī)使用的crp截止值(20微克/毫升及80微克/毫升)以一紅線標記。(a)ngal。一實施方案ngal截止值(150納克/毫升)以一藍線標記。(b)新喋呤。一實施方案新喋呤截止值(4皮克/毫升)以一藍線標記。

圖15a-15b：另外的生物標志物的水平可以與trail結(jié)合，以提高總體診斷表現(xiàn)。一實施方案trail截止值(70皮克/毫升)以一紅線標記。(a)ngal。一實施方案ngal截止值(150納克/毫升)以一藍線標記。(b)新喋呤。一實施方案新喋呤截止值(4皮克/毫升)以一藍線標記。

圖16a-16b：另外的生物標志物的水平可以與ip-10結(jié)合，以提高總體診斷表現(xiàn)。一一實施方案ip-10截止值(500皮克/毫升)以一紅線標記。(a)ngal。一實施方案ngal截止值(150納克/毫升)以一藍線標記。(b)新喋呤。一實施方案新喋呤截止值(4皮克/毫升)以一藍線標記。

圖17a-17b：其他生物標志物可與crp-trail-ip-10在區(qū)分細菌及病毒感染的兒童時，獲得更高的靈敏度(及更低的特異性)。由crp-trail產(chǎn)生的病毒，細菌及模棱兩可的免疫分數(shù)-ip-10特征分別由藍色，紅色及灰色區(qū)域標記(病毒小于35，模棱兩可介于35至65之間，細菌大于65)。(a)ngal。一實施方案ngal截止值(150納克/毫升)以一藍線標記。(b)新喋呤。一實施方案新喋呤截止值(4皮克/毫升)以一條藍線標記。

圖18a-18b：其他生物標志物可與crp-trail-ip-10特征以在區(qū)分細菌及病毒感染的成人時獲得更高的靈敏度(及更低的特異性)。由crp-trail產(chǎn)生的病毒，細菌及模棱兩可的免疫分數(shù)-ip-10特征分別由藍色，紅色及灰色區(qū)域標記(病毒<35，equivocal35-65，細菌>65)。(a)ngal。一實施方案ngal截止值(150納克/毫升)以一藍線標記。(b)新喋呤。一實施方案新喋呤截止值(4皮克/毫升)以一條藍線標記。

具體實施方式

本發(fā)明在其一些實施方案中涉及與細菌、病毒及混合(即細菌及病毒共感染)感染有關(guān)的特征及決定因素的鑒定。更具體地發(fā)現(xiàn)某些決定因素在細菌、病毒及混合(即細菌及病毒共感染)的對象以及非感染疾病的且健康的對象中以一種統(tǒng)計學顯著的方式差異地表達。

在詳細說明本發(fā)明的至少一個實施方案之前，應當理解地，本發(fā)明不一定限于其下文描述或?qū)嵤┓桨甘纠募毠?jié)的應用。本發(fā)明能夠具有其他實施方案或者以各種方式被實踐或執(zhí)行。

在本發(fā)明的發(fā)明人的pct國際專利申請案公開第wo2013/117746號中已經(jīng)公開了區(qū)分細菌及病毒感染的方法。尋求擴大可以幫助準確診斷的多個決定因素的數(shù)量，本發(fā)明的發(fā)明人現(xiàn)在已經(jīng)進行了另外的臨床實驗，并且已經(jīng)確定了可用于所述目的的其他決定因素。

此外，本發(fā)明的發(fā)明人現(xiàn)在已經(jīng)示出，這些多個決定因素中的一些結(jié)合先前公開的決定因素或先前公開的決定因素組合的分析，可以改善診斷測試的靈敏度，在某些情況下，以特異性降低為代價。

患者細菌的正確識別是非常重要的，因為這些患者需要抗生素治療，在某些情況下需要更積極的管理(住院治療，另外的診斷檢查等)。患者細菌的錯誤分類增加了發(fā)病率及死亡率的機會。因此，盡管特異性可能降低，區(qū)分細菌及病毒感染的一生物標志物或診斷檢驗的靈敏度的增加是被需要的。

同時進一步減少本發(fā)明實踐，本發(fā)明的發(fā)明人現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn)對于特定的多個決定因素，所述不同類型的感染的閾值水平是依賴于年齡的。因此，本發(fā)明的發(fā)明人得出結(jié)論，對于那些決定因素，重要的是考慮所測試的對象的年齡。

因此，根據(jù)本發(fā)明的一第一方面提供一種測定一對象的一感染類型的方法包含測量源自所述對象的一樣本中的一第一決定因素及一第二決定因素的濃度，其中所述第一決定因素被選自于由表1列出的多個決定因素組成的群組，所述第二決定因素被選自于由表2列出的多個決定因素的群組，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的另一方面，提供了一種測定一對象的一感染類型的方法，包含測量源自于一對象的衍生的樣本中由表1列出的僅一種決定因素的濃度，其中所述濃度用以表示所述感染類型。

根據(jù)本發(fā)明的又一方面，一種測定一對象的一感染類型的方法，包含測量源自所述對象的一樣本中被選自于由表1列出的至少兩個決定因素的濃度，其中濃度用以表示所述感染類型。在本發(fā)明的一個方面，這些決定因素包含至少一個決定因素是由表1列出，并且至少一個決定因素是由表2列出。在本發(fā)明的另一方面，這些決定因素包含由表1列出的至少兩個。

表1

表2

在某些情況下，基于國際人類基因組織命名委員會(hgnc)分配的所述官方字母縮寫或基因符號來確定基因產(chǎn)物的所述決定因素。

在一些實施方案中，可以分析附加參數(shù)的水平，例如anc(絕對嗜中性粒細胞計數(shù))、alc(絕對淋巴球計數(shù))、neu(中性粒細胞)(％)、lym(淋巴細胞百分比)(％)、mono(單核細胞百分比)(％)、溫度、癥狀發(fā)作時間、年齡、肌酸酐(cr)、鉀(k)、脈搏及尿素。

在其他實施方案中，可以分析不同參數(shù)的水平，例如被選自由下述組成的群組：arg1(精氨酸酶)、arpc2(肌動蛋白相關(guān)蛋白2/3復合體亞基2)、atp6v0b(v型質(zhì)子atp酶21kda蛋白脂質(zhì)亞基)、bili(膽紅素)、bri3bp(bri3結(jié)合蛋白抗體)、ccl19-mip3b(巨噬細胞炎性蛋白3β)、ces1(羧酸酯酶1)、coro1a(冠蛋白1a)、eos(嗜酸性粒細胞)(％)、herc5(百域和rld5)、ifi6(干擾素α誘導蛋白6)、ifit3(干擾素誘導的跨膜蛋白3)、kiaa0082、lipt1(脂?；D(zhuǎn)移酶1)、lrdd(富含亮氨酸重復死亡結(jié)構(gòu)域蛋白)、mcp-2(單核細胞趨化蛋白2)、na(鈉)、parp9(聚(adp-核糖)聚合酶9)、pten(磷酸酯酶與張力蛋白同源物)、qars(谷氨酰-trna合成酶)、rab13(ras癌基因家族成員13)、rpl34(核糖體蛋白l34)、sart3(t細胞識別的鱗狀細胞癌抗原3)、trim22(含三聯(lián)基元22)、ube2n(泛素蛋白連接酶2n)、wbc(全血計數(shù))、xaf1(x染色體連鎖的凋亡抑制蛋白相關(guān)因子1)及zbp1(z－dna結(jié)合蛋白1)。

在另一個實施方案中，傳統(tǒng)實驗室的風險因素及臨床參數(shù)的水平也可被測量。這些因素及參數(shù)在下文進一步描述。

pct國際專利申請案公開第wo2013/117746號中提供了與本文揭露的可一起測量的附加決定因素，其內(nèi)容通過引用并入本文且pct國際專利申請第il2015/050823號中，其內(nèi)容通過引用并入本文。

本發(fā)明的一些實施方案中：(i)能夠準確區(qū)分一廣泛范圍的細菌與病毒感染的；(ii)能夠快速診斷(幾分鐘內(nèi))；(iii)避免在身體的一部分天然菌群的非病原菌的“假陽性”鑒定；(iv)允許混合及純病毒感染之間的準確區(qū)分，以及(v)允許在病原體不能接近的情況下進行診斷。

為了解決混合感染診斷及治療的臨床挑戰(zhàn)，本發(fā)明的一些方面包含一種區(qū)分混合感染(盡管存在病毒，仍需要抗生素治療)及純病毒感染(不需要抗生素治療)。

本發(fā)明的一些方面還解決了在身體一部分天然菌群的非致病菌株的細菌引起的“假陽性”診斷的挑戰(zhàn)。其通過測量來自宿主而不是病原體的生物標記物來實現(xiàn)的。

本發(fā)明的另一方面能夠診斷對于存在或不存在移生菌落(例如作為天然菌群的一部分的細菌及病毒)都無變化的不同感染。這是現(xiàn)今傳染病診斷的主要挑戰(zhàn)之一：來自移生菌落的“假陽性”。

重要的是，本發(fā)明的一些方面不需要直接接觸病原體，因為免疫系統(tǒng)在整個身體中循環(huán)，從而在病原體不能接近的情況下便于診斷。

本發(fā)明的另一方面是生物標記物可以被測量的部分，其影響在臨床環(huán)境中可以進行測定的容易度，特別是護理點。例如，測量在血清或血漿部分蛋白質(zhì)比較在白細胞級分中的核酸或細胞內(nèi)蛋白(后者需要另外的實驗步驟，其中白細胞從全血樣本中分離、洗滌及裂解)。因此，本發(fā)明的一些方面還描述了血清及血漿的基礎(chǔ)蛋白質(zhì)特征物可以在臨床上使用各種免疫測定法容易地測量。

本發(fā)明的其他方面提供通過檢測與一感染相關(guān)的多個決定因素用于鑒別具有感染的多個對象的方法，包含對所述感染無癥狀的對象。這些特征物及決定因素也可用于監(jiān)測正在接受治療及治療感染的對象，以及用于選擇或更改在具有一感染的對象中有效的診斷、治療及療法。

下文描述了本發(fā)明中的示例性決定因素的測量。

crp：c-反應蛋白；crp的另外的別名包含但不限于rp11-419n10.4及ptx1。

人類的crp的一個示例性氨基酸序列如下文所示在seqidno：1中闡述。

trail：通過此基因編碼的蛋白質(zhì)是屬于tnf(腫瘤壞死因子)配體家族的細胞因子。本發(fā)明考慮到測量此種蛋白質(zhì)的可溶性及/或膜的形式。在一個實施方案中，僅測量此種蛋白質(zhì)的可溶形式。所述基因的其他名稱包含但不限于apo2l、tnf相關(guān)凋亡誘導配體、tnfsf10及cd253。此種蛋白質(zhì)結(jié)合tnf受體超家族的幾個成員，如tnfrsf10a/trailr1、tnfrsf10b/trailr2、tnfrsf10c/trailr3、tnfrsf10d/trailr4，也可能與tnfrsf11b/opg結(jié)合。

trail的示例性氨基酸序列在seqidno：2或3中闡述。

ip10：通過此基因編碼cxc亞家族的一個趨化因子及受體cxcr3的配體。所述基因的其他名稱包含但不限于：cxcl10、gamma-ip10、inp10及趨化因子(c-x-cmotif)配體10。

ip10的一個示例性氨基酸序列在seqidno：4中闡述。

il1ra：通過此基因編碼的蛋白是屬于白細胞介素1受體家族的一種細胞因子受體。所述基因的其他名稱包含但不限于：cd121a、il-1rt1、p80、cd121a抗原、cd121a、il1r及il1ra。

pct：降鈣素原(pct)激素降鈣素的一肽前體，后者涉及鈣穩(wěn)態(tài)。

trem1：在骨髓細胞1上表達的觸發(fā)受體；trem1的另外的別名是cd354及trem-1。

rsad2：激進的s-腺苷甲硫氨酸結(jié)構(gòu)域蛋白2；rsad2另外的別名包含但不限于2510004l01rik、cig33、cig5及vig1。

mx1/mxa：粘液病毒(流感病毒)抗性蛋白1；mx1的另外的別名包含但不限于ifi-78k、ifi78、mx及mxa。

trailr3/tnfrsf10c：通過此基因編碼的蛋白是tnf受體超家族的一員。

此蛋白質(zhì)的示例性氨基酸序列在seqidno：5或6中闡述。

trailr4/tnfrsf10d：通過此基因編碼的蛋白質(zhì)是tnf受體超家族的一員。

此蛋白質(zhì)的示例性氨基酸序列在seqidno：7或8中闡述。

trail-r1/tnfrsf10a：通過此基因編碼的蛋白是tnf受體超家族的一員。此蛋白質(zhì)的示例性氨基酸序列在seqidno：9、10或11中闡述。

trail-r2/tnfrsf10b：通過此基因編碼的蛋白是tnf受體超家族的一員，并含有一個細胞內(nèi)死亡域。此蛋白質(zhì)的示例性氨基酸序列在seqidno；12、13或14中闡述。

ngal：嗜中性粒細胞明膠酶相關(guān)性脂籠蛋白(ngal)也稱為脂籠蛋白-2(lcn2)，也稱為致癌基因24p3。ngal的一個示例性氨基酸序列在seqidno：15中闡述。

mmp8：基質(zhì)金屬蛋白酶8(mmp8)是一種膠原切割酶?；|(zhì)金屬蛋白8的示例性氨基酸序列在seqidno：16-18中闡述。

新喋呤：新喋呤是鳥苷三磷酸的分解代謝產(chǎn)物，一嘌呤核苷酸。新喋呤屬于被稱為蝶啶的化學基團。

皮質(zhì)醇：皮質(zhì)醇是一種類固醇激素，更具體地是一糖皮質(zhì)激素，其由腎上腺皮質(zhì)的筋膜產(chǎn)生。其是為了應對壓力及低水平的血糖釋放的。

定義：

本文所用術(shù)語“決定因素”是指在身體中生產(chǎn)的一種多肽或化學試劑，其可以用作感染及/或感染類型的一種標記物。在一個具體實施方案中，所述決定因素不是一rna分子。

在一實施方案中，所述決定因素是一多肽。

在另一實施方案中，所述決定因素是一激素。

在另一實施方案中，所述決定因素是一第二信使。

在另一實施方案中，所述決定因素是一代謝物。

根據(jù)一具體實施方案，所述決定因素是可溶的或分泌的，并且存在于不同的體液如血清、血漿、尿液、腦脊液、痰液、汗液、糞便、精液等的細胞內(nèi)。

“傳統(tǒng)實驗室風險因素”包含分離或衍生自對象樣本的生物標志物，目前在臨床實驗室進行評估，并用于傳統(tǒng)的全球風險評估算法，如絕對嗜中性粒細胞計數(shù)(簡稱anc)、絕對淋巴細胞計數(shù)(簡稱alc)、白細胞計數(shù)(簡稱wbc)、嗜中性粒細胞％(定義為多個嗜中性粒細胞的白細胞的分數(shù)，簡稱neu(％))、淋巴細胞百分比(定義為多個淋巴細胞的白細胞的分數(shù)，簡稱lym(％))、單核細胞％(定義為多個單核細胞的白細胞的分數(shù)，簡稱mon(％))，鈉(簡稱na)、鉀(簡稱k)、膽紅素(簡稱bili)。

“臨床參數(shù)”包含對象的健康狀況或其他特征的非樣本或非分析物的生物標志物，例如但不限于年齡(age)、種族(race)、性別(sex)、核心體溫(簡稱為“溫度”)、最初出現(xiàn)癥狀的最大核心體溫(縮寫為“最高體溫”)、最初出現(xiàn)癥狀時間(縮寫為“癥狀發(fā)作時間”)或家族史(縮寫為famhx)。

“感染參考表達圖譜”是與一生物樣本(或群體或樣本集)的評估產(chǎn)生的兩個或多個決定因素相關(guān)聯(lián)的一組值。

“非感染性疾病的對象”是指疾病不是由一傳染病(例如細菌或病毒)引起的疾病的一對象。“急性感染”的特點是疾病發(fā)病迅速，一相對短暫的癥狀時期，并在幾天內(nèi)解決。

“慢性感染”是一種緩慢發(fā)展并持續(xù)很長時間的感染?？赡軐е侣愿腥镜牟《景透窝准鞍滩?。急性及慢性感染之間的一個區(qū)別是，在急性感染期間，免疫系統(tǒng)通常會產(chǎn)生針對感染因子的igm+抗體，而感染的慢性期通常是igm-/igg+抗體的特征。此外，急性感染引起免疫媒介的壞死過程，而慢性感染常常引起炎性媒介的纖維化過程及驚慌(例如肝臟中的丙型肝炎)。因此，急性及慢性感染可引發(fā)不同的潛在免疫機制。

感染類型是指細菌感染、混合感染、病毒感染、無感染、感染性或非感染性。

通過“劃入”一感染意味著所述對象具有這種感染類型。

通過“排除”一感染意味著所述對象不具有這種感染類型。

“自然菌群”或“移生菌落”是指可能存在于健康無癥狀的對象及生病的對象中的微生物，如細菌或病毒。

“抗病毒治療”包含一種化合物、藥物、方案或當由患有病毒感染的一對象執(zhí)行的動作可以有助于所述對象從感染恢復或緩解癥狀?？共《局委煹膶嵗幌抻谝韵滤幬锏氖┯茫簥W司他韋、rnai抗病毒藥、單克隆抗體注射劑、扎那米韋及神經(jīng)酰胺酶阻斷劑。

“tp”是真陽性，意味著準確地反映測試活動的陽性測試結(jié)果。例如，本發(fā)明所述的上下文中一tp，例如但不限于真正地分類一細菌感染。

“tn”是真陰性，意味著準確地反映測試活動的陰性測試結(jié)果。例如在本發(fā)明所述的上下文中一tn，例如但不限于真正地分類一病毒感染。

“fn”是假陰性，意味著一個結(jié)果顯示為陰性，但不能揭示的一情況。例如，在本發(fā)明所述的上下文中一fn，例如但不限于，將一細菌感染錯誤分類為一病毒感染。

“fp”是假陽性，意味著被錯誤地分類為一個陽性類別的測試結(jié)果。例如在本發(fā)明所述的上下文中一fp，例如但不限于，將一病毒感染錯誤地分類為一細菌感染。

“靈敏度”通過tp/(tp+fn)或疾病對象的真陽性分數(shù)計算。

“特異性”通過tn/(tn+fp)或非疾病或正常對象的真陰性分數(shù)計算。

“總準確度”通過(tn+tp)/(tn+fp+tp+fn)計算。

“陽性預測值”或“ppv”通過tp/(tp+fp)或陽性測試結(jié)果的真陽性分數(shù)計算。其本質(zhì)上受到疾病流行及要測試的群體的驗前概率影響。

“陰性預測值”或“npv”通過tn/(tn+fn)或陰性測試結(jié)果的真陰性分數(shù)計算。其也本質(zhì)上受到受到疾病流行及要測試的群體的驗前概率影響。參見例如o'marcaighas，jacobsonrm，“估計診斷測試的預測值，如何防止誤導或混亂的結(jié)果”，臨床兒科期刊(clin.ped.)1993，32(8)：485-491，討論了一檢驗的特異性、靈敏度、陽性及陰性預測值，例如一臨床診斷測試。

“mcc”(mathwes相關(guān)系數(shù))計算如下：mcc＝(tp*tn–fp*fn)/{(tp+fn)*(tp+fp)*(tn+fp)*(tn+fn)}^0.5其中tp、fp、tn、fn分別為真陽性、假陽性、真陰性及假陰性。值的注意的是，mcc值范圍在-1到+1之間，分別表示完全錯誤及完美的分類。mcc為0表示隨機分類。已經(jīng)證明，mcc將靈敏度及特異性結(jié)合成一單一度量是有用的(baldi，brunak等人2000)。在不平衡分類大小的情況下，其也可用于測量及優(yōu)化分類準確度(baldi，brunak等人2000)。

通常，對于使用一次連續(xù)診斷測試測量的二元疾病狀態(tài)分類方法，總結(jié)了所述靈敏度及特異性根據(jù)pepe等人的“接受者操作特征(roc)曲線”，“測量診斷，預后或篩選標記物的表現(xiàn)幾率比的限制”am.j.epidemiol2004，159(9)：882-890，并由曲線下面積(auc)或c統(tǒng)計下總結(jié)，一個指標，允許在整個測試(或測定)切割點范圍內(nèi)僅使用單一值來表示測試，測定或方法的靈敏度及特異性。另見例如，shultz的“臨床解釋實驗室程序”，第十四章，teitz臨床化學基礎(chǔ)，burtis及ashwood(編輯)，第四版，1996年，w.b.桑德斯公司，第192-199頁；及zweig等人的“roc曲線分析：顯示血清脂質(zhì)及載脂蛋白濃度在鑒定冠狀動脈疾病中的關(guān)系的實例”，clin.cook，1992，38(8)：1425-1428。使用似然函數(shù)、優(yōu)勢比、信息理論、預測值、校準(包含擬合優(yōu)度)及重新分類測量的替代方法被總結(jié)根據(jù)cook，“使用及濫用風險預測中的接收者操作特征曲線”，circulation2007，115：928-935。

“準確度”是指一測量或計算量(測試報告值)與其實際(或真實)值的一致性。臨床準確度與真實結(jié)果的比例(真陽性(tp)或真陰性(tn))對錯誤分類結(jié)果(假陽性(fp)或假陰性(fn)))有關(guān)，可被稱為一靈敏度、特異性、陽性預測值(ppv)或陰性預測值(npv)、matheus相關(guān)系數(shù)(mcc)或一般似然性、優(yōu)勢比、接收者操作特征(roc)曲線、曲線下面積(auc)及其他衡量方式。

“公式”、“算法”或“模型”是采用一個或多個連續(xù)或分類輸入(這里稱為“參數(shù)”)并計算一輸出值的任何數(shù)學方程式、算法、分析或編程過程或統(tǒng)計技術(shù)，有時稱為一“指標”或“指標值”?！肮健钡姆窍拗菩允纠偤?、比率及回歸運算符，例如系數(shù)或指數(shù)、生物標志值轉(zhuǎn)換及歸一化(包含但不限于基于臨床決定因素的歸一化圖表，例如性別、年齡或種族)、解法及指標、統(tǒng)計分類模型及對歷史群體進行培訓的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。在決定因素中的特別有用的是線性及非線性方程及統(tǒng)計分類分析，以測定在一對象樣本中檢測的決定因素與所述對象具有一感染或某種類型的感染的概率之間的關(guān)系。特別關(guān)注的是典型調(diào)查及組合圖解法、特別有用的是結(jié)構(gòu)和及語法統(tǒng)計分類算法及索引創(chuàng)建方法，利用模式識別特征，包含已建立的技術(shù)如互相關(guān)、主成分分析(pca)、因子旋轉(zhuǎn)、邏輯回歸(logreg)、線性判別分析(lda)、特征基因(eigengene)線性判別分析(elda)、支持向量機(svm)、隨機森林模型(rf)、遞歸分區(qū)樹(rpart)以及其他相關(guān)決策樹分類技術(shù)、縮小重心算法(sc)、逐步回歸(stepaic)、第k個最近鄰居法(kth-nearestneighbor)、提升算法(boosting)、決策樹方法(decisiontrees)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、貝葉斯網(wǎng)絡(luò)，及隱馬爾可夫模型(hiddenmarkovmodels)等。其他技術(shù)可用于存活分析及事件史危害分析，包含技術(shù)人員熟知的cox(考克斯)、weibull(威布爾)、kaplan-meier(卡普蘭-梅爾)及greenwood(格林納達)模型。許多這些技術(shù)可以與決定因素選擇技術(shù)相結(jié)合，例如前向選擇、向后選擇或逐步選擇、完整列舉給定大小的潛在典型調(diào)查、遺傳算法、或者其自己的技術(shù)本身包含生物標志物選擇方法。這些可能與信息標準相結(jié)合，例如赤池信息量準則(aic)或貝葉斯信息準則(bic)、以量化額外的生物標志物與模型改進之間的權(quán)衡、并有助于最小化過度服務(wù)。所得到的預測模型可以在其他研究中驗證，或者在他們最初受培訓的研究中交叉驗證、使用bootstrap、留一法(loo)及10次交叉驗證(10-foldcv)。在各個步驟中，可以根據(jù)本領(lǐng)域已知的技術(shù)通過價值置換來估計錯誤發(fā)現(xiàn)率。“健康經(jīng)濟效用函數(shù)”是一種公式，其來源于在理想化的合適患者群體中的一系列臨床結(jié)果的預期概率的組合，在將診斷或治療介入引入到護理標準之前及之后。其包含對這種介入的準確度，有效性及表現(xiàn)特征的評估，以及與每個結(jié)果相關(guān)聯(lián)的成本及/或價值衡量(效用)，可能來自造成每個結(jié)果的實際醫(yī)療系統(tǒng)的護理成本(服務(wù)、用品、設(shè)備及藥物等)及/或作為每個質(zhì)量調(diào)整生命年(qaly)的估計可接受的價值。在預測結(jié)果中，結(jié)果預測的群體數(shù)量乘以相應結(jié)果預期效用的乘積的總和是給定護理標準的總健康經(jīng)濟效用。(i)有介入的護理標準計算的總健康經(jīng)濟效用與(ii)無介入的護理標準計算的總健康經(jīng)濟效用之間的差異造成了健康經(jīng)濟成本或介入價值的一個總體測量。其本身可能會被分為整個患者群體(或僅在介入群體之間)被分析以獲得每單位介入的成本，及引導這樣的決定作為健康系統(tǒng)接受的市場定位、定價及假定等。這樣的健康經(jīng)濟效用函數(shù)通常用于比較介入的成本效益，但也可能是轉(zhuǎn)化為評估健康護理系統(tǒng)愿意支付的每個qaly的可接受的價值，或者一新介入所需的可接受的成本-效果臨床表現(xiàn)特征。

對于本發(fā)明的診斷(或預后)介入，由于每個結(jié)果(在疾病分類診斷測試中可能是tp，fp，tn或fn)具有不同的成本，所以健康經(jīng)濟效用函數(shù)可以優(yōu)先地偏向特異性高于靈敏度，或npv高于ppv基于臨床情況及個體結(jié)果成本及價值，從而提供另一種衡量健康經(jīng)濟表現(xiàn)及價值的方法，其可能與更直接的臨床或分析表現(xiàn)測量不同。這些不同的測量及相關(guān)權(quán)衡通常僅在完美測試的情況下收斂，零錯誤率(也稱為零預測對象結(jié)果錯誤分類或fp及fn)，表現(xiàn)測量將有利于缺陷，但在不同程度上。

“測量(measuring或measurement)”或“檢測(detecting或detection)”是指評估臨床或?qū)ο髞碓吹臉颖局薪o定物質(zhì)的存在、不存在，數(shù)量或總量(可以是一有效量)包含這樣的物質(zhì)的定性或定量的濃度水平的衍生，或以其他方式評估對象非分析物臨床參數(shù)或臨床決定因素的價值或分類。

“分析準確度”是指所述測量過程本身的再現(xiàn)性及可預測性，并且可以總結(jié)為以下測量：變量系數(shù)(cv)、皮爾森相關(guān)系數(shù)(pearsoncorrelation)以及相同樣本或?qū)φ战M的一致性及校準測試在不同時間、用戶、設(shè)備及/或多個試劑。評估新生物標志物的這些及其他考慮因素也總結(jié)在vasan,2006。

“表現(xiàn)”涉及診斷或預后測試的整體有用性及質(zhì)量，包括臨床及分析準確度、其他分析及過程特征，如使用特征(如穩(wěn)定性、易用性)，健康經(jīng)濟價值及相對性測試成分的成本。這些因素中的任何一個可能是優(yōu)異表現(xiàn)的來源，因此可能是測試的有用性，并且可以通過適當?shù)摹氨憩F(xiàn)指標”來衡量，例如auc和mcc、結(jié)果時間、保質(zhì)期等。

本發(fā)明的上下文中的“樣本”是從一對象分離的一生物樣本，可以以例如而非限制的方式包含全血、血清、血漿、唾液、粘液、呼吸、尿液、腦脊液、痰液、汗液、糞便、頭發(fā)、精液、活組織檢查、鼻漏、組織活檢、細胞學樣本、血小板、網(wǎng)織紅細胞、白細胞、上皮細胞或全血細胞。

根據(jù)一個具體示例，所述樣本是一血清樣本。

“統(tǒng)計地顯著”是指的變化都大于機會單獨發(fā)生的可能(這可能是一個“假陽性”)。統(tǒng)計學意義可以通過所述技術(shù)中已知的任何方法進行測定。常用的顯著的測量包含p值，表示所得到的結(jié)果的概率至少與一給定的數(shù)據(jù)點一樣極端，假設(shè)所述數(shù)據(jù)點是單獨機會的結(jié)果。一結(jié)果通常在一p值為0.05以下時被認為是非常顯著的。

在本發(fā)明的所述上下文中的“對象”可以是一哺乳動物(例如，人類、狗、貓、馬、牛、羊、豬、山羊)。根據(jù)另一個實施方案，所述對象是一鳥類(例如，雞、火雞、鴨、鵝)。根據(jù)一個具體實施方案，所述對象是一人類。一對象可以是男性或女性。一對象可以是先前被診斷或鑒定為具有一感染，并且可選地已經(jīng)經(jīng)歷或正在進行所述感染的一治療介入?；蛘?，一對象也可以是先前未被診斷為感染。例如，一對象可以是一個或多個具有一感染風險因子的對象。

在本發(fā)明的上下文中，可以使用以下縮寫：抗生素(abx)、不良反應(ae)、任意單位(au)、全血計數(shù)(cbc)、病例報告表(crf)、胸部x光(cxr)、電子病例報告表(ecrf)、食品及藥物管理局(fda)、良好臨床實踐(gcp)、胃腸道(gi)、胃腸炎(ge)、國際協(xié)調(diào)會議(ich)、傳染病(id)、體外診斷(ivd)、下呼吸道感染(lrti)、心肌梗塞(mi)、聚合酶聯(lián)鎖反應(pcr)、口服(p.o)、經(jīng)由直腸(p.r)、護理標準(soc)、標準操作程序(sop)、尿道感染(uti)、上呼吸道感染(urti)。

本發(fā)明的方法及使用

本文公開的所述方法用于識別具有一感染或一特定感染類型的對象。感染類型是指細菌感染、病毒感染、混合感染、無感染(即非感染性)。更具體地，使用本發(fā)明的一些方法來區(qū)分具有一細菌感染、一病毒感染、一混合感染(即細菌及病毒共感染)的患者、一非感染性疾病的患者及健康個體。本發(fā)明的一些方法也可用于監(jiān)測或選擇具有感染的對象的一治療方案，及篩選先前未被診斷為具有感染的對象，如展現(xiàn)多個危險因素發(fā)展中的一感染的對象。本發(fā)明的一些方法用于識別及/或診斷對于一感染無癥狀的對象?！盁o癥狀”是指不表現(xiàn)傳統(tǒng)體征及癥狀。

所述術(shù)語“革蘭氏陽性菌”是通過革蘭氏染色染成深藍色的細菌。革蘭陽性微生物能夠保留結(jié)晶紫色斑點，因為在細胞壁中有高含量的肽聚糖。

所述術(shù)語“革蘭氏陰性細菌”是在革蘭氏染色方案中沒有保留結(jié)晶紫染料的細菌。

所述術(shù)語“非典型細菌”是不屬于傳統(tǒng)“革蘭氏”群組之一的細菌。其通常雖然并不總是細胞內(nèi)的細菌病原體。其包含但不限于支原體屬(mycoplasmasspp.)、軍團菌屬(legionellaspp.)、立克次氏體(lickettsiaespp.)及衣原體屬(chlamydiaespp.)。

如本文所用，感染意在包含病毒或細菌來源的任何感染性因子。所述細菌感染可能是革蘭氏陽性、革蘭氏陰性菌或非典型細菌的結(jié)果。

通過測量對象衍生的樣本中有效數(shù)量(其可以是一個或多個)的決定因素的量(包含存在或不存在)來鑒定具有感染的對象。測定決定因素的水平的臨床地顯著變化?；蛘撸瑢⑺隽颗c參考值進行比較。然后識別與參考值相比較的對象樣本中表達決定因素的量及模式的變化。在各種實施方案中，測量二、三、四、五、六、七、八、九、十或更多的決定因素。在各種實施方案中，不超過兩個、不超過三個、不超過四個決定因素。

在某些實施方案中，決定因素的組合包含在表1中列出的第一決定因素的測量，及表2中列出的第二決定因素。

根據(jù)一個具體實施方案，所述第一決定因素是a1酸糖蛋白、脂聯(lián)素、血管生成素、血管生成素1、血管生成素2、april、baff、bdnf、cd23、cd14、cd142、cd27、cd95、凝聚素、補體因子d、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、cxcl13、胱抑蛋白c、dkk1、e鈣粘蛋白、e選素(eselectin)、內(nèi)皮抑制素、胎球蛋白a、gcp2、gdf15、icam1、igfbp3、il18、il19、瘦素、瘦素r、light、mbl、mif、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、髓過氧化物酶、新喋rna、ngal、骨橋蛋白、骨保護素、p選擇素、pcsk9、正五聚蛋白3、組織蛋白原b、顆粒蛋白前體抗原、mmp10酶原、前列腺素e2、rbp4、抵抗素、slpi、p物質(zhì)、tfpi、、血小板反應蛋白2、tie2、upar、vcam1、vegfc或維生素d結(jié)合蛋白。在另一個實施方案中，所述第一決定因素是ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、e選素(eselectin)、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑素c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14或mmp10酶原。

在又一個實施方案中，所述第一決定因素是ngal、mmp8或新喋呤。

根據(jù)另一個實施方案，所述第二決定因素是crp、trail或ip-10。

在一個實施方案中，本發(fā)明的發(fā)明人考慮分析不超過兩個決定因素以區(qū)分細菌及病毒感染。

示例性對包含但不限于crp及ngal；

示例性對包含但不限于crp及ngal；crp及mmp8；crp及新喋呤；trail及ngal；trail及mmp8；trail及新喋呤；ip-10及ngal；ip-10及mmp8；ip-10及新喋呤；il1r及ngal；il1r及mmp8；il1r及新喋呤；降鈣素原及ngal；降鈣素原及mmp8；降鈣素原及新喋呤；saa及ngal；saa及mmp8；saa及新喋呤；trem1及ngal；trem1及mmp8；trem1及新喋呤；trem2及ngal；trem2及mmp8；trem2及新喋呤；mx1及ngal；mx1及mmp8；mx1及新喋呤；rsad2及ngal；rsad2及mmp8；rsad2及新喋呤。

另外考慮的示例性對包含crp及trailr3/tnfrsf10c、crp及trailr4/tnfrsf10d、crp及trail-r1/tnfrsf10a及crp及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含trail及trailr3/tnfrsf10c；trail及trailr4/tnfrsf10d；trail及trail-r1/tnfrsf10a；及trail及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含ip10及trailr3/tnfrsf10c、ip10及trailr4/tnfrsf10d、ip10及trail-r1/tnfrsf10a以及ip10及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含新喋呤及降鈣素原；或ngal及降鈣素原。

其它示例性對包含il1-ra及trailr3/tnfrsf10c、il1-ra及trailr4/tnfrsf10d、il1-ra及trail-r1/tnfrsf10a，以及il1-ra及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含降鈣素原及trailr3/tnfrsf10c、降鈣素原及trailr4/tnfrsf10d、降鈣素原及trail-r1/tnfrsf10a及降鈣素原及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含strem及trailr3/tnfrsf10c、strem及trailr4/tnfrsf10d、strem及trail-r1/tnfrsf10a以及strem及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含rsad2及trailr3/tnfrsf10c、rsad2及trailr4/tnfrsf10d、rsad2及trail-r1/tnfrsf10a以及rsad2及trail-r2/tnfrsf10b。

其他示例性對包含mx1及trailr3/tnfrsf10c、mx1及trail-r1/tnfrsf10a、mx1及trail-r2/tnfrsf10b以及mx1及trailr4/tnfrsf10d。

本發(fā)明的發(fā)明人考慮的另外的對包含trail及mx1；trail及rsad2；trail及strem；及trail及il1-ra。

示例性對包含crp及ngal、crp及a1酸性糖蛋白/orm1、crp及il18、crp及cxcl6、crp及mbl、crp及osm/制瘤素m、crp及tnfsf14以及crp及cd14。

其他示例性對包含trail及ngal、trail及a1酸性糖蛋白/orm1、trail及il18、trail及cxcl6、trail及mbl、trail及osm/制瘤素m、trail及tnfsf14以及trail及cd14。

其他示例性對包含ip10及ngal、ip10及a1酸性糖蛋白/orm1、ip10及il18、ip10及cxcl6、ip10及mbl、ip10及osm/制瘤素m、ip10及tnfsf14以及ip10及cd14。

其他示例性對包含il1-ra及ngal、il1-ra及a1-酸性糖蛋白/orm1、il1-ra及il18、il1-ra及cxcl6、il1-ra及mbl、il1-ra及osm/制瘤素m、ra及tnfsf14以及il1-ra及cd14。

其他示例性對包含降鈣素原及ngal、降鈣素原及a1-酸性糖蛋白/orm1、降鈣素原及il18、降鈣素原及cxcl6、降鈣素原及mbl、降鈣素原及osm/制瘤素m、降鈣素原及tnfsf14以及降鈣素原及cd14。

其他示例性對包含strem及ngal、strem及a1酸性糖蛋白/orm1、strem及il18、strem及cxcl6、strem及mbl、strem及osm/制瘤素m、strem及tnfsf14以及strem及cd14。

其他示例性對包含rsad2及ngal、rsad2及a1酸性糖蛋白/orm1、rsad2及il18、rsad2及cxcl6、rsad2及mbl、rsad2及osm/制瘤素m、rsad2及tnfsf14以及rsad2及cd14。

其他示例性對包含mx1及ngal、mx1及a1酸性糖蛋白/orm1、mx1及il18、mx1及cxcl6、mx1及mbl、mx1及osm/制瘤素m、mx1及tnfsf14以及mx1及cd14。

應當理解，來自群組2的兩個、三個、四個或更多決定因素可以與來自群組1的至少一個決定因素一起測量。

因此，例如trail及crp可能與新喋呤一起測量；trail及crp可能與ngal一起測量；trail及crp可能與mmp8一起測量；trailr3/tnfrsf10c；trail及crp可能與trailr4/tnfrsf10d一起測量；trail及crp可能與trail-r1/tnfrsf10a一起測量；trail及crp可能與trail-r2/tnfrsf10b一起測量。

或者，trail及ip10可能與新喋呤一起測量；trail及ip10可能與ngal一起測量；trail及ip10可能與mmp8一起測量；trail及ip10可能與trailr3/tnfrsf10c一起測量；trail及ip10可能與trailr4/tnfrsf10d一起測量；trail及ip10可能與trail-r1/tnfrsf10a一起測量；trail及ip10可能與trail-r2/tnfrsf10b一起測量。

或者，crp及ip10可能與新喋呤一起測量；crp及ip10可能與ngal一起測量；crp及ip10可能與mmp8一起測量；crp及ip10可能與trailr3/tnfrsf10c一起測量；crp及ip10可能與trail-r1/tnfrsf10a一起測量；及crp及ip10可能與trail-r2/tnfrsf10b一起測量。

因此，例如trail及crp可能與ngal一起測量；trail及crp可能與a1-酸性糖蛋白/orm1一起測量；trail及crp可能與il18一起測量；trail及crp可能與cxcl6一起測量；trail及crp可能與mbl一起測量；trail及crp可能與osm/制瘤素m一起測量；trail及crp可能與tnfsf14及trail一起測量，crp可能與cd14一起測量。

或者trail及ip10可能與ngal一起測量；trail及ip10可以與a1-酸性糖蛋白/orm1一起測量；trail及ip10可能與il18一起測量；trail及ip10可能與cxcl6一起測量；trail及ip10可能與mbl一起測量；trail及ip10可能與osm/制瘤素m一起測量；trail及ip10可能與tnfsf14及trail一起測量，ip10可能與cd14一起測量。

或者crp及ip10可能與ngal、crp一起測量，ip10可能與a1-酸性糖蛋白/orm1一起測量；crp及ip10可能與il18一起測量；crp及ip10可能與cxcl6一起測量；crp及ip10可能與mbl一起測量；crp及ip10可能與osm/制瘤素m一起測量；crp及ip10可能與tnfsf14及crp一起測量，ip10可能與cd14一起測量。

根據(jù)另一個實施方案，來自表2的三個蛋白質(zhì)與在表1中至少一決定因素進行測量。示例性組合包含trail、crp及ip10可能與ngal一起測量；trail、crp及ip10可能與新喋呤一起測量；trail、crp及ip10可能與mmp8一起測量；trail、crp及ip10可能與trailr3/tnfrsf10c一起測量；trail、crp及ip10可能與trailr4/tnfrsf10d一起測量；trail、crp及ip10可能與trail-r1/tnfrsf10a一起測量；trail、crp及ip10可能與trail-r2/tnfrsf10b一起測量。

示例性組合包含trail、crp及ip10可能與ngal一起測量；trail、crp及ip10可能與a1酸性糖蛋白/orm1一起測量；trail、crp及ip10可能與il18一起測量；trail、crp及ip10可能與cxcl6一起測量；trail、crp及ip10可能與mbl一起測量；trail、crp及ip10可能與osm/制瘤素m一起測量；trail、crp及ip10可能與tnfsf14一起測量；及trail、crp及ip10可能與cd14一起測量。

在其他實施方案中，多個決定因素的組合包含表1列出的至少兩個決定因素的測量。

根據(jù)一個具體實施方案，表1中的至少一個決定因素是mmp-8、ngal或新喋呤。其他考慮的組合包含trailr3/tnfrsf10c、trailr4/tnfrsf10d、trail-r1/tnfrsf10a、trail-r2/tnfrsf10b。

根據(jù)又一個實施方案，表1中的兩個決定因素都是被選自由下述組成的群組：mmp-8、ngal、新喋呤、trailr3/tnfrsf10c、trailr4/tnfrsf10d、trail-r1/tnfrsf10a及trail-r2/tnfrsf10b。

特定的組合包含mmp-8及ngal；mmp-8及新喋呤或ngal及新喋呤。

在某些實施方案中，所述決定因素測量進一步包含一個或多個臨床決定因素的測量被選自由下述組成的群組：anc、alc、neu(％)、lym(％)、mono(％)、最高體溫、癥狀發(fā)作時間、年齡、肌酸酐(cr)、鉀(k)、脈搏及尿素。

在某些實施方案中，所述決定因素或臨床決定因素進一步包含一個或多個多肽或臨床決定因素的測量被選自由下述組成的群組：arg1、arpc2、atp6v0b、bili(bilirubin)、bri3bp、ccl19-mip3b、ces1、coro1a、eos(％)、herc5、ifi6、ifit3、kiaa0082、lipt1、lrdd、mcp-2、na(鈉)、parp9、pten、rab13、rpl34、sart3、trim22、ube2n、wbc(全血計數(shù))、xaf1及zbp1。

在各個方面，所述方法將一病毒感染的對象與具有非感染性疾病的一對象或一健康對象區(qū)分開；一細菌感染的對象，從非感染性疾病的一對象或一健康對象區(qū)分開；一感染性疾病的對象從非感染性疾病的一對象或一健康對象區(qū)分開；一細菌感染對象與一病毒感染對象區(qū)分開；一混合感染對象與一病毒感染對象區(qū)分開；一混合感染對象與一細菌感染對象區(qū)分開以及一細菌或混合感染對象與一病毒感染對象區(qū)分開。

在一個方面，所述方法通過測量表1列出的一第一決定因素及表2列出的一第二決定因素來區(qū)分一細菌感染對象及一病毒感染對象。

本文提供了多個示例性對。

在一個方面，所述方法通過測量表1列出的至少兩種決定因素來區(qū)分一細菌感染對象及一病毒感染對象。

本文提供了多個示例性對。

在另一方面，所述方法通過測量表1列出的一第一決定因素及表2列出的一第二決定因素來區(qū)分一細菌或混合感染對象及一病毒感染對象。

本文提供了多個示例性對。

在另一方面，所述方法通過測量表1列出的至少兩種決定因素來區(qū)分一細菌或混合感染對象及一病毒感染對象。

來自表1的示例性決定因素對包含ngal及mmp8；ngal及新喋呤；及mmp8及新喋呤。

在另一方面，所述方法通過測量表1列出的一第一決定因素及表2列出的一第二決定因素來區(qū)分一感染性疾病的對象從非感染性疾病的一對象或一健康對象。

本文提供了多個示例性對。

在另一方面，所述方法通過測量表1列出的至少兩個第一決定因素來區(qū)分一感染性疾病的對象從非感染性疾病的一對象或一健康對象。

本文提供了多個示例性對。

在具體實施方案中，本發(fā)明包含測定如果一對象是否不具有一細菌感染(即，排除一細菌感染)。

例如，如果測定的trail的多肽濃度高于一預定的第一閾值，則可以排除一細菌感染。任選地，所述方法還包含測定是否一對象具有一病毒感染(即，劃入病毒感染)。如果trail的多肽濃度高于一預定的第二閾值，則劃入一病毒感染。

在另一個具體實施方案中，本發(fā)明包含測定是否一對象不具有一病毒感染(即，排除一病毒感染)。如果測定的trail的多肽濃度低于一預定的第一閾值則排除一病毒感染。任選地，所述方法還包含測定是否一對象具有一細菌感染(即，劃入一細菌感染)。如果trail的多肽濃度低于一預定的第二閾值，則劃入一細菌感染。

與特定感染類型對應的一些示例性決定因素的指示水平列于表3。

表3

對于trailr3/tnfrsf10c，如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于trailr4/tnfrsf10d，如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于trail-r1/tnfrsf10a，如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于trail-r2/tnfrsf10b，如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于mmp8，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于ngal，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于新喋呤，如果在其中的所述濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果在其中的所述濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果在其中的所述濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于a1-酸性糖蛋白/orm1，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于il18，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于cxcl6，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于mbl，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于osm/制瘤素m，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于tnfsf14，如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一病毒感染。

對于cd14，如果所述多肽濃度高于一預定水平則可以劃入一細菌感染。如果所述多肽濃度低于一預定水平則可以排除一細菌感染。如果所述多肽濃度高于一第一預定水平且低于一第二預定水平則可以劃入一病毒感染。

例如，一對象可被診斷為具有一病毒感染、當trail、ip-10、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑蛋白c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14及/或mmp10酶原的所述決定因素水平至少為5％、10％、20％、30％、40％、50％、100％、200％、300％或400％高于一細菌感染對象參考值。

例如，一對象可被診斷為具有一細菌感染，當crp、ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、il1r、e選擇素、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15的多肽水平至少為5％、10％、20％、30％、40％、50％、100％、200％、300％或400％高于一病毒感染對象參考值。

例如，一對象可被診斷為具有一細菌感染，當trail、ip-10、顆粒蛋白前體抗原、脂聯(lián)素、凝聚素、心房利鈉勝肽轉(zhuǎn)化酶、新喋呤、胱抑蛋白c、cd27、e鈣粘蛋白、補體因子d、igfbp3、gcp2、rbp4、cd14、mmp10酶原的決定因素為90％、80％、70％、60％、50％、30％、20％、10％、5％、1％或少于一病毒感染對象或一健康對象參考值。

例如，一對象可被診斷為具有一病毒感染，當crp、ngal、抵抗素、mmp8、正五聚蛋白3、il1r、e選擇素、mmp7、髓過氧化物酶、骨橋蛋白、pcsk9、組織蛋白原b、a1酸糖蛋白、gdf15的多肽水平為90％、80％、70％、60％、50％、30％、20％、10％、5％、1％或少于一細菌感染對象或一健康對象參考值。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及ngal的多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，應用一預定的數(shù)學函數(shù)對trail及ngal的濃度求出一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及mmp-8的多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及mmp-8的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及新喋呤的濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及新喋呤的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trailr3/tnfrsf10c的所述多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及trailr3/tnfrsf10c的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp或ip10、ngal、降鈣素原中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在另一實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trailr3/tnfrsf10c的所述多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌或混合感染及病毒感染的一種方法，將trail及trailr3/tnfrsf10c的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trail-r1/tnfrsf10a的所述多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及trail-r1/tnfrsf10a的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在另一實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trail-r1/tnfrsf10a的所述多肽濃度來區(qū)分一對象的細菌或混合感染及病毒感染的一種方法，將trail及trail-r1/tnfrsf10a的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trailr4/tnfrsf10d的多肽濃度濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及trailr4/tnfrsf10d的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在另一實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trailr4/tnfrsf10d的多肽濃度濃度來區(qū)分一對象的細菌或混合感染及病毒感染的一種方法，將trail及trailr4/tnfrsf10d的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在其他實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trail-r2/tnfrsf10b的多肽濃度濃度來區(qū)分一對象的細菌感染及病毒感染的一種方法，將trail及trail-r2/tnfrsf10b的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在另一實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail及trail-r2/tnfrsf10b的多肽濃度濃度來區(qū)分一對象的細菌或混合感染及病毒感染的一種方法，將trail及trail-r2/tnfrsf10b的所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。任選地，crp、ngal、降鈣素原或ip10中的一種或多種也被測量。這些另外的測量可以整合到所述分數(shù)中。

在另一個實施方案中，本發(fā)明包含在一對象衍生的樣品中通過測量trail、ip10、crp及至少一個新喋呤、mmp8或ngal的多肽濃度濃度來區(qū)分一對象的細菌或混合感染及病毒感染的一種方法，將每個所述濃度應用一預定的數(shù)學函數(shù)計算一分數(shù)，并將所述分數(shù)與一預定的參考值進行比較。pct國際專利申請第il2015/050823號中提供了關(guān)于生成預定的數(shù)學函數(shù)及關(guān)于crp、ip10及trail的更多信息，所述內(nèi)容通過引用并入本文。

參考值可以相對于來自群體研究的數(shù)量或值，包含但不限于具有相同感染的對象、具有相同或相似年齡范圍的對象、相同或相似的族群中的對象，或相對于接受感染治療的一對象的起始樣本。這些參考值可以從統(tǒng)計分析及/或群體的風險預測數(shù)據(jù)中得出，從數(shù)學算法及計算的感染指數(shù)獲得。參考決定因素索引也可以被建構(gòu)及使用可以使用的算法及其他統(tǒng)計及結(jié)構(gòu)分類的方法。

在本發(fā)明的一個實施方案中，參考值是來自一個或多個不具有感染的對象(即，健康及非感染個體)的對照樣本中決定因素的量(即水平)。在進一步的實施方案中，在這種測試之后監(jiān)測及/或定期地一段時間后重新測試這樣的對象在診斷上相關(guān)(“縱向研究”)以驗證繼續(xù)不存在感染。這樣的時間可以是從初始測試日期起的一天、兩天、兩到五天、五天、五到十天、十天、或十天或更多天，以用于參考值的決定因素。此外，可以在建立這些參考值時使用適當庫存的歷史對象樣本中的決定因素的追溯測量，從而縮短所需的研究時間。

參考值還可以包含從對象得出的決定因素的量由于感染的治療及/或治療物而顯示出改善。參考值還可以包含通過已知技術(shù)確認感染的對象得到的決定因素的量。

一個實施方案的細菌感染的參考值指數(shù)值是在診斷為具有細菌感染的統(tǒng)計學上顯著數(shù)目的對象中的所述決定因素的平均濃度或中位數(shù)濃度。

一個實施方案的病毒感染參考值是在診斷為病毒感染的統(tǒng)計學上顯著數(shù)目的對象中的所述決定因素的平均濃度或中位數(shù)濃度。

表4中列出了每個決定因素(以平均值及/或中位數(shù)表示)的示例性細菌及病毒參考值。

在另一個實施方案中，所述參考值是一個指標值或一個基準值。一個指標值或基準值是來自一個或多個沒有感染的對象的復合樣本的決定因素的有效量。基準值還可以包含來自對象的樣本中決定因素的量，其顯示改善感染的治療或療法。在所述實施方案中，為了與對象衍生的樣本進行比較，類似地計算決定因素的量并與指數(shù)值進行比較。任選地，鑒定為具有感染的對象被選擇以接受緩慢發(fā)展或消除感染的治療方案。

此外，所述決定因素的量可以在一測試樣本中測量，并與所述“正常對照水平”進行比較，利用的技術(shù)諸如參考限制、識別限值或風險定義閾值來定義截止點及異常值。所述“正常對照水平”是指一個或多個決定因素的所述水平或通常在一對象中找到的合并決定因素指數(shù)，不受一感染的影響。這種正常對照水平及截止點可能會根據(jù)一決定因素是單獨使用還是與其他決定因素結(jié)合指標的公式而變化?；蛘撸稣φ账娇梢允莵碜韵惹皽y試的對象的決定因素模式的數(shù)據(jù)庫。

治療方案的有效性可以通過檢測決定因素在有效量(可能是一個或多個)從一對象獲得的樣本隨時間進行監(jiān)測，并比較檢測決定因素的量例如，一第一樣本可以在所述對象接受治療之前獲得，并且在所述對象的治療期間或之后取用一個或多個隨后的樣本。

例如，本發(fā)明的所述方法可用于區(qū)分細菌、病毒及混合感染(即，細菌及病毒共感染。)這將使患者分層化并進行相應的治療。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，通過在所述對象中識別所述類型感染(即細菌、病毒、混合感染或無感染)來提供一對象的一種治療建議(即，選擇一種治療方案)。根據(jù)所述所公開的方法，并建議所述對象如果被認定為具有細菌感染或一種混合感染，則接受一種抗生素治療；或一種抗病毒治療，如果所述對象被確定為具有一病毒感染。

在另一個實施方案中，本發(fā)明的所述方法可提示使用另外的標靶診斷，例如病原體特異性聚合酶聯(lián)鎖反應、胸部x射線、培養(yǎng)物等。例如，根據(jù)本發(fā)明的實施方案的一種診斷表明一種病毒感染時，可以提示使用另外的病毒特異性多重聚合酶聯(lián)鎖反應，而根據(jù)本發(fā)明的實施方案的一種診斷表明一細菌感染時，可以提示使用一細菌特異性多重聚合酶聯(lián)鎖反應。因此，可以減少無理的昂貴診斷的成本。

在一個具體實施方案中，根據(jù)本發(fā)明的任何一對象識別感染類型(即，細菌、病毒、混合感染或無感染)來提供診斷測試推薦方法并且如果對象被鑒定為具有細菌感染或混合感染，則推薦測定細菌感染的來源；或者如果對象被鑒定為具有病毒感染，則推薦測定病毒感染的來源。

本發(fā)明的一些方面還包含一套件與一檢測試劑，其結(jié)合一個或多個決定因素。本發(fā)明還提供了檢測一陣列的多個試劑，例如可以結(jié)合一個或多個決定因素的抗體。在一個實施方案中，所述套件包含結(jié)合表1中出現(xiàn)的至少一個決定因素的抗體及出現(xiàn)在表2中的至少一種多肽。在另一個實施方案中，所述套件含有結(jié)合至少兩種決定因素的抗體，其出現(xiàn)在表1中。

根據(jù)一個示例性實施方案，所述套件(或數(shù)組)不檢測超過2個決定因素、不檢測超過3個決定因素、不檢測超過4個決定因素、不檢測超過5個決定因素。

因此，所述套件可以包含特異性地識別兩種不同的決定因素、三種不同的決定因素、四種不同的決定因素、五種不同的決定因素、六種不同的決定因素、七種不同的決定因素、八個不同的決定因素、九個不同的決定因素或十個或更多不同的決定因素。優(yōu)選地，所述套件不包含識別超過20種不同決定因素、30種不同的決定因素、40種不同的決定因素、100種不同的決定因素或200種不同的決定因素的抗體。

優(yōu)選所述決定因素的所述濃度是在樣本獲得后約24小時內(nèi)測量的?；蛘?，所述多肽-決定因素的所述濃度是在一個樣本中的測量值，該值存儲在12℃以下，當存儲開始于所得樣本后不到24小時。

在一些實施方案中，所述樣本可以在進行測量之前存儲在室溫、4℃、-20℃或-80℃。

在一些實施方案中，所述樣本可以在進行測量之前已存儲1、2、3、4、5、10、12、15、20或24小時。

在一些實施方案中，所述樣本可以在進行測量之前存儲少于5分鐘、10分鐘、20分鐘、30分鐘、45分鐘或60分鐘。

在一些實施方案中，所述樣本被收集在一血清分離管(sst)中。收集后，所述樣本可以在室溫下放置至少5、10、12、15、20、25、30分鐘，以使血液凝固，然后離心約5至30分鐘(例如，至少5、10、12、15、20、25或30分鐘)，以1200×g或約3000轉(zhuǎn)速(rpm)。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測crp及trailr3/tnfrsf10c、crp及trailr4/tnfrsf10d、crp及trail-r1/tnfrsf10a、crp及trail-r2/tnfrsf10b、crp及ngal、crp及新喋呤或crp及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail及trailr3/tnfrsf10c、trail及trailr4/tnfrsf10d、trail及trail-r1/tnfrsf10a、trail及trail-r2/tnfrsf10b、trail及ngal、trail及新喋呤或trail及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測ip10及trailr3/tnfrsf10c、ip10及trailr4/tnfrsf10d、ip10及trail-r1/tnfrsf10a、ip10及trail-r2/tnfrsf10b、ip10及新喋呤、ip10以及ngal或ip10及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測il1-ra及trailr3/tnfrsf10c、il1-ra及trailr4/tnfrsf10d、il1-ra及trail-r1/tnfrsf10a、il1-ra及trail-r2/tnfrsf10b、il1-ra及新喋呤、il1ra及ngal或il1ra及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測降鈣素原及trailr3/tnfrsf10c檢測抗體、降鈣素原及trailr4/tnfrsf10d、降鈣素原及trail-r1/tnfrsf10a、降鈣素原及trail-r2/tnfrsf10b、降鈣素原及新喋呤、降鈣素原及ngal或降鈣素原及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測strem及trailr3/tnfrsf10c、strem及trailr4/tnfrsf10d、strem及trail-r1/tnfrsf10a、strem及trail-r2/tnfrsf10b、strem及新喋呤、strem及ngal或strem及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測rsad2及trailr3/tnfrsf10c、rsad2及trailr4/tnfrsf10d、rsad2及trail-r1/tnfrsf10a、rsad2及trail-r2/tnfrsf10b、rsad2及新喋呤、rsad2及ngal或rsad2及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測mx1及trailr3/tnfrsf10c、mx1及trailr4/tnfrsf10d、mx1及trail-r1/tnfrsf10a、mx1及trail-r2/tnfrsf10b、mx1及新喋呤、mx1及ngal或mx1及mmp8。

根據(jù)具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail及mx1；trail及rsad2；trail及strem；以及trail及il1-ra。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、crp及trailr3/tnfrsf10c；trail、crp及trailr4/tnfrsf10d；trail、crp及trail-r1/tnfrsf10a；trail、crp及trail-r2/tnfrsf10b、trail、crp及新喋呤；trail、crp及ngal；或trail、crp及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、ip10及trailr3/tnfrsf10c；trail、ip10及trailr4/tnfrsf10d；trail、ip10及trail-r1/tnfrsf10a；trail、ip10及trail-r2/tnfrsf10b；trail、ip10及新喋呤；trail、ip10及ngal；或trail、ip10及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測crp、ip10及trailr3/tnfrsf10c、crp、ip10及trailr4/tnfrsf10d；crp、ip10及trail-r1/tnfrsf10a；crp、ip10及trail-r2/tnfrsf10b；crp、ip10及新喋呤：crp、ip10及ngal；或crp、ip10及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、crp、ip10及trailr3/tnfrsf10c；trail、crp、ip10及trailr4/tnfrsf10d；trail、crp、ip10及trail-r1/tnfrsf10a；trail、crp、ip10及trail-r2/tnfrsf10b；trail、crp、ip10及新喋呤；trail、crp、ip10及ngal；或trail、crp、ip10及mmp8。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測crp及ngal、crp及a1-酸性糖蛋白/orm1、crp及il18、crp及cxcl6、crp的檢測及mbl、crp及osm/制瘤素m、crp及tnfsf14或crp及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail及ngal、trail及a1-酸性糖蛋白/orm1、trail及il18、trail及cxcl6、trail及mbl、trail及osm/制瘤素m的檢測trail及tnfsf14或trail及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測ip10及ngal、ip10及a1酸性糖蛋白/orm1、ip10及il18、ip10及cxcl6、ip10及mbl、ip10及osm/制瘤素m、ip10及tnfsf14或ip10及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測il1-ra及ngal、il1-ra及a1-酸性糖蛋白/orm1、il1-ra及il18、il1-ra及cxcl6、il1-ra及mbl、il1-ra及osm/制瘤素m、il1-ra及tnfsf14或il1-ra及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測降鈣素原及ngal、降鈣素原及酸性糖蛋白/orm1、降鈣素原及il18、降鈣素原及cxcl6的檢測抗體、降鈣素原及mbl、降鈣素原及osm/制瘤素m、降鈣素原及tnfsf14或降鈣素原及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測strem及ngal、strem及a1-酸性糖蛋白/orm1、strem及il18、strem及cxcl6、strem及mbl、strem及osm/制瘤素m的檢測strem及tnfsf14或strem及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測rsad2及ngal、rsad2及α-酸性糖蛋白/orm1、rsad2及il18、rsad2及cxcl6、rsad2及mbl、rsad2及osm/制瘤素m的檢測抗體、rsad2及tnfsf14或rsad2及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測mx1及ngal、mx1及a1酸性糖蛋白/orm1、mx1及il18、mx1及cxcl6、mx1及mbl、mx1及osm/制瘤素m、mx1及tnfsf14或mx1及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、crp及ngal；trail、crp及α-酸性糖蛋白/orm1；trail、crp或il18；trail、crp或cxcl6；trail、crp或mbl；trail、crp或osm/制瘤素m；trail、crp或tnfsf14、trail、crp或cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、ip10及ngal；trail、ip10及α-酸性糖蛋白/orm1；trail、ip10及il18；trail、ip10及cxcl6；trail、ip10及mbl；trail、ip10及osm/制瘤素m；trail、ip10及tnfsf14；或trail、ip10及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測crp、ip10及ngal、crp、ip10及a1-酸性糖蛋白/orm1；crp、ip10及il18；crp、ip10及cxcl6；crp、ip10及mbl；crp、ip10及osm/制瘤素m；crp、ip10及tnfsf14或crp、ip10及cd14。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件包含多個抗體用于檢測trail、crp、ip10及ngal；trail、crp、ip10及α-酸性糖蛋白/orm1；trail、crp、ip10及il18；trail、crp、ip10及cxcl6；trail、crp、ip10及mbl；trail、crp、ip10及osm/制瘤素m；trail、crp、ip10及tnfsf14；或trail、crp、ip10及cd14。

在其他實施方案中，所述套件包含多個抗體用于檢測至少兩種多肽決定因素，其列出的表2。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別trailr3/tnfrsf10c。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別trailr4/tnfrsf10d。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別trail-r1/tnfrsf10a。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別trail-r2/tnfrsf10b。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別trailr3/tnfrsf10c、trailr4/tnfrsf10d、trail-r1/tnfrsf10a、trail-r2/tnfrsf10b或trail(膜形式)。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別新喋呤。

根據(jù)一個具體實施方案，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別mmp8。

根據(jù)一個具體實施方式，所述套件中的所述多個抗體的至少一個識別ngal。

本發(fā)明的一些方面也可以用于在任何數(shù)量的設(shè)置中篩選患者或?qū)ο笕后w。例如，健康維護組織、公共衛(wèi)生實體或?qū)W校健康計劃可以篩選一組多個對象，以識別那些需要介入者，如上所述，或者用于流行病學資料的收集。保險公司(例如健康、生命或殘疾)可能會在確定覆蓋范圍或定價過程中篩選申請人，或者為現(xiàn)有客戶進行介入。在這種群體篩選中收集的數(shù)據(jù)，特別是在與任何臨床進展如感染情況相關(guān)的情況下，將在例如健康維護組織，公共衛(wèi)生計劃及保險公司的運營中具有價值。這樣的數(shù)據(jù)陣列或集合可以存儲在機器可讀介質(zhì)中并且用于任何數(shù)量的與健康相關(guān)的數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，以提供改進的保健服務(wù)，成本有效的醫(yī)療保健，改進的保險操作等。參見例如美國專利申請案公開第2002/0038227號；美國專利申請案公開第2004/0122296號；美國專利申請案公開第2004/0122297號；及美國專利第5,018,067號。這樣的系統(tǒng)可以直接從內(nèi)部數(shù)據(jù)存儲或遠程地從一個或多個數(shù)據(jù)存儲站點訪問所述數(shù)據(jù)，如本文進一步詳細描述。

機器可讀存儲介質(zhì)可以包含機器可讀數(shù)據(jù)或數(shù)據(jù)陣列編碼的數(shù)據(jù)存儲材料，當使用數(shù)據(jù)指令進行編程的機器時，能夠用于各種目的。可以在可編程計算機上執(zhí)行的計算機程序中實現(xiàn)本發(fā)明的有效量的生物標志物的測量及/或所得到的來自這些生物標志物的風險評估，包含處理器，數(shù)據(jù)存儲系統(tǒng)(包含易失及非揮發(fā)性存儲器及/或存儲組件)，至少一個輸入設(shè)備及至少一個輸出設(shè)備。程序代碼可以應用于輸入數(shù)據(jù)以執(zhí)行上述功能并生成輸出信息。可以根據(jù)本領(lǐng)域已知的方法將輸出信息應用于一個或多個輸出設(shè)備。計算機可以是例如個人計算機，微型計算機或常規(guī)設(shè)計的工作站。

每個程序可以以高級程序或面向?qū)ο蟮木幊陶Z言來實現(xiàn)以與計算機系統(tǒng)進行通信。但是，如果需要，程序可以以匯編或機器語言實現(xiàn)。多個語言可以是編譯或解釋語言。每個這樣的計算機程序可以存儲在由通用或?qū)Ｓ每删幊逃嬎銠C可讀的存儲介質(zhì)或設(shè)備(例如，只讀存儲器或磁盤或本公開在其他地方所定義的其他設(shè)備)中，用于在存儲介質(zhì)或設(shè)備由計算機讀取以執(zhí)行本文所述的程序。在本發(fā)明的一些方面中使用的與健康相關(guān)的數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)也可以被認為被實現(xiàn)為配置有計算機程序的計算機可讀存儲介質(zhì)，其中如此配置的存儲介質(zhì)使得計算機以特定及預定義的方式執(zhí)行本文所述的各種功能。

本發(fā)明的決定因素，在其一些實施方案中，用于產(chǎn)生沒有感染的多個對象的一“參考決定因素輪廓”。本文公開的多個決定因素也可以用于產(chǎn)生從具有感染的多個對象中獲取的一“對象決定因素輪廓”。所述對象決定因素輪廓可以與所述參考決定因素輪廓進行比較，以診斷或識別具有感染的多個對象。可以比較不同感染類型的對象決定因素輪廓，以診斷或識別感染的類型。本發(fā)明的參考及對象決定因素輪廓，在其一些實施方案中，可以包含在機器可讀介質(zhì)中，例如但不限于像盒式磁帶錄像、光盤只讀存儲器、數(shù)字只讀光盤存儲器、usb閃存介質(zhì)等。這樣的機器可讀介質(zhì)還可以包含額外的測試結(jié)果，例如但不限于臨床參數(shù)及傳統(tǒng)實驗室風險因素的測量?；蛘呋蛄硗?，機器可讀介質(zhì)還可以包含對象信息，例如病史及任何相關(guān)的家族史。機器可讀介質(zhì)還可以包含與其他疾病風險算法及計算出的指數(shù)相關(guān)的信息，例如本文所描述的那些。

本發(fā)明的表現(xiàn)及準確度測量：

本發(fā)明的表現(xiàn)及絕對的及相對的臨床實用性可以以上文所述的多種方式進行評估。在各種表現(xiàn)評估中，本發(fā)明的一些方面旨在提供臨床診斷及預后的準確度。診斷或預后測試、測定或方法的準確度涉及測試、測定或方法區(qū)分具有感染的多個對象的能力，取決于多個對象是否具有“顯著改變”(例如，具有臨床意義及診斷上的顯著性)?！坝行Я俊笔侵笢y量適當數(shù)量的多個決定因素(其可以是一個或多個)以產(chǎn)生不同于“顯著變化”(例如決定因素的表達或活性的水平)的所述(多個)決定因素的預定臨界點(或閾值)，因此表明所述對象具有一感染，所述(多個)決定因素為一決定因素。決定因素水平的差異優(yōu)選具有統(tǒng)計學顯著。如下所述，并沒有對本發(fā)明的限制，實現(xiàn)統(tǒng)計學顯著性，因此優(yōu)選的分析、診斷及臨床準確度可能需要幾個決定因素的組合在小組中一起使用并且與數(shù)學算法相結(jié)合以達到統(tǒng)計學上顯著的決定因素指標。

在疾病狀態(tài)的分類診斷中，一測試(或測定)的切點或閾值改變通常會改變靈敏度及特異性，但是以一定性倒數(shù)關(guān)系。因此，在評估一建議的醫(yī)學測試、測定或評估對象狀況的方法的準確度及有用性時，應始終考慮靈敏度及特異性，并注意報告靈敏度及特異性的切點，因為靈敏度及特異性可能在切點的范圍內(nèi)顯著變化。實現(xiàn)這一點的一種方法是使用mcc度量，其取決于靈敏度及特異性。在使用本發(fā)明的某些方面時，使用諸如auc的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(包含所有潛在切點值)對于大多數(shù)分類風險措施是首選的，而對于持續(xù)風險度量，適合度統(tǒng)計及觀察結(jié)果校準或其他黃金標準是首選。

通過可預測性預定水平，意味著所述方法提供臨床或診斷準確度的可接受水平。使用這種統(tǒng)計學，“可接受的診斷準確度”在本文中定義為測試或測定(例如在本發(fā)明的某些方面中用于測定多個決定因素的臨床顯著存在的測試，其由此指出一感染類型的存在)，其中auc(用于測試或測定的roc曲線下的面積)為至少0.60、理想地至少0.65、更理想地至少0.70、優(yōu)選地至少0.75、更優(yōu)選至少0.80、最優(yōu)選至少0.85。

“非常高的診斷準確度”，是指其中auc(用于測試或測定的roc曲線下的面積)為至少0.75、0.80、理想地至少0.85、更理想地至少為0.875、優(yōu)選地至少0.90、更優(yōu)選地至少0.925、最優(yōu)選地至少0.95。

或者，所述方法預測感染存在或不存在或?qū)χ委煹姆磻?，總準確度至少為75％、更優(yōu)選為80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的總準確度。

或者，所述方法預測存在細菌感染或?qū)χ委煹姆磻哂兄辽?5％的靈敏度、更優(yōu)選80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的靈敏度。

或者，所述方法預測存在病毒感染或?qū)χ委煹姆磻?，具有至?5％的特異性、更優(yōu)選80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或更高的特異性?；蛘撸龇椒A測感染存在或不存在或?qū)χ委煹姆磻哂幸籱cc大于0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9或1.0。

任何測試的預測值取決于測試的靈敏度及特異性，以及所測試群體中病情的流行程度?；谪惾~斯定理(bayes’theorem)的概念，在個體或群體中被篩選存在病癥的可能性(預測的概率)越大，陽性檢驗的有效性越大，結(jié)果為真的可能性越大。因此，任何群體中使用測試存在病癥的可能性很低的問題是一陽性結(jié)果具有有限的價值(即更可能是假陽性)。同樣，在風險極高的群體中，陰性檢測結(jié)果更可能是假陰性。

因此，對于低度流行患病率的群體(定義為每年齡的發(fā)生率(發(fā)病率)小于1％，或低于10％的累積患病率)，roc及auc可能可能會誤導一測試的臨床實用性。

一健康經(jīng)濟效用函數(shù)是測量給定測試的表現(xiàn)及臨床價值的另一種手段，其中由基于每個臨床及經(jīng)濟價值的實際測量值對潛在的分類測試結(jié)果進行加權(quán)組成。健康經(jīng)濟表現(xiàn)與準確度密切相關(guān)，因為健康經(jīng)濟效用函數(shù)具體分配正確分類的利益的經(jīng)濟價值及誤分類被測試多個對象的成本。作為一項表現(xiàn)衡量標準，要求測試達到一定水平的表現(xiàn)并不常見，導致每個測試在健康經(jīng)濟價值(優(yōu)先于測試成本)的增加超出測試的目標價格。

一般來說，確定診斷準確度的替代性方法通常使用連續(xù)測量，當疾病類別尚未被相關(guān)醫(yī)學界及醫(yī)學實踐明確界定，其中治療用途的閾值尚未被建立時，或者沒有現(xiàn)有的黃金標準存在用于疾病前期的診斷。對于持續(xù)測量的風險，用于計算一指標的診斷準確度的測量的通?；谇€擬合及預測連續(xù)值與實際觀察值(或歷史指標計算值)之間的校準，并采用諸如r平方，hosmer-lemeshowp值統(tǒng)計及置信區(qū)間。根據(jù)歷史觀察隊列的預測，使用這種算法的預測值是不常見的，包含一信賴區(qū)間(通常為90％或95％ci)基于一歷史觀察的隊列的預測，作為未來的乳腺癌復發(fā)風險測試，由genomichealth,inc.(redwoodcity，california)商業(yè)化。

一般來說，通過定義診斷準確度的程度，即roc曲線上的切點，定義一可接受的auc值，以及測定構(gòu)成本發(fā)明的多個決定因素的有效量的相對濃度的可接受范圍，允許對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說，使用多個決定因素來識別、診斷或預測具有預定水平的可預測性及性能的多個對象。

此外，其他未列名的生物標志物將與多個決定因素非常高度相關(guān)(為了本申請的目的，當任何兩個變量具有0.5或更大的測定系數(shù)(r²)時，其將被認為是“非常高度相關(guān)”)。本發(fā)明的一些方面包含上述多個決定因素的功能及統(tǒng)計等同物。此外，這種額外的多個決定因素的統(tǒng)計效用基本上取決于多個生物標志物之間的相互關(guān)系，在多個生物標志物及任何新的生物標志物之間經(jīng)常需要在小組內(nèi)進行操作，以便闡明底層生物學的含義。

在本發(fā)明的一些實施方案中，可以檢測出列出的多個決定因素中的一個或多個。例如，二(2)、三(3)、四(4)、五(5)、十(10)、十五(15)、二十(20)、四十(40)或更多個決定因素被檢測。

在某些方面，可以檢測本文列出的多個決定因素?？梢詸z測多個決定因素的數(shù)量的優(yōu)選范圍包含由選自一個、特別是二個、三個、五個、五個、六個、七個、八個、十個、二十個或四十個的任何最小值所限定的范圍。特別優(yōu)選的范圍包含2至5(2-5)、2至10(2-10)、2至20(2-20)或2至40(2-40)。

多個決定因素小組的構(gòu)建：

多個決定因素的分組可以被包含在“小組”中，也稱為“多個決定因素特征物(determinant-signatures、determinantsignatures或multi-determinantsignatures)。在本發(fā)明的上下文中的“小組”是指包含一個或多個決定因素的一組生物標志物(無論是多個決定因素、臨床參數(shù)還是傳統(tǒng)的實驗室風險因素)。小組還可以與本文列出的多個決定因素的選定組合，包含已知存在或與感染相關(guān)的其它生物標志物、例如臨床參數(shù)、傳統(tǒng)實驗室風險因素。

如上所述，許多所列的獨立的決定因素、臨床參數(shù)及傳統(tǒng)的實驗室風險因素，當單獨使用而不是多個決定因素的多生物標志物組成員時，臨床用途很少或沒有可靠地區(qū)分各個正常對象，具有感染(例如細菌、病毒或共感染)風險的對象，因此不能可靠地單獨用于對這三種狀態(tài)之間的任何對象進行分類。即使在這些群體中的每一個的平均測量中存在統(tǒng)計學顯著性差異，通常在足夠動力的研究中發(fā)生，這樣的生物標志物可能在其對個體對象的適用性方面仍然受到限制，并且對所述對象診斷或預后預測貢獻不大。統(tǒng)計學意義的一個常見的衡量標準是p值，這表明觀察是通過機會單獨產(chǎn)生的概率；優(yōu)選地，這樣的p值為0.05以下，代表觀察興趣偶然出現(xiàn)的5％以下的機會。這樣的p值顯著地取決于研究的動力。

盡管此個體決定因素的表現(xiàn)以及一般表現(xiàn)的公式僅結(jié)合傳統(tǒng)臨床參數(shù)及少數(shù)傳統(tǒng)實驗室風險因素，本發(fā)明的發(fā)明人已經(jīng)注意到，兩種或多種多個決定因素的某些具體組合也可以用作多生物標記，其包含已知涉及一種或多種生理或生物學途徑的多個決定因素的組合，并且這樣的信息可以通過使用各種公式組合并且在臨床上有用，公式包含統(tǒng)計分類算法等，結(jié)合并在許多情況下擴展了組合的性能特征超出了個體決定因素。這些特定組合顯示了可接受的診斷準確度水平，并且當來自多個決定因素的足夠信息被組合在經(jīng)過訓練的公式中時，其通?？煽康貙崿F(xiàn)從一個群體到另一個群體可運輸?shù)母咚降脑\斷準確度。

本發(fā)明的一些實施方案的關(guān)鍵方面是如何將兩個不太特定或較低表現(xiàn)的決定因素組合成用于預期的適應癥的新穎且更有用的組合的一般概念。當使用適當?shù)臄?shù)學及臨床算法時，多個生物標志物可以產(chǎn)生比單個組分更好的表現(xiàn)；這在靈敏度及特異性方面經(jīng)常是明顯的，并且導致更大的auc或mcc。其次，在現(xiàn)有的生物標志物中，常常有新穎未被發(fā)覺的信息，因此，為了通過新的公式實現(xiàn)提高的靈敏度或特異性水平，這是必要的。即使對于通常認為本身為次優(yōu)的臨床表現(xiàn)的生物標志物，這種隱藏信息也可能適用。事實上，在高假陽性比率方面的次優(yōu)表現(xiàn)的單一生物標志物單獨測量可能是非常好的指標，即在生物標志物結(jié)果-信息中包含一些重要的附加信息，如果缺乏與第二生物標志物及數(shù)學公式組合，則不能被鑒定。

本領(lǐng)域已知的幾種統(tǒng)計及建模算法可以用于協(xié)助決定因素選取的選擇并優(yōu)化組合這些選擇的算法。統(tǒng)計學工具，如因子及交叉生物標志物相關(guān)性/協(xié)方差分析，可以為小組構(gòu)建提供更多的理論依據(jù)。數(shù)學聚類及分類樹顯示多個決定因素之間的歐幾里得(euclidean)標準化距離可以有利地被使用。可以采用途徑通知播種的這樣的統(tǒng)計分類技術(shù)，也可以采用基于根據(jù)其參與特定途徑或生理功能選擇個體多個決定因素的合理方法。

最終，統(tǒng)計分類算法的公式可以直接用于選擇多個決定因素，并產(chǎn)生及訓練最優(yōu)公式從所述多個決定因素組合多個結(jié)果到一個指標中所需的。通常，使用諸如向前(從零潛在說明參數(shù))及向后選擇(從所有可用的潛在說明參數(shù))的技術(shù)，并且使用諸如aic或bic的信息標準來量化小組的表現(xiàn)及診斷準確度及多個決定因素的數(shù)量之間的權(quán)衡。個體決定因素在向前或向后選擇小組上的位置可以與其為算法提供增量信息內(nèi)容密切相關(guān)，因此貢獻的順序高度依賴于小組中的其他組成的多個決定因素。

臨床算法的構(gòu)建：

可以使用任何公式將決定因素結(jié)果結(jié)合成為指標到在本發(fā)明的實踐中是有用的。如上所述，但不限于此，這些指標可以在各種其他適應癥中指出從一種疾病狀態(tài)轉(zhuǎn)換到另一種疾病狀態(tài)的概率、可能性、絕對或相對風險、轉(zhuǎn)化時間或轉(zhuǎn)化率，或者對未來生物標志物感染測量的預測。這可能是在特定的時間段或水平上，或剩余生命周期風險，或者簡單地作為另一參考對象群體相關(guān)的指標提供。

雖然本文描述了各種優(yōu)選的公式，除了本文及上述定義中提到的以外的其它幾種模型及公式類型是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。實際的模型類型或公式本身可以從潛在模型的領(lǐng)域中選擇，其基于訓練群體中其結(jié)果的表現(xiàn)及診斷準確度特征。公式本身的細節(jié)通?？梢詮南嚓P(guān)培訓群體的決定性結(jié)果中得出。在其他用途中，這種公式這樣的公式可以用于映射特征空間從一個或多個決定因素輸入獲得一組對象分類(例如，用于預測多個對象的分類成員資格，如正常，具有感染)，以導出估計的貝葉斯方法(bayesianapproach)的風險概率函數(shù)，或估計分類條件概率，然后使用貝葉斯規(guī)則(bayes’rule)來產(chǎn)生類似概率函數(shù)，如前所述。

優(yōu)選的公式包含廣泛的統(tǒng)計分類算法，特別是使用判別分析。判別分析的目的是從先前確定的一組特征預測分類成員關(guān)系。在線性判別分析(lda)的情況下，確定特征的線性組合，通過某些標準使群組之間的分離最大化。特征可以使用具有不同閾值的基于eigengene的方法(elda)或基于多變量方差分析的步進算法(manova)來識別lda。可以執(zhí)行向前、向后及逐步算法，其基于hotelling-lawley統(tǒng)計量來最小化不分離的概率。

基于eigengene的線性判別分析(elda)是一種特征選擇技術(shù)開發(fā)自shen等人(2006年)。所述公式在多變量框架中選擇特征(例如生物標志物)，使用修改的特征分析來識別與最重要的特征向量相關(guān)聯(lián)的特征?！爸匾北欢x為那些特征向量試圖被分類相對于某個閾值解釋了樣本差異的最大差異。

支持向量機(svm)是一種分類公式，試圖找到分離的兩個分類的超平面。此超平面包含支持向量、數(shù)據(jù)點正是距離超平面的邊距距離。在數(shù)據(jù)的當前尺寸中不存在分離超平面的可能事件中，通過采用原始變量的非線性函數(shù)將數(shù)據(jù)投影到更大的維度上，維度被大大擴展(venables及ripley，2002)。雖然不需要，svm的特征濾波通常會改善預測。特征(例如生物標志物)可以識別以一支持向量機使用非參數(shù)kruskal-wallis(kw)測試以選擇最佳的單變量特征。隨機森林(rf，breiman，2001)或遞歸分割(rpart，breiman等，1984)也可以單獨使用或組合使用，以識別最重要的生物標志物組合。kw及rf都要求從總數(shù)中選擇許多特征。rpart使用可用生物標志物的一個子集合創(chuàng)建單一分類樹。

可以使用其他公式，以便在預處理個體決定因素測量結(jié)果，將其呈現(xiàn)給預測公式之前。最值得注意的是，使用常規(guī)的數(shù)學變換如對數(shù)或邏輯函數(shù)將生物標志物結(jié)果的歸一化，作為歸一化或其他分布位置，關(guān)于群體的平均值等，都是本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的。特別感興趣的是基于臨床多個決定因素的一組歸一化，例如癥狀、性別、種族或性別的時間，其中特定公式僅用于類中的多個對象或連續(xù)地組合臨床多個決定因素作為輸入。在其他情況下，基于分析物的生物標志物可以組合成計算的變量，隨后將其呈現(xiàn)給公式。

除了可能正規(guī)化的一個對象的個人參數(shù)值之外，所有多個對象或任何已知類別的多個對象的總體預測公式本身可以根據(jù)對群體預期流行率及平均值的調(diào)整進行重新校準或以其他方式調(diào)整根據(jù)d'agostino等人(2001)jama286：180-187中概述的技術(shù)或其他類似的歸一化及重新校準技術(shù)，生物標志參數(shù)值。這種流行病學調(diào)整統(tǒng)計可以通過不斷獲取、確認、改進及更新，將過往數(shù)據(jù)的注冊表呈現(xiàn)給模型，其可能是機器可讀或其他，或偶爾通過存儲樣本的回顧性查詢或參考這些參數(shù)和統(tǒng)計的歷史研究?？赡苁枪街匦滦驶蚱渌{(diào)整對象的其他示例包含在研究中使用的統(tǒng)計數(shù)據(jù)。pepe,m.s.等人，2004優(yōu)勢比的限制cook,n.r.,2007關(guān)于roc曲線。最后，分類器公式本身的數(shù)值結(jié)果可以通過參考實際臨床群體及研究結(jié)果及觀察到的終點來進行后處理，以便校準到絕對風險，并為分類器的變化數(shù)值結(jié)果提供信賴區(qū)間，風險公式

一些多個決定因素可能會呈現(xiàn)取決于患者年齡的趨勢(例如，群體基線可能會隨著年齡的增長而下降)?？梢允褂谩澳挲g相關(guān)的歸一化或分層”方案來調(diào)整與年齡相關(guān)的差異?？梢允褂媚挲g相關(guān)的歸一化、分層或不同的數(shù)學公式來提高多個決定因素的準確度，以區(qū)分不同類型的感染。例如，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以產(chǎn)生適合作為年齡函數(shù)的每個行列式的群體平均水平的函數(shù)，并且使用它來標準化跨越不同年齡的個體多個對象水平的決定因素。另一個例子是根據(jù)他們的年齡分層多個對象，并獨立地確定每個年齡組的年齡具體閾值或指數(shù)值。

根據(jù)一個特定實施方案，基于年齡歸一化、分層或不同數(shù)學公式的集合。如圖8a-c所示，特定的多個決定因素顯示與感染類型有關(guān)的年齡依賴性表達水平。這些包含新喋呤，ngal及骨橋蛋白。其他多個決定因素，其在感染類型中顯示年齡依賴性的表達水平如下表5所示。因此，本發(fā)明根據(jù)對象的年齡考慮不同的決定因素閾值。

在一個實施方案中，歸一化或分層化對于如果對象是成人(例如18、21或22歲)，另一個如果對象是兒童(例如18、21或22歲)，有不同的閾值。

在另一個實施方案中，歸一化或分層化對于如果對象是成人(例如18、21或22歲)，另一個如果對象是12到21歲之間的青少年，另一個如果對象是兒童(2至12歲)，則有不同的閾值，歸一化或分層，另一個如果對象是嬰兒29天至少于2歲，另一個如果對象是嬰兒(出生28天內(nèi))，有不同的閾值。

在一個其他實施方案中，歸一化或分層化對于如果對象是年齡大于70歲、65歲、60歲、55歲、50歲、40歲、30歲、22歲、21歲、18歲、12歲、2歲、1歲或大于3個月、2個月及/或1個月，有不同的閾值。

在其他實施方案中，歸一化或分層化對于如果對象是年齡小于70歲、65歲、60歲、55歲、50歲、40歲、30歲、22歲、21歲、18歲、12歲、2歲、1歲或大于3個月、2個月及/或1個月，有不同的閾值。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中包含，如果ngal的多肽濃度低于約150、140、125、100、45、50、25或甚至10納克/毫升，則在一成人對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法還包含如果ngal的多肽濃度低于100、90、75、50、50或25甚至10納克/毫升，則在所述成人對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果ngal的多肽濃度高于約90、100、125、150或甚至200納克/毫升，則在一成人對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法更包含如果ngal的多肽濃度高于125、150、175、200、250、300、400或甚至500納克/毫升，則在所述成人對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果ngal的多肽濃度低于約150、140、125、100、45、50、25或甚至10納克/毫升，則在一青少年對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法還包含如果ngal的多肽濃度低于100、90、75、50、75或甚至10納克/毫升，則在所述青少年對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果ngal的多肽濃度高于約90、100、125、150或甚至200納克/毫升，則在一青少年對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法進一步包含如果ngal的多肽濃度高于125、150、175、200、250、300、400或甚至500納克/毫升，則在所述青少年對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果ngal的多肽濃度低于約150、140、125、100、75、75、25或甚至10納克/毫升，則在一兒童對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果ngal的多肽濃度低于100、90、75、50、50或25甚至10納克/毫升，則在所述兒童對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果ngal的多肽濃度高于約90、100、125、150或甚至200納克/毫升，則在一兒童對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法更包含如果ngal的多肽濃度高于125、150、175、200、250、300、400或甚至500納克/毫升，則在所述兒童對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果ngal的多余濃度低于約150、140、125、100、45、50、25或甚至10納克/毫升，則在一嬰兒對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果ngal的多肽濃度低于100、90、75、50、50或25甚至10納克/毫升，則在所述嬰兒對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果ngal的多肽濃度高于約90、100、125、150或甚至200納克/毫升，則在一嬰兒對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法進一步包含如果ngal的多肽濃度高于125、150、175、200、250、300、400或甚至500納克/毫升，則在所述嬰兒對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在一成人對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在所述成人對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在一成人對象中排除一病毒感染。所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在所述成人對象中的劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在一青少年對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在所述青少年對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在一青少年對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在所述青少年對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在一兒童對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在所述兒童對象中劃入一病毒感染。

本發(fā)明還可以包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在一兒童對象中排除一病毒感染。

任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在所述兒童對象中劃入一細菌感染。

在本發(fā)明的一個具體實施方案中，如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在一嬰兒對象中排除一細菌感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度高于約4、5、6、7、8、10、15、20、50或甚至100皮克/毫升，則在所述嬰兒對象中劃入一病毒感染。

所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在一嬰兒對象中排除一病毒感染。任選地，所述方法進一步包含如果新喋呤的濃度低于約7、6、5、4、3、2或甚至1皮克/毫升，則在所述嬰兒對象中的劃入一細菌感染。

測量多個決定因素

多個決定因素的水平或量的實際測量可以使用本領(lǐng)域已知的任何方法在蛋白質(zhì)或多肽水平上測定。

例如，通過測量由本文所述的基因產(chǎn)物編碼的多肽的水平或亞細胞定位或活性。這些方法是本領(lǐng)域熟知的，包含例如基于蛋白質(zhì)的抗體，適配子或分子印跡的免疫測定。任何生物材料都可用于檢測/定量蛋白質(zhì)或其活性?；蛘?，可以選擇合適的方法以根據(jù)分析的每種蛋白質(zhì)的活性測定由標記物基因編碼的蛋白質(zhì)的活性。

所述多個決定因素可以以任何合適的方式檢測，但通常通過將來自所述對象的一樣本與一抗體接觸來檢測，所述抗體結(jié)合所述決定因素，然后檢測反應產(chǎn)物的存在或不存在?？贵w可以是如上詳細所述的單克隆、多克隆、嵌合體或片段，并且可以用任何合適的免疫測定法進行檢測反應產(chǎn)物的步驟。來自所述對象的樣本通常是如上所述的生物樣本，并且可以是用于進行上述方法的生物樣本的相同樣本。

在一個實施方案中，將所述抗體特異性結(jié)合所述決定因素是附接(直接或間接地)到一信號產(chǎn)生的標記物，包含但不限于放射性標記，酶標記，半抗原，報告染料(reporterdye)或熒光標記。

根據(jù)本發(fā)明的一些實施方案進行的免疫測定可以是均相測定或非均相測定。在均相測定中，免疫反應通常涉及特異性抗體(例如，抗決定因素抗體)，標記的分析物及感興趣的樣本。當抗體與標記的分析物結(jié)合時，從標記產(chǎn)生的信號被直接或間接地修飾。免疫反應及其程度的檢測都可以在均勻溶液中進行?？梢允褂玫拿庖呋瘜W標記物包含自由基、放射性同位素、熒光染料、酶、噬菌體或輔酶。

在異種測定方法中，所述試劑通常是樣本、抗體及產(chǎn)生一可檢測信號的手段。如上所述的樣本可以被使用?？贵w可以固定在支持物上，例如載珠(如蛋白a及蛋白g瓊脂糖珠)，平盤(plate)或載玻片上，并與疑似含有所述抗原的樣本液相接觸。然后將支持物與液相分離，無論是支持物相還是液相并且檢查采用產(chǎn)生信號的手段產(chǎn)生的可檢測信號。所述信號與樣本中分析物的存在有關(guān)。用于產(chǎn)生可檢測信號的方法包括使用放射性標記、熒光標記或酶標記。例如，如果要檢測的抗原含有第二結(jié)合位點，結(jié)合所述位點的抗體可以與可檢測的基團綴合，并在分離步驟之前加入到液相反應溶液中。在固體支持物上的可檢測基團的存在表明抗原在試驗樣本中的存在。合適的免疫測定的實例是寡核苷酸、免疫印跡、免疫熒光方法、免疫沉淀、化學發(fā)光法、電化學發(fā)光(ecl)或酶聯(lián)免疫測定。

本技術(shù)領(lǐng)域的技術(shù)人員將熟悉許多具體的免疫測定形式及其變體，其可用于實施本文公開的所述方法。參見e.maggio，酶免疫分析，(1980)(crcpress，inc.，bocaraton，fla。)；另見授予skold等人標題為“配體受體相互作用的調(diào)制方法及其應用”的美國專利第4，727，022號。授予forrest等人標題為“抗原免疫測定”的美國專利第4，659，678號，授予david等人標題為“使用單克隆抗體的免疫測定法”的美國專利第4，376，110號，授予litman等人標題題為“特異性受體測定中的大分子環(huán)境控制”的美國專利第4，275，149號，授予maggio等人標題為“使用轉(zhuǎn)用(channeling)的試劑及方法”的美國專利第4，233，402號，及授予boguslaski等人標題為“使用一種輔酶作為標簽的異種特異性結(jié)合測定”的美國專利第4，230，767號。所述決定因素也可以使用流式細胞計數(shù)法檢測抗體。所述技術(shù)人員將熟悉可用于實施本文公開的所述方法的流式細胞技術(shù)(shapiro2005)。這些包含但不限于細胞因子珠陣列(碧迪醫(yī)療(bectondickinson))及蛋白芯片(luminex)技術(shù)。

抗體可以根據(jù)已知技術(shù)如被動結(jié)合綴合到適合于診斷測定的固體支持物上。(例如，載珠如蛋白a或蛋白g瓊脂糖、微球、平盤、載玻片或由如乳膠或聚苯乙烯的材料形成的套管)。同樣可以將本文所述的抗體綴合可檢測的標記或基團例如放射性標記(例如35s、125i、131i)、酶標記(例如辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶)及熒光標記(例如熒光素、alexa、綠色熒光蛋白質(zhì)、羅丹明)。

抗體也可用于檢測決定因素蛋白、多肽、突變及多態(tài)性(如酪氨酸磷酸化、蘇氨酸磷酸化、絲氨酸磷酸化、糖基化(例如，o-glcnac))的翻譯后修飾。這種抗體特異性檢測感興趣的蛋白質(zhì)或在蛋白質(zhì)中磷酸化的氨基酸，并且可用于本文所述的免疫印跡、免疫熒光及elisa測定。這些抗體是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的，并且可商購的。翻譯后修飾也可以使用在反射體矩陣輔助激光解吸電離-飛行時間質(zhì)譜(maldi-tof)中的亞穩(wěn)離子來測定(wirthu.及mullerd.2002)。

已知具有酶活性的決定因素蛋白、多肽、突變及多態(tài)性，可以使用本領(lǐng)域已知的酶分析在體外測定活性。這些測定包含但不限于激酶測定、磷酸酶測定、還原酶測定等等。調(diào)節(jié)酶活性的動力學可以通過使用已知算法測量速率常數(shù)km來測定，例如希爾圖(hillplot)、米氏方程(michaelis-menten)、線性回歸圖如雙倒數(shù)分析(lineweaver-burkanalysis)及斯卡乍得圖(scatchardplot)。

術(shù)語“代謝物”包含一代謝過程的任何化學或生物化學產(chǎn)物，例如通過處理，分裂或攝入一生物分子(例如蛋白質(zhì)，核酸，碳水化合物或脂質(zhì))產(chǎn)生的任何化合物。可以用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的各種方式檢測代謝物，包含折射率光譜(ri)，紫外光譜(uv)，熒光分析，放射化學分析，近紅外光譜(near-ir)，核磁共振光譜(nmr)，光散射分析(ls)，質(zhì)譜，熱解質(zhì)譜，比濁法，拉曼色散光譜，氣相色譜質(zhì)譜分析法，液相色譜質(zhì)譜分析法，基質(zhì)輔助激光解吸電離-飛行時間(maldi-tof)與質(zhì)譜聯(lián)用，離子噴霧光譜與質(zhì)譜聯(lián)用，毛細管電泳，nmr及ir檢測。在這方面，可以使用上述檢測方法或本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其它方法測量其它決定因素分析物。例如，可以使用熒光染料如聚氨基羧酸，fluo系列，fura-2a，rhod-2，比例鈣指示劑indo-1等檢測樣本中的循環(huán)鈣離子(ca²⁺)?？梢允褂脤ｉT設(shè)計或定制以檢測此類代謝物的試劑，類似地檢測其他決定因素代謝物。

套件：

本發(fā)明的一些方面還包含一決定因素檢測試劑或以套件形式包裝在一起的多個抗體。所述套件可以在分離的容器中容納抗體(已經(jīng)結(jié)合到一固體基質(zhì)或分開包裝用于將其與基質(zhì)結(jié)合的試劑)，對照制劑(陽性及/或陰性)及/或一可檢測標記，如熒光素、綠色熒光蛋白、羅丹明、花青染料、alexa染料、螢光素酶、放射性標記等。所述可檢測標記可以連接到一第二抗體其結(jié)合到抗體的fc部分以識別所述決定因素。用于進行測定的說明書(例如，書面、磁帶、vcr、cd-rom等)可以包含在套件中。該測定可以例如是本領(lǐng)域已知的夾心elisa的形式。

例如，決定因素檢測試劑可以固定在一固體基質(zhì)如一多孔條上以形成至少一決定因素檢測位點。所述多孔條的測量或檢測區(qū)域可以包含多個部位。一測試條也可以包含陰性及/或陽性對照的位點?；蛘?，多個控制點可以位于與所述測試條分開的條帶上。任選地，不同的檢測位點可以含有不同量的固定化檢測試劑，例如第一檢測位點中較高的量及隨后位點的較少量。添加測試樣本后，顯示一可檢測信號的多個位點數(shù)量提供一定量指示于所述樣本中存在的多個決定因子的數(shù)量。檢測部位可以被配置成任何適當可檢測的形狀，并且通常為橫跨測試條寬度的條形或點狀。

用于所述檢測決定因素的抗體的合適來源包含市售的來源，例如abazyme公司、abnova公司、assaypro公司、affinitybiologicals公司、antibodyshop公司、avivabioscience公司、biogenesis公司、biosenselaboratories公司、calbiochem公司、cellsciences公司、chemiconinternational公司、chemokine公司、clontech公司、cytolab公司、dako公司、diagnosticbiosystems公司、ebioscience公司、endocrinetechnologies公司、enzobiochem公司、eurogentec公司、fusionantibodies公司、genesisbiotech公司、globozymes公司、haematologictechnologies公司、immunodetection(detect)公司、immunodiagnostik公司、immunometrics公司、immunostar公司、immunovision公司、biogenex公司、invitrogen公司、jacksonimmunoresearchlaboratory公司、kmidiagnostics公司、komabiotech公司、labfrontierlifescienceinstitute公司、leelaboratories公司、lifescreen公司、mainebiotechnologyservices公司、mediclone公司、micropharm股份有限公司、modiquest公司、molecularinnovations公司、molecularprobes公司、neoclone公司、neuromics公司、newenglandbiolabs公司、novocastra公司、novusbiologicals公司、oncogeneresearchproducts公司、orbigen公司、oxfordbiotechnology公司、panvera公司、perkinelmer生命科學公司、pharmingen公司、phoenixpharmaceuticals公司、皮爾斯化學公司、polymun科學公司、polysiences有限公司、promega公司、proteogenix公司、protos免疫研究公司、qedbiosciences有限公司、r&dsystems公司、repligen公司、researchdiagnostics公司、roboscreen公司、santacruzbiotechnology公司、seikagakuamerica公司、serologicalcorporation公司、serotec公司、sigmaaldrich公司、stemcelltechnologies公司、synapticsystemsgmbh公司、technopharm公司、terranovabiotechnology公司、titermax公司、trilliumdiagnostics公司、upstatebiotechnology公司、usbiological公司、vectorlaboratories公司、wakopurechemicalindustries公司、zeptometrix公司。然而，所述技術(shù)人員可以針對本文所述的任何所述多肽決定因素常規(guī)地制備抗體。

可獲得抗體的另一公司是rnd。

我們注意到，多肽決定因素所在的分出物影響在臨床環(huán)境下可以進行測定的容易程度。例如，在臨床環(huán)境中，特別是護理點，通常更容易測量存在于血清或血漿中的決定因子相較于白細胞分開物的細胞內(nèi)的決定因素。這是因為后者需要另外的實驗步驟，其中白細胞從全血樣本中分離，洗滌和裂解。

“用于測量trail的單克隆抗體”的實例包含但不限于：小鼠，單克隆(55b709-3)igg；小鼠，單克隆(2e5)igg1；小鼠，單克隆(2e05)igg1；小鼠，單克隆(m912292)igg1卡巴小鼠，單克隆(iiif6)igg2b；小鼠，單克隆(2e1-1b9)igg1；小鼠，單克隆(rik-2)igg1，kappa；小鼠，單克隆m181igg1；小鼠，單克隆vi10eigg2b；小鼠，單克隆mab375igg1；小鼠，單克隆mab687igg1；小鼠，單克隆hs501igg1；小鼠，單克隆克隆75411.11小鼠igg1；小鼠，單克隆t8175-50igg；小鼠，單克隆2b2.108igg1；小鼠，單克隆b-t24igg1；小鼠，單克隆55b709.3igg1；小鼠，單克隆d3igg1；山羊，單克隆c19igg；兔，單克隆h257igg；小鼠，單克隆500-m49igg；小鼠，單克隆05-607igg；小鼠，單克隆b-t24igg1；大鼠，單克隆(n2b2)，igg2a，κ；小鼠，單克隆(1a7-2b7)，igg1；小鼠，單克隆(55b709.3)，igg及小鼠，單克隆b-s23^*igg1。

可溶的trail及膜的trail可以通過使用不同的測量技術(shù)及樣本進行區(qū)分。例如，在無細胞樣本如血清或血漿中可以無限制地測量可溶性tral?？梢允褂没诩毎臏y定法在包含細胞的樣本中測量膜trail，包含但不限于流細胞計數(shù)法，elisa及其他免疫測定。

“用于測量crp的單克隆抗體”的實例包含但不限于：小鼠，單克隆(108-2a2)；小鼠，單克隆(108-7g41d2)；小鼠，單克隆(12d-2c-36)，igg1；小鼠，單克隆(1g1)，igg1；小鼠，單克隆(5a9)，igg2a卡巴小鼠，單克隆(63f4)，igg1；小鼠，單克隆(67a1)，igg1；小鼠，單克隆(8b-5e)，igg1；小鼠，單克隆(b893m)，igg2b，λ；小鼠，單克隆(c1)，igg2b；小鼠，單克隆(c11f2)，igg；小鼠，單克隆(c2)，igg1；小鼠，單克隆(c3)，igg1；小鼠，單克隆(c4)，igg1；小鼠，單克隆(c5)，igg2a；小鼠，單克隆(c6)，igg2a；小鼠，單克隆(c7)，igg1；小鼠，單克隆(crp103)，igg2b；小鼠，單克隆(crp11)，igg1；小鼠，單克隆(crp135)，igg1；小鼠，單克隆(crp169)，igg2a；小鼠，單克隆(crp30)，igg1；小鼠，單克隆(crp36)，igg2a；兔，單克隆(epr283y)，igg；小鼠，單克隆(kt39)，igg2b；小鼠，單克隆(n-a)，igg1；小鼠，單克隆(n1g1)，igg1；單克隆(p5a9at)；小鼠，單克隆(s5g1)，igg1；小鼠，單克隆(sb78c)，igg1；小鼠，單克隆(sb78d)，igg1及兔，單克隆(y284)，igg。

用于測量多個決定因素的多克隆抗體包含但不限于通過以下一種或多種的主動免疫從血清制備：兔、山羊、綿羊、雞、鴨、豚鼠、小鼠、驢、駱駝、大鼠及馬。

檢測劑的實例包含但不限于：scfv、dsfv、fab、svh、f(ab')2、環(huán)肽、haptamers、單域抗體、fab片段、單鏈可變片段、親和體分子、affilins、nanofitins、anticalins、avimers、darpins、kunitz結(jié)構(gòu)域、fynomer及monobody。

如本文所用，術(shù)語“約”是指±10％。

術(shù)語“包含(comprises、comprising、includes、including、having)”是指其共軛意味著“包含但不限于”。

術(shù)語“由...組成(consistingof)”是指“包含但限于”。

術(shù)語“基本上由...組成(consistingessentiallyof)”是指組合物、方法或結(jié)構(gòu)可以包含附加成分、步驟及/或部分，但是只有當附加成分、步驟及/或部分不會實質(zhì)上改變所要求保護的組成、方法或結(jié)構(gòu)的基本及新穎特性。

如本文所用，單數(shù)形式“一(a、an)”及“所述(the)”包含復數(shù)參考，除非上下文另有明確規(guī)定。例如，術(shù)語“化合物”或“至少一種化合物”可以包含多種化合物，包含它們的混合物。

在本申請中，本發(fā)明的各種實施方案可以以范圍形式呈現(xiàn)。應當理解，范圍形式的描述僅僅是為了方便及簡潔，并且不應被解釋為對本發(fā)明的范圍的僵化限制。因此，應考慮對范圍的描述，以具體公開所有可能的子范圍以及所述范圍內(nèi)的各個數(shù)值。例如，從1到6的范圍的描述應被認為具體公開了諸如1至3、1至4、1至5、2至4、2至6、3到6等，以及所述范圍內(nèi)的個別數(shù)字，例如1、2、3、4、5及6。其適用于所述范圍的廣度。

無論何時在此顯示數(shù)值范圍，都意味著在指定范圍內(nèi)包含任何引用的數(shù)字(分數(shù)或整數(shù))。短語“在...范圍之內(nèi)(ranging/rangesbetween)”第一數(shù)字及第二數(shù)字之間且“范圍從...到...(ranging/rangesfrom)”第一數(shù)字到第二數(shù)字，在本文中可互換使用，并且意在包含第一及第二數(shù)字以及它們之間的所有分數(shù)及整數(shù)數(shù)字。

如本文所使用的，術(shù)語“方法”是指完成給定任務(wù)的方式、手段、技術(shù)及程序，包含但不限于已知或者以已知方式開發(fā)的方式、手段、技術(shù)及程序通過化學、藥理學、生物學、生物化學及醫(yī)學領(lǐng)域的從業(yè)者。

如本文所用，術(shù)語“治療”包含廢除、基本上抑制、減緩或逆轉(zhuǎn)病癥的進展、基本上改善病癥的臨床或美學癥狀或基本上防止病癥的臨床或美學癥狀的出現(xiàn)。

應當理解，為了清楚，在單獨實施方案的上下文中描述的本發(fā)明的某些特征也可以在單個實施方案中組合提供。相反，為了簡潔起見，在單個實施方案的上下文中描述的本發(fā)明的各種特征也可以單獨提供或以任何合適的子組合提供或適用于本發(fā)明的任何其它描述的實施方案。在各種實施方案的上下文中描述的某些特征不被認為是這些實施方案的基本特征，除非所述實施方案在沒有那些組件的情況下無法作用。

雖然已經(jīng)結(jié)合本發(fā)明的具體實施方案描述了本發(fā)明，但是明白易懂的是，許多替代方案，修改及變化對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是明白易懂的。因此，旨在包含落在所附權(quán)利要求的精神及廣泛范圍內(nèi)的所有這樣的替代、修改及變化。本說明書中提及的所有出版物、專利及專利申請通過引用并入本說明書中，其程度如同每個單獨的出版物、專利或?qū)＠暾埍痪唧w及單獨地指明通過引用并入本文。此外，本申請中引用或標識任何參考文獻不應被解釋為承認該參考文獻可用作本發(fā)明的現(xiàn)有技術(shù)。在使用章節(jié)標題的范圍內(nèi)，不應將其解釋為必然的限制。

應當理解，為了清楚，在單獨實施方案的上下文中描述的本發(fā)明的某些特征也可以在單個實施方案中組合提供。相反，為了簡潔起見，在單個實施方案的上下文中描述的本發(fā)明的各種特征也可以單獨提供或以任何合適的子組合提供或適用于本發(fā)明的任何其它描述的實施方案。在各種實施方案的上下文中描述的某些特征不被認為是這些實施方案的基本特征，除非該實施方案在沒有那些組件的情況下不起作用。

如上所述及如下權(quán)利要求部分所要求保護的本發(fā)明的各種實施方案及方面在以下實施方案中找到實驗支持。

示例：

現(xiàn)在參考以下實施方案，其與上述描述一起以一種非限制性方式說明本發(fā)明的一些實施方案。

通常，本文使用的所述術(shù)語及本發(fā)明中使用的實驗室程序包含分子、生物化學、微生物學及重組dna技術(shù)。這些技術(shù)在文獻中有詳細解釋。參見例如“分子克?。簩嶒炇沂謨浴眘ambrook等人(1989)；“目前分子生物學方法”卷i-iiiausubel，r.m等人(1994)；ausubel等人，“目前分子生物學方法”，johnwiley及sons，baltimore，maryland(1989)；perbal，“分子克隆實用指南”，johnwiley&sons，newyork(1988)；watson等人，“重組dna”，科學美國書籍，newyork；birren等人(eds)“基因組：一實驗室手冊系列”，vols.1-4，冷泉港實驗室出版社，newyork(1998)；方法如在美國專利第4,666,828號；第4,683,202號；第4,801,531號；第5,192,659號及第5,272,057號中闡述；“細胞生物學：實驗室手冊”，卷i-iiicellis，j.e等人(1994)；“培養(yǎng)動物細胞-基本技術(shù)手冊”，freshney，wiley-liss，n.y.(1994)，第三版；“目前的免疫學方案”卷i-iiicoliganj.e.等人(1994)；stites等人(eds.)，“基礎(chǔ)及臨床免疫學”(第8版)，appleton&lange，norwalk，ct(1994)；mishell及shiigi(eds)，“細胞免疫學中的選擇方法”，w.h.freemanandco.，newyork(1980)；可用的免疫測定在所述專利及科學文獻中廣泛描述，參見如美國專利第3,791,932號；第3,839,153號；第3,850,752號；第3,850,578號；第3,853,987號；第3,867,517號；第3,879,262號；第3,901,654號；第3,935,074號；第3,984,533號；第3,996,345號；第4,034,074號；第4,098,876號；第4,879,219號；第5,011,771號及第5,281,521號；“寡核苷酸合成”gait，m.j編輯(1984)；“核酸雜交”hames，bd及higginssj，eds.(1985)；“轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)譯”hames，bd及higginssj，eds.(1984)；“動物細胞培養(yǎng)”freshney，ri，編輯1986)；“固定化細胞及酶”irlpress，(1986)；“分子克隆實用指南”perbal，b.，(1984)及“酶學的方法”vol.11-317，academicpress；“聚合酶聯(lián)鎖反應方案：一指導方法及應用”，academicpress，sandiego，ca(1990)；marshak等人，”蛋白質(zhì)純化與表征策略-實驗室課程手冊“cshlpress(1996)；這些被納入本文件中提供其他一般性參考文獻，其的程序被認為在所述技術(shù)中是眾所周知的，并且為所述讀者的方便提供。通過引用并入本文。

實施方案1

鑒別宿主白組特征物以區(qū)分急性細菌及病毒感染

患者被招募作為一項多中心，觀察性、前瞻性臨床研究的一部分，目的是開發(fā)及測試一種宿主蛋白質(zhì)特征物，用于快速準確診斷病毒及細菌疾患者者的目的。

方法：

患者招募：共122例患者被招募，其中111例有疑似傳染病，11例患有非感染性疾病(對照組)。如能適用，從每位參與者或法定監(jiān)護人獲得知情同意書。傳染病隊列的入選標準包含：急性感染性疾病的臨床懷疑，癥狀發(fā)作后峰值發(fā)燒大于37.5℃，癥狀持續(xù)時間小于等于12天。對照組的納入標準包含：非感染性疾病(例如創(chuàng)傷，中風及心肌梗塞)或健康對象。排除標準包含：入組前兩周發(fā)生急性感染性疾病的證據(jù)；診斷為先天性免疫缺陷；正在用免疫抑制或免疫調(diào)節(jié)治療；活動性惡性腫瘤，已證實或可疑的人類免疫缺陷病毒(hiv)-1，乙型肝炎病毒(hbv)或丙型肝炎病毒(hcv)感染。重要的是，為了能夠進行廣泛的概括，在招募時有抗生素治療沒有排除在這項研究之外。研究工作流程的概述如圖1所示。

招募過程及數(shù)據(jù)收集：對于每個患者，記錄以下基線變量：群體統(tǒng)計學、身體檢查、病史(例如，主要疾病、潛在疾病、長期施用的藥物、合并癥、癥狀發(fā)作時間及峰值溫度)、招募時獲得的完全血細胞計數(shù)(cbc)及化學典型調(diào)查(例如，肌酐、尿素、電解質(zhì)及肝酶)，從每位患者獲得一鼻拭子進行進一步的微生物學研究，并獲得一血樣用于蛋白質(zhì)篩選及驗證。如醫(yī)師認為需要適當?shù)孬@得另外的樣本(例如，疑似尿路感染(uti)及胃腸炎(gi)分別為尿液及糞便樣本)。醫(yī)師酌情決定獲得放射學檢查(例如胸部x線檢查疑似下呼吸道感染(lrti))。信息都記錄在一個定制電子病例報告表(ecrf)中。

建立參考標準：目前，在廣泛的臨床綜合征中沒有單一的測定細菌及病毒感染參考標準。因此，根據(jù)準確度研究報告標準(stard)的建議(bossuyt等人2003)制定了嚴格的參考標準。首先，如上所述對每個患者進行徹底的臨床及微生物學調(diào)查。然后，整個疾病過程中收集的數(shù)據(jù)由最多三名醫(yī)師組成的小組進行審查，所述醫(yī)生為每名患者分配以下診斷標簽之一：(i)細菌；(ii)病毒；(iii)沒有明顯的傳染病或健康(對照組)；及(iv)不確定。重要的是，小組成員對同組人的標簽不知情，以防止nhs-hta(國民醫(yī)療服務(wù)體系-衛(wèi)生技術(shù)評估)(rutjes等人2007)建議的群體壓力或受影響的性格偏差，以及宿主蛋白測量結(jié)果。

樣本、程序及樣本處理：靜脈血樣在4℃下儲存長達5小時，隨后分成血漿、血清及總白細胞，并儲存在-80℃。鼻拭子及糞便樣本在4℃下儲存長達72小時，隨后運送到一個認證的服務(wù)實驗室進行多重聚合酶聯(lián)鎖反應。使用酶聯(lián)免疫吸附測定(elisa)測定宿主-決定因素。

統(tǒng)計分析：主要分析基于接收者操作曲線下面積(auc)、馬修斯相關(guān)系數(shù)(mcc)、靈敏度(sensitivity)、特異性(specificity)、總準確度(totalaccuracy)。陽性預測值(ppv)及陰性預測值(npv)。這些量測定義如下：

p、n、tp、fp、tn、fn分別為陽性、陰性、真陽性、假陽性、真陰性及假陰性。除非另有說明，陽性及陰性分別是指細菌及病毒感染的患者。

結(jié)果：

患者特征：所述兒科患者研究組包含62名女性(51％)、60名男性(49％)，3個月至79歲。所述患者呈現(xiàn)有不同的臨床綜合征影響不同生理系統(tǒng)(例如呼吸道、泌尿道、中樞神經(jīng)系統(tǒng)、全身)。研究患者的詳細表征如圖2-6所示。

多個決定因素中的單一個可以區(qū)分細菌(或混合)及病毒患者：從描述的急性感染患者獲得的血清樣本中測量多個決定因素的表達譜(圖7)。基于這些測量，開發(fā)了使用邏輯回歸區(qū)分細菌及病毒患者的一分類器。進一步計算這些多個決定因素在區(qū)分細菌及病毒患者之間的測量準確度，包含auc、

mcc、總準確度、靈敏度、特異性及wilcoxonranksump值(表4)。

表4

決定因素，區(qū)分細菌(或混合)及病毒感染的準確度在兒童及成人之間不同：

對于每個審查的決定因素，本發(fā)明的發(fā)明人對兒童(3個月至18歲)及成人(18歲以上)進行了測量，并且在區(qū)分細菌及病毒感染時監(jiān)測表現(xiàn)變化。大多數(shù)決定因素沒有顯示出一年齡依賴的表現(xiàn)。然而，一些研究的決定因素的表現(xiàn)顯著地依賴于年齡。

細菌(或混合)及病毒患者中不同的表達模式在兒童及成人之間的決定因素的示例總結(jié)在表5中。

表5

例如，骨橋蛋白是在成人中但不是在兒童中是一個非常獨特的標記物(圖8a)，而ngal及新喋呤在兒童中比在成人中更具特色性標記物(圖8b-c)。對于新喋呤，除了在不同的表達模式變化之外，實際截止值也發(fā)生變化，成人的新喋呤表達水平也出現(xiàn)上升(圖8c；細菌及病毒患者的平均新喋呤水平在成人分別為5.9及8.1皮克/毫升，在兒童分別僅為2.1及5.4皮克/毫升)。重要的是，考慮的整個群體(包含兒童及成人)時，在兒童及成人的準確度水平之間的差異可能導致一降低的精確度，因為其遮蔽了年齡群組之一的差異性表達。因此，對于表5所示的決定因素，一特定年齡組(auc成人或auc兒童)的一特定決定因素的auc高于全部群體(aucall；參見例如cd95，其中auc兒童為0.73，而全部群體的auc為0.4)的0.33。

結(jié)合不同的決定因素提高診斷準確度：接下來，本發(fā)明的發(fā)明人測試了是否組合幾個決定因素可以提高多個決定因素中的單一個的診斷準確度。他們使用一線性邏輯回歸開發(fā)一個分類器來為每對決定因素(2145組合)并評估其區(qū)分細菌(或混合)及病毒患者的能力。圖9包含區(qū)分細菌(紅色)與病毒(藍色)感染對象之間的決定因素對的分散圖示例。

圖10及11顯示了使用一邏輯回歸模型獲得的決定因素對病毒與細菌感染患者的auc及mcc(分別)的分類準確度。

表6示出了示出高準確度改進的多個對的實例，通過在所述隊的auc與具有最高auc(deltaauc)與單一決定因素(從相同對中)的auc相比的差異。結(jié)合多對的多個決定因素產(chǎn)生在auc中的一增加高達0.18(當比較單一acu與多對的多個決定因素時，例如，組合acu為0.87比上最佳單一的acu為0.69)以及在mcc中高達0.27(當比較單一mcc與多對的多個決定因素時；例如組合mcc為0.61比上最佳單一的mcc為0.34)，以產(chǎn)生高度辨別性組合(多個auc值在0.75至0.96之間，平均auc為0.90，當測試的所述多個對總結(jié)于表6中)。

表6

值得注意的是，與相應的各自決定因素相比，某些決定因素組合顯示了一種改進的診斷準確度(在auc或mcc方面)，而其他組合顯示出一種降低的準確度(圖12-13)。

圖14-16及表7-8顯示了ngal及新蝶呤使用選擇的截止值增加crp、trail及ip-10的靈敏度的能力。例如，組合ngal(選擇的截止值為150納克/毫升)增加crp的靈敏度(常規(guī)使用80微克/毫升的截止值)從0.59增加到0.74(增加25％；表7)。在這種分析中，如果患者的crp水平高于80微克/毫升，或者其ngal水平高于150納克/毫升，則患者被分類為具有細菌感染。類似地，結(jié)合新蝶呤(以4皮克/毫升的選擇截止值)將crp(常規(guī)使用80微克/毫升的截止值)的靈敏度從0.56增加到0.88(增加57％；表8)。在這種分析中，如果患者的crp水平高于80微克/毫升或新蝶呤水平低于4皮克/毫升，則患者被分類為具有細菌感染。

表7提供的數(shù)據(jù)說明ngal的水平可與其他生物標志物組合以提高總體診斷表現(xiàn)(n＝66)。在以下情況(根據(jù)評估的決定因素)，患者被分類為具有細菌感染：如果其crp水平高于指定的截止值(20微克/毫升或微克/毫升80微克/毫升)，或者其ngal水平高于150納克/毫升；如果其trail水平低于指定的截止值(70皮克/毫升)，或者其ngal水平高于150納克/毫升；如果其ip-10水平低于指定的截止值(500皮克/毫升)，或者其ngal水平高于150納克/毫升；如果其crp-trail-ip-10特征物得分高于65，或者其ngal水平高于150納克/毫升。

表7

下表8提供的數(shù)據(jù)顯示新喋呤的水平可以與其他生物標志物組合，以提高總體診斷表現(xiàn)(n＝74)。在以下情況(根據(jù)評估的決定因素)，患者被分類為具有細菌感染：如果其crp水平高于所示截止值(20微克/毫升或80微克/毫升)，或者其新喋呤水平低于4皮克/毫升；如果其trail水平低于所述截止值(70皮克/毫升)，或者其新喋呤水平低于4皮克/毫升；如果其ip-10水平低于截止值(500皮克/毫升)，或者其新喋呤水平低于4皮克/毫升；如果其crp-trail-ip-10特征分數(shù)高于65，或者其新喋呤水平低于4皮克/毫升。

表8

圖17-18顯示了ngal及新喋呤增加crp、trail及ip-10特征物的靈敏度(以特異性為代價)的能力，使用選擇的截止值在兒童而不是在成人中(符合圖8所示的發(fā)現(xiàn))。

接下來，本發(fā)明的發(fā)明人評估了三元決定因素的診斷準確度。他們開發(fā)了一線性邏輯回歸分類器用于每個三元組(45，760個組合)，并進一步計算了這些三元組。這些測量細菌(或混合)及病毒患者的準確度，包含auc、mcc、總準確度、靈敏度、特異性及wilcoxonranksump值。表9列出了在111名傳染病患者上測試時，具有非常高準確度水平(auc值在0.89至0.99之間，平均auc為0.95)之間的不同決定因素三聯(lián)體。

表9

sequencelisting

<110>米密德診斷學有限公司

奧韋,克福

埃登,埃蘭

<120>用于診斷多種感染的標記組合及其方法

<130>64273

<150>us62/090,606

<151>2014-12-11

<150>us62/136,725

<151>2015-03-23

<160>18

<170>patentinversion3.5

<210>1

<211>224

<212>prt

<213>智人

<400>1

metglulysleuleucyspheleuvalleuthrserleuserhisala

151015

pheglyglnthraspmetserarglysalaphevalpheprolysglu

202530

seraspthrsertyrvalserleulysalaproleuthrlysproleu

354045

lysalaphethrvalcysleuhisphetyrthrgluleuserserthr

505560

argglytyrserilephesertyralathrlysargglnaspasnglu

65707580

ileleuilephetrpserlysaspileglytyrserphethrvalgly

859095

glysergluileleuphegluvalprogluvalthrvalalaproval

100105110

hisilecysthrsertrpgluseralaserglyilevalgluphetrp

115120125

valaspglylysproargvalarglysserleulyslysglytyrthr

130135140

valglyalaglualaserileileleuglyglngluglnaspserphe

145150155160

glyglyasnphegluglyserglnserleuvalglyaspileglyasn

165170175

valasnmettrpaspphevalleuserproaspgluileasnthrile

180185190

tyrleuglyglypropheserproasnvalleuasntrpargalaleu

195200205

lystyrgluvalglnglygluvalphethrlysproglnleutrppro

210215220

<210>2

<211>187

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>可溶性trail的氨基酸序列

<400>2

thrserglugluthrileserthrvalglnglulysglnglnasnile

151015

serproleuvalarggluargglyproglnargvalalaalahisile

202530

thrglythrargglyargserasnthrleuserserproasnserlys

354045

asnglulysalaleuglyarglysileasnsertrpgluserserarg

505560

serglyhisserpheleuserasnleuhisleuargasnglygluleu

65707580

valilehisglulysglyphetyrtyriletyrserglnthrtyrphe

859095

argpheglnglugluilelysgluasnthrlysasnasplysglnmet

100105110

valglntyriletyrlystyrthrsertyrproaspproileleuleu

115120125

metlysseralaargasnsercystrpserlysaspalaglutyrgly

130135140

leutyrseriletyrglnglyglyilephegluleulysgluasnasp

145150155160

argilephevalservalthrasngluhisleuileaspmetasphis

165170175

glualaserphepheglyalapheleuvalgly

180185

<210>3

<211>168

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>可溶性trail的氨基酸序列

<400>3

valarggluargglyproglnargvalalaalahisilethrglythr

151015

argglyargserasnthrleuserserproasnserlysasnglulys

202530

alaleuglyarglysileasnsertrpgluserserargserglyhis

354045

serpheleuserasnleuhisleuargasnglygluleuvalilehis

505560

glulysglyphetyrtyriletyrserglnthrtyrpheargphegln

65707580

glugluilelysgluasnthrlysasnasplysglnmetvalglntyr

859095

iletyrlystyrthrsertyrproaspproileleuleumetlysser

100105110

alaargasnsercystrpserlysaspalaglutyrglyleutyrser

115120125

iletyrglnglyglyilephegluleulysgluasnaspargilephe

130135140

valservalthrasngluhisleuileaspmetasphisglualaser

145150155160

phepheglyalapheleuvalgly

165

<210>4

<211>98

<212>prt

<213>智人

<400>4

metasnglnthralaileleuilecyscysleuilepheleuthrleu

151015

serglyileglnglyvalproleuserargthrvalargcysthrcys

202530

ileserileserasnglnprovalasnproargserleuglulysleu

354045

gluileileproalaserglnphecysproargvalgluileileala

505560

thrmetlyslyslysglyglulysargcysleuasnprogluserlys

65707580

alailelysasnleuleulysalavalserlysgluargserlysarg

859095

serpro

<210>5

<211>258

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trailr3/tnfrsf10c的氨基酸序列

<400>5

alaargileprolysthrleulysphevalvalvalilevalalaval

151015

leuleuprovalleualatyrseralathrthralaargglngluglu

202530

valproglnglnthrvalalaproglnglnglnarghisserphelys

354045

glygluglucysproalaglyserhisargsergluhisthrglyala

505560

cysasnprocysthrgluglyvalasptyrthrasnalaserasnasn

65707580

gluprosercyspheprocysthrvalcyslysseraspglnlyshis

859095

lyssersercysthrmetthrargaspthrvalcysglncyslysglu

100105110

glythrpheargasngluasnserproglumetcysarglyscysser

115120125

argcysproserglygluvalglnvalserasncysthrsertrpasp

130135140

aspileglncysvalgluglupheglyalaasnalathrvalgluthr

145150155160

proalaalaglugluthrmetasnthrserproglythrproalapro

165170175

alaalaglugluthrmetasnthrserproglythrproalaproala

180185190

alaglugluthrmetthrthrserproglythrproalaproalaala

195200205

glugluthrmetthrthrserproglythrproalaproalaalaglu

210215220

gluthrmetthrthrserproglythrproalaserserhistyrleu

225230235240

sercysthrilevalglyileilevalleuilevalleuleuileval

245250255

pheval

<210>6

<211>259

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trailr3/tnfrsf10c的氨基酸序列

<400>6

metalaargileprolysthrleulysphevalvalvalilevalala

151015

valleuleuprovalleualatyrseralathrthralaargglnglu

202530

gluvalproglnglnthrvalalaproglnglnglnarghisserphe

354045

lysglygluglucysproalaglyserhisargsergluhisthrgly

505560

alacysasnprocysthrgluglyvalasptyrthrasnalaserasn

65707580

asngluprosercyspheprocysthrvalcyslysseraspglnlys

859095

hislyssersercysthrmetthrargaspthrvalcysglncyslys

100105110

gluglythrpheargasngluasnserproglumetcysarglyscys

115120125

serargcysproserglygluvalglnvalserasncysthrsertrp

130135140

aspaspileglncysvalgluglupheglyalaasnalathrvalglu

145150155160

thrproalaalaglugluthrmetasnthrserproglythrproala

165170175

proalaalaglugluthrmetasnthrserproglythrproalapro

180185190

alaalaglugluthrmetthrthrserproglythrproalaproala

195200205

alaglugluthrmetthrthrserproglythrproalaproalaala

210215220

glugluthrmetilethrserproglythrproalaserserhistyr

225230235240

leusercysthrilevalglyileilevalleuilevalleuleuile

245250255

valpheval

<210>7

<211>385

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trailr4/tnfrsf10d的氨基酸序列

<400>7

metglyleutrpglyglnservalprothralaserseralaargala

151015

glyargtyrproglyalaargthralaserglythrargprotrpleu

202530

leuaspprolysileleulysphevalvalpheilevalalavalleu

354045

leuprovalargvalaspseralathrileproargglnaspgluval

505560

proglnglnthrvalalaproglnglnglnargargserleulysglu

65707580

gluglucysproalaglyserhisargserglutyrthrglyalacys

859095

asnprocysthrgluglyvalasptyrthrilealaserasnasnleu

100105110

prosercysleuleucysthrvalcyslysserglyglnthrasnlys

115120125

sersercysthrthrthrargaspthrvalcysglncysglulysgly

130135140

serpheglnasplysasnserproglumetcysargthrcysargthr

145150155160

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165170175

aspilelyscyslysasngluseralaalaserserglylysthrpro

180185190

alaalaglugluthrvalthrthrileleuglymetleualaserpro

195200205

tyrhistyrleuileileilevalvalleuvalileileleualaval

210215220

valvalvalglyphesercysarglyslyspheilesertyrleulys

225230235240

glyilecysserglyglyglyglyglyprogluargvalhisargval

245250255

leupheargargargsercysproserargvalproglyalagluasp

260265270

asnalaargasngluthrleuserasnargtyrleuglnprothrgln

275280285

valsergluglngluileglnglyglngluleualagluleuthrgly

290295300

valthrvalgluserproglugluproglnargleuleugluglnala

305310315320

glualagluglycysglnargargargleuleuvalprovalasnasp

325330335

alaaspseralaaspileserthrleuleuaspalaseralathrleu

340345350

glugluglyhisalalysgluthrileglnaspglnleuvalglyser

355360365

glulysleuphetyrglugluaspglualaglyseralathrsercys

370375380

leu

385

<210>8

<211>386

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trailr4/tnfrsf10d的氨基酸序列

<400>8

metglyleutrpglyglnservalprothralaserseralaargala

151015

glyargtyrproglyalaargthralaserglythrargprotrpleu

202530

leuaspprolysileleulysphevalvalpheilevalalavalleu

354045

leuprovalargvalaspseralathrileproargglnaspgluval

505560

proglnglnthrvalalaproglnglnglnargargserleulysglu

65707580

gluglucysproalaglyserhisargserglutyrthrglyalacys

859095

asnprocysthrgluglyvalasptyrthrilealaserasnasnleu

100105110

prosercysleuleucysthrvalcyslysserglyglnthrasnlys

115120125

sersercysthrthrthrargaspthrvalcysglncysglulysgly

130135140

serpheglnasplysasnserproglumetcysargthrcysargthr

145150155160

glycysproargglymetvallysvalserasncysthrproargser

165170175

aspilelyscyslysasngluseralaalaserserthrglylysthr

180185190

proalaalaglugluthrvalthrthrileleuglymetleualaser

195200205

protyrhistyrleuileileilevalvalleuvalileileleuala

210215220

valvalvalvalglyphesercysarglyslyspheilesertyrleu

225230235240

lysglyilecysserglyglyglyglyglyprogluargvalhisarg

245250255

valleupheargargargsercysproserargvalproglyalaglu

260265270

aspasnalaargasngluthrleuserasnargtyrleuglnprothr

275280285

glnvalsergluglngluileglnglyglngluleualagluleuthr

290295300

glyvalthrvalgluleuproglugluproglnargleuleuglugln

305310315320

alaglualagluglycysglnargargargleuleuvalprovalasn

325330335

aspalaaspseralaaspileserthrleuleuaspalaseralathr

340345350

leuglugluglyhisalalysgluthrileglnaspglnleuvalgly

355360365

serglulysleuphetyrglugluaspglualaglyseralathrser

370375380

cysleu

385

<210>9

<211>468

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trail-r1/tnfrsf10a的氨基酸序列

<400>9

metalaproproproalaargvalhisleuglyalapheleualaval

151015

thrproasnproglyseralaalaserglythrglualaalaalaala

202530

thrproserlysvaltrpglyserseralaglyargilegluproarg

354045

glyglyglyargglyalaleuprothrsermetglyglnhisglypro

505560

seralaargalaargalaglyargalaproglyproargproalaarg

65707580

glualaserproargleuargvalhislysthrphelysphevalval

859095

valglyvalleuleuglnvalvalproserseralaalathrilelys

100105110

leuhisaspglnserileglythrglnglntrpgluhisserproleu

115120125

glygluleucysproproglyserhisargsergluhisproglyala

130135140

cysasnargcysthrgluglyvalglytyrthrasnalaserasnasn

145150155160

leuphealacysleuprocysthralacyslysseraspglugluglu

165170175

argserprocysthrthrthrargasnthralacysglncyslyspro

180185190

glythrpheargasnaspasnseralaglumetcysarglyscysser

195200205

argglycysproargglymetvallysvallysaspcysthrprotrp

210215220

seraspileglucysvalhislysgluserglyasnglyhisasnile

225230235240

trpvalileleuvalvalthrleuvalvalproleuleuleuvalala

245250255

valleuilevalcyscyscysileglyserglycysglyglyasppro

260265270

lyscysmetaspargvalcysphetrpargleuglyleuleuarggly

275280285

proglyalagluaspasnalahisasngluileleuserasnalaasp

290295300

serleuserthrphevalsergluglnglnmetgluserglnglupro

305310315320

alaaspleuthrglyvalthrvalglnserproglyglualaglncys

325330335

leuleuglyproalaglualagluglyserglnargargargleuleu

340345350

valproalaasnglyalaaspprothrgluthrleumetleuphephe

355360365

asplysphealaasnilevalpropheaspsertrpaspglnleumet

370375380

argglnleuaspleuthrlysasngluileaspvalvalargalagly

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thralaglyproglyaspalaleutyralametleumetlystrpval

405410415

asnlysthrglyargasnalaserilehisthrleuleuaspalaleu

420425430

gluargmetglugluarghisalaargglulysileglnaspleuleu

435440445

valaspserglylyspheiletyrleugluaspglythrglyserala

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valserleuglu

465

<210>10

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<212>prt

<213>人工序列

<220>

<223>trail-r1/tnfrsf10a的氨基酸序列

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151015

thrproasnproglyseralaalaserglythrglualaalaalaala

202530

thrproserlysvaltrpglyserseralaglyargilegluproarg

354045

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505560

seralaargalaargalaglyargalaproglyproargproalaarg

65707580

glualaserproargleuargvalhislysthrphelysphevalval

859095

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100105110

leuhisaspglnserileglythrglnglntrpgluhisserproleu

115120125

glygluleucysproproglyserhisargsergluhisproglyala

130135140

cysasnargcysthrgluglyvalglytyrthrasnalaserasnasn

145150155160

leuphealacysleuprocysthralacyslysseraspglugluglu

165170175

argserprocysthrthrthrargasnthralacysglncyslyspro

180185190

glythrpheargasnaspasnseralaglumetcysarglyscysser

195200205

argglycysproargglymetvallysvallysaspcysthrprotrp

210215220

seraspileglucysvalhislysgluserglyasnglyhisasnile

225230235240

trpvalileleuvalvalthrleuvalvalproleuleuleuvalala

245250255

valleuilevalcyscyscysileglyserglycysglyglyasppro

260265270

lyscysmetaspargvalcysphetrpargleuglyleuleuarggly

275280285

proglyalagluaspasnalahisasngluileleuserasnalaasp

290295300

serleuserthrphevalsergluglnglnmetgluserglnglupro

305310315320

alaaspleuthrglyvalthrvalglnserproglyglualaglncys

325330335

leuleuglyproalaglualagluglyserglnargargargleuleu

340345350

valproalaasnglyalaaspprothrgluthrleumetleuphephe

355360365

asplysphealaasnilevalpropheaspsertrpaspglnleumet

370375380

argglnleuaspleuthrlysasngluileaspvalvalargalagly

385390395400

thralaglyproglyaspalaleutyralametleumetlystrpval

405410415

asnlysthrglyargasnalaserilehisthrleuleuaspalaleu

420425430

gluargmetglugluarghisalaargglulysileglnaspleuleu

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argtyrgly

465