與糖尿病前期、糖尿病及糖尿病相關(guān)病癥相關(guān)的生物標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本申請(qǐng)涉及與糖尿病前期、糖尿病及糖尿病相關(guān)病癥相關(guān)的生物標(biāo)記。本發(fā)明提供了用于糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的生物標(biāo)記，以及它們的使用方法，這些生物標(biāo)記包括在表1和表2中的生物標(biāo)記，如過氧化物還原酶2、補(bǔ)體C1q子成分亞基B、巰基氧化酶1和載脂蛋白A?IV。
【專利說明】與糖尿病前期、糖尿病及糖尿病相關(guān)病癥相關(guān)的生物標(biāo)記
[00011 本申請(qǐng)是申請(qǐng)日為2011年09月20日，申請(qǐng)?zhí)枮?01180053583.9，發(fā)明名稱為"與糖 尿病前期、糖尿病以及糖尿病相關(guān)病癥相關(guān)的生物標(biāo)記"的申請(qǐng)的分案申請(qǐng)。 發(fā)明領(lǐng)域
[0002] 本發(fā)明涉及與糖尿病前期、糖尿病以及糖尿病相關(guān)病癥(如糖尿病腎病)相關(guān)的生 物標(biāo)記，使用生物標(biāo)記來確定個(gè)體將產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病以及糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn) 的方法，篩選一個(gè)群體來鑒定產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病以及糖尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn)的人的方 法，以及用于糖尿病前期、糖尿病以及糖尿病的藥物靶標(biāo)。
[0003] 發(fā)明背景
[0004] 糖尿病是一種慢性疾病并且是我們這個(gè)時(shí)代的重大公共健康問題之一。在全世界 范圍內(nèi)，患有糖尿病的患者群體不斷增加，這對(duì)衛(wèi)生系統(tǒng)施加了很大的財(cái)政負(fù)擔(dān)。估計(jì)2000 年全世界范圍內(nèi)所有年齡組的糖尿病患病率為2.8%，到2030年為4.4%。預(yù)測(cè)患有糖尿病 的總?cè)藬?shù)從2000年的1.71億上升到2030年的3.66億。2002年，糖尿病的發(fā)病率在25歲和25 歲以上的澳大利亞人群中為7.4%，并且自從1981年以來患有糖尿病的澳大利亞人的數(shù)量 增至三倍。
[0005] 至I」目前為止，2型糖尿病是最普遍的，例如，影響了美國糖尿病群體的90%至95%。 糖尿病發(fā)病率隨著年齡而增加，并且患有糖尿病的老人的數(shù)量預(yù)期隨著老年人口數(shù)量的增 加而增長。隨著糖尿病比率的上升，糖代謝受損的患病率也升高，這與患心臟病和糖尿病的 風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)。肥糖病是一個(gè)涵蓋糖尿病、肥胖癥、糖代謝受損和高血壓相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)因素以及 異常血漿脂質(zhì)譜(血脂異常）的患病率的術(shù)語。即使肥胖程度保持不變，"糖尿病流行"將繼 續(xù)。鑒于增長的肥胖患病率，很有可能的是這些數(shù)據(jù)低估了未來的糖尿病患病率。
[0006] 糖尿病是一種機(jī)體不能維持正常血糖水平的病癥。大多數(shù)糖尿病案例分成三大 類:1型、2型和妊娠糖尿病。1型糖尿病是由機(jī)體不能產(chǎn)生胰島素引起的，并且目前需要患者 注射胰島素。2型糖尿病是由胰島素抵抗引起的，在這種情況下細(xì)胞不能適當(dāng)利用胰島素， 有時(shí)合并有絕對(duì)胰島素缺乏。
[0007] 2型糖尿病通?？梢酝ㄟ^規(guī)律的運(yùn)動(dòng)和飲食在初期控制。隨著疾病的進(jìn)展可能需 要藥片以及最終的胰島素注射。隨著時(shí)間的推移，高血糖水平可能會(huì)損害血管和神經(jīng)。這些 糖尿病的并發(fā)癥可能引起對(duì)眼、神經(jīng)和腎臟的損傷，并且增加心臟病發(fā)作、中風(fēng)、陽痿以及 足部問題的風(fēng)險(xiǎn)。如果長時(shí)間沒有發(fā)現(xiàn)患有糖尿病，這種損傷可能在個(gè)體知道其患有糖尿 病之前發(fā)生。因此，在非常早的階段診斷和控制糖尿病以及它的并發(fā)癥是重要的。
[0008] 糖尿病還是發(fā)達(dá)國家中的腎臟疾病（腎?。┑淖畲蟛∫?，并且是造成巨額透析費(fèi)用 的原因。10%到20%患有糖尿病的人將死于腎衰竭。糖尿病中的腎病并發(fā)癥背后的原因是 復(fù)雜的，并且包括高血糖水平的毒性作用；血壓升高；異常血脂水平以及小血管畸形。積累 的結(jié)果是腎臟中腎小球的增厚，這允許蛋白質(zhì)（白蛋白）被排泄到尿中。
[0009] 糖尿病已經(jīng)成為40%到50%的ESRD病例中的終末期腎功能衰竭(ESRF)的最常見 的單一原因，并且與所有其他原發(fā)性ESRD診斷相比，由糖尿病引起的患有ESRF的患者所占 的年度澳大利亞醫(yī)療保險(xiǎn)開支最大。高達(dá)三分之一的新診斷患有2型糖尿病的成年人已經(jīng) 患有慢性腎臟疾病，并且數(shù)據(jù)表明，這些患者中的很多可能已經(jīng)發(fā)展到糖尿病前期狀態(tài)的 的過程中。這種疾病是進(jìn)行性的并且對(duì)男性的影響多于女性。
[0010]最初通過測(cè)量排泄到尿中的白蛋白（蛋白尿)含量來檢測(cè)糖尿病腎病。通常使用白 蛋白肌酸比(ACR)來量度尿蛋白。這是在尿中的白蛋白與肌酸之間的比率。該比率考慮了相 對(duì)于腎小球?yàn)V過率的白蛋白濃度，該濃度通過尿中的肌酸的量確定。白蛋白尿被定義為： ACR>2 · 5mg/mmol (男性)或>3 · 5mg/mmol (女性）。
[0011] 盡管已經(jīng)使用了很多研究和算法來評(píng)定糖尿病和相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)，對(duì)于可以容易 地被最可能在初期遇到糖尿病前期或未診斷的早期糖尿病的初級(jí)保健醫(yī)生采用的評(píng)定這 樣的風(fēng)險(xiǎn)或病癥的準(zhǔn)確方法仍然存在著需要。
[0012] 因此，對(duì)于用于篩選產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)的人以 及用于監(jiān)測(cè)患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的患者的相對(duì)低廉并且方便的 方法仍然存在著需要。這樣的方法可以用于篩選大的群體以便鑒定處于糖尿病風(fēng)險(xiǎn)的人、 用于測(cè)試單個(gè)的人以便確定這個(gè)個(gè)體產(chǎn)生糖尿病的風(fēng)險(xiǎn)、用于監(jiān)測(cè)糖尿病患者的健康并且 評(píng)定被設(shè)計(jì)為用來治療糖尿病、糖尿病前期和/或相關(guān)病癥的干預(yù)措施的功效。對(duì)于鑒定用 于糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的新藥物靶標(biāo)(包括蛋白質(zhì)藥物靶標(biāo)）同樣存 在著需要。新藥物靶標(biāo)的鑒定將使用于糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的新的干 預(yù)措施的開發(fā)成為可能。
[0013] 針對(duì)這種背景和與之相關(guān)的問題和困難而開發(fā)了本發(fā)明。
[0014] 發(fā)明概述
[0015] 在一個(gè)方面，本發(fā)明提供了 一種針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述至 少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0016] 表1
[0017]
[0018]
[0019]
[0020]
[0021]
[0022]在一些實(shí)施方案中，該至少一種生物標(biāo)記可以是表1或表2中的生物標(biāo)記的至少二 個(gè)、三個(gè)或四個(gè)。
[0023]在另一方面，本發(fā)明提供了一種針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述至 少一種生物標(biāo)記是過氧化物還原酶2、補(bǔ)體Clq子成分亞基B、巰基氧化酶1或載脂蛋白A-IV。 [0024]在另一方面，本發(fā)明提供了一種針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述至 少一種生物標(biāo)記是過氧化物還原酶2、蛋白AMBP和補(bǔ)體Clq子成分中的一種或多種。
[0025] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述至 少一種生物標(biāo)記是補(bǔ)體Clq子成分亞基B、蛋白AMBP、脂聯(lián)素和補(bǔ)體因子Η相關(guān)蛋白2中的一 種或多種。
[0026] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述至 少一種生物標(biāo)記是過氧化物還原酶2、蛋白ΑΜΒΡ和補(bǔ)體Clq子成分亞基Β。
[0027] 在一些實(shí)施方案中，測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記的步驟可包括 質(zhì)譜法的使用。
[0028] 在一些實(shí)施方案中，該質(zhì)譜法可包括測(cè)量該至少一種生物標(biāo)記的一個(gè)肽。
[0029] 在一些實(shí)施方案中，該肽可選自以下列表：
[0030] (i)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)10-15個(gè)氨基酸的肽；
[0031] (i i)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)5-25個(gè)氨基酸的肽；
[0032] (iii)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)5-20個(gè)氨基酸的肽；
[0033] (iv)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)10-20個(gè)氨基酸的肽;或 [0034] (v)在表3中的一個(gè)肽。
[0035] 在一些實(shí)施方案中，該質(zhì)譜法可包括多反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)質(zhì)譜法。
[0036] 在一些實(shí)施方案中，受試者可以沒有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的 癥狀或可以僅僅顯示出其非特異性指標(biāo)。
[0037] 在一些實(shí)施方案中，受試者可以已經(jīng)被診斷患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥。
[0038] 在一些實(shí)施方案中，受試者可患有腎臟疾病。
[0039] 在一些實(shí)施方案中，受試者可患有微量白蛋白尿、大量白蛋白尿或終末期腎臟疾 病。
[0040] 在一些實(shí)施方案中，該樣品可包括血液樣品。
[0041] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種試劑盒，該試劑盒包含用于測(cè)量來自受試者的樣 品中的至少一種生物標(biāo)記的試劑，其中所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記 列表。
[0042] 在一些實(shí)施方案中，這些試劑中的至少一種可包括可檢測(cè)標(biāo)記。
[0043] 在一些實(shí)施方案中，該試劑盒可進(jìn)一步包括用于根據(jù)該至少一種生物標(biāo)記的測(cè)量 評(píng)估個(gè)體產(chǎn)生腎臟疾病的風(fēng)險(xiǎn)的工具。
[0044] 在另一方面，本發(fā)明提供了用于針對(duì)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥評(píng) 定受試者的具有計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括:一個(gè)例行 程序，存儲(chǔ)在該計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上并且被適配成由一個(gè)處理器執(zhí)行，以便存儲(chǔ)代表選自表1 或表2中的生物標(biāo)記列表的至少一種生物標(biāo)記的生物標(biāo)記測(cè)量數(shù)據(jù)。
[0045] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種評(píng)定用于受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖 尿病相關(guān)病癥的治療的方法，該方法包括測(cè)量來自經(jīng)歷治療的受試者的樣品中的至少一種 生物標(biāo)記，該至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表，在治療過程中至少測(cè)量 兩次。
[0046] 在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)記可以是在至少兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)測(cè)量的并且將來自這兩個(gè) 時(shí)間點(diǎn)的數(shù)據(jù)隨著時(shí)間的推移進(jìn)行比較。
[0047] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種評(píng)定受試者產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，該至少一種 生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0048] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種監(jiān)測(cè)受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，該至少一種 生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表，并且將獲得的測(cè)量與至少一種生物標(biāo)記的另一 次測(cè)量進(jìn)行比較。
[0049] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷或鑒定受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或 糖尿病相關(guān)病癥的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，該至 少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0050] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種從同樣引起受試者中的蛋白尿的其他病癥鑒別診 斷腎臟疾病的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，該至少一 種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0051]在另一方面，本發(fā)明提供了一種鑒別診斷受試者的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿 病相關(guān)病癥的亞類或階段的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo) 記，該至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0052]在另一方面，本發(fā)明提供了一種測(cè)試系統(tǒng)，該測(cè)試系統(tǒng)包括：
[0053] (i)用于獲得來自受試者的樣品中的測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的裝置，這些測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)代 表選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表的至少一種生物標(biāo)記的水平；
[0054] (ii)用于收集和跟蹤在步驟(i)中產(chǎn)生的測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的裝置；
[0055] (iii)用于根據(jù)測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)計(jì)算糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn) 指標(biāo)值的裝置，其中所述風(fēng)險(xiǎn)指標(biāo)值代表個(gè)體產(chǎn)生或患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)；以及
[0056] (iv)用于報(bào)告所述風(fēng)險(xiǎn)指標(biāo)值的裝置。
[0057]在另一方面，本發(fā)明提供了一種將一群個(gè)體進(jìn)行分級(jí)或分組的方法，該方法包括： 獲得在所述群體中的個(gè)體的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)數(shù)據(jù);并 且基于包括所述獲得的風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)數(shù)據(jù)的因素，將在該群體中的個(gè)體相對(duì)于該群體中的剩余 個(gè)體進(jìn)行分級(jí)或?qū)⒃撊后w劃分為至少兩個(gè)組。
[0058]在另一方面，本發(fā)明提供了一種將一群個(gè)體進(jìn)行分級(jí)或分組的方法，該方法包括： 基于表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記獲得在所述群體中的個(gè)體的糖尿病前期、糖尿病和/ 或糖尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)數(shù)據(jù);并且基于包括所述獲得的風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)數(shù)據(jù)的因素，將在該 群體中的個(gè)體相對(duì)于該群體中的剩余個(gè)體進(jìn)行分級(jí)或?qū)⒃撊后w劃分為至少兩個(gè)組。
[0059] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種用于評(píng)估受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖 尿病相關(guān)病癥替代終點(diǎn)的方法，該方法包括:測(cè)量來自表1或表2中的生物標(biāo)記列表中的至 少一種生物標(biāo)記；以及基于所述測(cè)量評(píng)估受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān) 病癥的替代終點(diǎn)。
[0060] 在一些實(shí)施方案中，該替代終點(diǎn)可以是在受試者的尿中的蛋白質(zhì)的量。
[0061] 在一些實(shí)施方案中，該替代終點(diǎn)可以是白蛋白肌酸比。
[0062] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種評(píng)估受試者產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中 所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0063] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種監(jiān)測(cè)受試者產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中 所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0064] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷或鑒定受試者患有糖尿病前期、糖尿病和/或 糖尿病相關(guān)病癥的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中 所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0065] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷或鑒定患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的受試者的方法，包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述 至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0066] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種監(jiān)測(cè)糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的 治療或干預(yù)的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記，其中所述 至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0067] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種鑒別診斷糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病 癥的疾病狀態(tài)或亞類的方法，該方法包括測(cè)量來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記， 其中所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。
[0068] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種治療受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的方法，該方法包括:使用來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記評(píng)估受試者產(chǎn)生糖 尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)以及當(dāng)受試者被鑒定為具有糖尿病前期、糖 尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的升高的風(fēng)險(xiǎn)時(shí)用一種治療方案治療受試者，從而延遲或防止 糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的發(fā)作。
[0069] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種將一群受試者進(jìn)行分級(jí)或分組的方法，該方法包 括:獲得代表包含在所述群體中的受試者的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng) 險(xiǎn)評(píng)分的數(shù)據(jù)，其中所述風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分是使用來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記計(jì)算的，以及 基于包括所述獲得的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分?jǐn)?shù)據(jù)的因素將該群體中的受試者相對(duì)于在該群體中的剩余 個(gè)體進(jìn)行分級(jí)或者將該將該群體劃分為至少兩個(gè)組。
[0070] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種鑒定或評(píng)定一種藥劑用于治療糖尿病前期、糖尿 病和/或糖尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括：
[0071] (i)使表達(dá)來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記的細(xì)胞與一種假定藥劑接觸;并且
[0072] (ii)將來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記在與該假定藥劑接觸之前的細(xì)胞中的 表達(dá)和/或水平與來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記在與該假定藥劑接觸之后的細(xì)胞中的 表達(dá)和/或水平進(jìn)行比較；
[0073] 其中在水平或表達(dá)方面的變化將該藥劑鑒定為用于治療糖尿病前期、糖尿病和/ 或糖尿病相關(guān)病癥的藥劑。
[0074] 因此，在本發(fā)明的另一方面提供了表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記作為針對(duì)糖尿 病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的藥物靶標(biāo)的用途。
[0075] 在另一方面，本發(fā)明提供了一種治療受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括向受試者給予有效量的被適配成改變表1 或表2中的至少一種生物標(biāo)記的表達(dá)或水平的藥劑。
[0076] 在另一方面，本發(fā)明提供了被適配成改變表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記的表達(dá) 或水平的一種藥劑的用途，用于制備用于治療糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或 降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的一種藥物。
[0077]附圖簡要說明
[0078]結(jié)合附圖可以理解下面的發(fā)明詳細(xì)說明（通過舉例給出，但不旨在將本發(fā)明限制 于描述的特定實(shí)施例），其中：
[0079]圖1為列出從三個(gè)研究獲得的通過多反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)測(cè)量的關(guān)于糖尿病患者中的 糖尿病腎病的存在的生物標(biāo)記蛋白數(shù)據(jù)的表格；
[0080]圖2為一系列來自FDS1研究的列于圖1中的每個(gè)生物標(biāo)記的盒須圖（左盒形圖：糖 尿病組；右盒形圖：患有嚴(yán)重腎病的糖尿病組；X軸：蛋白質(zhì)/肽；y軸：相對(duì)豐度比；肽序列： ATA = ATAWDGAFK; TVA = TVAACNLPIVR; EYC = EYCGVP⑶⑶EELLR; LEP = LEPYADQLR;以及 ISA = ISASAEELR)
[0081]圖3為一系列來自FDS2研究的列于圖1中的每個(gè)生物標(biāo)記的盒須圖（左盒形圖：糖 尿病組；右盒形圖：患有嚴(yán)重腎病的糖尿病組；X軸：蛋白質(zhì)/肽；y軸：相對(duì)豐度比；肽序列： IAF = IAFSATR; LEP = LEPYADQLR; ISA = ISASAEELR; ALA = ALAQCAPPPAVCAELVR;以及FLN = FLNVLSPR;DAL = DALSSVQESQVAQQAR;TVA = TVAACNLPIVR;EYC = EYCGVPGD⑶EELLR;⑶I = GDIGETGVPGAEGPR；TGD = TGDIVEFVCK；LVY = LVYPSCEEK)；
[0082]圖4為一系列來自BDS研究的列于圖1中的每個(gè)生物標(biāo)記的盒須圖（左盒形圖：糖尿 病組;右盒形圖：患有嚴(yán)重腎病的糖尿病組;X軸：蛋白質(zhì)/肽;y軸：相對(duì)豐度比；肽序列：LVG = LVG⑶NLCSGR; IWL=IWLDNVR;SVS = SVSLPSLDPASAK;以及TEV = TEVIPPLIENR);以及 [0083]圖5為一個(gè)列出通過MRM測(cè)量的從BDS研究獲得的關(guān)于患有糖尿病腎病的患者以及 健康患者的生物標(biāo)記蛋白數(shù)據(jù)的表格。
[0084]發(fā)明詳細(xì)說明
[0085] 本發(fā)明涉及與糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥（如糖尿病腎病)相關(guān)的 生物標(biāo)記的鑒定。因此，本發(fā)明以通過檢測(cè)在此披露的生物標(biāo)記來鑒定具有產(chǎn)生糖尿病前 期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn)的受試者(包括沒有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病 相關(guān)病癥的癥狀或僅僅顯示出其非特異性指標(biāo)的那些受試者）的方法為特征。這些生物標(biāo) 記對(duì)于監(jiān)測(cè)正在經(jīng)歷用于糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的治療和療法的患者， 以及用于選擇或修改在患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的受試者中將有效 的療法和治療是同樣有用的，其中這樣的治療和療法的選擇和使用減緩了糖尿病前期、糖 尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的進(jìn)展，或者防止了它們的發(fā)作。本發(fā)明還以用于糖尿病前期、 糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的新的藥物靶標(biāo)為特征，包括表1或表2中的至少一種生物標(biāo) 記。
[0086]
[0087] "用于治療糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的藥劑" 包括:胰島素(如成熟胰島素、胰島素原和可溶性C-肽(SCP)、速效胰島素形式、普通胰島素、 中效胰島素以及長效胰島素形式）；降血糖藥;抗炎劑；降血脂劑；以及抗高血壓藥(如鈣通 道阻滯劑、腎上腺素能受體阻滯劑、包括C0X-2抑制劑的藥物前體的環(huán)氧合酶2抑制劑、包 括血管緊張素 II受體阻滯劑(ARBs)、ACE抑制劑及腎素抑制劑的血管緊張素系統(tǒng)抑制劑，包 括氨基酸及其衍生物、肽及其衍生物以及腎素抗體）。
[0088] "血管緊張素 II拮抗劑"是通過結(jié)合到血管緊張素 II受體上并且干擾它的活性來 干擾血管緊張素 II的活性的化合物，并且包括肽化合物和非肽化合物。大多數(shù)血管緊張素 II拮抗劑是被輕微修飾的同源物，其中通過用某種其他的氨基酸替代在8位的苯丙氨酸來 減弱激動(dòng)活性。血管緊張素 II拮抗劑的例子包括:肽類化合物(例如，肌丙抗增壓素、血管緊 張素八肽（1-8)和相關(guān)類似物）；N-取代的咪唑-2-酮;咪唑乙酸酯衍生物(包括2-N-丁基-4-氯-1-(2-氯苯)咪唑-5-乙酸）；4,5,6,7_四氫-1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-6-羧酸及類似物衍 生物;N2-四唑β-葡糖苷酸類似物;取代的吡咯、啦唑、和三唑類;苯酚和雜環(huán)衍生物，如1，3-咪唑;咪唑并稠合的 7元環(huán)雜環(huán);血管緊張素 Π 的抗體；以及芳烷基咪唑化合物如聯(lián)苯-甲基 取代的咪唑;ES8891(N-嗎啉代乙酰基-(-1-萘基)-L-丙氨酰-1-(4,噻唑基)-L-丙氨酰(35， 45)-4-氨基-3-羥基-5-環(huán)-己戊酰-N-己酰胺）；SKF108566(E-a-2-[2-丁基-1-(羧基苯基） 甲基]1H-咪唑-5-基[亞甲基]-2-噻吩丙酸）；氯沙坦(DUP753/MK954);以及雷米克林。
[0089] "血管緊張素轉(zhuǎn)換酶(ACE)抑制劑"包括氨基酸和它們的衍生物、肽類，包括二肽和 三肽以及ACE抗體，它們通過抑制ACE活性在腎素-血管緊張素系統(tǒng)中進(jìn)行干預(yù)，由此減少或 消除升壓物質(zhì)血管緊張素 Π 的形成。已知作為ACE抑制劑有用的化合物類包括?；鶐€基脯 氨酸和巰基烷?；彼?如卡托普利和佐芬普利）、羧烷基二肽(如依那普利、賴諾普利、 喹那普利、雷米普利以及培哚普利）、羧烷基二肽模擬物(如西拉普利和貝那普利）、氧膦基 燒?；彼?如福辛普利和群多普利）。
[0090] "抗炎"劑包括阿氯芬酸、阿氯米松雙丙酸酯、阿孕奈德;α淀粉酶;安西法爾；安西 非特;氨芬酸鈉;鹽酸氨普立糖;阿那白滯素;阿尼羅酸;阿尼扎芬;阿扎丙宗；巴柳氮二鈉； 芐達(dá)酸;苯噁洛芬;鹽酸芐達(dá)明；菠蘿蛋白酶;溴哌莫;布地奈德;卡洛芬;環(huán)洛芬;辛噴他宗； 克利洛芬;丙酸氯倍米松;丁酸氯倍他松;氯吡酸;丙酸氯硫卡松;醋酸三氟米松;可托多松； 地夫可特;地奈德;去羥米松;二丙酸地塞米松;雙氯芬酸鉀;雙氯酚酸鈉;雙醋二氟拉松;二 氟米酮鈉;二氟尼柳;二氟潑尼酯;地弗他酮;二甲亞砜;羥西奈德；甲地松;恩莫單抗;依諾 利康鈉;依匹唑;依托度酸;依托芬那酯;聯(lián)苯乙酸;非那莫;芬布芬;芬氯酸;苯克洛酸;芬度 柳;苯吡噁二酮;芬替酸;夫拉扎酮;氟扎可特;氟芬那酸;氟咪唑;醋酸氟尼縮松;氟尼辛;氟 尼辛葡胺;氟考丁酯；醋酸氟美松龍;氟喹宗;氟比洛芬;氟瑞托芬；丙酸氟替卡松；呋喃洛 芬;呋羅布芬；哈西奈德;丙酸鹵倍他索;醋酸鹵潑尼松;異丁芬酸;布洛芬;布洛芬鋁;布洛 芬吡甲酯;伊洛達(dá)普；吲哚美辛；吲哚美辛鈉；吲哚洛芬；吲哚克索；吲四唑;醋異氟龍;伊索 克酸;伊索昔康；酮洛芬；鹽酸洛非咪唑；氯諾昔康；依碳氯替潑諾；甲氯滅酸鈉；甲氯芬那 酸;二丁酸甲氯松；甲芬那酸;美沙拉秦;美西拉宗;磺庚甲潑尼龍;嗎尼氟酯;萘丁美酮;萘 普生;萘普生鈉;萘普索;尼馬宗;奧沙拉秦鈉;奧古蛋白；奧帕諾辛；奧沙普秦;羥布宗;鹽酸 瑞尼托林;木聚硫鈉;甘油保泰松鈉;吡非尼酮;吡羅昔康；肉桂酸吡羅昔康;吡羅昔康乙醇 胺;吡洛芬;普立非酮;潑那扎特;普立非酮;普羅度酸;普羅喹宗;普羅沙唑；枸櫞酸普羅沙 挫；利美索龍;氯馬扎利;柳膽來司；沙那西定;雙水楊酯；水楊酸酯（Salyci late);血根氯 銨；司克拉宗;絲美辛;舒多昔康;舒林酸;舒洛芬;他美辛;他尼氟酯;他洛柳酯;特丁非??； 替尼達(dá)普;替尼達(dá)普鈉;替諾昔康;替昔康;芐叉異喹酮；四氫甲吲胺;硫平酸;替可的松匹伐 酯;托美丁;托美丁鈉;三氯奈德;三氟米酯;齊多美辛;糖皮質(zhì)激素;佐美酸鈉;阿斯匹林;細(xì) 胞因子抑制劑如細(xì)胞因子拮抗劑(例如IL-6受體拮抗劑）、氮雜-烷基溶血磷脂(AALP)、以及 腫瘤壞死因子_α (TNF-α)抑制劑，如抗TNF-α抗體、可溶性TNF受體、TNF-α、反義核酸分子、多 價(jià)丙脒腙（CNI-1493)、N_乙酰半胱氨酸、己酮可可堿（pentoxiphyl line)、己酮可可堿 (oxpentifylline)、碳環(huán)核苷類似物、地塞比諾以及TNF-a抑制劑如依那西普和英夫利昔單 抗。
[0091] "β-腎上腺素能受體阻滯劑"拮抗兒茶酚胺在心絞痛、高血壓以及心律失常中的心 血管效應(yīng)，并且包括阿替洛爾、醋丁洛爾、阿普洛爾、苯呋洛爾、倍他洛爾、布尼洛爾、卡替洛 爾、塞利洛爾、hydroxalol、茚諾洛爾、拉貝洛爾、左布諾洛爾、甲吲洛爾、美替洛爾、吲哚美 辛、美托洛爾、11^^420^11〇1〇1、氧烯洛爾、吲哚洛爾、心得安、普拉洛爾、心得寧、索他洛爾 納多洛爾（sotalolnadolol)、替普洛爾、tomalolol、噻嗎洛爾、布拉洛爾、噴布洛爾、三甲苯 心安、2-(3-(1，1_二甲基乙基)-氨基-2-羥基丙氧基)-3-鹽酸吡啶甲腈、1-丁基氨基-3-(2， 5-二氯苯氧基)-2-丙醇、1-異丙基氨基-3-(4-(2-環(huán)丙基甲氧基乙基)苯氧基)-2-丙醇、3- 異丙基氛基_1_(7_甲基諱滿_4_基氧基)_2_ 丁醇、2_ (3-叔丁基氛基_2_羥基-丙硫基)Ια-氨基 甲?；?_2_ 噻吩基) 噻唑和7_( 2_ 羥基 _3_ 叔-丁基氨基丙氧基) 苯酞。
[0092] "鈣通道阻滯劑"屬于三大類化學(xué)藥物之一：二氫吡啶類（如硝苯地平）、苯基烷基 胺類(如維拉帕米）、以及苯并硫氮雜卓類(如地爾硫卓）。根據(jù)本發(fā)明的其他有用的鈣通道 阻滯劑包括氨力農(nóng)、氨氯地平、芐環(huán)烷、非洛地平、芬地林、氟桂利嗪、伊拉地平、尼卡地平、 尼莫地平、哌克昔林（perhexylene)、戈洛帕米、噻帕米以及噻帕米類似物、苯妥英 (phenyloin)、巴比妥類、以及肽類強(qiáng)啡肽、Ω芋螺毒素以及Ω漏斗網(wǎng)蛛毒素。
[0093] "糖尿病"包括1型糖尿病(包括自身免疫性和特發(fā)性）、2型糖尿病和妊娠糖尿病。 糖尿病可以以復(fù)發(fā)性和持續(xù)性高血糖為特征，并且可以通過增加的血糖水平和糖化血紅蛋 白（彡6.5%)而被診斷。根據(jù)當(dāng)前的定義，兩項(xiàng)空腹血糖測(cè)量值超過12611^/(1以7.〇1111]1〇1/1) 被認(rèn)為診斷為糖尿病。
[0094] "糖尿病相關(guān)病癥"包括為糖尿病的結(jié)果或并發(fā)癥的或另外地與糖尿病關(guān)聯(lián)或相 關(guān)的任何病癥或疾病，包括由高于正常的血糖水平引起的病癥以及選自一個(gè)列表的病癥， 該列表包括:低血糖、糖尿病酮癥酸中毒、糖尿病神經(jīng)病變、腎臟疾病包括糖尿病腎病、心血 管疾病、中風(fēng)和糖尿病視網(wǎng)膜病以及動(dòng)脈血管疾病(arteriovascular disease)。
[0095] 在本發(fā)明的上下文中的"生物標(biāo)記"包含(不限于)在表1或表2中的蛋白質(zhì)以及其 實(shí)際量度;編碼表1或表2中的蛋白質(zhì)的核酸;表1或表2中的蛋白質(zhì)的代謝物和降解產(chǎn)物;表 1或表2中的蛋白質(zhì)的多晶型、突變、變體、修飾、亞基、肽類(如表3中的那些）以及片段；以及 蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物(包括表1或表2中的蛋白質(zhì)）。生物標(biāo)記還包括與表1或表2中的蛋白質(zhì) 具有至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性或相似性的 蛋白質(zhì)以及表1或表2中的蛋白質(zhì)的突變形式和編碼這樣的突變的核酸。這些生物標(biāo)記可以 用來計(jì)算數(shù)學(xué)指數(shù)或其他量度，包括相對(duì)于本發(fā)明有用的時(shí)間趨勢(shì)和差異。
[0096] "妊娠糖尿病"是指在懷孕期間的葡萄糖耐受不良。這種病癥導(dǎo)致在懷孕過程中開 始的或首次被診斷的高血糖。
[0097] "降血糖"藥包括口服降血糖藥并且包括(但不限于）第一代磺脲類:醋磺己脲、氯 磺丙脲、甲磺丁脲;二代磺脲類:格列吡嗪、格列本脲、格列美脲;雙胍類:二甲雙胍;葡糖 苷酶抑制劑:阿卡波糖、米格列醇;噻唑烷二酮類:羅格列酮、吡格列酮、曲格列酮;氯茴苯酸 類:瑞格列奈；以及其他降血糖藥如阿卡波糖;丁福明；鹽酸丁氧胺;卡格列波糖;環(huán)格列酮； 恩格列酮鈉;達(dá)格列酮鈉;鹽酸依托雙胍;格列胺脲;格列波脲(G1 ibomuride);格列他尼;格 列齊特鈉;格列氟胺;胰高血糖素;格列己脲;格列嘧啶鈉;格列辛脲;格列帕脲;利諾格列； 富馬酸利諾格列；帕莫酸甲酯；帕莫酸鈉;酒石酸吡咯格列；人胰島素原;醋酸司格列肽;妥 拉磺脲；甲苯磺吡胺;唑泊司他。
[0098] "空腹血糖受損"（IFG)是一種與高于正常血糖水平但還沒有高到足以被分類為糖 尿病的血糖水平相關(guān)的糖尿病前期狀態(tài)。具有IFG的受試者可能具有低于或等于125mg/dL， 在100mg/dL與125mg/dL之間或在105mg/dL與125mg/dL之間的空腹血糖（葡萄糖）水平。
[0099]使用在此的術(shù)語"一致性"是指在兩個(gè)或更多個(gè)分子的序列間的關(guān)系，如通過比較 這些序列所確定的。"一致性"表示在多肽或核酸分子序列之間的序列相關(guān)性程度，如這種 情況可以是通過核苷酸或氨基酸序列串間的匹配而確定的。"一致性"量度了在兩個(gè)或多個(gè) 帶有空位比對(duì)的序列之間的相同匹配的百分比，該空位比對(duì)通過計(jì)算機(jī)程序的特定數(shù)學(xué)模 型解決。
[0100] "葡萄糖耐量降低"（IGT)是一種與高于正常血糖水平但還沒有高到足以被分類為 糖尿病的血糖水平相關(guān)的糖尿病前期狀態(tài)?；加蠭GT的受試者在75g 口服葡萄糖耐量試驗(yàn)中 可能具有140mg/dL到199mg/dL(7.8mmoL到11. OmmoL)的兩小時(shí)葡萄糖水平。
[0101] "降血脂劑"包括吉非貝齊、考來烯胺(cholystyramine)、考來替泊、煙酸以及HMG-CoA還原酶抑制劑，如辛伐他汀、洛伐他汀、普伐他汀鈉、氟伐他汀、阿托伐他汀和西立伐他 汀。
[0102] 如在此使用的術(shù)語"測(cè)量(measuring)"以及變體如"測(cè)量(measure)"關(guān)于在此描 述的生物標(biāo)記是指確定給定的生物標(biāo)記的存在和/或量。
[0103] "糖尿病前期"是一種其中滿足部分但不是所有糖尿病的診斷標(biāo)準(zhǔn)的狀態(tài)。它包括 其中受試者表現(xiàn)為在正常與糖尿病水平之間的血糖水平的情況、其中受試者經(jīng)受葡萄糖耐 量降低（IGT)、空腹血糖受損（IFG)和/或在5.7%與6.4%之間的糖化血紅蛋白的情況。
[0104] 在本發(fā)明的上下文中的"樣品"是分離自受試者的生物樣品，并且可以包括(通過 舉例但不限于)全血、血液部分、血清、血漿、血細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞、組織活檢樣品、淋巴液、腹水 液、組織間液(也被稱為"細(xì)胞外液"并且包括發(fā)現(xiàn)于細(xì)胞之間的間隙的液體，包括尤其是齦 溝液）、骨髓、腦脊液(CSF )、唾液、粘液、痰液、汗液、尿液或任何其他分泌物、排泄物或其他 體液。
[0105]術(shù)語"相似性"是與"一致性"有關(guān)的概念，但是相反地是指相似性的一種量度，包 括相同的匹配和保守置換匹配。由于保守置換應(yīng)適用于多肽而不是核酸分子，相似性僅涉 及多肽序列的比較。例如，如果兩個(gè)多肽序列的20個(gè)氨基酸中有10個(gè)相同，并且剩余的都是 非保守置換，那么一致性和相似性百分比兩者都是50%。在相同的實(shí)例中，如果有另外的5 個(gè)位置存在保守置換，那么一致性百分比仍為50%，但是相似性百分比為75%(20個(gè)中的15 個(gè)）。因此，在存在保守置換的情況下，在兩個(gè)多肽序列之間的相似性程度將比這兩個(gè)序列 之間的一致性百分比高。
[0106] 術(shù)語"保守氨基酸置換"是指用一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的殘基置換一個(gè)天然的氨基酸殘基使得 對(duì)在該位置處的氨基酸殘基的極性或電荷影響很小或沒有影響。例如，用其他任何非極性 殘基置換一個(gè)多肽中的非極性殘基導(dǎo)致一個(gè)保守置換。此外，多肽中的任何天然殘基也可 以用丙氨酸置換。保守氨基酸置換的一般規(guī)則在下面的表中列出：
[0107]
[0108]
[0109] 保守氨基酸置換還包括典型地通過化學(xué)肽合成而不是在生物系統(tǒng)中合成的非天 然發(fā)生的氨基酸殘基。這些包括模擬肽，以及其他氨基酸部分的反轉(zhuǎn)形式或反向形式。預(yù)期 氨基酸序列的保守修飾(以及相應(yīng)的對(duì)應(yīng)于編碼核苷酸的修飾)將產(chǎn)生具有與表1中的那些 生物標(biāo)記相似的功能特性和化學(xué)特性的多肽。相反，表1中的生物標(biāo)記的功能特性和/或化 學(xué)特性的實(shí)質(zhì)性修飾可以通過選擇與它們?cè)诰S持(a)在該置換的區(qū)域中的分子主鏈的結(jié) 構(gòu)，例如一個(gè)折疊或螺旋構(gòu)象、（b)在目標(biāo)位點(diǎn)的分子的電荷或疏水性、或(c)側(cè)鏈的體積的 作用方面的顯著不同的置換來實(shí)現(xiàn)。天然發(fā)生的殘基可以基于常見的側(cè)鏈性質(zhì)分組：
[0110] 1)疏水的：正亮氨酸、甲硫氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸；
[0111] 2)中性親水的:半胱氨酸、絲氨酸、蘇氨酸；
[0112] 3)酸性的:天冬氨酸、谷氨酸；
[0113] 4)堿性的:天冬酰胺、谷氨酰胺、組氨酸、賴氨酸、精氨酸；
[0114] 5)影響鏈取向的殘基:甘氨酸、脯氨酸；以及
[0115] 6)芳香族的:色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸。
[0116]優(yōu)選的用于確定一致性和/或相似性的方法被設(shè)計(jì)為在測(cè)試的序列之間給出最大 的匹配。用于確定一致性和相似性的方法被編入可公開獲得的計(jì)算機(jī)程序中。優(yōu)選的用于 確定在兩個(gè)序列之間的一致性和相似性的計(jì)算機(jī)程序方法包括G C G程序包，包括G A P (Devereux等人，《核酸研究》(Nuc.Acids Res ·)，12:387( 1984);遺傳學(xué)電腦集團(tuán)（Genetics Computer Group)，University of Wisconsi(威斯康辛大學(xué)），Madison(麥迪遜），威斯康 辛）、81^5了？、81^5了1以及?厶5了厶以七8吐111等人，《分子生物學(xué)雜志》(了.]\1〇1.81〇1)，215:403-10(1990))。131^\31 X程序從國家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)以及其他來源(Altschul等人，BLAST手冊(cè)(NCB NLM NIH，Bethesda(貝 塞斯達(dá)），Md.(馬里蘭州hAltschul等人，1990,上文)是可公開獲得的。熟知的史密斯-沃特 曼算法(Smith Waterman algorithm)也可以用來確定一致性。
[0117] 在本發(fā)明的上下文中的"受試者"優(yōu)選地是哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物可以是人、非人靈 長類、小鼠、大鼠、狗、貓、馬、或奶牛。受試者可以是已經(jīng)在先前被診斷或鑒定為患有糖尿 病、糖尿病前期或糖尿病相關(guān)病癥的受試者，并且任選地已經(jīng)經(jīng)歷或正在經(jīng)歷用于糖尿病、 糖尿病前期或糖尿病相關(guān)病癥的治療性干預(yù)?？商娲?，受試者可以是在先前未曾被診斷 為患有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的受試者。例如，受試者可以是展現(xiàn)出糖 尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的一個(gè)或多個(gè)風(fēng)險(xiǎn)因素的受試者，或者是沒有展現(xiàn) 出這種風(fēng)險(xiǎn)因素的受試者或沒有糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥的癥狀的受試 者。受試者還可以是正在遭受糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或處于其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn) 的受試者。
[0118] 診斷和預(yù)測(cè)
[0119] 本發(fā)明提供了改進(jìn)的糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的診斷和預(yù)測(cè)?？梢?通過測(cè)量在此描述的一種或多種生物標(biāo)記并且將測(cè)量值與參考或指標(biāo)值比較來評(píng)定發(fā)生 糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)。這樣的比較可以用數(shù)學(xué)算法或公式進(jìn)行，以 便將來自多個(gè)單獨(dú)的生物標(biāo)記結(jié)果的信息和其他參數(shù)結(jié)合成單一的量度或指數(shù)?？梢匀芜x 地選擇被鑒定為具有增高的糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)的受試者來接受 治療方案，如給予預(yù)防性的或治療性的化合物或運(yùn)動(dòng)方案的實(shí)施或膳食補(bǔ)充劑來防止、治 療或延遲糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的發(fā)作。
[0120] 可以測(cè)量在一個(gè)測(cè)試樣品中的生物標(biāo)記的量，并且與一個(gè)參照或正常水平比較， 利用例如參考限、鑒別限或風(fēng)險(xiǎn)定義閾值等技術(shù)來定義針對(duì)糖尿病前期、糖尿病或糖尿病 相關(guān)病癥的截止點(diǎn)和異常值。正常的對(duì)照水平是典型地發(fā)現(xiàn)于在沒有經(jīng)受糖尿病前期、糖 尿病或糖尿病相關(guān)病癥的受試者中的一種或多種生物標(biāo)記或組合的生物標(biāo)記指數(shù)的水平。 正常水平、異常水平和截止點(diǎn)可能基于一種生物標(biāo)記是單獨(dú)地被使用還是在公式中與其他 生物標(biāo)記組合成指數(shù)而變化。可替代地，正?；虍惓Ｋ娇梢允窃谂R床相關(guān)時(shí)間范圍中來 自產(chǎn)生或沒有產(chǎn)生或轉(zhuǎn)化成糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的先前測(cè)試的受試者的 生物標(biāo)記模式或"特征"的數(shù)據(jù)庫。
[0121] 本發(fā)明可以用來進(jìn)行產(chǎn)生或轉(zhuǎn)化為糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn) 的連續(xù)或分類測(cè)量，從而用一個(gè)定義的臨床狀態(tài)診斷和定義受試者類別的風(fēng)險(xiǎn)譜。在分類 的情況下，本發(fā)明的方法可以用來在正常同期組群與患有糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相 關(guān)病癥的同期組群之間進(jìn)行辨別。在其他實(shí)施例中，本發(fā)明可以用來辨別糖尿病前期與糖 尿病、糖尿病與正常情況、不同的糖尿病相關(guān)病癥、或不同的糖尿病病癥與正常情況。這種 區(qū)分用途可能在單獨(dú)的組、數(shù)學(xué)算法、和/或截止點(diǎn)中需要不同的生物標(biāo)記組合，但是為了 預(yù)期用途它們經(jīng)受相同的前述的精確度測(cè)量。
[0122] 在產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥之前鑒定受試者使得能夠選擇和開 始各種治療性干預(yù)或治療方案，以便延遲、減緩或防止受試者轉(zhuǎn)化到疾病狀態(tài)。監(jiān)測(cè)至少一 種生物標(biāo)記的水平還允許糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的治療過程被監(jiān)測(cè)。例如， 可以從經(jīng)歷治療方案或治療性干預(yù)的受試者提供樣品，例如用于糖尿病前期、糖尿病或糖 尿病相關(guān)病癥的藥物治療。這種治療方案或治療性干預(yù)可以包括運(yùn)動(dòng)方案、膳食調(diào)整、膳食 補(bǔ)充、肥胖手術(shù)干預(yù)、藥物給予以及用于被診斷為或被鑒定為患有糖尿病前期、糖尿病或糖 尿病相關(guān)病癥的受試者的治療性或預(yù)防性治療?？梢栽谥委熤?、過程中或之后的不同時(shí) 間點(diǎn)從受試者獲得樣品。
[0123] 本發(fā)明還可以用來篩選在不同情景下的群體。對(duì)于受試者群組，可以篩選:鑒定需 要干預(yù)的那些受試者；用于收集流行病學(xué)數(shù)據(jù);評(píng)定他們用于健康保險(xiǎn)目的。當(dāng)與糖尿病前 期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的臨床量度相關(guān)聯(lián)時(shí)，通過群體篩選獲得的數(shù)據(jù)將會(huì)是特別 有價(jià)值的，并且可以被存儲(chǔ)到數(shù)據(jù)陣列中或機(jī)器可讀介質(zhì)中的其他收集物中，以便于被衛(wèi) 生保健服務(wù)提供者和聯(lián)盟保健產(chǎn)業(yè)使用，從而提高服務(wù)遞送和效率并因此改善患者的結(jié) 局。
[0124] 機(jī)器可讀存儲(chǔ)介質(zhì)包括任何用機(jī)器可讀數(shù)據(jù)或數(shù)據(jù)陣列編碼的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)材料，當(dāng) 使用一種用指令編程的機(jī)器來使用所述數(shù)據(jù)時(shí)，能夠用于多種目的，如(但不限于)提供或 產(chǎn)生關(guān)于隨著時(shí)間的推移或者響應(yīng)于干預(yù)或治療以及藥物發(fā)現(xiàn)的糖尿病前期、糖尿病或糖 尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn)因素的受試者信息。本發(fā)明的生物標(biāo)記的評(píng)定或測(cè)量和/或由此確定的 風(fēng)險(xiǎn)可以在可編程計(jì)算機(jī)上的計(jì)算機(jī)程序執(zhí)行中實(shí)施，可編程計(jì)算機(jī)包括(除了別的以外） 一個(gè)處理器、一個(gè)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)系統(tǒng)(包括易失性存儲(chǔ)器和非易失性存儲(chǔ)器和/或存儲(chǔ)元件）、至 少一種輸入設(shè)備、以及至少一種輸出設(shè)備。應(yīng)用程序代碼或軟件來輸入數(shù)據(jù)，以便進(jìn)行需要 產(chǎn)生所需要的輸出的功能。
[0125] 該程序代碼或軟件可以進(jìn)行一種或多種與關(guān)于生物標(biāo)記的數(shù)據(jù)有關(guān)的功能，這些 功能包括:確定生物標(biāo)記的正?；虍惓Ｋ讲⑶覍⑸飿?biāo)記的水平與參考值比較，例如，對(duì) 照受試者或其糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥狀態(tài)已知的群體或指標(biāo)值或基線值。 參考樣品或指標(biāo)值或基線值可能取自或衍生自一個(gè)或多個(gè)已經(jīng)暴露于治療的受試者，或者 可能取自或衍生自一個(gè)或多個(gè)具有低的產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥風(fēng)險(xiǎn)的 受試者，或者可以取自或衍生自由于暴露于治療已經(jīng)在一個(gè)或多個(gè)與糖尿病前期、糖尿病 或糖尿病相關(guān)病癥(包括建立的臨床參數(shù))相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)因素方面顯示出改善的受試者。該參 考樣品或指標(biāo)值或基線值也可以取自或衍生自一個(gè)或多個(gè)未曾暴露于治療的受試者。例 如，可以從受試者收集樣品來監(jiān)測(cè)治療的進(jìn)展，這些受試者已經(jīng)接受用于糖尿病前期、糖尿 病或糖尿病相關(guān)病癥的初期治療以及用于糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的后續(xù)治 療。參考值還可以包括衍生自風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)算法的值或衍生自群體研究的計(jì)算指數(shù)。
[0126] 因此，本發(fā)明的生物標(biāo)記可以用來產(chǎn)生受試者的生物標(biāo)記特征譜或特征：（i)不具 有或預(yù)期不會(huì)產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的受試者和/或（ii)具有或者預(yù) 期會(huì)產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的受試者。受試者的生物標(biāo)記譜可以與預(yù) 設(shè)或參考生物標(biāo)記譜比較，以便診斷或鑒定具有產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病 癥的風(fēng)險(xiǎn)的受試者，監(jiān)測(cè)疾病的進(jìn)展、以及疾病進(jìn)展的速率，并且監(jiān)測(cè)糖尿病前期、糖尿病 或糖尿病相關(guān)病癥治療的效果。優(yōu)選地，本發(fā)明的生物標(biāo)記譜被包含在機(jī)器可讀介質(zhì)中并 且在它們?cè)诳梢杂媒拥降牧硗獾臄?shù)據(jù)更新的范圍內(nèi)是"活的"，從而提高這些生物標(biāo)記的強(qiáng) 度和臨床意義。關(guān)于本發(fā)明的生物標(biāo)記的數(shù)據(jù)也可以與其他數(shù)據(jù)或測(cè)試結(jié)果相結(jié)合或相關(guān) 聯(lián)，如(但不限于）臨床參數(shù)的測(cè)量或其他用于糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的算 法。其他數(shù)據(jù)包括年齡、種族、體重指數(shù)(BMI)、總膽固醇水平、葡萄糖水平、血壓、LDL以及 HDL水平。機(jī)器可讀介質(zhì)還可以包括受試者信息，如病史和任何其他相關(guān)家族史。
[0127] 本發(fā)明還提供了用于鑒定用于治療糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的藥劑 的方法，這些藥劑對(duì)于特定的受試者是適當(dāng)?shù)幕蛄硗獾囟ㄖ频摹Ｔ谶@方面，可以從來自暴露 于治療劑或藥物的受試者取得測(cè)試樣品，并且可以確定一種或多種生物標(biāo)記的水平。一種 或多種生物標(biāo)記的水平可以與在治療之前或之后從衍生自受試者的樣品比較，或者可以與 衍生自由于這樣的治療或暴露在風(fēng)險(xiǎn)因素方面已經(jīng)顯示出改善的受試者中的樣品比較。
[0128] 迴延
[0129] 本發(fā)明的生物標(biāo)記及其組可以在一系列的測(cè)試系統(tǒng)中實(shí)施。典型地，測(cè)試系統(tǒng)包 括一個(gè)用于從樣品獲得測(cè)試數(shù)據(jù)的裝置、一個(gè)用于針對(duì)樣品用于收集、存儲(chǔ)、處理和/或跟 蹤測(cè)試結(jié)果的裝置(通常在一個(gè)數(shù)據(jù)庫中）、以及一個(gè)用于報(bào)告測(cè)試結(jié)果的裝置。用于獲得 測(cè)試結(jié)果的裝置可以包括被適配成利用生化分析、免疫分析以及核酸檢測(cè)分析的一種或多 種進(jìn)行自動(dòng)測(cè)試的一個(gè)模塊。一些測(cè)試系統(tǒng)可以處理多種樣品并且可以對(duì)給定樣品運(yùn)行多 次測(cè)試。用于收集、存儲(chǔ)、處理和/或跟蹤測(cè)試結(jié)果的裝置可以包括物理和/或電子數(shù)據(jù)存儲(chǔ) 設(shè)備，如硬盤驅(qū)動(dòng)器或閃速存儲(chǔ)器或紙打印裝置。用于報(bào)告測(cè)試結(jié)果的裝置可以包括一個(gè) 可視顯示器、一個(gè)連接到數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)或數(shù)據(jù)庫的連接、或一臺(tái)打印機(jī)。在這方面，該報(bào)告裝置 可以簡單地是一個(gè)數(shù)據(jù)連接，它被適配成向另一個(gè)設(shè)備(如數(shù)據(jù)庫、可視顯示器、或打印機(jī)） 發(fā)送結(jié)果。
[0130] 因此，本發(fā)明提供了一種測(cè)試系統(tǒng)，該測(cè)試系統(tǒng)被適配成輔助鑒定具有產(chǎn)生糖尿 病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)、或被診斷為糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病 癥的個(gè)體，該測(cè)試系統(tǒng)包括使用關(guān)于在此描述的至少一種生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的一個(gè)裝置。典型 地，來自本發(fā)明的系統(tǒng)的測(cè)試結(jié)果作為向電腦或微處理器的輸入，該電腦或微處理器用機(jī) 器碼或軟件編程，其帶有關(guān)于在此描述的至少一種生物標(biāo)記的數(shù)據(jù)并且確定產(chǎn)生或者已經(jīng) 具有糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)。
[0131] 生物標(biāo)記選擇
[0132] 表1中的生物標(biāo)記已經(jīng)被鑒定為發(fā)現(xiàn)在患有糖尿病或糖尿病腎病患者中具有改變 的或調(diào)整的存在或濃度水平。因此，本發(fā)明的生物標(biāo)記和方法允許本領(lǐng)域的技術(shù)人員鑒定、 診斷或者另外地評(píng)定受試者，這些受試者沒有展現(xiàn)出糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病 癥的任何癥狀，但是盡管如此可能患有糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥或者具有產(chǎn) 生它們的風(fēng)險(xiǎn)。
[0133] 可以選擇表1或表2中的一種或多種生物標(biāo)記來形成一組標(biāo)記物。例如，本發(fā)明的 一個(gè)實(shí)施例是一種評(píng)估產(chǎn)生糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的方法，該方法包括測(cè) 量來自表1或表2的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13種生物標(biāo)記的水平的步驟。優(yōu)選 地，該組包括下列中的至少一種:過氧化物還原酶2(P32119)、蛋白AMBP(P02760);載脂蛋白 A-IV(P06727)以及補(bǔ)體Clq子成分亞基B(P02746);脂聯(lián)素(Q15848)、補(bǔ)體因子Η相關(guān)蛋白2 (Ρ36980)、血紅蛋白亞基β(Ρ68871)、載脂蛋白Β-100(Ρ04114)以及巰基氧化酶1(000391)中 的至少一種；或者載脂蛋白C-III(P02656)、胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白3(P17936)、CD5抗 原樣蛋白（043866)以及補(bǔ)體成分C8f3鏈(P07358)中的至少一種。
[0134] 臨床算法
[0135] 使用本發(fā)明的生物標(biāo)記獲得的結(jié)果可以使用任何一種或多種公式結(jié)合到在發(fā)明 的實(shí)踐中有用的指數(shù)中。如上所述(但不限于），在多種其他指示中，這些指數(shù)可能表明從一 種疾病狀態(tài)轉(zhuǎn)化到另一種疾病狀態(tài)的概率、可能性、絕對(duì)或相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)、時(shí)間或速率，或者預(yù) 測(cè)糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的未來生物標(biāo)記量度。這可能持續(xù)一個(gè)特定的時(shí) 期或范圍，或者持續(xù)剩余的壽命風(fēng)險(xiǎn)，或者簡單地被提供作為相對(duì)于另一個(gè)參考受試者群 體的指數(shù)。
[0136] 優(yōu)選的公式包括廣泛類的統(tǒng)計(jì)分類算法，如相對(duì)操作特性(R0C)、判別分析例如線 性判別分析（LDA)的使用?？梢允褂镁哂胁煌撝档幕谔卣骰颍╡igengene)的方法 (ELDA)或基于多元方差分析(MAN0VA)的步進(jìn)算法來鑒定LDA特征。可以基于霍特林-勞利 (Hotel 1 ing-Lawley)統(tǒng)計(jì)進(jìn)行前向算法、后向算法以及逐步算法將未分離的可能性降到最 低限度。也可以分開地使用或組合使用其他的公式包括支持向量機(jī)(SVM)、隨機(jī)森林或遞歸 分割來鑒定最重要的生物標(biāo)記組合。
[0137] 可以使用其他的公式，以便在進(jìn)一步處理之前將單獨(dú)的生物標(biāo)記測(cè)量的結(jié)果預(yù)處 理成更有價(jià)值的形式的信息。預(yù)處理包括使用數(shù)學(xué)轉(zhuǎn)換(如對(duì)數(shù)函數(shù)或邏輯函數(shù))將生物標(biāo) 記結(jié)果進(jìn)行反向轉(zhuǎn)換和平方根轉(zhuǎn)換、歸一化?；谂R床參數(shù)（如年齡、性別、種族、BMI或性 另IJ)的歸一化是特別優(yōu)選的。
[0138] -個(gè)或多個(gè)臨床參數(shù)可以結(jié)合本發(fā)明的生物標(biāo)記用于本發(fā)明的實(shí)踐中，作為公式 的輸入或作為使用特定的生物標(biāo)記組和公式測(cè)量的定義相關(guān)群體的預(yù)篩選標(biāo)準(zhǔn)。臨床參數(shù) 還可以在生物標(biāo)記的歸一化和預(yù)處理、或者在生物標(biāo)記的選擇、組構(gòu)建、公式類型選擇和衍 生、以及公式結(jié)果后處理中是有用的。
[0139] 本發(fā)明的生物標(biāo)記組可以針對(duì)預(yù)期的群體和終點(diǎn)或用途而被定制。例如，生物標(biāo) 記組和公式可以用于評(píng)定受試者的一級(jí)預(yù)防和診斷以及二級(jí)預(yù)防和管理。對(duì)于初步評(píng)定， 這些組和公式可以用于病癥的預(yù)測(cè)和風(fēng)險(xiǎn)分層、糖尿病病癥的診斷、血糖水平和變化速率 的預(yù)測(cè)以及未來診斷的指示。對(duì)于二級(jí)預(yù)防和管理，這些組和公式可以用于糖尿病并發(fā)癥 的預(yù)測(cè)和風(fēng)險(xiǎn)分層。這些組和公式可以用于臨床決策支持，例如確定是否推遲到下一次就 診的干預(yù)、是否推薦常規(guī)的預(yù)防性檢查、是否推薦增加的就診頻率、是否推薦增加的測(cè)試以 及是否推薦治療性干預(yù)。這些組和公式對(duì)于具有糖尿病病癥的受試者中的干預(yù)可能也是有 用的，如治療選擇和反應(yīng)、治療的調(diào)整和給藥、監(jiān)測(cè)進(jìn)行中的治療效果以及在治療性干預(yù)中 變化的指示。
[0140] 本發(fā)明的疾病終點(diǎn)包括糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥。在此的組和公式 可以通過輔助診斷和/或確定糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的嚴(yán)重性和/或確定疾 病或病癥的亞類來評(píng)估疾病終點(diǎn)的當(dāng)前狀態(tài)在此的組和公式對(duì)于確定干預(yù)的未來狀態(tài)也 是有用的，例如確定用療法、干預(yù)和藥物療法的未來糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥 的預(yù)后。本發(fā)明可以被定制為特定的干預(yù)、藥物類、治療類或療法或藥物療法或它們的組 合。
[0141] 本發(fā)明的替代終點(diǎn)包括測(cè)量HBAIc、葡萄糖（I7PG和0GTT)、以及葡萄糖類(正常葡 萄糖耐量(NGT)、IGT、IFG以及T2DM)。在此的組和公式對(duì)于通過診斷空腹或不空腹的葡糖糖 類來確定替代終點(diǎn)的當(dāng)前狀態(tài)是有用的?？梢允褂迷诖说纳飿?biāo)記組來確定替代終點(diǎn)的未 來狀態(tài)，如確定未來葡萄糖組的預(yù)后。生物標(biāo)記組和公式對(duì)于確定干預(yù)的未來狀態(tài)也是有 用的，例如確定用藥物療法的未來葡萄糖組的預(yù)后。
[0142] 糖尿病病癥的并發(fā)癥終點(diǎn)包括在此的糖尿病相關(guān)病癥，如腎臟疾病、眼睛視網(wǎng)膜 病變、微血管損傷、肝損傷、截肢以及心血管并發(fā)癥。這些生物標(biāo)記組和公式可以通過輔助 診斷糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥來評(píng)估疾病終點(diǎn)的當(dāng)前狀態(tài)?？梢允褂蒙飿?biāo) 記組和公式來確定并發(fā)癥終點(diǎn)的未來狀態(tài)，例如確定未來糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相 關(guān)病癥的預(yù)后。這些組和公式對(duì)于確定干預(yù)的未來狀態(tài)也是有用的，例如確定具有治療的 未來糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥的預(yù)后。
[0143] 用于治療糖尿病前期、糖尿病或糖尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的藥劑
[0144] 本發(fā)明的生物標(biāo)記也可以用來鑒定或評(píng)定用于治療糖尿病前期、糖尿病或糖尿病 相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的藥劑。因此，本發(fā)明還提供了一種鑒定或評(píng)定用于治療糖尿 病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的藥劑的方法，該方法包括：
[0145] (i)使表達(dá)來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記的細(xì)胞與一種假定藥劑接觸;并且
[0146] (ii)將來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記在與該假定藥劑接觸之前的細(xì)胞中的 表達(dá)或水平與來自表1或表2的至少一種生物標(biāo)記在與該假定藥劑接觸之后的細(xì)胞中的表 達(dá)進(jìn)行比較；
[0147] 其中表達(dá)或水平的變化將該藥劑鑒定為用于治療糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿 病相關(guān)病癥的藥劑。
[0148] 這些細(xì)胞可以在體內(nèi)與這些假定藥劑接觸，如在動(dòng)物模型中，或者在體外接觸，如 在細(xì)胞培養(yǎng)物或細(xì)胞系中?？梢允褂糜?jì)算機(jī)驅(qū)動(dòng)的程序或軟件來比較該表達(dá)或水平。
[0149] 本發(fā)明還提供了一種治療在受試者中的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病 癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括向受試者給予有效量的被適配成改變表1或表2中 的至少一種生物標(biāo)記的表達(dá)或水平的藥劑。
[0150] 可以根據(jù)如由有適當(dāng)資格的從業(yè)者選擇的任何已知的方法來給予該藥劑。這些藥 劑可以作為包含有效量的與藥學(xué)上可接受的物質(zhì)（例如藥學(xué)上可接受的載體)混合的藥劑 的組合物的一部分而被給予。該載體材料可以是注射用水，優(yōu)選補(bǔ)充有用于向哺乳動(dòng)物給 予的常用于溶液中的其他材料。如果需要，可以包括標(biāo)準(zhǔn)的藥學(xué)上可接受的物質(zhì)，例如載 體、稀釋劑、以及賦形劑。其他示例性的組合物包括pH大約7.0到8.5的三羥甲基氨基甲烷緩 沖液，或pH大約4.0到5.5的醋酸鹽緩沖液，還可以進(jìn)一步包括山梨醇或其適合的替代物。
[0151] 可以由本領(lǐng)域的一位技術(shù)人員根據(jù)給藥途徑、遞送形式以及所希望的劑型確定該 藥劑的最優(yōu)配方。參見，例如《雷明頓藥物科學(xué)》（Remington ' s Pharmaceut i cal Sciences)，1435-1712(第 18版，A.R.Gennaro編輯，馬克出版公司（Mack Pub 1 ishing Company)，1990)。這樣的組合物可能影響物理狀態(tài)、穩(wěn)定性、體內(nèi)釋放速率以及體內(nèi)清除速 率。
[0152] 因此，在本發(fā)明還提供了一種藥劑用于制備用于治療糖尿病前期、糖尿病和/或糖 尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的用途，該藥劑被適配為改變表1或表2中的至少一種生物 標(biāo)記的表達(dá)或水平。
[0153] 優(yōu)選地，該被適配為改變表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記的表達(dá)或水平的藥劑是 一種用于治療如在此定義的糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或降低期產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn) 的藥劑。其他用于治療糖尿病前期、糖尿病和/或糖尿病相關(guān)病癥或降低其產(chǎn)生風(fēng)險(xiǎn)的藥劑 包括脂肪酶抑制劑如新利司他;合成糊精類似物如含有或不含有瘦素的醋酸普蘭林肽制 劑;鈉-葡萄糖協(xié)同轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白2抑制劑如舍格列凈、YM543、達(dá)格列凈、雙重脂肪甘油三酯脂酶 和PI3激酶活化劑如Adyvia;神經(jīng)肽Y2、Y4和Y5受體的的拮抗劑，人激素 PYY3-36合成類似物 和胰多肽;大麻素受體CB1受體拮抗劑如利莫納班、泰倫那班、CP-945，598、激素如油酰雌 酮;血清素、多巴胺以及去甲腎上腺素的抑制劑(在本領(lǐng)域中也被稱為"三單胺再攝取抑制 劑"），如特索芬辛；去甲腎上腺素以及多巴胺再攝取抑制劑，如Contrave(安非他酮加上阿 片拮抗劑納曲酮）以及Excalia(安非他酮加上抗驚厥藥唑尼沙胺）；1型111.?3羥基類固醇脫 氫酶類（1 lb-HSDl)抑制劑;皮質(zhì)醇合成抑制劑如酮康唑;糖異生抑制劑;葡糖激酶激活劑； 蛋白酪氨酸磷酸酶-1B的反義抑制劑；以及其他藥劑，像胃泌素和表皮生長因子(EGF)類似 物的注射劑如胰島新生療法(El-I .N.T.);以及倍他司汀。
[0154] 生物標(biāo)記測(cè)量
[0155] 可以使用一系列的技術(shù)中的一種或多種測(cè)量生物標(biāo)記。優(yōu)選地，以一種使受試者 變異性最小化的方式測(cè)量這些生物標(biāo)記。例如，可以在空腹?fàn)顟B(tài)下測(cè)量它們，并且最常見地 是在早晨，由于食物消耗和代謝以及晝夜變化，提供了降低水平的受試者變異性。在本發(fā)明 中，可以使用任何空腹的或基于時(shí)間的取樣程序。
[0156] 可以使用本領(lǐng)域已知的任何方法在蛋白質(zhì)水平或核酸水平上確定在此的生物標(biāo) 記的水平的實(shí)際測(cè)量。例如，在核酸水平，可以使用Northern和Southern雜交分析、以及使 用特異性識(shí)別這些序列中的一種或多種的核糖核酸酶保護(hù)測(cè)定來確定基因表達(dá)。還可以使 用基于反轉(zhuǎn)錄的PCR測(cè)定(RT-PCR)，例如，使用用于基因的差異表達(dá)序列的引物來測(cè)量生物 標(biāo)記水平。優(yōu)選地，可以在蛋白質(zhì)水平上，例如通過測(cè)量由在此描述的基因產(chǎn)物編碼的肽的 水平、或者其活性來確定生物標(biāo)記水平。這樣的方法包括，例如基于針對(duì)由這些基因編碼的 蛋白質(zhì)的抗體的免疫測(cè)定、適配體或分子印跡。
[0157] 可以以任何適合的方式檢測(cè)表1或表2中的生物標(biāo)記、多肽、肽、突變以及其多晶 型，但是典型地通過使來自受試者的樣品與結(jié)合生物標(biāo)記蛋白、多肽、突變或多晶型的一種 抗體接觸并且然后檢測(cè)反應(yīng)產(chǎn)物的存在或不存在來進(jìn)行檢測(cè)?？贵w可以是單克隆抗體、多 克隆抗體、嵌合抗體或前述抗體的一個(gè)片段，并且檢測(cè)反應(yīng)產(chǎn)物的步驟可以用任何適合的 免疫測(cè)定來進(jìn)行。
[0158] 根據(jù)本發(fā)明實(shí)施的免疫測(cè)定可以是均相測(cè)定或非均相測(cè)定。在均相測(cè)定中，免疫 反應(yīng)通常涉及針對(duì)該生物標(biāo)記的特異性抗體、標(biāo)記的分析物、以及感興趣的樣品。在該抗體 與該標(biāo)記的分析物結(jié)合后，直接或間接地改變了由該標(biāo)記產(chǎn)生的信號(hào)。該免疫反應(yīng)和其檢 測(cè)程度兩者都可以在一個(gè)均相溶液中進(jìn)行。可能被采用的免疫化學(xué)標(biāo)記包括自由基、放射 性同位素、熒光染料、酶、噬菌體、或輔酶。
[0159] 在非均相測(cè)定方法中，這些試劑通常是樣品、抗體以及用于產(chǎn)生可檢測(cè)信號(hào)的裝 置?？梢允褂靡陨纤龅臉悠?。該抗體可以被固定到支持物上，如小球(如蛋白A和蛋白G瓊 脂糖小球）、板或載玻片，并且與在液相中的被懷疑含有抗原的標(biāo)本接觸。然后將該支持物 從該液相中分離，并且采用用于產(chǎn)生這樣的信號(hào)的裝置來檢測(cè)該支持物相或該液相的可檢 測(cè)信號(hào)。這種信號(hào)與在樣品中的分析物的存在有關(guān)。用于產(chǎn)生可檢測(cè)信號(hào)的裝置包括放射 性標(biāo)記、熒光標(biāo)記或酶標(biāo)記的使用。例如，如果待檢測(cè)的抗原含有第二結(jié)合部位，則與該部 位結(jié)合的抗體可以與可檢測(cè)基團(tuán)結(jié)合并且在分離步驟之前將其添加到液相反應(yīng)溶液中。在 固相支持物上的可檢測(cè)基團(tuán)的存在指示了在該測(cè)試樣品中抗原的存在。適合的免疫測(cè)定的 實(shí)例包括寡核苷酸、免疫印跡法、免疫沉淀法、免疫熒光法、化學(xué)發(fā)光法、電化學(xué)發(fā)光(ECL) 或酶聯(lián)免疫測(cè)定。
[0160] 使用表1中的由生物標(biāo)記數(shù)據(jù)庫入口提供的序列信息，可以使用本領(lǐng)域的普通技 術(shù)人員熟知的方法檢測(cè)和測(cè)量生物標(biāo)記序列的表達(dá)(如果存在的話），如Northern印跡雜交 分析或特異性地并且優(yōu)選地定量擴(kuò)增特定核酸序列的方法。作為另一個(gè)實(shí)例，這些序列可 以用來構(gòu)建用于特異性地?cái)U(kuò)增生物標(biāo)記序列的引物，例如在基于擴(kuò)增的檢測(cè)方法中，如基 于反轉(zhuǎn)錄的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)。當(dāng)基因表達(dá)中的改變與基因擴(kuò)增、缺失、多態(tài)性或突 變相關(guān)時(shí)，可以通過比較在測(cè)試細(xì)胞群與參考細(xì)胞群中的被檢驗(yàn)的DNA或RNA序列的相對(duì)量 來進(jìn)行在測(cè)試群和參考群中的序列比較。
[0161] 還可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種方法中的一種或多種來測(cè)量生物標(biāo)記蛋 白和/或核酸代謝物，包括折射率光譜(RI)、紫外線光譜(UV)、熒光分析、放射化學(xué)分析、近 紅外光譜(近IR)、核磁共振光譜(匪R)、光散射分析(LS)、質(zhì)譜法(包括多重反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM) 質(zhì)譜法、熱解質(zhì)譜法）、比濁法、色散拉曼光譜、氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)合分析法、液相色譜質(zhì)譜聯(lián) 合分析法、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜法(MALDI-T0F)、離子噴霧光譜質(zhì)譜聯(lián)合分 析法、毛細(xì)管電泳、NMR以及IR檢測(cè)。
[0162] 當(dāng)使用質(zhì)譜法測(cè)量這些生物標(biāo)記時(shí)，它們可以通過一種肽來測(cè)量，該肽選自以下 列表：
[0163] (i)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)5-25個(gè)氨基酸的肽；
[0164] (ii)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)5-20個(gè)氨基酸的肽；
[0165] (iii)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)10-20個(gè)氨基酸的肽；
[0166] (iv)來自表1或表2的蛋白質(zhì)的一個(gè)10-15個(gè)氨基酸的肽;或者
[0167] (v)表3中的一個(gè)肽。
[0168] 試劑盒
[0169] 本發(fā)明還提供了一種生物標(biāo)記檢測(cè)試劑，例如一種對(duì)于表1或表2中的生物標(biāo)記蛋 白或表3中的肽特異的抗體，或一種通過具有同源的核酸序列特異性地識(shí)別或結(jié)合到一種 或多種編碼表1或表2中的生物標(biāo)記蛋白或表3中的肽的核酸，如寡核苷酸序列或適配體，其 與以試劑盒的形式包裝在一起的核酸的一部分互補(bǔ)。除了別的以外，該試劑盒可以在分開 的容器中含有一種核酸或一種抗體（已經(jīng)結(jié)合到固相基質(zhì)上或者與用于將它們結(jié)合到該基 質(zhì)上的試劑分開包裝）、對(duì)照制劑（陽性和/或陰性）、和/或可檢測(cè)標(biāo)記如熒光素、綠色熒光 蛋白、羅丹明、花青染料、亞歷克薩染料、螢光素酶、放射性示蹤標(biāo)記。進(jìn)行測(cè)定的說明書也 可以包括在試劑盒中。例如，測(cè)定可以是Northern雜交、夾心ELISA或蛋白質(zhì)抗體陣列的形 式。
[0170] 用于檢測(cè)本發(fā)明的生物標(biāo)記的試劑可以被固定到固體基質(zhì)（如多孔條)上以便形 成至少一個(gè)生物標(biāo)記檢測(cè)位點(diǎn)。該多孔條的測(cè)量或檢測(cè)區(qū)域可以包括多個(gè)含有抗體或核酸 的位點(diǎn)。一個(gè)測(cè)試條也可以含有用于陰性和/或陽性對(duì)照的位點(diǎn)。可替代地，對(duì)照位點(diǎn)可以 位于與測(cè)試條分開的帶上。任選地，不同的檢測(cè)位點(diǎn)可以含有不同量的固定的抗體或核酸， 如在第一檢測(cè)位點(diǎn)上的量較高而在隨后的位點(diǎn)上的量較低。在添加測(cè)試樣品后，顯示出可 檢測(cè)信號(hào)的位點(diǎn)的數(shù)目提供了存在于該樣品中的生物標(biāo)記的量的定量指示。這些檢測(cè)位點(diǎn) 可以被配置成任何適合的可檢測(cè)形狀，并且典型地呈跨過測(cè)試條的寬度的條或點(diǎn)的形狀。
[0171] 可替代地，試劑盒含有核酸基質(zhì)陣列，該核酸基質(zhì)陣列包含一個(gè)或多個(gè)核酸序列。 位于該陣列上的核酸特異性地識(shí)別一種或多種核酸序列，這種核酸序列被適配為結(jié)合編碼 表1或表2中的生物標(biāo)記的核酸序列。該基質(zhì)陣列可以在例如固體基質(zhì)或"芯片"上?？商娲?地，該基質(zhì)陣列可以是溶液陣列。
[0172] 實(shí)例
[0173] 實(shí)例1-糖尿病生物標(biāo)記的鑒定和確認(rèn)
[0174] 1.材料/方法
[0175] A.同期組群說明
[0176] A.I.弗里曼特爾糖尿病研究（1期)
[0177] 理論:本n)Sl同期組群包括1294位患有2型糖尿病的患者。選擇具有和不具有糖尿 病腎病的糖尿病受試者，以便提供顯著不同的表型展示，使得能夠在蛋白質(zhì)表達(dá)中差異最 大。
[0178] I期弗里曼特爾研究(FDS)是在來自穩(wěn)定的郵政編碼限定的120，097人的城市社區(qū) 的患者中的糖尿病護(hù)理、控制、并發(fā)癥以及花費(fèi)的縱向觀察研究。當(dāng)在1991年構(gòu)思I期時(shí)，還 很少有公開的糖尿病自然病史數(shù)據(jù)。
[0179]
[0] A. 2.弗里曼特爾糖尿病研究(2期)
[0181] 理論:FDS2同期組群招募了在弗里曼特爾地區(qū)以及其他來自FDS1同期組群數(shù)據(jù)庫 中的被臨床醫(yī)生提及的糖尿病患者。選擇具有和不具有糖尿病腎病的糖尿病受試者，以便 提供顯著不同的表型展示，使得能夠在蛋白質(zhì)表達(dá)中差異最大。
[0182] II期在2007年被構(gòu)思用于改進(jìn)的和擴(kuò)展的數(shù)據(jù)收集，以便表征在同時(shí)期的澳大利 亞的城市的糖尿病的性質(zhì)。
[0183]
[0184」A. 3.巴瑟爾頓糖尿病研艽
[0185] 理論:從一個(gè)鄉(xiāng)村社區(qū)擴(kuò)展關(guān)于糖尿病患者的信息。完善從rosi和FDS2城市研究 中獲得的信息。包括匹配的非糖尿病對(duì)照受試者。
[0186] 巴瑟爾頓健康研究是世界上運(yùn)行時(shí)間最長的流行病學(xué)研究計(jì)劃之一。自從1966 年，在西澳大利亞的西南的一個(gè)沿海社區(qū)的巴瑟爾頓城市的居民已經(jīng)參與一系列健康調(diào) 查。迄今為止，超過16,000的各年齡的男性、女性以及小孩已經(jīng)參加到調(diào)查中并且已經(jīng)為幫 助許多常見疾病和健康狀況的了解做出貢獻(xiàn)。
[0187]
[0188] B.使用iTRAQ和2D LC MALDI T0F/T0F的蛋白質(zhì)生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)
[0189] 該發(fā)現(xiàn)方法學(xué)涉及用化學(xué)方法標(biāo)記不同組(例如糖尿病腎病相對(duì)于沒有腎病的糖 尿病患者）的患者的血漿并且用質(zhì)譜法確定特定蛋白質(zhì)的存在的相對(duì)比。在分析之后具有 顯著的改變的濃度的蛋白質(zhì)指示了與其他組相比的一組患者在生物化學(xué)方面的變化。本技 術(shù)被用來測(cè)量每個(gè)樣品中的130-200種蛋白質(zhì)的相對(duì)濃度。鑒定了在組間具有顯著不同的 濃度的蛋白質(zhì)，并且選擇這些蛋白質(zhì)用于進(jìn)一步通過MRM方法學(xué)進(jìn)行檢驗(yàn)(下面的C部分）。
[0190] B.I.樣品制備
[0191] 在免疫耗竭之前使用MARS 14HPLC柱(安捷倫科技)匯集具有14種最豐富的蛋白質(zhì) 的血漿樣品(N=10或20)。使用10kDa截留自旋過濾器(賽多利斯)將免疫耗竭的樣品緩沖交 換為1M三乙基碳酸氫銨。根據(jù)iTRAQ方案(應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）將蛋白質(zhì)樣品還原、烷基化、 胰蛋白酶消化并且標(biāo)記。
[0192] B. 2.儀器分析
[0193] 在用強(qiáng)陽離子交換液相色譜(30乂)在安捷倫1100冊(cè)^：上用一種聚磺乙基柱(4.6111111 X 100mm，5ym，3()0 A)在分離之前，在一個(gè)Strata-X 33μΜ聚合物反相柱(菲羅門）上對(duì)肽脫 鹽。用OmM到400mM的線性梯度的KC1洗脫肽。將SCX組分脫鹽并加載到終極3000納米HPLC系 統(tǒng)（戴安<^18，？6口1&1。100,3以111)上并且使用？1'〇13〇1:(]^填料）機(jī)械點(diǎn)漬（1'〇13〇1:;[08。01^61')用 10 % -40 %梯度的乙腈(0.1 %甲酸)分離。在4800MALDI T0F/T0F分析儀上分析產(chǎn)生的斑點(diǎn)。
[0194] B0.3.數(shù)據(jù)分析
[0195] 使用Pr〇teinPil〇tTM2.0.1軟件(應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。使用PSPEP算 法計(jì)算錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率，該P(yáng)SPEP算法與ProteinPi lot?2.0.1-起使用，并且只接受總體錯(cuò)誤發(fā) 現(xiàn)率(FDR)〈5 %的來自來健康受試者的蛋白質(zhì)。
[0196] C.使用多重反應(yīng)檢測(cè)(MRM)確認(rèn)生物標(biāo)記候選物
[0197] 多重反應(yīng)檢測(cè)(MRM)是一種基于質(zhì)譜法的方法，用來特異性地靶向針對(duì)特征肽的 轉(zhuǎn)換(前體-片段離子對(duì)），這種肽代表整個(gè)生物標(biāo)記候選蛋白的替代物。對(duì)于每個(gè)候選物， 使用對(duì)這種蛋白質(zhì)是唯一的（當(dāng)與SwissProt人類數(shù)據(jù)庫57.1版本相比較時(shí)）一個(gè)或兩個(gè) 肽。這種高通量方法被用來確認(rèn)來自在大量的單獨(dú)的患者血漿樣品中的發(fā)現(xiàn)階段的生物標(biāo) 記(見以上B部分）。
[0198] C1.樣品制備
[0199] 制備與先前iTRAQ實(shí)驗(yàn)相同的匯集的樣品以及與先前iTRAQ池(確認(rèn)樣品）不同的 單獨(dú)的樣品（每組N = 10)。使用MARS 14HPLC免疫耗竭樣品中的14種最豐富的蛋白質(zhì)。用 10kDa截留自旋過濾器緩沖交換免疫耗竭的樣品。將蛋白質(zhì)樣品還原、烷基化、胰蛋白酶消 化并且脫鹽。另外，用 18〇標(biāo)記一種血漿參照樣品（健康個(gè)體的集合)并且最后在LC-MRM/MS分 析之前摻入每個(gè)同期組群樣品中（1:1)。
[0200] C. 2.將生物標(biāo)記列表翻譯為MRM轉(zhuǎn)換列表
[0201] 通過一系列的步驟產(chǎn)生預(yù)備MRM轉(zhuǎn)換列表，這些步驟包括下載蛋白序列、結(jié)合過濾 器在電腦中消化蛋白質(zhì)（例如，7-21個(gè)氨基酸，漏切率0)，以及選擇每個(gè)肽的最少4個(gè)轉(zhuǎn)變 (通常前體帶電z2,產(chǎn)物帶電zl)。關(guān)于來自文獻(xiàn)和資料檔案庫(PeptideAtlas，MRMaid)的蛋 白質(zhì)特異性肽(proteotypic peptide)的有用信息同樣被結(jié)合，并且轉(zhuǎn)換的選擇由波譜庫 (138、見31\6?1、8訃1丨〇3?6〇)支持。一種被稱為31^1丨116的開源軟件(1&1(^〇88研究室，華盛 頓大學(xué)，西雅圖，華盛頓，美國）被用來產(chǎn)生并改進(jìn)MRM轉(zhuǎn)換以及用于分析MRM轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)。 [0202]將lyg的血漿消化物的等分部分直接加載到納米柱上(戴安C18，PepMap100 ,3ym)， 并且用100分鐘梯度的2%-30%的乙腈(0.1%甲酸)將肽洗脫到裝備有一個(gè)納升電噴霧電 離源的4000Qtrap中。每次運(yùn)行最多需要200次MRM，停留時(shí)間20毫秒，一個(gè)循環(huán)5秒。分析這 些運(yùn)行（即刪除沒有合理的轉(zhuǎn)換的肽），并且使改進(jìn)的這些肽和轉(zhuǎn)換的列表經(jīng)受MRM觸發(fā)的 MS/MS實(shí)驗(yàn)，以便確認(rèn)肽分配。由于低豐度蛋白的肽分配是一個(gè)沒有標(biāo)準(zhǔn)的相當(dāng)挑戰(zhàn)性的工 作，產(chǎn)物離子掃描(EPI)設(shè)置不同，例如，掃描速率（1000-4000)，LIT填充時(shí)間（20-300毫 秒）。選擇每個(gè)肽中兩個(gè)最強(qiáng)烈的轉(zhuǎn)換用于確認(rèn)，并且當(dāng)一個(gè)轉(zhuǎn)換超過閾值lOOOcps時(shí)被發(fā) 送，用于MS/MS(質(zhì)量范圍200-1200)。每次運(yùn)行使用總共40次MRM，停留時(shí)間20毫秒，并且一 個(gè)循環(huán)約7秒。使用MASCOT針對(duì)具有人類分類學(xué)過濾器(human taxonomy filter)的當(dāng)前 SwissProt數(shù)據(jù)庫來搜索獲得的MS/MS。鑒定的肽與MRM數(shù)據(jù)相匹配(肽序列、保留時(shí)間）。最 后，測(cè)試這些確認(rèn)的肽與MRM 180標(biāo)記方法一起使用的適合性。每個(gè)同期組群研究的最終轉(zhuǎn) 換列表由每種候選蛋白質(zhì)(參見表1)的1-2個(gè)肽(參見表3)以及每個(gè)肽3個(gè)轉(zhuǎn)換組成。如果可 能，排除對(duì)候選蛋白非獨(dú)特性的肽序列以及具有氨基酸M、W、N末端Q或E等的肽。
[0203]表 3
[0206]
[0207] C. 3.儀器分析
[0208] 復(fù)原所有的樣品并且在LC-MRM/MS分析之前以1:1摻入180標(biāo)記的參考血漿(健康個(gè) 體的集合），以便校正這些輪之間的噴霧效率和電離差異。每個(gè)樣品一式兩份地直接注射到 納米柱上(戴安(：18辦?1^100,3以111)，并且用100分鐘梯度的2%-30%的乙腈(0.1%甲酸） 將肽洗脫到裝備有納升電噴霧電離源的4000Qtrap中。針對(duì)所有的數(shù)據(jù)采集使用預(yù)定的MRM 選項(xiàng)，具有4秒的目標(biāo)掃描時(shí)間（跨過一個(gè)峰至少8個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)）和6-8分鐘的MRM檢測(cè)窗口，最 少產(chǎn)生50-60毫秒的停留時(shí)間。
[0209] C. 4.數(shù)據(jù)分析
[0210] 整合所有的轉(zhuǎn)換，并且針對(duì)每個(gè)肽(加權(quán)的)計(jì)算未標(biāo)記的肽的區(qū)域與標(biāo)記的肽的 區(qū)域的比率?；诘鞍踪|(zhì)的不變組，針對(duì)基于群體的差異，將比率歸一化。最后，將針對(duì)非參 數(shù)數(shù)據(jù)的曼-懷二氏(Mann-Whitney)檢驗(yàn)應(yīng)用于該歸一化的比率，并且計(jì)算p值，該p值定義 了在兩個(gè)受試者組(例如健康組與患病組)之間的顯著差異性表達(dá)的蛋白質(zhì)。
[0211] 針對(duì)一些列的標(biāo)記(單變量的和多變量的），還繪制了敏感性、或真陽性率與假陽 性率(相對(duì)操作特征曲線）。使用多個(gè)統(tǒng)計(jì)轉(zhuǎn)換來提高效能，包括自然對(duì)數(shù)(ln)、倒數(shù)(inv) 和平方根（V)。
[0212] 2.結(jié)果
[0213] D.生物標(biāo)記
[0214] D1.用于糖尿病患者中的糖尿病腎病的生物標(biāo)記
[0215] 圖1中的表顯示了來自巴瑟爾頓和弗里曼特爾糖尿病研究兩者中關(guān)于在所有患有 糖尿病的受試者中糖尿病腎病的存在的生物標(biāo)記蛋白數(shù)據(jù)。解決的問題是'用于糖尿病患 者中的糖尿病腎病的生物標(biāo)記是什么？'
[0216] 圖1中的表格的結(jié)果作為盒須圖展示在圖2(研究FDS1)、圖3(研究FDS2)以及圖4 (研究BDS)中。對(duì)于每個(gè)生物標(biāo)記候選物，通過MRM測(cè)量了每種蛋白質(zhì)的一個(gè)到兩個(gè)特征肽。 (左盒形圖：糖尿病組;右盒形圖：具有嚴(yán)重腎病的糖尿病組;X軸:蛋白質(zhì)/肽;y軸:相對(duì)豐度 比）。
[0217] 表4-表8中的R0C數(shù)據(jù)進(jìn)一步展示了生物標(biāo)記可以被用作糖尿病腎病的診斷。
[0218] 表4單變量分析
[0219]
[0224] 表7多變量分析(模型n)S2)
[0225]
[0228] D2.患有腎病的糖尿病患者與健康患者的生物標(biāo)記
[0229] 圖5中的表格描述了發(fā)現(xiàn)的患有糖尿病腎病的患者與沒有糖尿病的健康對(duì)照組的 生物標(biāo)記。這些數(shù)據(jù)源于巴瑟爾頓研究。
[0230] 將顯而易見的是，在不背離本發(fā)明的精神和范圍下，可以提供各種變更和等同形 式。這包括在所附權(quán)利要求書的范圍之內(nèi)的修改連同所有修改、可替代構(gòu)建物和等同物。
[0231] 在本說明書中，特定特征的存在并不排除另外的特征的存在。術(shù)語"包括" (comprising)、"包含"（including)以及"具有"（having)應(yīng)當(dāng)被解釋為包含在內(nèi)而不是一 種排除意義。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 用于獲得涉及來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記的測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的裝置在 制備用于針對(duì)腎臟疾病評(píng)定所述受試者的測(cè)試系統(tǒng)中的用途，其中所述至少一種生物標(biāo)記 選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表。2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其中所述至少一種生物標(biāo)記是表1或表2中的生物標(biāo)記 的至少二個(gè)、三個(gè)或四個(gè)。3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其中所述至少一種生物標(biāo)記是CD5抗原樣蛋白、補(bǔ)體Clq 子成分亞基B、胰島素樣生長因子-結(jié)合蛋白3、補(bǔ)體因子Η相關(guān)蛋白2或載脂蛋白A-IV的至少 一個(gè)。4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其中用于獲得測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的所述裝置包括質(zhì)譜儀。5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其中用于獲得測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的所述裝置包括用于進(jìn)行 免疫測(cè)定的裝置。6. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其中所述樣品包括血液樣品。7. -種測(cè)試系統(tǒng)，所述測(cè)試系統(tǒng)包括： (i) 用于獲得代表來自受試者的樣品中的至少一種生物標(biāo)記的水平的測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的 裝置，所述至少一種生物標(biāo)記選自表1或表2中的生物標(biāo)記列表；以及 (ii) 用于處理在步驟(i)中產(chǎn)生的所述測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)以確定所述受試者產(chǎn)生腎臟疾病 的風(fēng)險(xiǎn)或確定所述受試者是否患有腎臟疾病的裝置。8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的測(cè)試系統(tǒng)，所述測(cè)試系統(tǒng)還包括用于報(bào)告所述確定的裝置。9. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的測(cè)試系統(tǒng)，所述測(cè)試系統(tǒng)包括質(zhì)譜儀。10. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的測(cè)試系統(tǒng)，所述測(cè)試系統(tǒng)包括用于進(jìn)行免疫測(cè)定的裝置。11. 一種用于監(jiān)測(cè)應(yīng)用于受試者的腎臟疾病的治療或干預(yù)的測(cè)試系統(tǒng)，所述測(cè)試系統(tǒng) 包括： (i) 用于獲得代表來自所述受試者的樣品中的表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記的水平 的測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)的裝置;以及 (ii) 用于處理在步驟(i)中產(chǎn)生的所述測(cè)試結(jié)果數(shù)據(jù)以確定所述治療或干預(yù)的效果的 裝置。12. 表1或表2中的至少一種生物標(biāo)記作為針對(duì)腎臟疾病的藥物靶標(biāo)的用途。
【文檔編號(hào)】C12Q1/28GK105974123SQ201610302678
【公開日】2016年9月28日
【申請(qǐng)日】2011年9月20日
【發(fā)明人】托馬斯·斯托爾, 斯科特·伯林根斯, 凱耶·溫菲爾德, 塔米·凱西, 溫迪·戴維斯, 柯爾斯頓·彼得斯, 蒂莫西·戴維斯, 理查德·利普斯科姆
【申請(qǐng)人】普羅蒂阿米克斯國際有限公司, 西澳大利亞大學(xué)