專(zhuān)利名稱(chēng)：用于預(yù)測(cè)未觀察到的表型(pup)的方法和組合物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本披露主題涉及分子遺傳學(xué)和植物育種。在一些實(shí)施方案中,本披露主題涉及使用跨不同的繁殖種群的全基因組標(biāo)記來(lái)預(yù)測(cè)針對(duì)數(shù)量性狀的未觀察到的表型的方法。背景植物育種的目標(biāo)是將不同的所希望的性狀結(jié)合在一個(gè)單株植物中。對(duì)于大田作物如玉米，這些性狀可以包括更高的產(chǎn)量以及更好的農(nóng)藝品質(zhì)。然而，影響產(chǎn)量以及農(nóng)藝品質(zhì)的基因座并不總是已知的，并且即便是已知的，他們對(duì)此類(lèi)性狀的作用常常是不清楚的。然而，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)，所希望的基因座可以被選擇為育種計(jì)劃的一部分，以便產(chǎn)生攜帶所希望的性狀的植物。產(chǎn)生此類(lèi)植物的示例性的方法包括將來(lái)自具有所希望的遺傳信息的植物的核酸序列通過(guò)基因滲入轉(zhuǎn)移到植物中，而不是通過(guò)使用傳統(tǒng)的育種技術(shù)使這些植物雜父。使用標(biāo)記輔助選擇(MAS)或標(biāo)記輔助育種(MAB)可以將所希望的基因座基因滲入到市售的植物品種中。MAS以及MAB包括使用一種或多種分子標(biāo)記來(lái)鑒定和選擇含有一個(gè)或多個(gè)編碼所希望的性狀的基因座的那些植物。這種鑒定和選擇可以基于與所希望的性狀相關(guān)聯(lián)的信息標(biāo)記的選擇。然而，即使在這些性狀是已知的并且攜帶這些性狀的適合的親本植物是可得的情況下，產(chǎn)生具有所希望的與這些性狀相關(guān)聯(lián)的基因座的組合的子代植物可能是一個(gè)漫長(zhǎng)并且昂貴的過(guò)程。典型地，需要大量的可能非常耗時(shí)的育種計(jì)劃來(lái)產(chǎn)生子代植物，必須單獨(dú)測(cè)試每種子代植物是否存在感興趣的一種或多種性狀。這常常也需要允許這些植物生長(zhǎng)至成熟，因?yàn)榕c幼苗相反，許多(如果不是農(nóng)業(yè)上最重要的)性狀是通過(guò)成熟植物顯示的性狀。那么，所需要的是用于遺傳上以及表型上分析這些植物以及用于采用所獲得的信息來(lái)產(chǎn)生具有感興趣的性狀的植物的新穎的方法和組合物。概述本概述列出了本披露主題的若干實(shí)施方案，并且在許多情況下列出了這些實(shí)施方案的變化和排列。本概述對(duì)于眾多的并且不同的實(shí)施方案的只是示例性的。給出的實(shí)施方案的一個(gè)或多個(gè)代表性特征的提及同樣是示例性的。不論是否在該概述中列出，這樣一個(gè)實(shí)施方案典型地可以具有或者不具有這個(gè)或這些特征的存在；同樣，可以將那些特征應(yīng)用于本披露主題的其他實(shí)施方案。為了避免過(guò)多的重復(fù)，本概述沒(méi)有列出或提出這些特征的所有可能的組合。本披露主題提供了用于預(yù)測(cè)在預(yù)測(cè)種群的植物中的表型的方法。在一些實(shí)施方案中，這些方法包括(a)確定在一個(gè)基因分型的并且表型分型的參比種群中針對(duì)一種表型的多個(gè)標(biāo)記的標(biāo)記效應(yīng)，其中該參比種群包括(i) 一個(gè)F2代，該F2代是通過(guò)將兩個(gè)親本植物雜交以產(chǎn)生一個(gè)F1代并且然后使F1代互交、回交、和/或自交，和/或從F1形成一個(gè)雙單倍體而產(chǎn)生的；和/或(ii) 一個(gè)F3或后續(xù)代，其中該F3或后續(xù)代是通過(guò)使F2代和/或一個(gè)后續(xù)代互交、回交、自交，和/或從其中產(chǎn)生多個(gè)雙單倍體而產(chǎn)生的；(b)對(duì)一個(gè)預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物針對(duì)該多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因分型，其中該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一株都是兩個(gè)親本的一個(gè)后代并且每一個(gè)親本與被用來(lái)產(chǎn)生該參比種群的這兩個(gè)親本植物中的至少一個(gè)具有至少80%的遺傳一致性；(c)基于步驟(b)的基因分型，針對(duì)該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一株對(duì)在步驟(a)中所確定的這些標(biāo)記效應(yīng)進(jìn)行求和；并且(d)基于來(lái)自步驟(C)的這些標(biāo)記效應(yīng)之和來(lái)預(yù)測(cè)在該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物的一種表型。在一些實(shí)施方案中，該參比種群包括多個(gè)通過(guò)產(chǎn)生來(lái)自F2代的雙單倍體而產(chǎn)生的F3或者后面的世代的成員。在一些實(shí)施方案中，參比種群是一個(gè)包括多個(gè)成員的參比網(wǎng)絡(luò)，是通過(guò)以下步驟產(chǎn)生的(i)選擇多個(gè)不同的親本品系；(ii)使該多個(gè)不同的親本品系雜交以產(chǎn)生多個(gè)F1代；(iii)使該每個(gè)F1代的成員互交或回交以產(chǎn)生多個(gè)相異的F2代，并且任選地逐一地或 順序地使該多個(gè)相異的F2代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生相異的F3代、以及任選的后續(xù)代；(iv)匯集相異的F2、F3、或后續(xù)代的一些或者所有成員以產(chǎn)生該參比網(wǎng)絡(luò)，其中該參比網(wǎng)絡(luò)的每個(gè)成員的基因組源于兩個(gè)不同的親本品系。在一些實(shí)施方案中，該參比網(wǎng)絡(luò)包括源于少于所有可能的在該多個(gè)不同的親本品系之間的雜交的植物。在一些實(shí)施方案中，該預(yù)測(cè)種群的植物是在該多個(gè)不同的親本品系的兩個(gè)成員之間雜交的一個(gè)F2或后續(xù)代，這些不同的親本品系不包含在該參比網(wǎng)絡(luò)之內(nèi)。在一些實(shí)施方案中，該參比網(wǎng)絡(luò)包括源于所有可能的在該多個(gè)不同的親本品系之間的雜交的植物。在一些實(shí)施方案中，該預(yù)測(cè)種群的植物是在兩個(gè)親本之間雜交的一個(gè)F2或后續(xù)代，這兩個(gè)親本中的每一個(gè)與該多個(gè)不同的親本品系之一具有至少80%的遺傳一致性，該多個(gè)不同的親本品系被用來(lái)產(chǎn)生該參比網(wǎng)絡(luò)。在一些實(shí)施方案中，該參比種群包括至少50個(gè)成員，任選地至少100個(gè)成員，任選地至少150個(gè)成員，并且進(jìn)一步任選地至少200個(gè)成員。在一些實(shí)施方案中，該參比種群的每個(gè)成員，該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株，或者兩者都是近交植物或雙單倍體。在本披露方法的一些實(shí)施方案中，該確定步驟包括通過(guò)嶺回歸-最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(RR-BLUP ;麥威森(Meuwissen)等人，2001)來(lái)估算針對(duì)多個(gè)標(biāo)記的每一個(gè)的標(biāo)記效應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，該多個(gè)標(biāo)記足以覆蓋該參比種群的植物的基因組，使得在每一個(gè)染色體上的相鄰標(biāo)記之間的平均間隔小于大約10cM，任選地小于大約5cM，任選地小于大約2cM，并且進(jìn)一步任選地小于大約lcM。在本披露方法的一些實(shí)施方案中，該基因分型的步驟包括將一株或多株植物(如種子)基因分型，將從生長(zhǎng)的一株或多株植物上獲得的葉組織基因分型，或其組合。在本披露方法的一些實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)步驟(d)包括采用一個(gè)如在方程式(4)中
所提出的用于RR-BLUP的線性模型mYi+其中(i) Ji是品系i的表型BLUP，μ是總平均值，Zij是針對(duì)品系i的基因型的標(biāo)記j，gj是標(biāo)記j的效應(yīng)，并且ei是服從e1、(0，σ e2)的殘差；(ii)假定μ是固定效應(yīng)并且假定gj是服從正態(tài)分布g」、(0，σ gJ2)的隨機(jī)效應(yīng);(iii)假定每個(gè)標(biāo)記具有一個(gè)相等的遺傳方差，該遺傳方差由方程式(4a)表示
權(quán)利要求
1.一種用于預(yù)測(cè)在一個(gè)預(yù)測(cè)種群中的植物的表型的方法，該方法包括 (a)確定在一個(gè)基因分型的并且表型分型的參比種群中針對(duì)一種表型的多個(gè)標(biāo)記的標(biāo)記效應(yīng)，其中該參比種群包括 (i) 一個(gè)F2代，該F2代是通過(guò)使兩個(gè)親本植物雜交以產(chǎn)生一個(gè)F1代并且然后使F1代互交、回交、和/或自交，和/或從F1形成一個(gè)雙單倍體而產(chǎn)生的；和/或 ( ) 一個(gè)F3或后續(xù)代，其中該F3或后續(xù)代是通過(guò)使F2代和/或一個(gè)后續(xù)代互交、回交、自交，和/或從其中產(chǎn)生多個(gè)雙單倍體而產(chǎn)生的； (b)對(duì)一個(gè)預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物針對(duì)該多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因分型，其中該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一個(gè)都是兩個(gè)親本的一個(gè)后代并且每一個(gè)親本與被用來(lái)產(chǎn)生該參比種群的這兩個(gè)親本植物中的至少一個(gè)具有至少80%的遺傳一致性； (c)基于步驟(b)的基因分型，針對(duì)該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一株對(duì)在步驟(a)中所確定的這些標(biāo)記效應(yīng)進(jìn)行求和；并且 (d)基于來(lái)自步驟(C)的這些標(biāo)記效應(yīng)之和來(lái)預(yù)測(cè)在該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物的一種表型。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該參比種群包括多個(gè)通過(guò)產(chǎn)生來(lái)自F2代的雙單倍體而產(chǎn)生的F3或者后面的世代的成員。
3.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該參比種群是一個(gè)包括多個(gè)成員的參比網(wǎng)絡(luò)，是通過(guò)以下步驟產(chǎn)生的 (i)選擇多個(gè)不同的親本品系； ( )使該多個(gè)不同的親本品系雜交以產(chǎn)生多個(gè)F1代； (iii)使每個(gè)F1代的成員互交或回交以產(chǎn)生多個(gè)相異的F2代，并且任選地逐一地或順序地使該多個(gè)相異的F2代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生相異的F3代、以及任選的后續(xù)代； (iv)匯集相異的F2、F3、或后續(xù)代的一些或者所有成員以產(chǎn)生該參比網(wǎng)絡(luò)，其中該參比網(wǎng)絡(luò)的每個(gè)成員的基因組源于兩個(gè)不同的親本品系。
4.如權(quán)利要求3所述的方法，其中該參比網(wǎng)絡(luò)包括源于少于所有可能的在該多個(gè)不同的親本品系之間的雜交的植物。
5.如權(quán)利要求4所述的方法，其中該預(yù)測(cè)種群的植物是在該多個(gè)不同的親本品系的兩個(gè)成員之間雜交的一個(gè)F2或后續(xù)代，這些不同的親本品系不包含在該參比網(wǎng)絡(luò)之內(nèi)。
6.如權(quán)利要求3所述的方法，其中該參比網(wǎng)絡(luò)包括源于所有可能的在該多個(gè)不同的親本品系之間的雜交的植物。
7.如權(quán)利要求6所述的方法，其中該預(yù)測(cè)種群的植物是在兩個(gè)親本之間雜交的一個(gè)F2或后續(xù)代，這兩個(gè)親本中的每一個(gè)與該多個(gè)不同的親本品系之一具有至少80%的遺傳一致性，該多個(gè)不同的親本品系被用來(lái)產(chǎn)生該參比網(wǎng)絡(luò)。
8.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該參比種群包括至少50個(gè)成員，任選地至少100個(gè)成員，任選地至少150個(gè)成員，并且進(jìn)一步任選地至少200個(gè)成員。
9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該確定步驟包括通過(guò)嶺回歸-最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(RR-BLUP )來(lái)估算針對(duì)多個(gè)標(biāo)記的每一個(gè)的標(biāo)記效應(yīng)。
10.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該多個(gè)標(biāo)記足以覆蓋該參比種群的植物的基因組，使得在每一個(gè)染色體上的相鄰標(biāo)記之間的平均間隔小于大約IOcM,任選地小于大約5cM，任選地小于大約2cM，并且進(jìn)一步任選地小于大約lcM。
11.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該參比種群的每個(gè)成員，該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株，或者兩者都是近交植物或雙單倍體。
12.如權(quán)利要求1所述的方法，其中該基因分型的步驟包括將一株或多株植物(如種子)基因分型，將從生長(zhǎng)的一株或多株植物上獲得的葉組織基因分型，或其組合。
13.如權(quán)利要求12所述的方法，進(jìn)一步包括當(dāng)一株或多株植物正在在溫室中生長(zhǎng)時(shí)從該一株或多株植物上分離葉組織。
14.如權(quán)利要求1所述的方法，其中通過(guò)計(jì)算在這些親本的每一個(gè)與被用來(lái)產(chǎn)生該參比種群的這兩個(gè)親本植物中的至少一個(gè)之間共享的、預(yù)先選擇的標(biāo)記的百分比來(lái)確定在每一個(gè)親本與被用來(lái)產(chǎn)生該參比種群的兩個(gè)親本植物中的至少一個(gè)之間的遺傳一致性。
15.如權(quán)利要求1所述的方法，其中預(yù)測(cè)步驟(d)包括采用一個(gè)如在方程式(4)中所提出的用于嶺回歸-最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(RR-BLUP)的線性模型
16.如權(quán)利要求15所述的方法，其中該預(yù)測(cè)步驟(d)是由適當(dāng)程序化的計(jì)算機(jī)執(zhí)行的。
17.如權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括選擇被預(yù)測(cè)具有感興趣的表型的預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的一株或多株。
18.如權(quán)利要求17所述的方法，其中該選擇考慮了若干感興趣的性狀，并且針對(duì)該預(yù)測(cè)種群中的個(gè)體計(jì)算了多性狀選擇指數(shù)。
19.如權(quán)利要求18所述的方法，其中使用方程式(6)計(jì)算了在該預(yù)測(cè)種群中的子代個(gè)體的多性狀選擇指數(shù)
20.如權(quán)利要求19所述的方法，其中該多性狀選擇指數(shù)計(jì)算是由適當(dāng)程序化的計(jì)算機(jī)執(zhí)行的。
21.如權(quán)利要求16所述的方法，進(jìn)一步包括在組織培養(yǎng)中或者通過(guò)種植使被預(yù)測(cè)具有感興趣的表型的預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的一株或多株生長(zhǎng)。
22.一種用于預(yù)測(cè)在一個(gè)預(yù)測(cè)種群中的植物的表型的方法，該方法包括 (a)確定在基因分型以及表型分型的參比種群中針對(duì)多個(gè)標(biāo)記的標(biāo)記效應(yīng)，其中該參比種群包括一個(gè)連鎖不平衡(LD)組； (b)將該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物針對(duì)多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因分型，其中該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物中的每一株是兩個(gè)親本的一個(gè)后代，每一個(gè)親本具有與該參比種群的一個(gè)成員至少80%的遺傳一致性； (c)基于步驟(b)中的基因分型，針對(duì)該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株對(duì)標(biāo)記效應(yīng)進(jìn)行求和； (d)基于步驟(C)中的標(biāo)記效應(yīng)之和，預(yù)測(cè)該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的表型。
23.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株是通過(guò)使參比種群的兩個(gè)成員雜交產(chǎn)生的F1代植物或者是使來(lái)自F1代植物單或多互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體而產(chǎn)生的F2或后續(xù)代植物或者其任何后續(xù)代。
24.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該預(yù)測(cè)種群的植物的每一個(gè)是通過(guò)使兩個(gè)親本植物雜交產(chǎn)生的F1代植物，每一個(gè)親本植物具有與該參比種群的一個(gè)成員至少80%的遺傳一致性。
25.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該參比種群包括至少50個(gè)成員，任選地至少100個(gè)成員，任選地至少150個(gè)成員，任選地至少200個(gè)成員，并且進(jìn)一步任選地至少250個(gè)成員。
26.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該確定步驟包括通過(guò)嶺回歸-最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(RR-BLUP )來(lái)計(jì)算針對(duì)多個(gè)標(biāo)記的每一個(gè)的標(biāo)記效應(yīng)。
27.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該多個(gè)標(biāo)記足以覆蓋該參比種群的植物的基因組，使得在每一個(gè)染色體上的相鄰標(biāo)記之間的平均間隔小于大約lcM，任選地小于大約O.5cM，并且任選地小于大約O.1cM0
28.如權(quán)利要求22所述的方法，其中該參比種群的每個(gè)成員、該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株、或者兩者都是近交植物或雙單倍體。
29.如權(quán)利要求22所述的方法，進(jìn)一步包括使用通過(guò)結(jié)合交叉驗(yàn)證、單標(biāo)記回歸以及RR-BLUP的方法確定的預(yù)先選擇的顯著性水平來(lái)鑒定一個(gè)核心集的標(biāo)記，并且采用在求和步驟(c)中的該核心集的標(biāo)記。
30.如權(quán)利要求22所述的方法，進(jìn)一步包括選擇被預(yù)測(cè)具有感興趣的表型的預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的一株或多株并且在組織培養(yǎng)中或者通過(guò)種植使其繁殖。
31.一種用于產(chǎn)生具有感興趣的表型的植物的方法，該方法包括 (a)確定在基因分型以及表型分型的參比種群中的針對(duì)多個(gè)標(biāo)記的標(biāo)記效應(yīng)，其中該參比種群包括 (i) 一個(gè)F2代，該F2代是通過(guò)將兩個(gè)親本植物雜交以產(chǎn)生一個(gè)Fl代并且然后使該F1代互交、回交和/或自交而產(chǎn)生的；和/或 ( ) 一個(gè)F3代或后續(xù)代，其中該F3或后續(xù)代是通過(guò)使F2代和/或后續(xù)代互交、回交和/或自交；和/或從其產(chǎn)生雙單倍體而產(chǎn)生的；和/或 (iii)包括多個(gè)成員的參比網(wǎng)絡(luò)，該參比網(wǎng)絡(luò)通過(guò)以下產(chǎn)生的 (1)選擇多個(gè)不同的親本品系； (2)使該多個(gè)不同的親本品系雜交以產(chǎn)生多個(gè)F1代； (3)使每一個(gè)F1代互交、回交和/或自交；和/或從F1形成雙單倍體以產(chǎn)生多個(gè)相異的F2代，并且任選地逐一地或順序地使該多個(gè)相異的F2代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生相異的F3代以及任選的后續(xù)代； (4)匯集該相異的F2、F3、或后續(xù)代的一些或者所有成員以產(chǎn)生該參比網(wǎng)絡(luò)，其中該參比網(wǎng)絡(luò)的每個(gè)成員的基因組源于兩個(gè)親本品系；和/或 (iv)一個(gè)連鎖不平衡(LD)組； (b)將預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物針對(duì)多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因分型，其中該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物中的每一株是兩個(gè)親本的一個(gè)后代，每一個(gè)親本與包括或在此被采用以產(chǎn)生該參比種群的兩個(gè)植物中的至少一個(gè)具有至少80%的遺傳一致性； (c)基于步驟(b)中確定的基因型，針對(duì)該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株對(duì)標(biāo)記效應(yīng)進(jìn)行求和，從而產(chǎn)生該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的每一株的基因評(píng)分； (d)基于步驟(C)中產(chǎn)生的基因評(píng)分，預(yù)測(cè)該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的表型； (e)基于該預(yù)測(cè)步驟，選擇被預(yù)測(cè)具有感興趣的表型的該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物的一株或多株，并且 (f)使所選擇的該預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物生長(zhǎng)， 其中產(chǎn)生了具有感興趣的表型的植物。
32.如權(quán)利要求31所述的方法，其中該選擇步驟包括選擇具有超過(guò)預(yù)先選擇的閾值的基因評(píng)分的該預(yù)測(cè)種群的那些植物。
33.一種用于估算在一個(gè)第一與第二種群之間的遺傳相似性的方法，該方法包括 (a)提供一個(gè)第一與第二種群，其中 (i)該第一種群包括作為F2或后續(xù)世代的子代的個(gè)體，它們是通過(guò)使一個(gè)第一親本與一個(gè)第二親本雜交以產(chǎn)生一個(gè)第一 F1代，并且然后使該第一 F1代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生F2代，并且任選地，進(jìn)一步使該F2代以及任何后續(xù)世代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生該第一種群而產(chǎn)生的；并且 ( )該第二種群包括作為F2或后續(xù)世代的子代的個(gè)體，它們是通過(guò)使一個(gè)第三親本與一個(gè)第四親本雜交以產(chǎn)生一個(gè)第二 F1代，并且然后使該第二 F1代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生F2代，并且任選地，進(jìn)一步使該F2代以及任何后續(xù)世代互交、回交、自交和/或從其產(chǎn)生雙單倍體以產(chǎn)生該第二種群而產(chǎn)生的； (b)將該第一、第二、第三以及第四親本針對(duì)多個(gè)預(yù)定的標(biāo)記進(jìn)行基因分型； (c)計(jì)算第一、第二、第三以及第四遺傳相似性的百分比，其中 (i)該第一遺傳相似性的百分比是跨越相對(duì)于該第三親本的該第一親本的所有預(yù)定標(biāo)記的共享的等位基因的百分比； ( )該第二遺傳相似性的百分比是跨越相對(duì)于該第四親本的該第一親本的所有預(yù)定標(biāo)記的共享的等位基因的百分比； (iii)該第三遺傳相似性的百分比是跨越相對(duì)于該第三親本的該第二親本的所有預(yù)定標(biāo)記的共享的等位基因的百分比；并且 (iv)該第四遺傳相似性的百分比是跨越相對(duì)于該第四親本的該第二親本的所有預(yù)定標(biāo)記的共享的等位基因的百分比； (d)確定一個(gè)第一遺傳相似性的平均百分比，包括該第一遺傳相似性的百分比以及該第三遺傳相似性的百分比的遺傳相似性的平均百分比； (e)確定一個(gè)第二遺傳相似性的平均百分比，包括該第二遺傳相似性的百分比以及該第四遺傳相似性的百分比的遺傳相似性的平均百分比；并且 (f)選擇該第一遺傳相似性的平均百分比以及該第二遺傳相似性的平均百分比的較大者，其中這兩個(gè)遺傳相似性的平均百分比的較大者提供了在第一與第二種群之間的遺傳相似性的估算。
34.如權(quán)利要求33所述的方法，其中該第一種群與第二種群分別由通過(guò)使該第一F1種群以及該第二 F1種群的Fp F2以及F3個(gè)體自交產(chǎn)生的F4子代組成。
35.如權(quán)利要求33所述的方法，其中該多個(gè)預(yù)定的標(biāo)記基本上跨越了該第一與第二種群的整個(gè)基因組。
全文摘要
在此提供了用于預(yù)測(cè)未觀察到的表型的多種方法。在一些實(shí)施方案中，這些方法包括(a)確定在一個(gè)基因分型的并且表型分型的參比種群中針對(duì)一種表型的多個(gè)標(biāo)記的標(biāo)記效應(yīng)，其中該參比種群包括一個(gè)F2代、一個(gè)F3代、或一個(gè)后續(xù)代；(b)對(duì)一個(gè)預(yù)測(cè)種群的一株或多株植物針對(duì)該多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行基因分型，其中該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一株都是兩個(gè)親本的一個(gè)后代并且每一個(gè)親本與被用來(lái)產(chǎn)生該參比種群的這兩個(gè)親本植物中的至少一個(gè)具有至少80%的遺傳一致性；(c)基于步驟(b)的基因分型，針對(duì)該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物中的每一株對(duì)在步驟(a)中所確定的這些標(biāo)記效應(yīng)進(jìn)行求和；以及(d)基于來(lái)自步驟(c)的這些標(biāo)記效應(yīng)之和來(lái)預(yù)測(cè)在該預(yù)測(cè)種群中的一株或多株植物的一種表型。在此還提供了用于產(chǎn)生具有一種感興趣的表型的植物的方法、以及用于估算在種群之間的遺傳相似性的方法。
文檔編號(hào)G06F19/14GK103026361SQ201180036467
公開(kāi)日2013年4月3日 申請(qǐng)日期2011年6月2日 優(yōu)先權(quán)日2010年6月3日
發(fā)明者郭志剛, V.K.基肖爾 申請(qǐng)人:先正達(dá)參股股份有限公司