1.一種用于定量分析藥物干預(yù)前后生物分子網(wǎng)絡(luò)中模塊變化的方法,所述方法包括以下步驟:
(1)以節(jié)點數(shù)目≥3為標(biāo)準(zhǔn),分別對藥物干預(yù)前和藥物干預(yù)后的生物分子網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模塊識別,以獲得藥物干預(yù)前的生物分子網(wǎng)絡(luò)的一組模塊和藥物干預(yù)后的生物分子網(wǎng)絡(luò)的一組模塊;
(2)將經(jīng)步驟(1)識別的藥物干預(yù)后的生物分子網(wǎng)絡(luò)的一組模塊與藥物干預(yù)前的生物分子網(wǎng)絡(luò)的一組模塊相匹配,確定一個或多個變化模塊對;
(3)對于經(jīng)步驟(2)獲得的一個或多個變化模塊對,采用整體綜合指標(biāo)k值對模塊變化程度進(jìn)行量化,其中,整體綜合指標(biāo)k值由描述不同維度的拓?fù)鋮?shù)及其權(quán)值計算得到,計算公式如下:
所述公式中n為選擇的拓?fù)鋮?shù)的個數(shù),i為1至n的整數(shù),ai為模塊組中藥物干預(yù)前的模塊的第i個拓?fù)鋮?shù)的空間向量特征,bi為模塊組中藥物干預(yù)后的模塊的第i個拓?fù)鋮?shù)的空間向量特征,di為第i個拓?fù)鋮?shù)的空間向量特征在藥物干預(yù)前后的距離,wi為每個拓?fù)鋮?shù)的權(quán)值。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟(1)中,所述生物分子網(wǎng)絡(luò)為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)、基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、生物代謝網(wǎng)絡(luò)、表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)、表型網(wǎng)絡(luò)、信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)等;
優(yōu)選地,所述生物分子網(wǎng)絡(luò)為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)或基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述步驟(1)中進(jìn)行模塊識別的方法選自下述中的一種或多種:MCODE、MCL、CFinder、CPM、SPC、G-N algorithm、ModuLand、WGCNA、DME、MINE、SVD等;
優(yōu)選地,進(jìn)行模塊識別的方法為MCODE或WGCNA。
4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項所述的方法,其特征在于,所述步驟(3)中,所述拓?fù)鋮?shù)選自下述中的一種或多種:節(jié)點(重疊/非重疊)、邊(重疊/非重疊)、特征路徑長度、平均鄰居節(jié)點、密度、中心性、異質(zhì)性、聚集系數(shù)、拓?fù)湎禂?shù)、介數(shù)中心性、接近中心性、壓力中心性、最短路徑、邊權(quán)重、連接度。
5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項所述的方法,其特征在于,所述步驟(3)中,n≥5,優(yōu)選n≥8,更優(yōu)選n≥10。
6.根據(jù)權(quán)利要求1至5中任一項所述的方法,其特征在于,所述步驟(3)中,用層次分析法、特爾斐法法、因子分析權(quán)數(shù)法、信息量權(quán)數(shù)法、主成分分析法、熵權(quán)法、優(yōu)序圖法、標(biāo)準(zhǔn)離差法等確定權(quán)值;
優(yōu)選地,用分層次分析法確定權(quán)值。
7.一種用于鑒定藥物干預(yù)前后生物分子網(wǎng)絡(luò)中有效變化模塊對的方法,所述方法包括以下步驟:
(A)執(zhí)行上述方法的步驟(1)至步驟(3),以獲得表示模塊變化程度的整體綜合指標(biāo)k值;
(B)采用非有效藥物的物質(zhì)替換步驟(1)中的藥物,重復(fù)上述方法的步驟(1)至步驟(3),以獲得一個或多個變化模塊對中表示模塊變化程度的整體綜合指標(biāo)k值,選擇最大k值作為閾值;
(C)將步驟(A)中獲得的k值與步驟(B)中獲得的閾值相比較,如果k值≥閾值,則將具有所述k值的變化模塊對鑒定為有效變化模塊對。