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圖像自適應(yīng)的生理上可信的顏色分離的制作方法_3

文檔序號(hào):9529285閱讀:來源:國(guó)知局
塊117基于來自每一個(gè)模塊111-116的結(jié)果來迭代地調(diào)節(jié)數(shù)據(jù)庫(kù)118中的 輸入或初始參考矢量。另外,每一個(gè)模塊的結(jié)果可W被組合W生成質(zhì)量度量。例如,結(jié)構(gòu) 確定模塊可W指示結(jié)構(gòu)的不可信的組合,導(dǎo)致質(zhì)量的負(fù)面指示或較低質(zhì)量度量??商鎿Q地 或此外,在由處理器125執(zhí)行的解混過程之后,經(jīng)解混的染色劑特定圖像的互相關(guān)可能導(dǎo) 致較低質(zhì)量度量。模塊之間的任何沖突,諸如提供在每一個(gè)染色劑特定通道中個(gè)體可信的 結(jié)果但其中結(jié)果在不同染色劑特定通道之間沖突的解混過程,類似地指示低質(zhì)量結(jié)果。例 如,可能已知的是,兩個(gè)染色劑對(duì)于手頭上的組織類型而言相互排斥,使得相同位置中運(yùn)些 染色劑的高濃度不是可信的。所得到的質(zhì)量度量可W觸發(fā)初始參考矢量在其捜索空間或所 允許的范圍內(nèi)的調(diào)節(jié)W及重復(fù)的解混過程。經(jīng)解混的結(jié)果可W再次由每一個(gè)模塊評(píng)價(jià),其 中結(jié)果用于生成新的質(zhì)量度量??蒞將質(zhì)量度量與針對(duì)理想化驗(yàn)物的已知質(zhì)量度量進(jìn)行比 較,并且當(dāng)確定質(zhì)量度量充分接近于理想化驗(yàn)物時(shí),調(diào)節(jié)模塊117可W停止調(diào)節(jié)參考矢量, 并指示經(jīng)解混的信號(hào)接近于理想。多種優(yōu)化策略(例如單純形下降優(yōu)化策略(即,通過自動(dòng) 調(diào)節(jié)參考矢量并迭代地檢查所得到的質(zhì)量度量最大化質(zhì)量度量的策略))可W被采用W便 W增加質(zhì)量度量的方式調(diào)節(jié)參考矢量。數(shù)據(jù)庫(kù)118可W利用與特定化驗(yàn)物信息相關(guān)聯(lián)的字 段中的新的經(jīng)優(yōu)化的參考矢量而更新。另外,該操作序列可W由方法迭代地執(zhí)行,如圖2中 所示。
[0027] 另外,質(zhì)量確定可W特定于用戶查詢。例如,用戶輸入可W將解混或結(jié)構(gòu)確定過程 隔離于捜索特定顏色通道中的單元,或者,可W提交請(qǐng)求特定結(jié)構(gòu)的質(zhì)量的查詢。結(jié)構(gòu)確定 和解混模塊可W處理服從查詢要求的圖像數(shù)據(jù),并且調(diào)節(jié)模塊117生成適當(dāng)?shù)馁|(zhì)量度量。 可W在定義參考矢量可被改變多少和可在哪個(gè)方向上被改變的針對(duì)每一個(gè)參考矢量的捜 索空間內(nèi)調(diào)節(jié)參考矢量。捜索空間可W是預(yù)定義且固定的??蒞收集和分析具有來自不同 圖像的已知參考矢量的訓(xùn)練數(shù)據(jù)W提供初始或缺省參考矢量,連同用于定義捜索空間的參 考矢量的所允許的改變的范圍。在一些示例性實(shí)施例中,主成分分析(即,將訓(xùn)練數(shù)據(jù)的均 值識(shí)別為針對(duì)參考矢量和方向(諸如本征矢量)W及距離(諸如本征值)的初始值的分析,其 中運(yùn)些在優(yōu)化期間可W被修改)可W用于根據(jù)訓(xùn)練示例確定有效捜索空間。
[0028] 另外,諸如調(diào)節(jié)經(jīng)解混的圖像數(shù)據(jù)中的染色劑濃度的最小值或最大值之類的其它 改善操作可W被應(yīng)用W突出顯示特定范圍并消除該范圍外的信號(hào)??蒞調(diào)節(jié)由信號(hào)的經(jīng)解 混的集合產(chǎn)生的圖像W用于對(duì)照來查看更加動(dòng)態(tài)的范圍。例如,在光譜解混之后獲得的數(shù) 據(jù)在其動(dòng)態(tài)范圍方面可能具有不足的分辨率,并且因此,亮度或?qū)Ρ榷日{(diào)節(jié)(其人為地增加 了針對(duì)經(jīng)解混的通道的圖像內(nèi)容的動(dòng)態(tài)范圍)可W使得在視覺上更容易感知到經(jīng)解混的通 道在圖像中的不同像素處有多強(qiáng)。運(yùn)樣的調(diào)節(jié)使得能夠研究來自經(jīng)解混的通道的輸出并改 進(jìn)圖像理解??蒞執(zhí)行其它成像操作,其中在計(jì)算機(jī)120的顯示器上描繪任何所得到的圖 像W及用于執(zhí)行和操縱存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器110中的模塊的接口。
[0029] 如W上所描述的,模塊包括由處理器125執(zhí)行的邏輯。如本文中和遍及本公開內(nèi) 容所使用的,"邏輯"是指具有可被應(yīng)用W影響處理器的操作的指令信號(hào)和/或數(shù)據(jù)的形式 的任何信息。軟件是運(yùn)樣的邏輯的一個(gè)示例。處理器的示例是計(jì)算機(jī)處理器(處理單元)、 微處理器、數(shù)字信號(hào)處理器、控制器和微控制器等。邏輯可W由存儲(chǔ)在諸如存儲(chǔ)器110之類 的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上的信號(hào)形成,所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)在示例性實(shí)施例中可W是隨機(jī)存取 存儲(chǔ)器(RAM)、只讀存儲(chǔ)器(ROM)、可擦除/電可擦除可編程只讀存儲(chǔ)器(EPR0M/EEPR0M)、閃 速存儲(chǔ)器等。邏輯還可W包括數(shù)字和/或模擬硬件電路,例如包括邏輯AND(與)、0R(或)、 X0R(異或)、NAND(與非)、N0R(或非)和其它邏輯運(yùn)算的硬件電路。邏輯可W由軟件和硬 件的組合形成。在網(wǎng)絡(luò)上,邏輯可W在服務(wù)器或服務(wù)器的綜合體上被編程。特定邏輯單元 不限于網(wǎng)絡(luò)上的單個(gè)邏輯位置。
[0030] 圖2示出根據(jù)本題述公開內(nèi)容的示例性實(shí)施例的用于優(yōu)化參考矢量的方法。圖2 的方法可W由與圖1中所描繪的那些計(jì)算機(jī)執(zhí)行模塊類似的計(jì)算機(jī)執(zhí)行模塊執(zhí)行。該方法 W從包括掃描儀或光譜相機(jī)或者與其相關(guān)聯(lián)的諸如源101之類的源或者可捕獲一頻率范 圍處的圖像內(nèi)容的任何源接收樣本的圖像(S230)而開始。樣本可W借助于由相機(jī)捕獲的 圖像W及由例如光源光照的包含一個(gè)或多個(gè)不同巧光團(tuán)或色原染色劑的染色劑的應(yīng)用而 染色,如W上所描述的那樣。將圖像供應(yīng)到執(zhí)行存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器上的邏輯指令W用于執(zhí)行示 例性方法中所描述的操作的計(jì)算機(jī)。
[0031] 化驗(yàn)物信息包括圖像數(shù)據(jù)W及附加化驗(yàn)物信息。圖像數(shù)據(jù)包括由如W上詳述的源 在具有不同波長(zhǎng)范圍的多個(gè)通道中檢測(cè)的多個(gè)顏色通道。提取圖像數(shù)據(jù)連同附加化驗(yàn)物信 息并且將其提供給解混模塊W進(jìn)行解混(S231),W便獲得由圖像數(shù)據(jù)包括的分量信號(hào)或染 色劑特定矢量。解混利用基于化驗(yàn)物信息從參考數(shù)據(jù)庫(kù)219檢索的已知參考光譜/矢量。 在其它實(shí)施例中,可W在解混之前迭代地優(yōu)化參考矢量。例如,在解混之前,可W針對(duì)總體 圖像、針對(duì)圖像中的區(qū)、或各個(gè)像素調(diào)用強(qiáng)度確定(S233)W確定最優(yōu)參考光譜。染色劑強(qiáng)度 確定(S233)可W被簡(jiǎn)單地從圖像數(shù)據(jù)所包括的顏色矢量執(zhí)行,而不需要任何特定化驗(yàn)物信 息。在給定來自S233的針對(duì)圖像、圖像中的區(qū)或像素的染色劑強(qiáng)度的情況下,可W選擇與 染色劑強(qiáng)度相關(guān)聯(lián)的參考矢量的預(yù)定義或經(jīng)調(diào)節(jié)的集合(S241)W用于對(duì)圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行解 混。強(qiáng)度確定(S233)的結(jié)果可W用于確定(例如,通過使參考矢量移位W更接近地對(duì)應(yīng)于 實(shí)際強(qiáng)度值)新的參考光譜(S241),或者該方法可W進(jìn)行到負(fù)抑制和背景確定(S235)。識(shí) 別由解混過程產(chǎn)生的任何負(fù)矢量,并且做出解混結(jié)果具有由于不正確的參考矢量所致的較 低質(zhì)量的確定。
[0032] 再一次,該方法可W進(jìn)行到自動(dòng)調(diào)節(jié)質(zhì)量度量W指示運(yùn)樣的解剖學(xué)或物理上的不 可信性,選擇經(jīng)調(diào)節(jié)或經(jīng)優(yōu)化的參考矢量(S241)W再次對(duì)混合物進(jìn)行解混,或者該方法可 W進(jìn)行到生理上可信的結(jié)構(gòu)的確定(S237)。該步驟識(shí)別圖像數(shù)據(jù)內(nèi)的結(jié)構(gòu),例如通過解析 圖像數(shù)據(jù)或經(jīng)解混的結(jié)果W辨別特定大小、形狀或顏色的結(jié)構(gòu)。感興趣的結(jié)構(gòu)可W由用戶 輸入到系統(tǒng)中,或者從化驗(yàn)物信息提取??蒞使運(yùn)些結(jié)構(gòu)與存儲(chǔ)在染色劑數(shù)據(jù)庫(kù)221中的 染色劑和結(jié)構(gòu)的已知組合相關(guān)W識(shí)別和消除已知或明顯的不可信性。例如,可能已知的是, 兩個(gè)特定標(biāo)記物不能夠在某個(gè)樣本材料中共存或者僅能夠出現(xiàn)在已知形狀和大小的結(jié)構(gòu) 中??蒞通過最小化或消除不一致或不現(xiàn)實(shí)的信號(hào)來辨別和計(jì)及運(yùn)樣的"不可能"。例如, RGB明場(chǎng)圖像提供針對(duì)利用藍(lán)色染料、棟色染料和紅色染料而染色的化驗(yàn)物的紅色、綠色和 藍(lán)色強(qiáng)度。當(dāng)針對(duì)每一種染料或染色劑對(duì)通道進(jìn)行解混時(shí),可W通過使經(jīng)解混的結(jié)果與關(guān) 于化驗(yàn)物而已知的信息相關(guān)來確定結(jié)構(gòu)的存在。基于例如小圓細(xì)胞利用棟色染料而染色、 沒有特定形狀的較大細(xì)胞(諸如巨隧細(xì)胞)利用紅色染料而染色并且背景和所有細(xì)胞核被 染色成藍(lán)色運(yùn)一知識(shí),指示被著色成紅色的小圓結(jié)構(gòu)的任何信號(hào)是生理上不可信性。類似 地,任何大棟色區(qū)是不可信的,因?yàn)槠洳慌c在化驗(yàn)物信息中所標(biāo)識(shí)的關(guān)于特定染色劑/結(jié) 構(gòu)組合而已知的內(nèi)容相關(guān)。
[0033] 因此,圖像的質(zhì)量受到損害,從而觸發(fā)對(duì)用于對(duì)圖像進(jìn)行解混的參考矢量的調(diào)節(jié) (S241)或除相關(guān)步驟的所有結(jié)果外還影響質(zhì)量度量(S239)。質(zhì)量度量可W附加地比較解 混結(jié)果的質(zhì)量與在給定化驗(yàn)物類型的情況下的已知或理想結(jié)果,并且,做出是要調(diào)節(jié)參考 矢量(S241)并重復(fù)過程還是要在質(zhì)量可接受的情況下結(jié)束循環(huán)的確定??蒞基于預(yù)定義 的闊值來確定可接受的質(zhì)量。當(dāng)確定結(jié)果質(zhì)量良好或者所得到的矢量在生理上可信時(shí),可 W調(diào)節(jié)針對(duì)矢量的捜索空間(S240)W包括可接受的質(zhì)量度量,并且將該捜索空間存儲(chǔ)在與 參考矢量數(shù)據(jù)庫(kù)219相關(guān)聯(lián)的空間數(shù)據(jù)庫(kù)222中。如果質(zhì)量度量不可接受或者處于闊值W 下,則可W在定義參考矢量可被改變多少和可在哪個(gè)方向上被改變的針對(duì)每一個(gè)參考矢量 的捜索空間內(nèi)調(diào)節(jié)參考矢量(S241)。
[0034] 運(yùn)些步驟可W被迭代地執(zhí)行,其中,調(diào)節(jié)數(shù)據(jù)庫(kù)219中的初始參考矢量,并且對(duì)圖 像數(shù)據(jù)進(jìn)行解混(S231),并且生成新的質(zhì)量度量,直到確定質(zhì)量度量充分接近于理想化驗(yàn) 物或者確定不可能有進(jìn)一步的改進(jìn)。當(dāng)確定最優(yōu)質(zhì)量時(shí),該方法可W基于化驗(yàn)物信息調(diào)節(jié) 針對(duì)矢量的捜索空間(S240)W包括或突出顯示當(dāng)前配置。捜索空間可W隨對(duì)圖像數(shù)據(jù)的 每一個(gè)應(yīng)用而動(dòng)態(tài)地?cái)U(kuò)張或收縮,從而使得能夠連續(xù)地訓(xùn)練系統(tǒng)。
[0035] 圖3A和3B示出根據(jù)本題述公開內(nèi)容的示例性實(shí)施例的光學(xué)密度空間中的參考矢 量的調(diào)節(jié)。在將本題述公開內(nèi)容應(yīng)用于明場(chǎng)圖像時(shí)使用光學(xué)密度空間。光學(xué)密度是與在透 射成像中所吸收的光的量相對(duì)應(yīng)的染色劑或顏色的性質(zhì)。對(duì)于巧光圖像,該空間被稱為參 考矢量空間并反映由掃描儀獲取的不同波長(zhǎng)范圍中的巧光團(tuán)或量子點(diǎn)的發(fā)射。如本文所描 述的,可W基于化驗(yàn)物信息來在預(yù)定義的捜索空間內(nèi)調(diào)節(jié)
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