生物樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)及對(duì)樣本進(jìn)行管理的方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及生物信息學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及生物樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)及樣本管理方法。
【背景技術(shù)】
[0002]近年來(lái)隨著人類(lèi)基因組計(jì)劃的完成，生命科學(xué)基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)等得以飛速發(fā)展，基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組等一系列組學(xué)研究也不斷涌現(xiàn)重大突破成果。生物樣本庫(kù)成為支撐基礎(chǔ)科學(xué)研究乃至形成醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)的關(guān)鍵要素。生物樣本庫(kù)，又稱(chēng)生物銀行，主要是指標(biāo)準(zhǔn)化收集、處理、儲(chǔ)存和應(yīng)用健康和疾病生物體的生物大分子、細(xì)胞、組織和器官等樣本(包括人體器官組織、全血、血漿、血清、生物體液或經(jīng)處理過(guò)的生物樣本(DNA、RNA、蛋白等)以及與這些生物樣本相關(guān)的臨床、病理、治療、隨訪、知情同意等資料及其質(zhì)量控制、信息管理與應(yīng)用系統(tǒng)。
[0003]鑒于生命科學(xué)和生物技術(shù)的發(fā)展依賴(lài)于所能支配及使用的生物資源，國(guó)家基因庫(kù)與國(guó)內(nèi)多家科研單位、高校、醫(yī)院等建立廣泛的戰(zhàn)略合作關(guān)系，由于樣本類(lèi)型、收集來(lái)源、收集地點(diǎn)、收集方式復(fù)雜多樣的特點(diǎn)，將形成一個(gè)由多項(xiàng)目、多樣本類(lèi)型、多種儲(chǔ)存規(guī)格、多分庫(kù)組成的綜合性大型樣本庫(kù)。對(duì)于這樣大型綜合性樣本庫(kù)而言，其管理更需規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化，除建立一套標(biāo)準(zhǔn)化操作流程外，還需開(kāi)發(fā)一套服務(wù)于大型生物樣本庫(kù)的信息化管理系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)操作全過(guò)程的信息化，為后續(xù)的臨床和科研管理提供重要的支持。
[0004]然而，目前生物樣本庫(kù)管理軟件的開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)多以一個(gè)項(xiàng)目/科室的需求編寫(xiě)，通常每個(gè)科室或者項(xiàng)目單獨(dú)使用一套軟件，現(xiàn)有的樣本管理軟件難以滿足多項(xiàng)目/多科室綜合性樣本庫(kù)需求。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本發(fā)明提供一種針對(duì)大型綜合性樣本庫(kù)的信息化管理系統(tǒng)及方法。
[0006]根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提供一種生物樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)，包括:項(xiàng)目相關(guān)部分，用于記錄對(duì)開(kāi)展樣本管理項(xiàng)目的立項(xiàng)、項(xiàng)目進(jìn)度與任務(wù)、編碼的管理；設(shè)備相關(guān)部分，用于對(duì)樣本的采集、包裝運(yùn)輸及保存過(guò)程中涉及的設(shè)備進(jìn)行監(jiān)控和管理；信息相關(guān)部分，用于記錄從立項(xiàng)到樣本整個(gè)流向過(guò)程中涉及的信息。
[0007]根據(jù)本發(fā)明的第二方面，本發(fā)明提供一種對(duì)樣本進(jìn)行管理的方法，包括:使用數(shù)據(jù)導(dǎo)入導(dǎo)出模塊或數(shù)據(jù)采集器實(shí)現(xiàn)樣本數(shù)據(jù)的導(dǎo)入及導(dǎo)出，或者使用數(shù)據(jù)采集器實(shí)現(xiàn)樣本數(shù)據(jù)的采集；使用如上所述的系統(tǒng)對(duì)樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行管理。
[0008]本發(fā)明的有益效果是:結(jié)合國(guó)家基因庫(kù)這類(lèi)大型綜合性樣本庫(kù)的多項(xiàng)目、多樣本類(lèi)型、多種儲(chǔ)存規(guī)格、多分庫(kù)的特點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)對(duì)樣本從采集、處理、運(yùn)輸、出入庫(kù)過(guò)程及在庫(kù)的全過(guò)程監(jiān)控和管理。
【附圖說(shuō)明】
[0009]為了更清楚地說(shuō)明本發(fā)明實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對(duì)實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡(jiǎn)單地介紹，其中:
圖1為本發(fā)明一種實(shí)施例的樣本管理方法的流程示意圖；
圖2為本發(fā)明一種實(shí)施例的樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)的功能模塊組成示意圖；
圖3為監(jiān)控系統(tǒng)模塊的構(gòu)成及其工作流程圖；
圖4為現(xiàn)場(chǎng)取材模塊工作流程圖；
圖5為物品管理模塊工作流程圖；
圖6為信息查詢與統(tǒng)計(jì)模塊的功能示意圖；
圖7為日志記錄模塊的流程示意圖；
圖8為編碼管理模塊示意圖；
圖9為項(xiàng)目管理模塊示意圖；
圖10為項(xiàng)目信息管理模塊示意圖；
圖11為自動(dòng)化管理模塊示意圖。
【具體實(shí)施方式】
[0010]一個(gè)完善的生物樣本庫(kù)，除了能夠收集、儲(chǔ)存高質(zhì)量的、具有科研價(jià)值的生物樣本和相應(yīng)的儲(chǔ)存設(shè)施、設(shè)備外，也需要一個(gè)科學(xué)、有效的管理系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)生物樣本入庫(kù)和出庫(kù)有序化，能夠快速定位、查找目標(biāo)生物樣本，記錄生物樣本的每一步操作，實(shí)現(xiàn)每一個(gè)生物樣本相關(guān)信息的統(tǒng)一、有效的管理，最大限度的方便和滿足樣本庫(kù)建設(shè)和經(jīng)營(yíng)過(guò)程中涉及到的倫理、與客戶的業(yè)務(wù)交流、科研需求等工作。
[0011]本發(fā)明結(jié)合國(guó)家基因庫(kù)這類(lèi)大型綜合性樣本庫(kù)的多項(xiàng)目、多樣本類(lèi)型、多種儲(chǔ)存規(guī)格、多分庫(kù)的特點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)對(duì)樣本從采集、處理、運(yùn)輸、出入庫(kù)過(guò)程及在庫(kù)的全過(guò)程監(jiān)控和管理，同時(shí)跟蹤樣本來(lái)源及樣本的科研去向，包含與聯(lián)盟醫(yī)院其它現(xiàn)有信息化系統(tǒng)對(duì)接，以及個(gè)體相關(guān)數(shù)據(jù)同步的功能。
[0012]下面通過(guò)【具體實(shí)施方式】結(jié)合附圖對(duì)本發(fā)明作進(jìn)一步詳細(xì)說(shuō)明。
[0013][實(shí)施例1]
根據(jù)本發(fā)明的一種實(shí)施例的覆蓋樣本生命周期的樣本管理方法，如圖1所示，具體包括以下過(guò)程①~⑩。
[0014]過(guò)程①:樣本采集。在該過(guò)程中，可以通過(guò)移動(dòng)式數(shù)據(jù)采集器記錄樣本開(kāi)始采集的時(shí)間、采集時(shí)長(zhǎng)、結(jié)束采集的時(shí)間、環(huán)境溫度、采集的樣本暫存存到冰箱或其它條件儲(chǔ)存裝備的時(shí)間、操作者等信息。
[0015]過(guò)程②:樣本前處理。該過(guò)程是對(duì)樣本進(jìn)行必要的分割、分裝和處理，以使樣本滿足儲(chǔ)存和將來(lái)使用的質(zhì)量要求。在該過(guò)程可以記錄樣本前處理的時(shí)間、處理方法、處理結(jié)果、操作者等信息。
[0016]過(guò)程③:樣本的包裝和運(yùn)輸。在該過(guò)程，按要求嚴(yán)格包裝好待運(yùn)輸?shù)臉颖静⑻詈孟嚓P(guān)的表格表單，運(yùn)輸過(guò)程中在運(yùn)輸設(shè)備中加入足夠的干冰等冷凍劑、溫度記錄儀等?？梢杂涗洏颖景b的時(shí)間、包裝條件、操作者、物流情況等信息?？梢詫?duì)運(yùn)輸過(guò)程全程監(jiān)控。
[0017]過(guò)程④:樣本接收。樣本包裹到達(dá)樣本庫(kù)，樣本庫(kù)工作人員簽收樣本，打開(kāi)包裹，記錄箱內(nèi)信息，檢查樣本是否有異常，若無(wú)異常，打印標(biāo)簽，做入庫(kù)準(zhǔn)備；若有異常，生成異常報(bào)告并發(fā)送到客戶，根據(jù)樣本庫(kù)的判斷及客戶要求決定是否繼續(xù)入庫(kù)保存?？梢杂涗浵聵颖景暮炇諘r(shí)間、簽收人、拆包裹時(shí)間、操作者及樣本信息等。
[0018]過(guò)程⑤:進(jìn)行樣本核對(duì)、整理，做入庫(kù)準(zhǔn)備。根據(jù)樣本類(lèi)型和數(shù)量進(jìn)行核對(duì)，確定樣本管、樣本盒和儲(chǔ)存條件(室溫、4 V冰箱、-20 V冰箱、-80 V冰箱、液氮等)，確定儲(chǔ)存位置。
[0019]過(guò)程⑥:掃描入庫(kù)。根據(jù)確定的樣本盒和儲(chǔ)存位置，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建儲(chǔ)存盒，將樣本掃描入庫(kù)儲(chǔ)存于系統(tǒng)創(chuàng)建的樣本盒相應(yīng)的位置。管理系統(tǒng)記錄操作者、操作時(shí)間及操作結(jié)果(樣本儲(chǔ)存位置)。樣本入庫(kù)后，若一切正常，管理系統(tǒng)回復(fù)客戶正常入庫(kù)報(bào)告，若發(fā)生異常，根據(jù)異常的情況發(fā)送異常報(bào)告給客戶，結(jié)合樣本庫(kù)的判斷并征求客戶的意見(jiàn)決定是否對(duì)該樣本繼續(xù)儲(chǔ)存。樣本入庫(kù)情況及其報(bào)告(正常報(bào)告/異常報(bào)告)可以作為樣本信息儲(chǔ)存于管理系統(tǒng)中。
[0020]過(guò)程⑦:樣本移庫(kù)。根據(jù)樣本庫(kù)統(tǒng)籌整理或其他情況需要將樣本移庫(kù)的，在樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)中創(chuàng)建移庫(kù)任務(wù)，任務(wù)通過(guò)后進(jìn)行移庫(kù)操作。移庫(kù)時(shí)間、操作者、移庫(kù)后樣本儲(chǔ)存的位置信息儲(chǔ)存于系統(tǒng)中。
[0021]過(guò)程⑧:樣本出庫(kù)。樣本進(jìn)行科研或其他使用時(shí)，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建出庫(kù)申請(qǐng)，可以在申請(qǐng)單中表明樣本是否返還，若返還，則表明是否需要保留原儲(chǔ)存位點(diǎn))，若審批不同意，則結(jié)束操作；若審批通過(guò)，則生成出庫(kù)任務(wù)單，進(jìn)行出庫(kù)操作。審批過(guò)程、出庫(kù)時(shí)間、操作者等信息儲(chǔ)存于管理系統(tǒng)中。
[0022]過(guò)程⑨:樣本返還。樣本使用后有剩余并需要返還，進(jìn)行出庫(kù)的樣本返還操作。首先，在管理系統(tǒng)中創(chuàng)建出庫(kù)樣本返還申請(qǐng)，生成樣本返還任務(wù)單，確定儲(chǔ)存位置，若有保留原儲(chǔ)存位的，儲(chǔ)存位置為原儲(chǔ)存位置，進(jìn)行入庫(kù)操作。樣本返還任務(wù)單申請(qǐng)者、樣本返還操作者、操作時(shí)間及返還后的儲(chǔ)存位等信息儲(chǔ)存于管理系統(tǒng)中。
[0023]過(guò)程⑩:樣本銷(xiāo)毀。該操作適用于在接收樣本、樣本掃描入庫(kù)時(shí)不再有儲(chǔ)存意義的樣本或發(fā)生異常情況且客戶選擇銷(xiāo)毀的樣本，儲(chǔ)存于樣本庫(kù)的樣本因儲(chǔ)存時(shí)間已到或其他原因需要銷(xiāo)毀的樣本。異常的樣本銷(xiāo)毀:對(duì)確定銷(xiāo)毀的樣本進(jìn)行銷(xiāo)毀操作，記錄其銷(xiāo)毀的原因、銷(xiāo)毀時(shí)間、操作者。儲(chǔ)存于樣本庫(kù)的樣本銷(xiāo)毀:在樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)中創(chuàng)建銷(xiāo)毀申請(qǐng)，審批若不通過(guò)，即結(jié)束操作；審批通過(guò)則生成銷(xiāo)毀任務(wù)單，出庫(kù)，銷(xiāo)毀，系統(tǒng)將記錄樣本銷(xiāo)毀申請(qǐng)者、申請(qǐng)時(shí)間、審批內(nèi)容及時(shí)間、出庫(kù)時(shí)間及操作者、銷(xiāo)毀時(shí)間及操作者。
[0024]上述的樣本管理方法的過(guò)程①?⑩對(duì)應(yīng)了樣本的從采集、處理、運(yùn)輸、出入庫(kù)過(guò)程及在庫(kù)等樣本整個(gè)生命周期，其對(duì)樣本及樣本信息的追蹤貫穿整個(gè)流程，從立項(xiàng)到樣本處理、入庫(kù)到出庫(kù)、銷(xiāo)毀等，適用于大型樣本庫(kù)，并可兼容小型樣本庫(kù)使用。
[0025][實(shí)施例2]
本發(fā)明一種實(shí)施例提供了一種生物樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)，其涉及開(kāi)展樣本管理時(shí)的項(xiàng)目相關(guān)部分、設(shè)備相關(guān)部分和信息相關(guān)部分。再一種實(shí)施例中管理系統(tǒng)還涉及日志記錄模塊。另一種實(shí)施例中管理系統(tǒng)還涉及權(quán)限管理模塊。又一種實(shí)施例中管理系統(tǒng)還涉及樣本流程管理模塊。其中，項(xiàng)目相關(guān)部分用于記錄對(duì)開(kāi)展樣本管理項(xiàng)目的立項(xiàng)、項(xiàng)目進(jìn)度與任務(wù)、編碼的管理；設(shè)備相關(guān)部分用于對(duì)樣本的采集、包裝運(yùn)輸及保存過(guò)程中涉及的設(shè)備進(jìn)行監(jiān)控和管理；信息相關(guān)部分用于記錄從立項(xiàng)到樣本整個(gè)流向過(guò)程中涉及的信息；日志記錄模塊用于記錄樣本入庫(kù)后的所有操作記錄；權(quán)限管理模塊，用于進(jìn)行關(guān)于用戶和資源的權(quán)限管理；樣本流程管理模塊用于跟蹤樣本整個(gè)流向過(guò)程中涉及的信息的管理。這里通過(guò)圖2所τκ的本實(shí)施例的一種較佳方案對(duì)上述各部分及模塊進(jìn)行詳細(xì)描述。
[0026]如圖2所示，生物樣本庫(kù)信息化管理系統(tǒng)10包括:監(jiān)控系統(tǒng)模塊101、權(quán)限管理模塊102、樣本取材現(xiàn)場(chǎng)模塊103、物品管理模塊104、信息查詢與統(tǒng)計(jì)模塊105、日志記錄模塊106、編碼管理模塊107、項(xiàng)目管理模塊108、項(xiàng)目信息管理模塊109、自動(dòng)化管理模塊110、文檔管理模塊111、設(shè)備信息收集模塊112、圖形化管理模塊(可視化)113、樣本流程管理模塊114、數(shù)據(jù)庫(kù)以及數(shù)據(jù)與外部數(shù)據(jù)之間導(dǎo)入和導(dǎo)出、移動(dòng)式數(shù)據(jù)采集器。各模塊間信息交互，共同實(shí)現(xiàn)樣本庫(kù)的信息化管理。
[0027]監(jiān)控系統(tǒng)模塊101包含冷鏈監(jiān)控模塊1011、環(huán)境監(jiān)控模塊1012、儲(chǔ)存單元監(jiān)控模塊1013。冷鏈監(jiān)控模塊1011配有移動(dòng)式數(shù)據(jù)采集器，能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)測(cè)、存儲(chǔ)和顯示各個(gè)冷鏈設(shè)備的溫度。當(dāng)受監(jiān)測(cè)的設(shè)備發(fā)生溫度異常時(shí)，系統(tǒng)可通過(guò)例如音樂(lè)報(bào)警、手機(jī)短信、E-mail等方式提醒值班人員及時(shí)維護(hù)。工作人員可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)直接登錄樣本信息化管