一種玉米基因定位方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于基因定位技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種玉米基因定位方法。
【背景技術(shù)】
[0002]對(duì)分子標(biāo)記圖譜的比較研究證實(shí)，玉米、高粱和甘蔗的基因組間具有大量的共線性，且高粱和甘蔗的基因組的組成更為相似，高粱和甘蔗的許多基因組區(qū)域與玉米中的2個(gè)不同區(qū)域同源。Ahn等研究表明，在RFLP標(biāo)記水平上，水稻和玉米近三分之二的基因組具有共線性。禾本科植物間，控制重要農(nóng)藝性狀的QTL也具有共線性。基于分子標(biāo)記的比較基因組學(xué)研究在宏觀水平上反應(yīng)了基因組間的相似性。而對(duì)基因區(qū)域的DNA序列分析表明，玉米、高粱和水稻均含這兩個(gè)基因，且轉(zhuǎn)錄方向相同，表現(xiàn)出序列水平上的微共線性；但在玉米中，這2個(gè)基因被140kb的片段所分開，而在高粱和水稻中，這2個(gè)基因間僅有19kb的片段。同時(shí)外顯子序列(ESTs)的同源性比內(nèi)含子序列的同源性要高得多。玉米和水稻基因組間的同源性為基于水稻的基因組信息來(lái)研究玉米基因組研究提供了理論依據(jù)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0003]本發(fā)明就是針對(duì)上述問(wèn)題，提供一種對(duì)大量的玉米ESTs在玉米連鎖群上的分布進(jìn)行準(zhǔn)確定位的玉米基因定位方法。
[0004]為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明包括以下步驟。
[0005](I)同源序列咨詢，將該序列貼入查詢框，各項(xiàng)參數(shù)按默認(rèn)值，進(jìn)行Blast咨詢；ResultsSummary表格顯示水稻數(shù)據(jù)庫(kù)中一條與咨詢序列同源的水稻序列，按照同源程度從高到低在Sequence項(xiàng)中排序,選擇Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了兩條序列具體的比對(duì)情況，點(diǎn)擊匹配序列鏈接，進(jìn)入到該序列的詳細(xì)注釋頁(yè)面。
[0006](2)展不水稻序列的注釋；即點(diǎn)擊 Chromosome、Overview> DetailedView 和BasepairView,逐步獲得更為詳細(xì)的信息；在DetailedView的Zoom梯狀圖中選擇200kb,表不顯不以匹配序列為中心的200kb范圍內(nèi)的序列；DetailedView隨后顯TK對(duì)該序列的注釋信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 項(xiàng)中的標(biāo)記有C944、C51151S、R1538和R1770，選擇與匹配序列連鎖最近的C51151S，點(diǎn)擊進(jìn)入C51151S標(biāo)記的信息界面。
[0007](3)標(biāo)記在水稻遺傳圖譜中位置的確定；選擇MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，點(diǎn)擊 viewonmap，顯示 C51151S 在所選圖譜中的位置；同時(shí)通過(guò)Opt1nsMenu中的FeatureTypes調(diào)節(jié)圖譜中所要顯示的標(biāo)記。
[0008](4)比較圖譜的繪制；在Comparativemap的下拉菜單中選擇玉米遺傳圖譜IBM2neighbors2004的所有染色體，再點(diǎn)擊Redrawmap,顯示水稻chr3和玉米染色體的對(duì)應(yīng)關(guān)系比較圖；由于共線性過(guò)于密集，可以返回上一界面，通過(guò)ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd縮小顯不范圍。
[0009]作為一種優(yōu)選方案，本發(fā)明利用玉米ESTs與水稻基因組序列進(jìn)行BLASTn，在E-value (10 5、配對(duì)長(zhǎng)度至少50bp的條件下,96條玉米ESTs在水稻染色體上找同源序列。
[0010]作為另一種優(yōu)選方案，本發(fā)明在96條與水稻序列具有同源性的ESTs中，77條ESTs在同源序列兩側(cè)各10kb區(qū)間內(nèi)，進(jìn)行共線性標(biāo)記，在玉米的第I至第10條染色體上的分布設(shè)置為17、7、17、8、17、10、8、15、5和8條。
[0011]本發(fā)明有益效果。
[0012]本發(fā)明以水稻基因組數(shù)據(jù)和已有的禾本科植物遺傳圖譜為橋梁，基于禾本科植物之間(如水稻和玉米之間)存在的分子標(biāo)記水平上的廣泛的共線性，從而對(duì)大量的玉米ESTs在玉米連鎖群上的分布進(jìn)行準(zhǔn)確定位，揭示玉米和水稻基因組之間的同源性關(guān)系，準(zhǔn)確反映基因組內(nèi)部大量微小的缺失、插入和移位。
【具體實(shí)施方式】
[0013]本發(fā)明包括以下步驟。
[0014](I)同源序列咨詢，將該序列貼入查詢框，各項(xiàng)參數(shù)按默認(rèn)值，進(jìn)行Blast咨詢；ResultsSummary表格顯示水稻數(shù)據(jù)庫(kù)中一條與咨詢序列同源的水稻序列，按照同源程度從高到低在Sequence項(xiàng)中排序,選擇Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了兩條序列具體的比對(duì)情況，點(diǎn)擊匹配序列鏈接，進(jìn)入到該序列的詳細(xì)注釋頁(yè)面。
[0015](2)展不水稻序列的注釋；即點(diǎn)擊 Chromosome、Overview、DetailedView 和BasepairView,逐步獲得更為詳細(xì)的信息；在DetailedView的Zoom梯狀圖中選擇200kb,表不顯不以匹配序列為中心的200kb范圍內(nèi)的序列；DetailedView隨后顯TK對(duì)該序列的注釋信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 項(xiàng)中的標(biāo)記有C944、C51151S、R1538和R1770，選擇與匹配序列連鎖最近的C51151S，點(diǎn)擊進(jìn)入C51151S標(biāo)記的信息界面。
[0016](3)標(biāo)記在水稻遺傳圖譜中位置的確定；選擇MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，點(diǎn)擊 viewonmap，顯示 C51151S 在所選圖譜中的位置；同時(shí)通過(guò)Opt1nsMenu中的FeatureTypes調(diào)節(jié)圖譜中所要顯示的標(biāo)記。
[0017](4)比較圖譜的繪制；在Comparativemap的下拉菜單中選擇玉米遺傳圖譜IBM2neighbors2004的所有染色體，再點(diǎn)擊Redrawmap,顯示水稻chr3和玉米染色體的對(duì)應(yīng)關(guān)系比較圖；由于共線性過(guò)于密集，可以返回上一界面，通過(guò)ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd縮小顯不范圍。
[0018]本發(fā)明利用玉米ESTs與水稻基因組序列進(jìn)行BLASTn，在E-value〈10 5、配對(duì)長(zhǎng)度至少50bp的條件下,96條玉米ESTs在水稻染色體上找同源序列。
[0019]本發(fā)明在96條與水稻序列具有同源性的ESTs中，77條ESTs在同源序列兩側(cè)各10kb區(qū)間內(nèi)，進(jìn)行共線性標(biāo)記，在玉米的第I至第10條染色體上的分布設(shè)置為17、7、17、8、17、10、8、15、5 和 8 條。
[0020]玉米和水稻間在標(biāo)記水平上具有廣泛的共線性，同時(shí)也具有序列水平上的微共線性，特別是在ESTs水平上。那么，玉米ESTs則可在Gramene網(wǎng)站的水稻基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索到同源的水稻ESTs和基因組DNA序列。由于水稻基因組序列已經(jīng)完成，因而，與玉米同源的DNA序列則可找到其在染色體的位置、所在的BAC以及與該序列緊密連鎖的分子標(biāo)記等。通過(guò)玉米和水稻的比較遺傳圖譜以及玉米和水稻間共有的標(biāo)記，進(jìn)而可以將這些標(biāo)記再定到玉米的連鎖群上。由于水稻DNA序列與這些分子標(biāo)記連鎖，玉米ESTs與水稻DNA同源，因而，通過(guò)水稻基因組數(shù)據(jù)庫(kù)作為橋梁，就可以將玉米ESTs確定在玉米某一連鎖群的片段上。
[0021 ] 以上內(nèi)容是結(jié)合具體的優(yōu)選實(shí)施方式對(duì)本發(fā)明作的進(jìn)一步詳細(xì)說(shuō)明，不能認(rèn)定本發(fā)明的具體實(shí)施只局限于這些說(shuō)明，對(duì)于本發(fā)明所屬技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員來(lái)說(shuō)，在不脫離本發(fā)明構(gòu)思的前提下，還可以做出若干簡(jiǎn)單推演或替換，都應(yīng)當(dāng)視為屬于本發(fā)明所提交的權(quán)利要求書確定的保護(hù)范圍。
【主權(quán)項(xiàng)】
1.一種玉米基因定位方法，其特征在于包括以下步驟: (O同源序列咨詢，將該序列貼入查詢框，各項(xiàng)參數(shù)按默認(rèn)值，進(jìn)行Blast咨詢；ResultsSummary表格顯示水稻數(shù)據(jù)庫(kù)中一條與咨詢序列同源的水稻序列，按照同源程度從高到低在Sequence項(xiàng)中排序,選擇Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了兩條序列具體的比對(duì)情況，點(diǎn)擊匹配序列鏈接，進(jìn)入到該序列的詳細(xì)注釋頁(yè)面； (2)展不水稻序列的注釋；即點(diǎn)擊Chromosome、Overview、DetailedView和BasepairView,逐步獲得更為詳細(xì)的信息；在DetailedView的Zoom梯狀圖中選擇200kb,表不顯不以匹配序列為中心的200kb范圍內(nèi)的序列；DetailedView隨后顯TK對(duì)該序列的注釋信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 項(xiàng)中的標(biāo)記有C944、C51151S、R1538和R1770，選擇與匹配序列連鎖最近的C51151S，點(diǎn)擊進(jìn)入C51151S標(biāo)記的信息界面； (3)標(biāo)記在水稻遺傳圖譜中位置的確定；選擇MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005,點(diǎn)擊 viewonmap，顯示 C51151S 在所選圖譜中的位置；同時(shí)通過(guò)Opt1nsMenu中的FeatureTypes調(diào)節(jié)圖譜中所要顯示的標(biāo)記； (4)比較圖譜的繪制；在Comparativemap的下拉菜單中選擇玉米遺傳圖譜IBM2neighbors2004的所有染色體，再點(diǎn)擊Redrawmap,顯示水稻chr3和玉米染色體的對(duì)應(yīng)關(guān)系比較圖；由于共線性過(guò)于密集，可以返回上一界面，通過(guò)ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd縮小顯不范圍。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述一種玉米基因定位方法，其特征在于利用玉米ESTs與水稻基因組序列進(jìn)行BLASTn,在E-value〈10 5、配對(duì)長(zhǎng)度至少50bp的條件下,96條玉米ESTs在水稻染色體上找同源序列。3.根據(jù)權(quán)利要求2所述一種玉米基因定位方法，其特征在于在96條與水稻序列具有同源性的ESTs中，77條ESTs在同源序列兩側(cè)各10kb區(qū)間內(nèi)，進(jìn)行共線性標(biāo)記，在玉米的第I至第10條染色體上的分布設(shè)置為17、7、17、8、17、10、8、15、5和8條。
【專利摘要】一種玉米基因定位方法屬于基因定位技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種玉米基因定位方法。本發(fā)明提供一種對(duì)大量的玉米ESTs在玉米連鎖群上的分布進(jìn)行準(zhǔn)確定位的玉米基因定位方法。本發(fā)明包括以下步驟：同源序列咨詢，將該序列貼入查詢框，各項(xiàng)參數(shù)按默認(rèn)值，進(jìn)行Blast咨詢；ResultsSummary表格顯示水稻數(shù)據(jù)庫(kù)中一條與咨詢序列同源的水稻序列，按照同源程度從高到低在Sequence項(xiàng)中排序，選擇Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了兩條序列具體的比對(duì)情況，點(diǎn)擊匹配序列鏈接，進(jìn)入到該序列的詳細(xì)注釋頁(yè)面。
【IPC分類】G06F19/18
【公開號(hào)】CN105631241
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201410581001
【發(fā)明人】申茂軍
【申請(qǐng)人】申茂軍
【公開日】2016年6月1日
【申請(qǐng)日】2014年10月27日