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一種檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因的基因芯片試劑盒的制作方法

文檔序號:12697579閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.用于檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因的引物對組,由如下10個引物對組成:

1)如下(a1)或(a2)所示的引物對,記為引物對1:

(a1)由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(a2)由將序列表中序列1和序列2經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(a1)中所述引物對功能相同的引物對;

2)如下(b1)或(b2)所示的引物對,記為引物對2:

(b1)由序列表中序列3和序列4所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(b2)由將序列表中序列3和序列4經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(b1)中所述引物對功能相同的引物對;

3)如下(c1)或(c2)所示的引物對,記為引物對3:

(c1)由序列表中序列5和序列6所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(c2)由將序列表中序列5和序列6經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(c1)中所述引物對功能相同的引物對;

4)如下(d1)或(d2)所示的引物對,記為引物對4:

(d1)由序列表中序列7和序列8所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(d2)由將序列表中序列7和序列8經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(d1)中所述引物對功能相同的引物對;

5)如下(e1)或(e2)所示的引物對,記為引物對5:

(e1)由序列表中序列9和序列10所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(e2)由將序列表中序列9和序列10經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(e1)中所述引物對功能相同的引物對;

6)如下(f1)或(f2)所示的引物對,記為引物對6:

(f1)由序列表中序列11和序列12所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(f2)由將序列表中序列11和序列12經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(f1)中所述引物對功能相同的引物對;

7)如下(g1)或(g2)所示的引物對,記為引物對7:

(g1)由序列表中序列13和序列14所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(g2)由將序列表中序列13和序列14經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(g1)中所述引物對功能相同的引物對;

8)如下(h1)或(h2)所示的引物對,記為引物對8:

(h1)由序列表中序列15和序列16所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(h2)由將序列表中序列15和序列16經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(h1)中所述引物對功能相同的引物對;

9)如下(i1)或(i2)所示的引物對,記為引物對9:

(i1)由序列表中序列17和序列18所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(i2)由將序列表中序列17和序列18經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(i1)中所述引物對功能相同的引物對;

10)如下(j1)或(j2)所示的引物對,記為引物對10:

(j1)由序列表中序列19和序列20所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對;

(j2)由將序列表中序列19和序列20經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的兩條單鏈DNA分子組成的,且與(j1)中所述引物對功能相同的引物對。

2.用于檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因的成套單鏈DNA,由探針組和權(quán)利要求1所述的引物對組組成;

所述探針組由如下10個單鏈DNA探針組成:序列表中序列21所示的單鏈DNA探針1;序列表中序列22所示的單鏈DNA探針2;序列表中序列23所示的單鏈DNA探針3;序列表中序列24所示的單鏈DNA探針4;序列表中序列25所示的單鏈DNA探針5;序列表中序列26所示的單鏈DNA探針6;序列表中序列27所示的單鏈DNA探針7;序列表中序列28所示的單鏈DNA探針8;序列表中序列29所示的單鏈DNA探針9;序列表中序列30所示的單鏈DNA探針10。

3.用于檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因的試劑盒,含有權(quán)利要求1所述的引物對組,以及雜交芯片;

所述雜交芯片是按照包括如下步驟的方法制備獲得的:將通式為“NH2-(T)n-雜交探針序列”的10種單鏈檢測探針分別通過氨基與醛基的反應(yīng)固定到醛基修飾化的固相載體上,獲得所述雜交芯片;所述通式中的(T)n表示n個連續(xù)的T,n為大于等于5,且小于等于30的整數(shù);所述通式中對應(yīng)于所述10種單鏈檢測探針的10種雜交探針序 列分別如序列表中序列21-30所示。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的試劑盒,其特征在于:所述試劑盒中還含有經(jīng)熒光標(biāo)記的隨機引物;所述隨機引物的序列為5’-NX-3’,N表示A、G、C和T中的任一種,6≤X≤15,且X為整數(shù),NX表示X個連續(xù)的脫氧核糖核苷酸。

5.根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的試劑盒,其特征在于:所述試劑盒中還含有雜交液;所述雜交液中含有經(jīng)熒光標(biāo)記的無關(guān)單鏈DNA分子;所述無關(guān)單鏈DNA分子為非源自于所述革蘭氏陰性細菌耐藥基因的單鏈DNA分子。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑盒,其特征在于:所述雜交芯片的制備方法還包括將表面化學(xué)質(zhì)控探針QC、和/或雜交質(zhì)控探針PC、和/或陰性對照探針BC通過氨基與醛基的反應(yīng)固定到所述醛基修飾化的固相載體上的步驟;

所述表面化學(xué)質(zhì)控探針QC、所述雜交質(zhì)控探針PC和所述陰性對照探針均為單鏈探針;

所述表面化學(xué)質(zhì)控探針QC的一端經(jīng)氨基修飾,另一端具有熒光標(biāo)記;

所述雜交質(zhì)控探針PC的一端經(jīng)氨基修飾,且能與所述雜交液中的所述無關(guān)單鏈DNA分子雜交;

所述陰性對照探針BC的一端經(jīng)氨基修飾,且與源自于所述細菌耐藥基因的任何單鏈DNA分子均不能雜交。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的試劑盒,其特征在于:所述表面化學(xué)質(zhì)控探針QC自5’端到3’端的結(jié)構(gòu)組成為“NH2-TCACTTGCTTCCGTTGAGG-Hex”;

所述雜交質(zhì)控探針PC自5’端到3’端的結(jié)構(gòu)組成為“NH2-TTTTTTTTTTTTCCTCAACGGAAGCAAGTGAT”;

所述陰性對照探針BC自5’端到3’端的結(jié)構(gòu)組成為“NH2-TTTTTTTTTTTTGTTGCTTCTGGAATGAGTTTGCT”。

8.權(quán)利要求1所述的引物對組或權(quán)利要求2所述的成套單鏈DNA或權(quán)利要求3-7中任一所述的試劑盒在如下(a)或(b)中的應(yīng)用:

(a)檢測或輔助檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因,或制備用于檢測或輔助檢測革蘭氏陰性細菌耐藥基因的產(chǎn)品;

(b)檢測或輔助檢測含有革蘭氏陰性細菌耐藥基因的細菌,或制備用于檢測或輔助檢測含有革蘭氏陰性細菌耐藥基因的細菌的產(chǎn)品。

9.根據(jù)權(quán)利要求1-8中任一所述引物對組或成套單鏈DNA或試劑盒或應(yīng)用,其特征在于:所述細菌耐藥基因為如下中的至少一種:blaDHA-1基因、blaOXA-23基因、blaOXA-24基因、blaOXA-58基因、blaKPC-1基因、blaIMP-4基因、blaVIM-8基因、blaNDM-1基因、blaCTX-M-1基因和blaCTX-M-9基因。

10.權(quán)利要求1所述的引物對組或權(quán)利要求2所述的成套單鏈DNA在制備權(quán)利要求3-7中任一所述的試劑盒中的應(yīng)用。

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