1.一種在得自受試者的樣品中篩查結(jié)直腸贅生物的方法，所述方法包括：
1)測定得自受試者的樣品中的標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)；并且
2)當(dāng)所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)不同于在沒有贅生物的受試者中測定的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)時，將所述受試者鑒定為有贅生物，
其中所述標(biāo)志物包含如表1A和B所提供的差異性甲基化區(qū)域(DMR)中的堿基。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述贅生物為結(jié)直腸癌、大結(jié)直腸腺瘤和/或無蒂鋸齒狀息肉。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述贅生物為癌前期的。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其包括測定多種標(biāo)志物。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中測定標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括
用選擇性修飾所述樣品中的未甲基化胞嘧啶殘基以生成經(jīng)修飾的殘基，但是不修飾甲基化胞嘧啶殘基的試劑處理獲得的樣品；并且
確定已經(jīng)歷所述處理步驟的所述樣品中的所述標(biāo)志物的甲基化水平。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其包括測定2至10種標(biāo)志物。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中測定所述樣品中的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括確定一個堿基的甲基化狀態(tài)。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中測定所述樣品中的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括確定在多個堿基處的甲基化的程度。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括相對于所述標(biāo)志物的正常甲基化狀態(tài)，所述標(biāo)志物的甲基化增加或減少。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括相對于所述標(biāo)志物的正常甲基化狀態(tài)，所述標(biāo)志物的甲基化模式不同。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其包括測定正向鏈的甲基化狀態(tài)或測定反向鏈的甲基化狀態(tài)。
12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物為100個或更少堿基的區(qū)域。
13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物為500個或更少堿基的區(qū)域。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物為1000個或更少堿基的區(qū)域。
15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物為5000個或更少堿基的區(qū)域。
16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物為一個堿基。
17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述標(biāo)志物在高CpG密度啟動子中。
18.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品為糞便樣品、組織樣品、結(jié)直腸囊腫樣品、結(jié)直腸腫瘤樣品、血液樣品或尿液樣品。
19.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述測定包括使用甲基化特異性聚合酶鏈反應(yīng)、核酸測序、質(zhì)譜法、甲基化特異性核酸酶、基于質(zhì)量的分離或靶標(biāo)捕獲。
20.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述測定包括使用甲基化特異性寡核苷酸。
21.一種寡核苷酸，其包含選自SEQ ID NO：1-57的序列。
22.一種寡核苷酸，其包含與具有在DMR中的堿基的染色體區(qū)域互補的序列。
23.一種對DMR的甲基化狀態(tài)敏感的寡核苷酸。
24.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中具有選自NDRG4、BMP3、OPLAH、FLI1、PDGFD、SFMBT2、CHST2、VAV3和DTX1的標(biāo)注的染色體區(qū)域包含所述標(biāo)志物。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法
其中具有所述SFMBT2標(biāo)注的所述染色體區(qū)域包含選自SFMBT2_895、SFMBT2_896和SFMBT2_897的一個或多個染色體區(qū)域.
其中具有所述CHST2標(biāo)注的所述染色體區(qū)域包含選自CHST2_7889和CHST2_7890的一個或多個染色體區(qū)域。
26.一種試劑盒，其包含：
1)亞硫酸氫鹽試劑；和
2)對照核酸，其包含來自于選自表1A和B中提供的DMR的DMR的序列，并且具有與未患癌癥的受試者相關(guān)的甲基化狀態(tài)。
27.一種試劑盒，其包含亞硫酸氫鹽試劑和根據(jù)權(quán)利要求21-22中任一項所述的寡核苷酸。
28.一種試劑盒，其包含：
1)亞硫酸氫鹽試劑；和
2)對照核酸，其包含來自于如表1A和B中提供的DMR的序列，并且具有與患有癌癥的受試者相關(guān)的甲基化狀態(tài)。
29.一種試劑盒，其包含用于從受試者獲得樣品的樣品收集器；用于從所述樣品分離核酸的試劑；亞硫酸氫鹽試劑；和根據(jù)權(quán)利要求21-22中任一項所述的寡核苷酸。
30.根據(jù)權(quán)利要求29所述的試劑盒，其中所述樣品為糞便樣品或結(jié)直腸組織樣品。
31.一種組合物，其包含含DMR的核酸和亞硫酸氫鹽試劑。
32.一種組合物，其包含含DMR的核酸和根據(jù)權(quán)利要求21-22中任一項所述的寡核苷酸。
33.一種組合物，其包含含DMR的核酸和甲基化敏感性限制酶。
34.一種組合物，其包含含DMR的核酸和聚合酶。
35.根據(jù)權(quán)利要求34所述的組合物，其中所述組合物為反應(yīng)混合物。
36.一種在得自受試者的樣品中篩查贅生物的方法，所述方法包括：
a)確定所述樣品中包含DMR中的堿基的標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)，所述DMR選自如表1A和B所提供的DMR；
b)將來自于所述受試者樣品的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)與來自于未患癌癥的受試者的正常對照樣品的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)作比較；
c)確定所述受試者樣品和所述正常對照樣品的甲基化狀態(tài)的差異的置信區(qū)間和/或p值。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中所述置信區(qū)間為90％、95％、97.5％、98％、99％、99.5％、99.9％或99.99％并且所述p值為0.1、0.05、0.025、0.02、0.01、0.005、0.001或0.0001。
38.一種在得自受試者的樣品中篩查贅生物的方法，所述方法包括使包含DMR的核酸與亞硫酸氫鹽試劑反應(yīng)以生成亞硫酸氫鹽反應(yīng)的核酸；為所述亞硫酸氫鹽反應(yīng)的核酸測序以提供所述亞硫酸氫鹽反應(yīng)的核酸的核苷酸序列；將所述亞硫酸氫鹽反應(yīng)的核酸的核苷酸序列與來自于未患癌癥的受試者的包含所述DMR的核酸的核苷酸序列作比較以鑒定所述兩個序列的差異；并且當(dāng)存在差異時將所述受試者鑒定為有贅生物。
39.一種用于在得自受試者的樣品中篩查贅生物的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括配置用于確定樣品的甲基化狀態(tài)的分析組件，配置用于比較所述樣品的甲基化狀態(tài)與數(shù)據(jù)庫中記錄的對照樣品或參考樣品甲基化狀態(tài)的軟件組件，及配置用于基于甲基化狀態(tài)的組合確定單個值并且警告使用者癌癥相關(guān)的甲基化狀態(tài)的警報組件。
40.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其中所述樣品包含含DMR的核酸。
41.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其還包含用于分離核酸的組件。
42.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其還包含用于收集樣品的組件。
43.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其還包含用于收集糞便樣品的組件。
44.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其中所述數(shù)據(jù)庫包含含DMR的核酸序列。
45.根據(jù)權(quán)利要求39所述的系統(tǒng)，其中所述數(shù)據(jù)庫包含來自于未患癌癥的受試者的核酸序列。
46.一種分離核酸的集合，每個核酸具有包含DMR的序列。
47.根據(jù)權(quán)利要求46所述的核酸的集合，其中每個核酸具有來自于未患癌癥的受試者的序列。
48.一種系統(tǒng)，其包含根據(jù)權(quán)利要求46或47所述的核酸的集合和與所述核酸的集合相關(guān)的核酸序列的數(shù)據(jù)庫。
49.根據(jù)權(quán)利要求48所述的系統(tǒng)，其還包含亞硫酸氫鹽試劑。
50.根據(jù)權(quán)利要求48所述的系統(tǒng)，其還包含核酸測序儀。
51.一種在得自受試者的樣品中篩查結(jié)直腸贅生物的方法，所述方法包括：
1)測定得自受試者的樣品中的標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)，
其中所述測定包括
使所述樣品與甲基化特異性寡核苷酸接觸，并且
確定所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)，并且
2)當(dāng)所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)不同于在沒有贅生物的受試者中測定的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)時，將所述受試者鑒定為有贅生物，
其中所述標(biāo)志物包含如表1A和B所提供的差異性甲基化區(qū)域(DMR)中的堿基。
52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述贅生物為結(jié)直腸癌、大結(jié)直腸腺瘤和/或無蒂鋸齒狀息肉。
53.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述贅生物為癌前期的。
54.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其包括測定多種標(biāo)志物。
55.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其包括測定2種或更多種標(biāo)志物。
56.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其包括測定2至10種標(biāo)志物。
57.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中測定所述樣品中的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括確定一個堿基的甲基化狀態(tài)。
58.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中測定所述樣品中的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括確定在多個堿基處的甲基化的程度。
59.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括相對于所述標(biāo)志物的正常甲基化狀態(tài)，所述標(biāo)志物的甲基化增加或減少。
60.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)包括相對于所述標(biāo)志物的正常甲基化狀態(tài)，所述標(biāo)志物的甲基化模式不同。
61.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其包括測定正向鏈的甲基化狀態(tài)或測定反向鏈的甲基化狀態(tài)。
62.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物為100個或更少堿基的區(qū)域。
63.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物為500個或更少堿基的區(qū)域。
64.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物為1000個或更少堿基的區(qū)域。
65.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物為5000個或更少堿基的區(qū)域。
66.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物為一個堿基。
67.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述標(biāo)志物在高CpG密度啟動子中。
68.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述樣品為糞便樣品、組織樣品、結(jié)直腸囊腫樣品、結(jié)直腸腫瘤樣品、血液樣品或尿液樣品。
69.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述測定包括使用甲基化特異性聚合酶鏈反應(yīng)、核酸測序、質(zhì)譜法、甲基化特異性核酸酶、基于質(zhì)量的分離或靶標(biāo)捕獲。
70.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述甲基化特異性寡核苷酸是選自SEQ ID NO：1-57的序列。
71.一種檢測受試者中的贅生物的方法，其包括：
a)從受試者獲得包含DNA的樣品；
b)用選擇性修飾所獲得的DNA中的未甲基化胞嘧啶殘基以生成經(jīng)修飾的殘基，但是不修飾甲基化胞嘧啶殘基的試劑處理所獲得的DNA；
c)確定已經(jīng)歷步驟b)的所述處理的所述DNA中的一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化水平，其中一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物包含如表1A和B所提供的差異性甲基化區(qū)域(DMR)中的堿基，
d)將確定的所述一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化水平與沒有贅生物的受試者的所述一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化水平參考做比較，
e)當(dāng)所述DNA甲基化標(biāo)志物中的或多個的甲基化狀態(tài)不同于在沒有贅生物的受試者中測定的所述標(biāo)志物的甲基化狀態(tài)時，將所述受試者鑒定為有贅生物。
72.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中確定所述DNA甲基化標(biāo)志物中的一個或多個的甲基化升高包括確定選自CpG島和CpG島岸的區(qū)域內(nèi)的甲基化改變。
73.根據(jù)權(quán)利要求72所述的方法，其中確定所述CpG島或CpG岸內(nèi)的甲基化升高包括所述DNA甲基化標(biāo)志物的編碼區(qū)或調(diào)控區(qū)內(nèi)的甲基化升高。
74.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述確定已經(jīng)歷步驟b)的所述處理的所述DNA中一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化水平包括確定所述一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化得分和/或甲基化頻率。
75.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中步驟b)的所述處理通過對所獲得的DNA的亞硫酸氫鹽修飾來實現(xiàn)。
76.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述確定已經(jīng)歷步驟b)的所述處理的所述DNA中一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物的甲基化水平通過選自以下的技術(shù)實現(xiàn)：甲基化特異性PCR、定量甲基化特異性PCR、甲基化敏感性DNA限制酶分析、定量亞硫酸氫鹽焦磷酸測序和亞硫酸氫鹽基因組測序PCR。
77.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述贅生物為結(jié)直腸癌、大結(jié)直腸腺瘤和/或無蒂鋸齒狀息肉。
78.一種檢測受試者中的贅生物的方法，其包括：
確定來自于受試者的樣品的甲基化比率，其中所述甲基化比率是相對于參考基因經(jīng)亞硫酸氫鹽處理的DNA拷貝數(shù)的水平，一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物經(jīng)亞硫酸氫鹽處理的區(qū)域的甲基化的水平，其中所述一個或多個DNA甲基化標(biāo)志物包含如表1A和B所提供的差異性甲基化區(qū)域(DMR)中的堿基，其中所述參考基因為MYOD或ACTB，
當(dāng)所述DNA甲基化標(biāo)志物中的一種或多種的甲基化比率不同于在沒有贅生物的受試者中測定的所述相應(yīng)標(biāo)志物的甲基化比率時，將所述受試者鑒定為有贅生物。
79.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中甲基化的所述水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定。
80.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中甲基化的所述水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定，其中所述PCR中使用的至少一種引物能夠區(qū)別未甲基化和甲基化核酸。
81.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中甲基化的所述水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定，其中所述PCR中使用的兩種引物均能夠區(qū)別未甲基化和甲基化核酸。
82.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中甲基化的所述水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定，其中所述PCR中使用的探針能夠區(qū)別未甲基化和甲基化核酸。
83.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中甲基化的所述水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定，其中所述PCR中使用的引物和探針兩者都能夠區(qū)別未甲基化和甲基化核酸。
84.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中所述參考基因中的所述區(qū)域的水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定。
85.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中所述參考基因中的所述區(qū)域的水平通過使用實時聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)確定，其中所述區(qū)域包含第一和第二引物結(jié)合位點和探針結(jié)合位點并且其中所述第一和第二引物結(jié)合位點和所述探針結(jié)合位點無CpG二核苷酸。
86.根據(jù)權(quán)利要求79所述的方法，其中所述參考基因中的所述區(qū)域無CpG二核苷酸。