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一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記的制作方法

文檔序號:12249801閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記,其特征在于:該缺失片段長度為155bp,序列是SEQ ID No.3,位于豬參考基因組Sscrofa 10.2的chr 6:17953135-17953289,MMP-15基因內(nèi)含子5中,將結(jié)構(gòu)變異SV200存在的兩種基因命名為D或A,分別對應(yīng)DD、AA和DA基因型。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記,其特征在于:設(shè)計一組特異性引物檢測結(jié)構(gòu)變異SV200,所述的引物分別為:上游引物F:5’-CCCTGTTCCTCCCATTGTCA-3’下游引物R:5’-ATGGCCACCGTGTCAAAGTC-3’,該引物擴(kuò)增獲得兩種序列,分別是SEQ ID No.1和SEQ ID No.2。

3.如權(quán)利要求1和2之一所述的一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記檢測方法,其特征在于:包括如下步驟:(1)提取待測樣品的基因組DNA;(2)以待測基因組DNA為模板,利用上、下游引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增;(3)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物,凝膠成像系統(tǒng)檢測電泳條帶并判斷基因型。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記檢測方法,其特征在于:步驟(2)中進(jìn)行PCR擴(kuò)增的體系為20μL:2×Taq PCR Master Mix 10μL,10μmol/L上游引物F 0.4μL,10μmol/L下游引物F 0.4μL,ddH2O 8.2μL,10ng/μL基因組DNA 1μL;進(jìn)行PCR反應(yīng)采用的條件:1)預(yù)變性:94.0℃5min;2)擴(kuò)增反應(yīng):變性:94.0℃30sec,退火:57℃30sec,延伸:72.0℃45sec,30個循環(huán);72.0℃10min,4℃保存。

5.如權(quán)利要求1或2所述的一種鑒別地方豬品種的結(jié)構(gòu)變異SV200分子標(biāo)記在鑒別地方豬品種中的使用方法,其特征在于:包括以下步驟:(1)采用PCR技術(shù)檢測該結(jié)構(gòu)變異在不同豬品種群體中的分布情況;(2)根據(jù)結(jié)構(gòu)變異SV200缺失基因型所占比例輔助鑒別地方豬品種。

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