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一種用于美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒全基因組測(cè)序的引物組合物、方法及其應(yīng)用與流程

文檔序號(hào):40619630發(fā)布日期:2025-01-10 18:25閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種引物組合物,其特征在于,所述引物組合物用于美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒基因組全長(zhǎng)擴(kuò)增,其包括如seq?id?no.1~seq?id?no.35所示序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所示的引物組合物,其特征在于,所述引物組合物分為a組引物和b組引物,所述a組引物由seq?id?no.1~seq?id?no.19所示序列組成,所述b組引物由seq?idno.20~seq?id?no.35所示序列組成。

3.一種含有如權(quán)利要求1或2所述的引物組合物的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒還包括逆轉(zhuǎn)錄試劑、擴(kuò)增反應(yīng)試劑、產(chǎn)物純化試劑。

4.一種美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒全基因組的測(cè)序方法,其特征在于,包括如下步驟:

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的測(cè)序方法,其特征在于,

6.根據(jù)權(quán)利要求4或5所述的測(cè)序方法,其特征在于,所述步驟s3中,純化產(chǎn)物達(dá)到納米孔測(cè)序的建庫(kù)的起始質(zhì)量和純度的要求;所述步驟s4中,所述文庫(kù)構(gòu)建和序列測(cè)定具體包括:

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的測(cè)序方法,其特征在于,所述步驟s41中,文庫(kù)構(gòu)建步驟包括:

8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的測(cè)序方法,其特征在于,步驟s42中,納米孔測(cè)序芯片為flo-min114r10.4.1,測(cè)序軟件為gridion;和/或,步驟s43中,分析平臺(tái)為柏創(chuàng)翌豬繁殖與呼吸綜合征(prrsv)病毒生信分析云平臺(tái)。

9.一種如權(quán)利要求1~2中任一所述的引物組合物、或如權(quán)利要求3所述的試劑盒、或如權(quán)利要求4~8中任一所述的測(cè)序方法在美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒全基因組測(cè)序中的應(yīng)用。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的應(yīng)用,其特征在于,所述應(yīng)用包括美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒的早期鑒定和基因分型。


技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及一種用于美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒全基因組測(cè)序的引物組合物、方法及其應(yīng)用。上述引物組合物的序列如SEQ?ID?No.1~SEQ?ID?No.35所示。上述測(cè)序方法以待測(cè)樣本的RNA為模板,進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng),采用上述引物組合對(duì)美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒基因組全長(zhǎng)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,再對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行三代測(cè)序建庫(kù)、測(cè)序,進(jìn)行物種鑒定和基因分型。本發(fā)明全長(zhǎng)PCR檢測(cè)方法特異性強(qiáng),靈敏度高,大大提高了測(cè)通該類病毒全基因組的效率,不僅實(shí)現(xiàn)了對(duì)美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒的快速準(zhǔn)確檢測(cè),而且能夠利用組裝的全基因組實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的分型和進(jìn)化分析,實(shí)現(xiàn)繁殖與呼吸綜合征病毒的追溯溯源,對(duì)美洲型豬繁殖與呼吸綜合征病毒的早期篩查和防控具有重要意義。

技術(shù)研發(fā)人員:楊德全,鞠厚斌,徐軍,孫亞洲,李鑫,沈海瀟,孫亞蒙,葛菲菲,黃士新,陳琦,楊顯超,王建,趙洪進(jìn),王曉旭,盧軍,葛杰,朱九超,唐燕婷,裴建武
受保護(hù)的技術(shù)使用者:上海市動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心(上海市獸藥飼料檢測(cè)所、上海市畜牧技術(shù)推廣中心)
技術(shù)研發(fā)日:
技術(shù)公布日:2025/1/9
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